4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1FCDA 2XVFA 4A6NB 4U8JA 3DGHA 4Y4NA 1PJ7A 3NIXA 4U8OA 1L9DA 1FL2A 2YVJA 4C77A 3V3NA 3AEGA 1ZYPA 3AWIA 4XWRA 4H4QA 1NG3A 1EBDA 2XLTA 2XLPA 4GCMA 4AP3A 1LVLA 1NHRA 4LIIA 4D04A 3UTGA 2WBAA 4X4JA 1F8RA 3DJDA 1IUVA 2YR4A 2IVDA 4A65A 1IJHA 1VG9A 2C67A 3UKLA 1JNZA 4GDEA 4U2LA 4BK2A 4TLZA 4DSGA 4FK1A 4NZHA 4GDPA 2YWLA 3LZXA 1TYPA 3B6DA 2CULA 3AECA 4CCQA 1W4XA 4Z2RA 4TLXA 2TMDA 1PJ5A 3P4PA 2C70A 3V76A 1Z6LA 3LJPA 1PS9A 2V6OA 3WE0A 1JRZA 2EQ7A 2R46A 2WPEA 5FS8A 3UP4A 4Z24A 2BXRA 4A79A 3F8PA 1JU2A 2RGOA 3QJ4A 4YKFA 4YTPA 1Q9IA 1AOGA 2YLWA 3NYFA 3GMBA 3AYJA 2X8HA 2GVCA 3NG7X 3KLJA 4YSHA 3ZYXA 5LV9A 4K2XA 3BHKA 1YY5A 1E1KA 3ATQA 3FIMB 3CPJG 4YKGA 5EB5A 4RG4A 1YQ4A 1NHQA 2WOVA 3UP5A 2HQMA 4U8IA 5EBKA 5KOXA 2C72A 5GRTA 1K0LA 1DOBA 2WOWA 4IVMB 4UDQA 3AEBA 3UTFA 1VQWA 2BS2A 2YM2A 4BK1A 1BWCA 2W0HA 4TM0A 4B1BA 4J31A 4J56A 1KFYA 2V61A 3AXBA 4UP3A 1NDAA 4H4SA 2BCPA 1ELIA 5JCKA 2JB3A 2DKIA 2GR3A 1TDEA 4C3YA 5BVAA 2GMJA 3P9UA 2FJEA 4J2WA 1FECA 1MO9A 3RNMA 3ITJA 2GQWA 1DNCA 1O94A 2GH5A 2Q0KA 3GD3A 4OPCA 2GF3A 1B5QA 4K5RA 3ZDNA 4U8MA 4YTNA 1O95A 2X8GA 3NTAA 2R0CA 3UTHA 2CFYA 2PYXA 4CRTA 1H6VA 4DGKA 2RABA 3V3OA 4O5QA 1B8SA 4FDCB 1FOHA 4D03A 2B9WA 4J57A 3UKPA 2C3CA 1GTEA 5J60A 3AE6A 4J34A 3VRDB 4ZCCA 1F3PA 3URHA 1E1NA 4B64A 2WP6A 4K8DA 2XLSA 4CNKA 3AE7A 1OJDA 3G5RA 2WEUA 5JCLA 4O5UA 3GYJA 4B65A 1M6IA 2BK4A 4JN9A 4H2RA 1K4QA 2AR8A 4X9NA 3IC9A 3F8DA 1X31B 2OAMA 4ADWA 1H83A 3Q6JA 1GRHA 2BABA 1SEZA 1Q1WA 2I0ZA 3UKFA 5CQFA 4X9MA 1NG4A 4H2NA 1H86A 2BK5A 3LZWA 4EQXA 5KRQA 3CNJA 3P4QA 5BULA 3D1CA 2WETA 1XPQA 1ZY8A 3K30A 4B69A 3BI2A 2GV8A 3NYCA 1XHCA 3UOZA 1JEHA 2IIDA 4FK1C 3GSIA 2VVMA 4Z43A 3GWFA 4EIQA 2YLTA 4H4XA 4YSYA 3ALMA 1PBCA 4H4ZA 1TDFA 2NVKX 4AP1A 2VVLA 4C3XA 4A99A 2YG7A 4GRTA 3DJEA 4U8NA 4OPGA 3B3RA 2YLXA 4ECHA 2Q6UA 1Y0PA 2XLUA 4DNAA 2XFNA 3AE9A 4NEVA 1CJ3A 1LQUA 1LTXR 3ADAB 5C3JA 1EL8A 1S2QA 1TRBA 1F8SA 4NTEA 3IF9A 4U8KA 4U2SA 3UKAA 3Q9TA 2DKHA 4OPTA 1Y56A 4IVOB 5JCIA 3PVCA 3SQPA 2GAHB 3NH3X 3ICRA 4Z44A 2E5VA 2YM1A 1PBFA 3LOVA 4BV6A 4JY3A 2YR6A 4YSXA 4ZN0A 3AE3A 3QFAA 5KOWA 3AD7B 3DK4A 1JOAA 4N9XA 4UDRA 1GREA 1N4UA 1GRGA 1NHPA 2A87A 3BI5A 5IPYA 3LADA 1QJDA 2XFUA 2NPXA 1P2EA 3NNEA 1RP0A 1GRTA 3DMEA 4OPDA 1JNRA 2H89A 4IA5A 3PS9A 4K22A 4I58A 2RGHA 3M12A 3UOYA 2Z5XA 3JSKA 2OALA 4XWZA 3KPFA 4A5LA 1GEUA 5HY5A 3CGDA 1BKWA 4FX9A 4EMJA 4H4YA 4YTMA 1ZMCA 1PJ6A 2C65A 1LV0A 1B4VA 2B7RA 4K7ZA 5FS6A 4APNA 2APGA 2GR2A 3FBSA 5FS7A 2X8CA 3KU9A 3ALLA 2EQ9A 2UZZA 3AYIA 1N4WA 2JB2A 3H8LA 3CPIG 4B63A 1IUXA 3L8KA 3O0HA 2XLRA 2WU5A 3AE1A 4YSZA 3SGLA 4JY2A 4WCTA 1XANA 2TPRA 1BGNA 3EAOA 1PXBA 4HA6A 1GNDA 2YG3A 3ICSA 5HHFA 3EPTA 1E7PA 4M52A 3VRAA 3AEEA 2BS3A 4ICYA 4CBQA 2ZBWA 3DK8A 4Z2UA 4OPLA 4EM3A 1DOEA 1IUUA 2WS3A 2GMHA 2YLSA 1GOSA 2CVJA 3F8RA 4IA6A 4I59A 1H7XA 4CCRA 5EOWA 3NK1X 5U25A 4EQSA 1GESA 1RSGA 3NHOX 3UKHA 2GQFA 2OA1A 1OJ9A 2Q7VA 3UKQA 1N4VA 1E1MA 1GTHA 3C96A 4OPUA 1MXTA 3IHGA 1ZOYA 3BNMA 5U1OA 1CC6A 1H81A 3NKSA 2GB0A 1QO8A 3RP8A 5KXJA 2XCGA 1E6EA 1PHHA 1D4DA 3FG2P 1S3EA 3D8XA 1FEAA 4H2PA 2YAUA 3CN8A 1IUTA 4NEWA 1OJTA 4H4WA 4AT2A 3GD4A 4Z25A 3VRBA 3GDNA 3KD9A 4GUVA 2C64A 1ZDLA 3K7TA 4OVIA 1PBDA 1YQZA 2XVHA 2Y6RA 5TR3A 3NK2X 3AEFA 3CPHG 2O9ZA 1NEKA 3P4RA 1D5TA 4E0VA 5U63A 3NYEA 2AAQA 1ZKQA 4EM4A 1H7WA 2XYOA 3QSMA 3KKJA 4H50A 5M10A 4USRA 2WDRA 2XVEA 1E39A 3M13A 4ZCDA 3K7MX 2Y6QA 3AEDA 2R9ZA 3IWAA 2EQ6A 3RP7A 3R9UA 2BXSA 1PBBA 1F6MA 2JK6A 2WDVA 2YG5A 3OC4A 2WDQA 4H2QA 4H4UA 2YVGA 2J3NA 3C4AA 5L46A 1GETA 1CJCA 3AE5A 1CC4A 2QCUA 2A8XA 1PN0A 2IVEA 1GRBA 3EANA 1HYUA 2R45A 3VR9A 4PABA 1TDNA 3I3LA 2C3DA 3GWDA 1OJAA 4BJZA 4LU6A 2BACA 3K7QX 5GSNA 2C75A 1BF3A 1VDCA 2AQJA 3NT6A 3RHAA 3P1WA 1RYIA 3E1TA 1D4CA 3LXDA 2WOIA 4EQRA 2BC0A 3ABVA 4BURA 3GRTA 2FJAA 1KNRA 2YG6A 1KDGA 3KVEA 1ZYNA 1N1PA 2WPFA 1KSSA 3AD9B 3IHMA 2QAEA 1O5WA 1KSUA 2CDUA 2VQ7A 3QVPA 3H4KA 1GV4A 1P2HA 1LPFA 1GRAA 1L9CA 1LQTA 3G5SA 4KPRA 2ZZBA 1K0JA 2B7SA 2X50A 2YVFA 1L9EA 1KF6A 3DA1A 1DODA 3S61A 5BUKA 3SM8A 2VRMA 2XFQA 3NRNA 3VR8A 2WESA 4C74A 1B37A 3AE4A 2BCGG 3CGCA 2EQ8A 4H4VA 2WP9A 2F5ZA 2VQBA 2GAGB 2R4JA 2FJDA 1EL5A 4H7UA 3C4NA 4MNNA 1IUWA 1EL7A 5EB4A 1F8WA 5JCMA 1QLBA 1K0IA 1S3BA 4LA1A 3AD8B 4U8PA 1D7LA 3DJJA 2C66A 1D7YA 2R0PA 5KVIA 4IV9A 1ZX9A 3ISHA 1FEBA 2C7GA 1NHSA 5ER0A 4EMIA 4WX1A 4GR1A 3PO7A 2GR0A 4JQ9A 2OLOA 4CY8A 4A6NA 1CJ4A 2V3AA 2C76A 2E4GA 3S5WA 2VZ2A 3BNUA 4AT0A 3AEAA 2GR1A 2WHDA 4U2TA 2YR5A 1KNPA 1JRYA 3REDA 4UDPA 3QVRA 5C2TA 1GERA 3CNSA 3GRSA 2ZZCA 1D4EA 1MOKA 2VVLG 3NN0X 5HYMA 1TDOA 2B9XA 1PBEA 4TM1A 2ACZA 4YWOA 2H88A 3RP6A 3AB1A 1CHUA 3FMWA 3SFEA 1M64A 3CTYA 5J7XA 2V60A 1CL0A 3AE8A 1H84A 2XFPA 4H4RA 3T37A 2FBWA 2BYBA 4OPIA 1ONFA 4C5OA 3GYIA 1UKVG 2VRLA 3UCLA 1GRFA 3GDPA 3CNDA 1L0VA 2YQUA 2E1MA 4OCGA 1GXFA 4HB9A 4Z2TA 5KVHA 1CJ2A 2X99A 4MJWA 3UTEA 5IQ4A 1VG0A 1NAAA 2JKCA 1EL9A 3ATRA 4H4PA 2BC1A 3DJGX 3L1RA 1VRQB 1ZP0A 2WP5A 3QSSA 4J33A 4JNAA 2Z5YA 1BGJA 1DJNA 4B66A 2X3NA 2YG4A 3KA7A 2QA1A 3COXA 2V5ZA 5BRTA 4TM3A 4XXGA 2XFOA 2YLRA 1H82A 4KX6A 3CGBA 1OJCA 2Q0LA 3M0OA 1GALA 3H8IA 4DSHA 1GT8A 3CNTA 4H4TA 1Q1RA 3G5QA 5CKUA 2V3BA 3NGCX 3II4A 1JRXA 1COYA 1DJQA 2XVIA 1V59A 3HZLA 4JDRA 5FS9A 3CIRA 3QFBA 4RG3A 3BI4A 4BK3A 3QSEA 4YT0A 1ZMDA 1BZLA 2RGJA 1ZOVA 3DK9A 3P4SA 4REKA 4B67A 4RSLA 5IQ1A 5DBJA 2ARDA 1CF3A 2GEWA 2XVJA 4AOXA 1DXLA 3VQRA 4A9WA 3CNPA 4EMWA 3UOXA 1REOA 3I6DA 5KWFA 1PXAA 1TDKA 4TM4A 2PHHA 4A7AA 4Y4MA 3FPZA 2WPCA 4K5SA 4J36A 4PAAA 2FJBA 4B68A 1Y56B 1NENA 1TYTA 4NTCA 4EQWA 2YLZA 1DOCA 2WU2A 3DGZA 3LB8A 2BS4A 1E1LA 5JCNA 2C73A 3AE2A 1ZK7A 1LJ1A 2QA2A 2B76A 3OZ2A 4Y4LA 5FMHA 4YXDA 1NPXA 3NK0X 4NTDA 2XDOA 3NTDA 1CC2A 3NLCA 5HXIA 3SFDA 4AOSA 4GF7A 4Z26A 2R4EA 4CNJA 1GPEA 3UOVA 1PXCA 1YQ3A 4USQA 3CGEA 2BA9A 3UKKA 1IUSA 1XDIA 4CY6A 3AYLA 1YKJA 4JNQA 2OLNA 1CBOA 5M0ZA 4BJYA 2WQYA 2ZZ0A 4EIPA 3GMCA 2BK3A 2B9YA 2GRTA 4P9SA 3DH9A 3BHFA 2VOUA 2A89A 2JB1A 1GSNA 2JAEA 3EF6A 2JBVA 1PDHA 3ALJA 3NN6X 3ICTA 1S2YA 2R0GA 4U8LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KHPA 1EV9A 1FW1A 3DGHA 1OE7A 3GRXA 1L9DA 4C77A 4KDYA 2WFCA 4H4QA 3HYVA 2H72A 2HE3A 2E2MA 3GV1A 2XLPA 4GCMA 4AP3A 2WZ9A 1F8RA 4K1FA 1BQ7A 3DJDA 1IJHA 1M2AA 3VLNA 4BK2A 4PUAA 2YANA 1S3RA 4K8MA 3B6DA 2AJQB 2CULA 4ILFA 5GSTA 1XZOA 1T7PB 2TMDA 1XIYA 5C04A 1PD21 3ZMLA 5H5QA 3F8PA 3EU4A 3GSSA 3R3EA 4PQHA 3QJ4A 2P31A 3DKSA 4TR0A 3Q18A 3BD2A 4RQXA 4POBA 4K9ZA 4YSHA 3L0HA 5IOWA 4X0XA 1U88A 2EIOA 4XTSA 4HSCX 3CPJG 2DJJA 4AJ6A 4PGTA 4L5LA 2YWOA 3DEXA 4K6XA 3UP5A 2GVPA 2I4AA 2HQMA 3P90A 2P5QA 1GULA 1U6TA 1TI3A 1DOBA 3W8JA 1GSUA 1VQWA 4MABA 4GCIA 2W0HA 4J56E 4J56A 2IMEA 1JZWA 2WJUA 4H4SA 2JB3A 4C3YA 2WDUA 3P9UA 3C7MA 2GZZA 4KH7A 3U6VA 2FJEA 1FECA 5HR2A 1K0CA 1H4OA 4OPCA 1I5GA 4YTNA 4OWYA 1O95A 2R0CA 3RHCA 2B1KA 2PYXA 1H6VA 4DGKA 3WT1A 1ZL9A 5J3RA 1OC3A 1VGLA 1YEXA 1SK1A 3UBLA 3WD6A 2WS2A 1E6BA 3EYTA 2B9WA 4J34A 2GGTA 3FZ9A 5ENUA 2WP6A 3MDKA 5JCUA 1Q4JA 3KP9A 1OC9A 4B65A 1K3OA 4OFTA 3O76A 1S3DA 2AR8A 2OAMA 5AGYA 1GRHA 4II2A 2E2GA 2GDRA 1HD2A 2OE3A 1Q1WA 2A2PA 4ZBDA 5ECKB 4X9MA 1NG4A 4LMWA 4EQXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2KHP A;  1EV9 A;  1FW1 A;  3DGH A;  1OE7 A;  3GRX A;  1L9D A;  4C77 A;  4KDY A;  2WFC A;  4H4Q A;  3HYV A;  2H72 A;  2HE3 A;  2E2M A;  3GV1 A;  2XLP A;  4GCM A;  4AP3 A;  2WZ9 A;  1F8R A;  4K1F A;  1BQ7 A;  3DJD A;  1IJH A;  1M2A A;  3VLN A;  4BK2 A;  4PUA A;  2YAN A;  4K8M A;  3B6D A;  2AJQ B;  2CUL A;  4ILF A;  5GST A;  1XZO A;  1T7P B;  2TMD A;  1XIY A;  5C04 A;  1PD2 1;  3ZML A;  5H5Q A;  3F8P A;  3EU4 A;  3GSS A;  3R3E A;  4PQH A;  3QJ4 A;  2P31 A;  3DKS A;  4TR0 A;  3Q18 A;  3BD2 A;  4RQX A;  4POB A;  4K9Z A;  4YSH A;  3L0H A;  5IOW A;  4X0X A;  1U88 A;  2EIO A;  4XTS A;  3CPJ G;  2DJJ A;  4AJ6 A;  4PGT A;  4L5L A;  2YWO A;  3DEX A;  4K6X A;  3UP5 A;  2GVP A;  2I4A A;  2HQM A;  3P90 A;  2P5Q A;  1GUL A;  1U6T A;  1TI3 A;  1DOB A;  3W8J A;  1GSU A;  1VQW A;  4MAB A;  4GCI A;  2W0H A;  4J56 E;  4J56 A;  2IME A;  1JZW A;  2WJU A;  4H4S A;  2JB3 A;  4C3Y A;  2WDU A;  3P9U A;  3C7M A;  2GZZ A;  4KH7 A;  3U6V A;  2FJE A;  1FEC A;  5HR2 A;  1K0C A;  1H4O A;  4OPC A;  1I5G A;  4YTN A;  4OWY A; 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