4XJ8A

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 181
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj8A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj8A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj8A02
4R9CA 1E8TA 2F10A 1D0HA 5IT6A 1V6IA 4UW6A 5M1ZA 4D69A 1U0AA 4XJQA 4GZPA 1HDKA 3VKMA 1QOTA 4MZEA 1X50A 2R0HA 5GLZA 1UL9A 3SNMA 4Q1PA 1AVBA 4KS5A 4AVVA 2HT8A 3ZYPA 3N36A 4M3MA 2ZGOA 1JOJA 2EXKA 1CN1A 5GALA 1DQ0A 3AXDA 1IS3A 1LU1A 3TIAA 1MZ6A 3NV3A 2ZMKA 5DXDA 3NV1A 4Y1VA 1Q8SA 1V6KA 2D6PA 1W6NB 1W6MB 2HTUA 3WDUA 4BM8A 1QDCA 3PVEA 5CBLA 4Y1ZA 3RMXA 2Z42A 3N7LA 3FFZA 3TB0A 1BJQA 4Q8LA 3A0KA 4MZAA 5EYYA 4AVSA 2EALA 2SLIA 2JKBA 1W6OA 2GMPA 3ILRA 4I30A 3ZXEA 2ZGNA 4XE9A 3O0XA 5JOZA 5GM0A 3TI3A 1B9TA 4DGRA 1DQ1A 1CPMA 1SCRA 1FAYA 3VKLA 1V0FA 4NCSA 1KQRA 4IQPA 1W6QB 1YYNA 3D6EA 1G7YA 4GB1A 2P3IA 1SLTA 2YMZA 2UWBA 3SANA 5T52A 2VK7A 2QWJA 4YZ4A 3V65A 1G9BA 2DVDA 2ZABA 3WDYA 4HIZA 1LULA 1N1YA 3WHTA 4XJWA 1RIRA 3ZYRA 2ZMLA 5T55A 2DTYA 2B8HA 4M3CA 3T1EA 4MWJA 3SISA 2UURA 2VY0A 4K1ZA 2A71A 4P9YA 1D2SA 1F8CA 3WUCA 1B09A 1V6JA 3FUOA 1WCSA 4YW5A 2PHFA 2F24A 1H30A 4Y22A 2QWAA 1JHNA 5H9SA 5GLVA 3AJZA 4K1HA 1VCUA 2ZAAA 2CWMA 1XOEA 5DUVA 4B7RA 4ISQA 3NN9A 4KS4A 1S1AA 1SBEA 1ONAA 3K36A 1MVEA 5DUXA 5HCAA 1KDMA 2VUAA 2ZHMA 1N1SA 4GKXA 3V0BA 1INHA 4FPFA 2PHXA 2WT1A 2LALA 3UK9A 2A6ZA 2DUOA 2WNEA 1N1TA 3APBA 5SV8A 1LOAA 1V3DA 4KS1A 5CNAA 1FV3A 1V6MA 4BOWA 3ALXA 1INXA 3D4KA 4AGGA 3IM0A 5HUNA 2VVZA 2EF6A 2GMEA 1PZ9A 2VXRA 1LOFC 1CQ9A 4M4UA 2WLQA 5HUGA 1Z4ZA 4NC5A 2VW2A 4XMAA 4MYEA 5DZGA 4PBPA 1GV9A 4GWMA 1WD3A 4XJZA 3K3AA 2ZGUA 4HZVA 2E51A 2YZ4A 1W6NA 1HKDA 1ULDA 1W6MA 1ULGA 1G9CA 2HU4A 3ZPYA 5DUUA 3TIBA 5IUQA 3T1MA 1ZA4A 1MVQA 2ZGTA 3ZSMA 3ENRA 4LBQB 4BQ1A 3ZSKA 2F27A 1WUVA 2DU0A 2R0FA 1CR7A 3OJBA 1WW5A 5T5LA 2JDZA 2HTWA 2X9MA 5NN9A 3SH4A 4U36A 4P9WA 2DURA 2D6LX 3AYEA 4HANA 1LODA 1W6QA 3IN9A 3WLUA 1YRZA 2GDFA 4MWQA 2D3PA 2DVFA 1INWA 1DYPA 3VKNA 4AVTA 3TI8A 4Q6KA 3RQ0A 1GZCA 3R05A 1UN1A 4CPMA 2W68A 3GVLA 4BLJA 4GJTA 5GLTA 3Q9OA 5FREA 4XHBA 1NCCN 3FLRA 1B9VA 1WBFA 2XZKA 4YW3A 3I8TA 1H9PA 5JMCA 2QWEA 3IMNA 4DRRA 3JUUA 4R9AA 2FMDA 5EXOA 3U4XA 3B01A 1GKBA 1ENRA 4LBJA 4YZ1A 5KXCA 4FJ6A 3WDXA 1V2IA 4MJUA 3JU4A 4JC1A 4K20A 2F13A 2E53A 1INGA 1LHVA 2YV8A 1IVBA 1GANA 4YLZA 4Q27A 1S0IA 1S0JA 4YM0A 4GZXA 3B7EA 4FPCA 1WW4A 4M3CB 4YGDA 4HZZA 1S0BA 3OBTA 1ULFA 4Y24A 2AENA 3AX4A 1LOBA 3VKOA 2EXIA 3R4SA 4YM2A 1WLWA 4YZ5A 4YFWA 2GNDA 3PJQA 4WVWA 2B7YA 1WW6A 1FX5A 1NMAN 2DWRA 4WA3A 4LBNA 2P3KA 4Y22B 2D43A 1V6OA 1HLCA 3UL2A 5GZDA 4K1IA 1V3EA 1USXA 4RA0A 5DG1A 3A72A 4XIOA 4FZHA 2ZGQA 4K21A 4U2AA 4K1JA 3SITA 5EWSA 4JF7A 2JE9A 2BQPA 2OUJA 4GEZA 3B9CA 1XOGA 5GLUA 1JN2P 1NSBA 1ULCA 2ARXA 1DIMA 1WLDA 1NNAA 3BEQA 4CPOA 1OFSA 5LK5A 1JYIA 2ZKNA 5H9PA 2PHRA 1E8UA 2CYFA 4AGRA 1VALA 2VSMA 1VAMA 2JECA 1V3CA 2QWFA 4XBQA 3RS6A 1LEMA 1LEDA 3ZXFA 1EUUA 2ZGPA 3OY8B 5JLVA 4AGVA 1AJKA 3MPPG 5H9RA 2YA6A 3INAA 4XHXA 4LBQA 4YW2A 2ZZJA 4FPJA 5KXDA 1LOFA 2DUQA 1LGNA 2YA5A 6NN9A 3TICA 1G8WA 1A3KA 2ZHKA 1NN2A 4GXLA 2CMLA 3O12A 1LTEA 4LBMA 1RINA 4X47A 1FNYA 3WOGA 1YIFA 4CPLA 1G9FA 4ISRA 2D6KA 1EUSA 2HT5A 1MS1A 2PHWA 2A5ZA 1IVCA 3BODA 4XBLA 3SILA 1GNHA 1V6NA 1YI7A 3H73A 5CB7A 2ZGMA 1B9SA 4XBNA 3MEPA 3SALA 2WKKA 1UZYA 4GZSA 4CPNA 1SACA 1Z50A 4FPLA 1Z4XA 4GDIA 1EURA 4MWYA 4M4VA 3B69A 5HCFA 4XYXA 2P37A 1F8EA 1NCBN 1GNZA 4D8SA 2DVBA 2A3XA 1Q8PA 3H72A 2QWKA 3GVJA 2D3RA 3NWKA 5GJ6A 1IOAA 1AF9A 2DTWA 4TZDA 1QMJA 1I1EA 5E89A 1O4ZA 2DYCA 1VIWB 3LSEA 2AEQA 2W5NA 4ZXKA 4B7MA 1V00A 5L73A 4H52A 5IK5A 2XG3A 5T50A 3D11A 1MS9A 2ZACA 3ASIA 4XJRA 2HT7A 1QNWA 2ES3A 2YA8A 1GBGA 4GALA 3M3CA 3IPVB 1N1VA 1YXWA 3CL2A 3V64A 4XOGA 3O5SA 4Y26A 4XJAA 3POWA 1NSCA 2SBAA 3RRDA 3A0NA 5KXEA 2A75A 4YM3A 1F9KA 1FYUA 2A6WA 3ZVXA 4FOQA 1LHNA 2NN8A 3PVOA 1Z4YA 4X49A 2RKCA 3FLTA 2AH2A 2ZMNA 1GSLA 1APNA 1AJOA 1L7FA 2A70A 4MC7A 2CL2A 2FHRA 1JYCA 1W21A 3LCPA 2F0ZA 3O9KA 3PVNA 1W1XA 3M3QA 1QF3A 3ZXKA 3NV2A 1G9AA 1CONA 2AR6A 5DZEA 2EAKA 2YA4A 2E6VA 1WCQA 4WVVA 1V6LA 4Q1RA 4YG3A 1DZQA 4BMEA 4GZWA 2R49A 1QDOA 3N7JA 4JCKA 5E88A 4HL0A 4XTPA 3AZYA 1IKPA 3RSJA 1FNZA 2D6OX 3VV1A 4DQAA 3OY8A 5GZGA 3OGGA 2F12A 2ZGRA 2EXHA 2ZBJA 1MS5A 2D7FA 1IS6A 1GYKA 2W38A 1UKGA 1CPNA 1SLCA 1LECA 2GALA 4K1KA 3SH3A 3O9JA 3ZSLA 4CRQA 1Z0HA 4Y1XA 4B7QA 4NOTA 2QWIA 3WV6A 4R9DA 5KXBA 4Y20B 4YG0A 3O0VA 1QOOA 4YFZA 1NMCA 4YGBA 3WUDA 1KDKA 1C57A 4XZPA 2DVAA 4F83A 2NMNA 2VK5A 3GALA 1NCDN 5T54A 5T5PA 1CIWA 2D6MA 3MW4A 1LESA 1UMZA 3RG0A 3K38A 4XIKA 3WDWA 1Q8QA 1A78A 2YDPA 2ZGKA 2EXJA 1F31A 5EYXA 2VU9A 2F29A 5JOYA 1IVEA 2PELA 4B7NA 1AXYA 3WDTA 3AK0A 4QNPA 2UWAA 1G86A 3I4IA 2E7TA 1EUTA 1L7HA 1DQ6A 2AUYA 2HTYA 4P9XA 3M3EA 2F25A 1Z4VA 2D44A 1LHOA 3AZZA 1GZWB 1WLCA 1NNBA 3W58A 4AWDA 2W5OA 1NMBN 3OPZA 2GNTA 1OKQA 4YW1A 3VKFC 1R1ZA 3USUB 1JW6A 4QN6A 3ALWA 3TI4A 5IK7A 5GZCA 2ZHNA 3ZXLA 4YGEA 1SBDA 3WNXA 3IPVA 1O4YA 5JDBA 1QNYA 4PCRA 3IKWA 2C4AA 3CKZA 1VCJA 2R1DA 4FPEA 1TEIA 1L7GA 2XCYA 4FPKA 4LBKA 3OBRA 3POYA 1E8VA 4DS0A 1S0DA 4ATEA 2UWCA 5F9TA 1JUIA 3V0AB 4C1WA 1F5FA 2EIGA 2P2KA 2HTRA 4MWRA 2D6NA 4W65A 1BJIA 4FQ4A 1W8OA 1MACA 5CA6A 1LU2A 2HYKA 4M3CF 1ENSA 1IS4A 5JYYA 4R9BA 1VLNA 4CZSA 4GA9A 1BXHA 3OYWA 4ITCA 4FPGA 4BPZA 1N3QA 1W6PB 2E7QA 1A4QA 2YA7A 4HZYA 1WD4A 4GDJA 2ZGLA 1C1FA 4FOYA 2HTVA 4FOVA 2CTVA 4L8QA 4XXAA 1IVFA 1ZM1A 2AYHA 3WG2A 1DQ2A 3ZXJA 1UAIA 3K39A 5HX0A 1NCAN 3WCSA 4H53A 5JOWA 3N3HA 1S0FA 4FPOB 1CVNA 3L2YA 2WSUA 3QLQA 1LOEA 4B7JA 2NYYA 1DYKA 4Y20A 3AP4A 1YO8A 3MW3A 4FVVA 4FPYA 2XZJA 1LGCA 1LCLA 2OVUA 1C4RA 2BATA 3NV4A 2NMOA 5AVAA 3H0OA 4JRAA 4MWXA 4K3YA 4CPYA 4NN9A 4BMBA 2QWGA 2AREA 1V3BA 5H9QA 2CWSA 2JE7A 1KRIA 1W8NA 1NLSA 1MS3A 2NZ9A 2R1BA 3SLIA 1DIWA 4MWVA 1WBLA 1NSDA 2SILA 2ZB6A 2WQZC 4FP2A 4LBOA 4CPZA 5T5OA 3CYEA 2A6XA 1GICA 5BYNA 3RMYA 3AZVA 2YROA 3D12A 4XJ8A 2I2SA 2OW4A 1MS4A 3O0WA 3T1LA 3AYAA 2GN3A 1MR5A 4YGCA 4OZXA 3ZSJA 1AX1A 1GZWA 4Y1UA 1DHKB 1SLAA 2DU1A 4XILA 2OUHA 3T2TA 4WZFA 5DG2A 2NP0A 2GMMA 3USUA 1QU0A 1IKQA 1AXZA 1SCSA 1AZDA 2C9AA 3FBYA 2ARBA 4ATFA 3AFKA 3AYDA 1IS5A 3HR9A 3CL0A 4ZKTB 3A4UA 4WA5A 1KJRA 2HU0A 4YW4A 4Z8BA 4PQ9A 4UW3A 4QN5A 4GZQA 1PZ7A 3ILFA 4J9TA 4FPHA 2XB6C 1Y7BA 3GVKA 2Q5TA 2VK6A 4YZ2A 1J1TA 3M3OA 3FUQA 3V0AA 4ASMB 1SBFA 1WW7A 2AEPA 1BYHA 3KM5A 3AP6A 4QN3A 2QWCA 1F8DA 1FV2A 4Q8KA 3B3QE 4DFSA 1VAVA 2GNMA 2P34A 2NM1A 1CJPA 2XZIA 1DBNA 2SIMA 1KITA 3ATGA 3A71A 3AXEA 5CAZA 4UW5A 4GKYA 3WG1A 2DVGA 2ZGSA 3WHUA 4MWWA 5FRAA 1ENQA 5F5QA 1W6PA 3K37A 1AXKA 2W08A 5GZFA 3WG3A 1S0EA 4GZTA 4HZWA 1BKZA 3BTAA 2W39A 2F28A 2DUPA 1DGLA 2A7AA 2A6YA 1W0OA 5IK4A 2R16A 3QCWA 5HCBA 2KM2A 4WEFA 3OYWB 3N7KA 2RHPA 5DZFA 2VH9A 3AZWA 4PF5A 3JU9A 3CNAA 1NXD1 1UZZA 3FLPA 2BF6A 2LTNA 3HMYA 1AX2A 2BERA 3DUIA 4XTMA 1LJ7A 1C1LA 2YDTA 2JD4A 2QWDA 4LBQD 3WZ1A 1INFA 4MJVA 2AGSA 1HQLA 3WVJA 4MWUA 1PZ8A 4HZXA 2QWHA 4M4NA 2F11A 4M3CE 4FP3A 4FOWA 1JBCA 4AYUA 1SLIA 2P3JA 1I3HA 4XMIA 1S0CA 4FVKA 2CY6A 1KJLA 5E8AA 5T5JA 3ILNA 3D5OA 3AJYA 4XJ9A 1A8DA 1MZ5A 3WG4A 1INVA 1LENA 4XJUA 1DQ4A 4KBBA 4MX0A 4C1XA 3WDVA 1IVDA 1HQWA 2A3YA 1SLLA 2V5YA 1LOGA 2W20A 3MW2A 1XQNA 1SLBA 2QWBA 4KS2A 3H71A 2H0BA 3M2MA 3GNEA 4WV8A 7NN9A 2WT0A 1BQPA 4DRVA 3R4UA 4DPNA 4XDQA 5JOXA 3W09A 2D3SA 2CNAA 2WT2A 1Z4WA 5B2DA 1A4GA 1QGLA 5HUKA 1A14N 4YZ3A 1FATA 3BIWE 1USRA 2A3WA 3AYCA 1EPWA 2ERFA 4BLIA 3TI5A 4LBLA 1V0EA 2GNBA 1W20A 2VW0A 1MWEA 1JXNA 3DGTA 5GZEA 2VWDA 4H55A 1RITA 3SH5A 1LHWA 2F26A 2WJSA 4Q26A 4MWLA 2DV9A 1CESA 1W6OB 2VW1A 1DLLA 1INYA 2GN7A 1LHUA 3KQRA 1G9DA 2ZB5A 2G4IA 3WCRA 4Q2FA 1SFYA 4M01A 3UJQA 3INBA 3B00A 3AP9A 5GLWA 4SLIA 4GWNA 4RL7A 2HTQA 2WSVA 4GZOA 1MS0A 4YG6A 3W59A 2YXSA 1UPSA 3N7MA 4BBWA 1SO7A 1GZ9A 1BZWA 1DFQA 3POSA 1NNCA 3NSSA 4Y1YA 4X6KA 4NO4A 4TYSA 5HUMA 3PMEA 1S0GA 2ZHLA 2PHUA 1AX0A 1DQ5A 3TAYA 5IK8A 5JVVA 3H6JA 4WEGA 1SNTA 4I00A 4FQZA 3M1HA 4M00A 1OQ1A 2PHTA 1GLHA 4XXPA 2VSKA 4WA4A 4QN4A 1Q8OA 1MS8A 1URXA 4PBOA 3HN1A 3LSDA 1N47A 4QN7A 1N3PA 1ULEA 2A6VA 1N3OA 3AZXA 4K1YA 1H9WA 5DUWA 2UU8A 2BZDA 1QOSA 1W0PA 3C2UA 4YM1A 3BOPA 1LOCA 1IVGA 4P14A 4UW4A 4KS3A 1Z78A 3AP5A 2C4LA 3VUOA 2V73A 1UX6A 4X4AA 3N35A 2JJ6A 5B2CA 3TI6A 3AP7A 2TEPA 2ENRA 1Q8VA 1QKQA 3V0BB 1DILA 4CTEA 1Q56A 4UF7A 2ZA9A 1LGBA 2C5DA 2W52A 3UJOA 1F8BA 2YY1A 1V0ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUXA 4R9CA 1E8TA 2F10A 3B7MA 3E6DA 1SG3A 1FPN1 5D9CA 2PLV2 3NNMA 3HOBA 4FFHA 2VE1A 2QQWA 4Q4Y3 1D0HA 1HN1A 4YSFA 5IT6A 1XU1A 1V6IA 4UW6A 2JG9C 3JBG2 3SEEA 5M1ZA 4D69A 5JR2A 4UOUA 4GH4C 1W8ZA 1SPPA 1U0AA 2B9VA 3IMMA 4WM8B 4UF0B 4GZPA 4XJQA 5DABA 3VDDA 4NUBA 3WNKA 1JS9A 1HDKA 3VKMA 4UBGA 1U5IA 1QOTA 2YG0A 4MZEA 1X50A 2GP5A 3R4DB 4IEVA 2PTMA 3NJZA 2R0HA 4MO3M 1UY0A 1UZ0A 2CDPA 4FFFA 5GLZA 1PK6B 1UY4A 4NWVA 1PO12 4BWOA 1UL9A 3SNMA 5JAXA 4Q1PA 4TLFA 1PVC1 2RR13 1E57A 1SZBA 1AVBA 4KS5A 3JQXA 4LE4A 4AVVA 2HT8A 2UY9A 1ULOA 4XURA 4L11A 5FYHA 3ZYPA 4MHUA 1O7FA 5GX3A 3N36A 1YQ6A 3NL1A 3OBZA 1IPKA 4GJZA 4R8HA 2ZGOA 4M3MA 2E32A 1JOJA 5T3NA 1PGSA 2ZEYA 1KS5A 2EXKA 3M70A 1CN1A 5GALA 1C8M2 5L9RA 5IW0A 4UAPA 4RR3B 1XYNA 5IVBA 1DQ0A 4XUOA 2ZX3A 2IAWA 3AXDA 3WNMA 4GMP0 1IS3A 1LU1A 2PFWA 1MZ6A 3TIAA 3SCHA 3NV3A 2HWE1 2VG9A 2ZMKA 4PT6A 5DXDA 2QZ2A 4OYUA 3VBHB 3RPQA 3OOXA 5LEJA 1TMF1 1FPN3 3NV1A 5B4XA 3POFA 4NIGA 5A3OA 4A7YA 1O3SA 2ZX0A 1Q8SA 1V6KA 4HK9A 4Y1VA 5F3CA 2D6PA 4PDWA 4BQ4A 1GP6A 4JGYB 3S0MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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