4YH3A

Crystal structure of human brd4(1) in complex with 4-[(2e)-3-(4-methoxyphenyl)-2-phenylprop-2-enoyl]-3,4-dihydroquinoxalin-2(1h)-one (compound 19a)
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of a new chemical series of BRD4(1) inhibitors using protein-ligand docking and structure-guided design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yh3A01
4QC1A 5I89A 2DWWA 3UW9A 3JVKA 5FE2A 5D3TA 2E3KA 2F6JA 5L99A 4LYIA 4YY6A 4QBMA 5CQTA 3G0LA 4UIWA 5II1A 5EVAA 5IG6A 3MQMA 3UVWA 3MB4A 5HRXA 4ZQLA 5CY9A 2DVQA 5EQ1A 3SVHA 4UIXA 4TZ8A 5FFWA 4A9FA 3HMFA 2R10A 4NUDA 5IGLA 4TTEA 1F68A 4BJXA 4QSRA 4KCXA 3AQAA 4UYDA 5E3GA 3U5KA 4MR3A 3MB3A 1N72A 5I83A 4J1PA 2RS9B 5A5OA 5A83A 5HM0A 5F5ZA 3JVJA 3FKMX 4A9IA 3O35A 5I86A 4A9MA 4HXKA 4CUUA 4YBMA 3D7CA 4OGJA 5EWVA 4Z1SA 5CPEA 4NQMA 5JI8A 4QR5A 5EWDA 2RI7A 5E9IA 5I80A 2YEMA 4CLBA 4IORA 2D9EA 5TB6A 4AKNA 5KTXA 5F62A 5D3HA 1X0JA 5D3LA 4BW1A 4A9LA 4YATA 5CU8A 4PTBA 5FE9A 4QUUA 4HXLA 5A5PA 5E7DA 5FFVA 4Q0OA 5ENIA 4WHUA 4N4IA 4UIYA 5FE4A 4TYLA 4UYFB 4QR4A 5EPSA 5EPRA 1ZS5A 4OGIA 5CUDA 4UYHA 5DKDA 4OUFA 2OUOA 5HEMA 4TU6A 4NUEA 2RNXA 4YH3A 3ZYUA 5G4RA 5FFYA 5FH8A 4GPJA 5I40A 5IGKA 5DW2A 4LYSA 5D3NA 5HFRA 5EI4A 2RNYA 5FE3A 4NUCA 4CFKA 5DY7A 4PCIA 4O70A 4MR4A 5L96A 5CUCA 5LJ1A 3U5NA 4CFLA 3QZTA 3O37A 5E73A 2L84A 3DWYA 4TU4A 5I1QA 5AMEA 5F25A 5E9YA 4BW3A 4QR3A 3P1DA 4IOOA 2GRCA 3UV5A 2RNWA 2RFJA 3DAIA 5E3DA 3QZVA 4TS8A 4HXRA 5HQ7A 5CQ6A 5FG4A 4O7AA 4QEVA 2RO1A 5EP7A 5F2PA 2H60A 4ZC9A 5HELA 3JVLA 3LXJA 3QZSA 4NRCA 4NR9A 4PS5A 5LKUA 5DX4A 5COIA 4J0SA 4CUPA 4YYNA 5LUUA 5ACYA 5DKCA 5IGNA 4QY4A 5TCMA 4QYLA 5CGPA 3UV4A 5C87A 4NYVA 2YELA 5DW1A 4WHWA 5LVRA 2WP2A 5EA1A 4ALGA 5C4QA 3Q2FA 2YYNA 3UVDA 5BT5A 4YK0A 5FE5A 5A5QA 4QZSA 2NXBA 5F63A 4MEPA 4MR6A 5DFBA 4UYGA 4NQNA 3U5OA 5L8TA 3SVGA 5IGMA 4LZSA 5F60A 4QEWA 5EWWA 3K2JA 5FE0A 5AD3A 4CL9A 3U5JA 4Z6IA 5ENJA 1JM4B 4QYDA 4XUAA 3HMHA 4XY8A 4C66A 5LKZA 2N9GA 5FDZA 4N4HA 5EICA 4J3IA 4N4FA 4Q0NA 4NR7A 5HQ5A 4NRAA 4UIVA 4YC9A 5LJ2A 4CURA 5D26A 4Z1QA 5IBNA 3P1EA 5A5RA 3ONIA 5KU3A 4HBWA 4MENA 4BHWA 4KV4A 5CZGA 4LC2A 5JWMA 5CP5A 2WP1A 4QNSA 4LDFA 2LSPB 4A9OA 3I3JA 4O72A 5DYXA 5HCLA 2YEKA 5A5SA 1E6IA 5EWCA 4QSXA 5HRWA 4QSPA 4J0RA 4HXMA 5AMFA 5ETBA 4YBTA 5I29A 4PKLA 4Z6HA 5C85A 3P5OA 4NR8A 5CQ5A 5H85A 5G4SA 5DKHA 4NR5A 4LR6A 4NR4A 4TT4A 5LVQA 2DVVA 4QSSA 4PY6A 4O77A 2FSAA 4DONA 4MEQA 5FG5A 5ENHA 5D3JA 4HXNA 4O76A 4QB3A 4A9KA 5F1LA 5CUBA 4MR5A 5BT4A 5CUAA 4BW2A 5F1HA 5D3PA 4TZ2A 4IR5A 5FE8A 5D7XA 5A81A 5H1UA 5EPBA 5HLSA 5EK9A 4HXOA 4RVRA 4IR4A 4UYEA 4A9NA 5I88A 5ENGA 4TT6A 5KTUA 5F3AA 5A5NA 4HXPA 5F36A 5FB1A 4YYJA 4IOQA 1EQFA 5CRZA 5HFQA 4HBXA 2E7OA 4A9JA 3UVYA 3UV2A 4LRGA 5HRVA 5ENBA 4TT2A 4ZW1A 5D0CA 4O7CA 2L5EA 4CUTA 4YAXA 2DVSA 3MUKA 4A9EA 5E9VA 5EGUA 3S91A 5H1VA 5FE6A 4FLPA 4O78A 5CQAA 3RCWA 5K29A 5HENA 4XYAA 3HMEA 4ALHA 4NRBA 3O34A 5HJCA 5LJ0A 3JVMA 5C7NA 5CRMA 2DATA 2OSSA 4O74A 3O36A 5CUGA 4O7EA 5DLXA 5D3SA 4MEOA 5E9MA 4LZRA 4KV1A 4Y03A 1WUMA 4NYXA 4XUBA 3IU6A 5A85A 5ETDA 3MXFA 4QSWA 4NR6A 5DYCA 4QC3A 5CQ4A 2D82A 4Z93A 3Q2EA 5D3RA 5II2A 4C67A 5BT3A 3LQIA 4YYKA 3S92A 2R0VA 5FB0A 5HQ6A 4QEUA 4IR6A 2MJVB 4YABA 5EU1A 2E7NA 4YYDA 4QUTA 4O7FA 3GG3A 4HBVA 5EM3A 3U5PA 4NS5A 5E9LA 3P1CA 3UVXA 4YYMA 3SVFA 5IIDA 3MULA 3O33A 2KTBB 5CQ7A 4UYFA 3U5MA 2YQDA 2L85A 4YYGA 4NXJA 2R0YA 5LKTA 4N4GA 5FBXA 5F61A 5AD2A 2YW5A 5C8GA 5DFDA 2F6NA 4WIVA 5A7CA 5DFCA 4HBYA 5EISA 4YBSA 4YYHA 5ENFA 4BW4A 5E0RA 5LKXA 4O71A 5E9KA 3AADA 4X2IA 5L97A 2I8NA 5CQ3A 5EV9A 3NXBA 4YY4A 4UIUA 3U5LA 2DVRA 4PCEA 4QSTA 5FH7A 5DYUA 2I7KA 5CFWA 4YYIA 4UITA 5FE1A 5KO4A 4NYWA 4XY9A 5CTLA 5KHMA 4YH4A 5CS8A 5ENCA 4LYWA 5L98A 4E96A 4TQNA 5FG6A 4A9HA 3IU5A 4N3WA 5FH6A 3G0JA 2DKWA 5C89A 1JSPB 4UIZA 3LJWA 5I7XA 5J0DA 3LQHA 5I7YA 5DBMA 4QSQA 5D25A 3P1FA 5E74A 4LZ2A 4O7BA 4QSVA 2R0SA 3LQJA 5EWHA 4CUSA 5DLZA 4CUQA 5H1TA 2OO1A 5L8UA 4F3IA 4YADA 5DYAA 1WUGA 5FE7A 2YDWA 5CUEA 4O75A 4QSUA 5A82A 2G4AA 5D24A 3TLPA 5KTWA 4IR3A 4HXSA 5CQ8A 5ENEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QC1A 5I89A 2DWWA 3UW9A 3JVKA 5FE2A 5D3TA 2E3KA 2F6JA 5L99A 4LYIA 4YY6A 4QBMA 5CQTA 3G0LA 4UIWA 4AKHA 5II1A 5EVAA 5IG6A 3MQMA 3UVWA 3MB4A 5HRXA 4ZQLA 5CY9A 2DVQA 5EQ1A 3SVHA 4UIXA 4TZ8A 5FFWA 4A9FA 3HMFA 2R10A 4NUDA 5IGLA 4TTEA 1F68A 4BJXA 4QSRA 4KCXA 3AQAA 4UYDA 5E3GA 3U5KA 4MR3A 3MB3A 1N72A 1PUOA 5I83A 4J1PA 2RS9B 3ERRA 5A5OA 5A83A 5HM0A 5F5ZA 3JVJA 3FKMX 4A9IA 3O35A 5I86A 4A9MA 4HXKA 4CUUA 4YBMA 3D7CA 4OGJA 5EWVA 4Z1SA 5CPEA 4NQMA 5JI8A 4QR5A 5EWDA 2RI7A 5E9IA 5I80A 4AKGA 2YEMA 4CLBA 4IORA 2D9EA 5TB6A 4AKNA 5KTXA 5F62A 5D3HA 1X0JA 5D3LA 4BW1A 4A9LA 4YATA 5CU8A 4PTBA 5FE9A 4QUUA 4HXLA 5A5PA 5E7DA 5FFVA 4Q0OA 5ENIA 4AKIA 4WHUA 4N4IA 4UIYA 5FE4A 4TYLA 4UYFB 4QR4A 5EPSA 5EPRA 1ZS5A 4OGIA 5CUDA 4UYHA 5DKDA 4OUFA 2OUOA 5HEMA 4TU6A 4NUEA 2RNXA 4YH3A 3ZYUA 5G4RA 5FFYA 5FH8A 4GPJA 5I40A 5IGKA 5DW2A 4LYSA 5D3NA 5HFRA 5EI4A 2RNYA 5FE3A 4NUCA 4CFKA 5DY7A 4PCIA 4O70A 4MR4A 5L96A 5CUCA 5LJ1A 3U5NA 4CFLA 3QZTA 3O37A 5E73A 2L84A 3DWYA 4TU4A 5I1QA 5AMEA 5F25A 5E9YA 4BW3A 4QR3A 3P1DA 4IOOA 2GRCA 3UV5A 2RNWA 2RFJA 3DAIA 5E3DA 3QZVA 4TS8A 4HXRA 5HQ7A 5CQ6A 5FG4A 4O7AA 4QEVA 2RO1A 5EP7A 5F2PA 2H60A 4ZC9A 5HELA 3JVLA 3LXJA 3QZSA 4NRCA 4NR9A 4PS5A 5LKUA 5DX4A 5COIA 4J0SA 4CUPA 4YYNA 5LUUA 5ACYA 5DKCA 5IGNA 4QY4A 5TCMA 4QYLA 5CGPA 3UV4A 5C87A 4NYVA 2YELA 5DW1A 4WHWA 5LVRA 2WP2A 5EA1A 4ALGA 5C4QA 3Q2FA 2YYNA 3UVDA 5BT5A 4YK0A 5FE5A 5A5QA 4QZSA 2NXBA 5F63A 4MEPA 4MR6A 5DFBA 4UYGA 4NQNA 3U5OA 5L8TA 3SVGA 5IGMA 4LZSA 5F60A 4QEWA 5EWWA 3K2JA 5FE0A 5AD3A 4CL9A 3U5JA 4Z6IA 5ENJA 1JM4B 4QYDA 4XUAA 3HMHA 4XY8A 4C66A 5LKZA 2N9GA 5FDZA 4N4HA 5EICA 4J3IA 4N4FA 4Q0NA 4NR7A 5HQ5A 4NRAA 4UIVA 4YC9A 5LJ2A 4CURA 5D26A 4Z1QA 5IBNA 3P1EA 5A5RA 3ONIA 5KU3A 4HBWA 4MENA 4BHWA 4KV4A 5CZGA 4LC2A 5JWMA 5CP5A 2WP1A 4QNSA 4LDFA 2LSPB 4A9OA 3I3JA 4O72A 5DYXA 5HCLA 3D1BA 2YEKA 5A5SA 1E6IA 5EWCA 4QSXA 5HRWA 4QSPA 4J0RA 4HXMA 5AMFA 5ETBA 4YBTA 5I29A 4PKLA 4Z6HA 5C85A 3P5OA 4NR8A 5CQ5A 5H85A 5G4SA 5DKHA 4NR5A 4LR6A 4NR4A 4TT4A 5LVQA 2DVVA 4QSSA 4PY6A 4O77A 2FSAA 4DONA 4MEQA 5FG5A 5ENHA 5D3JA 4HXNA 4O76A 4QB3A 4A9KA 1ZKRA 5F1LA 5CUBA 4MR5A 5BT4A 5CUAA 4BW2A 5F1HA 5D3PA 4TZ2A 4IR5A 5FE8A 5D7XA 5A81A 5H1UA 5EPBA 5HLSA 5EK9A 4HXOA 4RVRA 4IR4A 4UYEA 4A9NA 5I88A 5ENGA 4TT6A 5KTUA 5F3AA 5A5NA 4HXPA 5F36A 5FB1A 4YYJA 4IOQA 1EQFA 3VKHA 5CRZA 5HFQA 4HBXA 2E7OA 3D1DA 4A9JA 3UVYA 3UV2A 4LRGA 5HRVA 5ENBA 4TT2A 4ZW1A 5D0CA 4O7CA 2L5EA 4CUTA 4YAXA 2DVSA 3MUKA 4A9EA 5E9VA 5EGUA 3S91A 5H1VA 2EJNA 5FE6A 4FLPA 4O78A 5CQAA 3RCWA 5K29A 5HENA 4XYAA 3HMEA 4ALHA 4NRBA 3O34A 5HJCA 5LJ0A 3JVMA 5C7NA 5CRMA 2DATA 2OSSA 4O74A 3O36A 5CUGA 4O7EA 5DLXA 5D3SA 4MEOA 5E9MA 4LZRA 4KV1A 4Y03A 1WUMA 4NYXA 4XUBA 3IU6A 5A85A 5ETDA 3MXFA 4QSWA 4NR6A 5DYCA 4QC3A 5CQ4A 2D82A 4Z93A 3Q2EA 5D3RA 5II2A 4C67A 5BT3A 3LQIA 4YYKA 3S92A 2R0VA 5FB0A 5HQ6A 4QEUA 4IR6A 2MJVB 4YABA 5EU1A 4AI6A 2E7NA 4YYDA 4QUTA 4O7FA 3GG3A 4HBVA 5EM3A 3U5PA 4NS5A 5E9LA 3P1CA 3UVXA 4YYMA 3SVFA 5IIDA 3MULA 3O33A 2KTBB 5CQ7A 4UYFA 3U5MA 2YQDA 2L85A 4YYGA 4NXJA 2R0YA 5LKTA 4N4GA 5FBXA 5F61A 5AD2A 2YW5A 5C8GA 5DFDA 3VKGA 2F6NA 4WIVA 5A7CA 5DFCA 4HBYA 5EISA 4YBSA 4YYHA 5ENFA 4BW4A 5E0RA 5LKXA 4O71A 5E9KA 3AADA 4X2IA 5L97A 2I8NA 5CQ3A 5EV9A 3NXBA 4YY4A 4UIUA 3U5LA 2DVRA 4PCEA 4QSTA 5FH7A 5DYUA 2I7KA 5CFWA 4YYIA 4UITA 5FE1A 5KO4A 4NYWA 4XY9A 5CTLA 5KHMA 4YH4A 5CS8A 5ENCA 4LYWA 5L98A 4E96A 4TQNA 5FG6A 4A9HA 3IU5A 4N3WA 5FH6A 3G0JA 2DKWA 5C89A 1JSPB 4UIZA 3LJWA 5I7XA 5J0DA 3LQHA 5I7YA 4QSQA 5D25A 5DBMA 3P1FA 5E74A 4LZ2A 4O7BA 4QSVA 2R0SA 3LQJA 5EWHA 4CUSA 5DLZA 4CUQA 5H1TA 2OO1A 5L8UA 4F3IA 4YADA 5DYAA 1WUGA 5FE7A 2YDWA 5CUEA 4O75A 4QSUA 5A82A 2G4AA 5D24A 3TLPA 5KTWA 4IR3A 4HXSA 5CQ8A 5ENEA
chains in the Genus database with same CATH topology
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