4YDUC

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 74
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC02
4I6MA 4A2BA 5AQZA 4O5FA 1BO5O 3CJAA 2D4WA 2Q97A 4BRHA 3UB5A 2D0PA 3MN6A 4YDUA 3EKUA 1GLLO 1HLUA 4XEIA 4CD1A 1T44A 2A5XA 3WEEB 4BRLA 2E2OA 4I6MB 3U4LA 4CZFA 3TPQA 1X9JA 1YUWA 4J8FA 4A2AA 1C0FA 2A42A 4H5NA 2V7YA 3D7EO 3L0QA 5AQKA 3U9ZA 5ADXA 3CJBA 1GLEG 2QWOA 3FFKB 1JCEA 4BC3A 5FPDA 2QWQA 2ZGYA 2A6AA 3O80A 4FWLA 3DXMB 1SAZA 4FWNA 2GELA 3O5BA 1E4FT 2VCPA 4BQZA 1BA1A 3F9MA 3QB0A 4B1VA 4EHUA 4WQ5A 1NGDA 2P9PA 2ZF5O 3CERA 2VYPA 3QICA 3GDQA 1ZBSA 4BREA 4Z94A 3ID8A 4EIAA 4B9QA 1KAXA 1YVNA 2ASMA 1R59O 3DAWA 5BPNA 2YJEA 5AQXA 1WUAA 1DEJA 1X3NA 1QZ5A 5LJVA 3AAPA 3M6GA 2E2QA 4ISGA 1DKGD 2BUPA 2P9PB 3JS6A 4CZKA 4FPBA 5E26A 1BG3A 1SQKA 3WXLA 2V52B 1GLCG 3SJHA 5BPLA 2E2NA 1QHAA 5BR9A 2QWNA 4BVPA 3VEXA 1RFQA 2IVNA 4RWTA 3IUCA 4A62A 4AM6A 1S3XA 4BRFA 1TUUA 3C0BA 4BQLA 3ENOA 1S22A 2YJFA 1Y64A 4HWIA 3VEOA 4BROA 4FOIA 5AQNA 4JD2A 5TKYA 5B8HA 5AQYA 4PKGA 3IMXA 5JLFA 5AZJA 1BWFO 4GY2B 4BG9A 3LM9A 2IVPA 5EXWA 1BDGA 3ULEA 4JD2B 4M7XA 2KHOA 1Z6RA 4WQ5C 4M63C 4CZLA 2W40A 3H46O 4EAHD 3SK3A 4BR5A 3BF1A 5AZJB 3B8AX 1LCUA 3CHWA 3HSCA 4B1WB 1D4XA 3CJ7A 5BRHA 1NMDA 3KHYA 4FO0A 1RGIA 3O8MA 3ULEB 3W0LA 3AAQA 3FE1A 3HBTA 3QFPA 4GNIA 4CZHA 2ZGZA 1NWKA 2YHXA 4LC9B 2QXLA 5AQTA 3CJ1A 3SMSA 4BC5A 1GLJO 2OANA 3SLCA 1HPMA 2YCHA 3BUZB 4L3QA 2D1KA 3VEVA 3WEEA 3DWLA 4B1YB 2UYTA 5BN9A 2QWLA 4BR4A 2YHYA 3ZETA 4H0XB 4BRPA 1V4SA 5BN8A 1NGCA 1P8ZA 2E88A 2HMPA 4PKHA 4B1UB 4IJNA 3CI5A 5E84A 3U8XA 3DXMA 3VESA 3LM2A 1NLVA 5KQDA 3ZETB 4M7YA 3WXJA 1NBWA 3M3ZA 5F0XA 3HI0A 3H3OB 3VF4A 4MO4A 3HTVA 2IIRA 4H0VB 4B1ZA 2CGKA 5JLHA 1YAGA 4JHDB 4BRAA 1NGEA 2Q31A 3A8YA 1BOTO 5AQPA 2NLXA 1G99A 1HJOA 1NGGA 1TYQB 4IXCA 3VF2A 3GL1A 2PAVA 3KVGA 3ATUA 2QM1A 4BR2A 2V7ZA 2GWKA 3WQUA 3WUHA 4Y0WA 1ESVA 5BRFA 4BRCA 3QFUA 2J4RA 2CH6A 4MLHA 1BA0A 3O1WA 4A61A 3FZMA 3DXKB 2GTDA 2E2PA 4XH1A 4WYBA 3ZX0A 3C7NA 1XC3A 3GG4A 3VEZA 3A5MC 1NM1A 1KAYA 1ZC6A 2Q36A 2QWMA 4H5TA 5AQMA 1H1VA 2HOEA 3VERA 5F2RA 5I9EB 4CZJA 2Q1NA 4NO7A 5FPEA 5LY3A 3VEWA 3C7NB 2WUSA 4FWPA 1EQYA 3QBWA 2GUPA 2CGLA 4FOEA 3TU5A 2P9NA 1BU6O 4FWKA 3L6QA 3VOVA 1XQSC 1HKGA 2D0OA 3UKUA 1V4TA 3LDPA 3RSEA 4DHYA 5AQIA 2NZTA 3FR0A 1HKCA 3A5LC 3LDQA 3VF6A 3A5OC 2P9NB 3JXUA 4QS8A 3QMLA 4MO5A 4CBXA 5AQSA 1U2VB 3LL3A 3UKUB 2YI1A 1IJJA 2YHWA 3RSEB 4IO8A 4RTFD 3U9DA 1GLFO 1MDUB 3VETA 1C0GA 4BC4A 4BRIA 2NRHA 5KPTA 5BPMA 1WOQA 4CBWA 3ENHA 3FZFA 3H6EA 2HF4A 3WQTA 3ZEUA 5JMVA 1QQNA 2QW9A 2A3ZA 4WQ4A 3QBXA 4FWQA 3J8AA 4XH5A 3S41A 1NGJA 3EL2A 4QS7A 3WT0A 1T6DA 2FXUA 1BUPA 1CZAN 4BRNA 3ZEUB 1DGKN 2I7NA 4KBOA 4IJAA 4JAXA 5KQ8A 1KXPA 2CGJA 2I7PA 5JICA 5AFUH 4E1JA 2EWSA 2GWJA 2P9KA 3H1VX 2QWPA 1NGBA 3D2EB 3O6WA 4HTLA 2Q0UA 3O08A 3VEYA 2H3GX 3FZKA 2P9LA 4DB3A 3VGKA 1TUYA 1HX1A 4BRQA 4CZEA 4EFHA 4JHDA 3HZ6A 2P9KB 5ADXH 2ASOA 3FZLA 4PL7A 1QZ6A 3SMPA 1NGAA 2E1ZA 4FPAA 3VGMA 2P9LB 2V51B 2W41A 2ZWHA 4K42A 2ASPA 1TYQA 5AQRA 3EZWA 5BRDA 5AQJA 3IDHA 1E4GT 5AFUA 2PBDA 5FPNA 5AQGA 4H5WA 3HM8A 5AQHA 4FL9A 1ATSA 4FWSA 3H3NO 3VPZA 2A41A 2F9TA 3ATVA 4RCHA 3AARA 1NGHA 3DXKA 4ISFA 4K41A 4XH4A 3W3DA 4BR0A 1J6ZA 3MN7A 2ITMA 4BR9A 3H1QA 4BRGA 2F9WA 3KZBA 4FWMA 4B1XB 5KPZA 4H0TB 1GLAG 1SZ2A 2AP1A 4WQ4C 5AQOA 5EVZA 3UKRA 3A0IX 4EHTA 5AQQA 3VENA 3ZX2A 2DPNA 2E20A 2HF3A 4BGBA 1GLBG 1MWKA 1XUPO 3IFRA 1OKJA 1QQMA 3CJCA 4K43A 1X3MA 3FLCO 3CQYA 1KAZA 3MK6A 3L4IA 1Z05A 4CJ7A 1GLDG 5EOYA 2VWBA 5AZIA 3UKRB 2FF6A 1ATRA 3O4WA 4FSVA 2QWRA 3P4IA 4NB4A 3EKSA 3ZX3A 3DJCA 3I8BA 3EO3A 4C23A 4F9OA 4BRMA 3LDOA 2P9SA 3MN5A 3WXKA 5AZIB 2FSKA 1RDWX 2E1YA 4DQ8A 2FSJA 3CJ9A 1K8KA 4FWRA 3LDNA 3MCPA 4PKIA 5BREA 2P9IA 2GEMA 1U2VA 4FWOA 3AY9A 3MMVA 5ELZA 3M1FA 2P9UA 2FSNA 1NGIA 2P9SB 3MDQA 3R6MA 1ZXOA 1HKBA 3FGUA 5AR0A 3MN9A 3BF3A 4CI6A 1K8KB 1ATNA 1IG8A 5F1XA 1MWMA 1Q18A 4H0PA 2P9IB 4YDUC 5AQWA 3G25A 5KPRA 4H5VA 2P9UB 1MA9B 4BVOA 1T6CA 4BG8A 2E8AA 3H45C 2A40A 3OHRA 4CZIA 4CBUA 3GBTA 4QS9A 1HUXA 3FZHA 2AA4A 3QDKA 2CH5A 2IVOA 3CIPA 2BTFA 4K25A 2FLOA 4H5RA 5EY4A 5EX5A 3BP8A 3CQXA 4JN4A 1LOTB 3A5NC 5AQLA 3EN9A 3UE5A 3D2EA 4H0YB 3R9PA 4BRDA 1JCFA 5CE3A 4BR7A 1JCGA 2Q2RA 3LDLA 4IWVA 5FPMA 1QQOA 2FF3B 5AQFA 4PL8A 4O8KA 4BGAA 4CD3A 1U6ZA 3D2FA 3R8EA 4H03B 4CZMA 5LJWA 3CETA 4BC2A 4H0OA 1YXQA 3GE1A 5AQVA 4CZGA 4AM7A 4BRKA 3O1BA 3BEXA 4ISEA 5AQUA 3GOIA 4IZ9A 4DCHA 3D2FB 4JNEA 2Q0RA 1NGFA 4MLEA 3WXIA 3I33A 3VGLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUQA 3O9QA 4CK2A 4I6MA 5AQZA 3LANA 3V6DA 3N4PA 1WLJA 2A1SA 3CCJN 4BRHA 2D0PA 4YDUA 1YTUA 3EKUA 1GLLO 1OH7A 3DRPA 3WEEB 4CZFA 1RT1A 3TPQA 1RBTA 1B9FA 1YUWA 2GBZA 4A2AA 4CHZA 3SZ2A 5M1OA 2V7YA 1TL3A 1NG9A 5ADXA 3CJBA 3I8DA 4O55A 4Q0BA 5HP1A 1JCEA 1FK9A 5FPDA 2O8CA 1C6VA 2B4JA 3QLHA 4FWNA 2DY4A 4OPAA 1L3SA 2GELA 3SJJA 1BA1A 1NGDA 1SL0A 1NOYA 2ZF5O 5IWAK 1BIZA 2VYPA 3GDQA 3QICA 4Z94A 4DLEA 3ID8A 4EIAA 1VQON 5GAEP 1YVNA 2ASMA 1R59O 1QVFM 4LF4K 3HP6A 2W42A 3OW2M 2UUCK 1X3NA 1QZ5A 2XY5A 3M6GA 2E2QA 4ISGA 3C6AA 2WBNA 4LY7A 3ZT4A 1KC8O 4AHRA 3AGRA 2ZJQL 1EKEA 1BG3A 3SYZA 3WXLA 4M42A 4JLHA 2E2NA 5BR9A 2IVNA 1P90A 3WNEA 5LL6Z 1BL3A 3THVA 3DLLL 4A62A 1D9FA 4BRFA 2O8DB 4GVEA 4LH4A 4E7IA 5M1QA 2UXBK 2WOMA 1Y64A 1W2BM 4DSLA 4BROA 3VEOA 4FOIA 5AQNA 5CYMA 4KTQA 5AQYA 4DFPA 5JLFA 4GY2B 4WCEL 2ZJRL 3DMJA 4OPKA 4DR1K 1FKPA 3LM9A 2IVPA 3TTFA 3TSQA 1ITGA 1BDGA 3HPGA 1QSSA 4JD2B 1O13A 4ID1A 4CJ4A 3L2UA 2W40A 3M5RA 3OYMA 1NK9A 2HMIA 5JVHL 4BACA 1KFSA 1W7AA 4FLTA 3KHYA 3M8RA 4HUGA 3W0LA 3AAQA 3CF5L 2IGIA 2HHVA 3SQ4A 4CZHA 3SAHA 4CHOA 3CJ1A 3SMSA 4DG1A 2HBKA 1HPMA 4L3QA 1OH5A 4B1YB 3NH0A 1QSYA 4GV3A 1SL2A 1OVQA 4BR4A 1UOCA 1L3VA 4O5BA 5EU7A 5HOOA 1JL2A 4M41A 3CFOA 4Y1DA 2FC0A 3THXA 3KKRA 4EP5A 4IOAL 3U3GA 1NLVA 5CYQA 5KQDA 4M7YA 4B8AB 1VQKN 4F2SA 4DQQA 1VQMN 3H3OB 4FZXC 4B1ZA 2CGKA 1JXBA 3NGZA 4AHCA 2Q31A 4NXMK 2ZM6K 4U7BA 3NF8A 1NGGA 4J2BA 4DTPA 3O9RA 3VF2A 2QM1A 4OX9K 2GWKA 5J2PA 3WUHA 4CEQA 3TAPA 4BRCA 3HXMA 2YV0X 3OYNA 4B3SK 3E9LA 4KRFA 2KZMA 3ZSQA 5CHIA 3CM5A 1HNXK 3DXKB 4XH1A 4CCHA 4DKWA 5K14A 2OCEA 4GKKK 3A5MC 4H5TA 1KAYA 2HNDA 3BZKA 4KV8A 5AQMA 3AO5A 1YTAA 2OPRA 2O8EB 4MDAA 4NO7A 5LY3A 1S1UA 3K58A 3C7NB 4YOYA 3PIOL 3P1GA 3DLBA 3S9HA 1VQPN 1LWEA 2O4GA 2P9NA 3C95A 4FWKA 4OJRA 4CF8A 4HUEA 4YORA 3MX5A 2JWKA 1V4TA 3DLGA 3LDPA 3RSEA 4DHYA 5AQIA 2IOCA 1XNRK 3OVNA 3A5OC 4HCCA 4MO5A 4CF0A 4CJSA 5HL7L 4CF1A 2YI1A 1IJJA 2F7TA 4IO8A 3HL8A 2F4VK 1K9MO 4DSJA 2KW4A 4LSNA 2NRHA 5BPMA 3PX6A 4CBWA 3KKSA 1CXUA 1EETA 4KO0A 3RTVA 4WQ4A 1WSGA 4CK3A 4FWQA 3J8AA 1NGJA 3EL2A 4QS7A 1MU2A 1U48A 1Q9XA 4J2DA 4N76A 1T6DA 4FLXA 3KWIA 1W97L 2I7NA 4NCAA 1HMVA 4IJAA 1T3VA 2NUBA 5C0YA 2CGJA 5JICA 4E1JA 2EHGA 2QWPA 3D2EB 3KK2A 2Q0UA 2HVIA 4M3RA 3JSMA 1J5EK 4BE1A 2P9LA 4ZHRA 4KH6A 1VK0A 3KK1A 3RR7A 3NH1A 4J2EA 4EFHA 4AHTA 3L2QA 2WFBA 3SBGA 1WSFA 1XC9A 1HNZK 3MAQA 2QA4N 1RDBA 3HT3A 4PY5A 3OJSA 1L3UA 2JWLA 3SQ1A 3ULDA 1M90O 1TK5A 4M3WA 4DU1A 1RT5A 4BWMA 3O9UA 5AQHA 3PSIA 3SUPA 2HVHA 4FWSA 4JKGB 1BISA 3HYFA 3ATVA 1T7PA 4RW6A 4CFCA 3CMEN 4XH4A 4BR9A 3H1QA 3ZSZA 2HHHK 4KHNA 1RBVA 4DV0K 4B3TK 4CJPA 1SZ2A 2AP1A 3L4QA 2D0BA 3A0IX 1ZBIA 5AQQA 2RPIA 4GMJB 1K8AO 2E20A 4O44A 5DM6L 4FM2A 4HUFA 3TAFA 1CLQA 3IFRA 1ZBLA 1QQMA 3CQYA 3M8SA 1C1AA 1S6PA 3FFIA 2GUIA 2FBYA 4DTUA 3LWMA 2QWRA 3WXMB 3EKSA 3ZX3A 2ZQBA 4C23A 4O0IA 5JS2A 3NVMA 1T8EA 2UU9K 4E7LA 3WXKA 3BZCA 1IBKK 4DQ8A 2FSJA 3CJ9A 4FWRA 4AHSA 4PKIA 4C8MA 3KLIA 4FWOA 3M1FA 2P9UA 1BQMA 1NNEA 3QERA 2HSTA 3ENBA 4KKOA 1F21A 3MDQA 3IAYA 1ZXOA 1YT3A 1DT9A 1HKBA 1WSEA 1K6YA 5AR0A 1NJZA 5F1XA 1Q18A 2P9IB 4HTUA 4BVOA 4DS4A 1KTQA 4BG8A 3M8QA 3NFAA 4F2RA 1U49A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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