4XOGA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and dana
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 193
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xogA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xogA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xogA02
1W6PB 4R9DA 2GNTA 3AZVA 2BQPA 1QOSA 4M4NA 2XG3A 3WDYA 3A71A 5GZDA 2B8HA 4D69A 4MWVA 4CRQA 3PMEA 1IKPA 1KQRA 2OW4A 4ZXKA 4ASMB 3TICA 1W6QA 2I2SA 4UW6A 3M3EA 3INBA 1F5FA 1Q8QA 1V6KA 1Q56A 2WLQA 2HT8A 4MWYA 1W0PA 4U2AA 3SLIA 3ILFA 3NSSA 4FVVA 3V64A 3RMXA 5GLTA 1LOGA 5HCFA 4YM2A 1S0JA 2CWSA 3NWKA 2A71A 1SCRA 2AH2A 1VCUA 2B7YA 3TI4A 3ILNA 4DRRA 1MS5A 2DVFA 1F8BA 3HN1A 3ALXA 4UW5A 2C9AA 1ENQA 4Y20A 5GLVA 3FBYA 1QMJA 3WV6A 4XYXA 1Q8OA 2CYFA 1UL9A 4UW3A 4B7MA 4DPNA 2DTYA 3WG1A 4NOTA 2D3RA 1I1EA 3BIWE 1INWA 1B9TA 1Z4ZA 1UZZA 3RG0A 4Z8BA 3JU9A 1W6QB 3O12A 1KRIA 2ZGPA 3WHTA 2RHPA 3WDXA 4AGVA 2ZACA 3AP6A 2JE9A 4AVVA 1NSCA 1N3QA 3H71A 2ZB6A 4DGRA 2F0ZA 2A3XA 2A7AA 1N3OA 3WG2A 3AP7A 3LCPA 2E7TA 4QN3A 1VALA 2OVUA 2UWBA 4MZAA 3ZXFA 2UU8A 3BOPA 1V6NA 3SISA 2EXJA 1HLCA 3LSDA 1YO8A 3RS6A 5BYNA 1VAMA 1V3EA 4R9BA 2ZGNA 1YRZA 1DQ4A 2VUAA 3N7KA 4Y1XA 3MPPG 1AZDA 4YGBA 1G86A 2ZHNA 4FJ6A 1ULDA 4HZYA 3AFKA 3MW2A 1W6NA 1DHKB 3CNAA 3WLUA 4NCSA 2W08A 2TEPA 2A3YA 4K1KA 1JN2P 4XJ8A 1DFQA 3VKNA 3USUB 2Q5TA 4FPGA 3ZSKA 2GNMA 4B7QA 1D2SA 1INXA 3OBRA 2NYYA 1V6JA 4Y24A 5AVAA 5DUVA 1V0EA 1ZA4A 3U4XA 2A70A 5T54A 4YGCA 1V6IA 3B9CA 4BBWA 2NZ9A 1MS3A 3FUOA 4CTEA 1NN2A 1ULEA 5HCBA 1Z78A 4FQ4A 5T5JA 1H9PA 2ZMKA 1UZYA 4Q27A 1LOCA 4H52A 5CNAA 2F13A 1W6NB 3AYAA 4HZVA 2EXHA 3IN9A 1FNYA 3PVNA 5E89A 4XILA 5CB7A 3AJZA 1QNYA 3O5SA 3N36A 1AVBA 4M4VA 1WCSA 4WA4A 2XZIA 5DZEA 4ISRA 4Q8LA 1B09A 3HMYA 1LHVA 1Z4WA 1EUTA 2QWJA 3L2YA 1E8VA 4AYUA 1MR5A 3ZSMA 3GNEA 4K1ZA 5F9TA 4CPYA 1F8CA 1QNWA 1O4YA 3N35A 3WCSA 4DRVA 2CMLA 1A3KA 1NNAA 4YZ4A 4XXPA 5GLUA 5DXDA 1SLTA 2NMOA 1NCAN 2YXSA 5DG2A 4BMBA 1LOFA 1AXKA 1GYKA 3NV4A 2R49A 1MS9A 1S0DA 3K37A 3T1EA 4HZXA 3IKWA 4BMEA 2HU4A 2HTRA 3WG4A 1AX0A 2VU9A 3CYEA 1LHNA 4YFZA 4KS2A 4XXAA 2DVAA 2ZHKA 4GWMA 2ZHLA 2ZB5A 4J9TA 3ZPYA 1S1AA 5T50A 4FZHA 1YIFA 5GZFA 1F9KA 2NN8A 1FX5A 4MWJA 3TAYA 4YLZA 2F11A 5CA6A 2ZGQA 5B2DA 1LEMA 2UURA 3ATGA 1A14N 4Q1RA 1FV3A 2VWDA 2XB6C 2ZGLA 3IPVB 3AJYA 4K1YA 4M4UA 1CONA 1LENA 4YM3A 4ZKTB 3POSA 4AGRA 3VV1A 2QWHA 5EWSA 4GALA 1N47A 3AZXA 4WV8A 1BQPA 1L7FA 1IKQA 2UWAA 3A4UA 1G9DA 3SH3A 1DGLA 4GZSA 2DUQA 4I30A 1QU0A 1S0GA 1YYNA 4YZ5A 4Y1VA 4GKYA 1IS6A 2OUHA 3UJOA 2GMEA 1VCJA 1RITA 3R05A 3T2TA 2G4IA 2W38A 3WVJA 1W6PA 4HZWA 1DBNA 2WJSA 4CZSA 1L7GA 2QWEA 3UJQA 1MS8A 3PVOA 5M1ZA 5SV8A 3AZZA 1W21A 4BOWA 2YV8A 3SH4A 4GXLA 1DLLA 1LULA 3D5OA 1UAIA 1ULFA 3ZYPA 2GN7A 2AREA 2F12A 2VW1A 4FP2A 1GSLA 3AYDA 4HL0A 3M3CA 4XMIA 3O0VA 5HUKA 3WCRA 1XOGA 3OBTA 4P9XA 1NSBA 5CBLA 2AGSA 3FLTA 1QKQA 4MWLA 3MW3A 1SO7A 1W8OA 1N1TA 1N1YA 1N1SA 1UPSA 2DURA 2V5YA 2A5ZA 2QWKA 2W5NA 3O9KA 4R9AA 2GNDA 2GN3A 2F27A 2W52A 1NXD1 3RQ0A 4TYSA 2D3PA 4MYEA 4YW5A 4WEFA 2QWBA 1MZ5A 2ZABA 2BATA 1V6MA 1SBFA 2EXKA 1QGLA 2P37A 3N7JA 4MZEA 2DUOA 2ZGSA 2D43A 4MWQA 2YZ4A 4ATFA 1LESA 2VK6A 5IK5A 1CJPA 4YW2A 1CN1A 4YG0A 2R0HA 1LEDA 1HDKA 4FPEA 4K20A 4CPOA 1AXYA 2WKKA 1LGNA 2GNBA 2WNEA 2DVGA 2VVZA 4XBNA 5LK5A 1V00A 4KBBA 3SITA 4I00A 4ITCA 5KXCA 2ZKNA 2PHTA 1QDOA 1AX2A 3H0OA 2XZKA 4QN4A 4FPOB 1LTEA 1UN1A 4RL7A 1FNZA 1VLNA 2CTVA 2F25A 1U0AA 3AZWA 3CKZA 1WLWA 2QWGA 1SLLA 1Q8VA 2OUJA 5GALA 1GZWB 2D6KA 2WT1A 5NN9A 1VAVA 1C4RA 3ALWA 1S0EA 2D6LX 2EIGA 1V3DA 1BJQA 4DS0A 5DUXA 5T55A 2AR6A 1C1FA 3D6EA 1Q8PA 5JVVA 4GJTA 1BYHA 3USUA 1V2IA 2HTVA 2ZA9A 1S0CA 5GZGA 4YG3A 1RIRA 3K3AA 5IK4A 3VKFC 2A6VA 1WW5A 5E88A 3BTAA 1IS4A 4XJWA 2DV9A 2CY6A 1A8DA 1CVNA 4MWRA 3A0NA 1ULCA 3LSEA 4X49A 3M1HA 1AXZA 4UF7A 1S0BA 2P3JA 5JDBA 1C1LA 1GICA 2PHXA 4QN7A 2W20A 2P3IA 2JKBA 2D6OX 1OFSA 2VK7A 2YA4A 4CPNA 4K1JA 2AUYA 2NMNA 2NP0A 3ZYRA 1WCQA 2WQZC 3BODA 2LTNA 1WLDA 1LU1A 2YA8A 3WHUA 1NMCA 1V3BA 5EYYA 3GVJA 3MW4A 1G9BA 1F8DA 3VUOA 1AF9A 4LBKA 2WSUA 4QN5A 1JOJA 3R4UA 1LU2A 2ZZJA 4HZZA 1EUSA 1AJKA 1JUIA 2ES3A 4LBOA 1INYA 2JE7A 2JDZA 3TI3A 4GWNA 4GZQA 4XMAA 3OYWA 3GALA 2DYCA 3SANA 3OY8B 1BZWA 4M3CF 3K36A 4Q26A 3NN9A 1DQ0A 1LOFC 2PHWA 1BJIA 2BERA 3W59A 1CR7A 1OQ1A 2GDFA 1W0OA 5IUQA 2D6PA 2ENRA 2D44A 4YZ3A 1USRA 1INHA 4FPKA 5T5OA 4MWWA 2PHRA 1BXHA 4B7NA 2ARXA 1IVBA 4GZTA 3I4IA 3WDVA 2R16A 4K1HA 3WNXA 3AXEA 2E51A 2VK5A 4HANA 1NLSA 1LGBA 1SACA 4HIZA 1A78A 4NC5A 1V0ZA 4YZ2A 3OYWB 2YA6A 4YGEA 1IVGA 3IPVA 5FRAA 5JOXA 1G8WA 1GBGA 1FYUA 1GZ9A 1F31A 2D7FA 6NN9A 1GLHA 1DZQA 2ZGKA 1JBCA 4XJQA 3KM5A 5T52A 3ZXKA 3TIAA 4FPFA 4XOGA 4GDIA 1W6MB 4X4AA 4LBQD 4M00A 1N1VA 4BLIA 1NNBA 1MS4A 1W20A 2QWFA 3FLPA 4YW4A 4K3YA 3T1LA 2CNAA 2F29A 1AX1A 5DUUA 1S0IA 3T1MA 2W5OA 3WZ1A 4FVKA 2F24A 4XDQA 2D6NA 2FHRA 3O9JA 3N7LA 4XJUA 3M3QA 3AP5A 3ZXJA 2HTWA 1Z4YA 2CL2A 4WVVA 4K1IA 1WD3A 2EAKA 2EALA 2C4LA 1MWEA 5KXBA 3AXDA 3WUCA 4KS4A 4P14A 1JYCA 1FV2A 1EURA 4M01A 2ARBA 5DZFA 4U36A 4FQZA 1URXA 2P2KA 4PBPA 1NCCN 5GZCA 1GNHA 1Q8SA 2DUPA 1QOTA 3AYCA 2CWMA 5JYYA 4LBQA 4YFWA 3AYEA 1F8EA 2FMDA 2SLIA 4WVWA 2F10A 2C5DA 5CAZA 1KDMA 3SNMA 3PVEA 4WZFA 1S0FA 1V6OA 1WBLA 1QDCA 1JW6A 1VIWB 2GMMA 1W6OB 5GLZA 4P9YA 4JC1A 2E53A 4YW1A 7NN9A 2W68A 1V3CA 4FPHA 3AZYA 4XTPA 1DIWA 2AENA 1KJRA 2R1BA 2QWCA 4MC7A 4YG6A 1V6LA 5KXDA 5T5PA 2F26A 4DFSA 4XZPA 5E8AA 1SNTA 3NV3A 2C4AA 4PBOA 2EF6A 3PJQA 1NNCA 4BM8A 4IQPA 2VY0A 3FUQA 4MWXA 5HUNA 2DU0A 1JHNA 4LBQB 3WDWA 3B7EA 2AEQA 3AX4A 1DYKA 2YMZA 1WLCA 1SLCA 2XZJA 3ZSLA 5JOYA 4Q6KA 1LHWA 2HTYA 3CL2A 4GDJA 1SLBA 1KDKA 4WA5A 2QWDA 1MS1A 4YM1A 4FP3A 1CESA 1E8TA 4NN9A 1LHOA 3OGGA 1XOEA 1Z4XA 1DIMA 2SBAA 4GEZA 4XTMA 1LOAA 1A4GA 4YZ1A 4FOVA 5H9SA 2A6WA 2R1DA 4M3CB 1Y7BA 4XIOA 4DQAA 5JOWA 4W65A 1OKQA 4KS3A 1GZWA 1EPWA 4Y26A 3RRDA 2P34A 1KJLA 4WA3A 1W1XA 5IK8A 1X50A 1IOAA 1DQ6A 2ZGRA 3NV2A 4XJRA 1LHUA 4CPZA 4XJZA 2ZAAA 3M2MA 2A6ZA 2E7QA 1PZ9A 4XBLA 1SBDA 2HT5A 4SLIA 5JMCA 5T5LA 1YXWA 3QLQA 5KXEA 4Q8KA 1IS3A 4Y22A 1QF3A 4GZOA 3V0AB 1DQ1A 4FPJA 2WT0A 3TI8A 1LECA 3FFZA 4Y1ZA 2PHUA 2GMPA 2P3KA 4KS5A 3A0KA 4MJVA 1INGA 4NO4A 4GKXA 4Y1UA 1HKDA 2PELA 1XQNA 1B9SA 4WEGA 5HCAA 4YGDA 1APNA 1G9CA 4JF7A 3TIBA 5GLWA 1ZM1A 4X6KA 1ENSA 3V65A 2DU1A 2ZBJA 2BF6A 4LBMA 3ZSJA 5IK7A 4TZDA 5H9PA 5HX0A 3B01A 3AP9A 1HQWA 1LJ7A 2ERFA 2AYHA 4BPZA 1EUUA 1MACA 1UKGA 3NV1A 3ENRA 2YA7A 4M3MA 1MS0A 1MVQA 4Y22B 2X9MA 2UWCA 2LALA 3O0XA 3WDTA 2JD4A 5JLVA 4XJ9A 4FPCA 1A4QA 4BQ1A 1YI7A 4K21A 1LOBA 3WDUA 3RMYA 2YDTA 3VKMA 4AWDA 1WBFA 3OY8A 4Y20B 3IM0A 3ZXLA 5EXOA 4AGGA 1PZ8A 3M3OA 4B7RA 3JU4A 5JOZA 2SIMA 5L73A 1O4ZA 5HUMA 1Z4VA 2VSKA 2HTUA 1WW7A 1WW4A 1IVCA 4FPYA 4AVTA 3INAA 2D3SA 4ISQA 2HYKA 1WD4A 3SH5A 5DZGA 1R1ZA 1DYPA 1V0FA 3W09A 1LGCA 2YA5A 2GALA 1QOOA 1RINA 3ILRA 4FOQA 1SLIA 5EYXA 4LBNA 1J1TA 1Z50A 4LBLA 5B2CA 4LBJA 1WUVA 1B9VA 1GV9A 2DWRA 2KM2A 3N7MA 2Z42A 4YM0A 4XHXA 1UX6A 3HR9A 3SALA 4X47A 4QNPA 1MZ6A 1SCSA 3N3HA 4F83A 1NSDA 4C1XA 1G7YA 4H53A 3WUDA 1W6MA 3UK9A 5DUWA 1ONAA 4D8SA 4XE9A 1PZ7A 3JUUA 3VKLA 1DILA 1HQLA 1LCLA 2A3WA 1CQ9A 2ZGTA 4XJAA 4KS1A 1I3HA 5IT6A 4L8QA 2RKCA 1H30A 3POWA 3W58A 3ZXEA 1C57A 1BKZA 3POYA 3OPZA 2VSMA 2YDPA 2PHFA 3B3QE 1NMBN 4YW3A 3VKOA 4UW4A 1L7HA 1D0HA 3AK0A 1SLAA 3I8TA 2VW0A 1G9FA 3H73A 3A72A 4ATEA 4CPLA 1TEIA 2SILA 1H9WA 4FOYA 3H72A 3K38A 1INVA 4B7JA 2VXRA 4MWUA 1ULGA 4GB1A 3DGTA 3V0BA 2YY1A 1DQ5A 3FLRA 2A6YA 4GZWA 4QN6A 3MEPA 3O0WA 5F5QA 2A75A 4MJUA 3KQRA 4GZPA 1Z0HA 3CL0A 1W6OA 2QWAA 5GZEA 5DG1A 2ZHMA 2ZMNA 3Q9OA 4C1WA 1AJOA 4M3CE 4Y1YA 2NM1A 3H6JA 4H55A 1CPMA 3TI5A 1GNZA 1IVDA 3GVLA 5FREA 5H9RA 3WOGA 2W39A 3B69A 1INFA 3D11A 2BZDA 1CPNA 2WT2A 3IMNA 1IVEA 2ZGOA 2A6XA 4JRAA 4XBQA 2ZGMA 3DUIA 4Q1PA 3D12A 3V0BB 1LOEA 4GZXA 2ZGUA 3ASIA 4OZXA 1KITA 3K39A 3WG3A 3R4SA 1FATA 2ZMLA 3SILA 1IVFA 4PF5A 2DTWA 3B00A 4Q2FA 2AEPA 2YROA 2DVBA 3TB0A 3TI6A 4FPLA 1NCDN 3BEQA 1G9AA 1GANA 2HTQA 1USXA 5GJ6A 2E6VA 3UL2A 4FOWA 3APBA 1SBEA 1DQ2A 3AP4A 3OJBA 1GKBA 2D6MA 1NCBN 4P9WA 4AVSA 2F28A 4M3CA 4RA0A 2HU0A 5H9QA 1E8UA 2VH9A 3GVKA 5GM0A 4R9CA 2H0BA 2V73A 1WW6A 4CPMA 5HUGA 4XIKA 2QWIA 2JJ6A 1CIWA 1NMAN 2HT7A 3ZVXA 3C2UA 1IS5A 2VW2A 3QCWA 2XCYA 1UMZA 2DVDA 4XHBA 1JXNA 1MVEA 1ENRA 2WSVA 1LODA 1N3PA 1FAYA 4JCKA 4MX0A 4GA9A 3RSJA 2JECA 3V0AA 2R0FA 4PCRA 1W8NA 1GZCA 4PQ9A 2EXIA 1SFYA 1JYIA 4BLJA 3D4KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W6PB 4R9DA 3ZYIB 2GNTA 4LKFA 3AZVA 1ZZ6A 2BQPA 2WZEA 3MLKA 4K9SA 3ZXDA 1QOSA 5EO8A 2EA7A 5FPXA 2XG3A 4M4NA 1P8JA 1PO23 3WDYA 4DO0A 3E6BA 3GZAA 1WCDJ 3I2FA 4XW3A 2QWJA 3A71A 4YVWA 2VZVA 5GZDA 1IUBA 4DUXA 1K5MB 2B8HA 3CJIA 1O8PA 2ZCWA 2IXJA 3AB0A 5F6KA 4ZU7A 4D69A 1XYOA 2PLV3 3ECQA 4FO9A 4MWVA 4CRQA 3PMEA 4WM8C 1IKPA 4FSJA 1KQRA 1COV3 2OW4A 4ZXKA 2RJLA 4ASMB 5A7QA 4GH4C 4QX2A 3T0DA 3TICA 1VJ2A 3CJXA 2JXAA 1TZOA 1W6QA 1R083 3I3EA 4AHAA 2I2SA 4B7EA 2VCCA 4I0BA 5A1AA 4UW6A 3M3EA 1CZVA 1DZRA 4JGZC 1FT9A 1LNSA 1NE6A 1CX4A 1MZEA 2Y6GA 3INBA 1F5FA 2QTWB 3J8F3 5FOJB 1Q8QA 5JIUA 3N9NA 1YI9A 1CX1A 2YGMA 2FDHA 2BNNA 4PT6A 3TEYA 1V6KA 4O7XA 4A3ZA 1CRZA 2V4VA 3ELNA 4LE4A 1Q56A 2WLQA 4MX3A 2NQYA 5LBBA 4A6SA 4BXFA 5C3SA 5K9YA 1RWIA 2HT8A 2W8BA 2FD8A 2VO5A 3RZMA 4MWYA 3GBFA 2R072 5L36A 2BGOA 1FMD3 4Q4V2 5A32A 3LWCA 4TTGA 5ABJB 1W0PA 3ZMNA 4U2AA 4CSDA 3SLIA 1LKNA 1PM4A 3WF4A 2XKOA 1WWYA 3ILFA 1ZRRA 3NSSA 4FVVA 3V64A 3RMXA 5EZWA 4Q0QA 5GLTA 1LOGA 5HCFA 4YM2A 4BQ2A 1NPEA 2YC2A 4UF0B 4QQ2A 1S0JA 2CWSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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