4Y1CA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
145
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase binding protein
molecule keywords Integrase
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 50
structure length 145
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1cA00
2XO7A 4FJGA 1S1TA 4N47A 3O3GA 1U48A 4CEDA 2E4LA 4E7HA 3HP9A 3KLHA 4CK1A 4BWJA 3LALA 3CG7A 3HXMA 3RRHA 3RR8A 1G15A 3HPHA 1FKPA 1RT1A 4I7FA 4CEFA 3QEIA 1S9EA 4BE1A 1U4BA 1RBTA 2G8VA 3QIOA 3HO1A 4KFBA 3AVAA 3KLIA 4CJUA 3IAYA 4DS4A 4CEOA 2X6NA 1MU2A 1IKXA 3V1QA 2R7YA 3HYFA 3I0SA 5KGXA 4I9QA 2HHUA 3THVA 4IFYA 1GOAA 3C95A 4CIGA 3L8BA 3SV3A 4JLHA 4Y1CA 4K8XA 4DTJA 1JXBA 3ZSXA 4CGDA 4NYNA 3DI6A 1BISA 4J2BA 1O1WA 2P1JA 4M3RA 4DU4A 4RG8A 3QEWA 1XI1A 4FXDA 4CERA 4AILC 4FCYA 3TWHA 4J2AA 3K5LA 4CHOA 1GOCA 2OZMA 1LAVA 3U6FA 4CK3A 4IFVA 4E1NA 1Y97A 4CFBA 4DWIA 1RBVA 3OS0A 5FDLA 3VQCA 1LV5A 3ZSOA 4H4OA 3V9WA 1XHXA 3KLGA 3DLHA 4CHYA 1IKYA 2FBXA 2E6MA 3SYZA 1WSEA 1A5XA 1RCHA 3NF9A 4F3OA 2X78A 4CJFA 3E01A 1JL1A 4CJPA 1EXQA 1L3SA 2KFNA 1ASVA 3P83D 4CGIA 3D0PA 4JS5A 1TAQA 4FJIA 4FM1A 1REVA 4Z4FA 1C1AA 1S5JA 3ITHA 4CJVA 1RBUA 1JLBA 5HRNA 2G8IA 1LWFA 1ASWA 1B92A 4CF8A 1NK6A 1BGXT 2HHTA 1J9AA 4B3OA 4H8KA 3KK3A 3T19A 4F4KA 5KTQA 1UWBA 2WOMA 4OKJA 3TAEA 3SUPA 1NKEA 3LZJA 3DOKA 3K59A 3NF7A 3O3HA 2O4IA 1RBRA 4FJMA 2B5JA 2ATQA 4DTRA 4KTQA 4CEQA 4KAZA 3OYNA 2KFZA 2QKBA 4CJQA 3V4IA 1NJXA 1UAXA 2DTUA 4FM0A 1QTMA 3AA4A 4OKEA 3RMBA 2HMIA 2DFEA 1L3VA 3SQ2A 2ZQBA 4CECA 4M3TA 4W5NA 2E6LA 3ZSQA 3QEXA 1NK5A 1KFSA 1CXUA 3C6TA 4KKOA 4E7LA 3NBPA 3OJSA 1JLGA 1J54A 3CYMA 2RF2A 3ZSRA 1SKWA 3LP2A 1ZYQA 3NGZA 3SQ4A 3DLBA 4E0DA 1C1CA 1BIUA 4RW7A 3LWLA 1U47A 4DF4A 1LW2A 3OYAA 2HNDA 2XY8A 1S1VA 1BIZA 1WSJA 3AV9A 1WNSA 3RMCA 5CZ2A 4C8MA 3DLGA 1EETA 3VQ8A 1J5OA 4DFMA 1IH7A 3LP3A 4GMJB 3NDKA 1TVRA 4UQGA 4DLGA 1BCMA 3V81A 2Z1IA 4TSXA 5HROA 3NE6A 3QINA 4FJ9A 1JLCA 3U3YA 3L3UA 4AHCA 1JXEA 3VQ6A 4E7IA 4CJKA 1TAUA 3CFOA 3NAEA 3CQ8A 1QQCA 3KK2A 4YNQA 3OY9A 3TR8A 1SKSA 5JS1A 3WNHA 1SL0A 2QKKA 4EZ6A 1TL3A 1U04A 4W5RA 1L3TA 1BQNA 4ICLA 2FBTA 3EYZA 3RMDA 3DRPA 1TK5A 4DMNA 4CJLA 2D5RA 3KD1E 4KI4A 4DFKA 4OJRA 4M3ZA 4HUEA 2Z1GA 4OGEA 1KVCA 4B9UA 1ZBHA 3HPGA 4Y1DA 3VQ4A 3KK1A 3ASMA 1TK8A 1VSKA 4DLEA 4B8CA 3KJVA 3MEGA 3DYAA 3V1RA 3WNFA 2X6SA 3ZSWA 4RW4A 1FK9A 4FLTA 3QEPA 1ASUA 4KTWA 3WNEA 1FXXA 4CHNA 4H4MA 4AH9A 3KD5E 4EZ9A 3LAKA 3RR7A 4FJ7A 2YNFA 4MFBA 1D8YA 3L2RA 1D9DA 3AO1A 5HRSA 2ZD1A 3AVGA 1EKEA 3DLRA 1HYSA 3H08A 4CHZA 1HQEA 4CJWA 1SUQA 3AO4A 3AVBA 4NYFA 1S9GA 3V9ZA 3ZCMA 3KIOA 2YNHA 4DFPA 4FK4A 5SZTA 1T7PA 3AVCA 1VRUA 5DK5A 2FBVA 2IGIA 2ZE2A 1VSJA 2HVIA 2KTQA 4IBNA 1VSDA 1RBSA 1EX4A 4B8AB 2XHBA 5HP1A 1Z25A 1TKDA 2Z1JA 5J1EA 3LZIA 2OZSA 4M3YA 2VG5A 1LWCA 3B6OA 2RKIA 3DOLA 5KRTA 4F8RA 1RDCA 3VN5A 1RILA 4CHQA 3OYJA 3TI0A 3T1AA 1NJYA 2BGGA 3TAMA 4CGGA 5K14A 4FJ5A 1RDBA 1RNHA 3NFAA 3SUNA 3AO3A 3F9KA 1EP4A 3SV4A 1RTJA 1WLJA 2YHBA 2YNGA 5HBMA 3VQQA 4DTUA 3OYLA 4DTNA 3RWUA 1L5UA 4FJXA 1QHTA 5I3UA 4FJJA 3K57A 4PWDA 1TL1A 3VQ9A 4CE9A 4FK2A 3OYHA 1IKWA 1LWEA 4LY7A 1IG9A 1X9SA 4B9MA 1F21A 4BDZA 4DG1A 1KFDA 1IKVA 5HRPA 1NK9A 5I42A 2AJQA 2A1RA 4ELUA 1VSIA 3V1OA 1L3UA 3VQEA 3S3OA 1GOBA 4FZYA 3O4QA 3ZSYA 4OPJA 4KHNA 2PYJA 3U3GA 4KHYA 5DMRA 2WONA 4BE2A 4OLBA 1ZBUA 3CFPA 4ELVA 4KRFA 3V9UA 3ALYA 3MAQA 3AVJA 3IRXA 1HQUA 3A2FA 4AHTA 4LSNA 1BHLA 4PQUA 1A5VA 4JRPA 2W42A 2JLEA 3NCIA 3LAMA 1YVUA 4FJKA 3OVNA 3G0ZA 1VRTA 3VQAA 3VQBA 1N6QA 4O55A 2P5GA 4DSLA 2HNYA 5EU7A 5KRSA 3OYMA 3HM9A 1I39A 3K5NA 1ZBLA 3OYEA 3AVIA 4AHUA 1HMVA 1XC9A 4QOZB 3LP1A 2X74A 1KLMA 1WN7A 2FC0A 3EZ5A 4QAGA 1TKTA 3RTVA 2A1SA 4DTXA 1SL1A 4FLVA 4PA1A 4CJ5A 3IS9A 1BCOA 4Z4GA 3V9SA 3QNNA 2F8TA 3EY1A 4DQQA 3NGIA 3L2UA 2KQ2A 4M3UA 4DS5A 1WAFA 1NJWA 3AO2A 2PY5A 2HHQA 4CFCA 3AVHA 4M45A 2OPQA 3QIPA 3PX0A 2G8UA 1C6VA 4JRQA 1RT7A 3RRGA 2HNZA 1RT3A 3SI6A 1JLQA 1KVAA 1WSFA 3AVMA 1ZBIA 3PY8A 1RDAA 3OYDA 4M3XA 4W5TA 4NCGA 3HVRA 1BI4A 3HVTA 4CF0A 1X1PA 4Z4IA 3L3VA 4CFDA 4O44A 1UA0A 4BDPA 1NOYA 2OPSA 1XWLA 3AVFA 1BI4B 3OYIA 4E3SA 1S6PA 3LP0A 3MEDA 4AHRA 4R5PA 4CIFA 4LH4A 4FLUA 3SPYA 3S3MA 1NK0A 2DFHA 3HPOA 3TAGA 3MXMA 1UOCA 3P5JA 1KTQA 4DTMA 2OPRA 4J2DA 4OVLA 3SUQA 4FJ8A 4FZZA 1VSHA 3SQ0A 5KGWA 2PZSA 3PO4A 1HYVA 3ZT1A 2F8SA 4QCLA 2HVHA 2EHGA 3TABA 1D9FA 4B08A 4N41A 2G8FA 4DSIA 4KTZA 2HHWA 1X9WA 3AVNA 3CM6A 3QETA 4OLAA 2EX3A 2YV0X 3TAFA 1W9HA 4ELTA 4E19A 3DLEA 4CEEA 1J53A 1N5YA 4CHPA 4CJRA 1VSMA 3PX6A 4Q0BA 3O4NA 3SPZA 4B9VA 2O4GA 5J2NA 4HCBA 3SUOA 3NF8A 3O3FA 3KKRA 3K2PA 4DTSA 1T03A 1QSLA 4K8ZA 1TKXA 1KVBA 4DTPA 3SQ1A 1HPZA 3QLHA 4Z4HA 1VSLA 4N56A 3S3NA 2GBZA 3VQPA 3VA3A 4IG3A 4EP4A 3KLFA 4B9TA 4ID1A 4ZTJA 3OJUA 3LPUA 4NCAA 4M42A 4HUGA 3TAPA 2VG7A 3KTQA 3ULDA 2RPIA 3LDSA 4HUFA 2IOCA 4CF9A 3VA0A 4KO0A 4FLYA 5J2MA 3TARA 4KHSA 2Q3SA 2F96A 2IDOA 3QEVA 1NK8A 3F73A 1K6YA 1KRPA 4NCBA 5KI6A 4E1MA 2IS3A 4I9LA 1X9MA 1RT2A 5E41A 2BDPA 1HNIA 1C1BA 4Q5VA 1TGOA 2OPPA 3OYGA 4FW2A 4KI6A 1CZ9A 5JS2A 3HT3A 1BL3A 4IKFA 4CGHA 1WAJA 4C8NA 4DSFA 5D3GA 2B4JA 3M8QA 3PO5A 1Q9XA 4JS4A 3HSTB 2KZMA 2NUBA 1KLNA 2PYLA 3UIQA 4FZXC 3V6DA 1B9DA 4M3WA 3NHGA 3HK2A 1A5WA 4AHSA 4DU3A 3LPTA 3NGYA 2ITGA 3JSMA 1RDDA 3OS2A 2YHAA 4W5QA 3VQ7A 4MQ3A 3M8SA 1SV5A 3PX4A 3VQDA 4HCCA 4O0JA 4DU1A 2VG6A 2HW3A 2QK9A 3VQ5A 2KW4A 1ZBFA 5SWMA 3CFRA 1QE1A 4ZTFA 4M41A 2D0BA 4HHTA 3SNNA 2OA8A 2XY6A 3QESA 3C94A 3D45A 4DFJA 4DQSA 3OYFA 2HHSA 4ZHRA 3ZT0A 1YTAA 2ETJA 1SKRA 3HP6A 4B9NA 1CZBA 1VSEA 3G10A 4FK0A 3T3FA 2GUIA 4IDKA 3K58A 2Y1JA 3BDPA 3DM2A 1WSIA 4OGCA 4Z4CA 2B6AA 2GV9A 1VK0A 4CJ3A 4FLXA 1SL2A 4FLZA 4FJNA 1JLFA 1S6QA 4KREA 3OYCA 4O0IA 1T8EA 3OS1A 2Y1IA 2IC3A 4LH5A 4RW9A 2XRIA 1DLOA 4RW8A 1FKOA 1HYZA 4EP5A 3I8DA 1RTHA 2JGUA 1I3AA 4CFAA 5CYMA 4CGJA 4CJTA 3LANA 4E7KA 1NK7A 1NOZA 1S1XA 1S1UA 3IG1A 1C0UA 3ZT4A 4DQIA 1WSHA 4B9LA 3ISNC 4FJHA 5C24A 4I2QA 4W5OA 1RTIA 1VSFA 4F2SA 1YTUA 3HL8A 1RT6A 1NJZA 1C0MA 3KLEA 3WNGA 4CCHA 2IAJA 4BDYA 1NK4A 5FRNA 4FVMA 4IG0A 2YNIA 4KHWA 4BACA 4KHUA 3FFIA 1YT3A 3NH0A 4BWMA 2YKNA 4WE1A 4E89A 4FW1A 1CLQA 4CEAA 5FROA 4CESA 1NKBA 3PUFA 4CJEA 3AA3A 4Z0UA 3ZT3A 3B6PA 5T7BA 4N5SA 5CYQA 1BQMA 1U49A 3SCXA 1W0HA 3LWMA 4GW6A 1XHZA 3I0RA 1D5AA 3MEEA 3AA2A 1WSGA 4HVJA 1LW0A 3QO9A 4KPYA 3MXJA 4BE0A 3P1GA 1TK0A 4RW6A 4KB0A 4CEBA 2LSNA 4DSKA 1U45A 1IO2A 2QXFA 1TV6A 5CY4A 3AVLA 1S1WA 5J2QA 2FBYA 1DTTA 2RN2A 3OYBA 3NF6A 4I2PA 2YKMA 4FM2A 4O5BA 1NKCA 1RTDA 3L2QA 2P51A 3BGRA 3KKSA 3K5MA 3MECA 3ZSVA 3OYKA 2G8KA 4B9SA 3DMJA 2DFFA 1KCFA 2I5JA 2BE2A 1HJRA 3M8PA 2D0AA 4KV8A 5C25A 3S9HA 4YFUA 4DSJA 4F2RA 5CZ1A 4GVMA 1JL2A 4O4GA 4HTUA 3AA5X 4KHQA 3AVKA 4J2EA 3AO5A 4F3TA 4PY5A 3MXIA 3RMAA 4ID5A 4CF2A 2P5OA 4PUOA 5J2PA 3DRRA 1Q9YA 3K5OA 2OYQA 3CM5A 3QERA 5C42A 4DQRA 4CIEA 4XIUA 1T05A 4C8KA 2Z1HA 3SZ2A 1JKHA 4DSEA 2G8HA 2HHXA 3L2WA 3TAQA 2XY7A 4DQPA 3HJFA 3NH1A 4C8LA 1Q8IA 1HRHA 4G1QA 2VWJA 4KB1A 1HNVA 2HHVA 2D0CA 4CEZA 1R0AA 1DTQA 4CK2A 4FLWA 1ITGA 1RT5A 1QSYA 3DRSA 2VWKA 3C6UA 5HRRA 4LSLA 4CGFA 3TANA 1Z26A 2DY4A 3NH2A 3SJJA 1JLAA 3QNOA 2XY5A 4L8RB 1LAWA 1CXQA 4E7JA 4OPKA 4N76A 1JLEA 4AHVA 4C8OA 4DF8A 1B9FA 3V9XA 4OKKA 4DTOA 2G8WA 1KSPA 3ZSZA 1QS4A 4CJSA 4Z4EA 1UA1A 4FJLA 1RT4A 2HB5A 4CF1A 4CJ4A 2KZZA 1TKZA 5HLFA 5FRMA 4FYDA 4LD0A 3JYTA 3ZT2A 3PV8A 3L2VA 2BANA 3M8RA 1QSSA 1C0TA 3DLKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PLAA 3MN7A 4JN4A 3CG7A 1G15A 3HPHA 1FKPA 2G8VA 2HHSA 5GINA 4BE1A 4KFBA 3AVAA 2FF3B 3KVGA 4CJUA 3SAFA 3IAYA 4ILJA 4CEOA 1MU2A 1IKXA 3V1QA 3AGKA 4I9QA 3F2KA 1OH8A 2QXLA 1JXBA 3ZSXA 2A3ZA 1P90A 4B1VA 1Z05A 4C23A 1XQSC 3QEWA 4RTFD 4FXDA 1Z6RA 4CERA 2WC9A 4DV0K 2OZMA 2QWQA 4CK3A 3L6QA 2A41A 1YJ9N 3LL3A 1JJ2M 5BN9A 5FPDA 4CJFA 4DQ8A 4ISGA 3D0PA 1TAQA 5KPTA 3BUZB 3ITHA 4MO5A 1RBUA 5HRNA 2QW9A 3W3DA 4B1UB 2G8IA 2QEXN 3T19A 5KTQA 3TAEA 5FLXO 5AZIB 3VMFB 3LZJA 3GDQA 1GLLO 2V51B 2B5JA 2OTJN 4CEQA 3HOSA 2HF3A 2QKBA 4CJQA 3V4IA 1UAXA 4FM0A 4OKEA 2E6LA 1CXUA 3C6TA 3NBPA 3OJSA 3CYMA 1J54A 2RF2A 3K0SA 4E0DA 2Q31A 5EOYA 5JVHL 3VTHA 4RW7A 5AQFA 3WQUA 3T1YK 2ASPA 3LWLA 1U47A 3SAGA 1S1VA 1BIZA 4BRNA 3Q7BA 4IOXA 5CZ2A 4C8MA 4NXMK 4GMJB 5HROA 1NMDA 1BCMA 4TSXA 1YAGA 3NE6A 4C1NI 4WQ4A 1JLCA 3L3UA 3CJ9A 3VQ6A 4CJKA 1V4SA 3C7NA 2P9KB 2W41A 3KK2A 3TR8A 3WNHA 1TL3A 1U04A 2ZJPL 1L3TA 4ICLA 2FBTA 2F7TA 4M3ZA 3THWB 2W40A 2Z1GA 3WXLA 3ASMA 4B8CA 3V1RA 3KWGA 3WNFA 2X6SA 4RCHA 1FK9A 3VERA 2HF4A 1FXXA 3ZETB 4EZ9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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