4XE9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2014-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xe9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xe9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xe9A02
1A14N 3TIBA 2JE9A 1LHUA 3B69A 3UL2A 2A6YA 2W68A 4U2AA 2QWEA 5DUXA 4Y1VA 4GZSA 3I8TA 4GB1A 1ENQA 1NSBA 4XIOA 1V6JA 2GMPA 2DUOA 1LHNA 3O5SA 1MVEA 4YZ4A 2HU4A 1Z50A 1INXA 1GLHA 1EUTA 2V5YA 3WDYA 4MJUA 5JOXA 3CL2A 2DU0A 3WG4A 3WCSA 1WCSA 4AVTA 1FV3A 1GZ9A 4P14A 2NZ9A 4W65A 3B3QE 4XTMA 4GWMA 1A8DA 1D2SA 5DZGA 2YA6A 3W09A 3V0BA 4KS2A 1HQLA 1S0FA 5IK7A 1V6MA 4HANA 2GDFA 3SITA 4AVSA 5HUGA 3WDWA 1DYPA 4D69A 3WG3A 4CTEA 2WJSA 4X49A 1KJRA 4FPOB 1INYA 3VV1A 2ZACA 2ERFA 1C4RA 5GLTA 2UURA 3D12A 3PJQA 1FATA 1LHVA 3ILRA 3WNXA 1O4ZA 1VAMA 2C4AA 1OQ1A 3MEPA 5GZDA 4Q26A 4YM3A 4ITCA 1LESA 5T50A 2AUYA 2SBAA 3AP7A 1TEIA 4K1ZA 5KXEA 3H6JA 3FLPA 4FOVA 4MC7A 2B8HA 2OVUA 4UW4A 1USXA 2YA5A 1S0EA 6NN9A 1W6QA 2SLIA 1EURA 1MS1A 1BJIA 3M3CA 1SFYA 2ZGQA 2R16A 3RMYA 4WA5A 4M3CA 4B7MA 4GZOA 4FJ6A 1JXNA 2E53A 1UL9A 5IT6A 1E8TA 1AX2A 4GKXA 1Z78A 4H55A 1MACA 4DS0A 2ZB5A 4DQAA 2E51A 4Q8KA 3FUQA 3N35A 3A0KA 3WCRA 1LTEA 4FPGA 1SLIA 1LHOA 3B7EA 1GYKA 2R0HA 2BQPA 4FZHA 2JDZA 2PHFA 1H9PA 1KDKA 1W6NA 1G8WA 5GLZA 2Q5TA 2F25A 2BZDA 4JF7A 4U36A 2G4IA 3TI6A 3JUUA 2VU9A 4R9CA 4YGBA 1V00A 1IS4A 5L73A 4FOYA 1DQ4A 2ZMNA 3O0VA 4B7QA 4YG6A 3OYWB 4H52A 3N36A 3PMEA 5F9TA 3WV6A 5HCAA 3TI8A 5KXBA 4BOWA 3M3QA 2JE7A 4YGDA 1YO8A 3AYEA 4WZFA 2A3YA 5GZFA 2PHWA 2XZJA 1ULFA 4YG3A 1W6PB 4GDIA 2BERA 3ZSKA 1F31A 1KDMA 3WVJA 2HTYA 5B2DA 5FREA 3B00A 1INWA 4XJZA 3FBYA 1LU1A 1Z0HA 2DV9A 4Y20A 5DZEA 2ZHLA 1GBGA 2ZGUA 3U4XA 1ONAA 1DGLA 1UAIA 2VK5A 4XXAA 1LOEA 3ZXFA 3INAA 3WDTA 4NC5A 4GALA 1CPMA 3ZPYA 2YA7A 2VH9A 3AP9A 2LTNA 3AYCA 1WLCA 1W0PA 1DIMA 1MS9A 1MS5A 2ZMLA 3K39A 2D43A 2E7TA 3AZVA 4Y1ZA 3WOGA 5DUUA 3AK0A 1W8OA 3C2UA 1YIFA 4GDJA 1G9BA 2P3KA 4K1JA 2CMLA 2HTQA 1C1LA 1ULCA 1GV9A 2A6ZA 4MYEA 4XOGA 3SANA 1YXWA 4YZ2A 3AZXA 4LBQA 3ZSJA 1AXYA 4JRAA 5GLUA 1Q56A 1GNHA 2GALA 4CPNA 1LJ7A 5GZCA 1Z4YA 1INFA 3BIWE 3BTAA 3ILNA 1SBFA 4ATEA 2YXSA 1A78A 1G7YA 2DWRA 3FLRA 4BMEA 4Q1PA 5HUMA 1LOBA 4R9AA 4IQPA 4HZVA 2FMDA 3CKZA 3ZXLA 3A0NA 1J1TA 2ZHNA 2HU0A 1QDCA 4CPMA 1GSLA 4GA9A 2WT1A 1EUSA 2UWCA 2PHRA 1F8CA 1IS6A 1V0EA 1C1FA 4WA4A 2EF6A 5CAZA 2DVFA 1SCSA 1Z4WA 3H73A 4B7RA 4LBJA 3FFZA 3K36A 1N1SA 4K1KA 2ZAAA 5GJ6A 2XCYA 2DTWA 1U0AA 2WLQA 4GZTA 2R1BA 1Z4XA 4H53A 2DURA 2CY6A 1S0GA 2HT5A 4M4NA 1NSCA 1MZ6A 2P3IA 2QWCA 4FVKA 2F28A 2VK6A 4FPEA 2JECA 2WNEA 3D6EA 3AP4A 4K20A 3IPVB 3AZZA 4YZ3A 4FPKA 1W6OB 5AVAA 1NNAA 1QU0A 3IKWA 4GZPA 1AJKA 2EXIA 4XMAA 2UWAA 5T52A 1A4QA 3PVNA 3POWA 5H9QA 4GJTA 4CZSA 2HTWA 2ARBA 4GXLA 2E7QA 2WT0A 4HZYA 1DQ1A 2QWJA 2ARXA 5T5LA 4FPYA 3FUOA 2WSUA 4KS1A 4PCRA 3NN9A 1GZWB 3AJYA 5NN9A 1OKQA 4GKYA 5DZFA 1CONA 4LBMA 4Q1RA 3K3AA 1WBFA 1EPWA 1L7FA 3RRDA 5CB7A 4BMBA 4C1WA 1APNA 1IS3A 2VWDA 1INGA 3USUB 3BOPA 5M1ZA 4LBKA 4BBWA 2ZABA 2AEPA 1AJOA 4KS5A 3O0XA 1D0HA 3FLTA 4K3YA 4XMIA 3ZYRA 1WW5A 5DG1A 3VKNA 1JN2P 4NOTA 4XJUA 3OY8B 1BQPA 3L2YA 3CNAA 3GVKA 5EWSA 1AX0A 4MWUA 3VKLA 2DVGA 1LOFA 1QOOA 2A70A 3OJBA 3TIAA 4GZWA 1MVQA 4AGRA 2QWGA 1AXKA 4FP2A 3DGTA 3D5OA 4FOWA 1GZCA 3R4UA 1SLBA 3LSDA 3H72A 2VW1A 2F12A 2ZGKA 1S0DA 1AF9A 4K1YA 2YV8A 4YM0A 2ZB6A 3M3OA 2H0BA 4AGVA 3CYEA 3A72A 4MWQA 2W52A 1H30A 1LEMA 4M00A 4UW5A 4GWNA 4NCSA 2F27A 2AR6A 3OPZA 1V3CA 4AVVA 3SLIA 4YW5A 3N7KA 4Y1XA 1PZ9A 3B9CA 3APBA 2DUQA 2NP0A 3PVOA 4ZKTB 2NMOA 1IS5A 3AYAA 2Z42A 2D6KA 4DFSA 4XJWA 2AH2A 3MW3A 2D7FA 1PZ8A 2WQZC 3OYWA 2W38A 4BM8A 3R4SA 4ISQA 2ZHMA 4MWRA 1RITA 4PBPA 2YMZA 3IN9A 1W6PA 2GNTA 2ZZJA 3HN1A 3MPPG 4Q2FA 3ENRA 1G9DA 1IOAA 4HIZA 1FV2A 2YZ4A 1DYKA 3JU4A 1LHWA 3VKMA 5CNAA 1Q8OA 1LOGA 4FOQA 1SLAA 2VSKA 1Q8VA 2LALA 4P9WA 4HZZA 3QLQA 2R49A 2C5DA 3AZYA 4PF5A 1DIWA 1INHA 3D11A 1WBLA 1Z4VA 2W5OA 2DU1A 1V3DA 2RKCA 3WHUA 1ULGA 1W21A 2B7YA 3NWKA 4K1HA 4K1IA 1G86A 2C4LA 1DHKB 5IK8A 1JUIA 4CPOA 4FPFA 4XJRA 1WW6A 4YW4A 1MZ5A 1QDOA 1B9TA 3W59A 5HCFA 5IK4A 3IMNA 4XJAA 3MW2A 3N7LA 4KBBA 2D6PA 4XYXA 1LU2A 2FHRA 3K38A 5KXCA 1RINA 4X6KA 1WLWA 5JYYA 1UN1A 1L7GA 1AXZA 4MWYA 2E6VA 4CPYA 2AENA 4ISRA 1VCUA 3JU9A 2CNAA 5DUWA 4ATFA 3SILA 5JLVA 1CJPA 1DFQA 1JHNA 1I1EA 4I00A 3AXDA 2EAKA 1QF3A 2D3PA 2D6NA 3BODA 3VKFC 2D6OX 3T1EA 1E8VA 5E89A 1MS3A 1NCAN 3NV2A 5E8AA 1N3OA 4FPLA 2ZGTA 3WG2A 1NCBN 2XZKA 2PHUA 4YM1A 3AX4A 3TICA 2CTVA 1N3QA 2DVAA 3HR9A 1QGLA 3GALA 1A3KA 1GANA 5FRAA 1YYNA 2P2KA 1SACA 2DVDA 1AVBA 4C1XA 1LEDA 2JKBA 4QNPA 1JYCA 4M3CF 2AYHA 3UJOA 3SH4A 4XHXA 3KM5A 4Y22B 1N1TA 3UJQA 1JW6A 1KRIA 1LOCA 3ATGA 5LK5A 5GZGA 2YA4A 1DQ6A 1S0IA 4YLZA 5JDBA 3ZXJA 3IPVA 2ZGPA 1QMJA 1W6OA 5H9SA 1F8BA 4X4AA 3AP6A 1MWEA 4YW1A 4SLIA 1LULA 2AGSA 3D4KA 2A71A 3VKOA 1F8DA 1V3BA 3R05A 1GNZA 1X50A 1CPNA 1HDKA 5JOZA 2ZA9A 2GN7A 4QN7A 2NM1A 5GZEA 4FVVA 1WW4A 3WHTA 1QNYA 3SH3A 1UMZA 2F13A 2A5ZA 1V2IA 5B2CA 1GZWA 1F8EA 4XIKA 2AREA 3O9JA 5E88A 3WUCA 1W8NA 4MWXA 1BKZA 4QN4A 2YROA 4DRRA 3USUA 2R1DA 2F24A 3IM0A 3QCWA 3LSEA 2W39A 3TB0A 1UPSA 3NSSA 5EYXA 4MZEA 3BEQA 2F29A 1LGCA 3TI3A 2QWBA 5JMCA 3Q9OA 2TEPA 1AX1A 3OY8A 1URXA 3O0WA 4K21A 2VK7A 1DBNA 1GICA 5DG2A 5HX0A 2C9AA 4FPCA 3WDXA 4I30A 2A6VA 4CPLA 2KM2A 4PBOA 7NN9A 3AFKA 1QKQA 5KXDA 5H9RA 1GKBA 4MWVA 1JYIA 2ZGNA 2DTYA 4LBQD 4JC1A 5CBLA 1V6KA 3ZSLA 2W20A 1UKGA 4HL0A 2HYKA 1NMBN 1OFSA 3SNMA 1B09A 4LBNA 1S1AA 1W6MB 4P9YA 4XBQA 2PHTA 4XBLA 2EIGA 4RL7A 2D44A 5T54A 4M4VA 1WD4A 2JD4A 2QWDA 3OGGA 1IVEA 4YFZA 1KJLA 1SLLA 4WVWA 3V0AB 2CL2A 2GMEA 5HUNA 5IK5A 4TYSA 4XBNA 4Q6KA 2OUJA 3WDUA 3RMXA 4F83A 2EXJA 1WW7A 1QOSA 2QWFA 3OBRA 2RHPA 1FNZA 1NN2A 1RIRA 2VW2A 2DYCA 1G9AA 2CWMA 2PELA 2A3WA 2D6MA 3WDVA 1C57A 1Q8QA 2YDTA 4P9XA 2P37A 2YA8A 1WCQA 3A4UA 2D3RA 2ENRA 4WA3A 1LOAA 1F9KA 2GNBA 1DLLA 2HTUA 3NV1A 2ZGLA 1MS8A 1O4YA 1NNBA 1YI7A 3TI5A 4YW2A 2YDPA 4YM2A 3W58A 4BLIA 4YGEA 2A75A 4Q8LA 4UW3A 4XTPA 1USRA 1LGNA 4GZXA 1CIWA 4Y1UA 1L7HA 3T1MA 2YY1A 3T2TA 5JOYA 4WEGA 5T5JA 4D8SA 4XHBA 3INBA 1AZDA 2BF6A 1Y7BA 4FQZA 4M3MA 4YZ1A 5GLVA 4XJ9A 1SO7A 1W1XA 2F0ZA 1KITA 4FPHA 2VVZA 3RQ0A 2WT2A 4WVVA 1A4GA 2EXKA 1I3HA 3ZXEA 4YG0A 1WUVA 2GNDA 3H71A 4FP3A 2I2SA 1S0BA 1S0JA 1ULEA 5GALA 1IKQA 4LBLA 3AXEA 1VIWB 3ZSMA 1W20A 2F26A 1V6LA 1LGBA 4XILA 5HUKA 5HCBA 1UZYA 4KS4A 1BJQA 1SLTA 4Y24A 2GMMA 3WLUA 2OUHA 4Y26A 1SBEA 4XDQA 2SILA 1ZM1A 2R0FA 2DVBA 3OBTA 1Z4ZA 1LECA 5EYYA 2ZHKA 1DILA 4DGRA 4DPNA 3ZVXA 2NN8A 2ZKNA 3V0BB 3O12A 4WV8A 2P3JA 3AYDA 4RA0A 2HT8A 4CRQA 4TZDA 1JBCA 1SLCA 3ILFA 1MS0A 3N7JA 1N47A 1FAYA 3AJZA 1V6IA 3ZYPA 3POSA 4B7NA 1V3EA 1Q8PA 4X47A 2ZGMA 1YRZA 1ZA4A 1HQWA 3SALA 1HKDA 1N3PA 4MJVA 4LBOA 3K37A 3VUOA 3UK9A 2QWHA 3ZXKA 3DUIA 4CPZA 1DQ0A 4PQ9A 4MZAA 2VY0A 4YW3A 1NCCN 3AZWA 1LODA 2W08A 2JJ6A 2UU8A 1HLCA 2WSVA 4XZPA 5EXOA 1IVDA 2D3SA 2NMNA 1W6QB 2DUPA 4XXPA 4ZXKA 1LCLA 1CVNA 3AP5A 2QWKA 4MWLA 3ALWA 3HMYA 5GLWA 4Y22A 4UW6A 3GNEA 1INVA 1N1YA 4M3CB 4FQ4A 3B01A 1EUUA 3M2MA 3NV3A 3PVEA 4JCKA 2GNMA 4WEFA 3V65A 2ZGRA 1MS4A 1BZWA 1IKPA 1W0OA 5F5QA 3N7MA 3LCPA 5JOWA 4YGCA 1LOFC 1NSDA 4GZQA 1XOEA 2ZGSA 3A71A 1N1VA 1W6NB 1V6NA 1ENRA 2SIMA 2X9MA 4OZXA 1NMCA 3V64A 4MWWA 4QN6A 5T55A 3SH5A 3RSJA 2VXRA 4YFWA 3ASIA 5H9PA 2QWAA 1G9CA 5T5OA 5SV8A 3GVJA 2NYYA 2HTVA 4AGGA 1VALA 2AEQA 2ZMKA 2OW4A 2HT7A 2EALA 4M3CE 4NO4A 3WG1A 1NMAN 1IVFA 1FYUA 2P34A 1UX6A 1NLSA 4DRVA 1DZQA 4BLJA 4R9DA 2A6WA 1PZ7A 1SCRA 3TI4A 4GEZA 1V0FA 2D6LX 1CESA 4BPZA 4Z8BA 5JVVA 2VW0A 1QOTA 2W5NA 1CN1A 5BYNA 1B9SA 2F10A 4XJQA 1F5FA 4Y20B 3MW4A 2CWSA 4YZ5A 1NCDN 3GVLA 1CR7A 1IVCA 5DUVA 2BATA 1G9FA 4Q27A 4B7JA 1IVGA 1NNCA 1W6MA 4UF7A 2CYFA 3I4IA 5CA6A 4KS3A 3POYA 1LENA 1JOJA 1E8UA 3KQRA 3SISA 3T1LA 4R9BA 1FX5A 3V0AA 5GM0A 1SBDA 2V73A 2A6XA 3N3HA 1DQ5A 2VUAA 4M4UA 1V6OA 4MWJA 1BXHA 1DQ2A 1V0ZA 4LBQB 1FNYA 3WUDA 1VAVA 2WKKA 4Y1YA 5T5PA 3CL0A 4BQ1A 1XQNA 1WD3A 2XZIA 1IVBA 1ENSA 4QN3A 4L8QA 2ZGOA 4HZXA 1B9VA 3O9KA 1XOGA 3M1HA 2PHXA 3RG0A 4NN9A 1QNWA 1R1ZA 2A7AA 1Q8SA 5IUQA 3TAYA 2VSMA 2ZBJA 1H9WA 1VCJA 4FPJA 3H0OA 2GN3A 1WLDA 1KQRA 1UZZA 4M01A 3ALXA 2A3XA 2F11A 1MR5A 1SNTA 4AYUA 3M3EA 1BYHA 2HTRA 2QWIA 3RS6A 4XJ8A 1S0CA 2UWBA 2XG3A 4QN5A 4AWDA 2EXHA 2XB6C 4HZWA 5DXDA 3WZ1A 1VLNA 3NV4A 4MX0A 1NXD1 1ULDA 2ES3A 4ASMB 4J9TA 1CQ9A 4XE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A14N 3NSTA 3H42B 2DYHA 3MIEA 3TIBA 2Y0OA 2JE9A 4BK5A 1E5SA 1LHUA 3KV4A 3JZVA 2GHSA 4LMFA 3ES1A 1IUCA 2WWJA 3ACGA 3GM8A 3B69A 1NXMA 4H3WA 3UL2A 3W9AA 4AE2A 2OJHA 1D4M3 4HBNA 4COVA 2VNRA 2OKXA 2IZWA 1AYN2 5JI9A 3NNGA 4JRLA 3ZFEB 2A6YA 2XMLA 3IAXA 4QWNA 3I3DA 3CZUA 2W68A 2P1BA 4U2AA 4ZU4A 4MLOA 2BW8A 5DUXA 4E2SA 2QWEA 4Y1VA 1FPN1 3O1VA 5BNQA 2J7MA 1OVSA 2EIEA 4GZSA 5FY8A 4NR1A 3I8TA 4EN9B 4GB1A 2RMU2 5FYVA 4CCJA 2E31A 1ENQA 3B5LB 3N4MA 1NSBA 4JGZC 4XIOA 4RS5A 2WIIB 3M4FA 1V6JA 1ZZCA 1RHI1 4TN7A 3T4HB 4NHYA 2GMPA 5FZGA 2DUOA 4DO0A 1LHNA 1CAXA 1AYM2 3O5SA 3BYWA 2VPJA 2X5IA 3HEIA 1MVEA 4YZ4A 1KS4A 1ALYA 4P5HA 5A3OA 4A7ZA 2QBXA 3PTRB 3J8F2 1AR73 3GCWA 1Z50A 1C8M2 3CJIC 1INXA 2HU4A 1GLHA 2NLRA 1EUTA 4Q4W2 2V5YA 3WDYA 1OOPC 2ORXA 3MF6A 3HQUA 4MJUA 3VL8A 2DFBA 1R083 3WXPA 5JOXA 3CL2A 2DU0A 4K40A 4XFBA 3WG4A 4LA3A 3HOBA 1OC1A 3QOPA 1WCSA 3WCSA 2B42B 4AVTA 1FV3A 3LDRA 2VBBA 2XL9A 3LEMA 2ZZKA 1GWLA 3MIGA 3VBUA 1GZ9A 2OXBA 1DGRA 1HV1A 1W04A 4N43B 4P14A 2NZ9A 4HG6B 4W65A 3T0AA 1T2XA 3NW4A 3B3QE 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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