4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
3HR9A 1DQ0A 1NNBA 2GDFA 3RSJA 4FPHA 1GZ9A 1FATA 3AP5A 1ENRA 2YA5A 1WW5A 4GZTA 4KS5A 4NC5A 4Q8LA 3TI6A 1SBFA 1UKGA 3WDYA 1Z50A 3OPZA 3TI5A 1LHVA 1GV9A 2DVBA 3SITA 1IVDA 4CPOA 1N47A 4GXLA 1IS3A 4K1HA 3USUB 4MWQA 1BJQA 2YV8A 2DU0A 1HLCA 4FQZA 2ZB6A 3ALXA 1SLAA 2A3WA 1WCSA 2CYFA 1VALA 3AZWA 2F24A 4PCRA 4M00A 1C57A 2X9MA 2W08A 2VUAA 3TB0A 4YW1A 4CPYA 3WHTA 4H55A 5JVVA 4XJWA 1Z4VA 1QKQA 4WA5A 2W38A 4Y22A 2ZGRA 3V0AA 4FOQA 1C1FA 4YFZA 2EIGA 4RA0A 1NSCA 1CJPA 1YYNA 4FVVA 3N7JA 1GYKA 3FLRA 2ERFA 1V3EA 1DHKB 3QCWA 2NM1A 4QN5A 4LBLA 1AXYA 1FV2A 4P9XA 2VW2A 1ONAA 4GZOA 5B2DA 2D6LX 4OZXA 4ZKTB 3B7EA 1JOJA 1F5FA 4Y24A 1DQ4A 1H9PA 4MZAA 4W65A 2OUJA 3BOPA 2QWBA 4M01A 2QWKA 4DS0A 1O4YA 1OFSA 3IPVA 3AYAA 5GM0A 1G9FA 3AZYA 1SBDA 4AGGA 3R4SA 4PBOA 2WQZC 1V6JA 1OKQA 4MJUA 4FPYA 3O12A 4AVTA 1DIMA 2A75A 2BZDA 1XOEA 4XJUA 2DVAA 2AGSA 1PZ7A 4B7NA 4BMBA 4WVVA 2R0FA 4GJTA 3H71A 4YGDA 1JYCA 2XZJA 1N1TA 1QNWA 2BERA 2D43A 3AX4A 2NN8A 2DTYA 1GKBA 2P3JA 4DRRA 2SIMA 5H9PA 4NCSA 1A4GA 2W5OA 3ZXJA 4XJAA 3D11A 2AR6A 2D6OX 1V6MA 1EURA 4QN3A 2GNBA 4K1YA 2GN3A 3Q9OA 3ZSJA 1EPWA 3A0NA 1GZWB 2OVUA 2P34A 2SBAA 2ZGMA 2A71A 2D6KA 1B9SA 4FZHA 1KDMA 2QWFA 3ZXLA 1W6MA 1DZQA 5GLWA 2F12A 3MW4A 2CL2A 1V6NA 3RMYA 3I4IA 1ULGA 4YW5A 4Y1UA 5IK5A 2ENRA 1S0EA 4LBQA 2YROA 3H72A 4QN6A 2D3SA 2V5YA 5DUUA 4WA4A 1FX5A 1BJIA 2DVFA 3BODA 4P9WA 1Q8QA 3T1MA 2C4LA 1QOSA 4YM1A 4YZ1A 3FUQA 2E7QA 4YZ3A 2F26A 5HCBA 2AREA 4XTMA 2KM2A 2YXSA 4XMIA 3POWA 1MS4A 3PVNA 4XIOA 2ZZJA 2QWHA 4UW4A 5JOWA 5T5JA 5E8AA 2QWIA 2QWEA 2NP0A 4F83A 2XZKA 3M2MA 1GBGA 4YM3A 5DZEA 3MPPG 4M3MA 5KXEA 3O0XA 3APBA 2YDPA 2HU4A 5GZGA 4BPZA 3JU4A 4M4UA 5T54A 4FP2A 5JOZA 1V3CA 3WDTA 1GANA 2ZHMA 3TAYA 2ZGTA 1Y7BA 2LTNA 4MJVA 1LCLA 2F29A 2HTVA 1DQ6A 1S0JA 1NCCN 1I3HA 1X50A 3WOGA 5T5PA 2JJ6A 1NMCA 4XJQA 1BYHA 4WA3A 1F8CA 3ENRA 1XQNA 5DUWA 2AH2A 2PELA 1LOGA 5HCAA 2F25A 1LEDA 1LEMA 2HU0A 7NN9A 1MACA 4YGEA 1NCDN 5BYNA 3D6EA 1ULEA 1W21A 4Q1RA 1DQ2A 1A78A 3CNAA 1JUIA 1NCAN 1LGBA 4Y22B 2UURA 3V0AB 1MS1A 4YGBA 1FNYA 4K21A 1W6QA 3ZSKA 3HN1A 1QMJA 5HUKA 2XCYA 1GLHA 2AEQA 3WDUA 4HANA 5B2CA 5H9QA 4HIZA 4RL7A 1SCRA 2BATA 1L7FA 1AXKA 1UZYA 2A6ZA 3CYEA 2D6PA 3UJQA 1G86A 3GVLA 3TIBA 3TIAA 3T1LA 3AYCA 1Z0HA 1CIWA 2W68A 1KQRA 2DYCA 3PJQA 2ZB5A 4MWJA 3CL2A 3AP7A 3GVKA 2A6YA 3BEQA 2QWGA 1EUSA 2JD4A 1W8NA 2DVDA 3AJZA 1JN2P 1V0ZA 1TEIA 3WUDA 5F9TA 1LENA 1KJLA 3IPVB 4UF7A 1CN1A 1N3PA 4Q27A 2YA6A 1S0FA 1QU0A 5EXOA 1IVEA 1LHUA 3RQ0A 4CRQA 1E8VA 1LOFC 1V6KA 2QWAA 3PMEA 3IM0A 3ZVXA 1S0BA 1WD3A 5GALA 4GZWA 5EYYA 1AVBA 4U36A 3WG4A 1W20A 1MZ5A 2NYYA 2HTQA 4FOWA 1DILA 1U0AA 2ZMKA 4LBKA 2H0BA 4R9DA 3ZSMA 2AYHA 4HL0A 3OYWA 1LHWA 1GZCA 3BIWE 1LOEA 3VKFC 4KS2A 4SLIA 3POYA 3VV1A 1INFA 3N3HA 4MYEA 3ZPYA 3WDXA 6NN9A 2W20A 4CPMA 4B7RA 1IS4A 1WW6A 3RMXA 4GA9A 3MW3A 1UAIA 1E8TA 1LULA 1W6MB 2Q5TA 1R1ZA 3WCSA 1H9WA 1QGLA 5T55A 1SLBA 4R9AA 2VK5A 2P3KA 4JRAA 3SALA 2WSUA 2GNDA 4AGVA 3OY8A 4XBNA 3LCPA 5IK8A 5EWSA 4WEFA 3DGTA 4XIKA 4LBQB 4TZDA 3FLPA 4BLIA 5T50A 5FRAA 1ULDA 2E7TA 1DBNA 4Q8KA 4PF5A 4X49A 1Q8OA 3WCRA 1LTEA 1Q8SA 3N35A 3V0BA 5GLUA 3SANA 1CPNA 2HYKA 1A8DA 3AP6A 3U4XA 1Q56A 5IK7A 2F28A 2W39A 3N36A 1NNCA 4FJ6A 2GMPA 1SBEA 4XOGA 2VH9A 5CAZA 3TI3A 4YLZA 1LOFA 4NOTA 2VK6A 5IK4A 3O0WA 2PHTA 2ZGUA 3MW2A 1WLCA 3SH5A 4BMEA 1FYUA 3ALWA 1V3BA 2G4IA 1KITA 4PQ9A 1GICA 5H9SA 3HMYA 4GB1A 4XDQA 1D0HA 1IVGA 4BM8A 1G9CA 2Z42A 1AJOA 3M3CA 1W6OA 3ZXEA 2VVZA 2ZGQA 4BBWA 3WUCA 4KBBA 3SISA 2EF6A 2VY0A 3RRDA 4YW4A 5GLZA 2JKBA 1A4QA 4ZXKA 1Z4XA 3SNMA 4BOWA 1UN1A 3ILRA 1RITA 3N7KA 1AZDA 2YA8A 1QF3A 3ZXFA 1CR7A 1WBFA 2D6MA 1IVCA 3RG0A 4GALA 1W6QB 3W58A 3MEPA 1Q8PA 3K38A 2AUYA 3TI8A 4MWVA 1N1YA 5DUXA 2V73A 4Y20A 4DRVA 3M3OA 1ULCA 4XZPA 4Y1ZA 2DUQA 3M3QA 1AX2A 3KQRA 2A6XA 1SLIA 1VAVA 1ENSA 1V6IA 3T2TA 1GSLA 4MX0A 1B09A 2VXRA 2QWCA 4FPLA 4GWNA 3B69A 5CB7A 1XOGA 1WW4A 3ZXKA 1S0DA 2WSVA 1WCQA 2F11A 4XJRA 4K1IA 3UK9A 4PBPA 2AENA 1G9DA 2GALA 3AZZA 1NMBN 2AEPA 1DYKA 2ZBJA 4FVKA 4FPCA 3INBA 1LOCA 2VSMA 1N3OA 3WHUA 4QN7A 1LOAA 1NNAA 2ZGKA 4ATEA 1USXA 2DU1A 1Q8VA 1VIWB 3K39A 1CONA 1W6PA 2WKKA 2C5DA 1HKDA 5DZGA 1NSBA 4LBOA 1V6LA 3AK0A 3AFKA 4H53A 3ZYRA 2WT1A 1VAMA 5NN9A 3VKMA 1MS3A 1B9VA 4XYXA 3OYWB 2VWDA 1LOBA 4I30A 1N1SA 3FLTA 4ISRA 5CNAA 1L7GA 2ZHNA 3WG2A 4FPKA 4ATFA 5T52A 4U2AA 1DYPA 1JYIA 1KRIA 2F0ZA 3ILNA 2ZHKA 4YW2A 2SLIA 2YA7A 2EAKA 4GWMA 3N7MA 2B8HA 3L2YA 5DG2A 1UL9A 5JOXA 1AX1A 1QDOA 4P9YA 2BF6A 3O0VA 4LBQD 1DQ1A 3H0OA 1KJRA 3ASIA 3OY8B 1LHOA 4XHBA 5T5LA 2ZHLA 2LALA 1G9AA 4Y26A 4GZSA 2VK7A 4GDJA 3W59A 3NSSA 4KS3A 2XB6C 2UWCA 1USRA 3VUOA 4FPOB 5DZFA 1V6OA 1PZ8A 2GMEA 3FFZA 3ZYPA 3H6JA 5IUQA 3CKZA 2P3IA 3V0BB 4JC1A 2ZKNA 2SILA 5M1ZA 2ARXA 4YG3A 2A7AA 5AVAA 5JMCA 1LESA 1IKQA 2OUHA 4TYSA 2ZMLA 2PHFA 1O4ZA 1MS5A 3TICA 1MWEA 2ZACA 4NN9A 4B7MA 5F5QA 4K1ZA 4YFWA 5E89A 3AP4A 1C1LA 5GZDA 2ZA9A 4CPNA 4AWDA 2EXJA 4MWLA 1SLCA 4GEZA 1ENQA 4MWUA 5CA6A 2HTRA 1PZ9A 1VLNA 2R16A 1INWA 2XZIA 1IOAA 1FNZA 3ILFA 3OBTA 4M4NA 4HZWA 2CWSA 1BQPA 2ZGSA 4CZSA 2DWRA 2QWDA 3W09A 3K36A 1N1VA 5KXBA 1C4RA 1IS6A 5HUMA 1F8BA 3INAA 1IVFA 4GDIA 4YW3A 3B01A 4FOYA 1WUVA 1INVA 2ZABA 1W6OB 2ZGPA 4Q6KA 1CVNA 5E88A 2HTYA 3WVJA 2W5NA 4ASMB 2UWBA 1MVQA 1UZZA 1EUTA 4DQAA 1CPMA 4NO4A 2VW1A 4WVWA 3BTAA 3V64A 5GLVA 4HZZA 2F13A 1SO7A 3B3QE 3N7LA 2B7YA 1INGA 3K3AA 5KXCA 2DV9A 3NN9A 4GKYA 3NV1A 2RKCA 1WW7A 1S0CA 5KXDA 3WLUA 4KS4A 1WD4A 1QDCA 1VCUA 1QOOA 4Y20B 3OGGA 4HZYA 3GNEA 2YY1A 3A0KA 4FOVA 3AXEA 3VKLA 4Q2FA 1DQ5A 3FBYA 4XBLA 2DUOA 3LSDA 2DURA 4XXAA 2FHRA 2A70A 1SFYA 2A3YA 1NLSA 1BZWA 2F27A 2ZGLA 2ZGNA 1MVEA 4GZXA 3WDVA 1IVBA 3WZ1A 1FAYA 1SCSA 4Z8BA 3KM5A 3TI4A 2OW4A 4MWRA 4K1JA 1Z4WA 1AJKA 2QWJA 2A3XA 3DUIA 3AZXA 3VKNA 3FUOA 3JUUA 4ISQA 1MZ6A 2HT5A 1V0FA 1ZA4A 2CY6A 2YDTA 4Y1VA 1WLDA 2I2SA 5JLVA 4Y1XA 1W6PB 1V2IA 5GZFA 4K3YA 4IQPA 1RIRA 4QNPA 3AJYA 3I8TA 4LBMA 1DFQA 1GNHA 5HX0A 3D4KA 4M3CE 1RINA 1DGLA 4FP3A 1UX6A 2EXIA 1WLWA 3A71A 1AF9A 3WNXA 3PVOA 1SLTA 4Q1PA 1YI7A 4MC7A 1N3QA 1D2SA 1JHNA 3O5SA 3A72A 2D6NA 4WV8A 1VCJA 3SLIA 2PHUA 1AX0A 2P37A 2PHRA 2A6WA 1W6NA 4C1WA 4AVVA 1G9BA 2D7FA 1LODA 4LBJA 1HQLA 2ARBA 2R0HA 5SV8A 3NV3A 3SILA 5CBLA 2RHPA 1E8UA 2XG3A 4FQ4A 1MS8A 4XXPA 2GNMA 2A6VA 4MWYA 4MZEA 2PHXA 2EXHA 3UL2A 2JECA 4M3CA 1W0PA 1EUUA 2ZGOA 2YA4A 1APNA 3K37A 2BQPA 2F10A 1MS9A 3T1EA 1CESA 4YG6A 2CWMA 5HCFA 5EYXA 1JW6A 1Z78A 2WT0A 1S1AA 2UWAA 5L73A 4CPLA 3D5OA 4FPJA 1ZM1A 4YZ2A 1JXNA 3QLQA 2D3RA 3AYDA 4QN4A 1DLLA 1IKPA 1V00A 4Q26A 2VU9A 4XTPA 1SLLA 2E6VA 1A3KA 1MS0A 3M3EA 1WBLA 1CQ9A 4I00A 4WEGA 3LSEA 2WJSA 2ZMNA 2A5ZA 2WNEA 4YM0A 5JDBA 4XHXA 4XJ9A 2EXKA 3IMNA 3R05A 4KS1A 1G7YA 4XE9A 4R9CA 1HQWA 2WLQA 4XMAA 4JCKA 2VW0A 3WG1A 4C1XA 2GN7A 3USUA 1UMZA 4H52A 2D44A 2HTWA 2ES3A 2R1DA 4BQ1A 5DXDA 4CPZA 2E51A 2FMDA 2P2KA 1HDKA 3AP9A 4M3CF 4FPGA 1YXWA 4AGRA 2HTUA 4XJZA 1YIFA 3C2UA 3AZVA 4LBNA 4ITCA 4K1KA 4GZQA 3ZSLA 1ULFA 3CL0A 1G8WA 4L8QA 4FPFA 4Y1YA 4YZ4A 1NXD1 4DGRA 4UW3A 2JE9A 4K20A 3O9KA 1YO8A 1W1XA 3JU9A 3A4UA 1SNTA 1F31A 4MWWA 1LHNA 2WT2A 4B7QA 3RS6A 4HZVA 3VKOA 1INHA 5GZCA 4XJ8A 3POSA 1V0EA 2YMZA 3B9CA 1LGNA 1LU1A 1UPSA 2NZ9A 2CTVA 2TEPA 4DFSA 2DTWA 3OJBA 4R9BA 2JE7A 1Z4ZA 2HT7A 2JDZA 5DG1A 1URXA 3WDWA 3D12A 1FV3A 1KDKA 1DIWA 1JBCA 1SACA 2DVGA 3NV2A 2GNTA 5FREA 3GALA 1S0IA 1I1EA 3M1HA 2R1BA 4GKXA 2YZ4A 2PHWA 2CMLA 2NMNA 1BXHA 2VSKA 4M4VA 1NMAN 3SH4A 1F9KA 1IS5A 1NN2A 4XBQA 3SH3A 1B9TA 4JF7A 2UU8A 3R4UA 1W0OA 1AXZA 4WZFA 2C4AA 5JYYA 2R49A 4AVSA 1LGCA 5GZEA 1LECA 1S0GA 3NWKA 4YM2A 3ATGA 1W8OA 2D3PA 3H73A 4X6KA 2CNAA 2HT8A 5GJ6A 2DUPA 2GMMA 5H9RA 1L7HA 1GZWA 5GLTA 3O9JA 5DUVA 4UW5A 1NCBN 1V3DA 1Z4YA 1J1TA 3B00A 1OQ1A 1QOTA 2C9AA 1INXA 5IT6A 4XILA 2NMOA 1W6NB 3PVEA 1NSDA 4D8SA 5LK5A 1YRZA 2W52A 3GVJA 3WG3A 4DPNA 4CTEA 4GZPA 4P14A 1LJ7A 4X4AA 5JOYA 4B7JA 5T5OA 3UJOA 4J9TA 4AYUA 1A14N 1BKZA 3IN9A 1GNZA 3NV4A 4BLJA 4M3CB 1F8DA 2E53A 4HZXA 3WV6A 1LU2A 1QNYA 2EALA 5HUGA 3AXDA 5HUNA 4UW6A 4FPEA 4YGCA 4MWXA 4YG0A 4X47A 4YZ5A 1H30A 3V65A 4D69A 1F8EA 3AYEA 2ZAAA 3IKWA 3OBRA 1INYA 1MR5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RVAA 2VAUA 3HR9A 5D9DA 1DQ0A 4IE7A 4PF1A 1NNBA 2V91A 5CFDB 2P6HA 3WNOA 4GN9A 3JB4C 4JQTA 2GDFA 3RSJA 5FOBB 2UY8A 3D8CA 4FPHA 1GZ9A 5FYCA 5EJ3A 5GX4A 2Y6LA 3OEBA 4CDWA 2R063 4GH4C 1CJDA 1FATA 3RZJA 4K8RB 1KS5A 3AP5A 1W8HA 3I3QA 1EAH3 1JOBA 1ENRA 3MLLA 1W3XA 4EN6B 2E7AA 2XR4A 2YA5A 4NN0A 5I0SA 5KHKA 1NKGA 2X5IA 1WW5A 3F2ZA 3BOWA 3KV9A 4QXKA 5IVVA 1IUBA 4GZTA 2YG0A 2PA7A 4EZ4A 4META 5HXMA 4KS5A 2VTXJ 4NC5A 2VZ1A 1YC61 2J42A 2ORXA 4Q8LA 1D7PM 5DQ0A 3TNPB 4Q0SA 4A45A 4LKEA 4YSFA 1RMU2 5DAQA 4Z1VA 1SBFA 2ET1A 1UKGA 1RHI3 1QHDA 2WS92 1W2AX 2HWB1 3MIGA 5FZMA 3VBSC 3WDYA 2FDJA 4BQ4A 1ZZBA 4IE4A 5DMYA 5HPOA 1Z50A 3DKWA 2C4XA 1X9PA 3OPZA 1DU3D 1LHVA 4Y5SA 5C33A 3TI5A 3ZMOA 1DZTA 1BBT2 1RVF3 1UCXA 4DY3A 1GV9A 3CU7A 2DVBA 1T6GC 2WRAA 3SITA 1IVDA 2RS53 4DMIA 2VL4A 3AM2A 3QH7A 4IV1B 1N47A 2ZS6B 4CPOA 4GXLA 1IS3A 4LTAA 2VQAA 3K48A 1OH3A 4K1HA 3USUB 1V9U2 4MWQA 1BJQA 2JDNA 2YV8A 1AR61 4HPKB 2DU0A 1R093 2BGOA 5A7WB 1HLCA 3DV8A 4YVWB 2WZR2 4FQZA 4DINB 4GNAA 1RUC3 2ZB6A 3DYMA 3ALXA 1SLAA 2A3WA 1OHFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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