4XBKA

2-deoxyribose-5-phosphate aldolase from lactobacillus brevis
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
LTTEQLAKYIDHTNLKADATEADIKQTCDEAKKFNTASVCVNSYWIPFVTEQLKGTDVNPIAVVGFPLGAMATESEIFEATTAIDQGAEEIDMVLNVGELKGGNDEKVLADIQGLADAVHAKGKILKVILENALLTKDEIVRACQLSEKAGADFVKTSTGFSTSGAKVEDVKLMRETVGDRLGVKASGGIHSREEALAMIDAGASRMGVSATVAILT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
publication title Efficient synthesis of a statin precursor in high space-time yield by a new aldehyde-tolerant aldolase identified from Lactobacillus brevis
doi rcsb
source organism Lactobacillus brevis atcc 14869 = dsm 20054
total genus 86
structure length 217
sequence length 217
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2014-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4xbkA00
5T26A 2TYSA 4OBTA 1LBFA 3W1UA 3OBKA 1XDMA 1FCUA 2YDAA 4UTTC 2O7SA 1KLYA 2VEIA 2NUWA 3L0KA 4K8EA 3LI0A 4RLIA 2VFDA 3G0XA 5G1TA 4RK8A 2HTMA 3I68A 1VYSX 4XQ6A 3TU9A 1AK5A 3NQCA 5EY5A 7TIMA 5FEZA 4OQVA 2RFGA 5DBUA 1RQEA 3W7IA 1WX0A 2E6AA 3NL2A 4HIBA 3ABRA 3T7VA 2C1HA 2Z6IA 3W1LA 1K3UA 1TV7A 5AC8A 3HGJA 5LNRA 2J9YA 4JTLA 3GXPA 3S1VA 1B9BA 3RK8A 2NXHA 1ZHAA 4UTJA 1VRDA 1LZOA 4JTIA 3EX2A 4DBDA 1TRDA 2BZNA 1X1ZA 5EBUA 2QCGA 4LUIA 1SSGA 4O54A 2V5LA 3BVJA 1UBSA 3GNDA 4JTSA 4N4PA 4AAJA 4CQAA 1OF8A 1NF7A 4O1BA 2E6YA 3NVTA 3S6DA 3T55A 3TNOA 1SO3A 1R30A 1K03A 1GQNA 5TQLA 2QCDA 3S5OA 3LCIA 2WNQA 4MZYA 3I65A 2J9XA 4PODA 1ICQA 2WNNA 3QM3A 3ABOA 4JX6A 1TV5A 3N14A 1X7FA 4YWIA 3LGEA 2AQWA 2QUTA 2D73A 4MLRA 3EX4A 2WOQA 2Y62A 3W2KA 1VYRA 4RR4A 4WQ6A 1IIHA 4JR5A 1TMHA 1LRQA 3U8GA 1K8ZA 1I8JA 4ZL1A 1XM3A 4BR1A 3S0CA 4MPQA 2BXVA 5AHNA 3PUEA 4QQ3A 3TQKA 4NJIA 3CIXA 4IWWA 4R7JA 3TQ0A 4OT7A 3HBLA 3W7NA 3Q94A 5HUOA 2V81A 1XUZA 2YYTA 3WK1A 3A5FA 3IGXA 4O15A 3LCGA 4HNTA 2WNZA 5SWUA 4MY9A 1GEQA 3TKFA 3ELFA 5AHMA 1OJXA 2BLEA 3NPWA 5L6UA 3DFPA 1M6JA 4A2SA 2A4AA 3LV5A 4L4LA 4K6AA 2E77A 1NVMA 4UTUA 1G4PA 1G4TA 1GWJA 3ABQA 3IIOA 3PBUA 2J88A 3SW6A 3BLEA 5G1YA 4TR9A 1ML1A 2V5BA 3TAKA 4IUOA 2F7FA 2V2CA 3DGRA 4QM1A 2V82A 4YMZA 3M5VA 1QMLA 1SW3A 3NQ7A 2QKFA 2ZZ6A 4WJEA 3I7QA 1I45A 4K8HA 4NVTA 3G18A 4O19A 3T78A 4IMCA 1UCWA 1OVDA 3EWXA 1QO2A 2RDTA 3GDRA 4U4MA 3O05A 1B4KA 3QMTA 4FX8A 4QAIA 1OFEA 1JCNA 4ZMGA 4Z1BA 2CZEA 3L68A 4MIMA 1J2WA 2P10A 2FB3A 2H6RA 3H53A 1ZAIA 1KM1A 3KRSA 3FYPA 4L4MA 1YDNA 4O10A 4HNNA 4DF0A 2NV2A 3W1RA 5EA9A 4EIVA 1JR1A 1LLWA 2TSYA 2V30A 3R12A 3DFNA 2J27A 3U6WA 1TTJA 3O6DA 1ALDA 2KZHA 3W2MA 1S3HA 4WOQA 1UJPA 3W1MA 2PE4A 4AHOA 4MY8A 4O52A 1LBMA 3WJZA 4ADSA 1QPOA 3UWYA 1Q45A 3N34A 3W2JA 5D30A 3A23A 4UFKA 1MEHA 1FXPA 4OV4A 1P4CA 4XTIA 1H51A 1GVSA 5EKYA 1YTEA 3NR0A 5J5RA 1KTBA 4BWLC 2DU2A 3W1NA 2ZBTA 1AW2A 4X3ZA 1TSIA 4UTTA 3THQA 3IGSA 1MZHA 2ZRUA 4DO5A 1S5WA 4CNOA 3DI1A 3G3MA 1P5BA 4GXMA 4UC5A 3S8HA 5CPMA 5J5DA 1ZCOA 2ZCGA 1BWLA 1C9DA 3CIWA 3M5YA 3B03A 1FWNA 1G69A 5IM51 3QMSA 1BKSA 3LCLA 3C4UA 3STFA 4O4VA 2VKZG 4XWUA 3LHWA 3EXTA 2ZDRA 1J4EA 1KM4A 3L67A 1JQVA 1GOXA 3MHGA 5K4ZA 2C15A 3LHTA 1HO4A 1PVNA 2E5CA 1TPEA 2WO5A 4JDBA 1VHCA 2ISVA 1KM2A 8TIMA 2W79A 4O13A 3FLUA 1JULA 3RF9A 4YL2A 1YXDA 4IXHA 5AC7A 1YDOA 3GLCA 1FDYA 2CLKA 2QDGA 1S5VA 5LNSA 1OX4B 1TTPA 3QF0A 4TX9A 4HNUA 3WJXA 4LVGA 4KFOA 3PWAA 3TSBA 5K4XA 4XZ9A 2RH9A 4FO4A 2ABAA 3W2LA 1JRCA 5D32A 3E02A 4O53A 3C8FA 3L2IA 4O50A 2ZRXA 3LHZA 1TO3A 3WK2A 2V2DA 3UWVA 3MW7A 3PBWA 1H1ZA 1WAUA 3DENA 1I2PA 2DZXA 3DU0A 1QWGA 4XUGA 4ZQCA 1GVOA 4P61A 1B57A 1F6PA 4M6QA 3QZEA 3W7CA 3MHFA 3P82A 5F2IA 4NT0A 3PY2A 5KZDA 3MWAA 4OV9A 3G22A 2GQAA 3HF3A 1OHLA 3GDMA 1IXQA 3BV4A 3PM6A 2YXGA 2X1UA 3IGUA 1XI3A 2GJNA 3GB6A 1AG1O 2FDSA 3C0JA 3INPA 4BI7A 4K38A 1A5AA 3MI3A 4GBUA 3O1NA 1OFBA 3HGRA 4I7UA 4IGHA 1B3OA 4MYAA 1MO0A 2JGQA 3PF3A 5DCEA 2CFFA 4JIQA 4UFHA 1SZEA 3JR2A 2VELA 1FXQA 1JRBA 4NJKA 4M7SA 3WFAA 2HMCA 2FTPA 5DXYA 2DZVA 2Y85A 2PRHA 3SECA 3PVFA 4IPIA 3EWUA 4CNNA 4NJJA 4K39A 4PL1A 1KM0A 5EL1A 5D38A 1TRIA 5F2GA 1FDZA 4DELA 2G96A 1LYXA 5EPDA 1TPWA 1R2RA 2ZFAA 4JDYA 4N9EA 4AMAA 3PULA 4MYXA 4R34A 1H7OA 3RLUA 2FB2A 4ONVA 1G7VA 5K9CA 1IXPA 2Z6JA 3EEGA 3C6CA 3M16A 4N2YA 4CNPA 1KM6A 1R46A 1TIMA 2B7QA 3UPWA 1FBAA 1RQHA 1W8SA 4O8RA 1FWRA 4FNRA 3FYOA 3P7YA 4B5NA 3FJLA 3PR2A 3TDFA 4LC8A 3WJWA 1TQXA 2XFWA 4MY1A 4GC4A 1IXOA 3TAOA 2FQIA 5KZEA 3B0PA 3HG2A 1RQBA 1KTNA 4DPQA 2Z2UA 4O0KA 3IVTA 1X6UA 1F76A 1EP2A 3M1ZA 1QPNA 3KVJA 4JD4A 4O18A 4ZQPA 3UPBA 3NM3A 4FHAA 3G1DA 5F4XA 3BLIA 1M7OA 2HS8A 2NX1A 2JBMA 3GAKA 2ZQ0A 3NPUA 3WJYA 1DKWA 3W85A 5AYZA 3NPXA 1WBHA 3KX6A 2ZZ3A 1U83A 1TPB1 1C29A 3VI2A 5E1QA 1YYAA 1M5WA 4OU1A 5G5IA 1GTEA 2GQ8A 3VKJA 4BI6A 3M5ZA 3O6CA 3UQNA 4HHPA 1CI1A 3BG3A 4BWLA 4NX5A 2OT1A 4HSNA 4WZHA 5LHFA 2QCDB 3S5NA 4AH7A 4TO8A 1O5KA 2ISSA 3LCWA 4K36A 3L65A 3W23A 3OHIA 3GDLA 2H90A 4XKYA 2C3ZA 3BARA 3P5YA 2A0NA 3GKFA 4K7VA 2X16A 1IGSA 3HB9A 3E9AA 4XBSA 2EKCA 3E12A 3SJ3A 1EWDA 5C2XA 5CZJA 5CSSA 1T8XA 3D0CA 1FWTA 3LOTA 2Y7FA 2OJPA 1LRNA 4CQ9A 1H63A 1SQ7A 4UTWC 5D2TA 3UXDA 3GAYA 2RHGA 3SZ8A 1SZNA 3G0SA 1D3GA 1ICPA 1H7RA 1F2JA 1H1YA 1OFOA 1K7XA 1R47A 4MJZA 3NQDA 5DBTA 3KRUA 4MZ8A 2YFOA 3CPRA 2DJLA 4QISA 4TMCA 1DBTA 3EKLA 3N2XA 1VQTA 1W1ZA 1EEPA 3LRKA 3W2NA 2WPBA 3EWWA 4XBKA 2ZRZA 4O16A 3IIXA 1H60A 5BMXA 2Y70A 1JQXA 3IVSA 2J24A 3CB8A 3FFSA 2CLOA 3VNDA 3W7DA 3NQ2A 1F74A 2FLIA 4NUWA 1M7PA 3W1XA 1YADA 2BX7A 5CZTA 1LCOA 1FCVA 3V75A 4A3UA 4Y90A 6ALDA 5GVJA 5HQEA 2ZRWA 4CCDA 3T4CA 1UUMA 2Y7GA 2G97A 4KWWA 3LV6A 3L66A 3W7MA 2H3DA 5A8GA 1QOPA 2Y6ZA 1QDSA 1FX6A 5K9DA 5FF0A 2DZSA 2CLMA 1A50A 3IIVA 2YW4A 3NO5A 4ZQRA 2GVJA 1VPXA 1EP1A 1W56A 1RZMA 4GJ1A 2Y89A 3PB2A 3JS3A 2VFIA 3W7EA 5AHFA 3C3NA 5LGZA 1ICSA 4UMAA 4AF0A 2E1DA 1XDLA 3FKRA 1GPWA 3KRZA 4XTDA 3K30A 3NL6A 1WYIA 4E2DA 1EX5A 4C1LA 5HUPA 1AL7A 4UNKA 1XBXA 3S5ZA 4PCFA 3C56A 5D03A 3FEMA 5A5WA 4UUIA 3QEZA 2JKPA 1TYGA 2WKJA 3KVMA 4ADUA 1XC4A 3V1PA 4CLMA 4YLWA 3LI1A 4UFJA 1CW2A 2EF9A 3UXAA 3W6YA 1RV8A 3USBA 3B06A 2C14A 3Q37A 3O63A 4JNMA 1LOSA 1WV2A 1RVGA 5HR6A 1BWKA 2NX9A 4X2RA 1EUNA 4LRTA 1EP3A 4FB7A 5C55A 4G1KA 1C8VA 2GUUA 2QUUA 3IIPA 1TJPA 4HPJA 3OEXA 4N6EA 4FF7A 1NAL1 1Z42A 3C2FA 1Q6OA 3TR2A 4QJ1A 1UUOA 4GFSA 2OZ0A 5FESA 5U4NA 4BI5A 1FCQA 5F1UA 5CG7A 4LV4A 3QJAA 1SZFA 3STGA 1XBZA 4JEQA 1P0KA 1W37A 4A22A 4ALDA 3LHUA 2CW6A 3GDKA 4M6VA 4QNWA 1ZY9A 3LLFA 4UMBA 1SZGA 1MEIA 3RU6A 3TSDA 2YYUA 3MP4A 4M6PA 5KITA 1PV8A 4JX5A 1Q6RA 5C6MA 3DFTA 3LLDA 2VEMA 3DAQA 4NXKA 3SI9A 3LCFA 2QEZA 3KFTA 4DBEA 3PBVA 4PH6A 4N9CA 3VCRA 4LV9A 2LLEA 4RV8A 4IMGA 2RKXA 4RZ4A 3N9SA 2E09A 1OABA 3QPYA 3GXNA 4QITA 1B4EA 4LWWA 2RDUA 4M5PA 4GUHA 1P1XA 5FF3A 1AW5A 5D2WA 1LTDA 1VHNA 3B4UA 4FX6M 3STCA 3E49A 1TPDA 4HKPA 3TROA 3NA8A 4UCGA 1Z44A 5KSWA 2Q3RA 3N19B 5IBXC 2DJXA 2Y7EA 2FFCA 5DY3A 3CQ0A 1SO4A 3R5EA 3UWQA 4I9AA 4FIQA 4JTGA 3UWWA 4ZZ9A 2FPYA 1H7PA 4MFDA 3S5YA 2QDHA 2YCEA 5U7SA 4NNCA 1W5OA 4UTWA 1BTMA 2ZTJA 4U28A 5CSRA 3PB0A 2FPTA 1VLIA 3LCHA 1YPIA 5D2YA 4WUIA 1L2UA 2R94A 2TRSA 2O7QA 3LHYA 4X22A 3HPSA 1L6SA 1LOQA 1YPFA 2XN1A 3P74A 2ZZ2A 1SW7A 3KVKA 2A7NA 3PS7A 3GNNA 3M9YA 4NX0A 3TFCA 3LTPA 3R13A 3W07A 5G4WA 4AEOA 4LVDA 4FEZA 2J6XA 3MP3A 3I7RA 4FNTA 2E6FA 2YGYA 4DXVA 3SY5A 5LNUA 1KW1A 1OG0A 3B05A 5KMYA 4UIOA 4JTTA 4DF2A 5HINA 3PG8A 3DFSA 3KXQA 1MEWA 3LB0A 4S2BA 4FXSA 1N7KA 1Y0EA 2ZZ5A 4N9BA 3T40A 4RKAA 5K2ZA 3G1FA 3W88A 4UXDA 2ZA1A 3L0GA 3TFXA 1IF2A 3GIYA 3NZRA 1KFEA 4PEKA 3R8RA 3AJXA 1DJNA 1LORA 3OIXA 4MFEA 2X1TA 3ABSA 3C2VA 3EKZA 2ZZ7A 1ZJIA 5I3KA 5KINA 3SIZA 4JICA 1G4EA 3G3DA 1GVQA 1Z41A 3N2MA 1SO6A 4RCXA 4ICNA 3NEVA 2H3BA 3W7GA 3LDVA 1HFBA 4HSOA 1VCVA 2QCNA 3CTLA 3B0UX 3UD6A 3FJ6A 1W5QA 2CLHA 2DORA 2WSQA 3CHVA 1CX9A 2X1RA 5C54A 1I2NA 3F4NA 1YTKA 4JTJA 2WSRA 5CGQA 3MP5A 4NZJA 4RZ6A 1EA0A 5LGXA 1FWWA 1NEYA 1GVRA 2EAWA 1LDCA 4LTSA 3KOFA 2C6QA 1TTQA 1OFPA 1WOBA 4FIRA 3TA6A 1O95A 1ME7A 5DELA 5DCBA 1NSJA 2PC4A 1KBJA 3FOKA 3W7JA 3N3MA 5HNRA 3P8IA 1TTIA 4PA8A 4KKXA 3B0VC 1ME9A 2VC6A 3L9CA 5LZLA 1QCWA 4MKNA 1ADOA 3DZ1A 4MVAA 3ANYA 4OHQA 5LNWA 4XKYB 1YXYA 1OFAA 2ATSA 3O6YX 5D02A 3TIMA 3TW7A 3DHDA 3VFLA 1GG1A 3W83A 4K37A 3HQ1A 2R8WA 4AB4A 1N55A 2A21A 3BGJA 3UWZA 1I2OA 1WBJA 2V0TA 4HNVA 2NUXA 2XN2A 2QCHA 5EMUA 1VH7A 2NLIA 3LTYA 3QW4B 1EWEA 4PL2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5T26 A;  4OBT A;  4BCE A;  3EAU A;  4IPL A;  2VVS A;  2YDA A;  4UTT C;  4E4U A;  1F4H A;  2VFD A;  4G2D A;  4C6J A;  1VPQ A;  1PZ2 A;  3MVT A;  2O4M A;  3NQC A;  4F2U A;  3GM8 A;  5DBU A;  1RQE A;  3FY1 A;  1WX0 A;  5MF5 A;  4PRT A;  4HIB A;  2WAG A;  1MUM A;  3M46 A;  3V36 A;  4TV6 A;  3IJL A;  3W1L A;  1L2Q A;  4U3A A;  1C7T A;  4U5K A;  3UXI A;  4PB5 A;  3ABX A;  4H9Y A;  4R7W A;  1ZHA A;  3GUG A;  3KL5 A;  1B31 A;  4HOX A;  4DBD A;  2BZN A;  2V5L A;  5FJJ A;  4LAO A;  1XLH A;  5XIM A;  5H8P A;  4N4P A;  2CCR A;  4O1B A;  3REQ B;  3KOY A;  4Z2J A;  3PFR A;  3GC4 A;  4C6M A;  1Z69 A;  1MQR A;  1NDY A;  2SFP A;  5GNZ A;  5TQL A;  2C1G A;  2GLK A;  2FVL A;  2J6V A;  3BSH A;  3PPC A;  2J9X A;  4POD A;  2WNN A;  4GAB A;  4HA1 A;  2WCA A;  1X7F A;  1X7I A;  3N4A A;  3LGE A;  4RV3 A;  2AQW A;  1UIP A;  3PZT A;  1RJR A;  2WOQ A;  5JBF A;  3PTD A;  4JR5 A;  3M0V A;  3CUG A;  3U8G A;  4AY7 A;  5BRP A;  1I8J A;  2PDH A;  4I5R A;  1BRL A;  1CLK A;  3N9K A;  3PUE A;  3VIJ A;  1NU5 A;  3TQK A;  1PTG A; 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