4Y90A

Crystal structure of triosephosphate isomerase from deinococcus radiodurans
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
MQTLLALNWKMNKTPTEARSWAEELTTKYAPAEGVDLAVLAPALDLSALAANLPAGIAFGGQDVSAHESGAYTGEISAAMLKDAGASCVVVGHSERREYHDESDATVAAKARQAQANGLLPIVCVGENLDVRERGEHVPQTLAQLRGSLEGVGADVVVAYEPVWAIGTGKTATADDAEELAAAIRGALREQYGARAEGIRVLYGGSVKPENIAEICGKPNVNGALVGGASLKVPDVLGMLDALR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Deinococcus radiodurans
total genus 84
structure length 244
sequence length 244
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y90A00
3DFSA 3TXVA 1PVNA 1H1YA 2A21A 1P5BA 1WX0A 3CWNA 3W7PA 3R89A 1D9EA 3PULA 4YXGA 3GVGA 3W2NA 1HL2A 2Z0IA 3S5NA 2RHGA 4CNOA 4CQ8A 3PG8A 2WNZA 1I2RA 3T40A 3TAKA 1SR9A 4JTLA 4Y8FA 1WDWA 2DZUA 1C8VA 4UC5A 3VE9A 3ATYA 5FF7A 3NQ6A 3HMJG 4IWWA 3R8RA 3HBLA 1NEYA 3T7VA 4AHOA 4QSHA 2V0TA 2DJLA 3OIXA 2ZZ4A 4QNEA 2H8XA 3GX9A 1B3OA 1QDSA 3O06A 4UNLA 5U4NA 4NJIA 4LV4A 3S5OA 2BWGA 1GZGA 5KITA 1F05A 2ATSA 3QEZA 5E93A 4Z0JA 3RF9A 3M5VA 5L6UA 1D3HA 3NQEA 4PODA 1OFRA 5D2VA 5G5IA 2YW3A 1H61A 3BVJA 4HNTA 1LYXA 4L4LA 1JVNA 1Q6RA 1O5KA 3S1UA 4B5NA 3CIWA 1OX5A 4RR4A 2EKCA 3P84A 3LLFA 3W7IA 1OK4A 4AXKA 2V30A 1G4TA 2QDGA 2A2IA 4BWLA 2CFFA 5FF3A 1D3GA 1PIIA 3HPSA 3QM3A 3TAOA 4BI5A 1TCDA 4GJ1A 1UCWA 4N6FA 3STEA 3A22A 2WJZA 2Q3RA 2ZRUA 1YTKA 3SGUA 1GG1A 4Y96A 1MEWA 3STGA 1QOQA 2DZVA 2G95A 4O0KA 3SY5A 1CX9A 1OX6A 3KVJA 1GQNA 4GUGA 4OT7A 1ZY9A 2OT0A 2ZRWA 4JDYA 4A22A 4MJMA 5G2IA 1RZMA 5DCEA 2A7NA 3LCLA 4BR1A 3S1VA 5FEPA 1NF7A 5D05A 1QNVA 4O1BA 1H7WA 4Z1BA 3TQ0A 2ZCGA 3PSVA 3NZRA 1RVGA 2Y89A 3PAJA 4HSNA 4AF0A 1LDCA 5HMSA 1K3UA 3S6DA 2E5DA 3N34A 4MZYA 2NLIA 2NV2A 3OBKA 1QPQA 3S9YA 3UZ5A 3FA5A 2CU0A 3L5MA 3O07A 1TTJA 1MSSA 3TSBA 2QAFA 3L2IA 3W7EA 3DXIA 2G97A 2V9DA 4A21A 4IUOA 2X1TA 1AW2A 3LDVA 4ORIA 3VCRA 4CCEA 4CCDA 2CLMA 2RDWA 4JXCA 1DHPA 4ML9A 5HWMA 4WJEA 1XCFA 4OU1A 3C6CA 4GUFA 4IXHA 1T99A 4HT3A 3FOKA 4BWLC 5AYYA 4LVGA 1ME7A 3DBPA 1VLWA 3L0GA 4POCA 4K7VA 5BRBA 2NWRA 1L9WA 2EPHA 2YSWA 2Q8LA 3P60A 5DELA 3IVTA 3SECA 1SPQA 1ME8A 3G8EA 1VPXA 1JCJA 2O7SA 4EWND 4N02A 1K02A 2XN2A 3LV5A 3HG5A 3PUDA 3G1SA 3NYZA 4K38A 2FJKA 3CHVA 4TX9A 3T44A 5DLCA 4MZ8A 3NQ2A 4S2BA 2JKAA 3P5YA 5HULA 4UMAA 1I2QA 4Z08A 2CWNA 4H3DA 3FEMA 4IX0A 1IXNA 1G7UA 2A5HA 5IM51 2GVLA 2C0AA 4XUGA 3FJ6A 5K2ZA 2E1DA 2D73A 4FNSA 1JCLA 4N9DA 3LTPA 4UTUA 4JEQA 2W6RA 1HTIA 3EX2A 3NPUA 2X1RA 3L0NA 3W74A 3KVKA 1W0MA 1O5XA 3PY2A 2VOMA 1LRNA 3C2FA 5HINA 1G4SA 1I2PA 4RX0A 4AWTA 2JKPA 3NNTA 3HPZA 3C61A 4ZQCA 4IOTA 4MJZA 1JCYA 3LCFA 4GE8A 4I7UA 4TMCA 3MYOA 1JUBA 4O12A 4FEZA 2QCNA 3NGJA 5J5DA 4EIVA 3TX9A 3OHIA 1TV7A 1KFKA 1VLIA 4LV9A 1WQ5A 1FBAA 3BARA 3GKFA 3I65A 1W8SA 3PBVA 1TPFA 4OV4A 1WOBA 3LBMA 3WJSA 3LHTA 1FXQA 1MZHA 4FNTA 3TW6A 1YDNA 1TO3A 3KRZA 4UTMA 5HR6A 1T96A 4H4IA 3FS2A 1B57A 3F4WA 3W1PA 3M5YA 4JTJA 3C2VA 4DF2A 1T0OA 3V75A 3R5EA 3SSJA 3WJWA 4MVAA 3W7DA 5C54A 3W1LA 3S1WA 1I45A 4UFJA 4DPPA 1TTIA 4C1LA 3LHWA 2HS6A 1UUMA 3GAYA 1CW2A 3NQVA 2X16A 4DQWA 1H7NA 3C4UA 2ISWA 5F4SA 1TV5A 2YDAA 5G4WA 1OJXA 1XDMA 2CLFA 4UTJA 1X7FA 1Y0EA 3G1AA 1BKSA 1TJPA 3HGJA 3O8AA 4WOQA 4Q33A 1F74A 1OFBA 3L9CA 3TSDA 2V5BA 1YPIA 3N9RA 2EHHA 4FX8A 5K7JA 1GVSA 1QWGA 1WAUA 2YYUA 4OGZA 3W7LA 3DFNA 4JGDA 4PA8A 3VNDA 3C3NA 1F73A 5MHBA 3M43A 1X1ZA 1WBJA 3M44A 1DOSA 3TXZA 2GVGA 1GTEA 3M1ZA 3W7GA 3BG5A 3EKZA 2C14A 4JIQA 3UNDA 1I4NA 3B03A 4GUIA 4KFPA 2QJGA 4DO4A 2WSQA 4EF9A 2YW4A 5G2HA 4KKXA 4LS1A 3TR2A 4RZ5A 5CZSA 3MO7A 1ALDA 1M7OA 3M6YA 1UB3A 3M5ZA 3LI0A 3WJYA 1W5NA 3W1RA 5AHMA 1EP3A 3FLUA 3HQ1A 1TRDA 2NX1A 3GNDA 3HG4A 5U7SA 3QH2A 1FDJA 1FCBA 1VRDA 5C6MA 4UMCA 4NXSA 4A2RA 1SFLA 2Y6ZA 4LUIA 1U83A 2DP3A 1XBXA 2I1OA 1OABA 2VEKA 2E5CA 4HHPA 2VEMA 4K39A 2O7QA 2FLIA 2RFGA 5D37A 3UPBA 4O53A 1TPC1 1OYBA 1QR7A 3NPVA 4K8HA 2ISVA 1XC4A 5AOUA 3IIZA 3TE9A 3NM3A 3M5XA 3TK7A 1MO0A 1AW5A 3CIXA 2EGZA 3MI6A 1W3IA 1N8FA 2A1YA 3A23A 1EUAA 3G1XA 2E6YA 3LHZA 4MFEA 1KBIA 1H50A 3A9IA 2FPVA 5F1VA 2A85A 3LHVA 1HO4A 1ADOA 5BNKA 5BMXA 3G8RA 1SZFA 2ZZ7A 1RR2A 5CGQA 1XL9A 3UXAA 5I3GA 2Q3OA 3WJXA 2JGYA 4JTSA 4AAJA 1EB3A 4DO6A 2Y85A 4A29A 4WZHA 3NQDA 1XBZA 1BWLA 1SO3A 4NU7A 2JKEA 2P10A 3C52A 4MLJA 4Z1AA 2UV8G 2F84A 4LVDA 3G1FA 4LRTA 2RDTA 2ZA2A 4R33A 5HUOA 1L6YA 3EWUA 2PCQA 4N6EA 3GLCA 3P81A 4IJBA 3JS3A 4JYEA 4MUZA 4FNRA 5G1TA 1B9BA 3RFAA 2A7PA 1ZENA 4X9SA 2TSYA 3G1VA 4MY8A 1EWEA 1IF2A 1VYRA 3P62A 4ZQOA 1W5QA 3VI2A 3NXFA 3PB2A 5AC6A 2GPTA 1LBFA 1S5WA 4UR8A 4O54A 5DXYA 5H2ZA 5KZMA 3BW3A 1PHQA 4YCPA 4O18A 2GJLA 4K6AA 4BK9A 1KFCA 4OHQA 3A24A 3W9ZA 3MHUA 3SZ8A 1S5VA 3GKAA 4LC6A 3W7NA 1RPXA 3E96A 3N73A 5I3HA 5EKYA 5LGXA 1W54A 4NT0A 4UTKA 3HO8A 5TIMA 1PCWA 1KTNA 4DF0A 3NQ8A 3STCA 3GB6A 4UNKA 5BMWA 3NOEA 4ZZ9A 3ABRA 5G1YA 3TJLA 2C13A 1MEIA 3D0CA 2X2GA 1KFEA 3HJZA 2R8WA 3ATZA 4JX6A 3QJAA 2NXIA 4AHQA 2H90A 5EYWA 3CM4A 4ICNA 1VHNA 3MP4A 4IMCA 1FQ0A 3P61A 3LHUA 2WQPA 3L5LA 2NUXA 4QISA 4UTIA 4R7JA 3R13A 2VFDA 2NZLA 4P2VA 2QCEA 3GIYA 3EWWA 3HGSA 4NJKA 5D32A 1H1ZA 2AQWA 2Y88A 4E2BA 4DXVA 3WK0A 1TPVA 1SW7A 3G1YA 3QW3A 1K7FA 4IMFA 3W6YA 3S5ZA 2ZZ5A 3BLFA 2BX7A 3R2GA 1GJPA 2OT1A 3NR0A 1VC4A 2Y7DA 5DY2A 3FKKA 4QAIA 3KOFA 4AWUA 4RXGA 3NQFA 3MYPA 1O4UA 3I7RA 3PF3A 1K8YA 2YCEA 3W87A 5E1QA 2PRMA 4QQ3A 3O05A 4M7TA 4A3UA 2B7OA 3PM6A 4JY9A 3BLIA 2QCMA 2Z1BA 3W7HA 3UY8A 1N55A 1OVDA 3E9AA 3WK1A 5BOOA 5K4ZA 3NQAA 1XKYA 3W1MA 3OEXA 2H3DA 2ZRZA 2NUWA 3MBDA 4CCCA 3LTSA 4CQAA 5HWNA 1PCKA 1W3TA 5DBUA 1FX6A 4IMEA 2TMDA 3A5FA 1M5WA 3CPRA 4JS3A 3G3DA 4LT9A 1OX4A 2FTPA 4O52A 3PR2A 3ZWSA 3DGRA 3K30A 3W7RA 4O4WA 4LRSA 2VFEA 1PE1A 5CZTA 3S5YA 2JGQA 4GNJA 1BEUA 3E49A 3LX9A 3FYPA 3TJXA 3G0SA 3CT7A 1B4EA 3A5VA 3AO0A 3GZ3A 3AJXA 3NO5A 1FDYA 1RQBA 2E09A 3SFKA 1QCWA 2DZXA 4FXSA 1AK5A 1JCNA 2P1FA 4PTNA 3TIMA 3N2MA 4BI6A 2V8ZA 1RQEA 1R30A 3W85A 4UTWA 3I68A 3QFEA 1VJIA 4JTEA 4FNPA 2ZA3A 3NDOA 3WFAA 2WPBA 2H3BA 3LRKA 3WK2A 2E6DA 4PCFA 1SU5A 1KM0A 2CLKA 3QPZA 4JICA 1KLZA 2OCZA 5KZEA 4ZL1A 3QW4B 4O13A 2ZZ3A 1UUOA 4LNYA 3O16A 4M5PA 1TPUA 3SJ3A 1JCMP 3SI9A 4NUWA 3S8HA 1PV8A 3LCXA 5LGZA 2R94A 1EX5A 3PB0A 3DU0A 1KFJA 1GVRA 2VXNA 3IGSA 3EKLA 3ELFA 3TW7A 4O1DA 4FO4A 3IVSA 2WOQA 1FUYA 3DHFA 3B05A 3NQ7A 3LERA 3W7MA 5F2MA 5HQEA 2YZRA 3MI3A 3NQMA 5I3FA 5F2IA 3C8FA 1SZGA 2WSRA 1JJKA 3PSWA 3USBA 3IIVA 4JNMA 3L67A 3W7JA 3KRSA 3L65A 2ABAA 3M7WA 3W3OA 1SW3A 3ANYA 3RLUA 4XTIA 3TA6A 3B0VC 3OVPA 1OFDA 3LHYA 3IIOA 1VR6A 3T55A 5K9DA 1FWTA 3W07A 2VEIA 5FF4A 1LLWA 1QPNA 1SO6A 3L68A 3IVUA 3HOJA 1Z41A 2QCDA 2NX3A 1GWJA 5LSMA 1DJQA 3BO9A 2BLEA 2J88A 3UPWA 2E6FA 2QJIA 1XUZA 2GQ8A 1H7XA 1TPEA 1WYIA 4S2CA 1YDVA 3LCHA 1ML1A 3BLEA 1IXOA 3MBFA 2HMCA 3P8JA 5AHIA 3B0PA 1F6KA 4RV8A 5T26A 2CZDA 4K8EA 4CQ9A 4AF0B 5AHNA 4KWWA 3O6YX 3N19B 1K8ZA 3BV4A 4O57A 1VCFA 1VHCA 4LU0A 4YWIA 3TROA 4ALDA 2ZBTA 1NSJA 5DBTA 3THQA 2Y70A 3EXTA 3QYQA 5HR7A 1IIHA 2Z6JA 4KFOA 3GXPA 3B4UA 4MIMA 4Z1DA 3DZ1A 3UWYA 4ZMGA 4EOUA 4UFLA 4OQVA 2RKXA 4RZ6A 4GUJA 1QO2A 5D2WA 4NZJA 4JYFA 3HB9A 4AHPA 3EX3A 1FWWA 1Q6LA 5CG7A 1HFBA 1IXPA 3W73A 1TPWA 1UJPA 4XQ6A 3A21A 1GPWA 3KVMA 3W23A 1KW1A 4YL2A 1KTBA 2QCDB 4PFMA 3DAQA 1DQXA 3CWOX 4FX6M 5F4XA 3HGOA 4IMGA 5FF0A 3GXNA 4GRSA 4GC4A 1KM6A 1P0KA 2Q8ZA 4KWVA 4MYXA 4NZFA 5DCBA 3LI1A 2VKZG 2VFGA 3PBUA 5I3IA 5IBXA 3NL6A 2VFFA 4UUIA 3TMQA 6ALDA 1JQXA 3U6WA 3JRKA 1C29A 2QCLA 5C2XA 1MXSA 5DCDA 1TTQA 4R53A 2GVJA 3PUOA 4WQ6A 2Y61A 3CB8A 3L66A 4ZQRA 3TH6A 5K9XA 3W7CA 1TSIA 1EP2A 1KM2A 2AGKA 1UASA 2FPYA 4NVTA 1TB3A 4S1FA 1XFBA 4WX2A 1H63A 3W86A 4Z1CA 5LHEA 4JTIA 1DL3A 1KM1A 4JR5A 2YR1A 4HPJA 5CSRA 4RLIA 4AB4A 4E38A 2TPSA 4X2RA 1F7BA 3Q58A 1KM4A 3EWZA 3NL3A 3TFCA 3P80A 3G0XA 4GFSA 3W72A 5CSSA 5FEXA 1KTCA 3I6RA 1LOQA 5LNSA 2Y62A 5D38A 4NNCA 3TDFA 3O15A 2QCHA 1X8FA 4H6KA 3H54A 3LCWA 3LOTA 3T4CA 1H62A 1KLYA 3TQVA 4I7WA 2GUUA 2ZFAA 2Z2UA 2DJXA 2BZNA 4JTUA 3GAKA 1MEHA 3EX4A 4CNNA 5LHFA 1SW0A 4HSOA 3GR8A 4LWWA 1JRBA 1FWNA 2EAWA 1EA0A 5TQLA 1JUKA 4CNPA 1DJNA 3GDRA 3W2UA 3GNNA 5D04C 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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