The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
115
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structure length |
115
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Structural characterization of an alternative mode of tigecycline binding to the bacterial ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-02-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI2 K; 1IBM K; 4JI1 K; 4OX9 K; 4JI0 K; 4X65 K; 5IT9 O; 4DV7 K; 4LF5 K; 4YY3 K; 2HHH K; 5LL6 Z; 2ZM6 K; 4DV2 K; 4JYA K; 4K0K K; 1I94 K; 4LF6 K; 4LFA K; 4NXN K; 5LMU K; 3OTO K; 4B3T K; 4B3M K; 2UXC K; 4JI5 K; 3J7Y P; 4DR3 K; 4DUZ K; 4DV4 K; 1FJG K; 1IBL K; 4DV0 K; 4JI6 K; 2UUA K; 4LFC K; 3T1H K; 1N34 K; 1N32 K; 5LMN K; 4GKJ K; 4DR4 K; 2UU9 K; 2UXD K; 1HNZ K; 4LF7 K; 4DR7 K; 4LF4 K; 4DV6 K; 4JV5 K; 4CW7 B; 5AJ3 K; 4X64 K; 1IBK K; 1N33 K; 2UUC K; 4DR1 K; 4JI7 K; 4JI3 K; 1N36 K; 4DR5 K; 4LF8 K; 4DR2 K; 3J81 O; 1HNW K; 3JAM O; 5BR8 K; 4AQY K; 4B3R K; 4KHP K; 2UXB K; 2VQE K; 2UUB K; 4LFB K; 3T1Y K; 1HR0 K; 2F4V K; 4CVN E; 4NXM K; 4DUY K; 5IWA K; 4V19 S; 5FLX O; 3J80 O; 1XNQ K; 4YHH K; 4X66 K; 1XMQ K; 1J5E K; 4DV5 K; 1HNX K; 3J7A P; 4B3S K; 4X62 K; 4DV3 K; 4LF9 K; 2E5L K; 4GKK K; 1XMO K; 1XNR K; 5A2Q O; 4DV1 K; 2VQF K; 4JI8 K; 4JI4 K; 4DR6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z4H A; 3FZK A; 4DTO A; 3QB0 A; 3ATU A; 1CZB A; 2HHH K; 4IO8 A; 1S1T A; 4DF8 A; 4B9V A; 1FW6 A; 2IOC A; 4NB4 A; 2FBY A; 1C1B A; 2ATQ A; 5LJW A; 4KH6 A; 1ZBI A; 4CZJ A; 1WSJ A; 4JKB A; 1NGF A; 3TSQ A; 3D2E A; 4H8K A; 1RIL A; 4JLH A; 4DTP A; 3OJS A; 4BRM A; 1IBL K; 3I56 N; 4CJR A; 3O9R A; 5AQL A; 1IKV A; 3CCS N; 1VK0 A; 3U8X A; 3LPU A; 2Q0R A; 4LFC K; 3EEQ A; 4GVE A; 1BU6 O; 2YHA A; 3C65 A; 3QIO A; 4KV8 A; 5B8H A; 2V7Z A; 4CJ7 A; 3HOS A; 1ILY A; 5GAG P; 5ELZ A; 4CJ4 A; 2OTL N; 4FLV A; 4GV3 A; 3WEE A; 1XHX A; 1QVF M; 2V7Y A; 5LY3 A; 3HRG A; 3HVR A; 1RT3 A; 3P39 A; 3AA5 X; 2A40 A; 4ID1 A; 3ZT0 A; 2KZZ A; 2O8F B; 4JKF A; 3VQB A; 3AVG A; 3VOV A; 1HMV A; 3K5L A; 4IKF A; 2J4R A; 3C7N A; 1TKZ A; 3P4I A; 1KAZ A; 3AO4 A; 3VQD A; 1YVU A; 3L2V A; 4J2A A; 4BRH A; 4M7Y A; 1Q8I A; 1T7P A; 2HMP A; 2ZQB A; 5EX5 A; 5C12 A; 1BI4 B; 2A1R A; 3H1V X; 4F2S A; 4CJS A; 4CFC A; 2D0C A; 4BRC A; 4FWP A; 2ZF5 O; 3TAP A; 1Q7Y O; 4CZG A; 3ULE A; 1MA9 B; 3BZC A; 4XH5 A; 1YVN A; 3CXC M; 2YNF A; 4CF2 A; 4MQ3 A; 5FPD A; 4QS9 A; 4B08 A; 2E2O A; 4WQ4 C; 4FO0 A; 2P9N A; 2NRT A; 4YOX A; 2G8V A; 3DM2 A; 3ZET A; 3RTV A; 5SWM A; 4CZI A; 4I2P A; 4CJ3 A; 2GEL A; 1YI2 N; 4I7F A; 1VSH A; 4CHN A; 1WOQ A; 2I7P A; 3EZW A; 2EWS A; 3AO2 A; 2GEM A; 4DFP A; 1NK0 A; 3VTH A; 1FXX A; 4DUZ K; 1HQE A; 3ZSQ A; 5AZI B; 3JS6 A; 5GIN A; 1K8A O; 4ILJ A; 1RT5 A; 1RTD A; 4E7H A; 1X1P A; 4U7B A; 3WNE A; 5JMV A; 3DLB A; 3VGM A; 4DQS A; 3BF3 A; 1R59 O; 2NRH A; 4IJA A; 3TSU A; 2D5R A; 5LMN K; 1SUQ A; 4J2E A; 4FLZ A; 3SJH A; 5FRO A; 3DOK A; 1SZ2 A; 2D0A A; 2JWK A; 1NM1 A; 2PBD A; 3MN7 A; 4FW1 A; 1SKW A; 3SUQ A; 1LWF A; 3LP0 A; 3RSE B; 5ADX H; 3W0L A; 5KPT A; 4DR5 K; 3RMD A; 4M3X A; 1B9D A; 4AQY K; 3ENH A; 1XHZ A; 4CJ5 A; 5CZ2 A; 1TUU A; 2BTF A; 1OH7 A; 1JLQ A; 2HHV A; 4TSX A; 2YNG A; 3LDN A; 3O9U A; 3AVM A; 1NGA A; 4NXM K; 3ZSV A; 2O4G A; 3DRP A; 4AHR A; 3RVC A; 2F9W A; 1XI1 A; 4CBU A; 5CY4 A; 4OPK A; 4A61 A; 2O8B B; 1ZBS A; 4ID5 A; 1NK7 A; 4YOV A; 1O13 A; 4CJV A; 2IS3 A; 1JL2 A; 3C95 A; 3MEC A; 1HUX A; 3JXU A; 1S9G A; 4BR0 A; 1C0F A; 3MED A; 1NU0 A; 1M90 O; 3AO1 A; 3OBY A; 4Z4F A; 5EU7 A; 4LF5 K; 3J8A A; 2B6A A; 4FWL A; 1L5U A; 2X74 A; 2VGM A; 3HBT A; 3ISN C; 4NXN K; 1HQU A; 5J1E A; 3OTO K; 3OYA A; 1MU2 A; 3B8A X; 4FWQ A; 1SS6 A; 4DV4 K; 1V4T A; 4R79 A; 4EIA A; 2Q2R A; 1HYS A; 4BY9 C; 3O4N A; 3O3G A; 2YI1 A; 4GNI A; 3HPO A; 4FJN A; 3VQ9 A; 3CFR A; 1G15 A; 3CM5 A; 4K42 A; 3EY1 A; 4BE2 A; 3M5R A; 3U9Z A; 1EX4 A; 1V4S A; 1RT7 A; 1KVA A; 5DM7 L; 4PQU A; 3CC7 N; 2HBJ A; 3ATV A; 4PKI A; 5CYM A; 5C25 A; 4DR4 K; 2I5J A; 2IC3 A; 5DK5 A; 2YHW A; 1Z6R A; 2OZM A; 5BN8 A; 1CXQ A; 1D8Y A; 5HRN A; 3QET A; 4RW8 A; 1TK8 A; 4FSV A; 3VGK A; 2LSN A; 3KWG A; 3A2F A; 4CEC A; 4ELT A; 4EP4 A; 4CHP A; 3DLG A; 3NE6 A; 4BVP A; 5JLH A; 1U47 A; 3OYD A; 2PFU A; 1HPM A; 3E9P A; 1A5V A; 3SQ2 A; 3PX0 A; 3ZSX A; 1BUP A; 5BRH A; 3QO9 A; 4CES A; 2FBT A; 2P9L A; 2WUS A; 1OH6 A; 1CZ9 A; 3NGY A; 5DM6 L; 1C6V A; 4C8L A; 4CJP A; 5FPE A; 5I3U A; 3TAB A; 4JKC A; 2D0O A; 4O0I A; 4PY5 A; 4BE0 A; 3HVT A; 4BRF A; 5C2D A; 5HRO A; 3J7A P; 1R0A A; 2A3Z A; 1D4X A; 5ADX A; 1RBU A; 1ZYQ A; 2NUB A; 3D2F A; 1HYV A; 2V51 B; 4DTX A; 3V9X A; 1HKB A; 4FJ9 A; 4CF8 A; 4H0O A; 5GIP A; 1Q9X A; 5C0Y A; 3VF4 A; 2Q3S A; 2VCP A; 4NCG A; 4HUE A; 4JD2 A; 3PX4 A; 4BRP A; 3HT3 A; 3VQ6 A; 1EKE A; 1ASU A; 5J2P A; 3D0P A; 3CYM A; 2O8E B; 3QIC A; 4O5F A; 1J5O A; 4MDA A; 4FJ8 A; 5AQM A; 2I7N A; 1B92 A; 1Q82 O; 5BRF A; 3NF6 A; 1X3M A; 3I8B A; 4CF9 A; 4KHU A; 1WAF A; 3PV8 A; 4FWN A; 2Z1I A; 3F9K A; 3K58 A; 3WT0 A; 3KLG A; 4FK4 A; 2HNY A; 1J9A A; 5F1X A; 2YHB A; 3CJ1 A; 3VGL A; 2G8H A; 2GX9 A; 5GAD P; 4LH4 A; 4BVO A; 3KD5 E; 4DTM A; 3ITH A; 4WFN L; 4KFB A; 2QI2 A; 4HTL A; 3ZSO A; 2GTD A; 1YJ9 N; 1J54 A; 5M1K A; 3VEV A; 4E3S A; 4DWI A; 3NF7 A; 3HZ6 A; 1C1A A; 2AP1 A; 3DAW A; 3MWP A; 1SAZ A; 3WEE B; 4DU3 A; 2Q31 A; 3R8E A; 4C1N I; 3TAR A; 3EO3 A; 3TI0 A; 2KFN A; 2CGK A; 1WSI A; 4M45 A; 4IDH A; 4DS5 A; 2YJE A; 4IFV A; 4B1Z A; 3CMA N; 2H3G X; 5FLX O; 5EVZ A; 1P90 A; 4BAC A; 4BR5 A; 2ZJQ L; 5AQZ A; 5KQD A; 3WXJ A; 4HVJ A; 4B3S K; 4KO0 A; 2QEX N; 4E1M A; 2E8A A; 3BDP A; 2X6S A; 3CFO A; 3OYF A; 4YOT A; 3SUO A; 1WNS A; 1KFD A; 1NBW A; 3DLE A; 4GMJ B; 1U2V A; 3WNG A; 2PAV A; 1RTJ A; 5AQY A; 1Z25 A; 4RG8 A; 1KFS A; 1HKC A; 1HNI A; 3K57 A; 3H1Q A; 1GLA G; 3L2W A; 4M3R A; 1TV6 A; 3SNN A; 1JCF A; 1WSG A; 4JI5 K; 2P9N B; 2HST A; 4CGF A; 4KB1 A; 4MFB A; 5BPL A; 1RT2 A; 4LC9 B; 2QK9 A; 2HHX A; 3ZET B; 3WQT A; 4J8F A; 4DU1 A; 4JN4 A; 3SK3 A; 4IG0 A; 2A6A A; 4BQL A; 4B9T A; 4JAX A; 1D9F A; 1BA0 A; 2P9S A; 2E2N A; 3TAM A; 1TKX A; 4B9N A; 3VEN A; 2IVP A; 3SMS A; 4DFM A; 4Z4G A; 2Q1N A; 4CGH A; 4BRK A; 3CET A; 3PY8 A; 1ZBH A; 1KSP A; 2UU9 K; 1EET A; 3GG4 A; 1IV0 A; 1BWF O; 1HPZ A; 3PX6 A; 4ILG B; 2V52 B; 4E7K A; 2DFH A; 3RR7 A; 4CK2 A; 4AIL C; 3SQ4 A; 4CK3 A; 3ZX0 A; 1T03 A; 1RTH A; 1WSE A; 4CZF A; 3DJC A; 2EX3 A; 5D3G A; 1U49 A; 2F8S A; 4OPH A; 1RCH A; 3NH2 A; 3CME N; 1GLC G; 3JAM O; 1S1U A; 5BR8 K; 4BC5 A; 3G10 A; 1N8R O; 4K25 A; 3S3O A; 3WUH A; 4A57 A; 3AVA A; 4PL8 A; 2NRW A; 5AQI A; 5AQK A; 4BG9 A; 3CQY A; 3SPY A; 2Z1G A; 4A59 A; 2E1Z A; 4Y0W A; 1QQO A; 3U4L A; 4K8X A; 4JKD A; 4B1U B; 4YFU A; 3PO4 A; 2F4V K; 3RRG A; 1NGH A; 4F8R A; 3KLI A; 4JKG A; 2GUP A; 4CI6 A; 1NK6 A; 1HNX K; 5DMR A; 3MWT A; 4JK9 A; 4M3T A; 1T3V A; 1WUA A; 5KRT A; 3V1O A; 3O80 A; 4FWR A; 3SYZ A; 2HF3 A; 4E1J A; 5AZJ B; 2E5L K; 1DT9 A; 1NLV A; 4FLY A; 4BC2 A; 4JS4 A; 3BZK A; 3ZT4 A; 3BY5 A; 1Z26 A; 3C6H A; 3RMC A; 2OCE A; 3MCP A; 1YJN N; 5F0X A; 4JI1 K; 1L3T A; 3EL2 A; 4DB3 A; 4JI0 K; 1IKY A; 4DV7 K; 4O8K A; 3V1Q A; 4O5B A; 5CZ1 A; 2ZJR L; 2BAN A; 2NRR A; 4DFJ A; 3O9Q A; 1U4B A; 3ENO A; 3Q7C A; 4HUG A; 2QWP A; 4FWS A; 1I94 K; 2FSJ A; 1C0U A; 4DQQ A; 1QSS A; 2ZWH A; 3DXM A; 2G8I A; 3KLE A; 1DKG D; 4CER A; 2QTD A; 3SPZ A; 1B9F A; 2RHK A; 4OVL A; 3SAF A; 3WQU A; 1KVC A; 1K6Y A; 4CEA A; 4AF1 A; 1OVQ A; 4FW2 A; 5TKY A; 1NKE A; 3ZSR A; 3AVH A; 3VQ4 A; 2YKN A; 3CJB A; 4A5A A; 4I9Q A; 1VRU A; 2XY8 A; 2VWB A; 3T19 A; 4BR9 A; 4B9L A; 4R5P A; 3E01 A; 3PSI A; 2F7T A; 3K5M A; 3QNN A; 3LPT A; 4E19 A; 2UXD K; 3SV4 A; 4PUO A; 4DR7 K; 3KTQ A; 3MEE A; 3H45 C; 4M3Z A; 1X9M A; 2BE2 A; 1KLN A; 3LAL A; 2IDO A; 1CZA N; 1Q18 A; 4B9Q A; 2QXL A; 4JI3 K; 4FJM A; 3MN5 A; 1DTQ A; 3CJA A; 3VA0 A; 1NJY A; 1X9W A; 2OPP A; 1KAX A; 2HVH A; 3GBT A; 4E7I A; 1TL1 A; 4BDZ A; 3OYN A; 2QA4 N; 1L3V A; 3I55 N; 3M8P A; 4MO4 A; 4O0J A; 3KHY A; 3O5B A; 1XWL A; 4CVN E; 4W5Q A; 1VQ4 N; 5KRS A; 1WSF A; 1ATS A; 3CHW A; 3J80 O; 3OYJ A; 3I0S A; 1ITG A; 4FLU A; 4YDU C; 3IRX A; 2QWQ A; 3CCJ N; 3HPG A; 4LF9 K; 3THX A; 1SKS A; 4NCB A; 2WBN A; 4KI6 A; 4XIU A; 2P9L B; 4JNE A; 4DTS A; 1XMO K; 5A2Q O; 1H1V A; 4KH4 A; 2GWJ A; 4FPB A; 3L8B A; 1EQY A; 3SV3 A; 1RBV A; 1G99 A; 3O08 A; 4DR6 K; 2A1S A; 4DS4 A; 2KFZ A; 2E88 A; 3AO3 A; 2NRZ A; 2HVI A; 3H46 O; 4WFA L; 3A5L C; 1NMN A; 3ID8 A; 4H5R A; 3UE5 A; 4DV2 K; 3ALY A; 1ATR A; 3QEP A; 3MEG A; 4DU4 A; 2QKK A; 3FE1 A; 1FKP A; 3VEZ A; 4B3T K; 3D2F B; 4FJ7 A; 3U6F A; 3HM8 A; 4NYF A; 1VSE A; 3CFP A; 4B1X B; 1GLL O; 4CIF A; 1RDB A; 2HBM A; 3T3F A; 1Y64 A; 3T69 A; 2Q0U A; 1U6Z A; 3VQ7 A; 1KTQ A; 4CEZ A; 4DLG A; 4KTQ A; 1N34 K; 1XQS C; 2P1J A; 2RN2 A; 1WB9 A; 1A5X A; 3HST B; 4JKA A; 5AFU H; 4GKJ K; 4ZTJ A; 3SJJ A; 3M8S A; 4CGG A; 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3VF2 A; 3UB5 A; 5E84 A; 2ITM A; 1K8K A; 1U2V B; 3AVK A; 1RDC A; 2KKZ A; 2YNI A; 4KTZ A; 3TAF A; 3K2P A; 3CQ8 A; 4KAZ A; 3NVK A; 4FLW A; 1BA1 A; 1KXP A; 4BC3 A; 4AHU A; 2R7Y A; 3OYG A; 2XHB A; 1X9S A; 1GOB A; 1DGK N; 4CE9 A; 4CZL A; 1HYZ A; 3T1A A; 2P9S B; 2OPR A; 1NK9 A; 4YOU A; 1I3A A; 3NVM A; 1ZXO A; 4IDK A; 1KLM A; 3DXK B; 3K9J A; 2XY6 A; 1U45 A; 4CZH A; 4F4K A; 2P9P A; 5E41 A; 1LV5 A; 4H5V A; 2BGG A; 3HP6 A; 1RT1 A; 2FF3 B; 2VG6 A; 4E7L A; 1LW0 A; 1W7A A; 4CED A; 5AQN A; 1SKR A; 5AFU A; 3SUN A; 2X78 A; 2FSN A; 1K9M O; 1QHA A; 1U04 A; 1IG8 A; 1XNQ K; 2IGI A; 3S9H A; 2Z1J A; 2GWK A; 1ATN A; 4BRL A; 3OJU A; 4C8O A; 4FL9 A; 3AVF A; 4H4M A; 3D7E O; 4RCH A; 4WCE L; 3PLA A; 3TAG A; 3JSM A; 5HP1 A; 3R9P A; 4CHY A; 3LDO A; 4EP5 A; 1EWR A; 1GOC A; 2YCH A; 4BGA A; 1NGJ A; 1TYQ A; 1VQ8 N; 2A41 A; 3OS2 A; 2O8F A; 1IBM K; 4FK0 A; 4BR2 A; 5CE3 A; 4KRE A; 5HRP A; 3MMV A; 4IO9 L; 4KHW A; 3CQX A; 1DTT A; 5C24 A; 3OS0 A; 5CHI A; 2CGL A; 5CR4 A; 4FJH A; 3D6R A; 5SZT A; 1BIZ A; 2OPS A; 3FR0 A; 4KTW A; 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