4Y1DA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase binding protein
molecule keywords Integrase
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 141
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1dA00
3A2FA 4C8NA 1IKXA 3DRSA 4PWDA 2BE2A 3HVTA 3QEPA 3V1QA 3C6TA 1RBSA 1ASWA 3QNNA 3QIPA 3OY9A 4OVLA 4FJHA 5J2QA 1U47A 3KD1E 2HNDA 1JLFA 3O4QA 3OYFA 4DS4A 4PUOA 4DSIA 3TABA 1BISA 1LAVA 1HQEA 4KHNA 1S5JA 3SNNA 4LSNA 2RKIA 4M45A 4E3SA 1JLBA 4IDKA 3PX4A 1RBRA 2W42A 4JS5A 5DMRA 3TWHA 3H08A 3MECA 4Z4HA 3ZT2A 3CQ8A 1QTMA 3PO4A 2Y1IA 1L3SA 2F8TA 3OYHA 4HUFA 3BGRA 3QO9A 3C94A 1VSMA 4H4MA 5FROA 3NGZA 3VA3A 4FLTA 3RMAA 4CGHA 4FJXA 2F96A 1JL2A 1RILA 1HRHA 4CJWA 3SI6A 1S1WA 3HPOA 2KFZA 1KLMA 1W9HA 4DLEA 3O3HA 2HVIA 3LWMA 1ASUA 2E6LA 3LWLA 4BDZA 4PY5A 3ZT1A 1LWCA 4FJMA 1GOBA 3LP1A 4RW9A 4CJ5A 2FC0A 3RRHA 1LW2A 2ATQA 1J54A 2IGIA 3MEGA 4CF0A 1NJYA 1U48A 4CJEA 4F8RA 1NJZA 1Z25A 3HSTB 4HHTA 2XRIA 1BQNA 4DTUA 5KTQA 2OZMA 3KK3A 4DSJA 4TSXA 1R0AA 1VRUA 4W5OA 1IKYA 1C0TA 3L3VA 3OS0A 3ZSVA 3LP3A 1RTIA 1KVCA 3NHGA 2B4JA 2KTQA 3AVFA 3V81A 3T3FA 1WSGA 2DTUA 1B9FA 3VQPA 3V9WA 3TARA 2F8SA 2G8FA 3NCIA 4FJIA 2HHWA 1VSEA 4FLZA 4FK4A 4Z4FA 3HM9A 3KLHA 3U6FA 4QAGA 4FVMA 4F2SA 3DOLA 1ZBHA 5KGWA 1SL2A 3CFPA 2OPQA 4DFJA 3SQ0A 3QEWA 2WONA 4OGCA 1JLAA 1JXBA 3AA4A 3TAPA 4N5SA 4FJ9A 3ASMA 1C6VA 3LPTA 1SL0A 4AHTA 4O5BA 4OKJA 3RRGA 2FBYA 3V1OA 4FXDA 4B8CA 4FYDA 5C42A 4KTZA 4DSEA 3EZ5A 1WLJA 1NJWA 4BE0A 3LAKA 4BE1A 3B6OA 4B9TA 3FFIA 2YNGA 3OJUA 4DU4A 4DTPA 3THVA 2Z1IA 3MXIA 1JLGA 1NK8A 1JLEA 1WSIA 4KTWA 2HHQA 1TL3A 3MXJA 4DSFA 5SWMA 1QSSA 1A5XA 4E7LA 1JKHA 4CFDA 1NOYA 2G8HA 3LDSA 2B5JA 1TAUA 4M3YA 2YNFA 1VSIA 3AVLA 4FCYA 1XHXA 4AHRA 4CGGA 1RBUA 2DFEA 4CEEA 4RW8A 1QSYA 3AVGA 1ASVA 4W5TA 3AVKA 2Z1JA 1EKEA 3WNGA 4FLXA 1VRTA 1KSPA 3DLHA 4FM1A 2X74A 4CEBA 3TI0A 3S3NA 4FLYA 3VQ5A 4KHQA 1DTTA 1NKEA 4H4OA 4W5NA 4DQRA 3ITHA 5JS2A 2XY6A 1BQMA 1FXXA 4M41A 3V9UA 1LWEA 4F2RA 2XY8A 1RT1A 1J9AA 4F3TA 2X78A 2YHAA 3K58A 1SL1A 2KQ2A 3VQAA 1HPZA 3ZT0A 4W5RA 3NH2A 2EX3A 3TAFA 4M3TA 3KLIA 2NUBA 4O0IA 1HYZA 2YHBA 2ZQBA 3SUPA 4FJLA 3RR8A 3OYKA 4CHYA 1BHLA 1EX4A 4OPKA 2QXFA 1JLQA 2KZMA 3TAQA 1UOCA 3DLRA 3AO2A 1G15A 3AO1A 2YKMA 3OVNA 1CZ9A 4WE1A 5K14A 2A1RA 3QEVA 1S1XA 4L8RB 4DFMA 2BDPA 1TGOA 1QSLA 4B9UA 3O4NA 4IG0A 4E0DA 1QHTA 3LANA 3MEEA 1WNSA 2YNHA 4BWJA 3AVHA 1SKRA 5C24A 2R7YA 1SV5A 2FBTA 3LALA 4HVJA 2ITGA 1XHZA 1NK4A 3HJFA 2JLEA 1J5OA 1UWBA 4LH4A 1ZBUA 3VQQA 1O1WA 1RDBA 3P1GA 4N47A 4ZHRA 3OJSA 3SZ2A 4EZ6A 4J2EA 4FW1A 3AVJA 4CJKA 3EY1A 3KLFA 2FBVA 1IKWA 3CG7A 3ZSYA 3SUNA 3UIQA 1U4BA 2HHVA 3DLGA 2IS3A 4B9SA 1F21A 1RCHA 1NK5A 2HNZA 4K8ZA 4K8XA 3IG1A 5CYQA 1X9SA 3KKRA 1S9GA 2ZE2A 4IFVA 2PY5A 1WN7A 5HRPA 1CZBA 4E7HA 3TANA 1RDAA 4N56A 4DU1A 4KPYA 3ZT4A 2VG5A 1RNHA 1TVRA 2IDOA 5CY4A 4B8AB 1RT2A 4CFBA 4DU3A 4MFBA 3ZSOA 1L3VA 1C1CA 1YTUA 4LSLA 1T7PA 3CFRA 2E4LA 4CJTA 4EP4A 1RT7A 4FJ7A 5J2MA 5C25A 4OGEA 4FJGA 1YVUA 3RTVA 4KB0A 4B3OA 4CHZA 1LAWA 1WSEA 3SV3A 1VSHA 2VG7A 4DMNA 1RDDA 3L8BA 4GMJB 4FLWA 4O55A 4KHSA 1HJRA 4EP5A 3K59A 3VQBA 3S3OA 3CFOA 4AHCA 2XO7A 3S3MA 2QKKA 2HHXA 4DQPA 4FJ5A 1CXQA 1HNVA 2IAJA 3AA3A 3PUFA 4DQSA 4DTXA 4N41A 5HROA 1RT3A 2YKNA 3HL8A 3IS9A 5J2NA 1BCOA 4O44A 3AA2A 3AVIA 3OS1A 4B9NA 1HYVA 3AO4A 1WSJA 3AVAA 1LW0A 1RTHA 2Z1GA 4CK3A 4DTNA 4B9LA 1NJXA 3DLBA 3DI6A 3VQ6A 1QS4A 5T7BA 1RDCA 2RPIA 3OYEA 1NK6A 4PQUA 4JLHA 3QEIA 1WAFA 1KLNA 1YTAA 2DFFA 1RTJA 1VSJA 3DYAA 4FW2A 4YFUA 3D0PA 3SQ2A 4BACA 4J2BA 4M42A 4JRQA 1J53A 1BCMA 2YNIA 4RG8A 1HNIA 3HK2A 4CGIA 2HHUA 1VSFA 3O3FA 5EU7A 1S6PA 1RBTA 4M3RA 4KI4A 4KHWA 2OA8A 4Q5VA 1FK9A 4CFAA 3HO1A 3IRXA 4AH9A 3AV9A 2G8KA 3AVCA 5J2PA 3F73A 3I0SA 4N76A 4Z4IA 3IAYA 3M8SA 4CIGA 4FM2A 3T1AA 4FZZA 5HRSA 5I42A 2HVHA 3NAEA 1TKTA 3HPHA 1T8EA 4KRFA 4FLUA 3L3UA 2G8VA 4J2DA 3HP9A 5HBMA 1VSLA 1NKBA 4QCLA 1A5WA 2GUIA 1ITGA 4Q0BA 5FDLA 4CEZA 1XC9A 2XY5A 1ZBIA 3SV4A 2ZD1A 2VWKA 4C8MA 2XHBA 5DK5A 3QNOA 3V6DA 4M3ZA 3VA0A 4ELUA 2Y1JA 1IKVA 2KZZA 4HCCA 4CJ3A 1REVA 3VN5A 2I5JA 3NFAA 3OYBA 3SQ4A 4NCBA 4W5QA 4E89A 4LY7A 1KVBA 3OYNA 3NGYA 2HB5A 1MU2A 1WSFA 3AVBA 4DS5A 2JGUA 1C1AA 3VQ7A 1NK0A 4KB1A 3HPGA 3WNFA 5KRSA 3K2PA 1XWLA 3I8DA 4DQQA 4DTSA 2HW3A 5CYMA 1U49A 1JXEA 4CEDA 4JS4A 1C0UA 5FRNA 3NBPA 4KKOA 2Z1HA 4E7IA 4MQ3A 2G8IA 3L2UA 4H8KA 4CESA 4CHQA 5CZ2A 4CGFA 4XIUA 4EZ9A 3G0ZA 4CJ4A 4ZTJA 3RWUA 3ZSQA 1X9MA 1LWFA 4CJSA 3NF6A 1BI4A 1CXUA 4DTJA 1BIUA 3M8QA 3WNHA 4CEAA 1VK0A 4NCGA 1I3AA 3ALYA 2OPSA 3PV8A 1SKSA 3KK2A 2KFNA 1D9DA 3K57A 5KGXA 2KW4A 3OYMA 1FKPA 2O4GA 4AHSA 4B08A 1KRPA 2YV0X 1KTQA 2X6NA 4CJRA 3K5NA 1HYSA 1JLCA 4CK1A 2LSNA 3AA5X 4CHNA 2E6MA 2AJQA 1NK7A 1BL3A 1DLOA 3MAQA 1D8YA 1Q9XA 4HCBA 1D5AA 4I9LA 4F4KA 1EP4A 4DSKA 1WSHA 3QERA 1YT3A 2HNYA 2RN2A 3LP0A 3NF7A 1T03A 3ZSXA 1JL1A 3VQDA 4CHOA 3K5LA 3SPYA 3PY8A 3KLGA 4DQIA 4KREA 1XI1A 4FZXC 5JS1A 1RT5A 1TL1A 3DRPA 4C8KA 2QK9A 3TAMA 4E1NA 3NF8A 2P51A 3V9ZA 1IO2A 2EHGA 3ZSRA 3QEXA 1GOCA 2D0AA 2XY7A 3VQCA 3KD5E 3HYFA 4NCAA 2BANA 3LAMA 4IBNA 2IOCA 4BWMA 2DY4A 3PX6A 4I7FA 4KAZA 3LP2A 4NYFA 3LZIA 1TKDA 4ICLA 2PZSA 4ELVA 4NYNA 3OYJA 3QLHA 4AHUA 3V9SA 1VSKA 3KTQA 3L2RA 1LV5A 2OZSA 4E7KA 2DFHA 3L2VA 3D45A 4KV8A 3QETA 3SJJA 2HHSA 3RMBA 3K5MA 4CF2A 4DF8A 2A1SA 4CK2A 1S1TA 3RMCA 1U45A 3K5OA 2X6SA 4CGJA 3SUQA 4DTOA 3TR8A 3QINA 4CCHA 3AVNA 4AILC 4DWIA 4LH5A 5D3GA 3V4IA 1WAJA 4G1QA 3U3GA 4CEOA 2PYLA 1TK5A 4OKKA 1KCFA 3T19A 3V1RA 1C0MA 4Z4CA 3ZCMA 4CHPA 1RT4A 2D0BA 4CFCA 4M3XA 4J2AA 1KFDA 1S1VA 4ZTFA 4QOZB 4Z4EA 4E7JA 3SYZA 4CGDA 4FZYA 3VQ4A 4CJFA 3F9KA 1QE1A 3S9HA 3DM2A 3KK1A 5CZ1A 3O3GA 3LPUA 3ZT3A 4RW4A 3DLEA 4DLGA 1KFSA 4KO0A 1NKCA 1L5UA 3HXMA 3AO5A 1N5YA 1L3UA 3SPZA 2ETJA 4FJKA 4FJ8A 5J1EA 4FLVA 3OYDA 4CJVA 2OPRA 3M8PA 1B92A 4RW6A 5HRRA 5SZTA 1ZYQA 3HVRA 1IH7A 3KIOA 4YNQA 1D9FA 5HLFA 2FBXA 4ID5A 4Y1CA 4CJUA 4CJLA 2Q3SA 4BDPA 4E1MA 1L3TA 1NK9A 1S6QA 4GW6A 2WOMA 3P5JA 3M8RA 2HHTA 5I3UA 1ZBFA 5KI6A 4CIEA 2QKBA 4CEFA 3OYAA 4FM0A 4DTRA 3DRRA 4CF1A 3QIOA 4OPJA 2IC3A 1Q8IA 3AO3A 4RW7A 3NH0A 3ZSZA 4BE2A 3PO5A 5HRNA 2BGGA 3LZJA 1HMVA 1UAXA 4I2QA 1GOAA 4DFPA 2VG6A 1SUQA 4ELTA 3NE6A 2P1JA 3NH1A 3TAGA 4FK2A 1TK8A 4IFYA 1Y97A 3QESA 2B6AA 3KLEA 3B6PA 1QQCA 1BGXT 1X9WA 3C95A 3WNEA 2GBZA 1S9EA 3HT3A 4KFBA 4F3OA 1RT6A 3NGIA 4JRPA 2P5OA 4B9VA 4BDYA 1BIZA 2PYJA 4Z0UA 1K6YA 4ID1A 1DTQA 4DSLA 2OPPA 4I9QA 3DLKA 4OJRA 1Q9YA 3DMJA 2O4IA 3OYGA 4AHVA 1A5VA 3EYZA 4KHUA 1W0HA 5E41A 4HTUA 5HP1A 3VQ9A 3C6UA 3OYLA 3ZSWA 3VQEA 1RBVA 2HMIA 4FJJA 4M3UA 2GV9A 3OS2A 3U3YA 4CF8A 4CJQA 1EETA 3RMDA 1TV6A 4IKFA 1TKXA 1U04A 1RTDA 1T05A 1C1BA 4OLBA 3E01A 4C8OA 4IG3A 3G10A 3NF9A 3RR7A 4B9MA 3KKSA 1TAQA 3BDPA 4KTQA 4O4GA 4OLAA 4DF4A 1UA0A 4I2PA 4LD0A 3V9XA 3I0RA 3PX0A 3SUOA 2RF2A 4CF9A 4C8LA 4Z4GA 5KRTA 3JYTA 4FJNA 1VSDA 3SCXA 1KVAA 3SQ1A 3CM5A 1TK0A 1IG9A 2G8WA 1BI4B 3P83D 3OYCA 3NDKA 1ZBLA 1FKOA 2VWJA 2P5GA 4KI6A 3OYIA 4KHYA 4CE9A 4DFKA 1N6QA 1X1PA 4R5PA 1I39A 1TKZA 1SKWA 3ULDA 2OYQA 4O0JA 4CERA 3ISNC 4DTMA 4GVMA 4Y1DA 3TAEA 3JSMA 2G8UA 3MEDA 4HUEA 4DG1A 1CLQA 4E19A 4PA1A 1NOZA 4CJPA 1HQUA 4M3WA 5FRMA 1Z26A 3VQ8A 2D5RA 1B9DA 4UQGA 3HP6A 3L2WA 4HUGA 3CM6A 1UA1A 4CIFA 4CEQA 1EXQA 4OKEA 3MXMA 4FK0A 3L2QA 2D0CA 1S1UA 3CYMA 4CECA 3DOKA 3KJVA 3AVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A2FA 3ZLJA 4V19S 3V1QA 3CJCA 4IOAL 5BPNA 4OVLA 3VETA 3ULEA 2P9NB 4DS4A 2D4WA 4BC2A 4CZJA 5GAGP 2RHKA 4BR4A 4KHNA 1W2BM 4BC4A 4BC5A 1HLUA 2RKIA 3IFRA 3UKUA 1RBRA 4BQZA 3MECA 3VTIA 3SAFA 5AQWA 4Z4HA 1QTMA 3AAPA 2F8TA 1X3NA 3QO9A 3PSIA 3NGZA 1QQNA 4CGHA 2YHXA 3BZKA 3EN9A 3T69A 2HBJA 3CC2N 4FWKA 4B3MK 1K73O 1ASUA 4BDZA 3ZT1A 3CCRN 3PIPL 2HOEA 4YOVA 3MEGA 1U48A 4LF8K 3CMAN 3N4PA 2XRIA 4DTUA 1WOQA 3LM9A 4IEIA 3KK3A 4YOYA 1R0AA 3ZSVA 3LP3A 2KTQA 2YI1A 3O1BA 5EY4A 1YJ9N 4FLZA 3LDNA 4Z4FA 4QAGA 5H1SQ 4CZIA 1VQKN 3WXMB 1Q18A 3SQ0A 3QEWA 4BVPA 4N5SA 2D0PA 4H5RA 3OBYA 4OKJA 2QWQA 5F2RA 3P4IA 1NJWA 4RWTA 4KH6A 5AZIA 4BE1A 3B6OA 2GTDA 3MXIA 2Z1IA 3D7EO 4YY3K 4WQ4C 1TL3A 3WT0A 3ZETB 4PHTX 2IVOA 4E7LA 3THXB 1JKHA 1Q81O 4JNEA 3CCEN 4M3YA 4FCYA 3CI5A 4JKFA 3W3DA 1QSYA 2ZF5O 5M1NA 3THYB 4A5BA 3FZFA 4FWSA 4W5TA 2QWLA 3R1XA 3K9KA 4FLXA 4KHPK 4FPAA 1KSPA 4EHTA 3TI0A 4GNIA 4KHQA 3MK6A 3WQUA 1BG3A 3DLLL 1LWEA 1RT1A 3WQTA 3ATVA 4F9OA 3K58A 1NGHA 3BF3A 3NH2A 2EX3A 5F0XA 1WB9A 4O0IA 1BUPA 1HKGA 3SUPA 3OYKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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