4YKG | Genus

Total Genus 158

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	521
structure length	520
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title	Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli k12
total genus	158
structure length	520
sequence length	521
ec nomenclature	ec 1.8.1.-:
pdb deposition date	2015-03-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4ykgA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA03

1OJDA 4FK1C 3B6DA 3QSMA 4A65A 4Z25A 3BNUA 2YVFA 4OPLA 2BS4A 4LU6A 3UP5A 4LIIA 4U2LA 1L9CA 3DJEA 1VG0A 1JRYA 3AE9A 3ICSA 3AE5A 3P9UA 3DGZA 1HYUA 1S3BA 2XLPA 4NTDA 3UKKA 1PHHA 2DKHA 2NVKX 2OALA 2WPCA 1GERA 2YR5A 4IVMB 2XVJA 3K7QX 3NLCA 4RG3A 1KNPA 5EBKA 1H84A 3AYIA 3AD7B 2GVCA 4H4WA 3BHKA 2JAEA 4OPUA 3UOVA 2O9ZA 4U8KA 2GQWA 4U2SA 2V3AA 2OLOA 1Y56B 3C96A 1PBBA 5BULA 1IUVA 3VR9A 4K7ZA 2Y6QA 1B37A 2EQ7A 2YG7A 3DJDA 4Z44A 4BURA 1Q9IA 3SFEA 2VZ2A 1F8RA 1VQWA 3E1TA 3QFAA 3RP8A 1D7YA 3AE1A 3NH3X 3AD8B 3AE8A 2C76A 3SGLA 4B68A 4AOXA 2V3BA 5KOWA 1BGNA 2BC1A 4GRTA 5HYMA 2JB1A 1Y0PA 4U8OA 1DOEA 3CPIG 1N4UA 2WDQA 4IVOB 1E1LA 1O95A 1OJTA 4U8IA 1CJ3A 3V76A 1BWCA 1ELIA 1NPXA 3GWDA 2GF3A 3H8IA 3ABVA 1CF3A 3D8XA 4Z2UA 3DK9A 2R46A 3UCLA 3ZDNA 3GD3A 4BJZA 1D4CA 4CCRA 1KSSA 3V3NA 1M6IA 2AAQA 5FMHA 2BA9A 2YVJA 3CNJA 5EOWA 3QFBA 4K5SA 3UTFA 4KPRA 4JNQA 3Q6JA 3UP4A 2RGJA 3ITJA 3UTHA 3AXBA 1E6EA 2Z5XA 2PYXA 1GTHA 2GAHB 3SM8A 2DKIA 3II4A 1NENA 1CJCA 1F8WA 4EMWA 1PJ7A 1M64A 2RGOA 2VRLA 3NK1X 4U8JA 1GALA 3AEGA 5KRQA 2ACZA 4H4SA 3L8KA 2B9XA 2XLUA 4JNAA 1Q1RA 5CKUA 3D1CA 2FJAA 4FK1A 3ATRA 4U8PA 3GYJA 3F8RA 2Q6UA 1PXAA 3NHOX 3T37A 2Q7VA 1DJNA 2WU2A 1LPFA 1NHRA 3M12A 1SEZA 4J2WA 1LTXR 4TM3A 4WCTA 1FEBA 4YSYA 3GSIA 2XYOA 3VRBA 1EL5A 3NYEA 4B1BA 1NG3A 2AR8A 3BHFA 4NEWA 5HXIA 2GV8A 4CRTA 2GR0A 1GOSA 2WETA 1O5WA 2YLXA 4ZN0A 1GV4A 3NRNA 2WDVA 2GAGB 4K2XA 3B3RA 1KF6A 1BGJA 4U8NA 3DA1A 1GRGA 1GRBA 1TDEA 2FJDA 3LZWA 4K5RA 4YTMA 4YTPA 4J57A 3AEDA 4CNJA 3NYFA 2BACA 5IPYA 4TLXA 1CL0A 3F8DA 4YWOA 3DK8A 1QJDA 4B66A 2E5VA 4ZCDA 5JCIA 2GR3A 3GWFA 2FJBA 1CHUA 3K7TA 4NEVA 4YTNA 4EIPA 1XDIA 2YM1A 1PDHA 2BK5A 1MO9A 1O94A 5BVAA 1CJ4A 3I6DA 1GPEA 3IHMA 2R4JA 3EF6A 2BXSA 3CPJG 2BK4A 4A7AA 4AP3A 3RHAA 1TYTA 1E7PA 2YLZA 1DNCA 5J7XA 2Z5YA 2YG4A 4J56A 4RSLA 3Q9TA 4A5LA 3P1WA 4M52A 3OZ2A 1PBDA 1H7XA 2YM2A 4C5OA 3GD4A 1D5TA 2H88A 1GTEA 2R4EA 4ADWA 2C67A 1BF3A 3CNSA 1IUTA 1E1NA 4GUVA 4UP3A 2WDRA 2RGHA 5M0ZA 3H8LA 2VOUA 2R45A 5M10A 2WOWA 1ZDLA 2OLNA 3HZLA 2JB3A 2XFPA 2GEWA 3PS9A 2XVEA 3LB8A 3UKLA 1YQ4A 3R9UA 4YKGA 1KDGA 3NK2X 3EAOA 1GETA 4A6NB 1LV0A 1H81A 1N4WA 1JRXA 4B64A 1QLBA 2E4GA 1PS9A 3O0HA 2EQ9A 2QA1A 2XCGA 5U1OA 5KVHA 4O5UA 3F8PA 3AB1A 5LV9A 1D7LA 3CN8A 2JB2A 3NN6X 2HQMA 4IV9A 5KVIA 2BC0A 2WHDA 2VQ7A 3CNDA 4EQSA 4PAAA 1IUSA 3ATQA 1ZX9A 1DOCA 1GRHA 4EMJA 1P2EA 4BV6A 4Y4MA 1ZMCA 4RG4A 4K8DA 1RP0A 3VR8A 2B9YA 2R9ZA 4N9XA 2F5ZA 3COXA 3LADA 2I0ZA 3UOYA 4GDEA 3VQRA 4CCQA 1CC2A 1DJQA 5FS7A 5CQFA 5C3JA 4JQ9A 1GREA 3C4AA 5U63A 2X99A 4I58A 2IVDA 3IWAA 1JNZA 1S2YA 2WEUA 1L0VA 4A99A 1NDAA 4BK1A 1MOKA 5IQ1A 4H2RA 2B7RA 3WE0A 1XANA 2C75A 1PXCA 2WS3A 3V3OA 2FBWA 1GRAA 4YXDA 4B63A 3ADAB 3NGCX 5C2TA 2WU5A 3ICRA 4OPDA 2YG6A 1Z6LA 2OAMA 1VG9A 2BCGG 1LVLA 1PBCA 1FEAA 4XWZA 4DGKA 5BUKA 2V60A 2X8CA 3P4QA 4JY2A 3BI5A 1ZOVA 4CBQA 1YQZA 1IUWA 3NN0X 1UKVG 5HHFA 3S5WA 4B65A 4H4TA 1K0IA 1W4XA 4AT0A 2APGA 4H2PA 2XLRA 4ICYA 3GMCA 1YY5A 4I59A 1ZP0A 4DSGA 2A89A 4D03A 3CGDA 3NG7X 3G5QA 3LJPA 1H83A 3G5RA 1PBEA 2VVLG 2ZZCA 3BNMA 3BI4A 2XDOA 1YKJA 2XFOA 2YLWA 2A87A 1GRTA 2WPEA 3QVPA 5IQ4A 2XFUA 1NHPA 5HY5A 1GSNA 1TDFA 2B76A 3NNEA 4FX9A 3AE6A 1ZY8A 5KWFA 2R0PA 2PHHA 3ALLA 3EPTA 1EL7A 2WOIA 3PVCA 3FPZA 2YVGA 4H4PA 2YAUA 2C66A 1L9EA 2QA2A 2BCPA 3NKSA 2BYBA 3DK4A 4GDPA 4XXGA 2AQJA 4IA6A 3C4NA 2XVHA 1REOA 4H4ZA 4JY3A 4B67A 4UDPA 3GMBA 4X9NA 2WP5A 2ZZ0A 4YKFA 1BZLA 3ISHA 4E0VA 1PN0A 3KLJA 2J3NA 3UOZA 2XLTA 4J34A 2CDUA 1JOAA 4FDCB 2C64A 5EB4A 1ZK7A 3CPHG 4BJYA 4HB9A 4REKA 1VRQB 3AYLA 1P2HA 2WP6A 2V6OA 1XHCA 2JK6A 2YWLA 2ZZBA 3DH9A 1E1KA 3CNPA 2C7GA 2GRTA 3UKQA 2GQFA 3REDA 4BK2A 1Y56A 4CNKA 1S2QA 4JDRA 2B9WA 1IUXA 1D4DA 3CGBA 4NTCA 4C74A 4MNNA 3GDNA 2FJEA 2UZZA 2YR4A 4JN9A 1B8SA 1LQUA 1PXBA 4ECHA 4WX1A 3GRSA 3IC9A 4A9WA 1IUUA 3UKFA 4YSXA 1BKWA 1GESA 2XLSA 3M13A 3VRDB 3RP7A 2BS2A 2ARDA 3AE4A 1ZKQA 4CY6A 1F8SA 2YG3A 4TLZA 5FS6A 1NAAA 1AOGA 2E1MA 1GNDA 1V59A 3CGCA 2VVLA 3GDPA 2WBAA 1E39A 1YQ3A 2A8XA 2JKCA 3NIXA 5DBJA 4YSZA 3KVEA 5JCLA 2VRMA 2B7SA 2C3CA 4EM4A 4AOSA 1H82A 1DXLA 5KOXA 3KPFA 1NEKA 1TDKA 3VRAA 4A79A 1MXTA 4AP1A 4H7UA 2YLSA 3AE7A 4IA5A 3ZYXA 4C3YA 1KNRA 1EL8A 2BXRA 2OA1A 3AEBA 1N4VA 1JEHA 3NYCA 4GF7A 4Y4NA 3CNTA 2H89A 4OPIA 3QJ4A 4HA6A 1B5QA 2C65A 3FG2P 3P4RA 4BK3A 1PJ5A 2IIDA 3LOVA 1LJ1A 2C73A 3UTEA 2V5ZA 2XVIA 2R0CA 4U2TA 2YLTA 3LXDA 1H86A 1GEUA 2WOVA 3BI2A 4D04A 4YSHA 2JBVA 3CIRA 3QSEA 5U25A 2IVEA 4U8MA 2GB0A 3DJGX 1K0JA 2XVFA 3G5SA 4Z43A 4H50A 1FL2A 4TM1A 4U8LA 2Y6RA 3LZXA 4UDRA 3K7MX 3AWIA 3NT6A 5JCMA 4H4XA 5KXJA 4H4QA 1D4EA 5BRTA 2GR2A 1ZYNA 3KKJA 2C3DA 1RYIA 3SFDA 4P9SA 4TM4A 4C3XA 4H4UA 2RABA 5GRTA 2EQ8A 2TMDA 3CGEA 4J36A 4EQWA 1EL9A 1PJ6A 1ONFA 3UKAA 3QSSA 3K30A 1NHSA 4CY8A 1NHQA 2VVMA 1LQTA 3FBSA 4J33A 4C77A 4OPGA 5TR3A 2BS3A 1CC6A 4O5QA 1DODA 4NZHA 1H6VA 5J60A 3AYJA 2GMJA 3ALMA 2BK3A 1S3EA 3QVRA 4EIQA 3GYIA 2Q0KA 2X3NA 1Q1WA 1COYA 2GH5A 5ER0A 2X8HA 2ZBWA 1CBOA 4TM0A 1JNRA 3P4SA 1FOHA 2TPRA 2QAEA 1FECA 4MJWA 3UKPA 2BABA 2CVJA 1L9DA 1IJHA 1B4VA 1KFYA 1TDOA 4USRA 3AEFA 3IF9A 3L1RA 2CFYA 3DGHA 3AE3A 3IHGA 1N1PA 4X4JA 1TRBA 2X8GA 3ALJA 3AD9B 4PABA 3H4KA 5JCKA 4Z2TA 4XWRA 4GR1A 3DJJA 2YR6A 3P4PA 3FMWA 1X31B 4ZCCA 4H4YA 3SQPA 4Z2RA 2YLRA 4APNA 1NG4A 3AEEA 1OJ9A 1XPQA 3PO7A 4DSHA 1E1MA 2NPXA 4GCMA 3UKHA 1JRZA 1K0LA 2X50A 2C72A 3M0OA 5FS8A 1JU2A 4J31A 5GSNA 4EQXA 2QCUA 2XFNA 3KD9A 4H4VA 1KSUA 2WP9A 5L46A 2YQUA 2VQBA 3AECA 4AT2A 4A6NA 4UDQA 4USQA 3UTGA 1GXFA 3ICTA 3OC4A 3RNMA 3EANA 1TYPA 3NTAA 2WQYA 2Q0LA 4YT0A 3AEAA 1ZOYA 2V61A 2XFQA 4H2NA 3UOXA 1CJ2A 2GMHA 1EBDA 4OVIA 1K4QA 1VDCA 1GT8A 5FS9A 1ZYPA 4EMIA 2GR1A 3CTYA 4LA1A 4Z24A 2EQ6A 4OPCA 1DOBA 2R0GA 2W0HA 4H4RA 5EB5A 3NK0X 5JCNA 4OCGA 4H2QA 3KU9A 1OJCA 4DNAA 4OPTA 1GRFA 4EM3A 3NTDA 1RSGA 4K22A 4B69A 1QO8A 3S61A 3FIMB 2WESA 2YG5A 4KX6A 3I3LA 2CULA 4Y4LA 1OJAA 1TDNA 3URHA 4Z26A 1FCDA 2WPFA 4EQRA 3AE2A 3RP6A 1PBFA 3KA7A 3GRTA 4NTEA 1CC4A 1F3PA 3JSKA 1ZMDA 4X9MA 1F6MA 3DMEA 2C70A 1H7WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2LJKA 4FK1C 3TJFA 4A65A 3UP5A 4KE3A 3ZMLA 1OC8A 2AHEA 3P9UA 1X5EA 4B69A 2NVKX 4RI7A 3HKRA 2WPCA 1GERA 4IVMB 3NLCA 2YZHA 5JCUA 5EBKA 1H84A 3AYIA 2GVCA 2L59A 4H4WA 3BHKA 4OPUA 5C04A 4U2SA 3US3A 3DJDA 1EP7A 2O8VB 3F6DA 5IM9A 1D7YA 1ST9A 1F3BA 6GSTA 3NH3X 1PL2A 3TRXA 2OE1A 2V3BA 3HCZA 3LXTA 1BGNA 2BC1A 4GRTA 5HYMA 4U8OA 2VCTA 1DOEA 1R5PA 3CPIG 3ZVJA 1FOVA 4MJEA 4PUFC 2H71A 3DD3A 3O6TA 4O32A 2VLUA 3KIJA 2IFQB 3ZYWA 1ZZYA 1Z7PA 2EIRA 3D8XA 3L9SA 3UCLA 3V3NA 2LUSA 3ED3A 2AAQA 3IA1A 3ZZXA 2C4JA 4GCIA 5CRDA 3UTFA 3VI7A 3TCOA 3VWUA 3ITJA 1T7PB 3D4MA 2Z5XA 2LQQA 5KMRA 2GAHB 3SM8A 2IIYA 1SL2B 3ZIJA 1YKAA 2H8LA 1M64A 2VRLA 1GALA 2HRKA 2ACZA 1V98A 4JNAA 2A4VA 2FJAA 2GS3A 1PRXA 4POLA 1A8YA 4U8PA 4WEYA 1OC3A 2CVKA 2F8AA 1DJNA 1NHRA 3M12A 1XPVA 3FZ4A 3F0IA 4J2WA 4WCTA 5AN1A 4YSYA 1AQWA 3K8NA 3IBHA 4O7HA 3SY4A 5ENUA 3KEBA 1NG3A 1XG8A 2I4AA 4XTSA 4BVXB 2HT9A 2C0GA 4HZ2A 4EC0A 2BACA 5IPYA 1A0RP 4B66A 4ZCDA 3GWFA 4NEVA 7GSSA 1XDIA 4EVMA 1PDHA 5JWOB 4FQUA 1CJ4A 3I6DA 5BVAA 3CPJG 2BK4A 4A7AA 3HZ8A 1G6WA 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2TIRA 3A5WA 2WULA 3C4NA 1ERTA 2B6MA 1REOA 3RAZA 1TI3A 3GMBA 5D8IA 3LGCA 5ID2A 3UJ1A 3ISHA 4E0VA 3Q6OA 2J3NA 3UOZA 2O7KA 4FDCB 5IMZA 4MF7A 2YJHA 1SYRA 2I1UA 1GSEA 2WB9A 4Q5FA 16GSA 1PL1A 2V6OA 5IMCA 5DQSA 3GSSA 2C7GA 3UKQA 2GQFA 2YWIA 1Y56A 4CNKA 5HFGA 1THOA 3GKNA 2N5FA 1D4DA 4JBBA 3CGBA 4C74A 4ZBAA 3GDNA 2FJEA 4JN9A 1B8SA 4MP4A 4AF2A 4ECHA 1TOFA 3ZL5A 4WX1A 4A9WA 3TKSA 3VK9A 4YSXA 1GESA 4EDYA 1H75A 2H74A 1JZRA 4TLZA 3E3EA 1V59A 4YSZA 1YQ3A 3KVEA 4G0LA 3CSHA 1H82A 4TRXA 3G9BA 3KPFA 1TDKA 4AP1A 1K0NA 2PUKC 4MABA 3IDVA 1KNRA 4ZL7A 4FIWA 2LJRA 5IQYA 3I69A 2RM6A 4YQVA 3NYCA 1M2DA 3BCIA 3QJ4A 2C65A 3FG2P 1XCCA 3P4RA 1B4PA 1LJ1A 4ZL8A 2LJAA 2R0CA 5HR2A 4U2TA 3LORA 3IOSA 1H86A 3LXDA 1GEUA 2WOVA 1PSQA 1X9MB 5CRHA 3QSEA 2A4HA 1NHYA 2GB0A 2IMEA 3G7YA 3GRXA 2XVFA 4OMVA 4H50A 2FCHA 4QL7A 4EDZA 4H4QA 5G1KA 2GR2A 3KKJA 3D4TA 3SFDA 4P9SA 1Q98A 4G19A 5DJLA 4XS1A 3TJJA 5GAND 4J36A 2C3TA 4KX4A 1ERVA 6GSWA 1PJ6A 2IMKA 4MMMA 3K30A 1NHQA 3FBSA 4J33A 4G74A 4OPGA 5TR3A 3SBCA 2BTOT 3UBKA 4HU7A 1OYJA 2GZZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LJK A;  4FK1 C;  3TJF A;  4A65 A;  3UP5 A;  4KE3 A;  3ZML A;  1OC8 A;  2AHE A;  3P9U A;  1X5E A;  4B69 A;  2NVK X;  4RI7 A;  3HKR A;  2WPC A;  1GER A;  4IVM B;  3NLC A;  2YZH A;  5JCU A;  5EBK A;  1H84 A;  3AYI A;  2GVC A;  2L59 A;  4H4W A;  3BHK A;  4OPU A;  5C04 A;  4U2S A;  3US3 A;  3DJD A;  1EP7 A;  2O8V B;  3F6D A;  5IM9 A;  1D7Y A;  1ST9 A;  1F3B A;  6GST A;  3NH3 X;  1PL2 A;  3TRX A;  2OE1 A;  2V3B A;  3HCZ A;  3LXT A;  1BGN A;  2BC1 A;  4GRT A;  5HYM A;  4U8O A;  2VCT A;  1DOE A;  1R5P A;  3CPI G;  3ZVJ A;  1FOV A;  4MJE A;  4PUF C;  2H71 A;  3DD3 A;  3O6T A;  4O32 A;  2VLU A;  3KIJ A;  2IFQ B;  3ZYW A;  1ZZY A;  1Z7P A;  2EIR A;  3D8X A;  3L9S A;  3UCL A;  3V3N A;  2LUS A;  3ED3 A;  2AAQ A;  3IA1 A;  3ZZX A;  2C4J A;  4GCI A;  5CRD A;  3UTF A;  3VI7 A;  3TCO A;  3VWU A;  3ITJ A;  1T7P B;  3D4M A;  2Z5X A;  2LQQ A;  5KMR A;  2GAH B;  3SM8 A;  2IIY A;  1SL2 B;  3ZIJ A;  1YKA A;  2H8L A;  1M64 A;  2VRL A;  1GAL A;  2HRK A;  2ACZ A;  1V98 A;  4JNA A;  2A4V A;  2FJA A;  2GS3 A;  1PRX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YKGA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations