4YOWA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-dc
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVKEKGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 66
structure length 227
sequence length 227
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yowA00
4YOVA 4O8UA 5CHIA 4YOXA 4YORA 4YOWA 4YOYA 4YOUA 4YOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HKCA 1REVA 3FFKB 3OS2A 4KHYA 3K5NA 3CFRA 5KI6A 3DAWA 1TKTA 1WB9A 2HNYA 3O9RA 1S3XA 3VENA 3ULDA 4JAXA 4N56A 5SWMA 3UIQA 2HOEA 3LM2A 4CZKA 4A2BA 4DTMA 4AHCA 2Y1JA 1RT4A 4FLZA 4BDYA 4HUEA 1JXBA 4IDKA 1TK8A 5C10A 3HOSA 4CFDA 4PKHA 3VGLA 1L3TA 4LFAK 1X9SA 4LH5A 3M8QA 2NUBA 2QI2A 4J2DA 4EZ6A 4IXCA 1NGDA 5B8HA 4IOCL 5C2FA 1HX1A 5FRMA 3D2FB 2BE2A 4CCHA 4LF4K 1LWFA 4GKKK 2IOCA 4NCBA 2LSNA 3KK2A 1NMDA 4F2SA 3R8EA 4DU4A 2YHYA 3L2WA 1NGJA 3ZLJA 1S1UA 1RDCA 3U3GA 3C6TA 3SV4A 4DR4K 2B4JA 1VSDA 5BPNA 4C8NA 1NU0A 3V1QA 4I2QA 3CF5L 2QA4N 2OZSA 1GLEG 3OYLA 1NKEA 1H1VA 2Q31A 1N8RO 4Z94A 5AQJA 3V9WA 4J2AA 2PYLA 2O8CA 3U4LA 4JS4A 3LZIA 2RE2A 4DQ8A 2QEXN 3TTDA 1EWQA 2EX3A 4B1WB 4E19A 3QINA 3IAYA 5AZJA 3HL8A 2F4VK 3UKUA 3VEXA 1ASWA 3EE9A 1S72N 2YHAA 3H3NO 3TPQA 3HM9A 1Q7YO 2BGGA 1T6DA 3HSCA 2E88A 1Q8IA 3KLFA 4E1JA 2BANA 2WFBA 1BCOA 2W40A 3O4WA 3NCIA 1SS6A 3OYGA 4YOWA 1TL3A 2P1JA 3T1YK 4HCCA 1N6QA 3SPYA 3L2VA 1NJWA 4H03B 4ZTJA 1P90A 4CJTA 3VETA 4CEDA 4H5NA 5AQIA 5GADP 2YNFA 5LL6Z 2ZJQL 2W41A 1RT6A 1WSJA 4JN4A 4CEZA 2DFEA 1NKCA 4FJGA 2I7NA 3VEWA 4M3TA 3ZT3A 5J1EA 5GIOA 4ID5A 1I3AA 3AGKA 1NOZA 2QWQA 4QS7A 4CJSA 3ZX3A 4DFPA 1VSJA 4FOEA 3ZSYA 3WNEA 3MXJA 5C15A 4U67L 3SBGA 3BP8A 1NWKA 3H1QA 5AQFA 4N76A 5EX5A 3O08A 1BIUA 4A59A 2BUPA 3GBTA 3O3HA 3PX0A 3ZSVA 4CF2A 2QKBA 3HRGA 4IWVA 2HF3A 3VMFB 1OVYA 5D3GA 3C0BA 1XMQK 3HPGA 2YJFA 4C8KA 2HVHA 3MCPA 4ILJA 2YHXA 3C7NA 2QKKA 1RNHA 5E26A 3PX6A 4FO0A 2JWLA 4B9QA 5DM6L 3L8BA 3O4NA 3ZEUB 4DR2K 2GUPA 1KD1O 3NMUA 1RBUA 2QW9A 3WNFA 2E8AA 1NNEA 1SKSA 3T69A 4H5WA 3HVRA 3WXKA 4RW7A 3SUOA 4CEOA 3VA3A 1TUYA 3AVFA 3ENHA 4Z0UA 3WNGA 3SYZA 4J2EA 1YJ9N 1RILA 3EN9A 2O8FA 3AVBA 2YKMA 4BRHA 4DF4A 4O8KA 1BQMA 4IZ9A 3AAQA 3D7EO 4BRKA 3C94A 3O1BA 4B08A 4Z4EA 3HBTA 4CD3A 3V1RA 1SKRA 4MLHA 4PL7A 1SZ2A 4E1MA 4KKOA 2AJQA 1QHAA 3O9SA 2PY5A 3RMDA 3CG7A 1DTTA 4CEAA 1Q81O 3K9JA 1OVQA 1O13A 3HP6A 3CHWA 4MO5A 4M3RA 1N34K 3THYA 2F7TA 2ATQA 3RRHA 2OCEA 3NGIA 4QAGA 3J7YP 2E5LK 1NM1A 4MFBA 3LDNA 5FPDA 3NDKA 2BDPA 4M7YA 2Q2RA 1BI4A 1J6ZA 1S5JA 3TAPA 1ATSA 1UA0A 3IDHA 4KPYA 4LY7A 4E7JA 4E7IA 4FWKA 3MWPA 3KK3A 2HBLA 1CZBA 4DLEA 4FLXA 4MO4A 4BE1A 4ISFA 3L3UA 4GY2B 2ZD1A 4JK7A 2B5JA 4FVMA 4JI6K 3DOKA 3TARA 3KK1A 2G8UA 4CFBA 3FZFA 3RVCA 2FSKA 4M45A 3V81A 1QQCA 3TSPA 3ID6A 3ZCMA 4FYDA 2HW3A 2GV9A 3UB5A 4BR4A 3AA4A 4KTZA 3KLEA 1RDUA 3VA0A 2FF6A 2XY6A 4GVMA 4I6MB 3T1AA 4BG9A 3CJ1A 1VQPN 1K8KB 5AQGA 5F2RA 3QNOA 1ZBFA 2P9SB 1LCUA 4O8UA 1FKOA 3AVGA 3QESA 3QBWA 1NGEA 2XY8A 2ZJPL 1RGIA 2ZF5O 3DJCA 5CZ2A 2KZZA 3ZSZA 4DG1A 4K8XA 2OPRA 4IFEA 1NK0A 3V9UA 4YOTA 4B9SA 3DLBA 4BR5A 1Q9XA 3WEEA 4LF6K 3MN7A 4CJ7A 4LF5K 4DR3K 3TAFA 3MEDA 1YJNN 3O9UA 1RT7A 3IRXA 4CZLA 1A5VA 1BISA 1JLCA 2HHWA 4YNQA 1RT1A 2F8SA 4FZYA 4NYFA 1BHLA 2FSJA 4O0JA 1BA1A 3ZSWA 4ICLA 4WQ5C 5BR9A 4CF9A 3FZHA 1TV6A 1J5EK 4DV3K 4WFAL 2HB5A 3ZSOA 4FJMA 2IVNA 3KJVA 4FJXA 3DLHA 4C8LA 1FW6A 3H3OB 2UU9K 3Q7CA 2NNWA 1R59O 4BQLA 1LOTB 4KO0A 2D0BA 2HNDA 4BVOA 4FJHA 4JKCA 1CZAN 3PSFA 5FPMA 4CJEA 3MDQA 1D4XA 4KH6A 4H5RA 4K25A 2O8BA 1HYVA 2OPSA 1J54A 4H0TB 3M6GA 5DM7L 1D8YA 4E3SA 1L3SA 3C6UA 2FXUA 2O8EB 4XH4A 4CEBA 2RKIA 3WXMB 1HPMA 5M1NA 3G4SN 3BUZB 2O8DA 1HJRA 2IVOA 2I7PA 4KTWA 4FK0A 3CCMN 3AGRA 5HRPA 3NF9A 1VQ5N 2V7ZA 1JL1A 5C12A 3J80O 3CCLN 3CMEN 1C0FA 1RBVA 4AM6A 2NRXA 1RBRA 3U9ZA 4B3SK 4FJ5A 4M3ZA 1YTUA 4A62A 3AO4A 4O44A 3QEIA 1V4TA 5KGWA 2ASOA 4I9LA 2G8FA 1HNWK 4KBOA 2FBVA 5GAHP 1XC9A 2Z1GA 1WAFA 3KVGA 1HJOA 3EKSA 4XH1A 4LF8K 4FJJA 3LP3A 1DEJA 4RG8A 1P8ZA 2IVPA 3L6QA 4IO8A 4E7LA 4FJLA 3LDSA 3KTQA 1VSIA 2YCHA 1LAVA 1BO5O 4CBWA 1VQ4N 4NLCA 3BDPA 1HKGA 1HNZK 2FBYA 3AVNA 4CJWA 3MCAB 2ZGYA 3BEXA 5FROA 2KW4A 4B3MK 3VTHA 4PY5A 3HPOA 2V7YA 1IO2A 1XHZA 3MXIA 4WE1A 4M3UA 4V19S 2ZE2A 2D0CA 3ZYYX 2X74A 2P9IA 3DRPA 3L4QA 2NRWA 3ITHA 3KZBA 3DXKB 1SL1A 3V9ZA 1YUWA 1KC8O 1HYZA 2EWSA 2OZMA 3V6DA 4JI0K 3AVCA 4CZFA 2DPNA 1TAQA 3MWTA 2P9NB 4M3XA 3CERA 1ILYA 2D4WA 4JRQA 4B8AB 3ZX2A 1RDWX 5I42A 3UKRB 5H1SQ 4A5BA 3ZETB 4FLUA 1I39A 3WNHA 4QS9A 1LWCA 1J9AA 4H0VB 4IFYA 4BC3A 1EO1A 5EOYA 4MDAA 3L0QA 1U47A 3EZ5A 1VSKA 2W6KA 4JD2B 1YIJN 3MMVA 3S9HA 4M3WA 2E2OA 3SAFA 4OGEA 3QFPA 3VPZA 1CXUA 1SL2A 1T44A 3HPHA 3I0SA 4CHPA 3CJBA 1FK9A 1RTIA 2ITMA 2VG7A 5CYMA 3SJJA 4FCYA 1Q9YA 4EHUA 4DSIA 3VQAA 5HP1A 3PO5A 3SUPA 4C1NK 4MDBA 3F2KA 3U9DA 4OPKA 4IG3A 4JV5K 3EL2A 4IEIA 2IC3A 4BACA 2NRTA 3QLHA 2HBMA 4FWRA 1U4BA 4FZZA 3CCQN 3MXMA 2RF2A 4B1ZA 4IBNA 1O1WA 1GOCA 4E7KA 2HHHK 3NFAA 1K8AO 2KFNA 4FL9A 5BREA 3CJ7A 1X3NA 1ZXOA 3AV9A 4HWIA 1BIZA 4RWTA 3LZJA 2D5RA 1TYQB 3KKSA 4F9OA 5CR4A 1YITN 4L3QA 4CJFA 2WC9A 2A40A 5AQXA 3MAQA 5AFUA 5CYQA 2VWJA 4NCAA 3GL1A 2NZTA 3TAGA 4U7BA 3SZ2A 5M1QA 4JI8K 4FLTA 3DLLL 5GAEP 4Y1DA 3JAMO 5FLXO 3O80A 5JICA 4DU3A 4C8MA 3M1FA 4DV1K 4H0XB 1NGCA 3D2EA 5HRNA 3C6HA 1KFDA 4WQ4C 4RW9A 4DKWA 4BG8A 5JS1A 3U8XA 4K0KK 1EQYA 4FOIA 2P9UB 1WBDA 4PWDA 4R5PA 4W5RA 3CMAN 4DTXA 3SI6A 5AQVA 4F3OA 4N41A 2J4RA 4B1UB 4NLBA 1LV5A 3JS6A 4NCGA 1YVNA 2GWJA 4IOAL 3JYTA 4BREA 2E1ZA 3G10A 5JLFA 2PZSA 1U2VA 3RTVA 3HOTA 3B6PA 1UWBA 4NB4A 3NH1A 1QQOA 1C1CA 4O55A 4PKGA 2QWPA 3I8BA 1ASVA 3S41A 3MX2A 4DWIA 2P9LA 4NYNA 4CGIA 1SL0A 1Q82O 1OH5A 2FSNA 2E6MA 3OJSA 1V4SA 3O9TA 4YORA 1HQUA 3CPWM 1ZBHA 4N47A 3H46O 2HHXA 1CXQA 4FLYA 2QTDA 4CVNE 4DFKA 1ITGA 4UY8O 5C0YA 3PSIA 3SPZA 3A0IX 4AHVA 3GOIA 3KWGA 3OYDA 3SMPA 1KRPA 1VSFA 1S6QA 1WBBA 2P9KA 2VGNA 3AAPA 4DTPA 2VWBA 3QO9A 3ALYA 3TANA 3GE1A 4IJNA 5HRRA 5HBMA 4AH9A 1U48A 4K43A 4B1XB 2BTFA 4OLBA 3M8PA 4JHDA 1RBTA 1C0MA 2RPIA 1HNXK 1QQNA 1YF5L 4DQQA 1KCFA 3K57A 4JKGA 4B3OA 4CHYA 5JVHL 1NK8A 3KK7A 4H0PA 4IJAA 5J2MA 4KHNA 3THXA 5JMVA 3MN5A 3OYEA 3SNNA 3OA9A 5EVZA 4YOXA 5J2QA 3AA5X 5FPNA 4CHZA 3CCSN 3TR8A 1WSIA 4YOUA 3THWA 4DV2K 3MN6A 4IDHA 2D1KA 4CI6A 3O6WA 3JXUA 3WXJA 4KHSA 3AY9A 5BN9A 2ASMA 3L3VA 1IKVA 5KGXA 1U45A 4JKBA 1XWLA 1SUQA 5CY4A 2FBXA 2XHBA 5AQZA 4KHQA 4WQ4A 1NMNA 1RTHA 2Z1IA 4CECA 3SBTA 2F96A 1JKHA 4FJ8A 4NO7A 4CFAA 3PIPL 4O5FA 1C1AA 1IKYA 2P9PB 5KPZA 1IBLK 4WFNL 3P83D 1VQON 4CF0A 3CIPA 4Z4CA 1S1WA 1BDGA 4FPBA 4WFBL 3OY9A 4BRCA 5KPTA 2OPQA 4CIFA 3NHGA 4GKJK 4E7HA 2IGIA 4ZHRA 2HHVA 1HKBA 1TAUA 3G0ZA 3E66A 1YAGA 4JK9A 1XNQK 5J2NA 4OX9K 2AA4A 1S9EA 1ATNA 3AVMA 1C0GA 3D6RA 1WSHA 3J81O 4F2RA 4AQYK 3LANA 2CH6A 3EZWA 4DLGA 2YNGA 4J2BA 4O0IA 2ZWHA 2OTLN 2QWLA 4EZ9A 5M1PA 3G6EN 1DT9A 1KSPA 1GOAA 3E01A 3G71N 1RTJA 1RFQA 3OYMA 1VRTA 2NLXA 4H8KA 3PUFA 1R0AA 1M1KO 1Z26A 4N5SA 3KIOA 4R79A 4DSKA 2Q36A 3EY1A 3T1HK 3PLAA 1LWEA 3P38A 4CIGA 2A3ZA 1DLOA 3R9PA 3VQDA 4E1NA 1E4FT 3WT0A 3P39A 4XH5A 4OKJA 3HSTB 4YOYA 2ASPA 3MEEA 5AQWA 3LAMA 3VF6A 3DLKA 1VRUA 1WOQA 3R3LA 3L2QA 4LSNA 3K5MA 4MLEA 3SV3A 4OJRA 4OVLA 3CJAA 4CD1A 4FXDA 2QXLA 4HVJA 3HP9A 3O3GA 3AVAA 2GX9A 1A5XA 1X9WA 1GLLO 2YNHA 1VAZA 3ZT4A 1KFSA 1Z05A 2O8CB 4JS5A 3LALA 1VSEA 4BRAA 1B92A 2A1SA 2X78A 4BWMA 1IG8A 4C1NI 4PA1A 5AZJB 3UKUB 4H5VA 1VQMN 4DSJA 1I94K 5LJVA 4L8RB 2A6AA 2VGMA 4CERA 1RTDA 1FJGK 2E1YA 2A5XA 1RT2A 3M8RA 3TTCA 4DTUA 4JI7K 4ELTA 1HQEA 1LW2A 3GDQA 1KAYA 3ISNC 1D5AA 4CZIA 1NLVA 5KTQA 1ZBIA 5I3UA 4B1YB 3LAKA 2QWMA 4CBUA 3KLHA 3DWLA 4QOZB 3C6AA 3ZSRA 3EYZA 3QFUA 2WBNA 3VQ4A 3TABA 3OYIA 3O3FA 4FLVA 4BC5A 3DMJA 4JKFA 1RBSA 3CJ9A 2H3GX 1RT5A 4OPHA 4BWJA 3P31A 5BRDA 1KVCA 3M3ZA 1DTQA 5IWAK 3O8MA 2QXFA 4DR7K 3CXCM 3OYAA 2F9WA 3R6MA 3FFIA 2WTUA 4LD0A 5GIPA 4IFVA 3K59A 1WSGA 3TAQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOV A;  4O8U A;  5CHI A;  4YOX A;  4YOR A;  4YOW A;  4YOY A;  4YOU A;  4YOT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HKC A;  1REV A;  3FFK B;  3OS2 A;  4KHY A;  3K5N A;  3CFR A;  5KI6 A;  3DAW A;  1TKT A;  1WB9 A;  2HNY A;  3O9R A;  1S3X A;  3VEN A;  3ULD A;  4JAX A;  4N56 A;  5SWM A;  3UIQ A;  2HOE A;  3LM2 A;  4CZK A;  4A2B A;  4DTM A;  4AHC A;  2Y1J A;  1RT4 A;  4FLZ A;  4BDY A;  4HUE A;  1JXB A;  4IDK A;  1TK8 A;  5C10 A;  3HOS A;  4CFD A;  4PKH A;  3VGL A;  1L3T A;  4LFA K;  1X9S A;  4LH5 A;  3M8Q A;  2NUB A;  2QI2 A;  4J2D A;  4EZ6 A;  4IXC A;  1NGD A;  5B8H A;  4IOC L;  5C2F A;  1HX1 A;  5FRM A;  3D2F B;  2BE2 A;  4CCH A;  4LF4 K;  1LWF A;  4GKK K;  2IOC A;  4NCB A;  2LSN A;  3KK2 A;  1NMD A;  4F2S A;  3R8E A;  4DU4 A;  2YHY A;  3L2W A;  1NGJ A;  3ZLJ A;  1S1U A;  1RDC A;  3U3G A;  3C6T A;  3SV4 A;  4DR4 K;  2B4J A;  1VSD A;  5BPN A;  4C8N A;  1NU0 A;  3V1Q A;  4I2Q A;  3CF5 L;  2QA4 N;  2OZS A;  1GLE G;  3OYL A;  1NKE A;  1H1V A;  2Q31 A;  1N8R O;  4Z94 A;  5AQJ A;  3V9W A;  4J2A A;  2PYL A;  2O8C A;  3U4L A;  4JS4 A;  3LZI A;  2RE2 A;  4DQ8 A;  2QEX N;  3TTD A;  1EWQ A;  2EX3 A;  4B1W B;  4E19 A;  3QIN A;  3IAY A;  5AZJ A;  3HL8 A;  2F4V K;  3UKU A;  3VEX A;  1ASW A;  3EE9 A;  1S72 N;  2YHA A;  3H3N O;  3TPQ A;  3HM9 A;  1Q7Y O;  2BGG A;  1T6D A;  3HSC A;  2E88 A;  1Q8I A;  3KLF A;  4E1J A;  2BAN A;  2WFB A;  1BCO A;  2W40 A;  3O4W A;  3NCI A;  1SS6 A;  3OYG A;  4YOW A;  1TL3 A;  2P1J A;  3T1Y K;  4HCC A;  1N6Q A;  3SPY A;  3L2V A;  1NJW A;  4H03 B;  4ZTJ A;  1P90 A;  4CJT A;  3VET A;  4CED A;  4H5N A;  5AQI A;  5GAD P;  2YNF A;  5LL6 Z;  2ZJQ L;  2W41 A;  1RT6 A;  1WSJ A;  4JN4 A;  4CEZ A;  2DFE A;  1NKC A;  4FJG A;  2I7N A;  3VEW A;  4M3T A;  3ZT3 A;  5J1E A;  5GIO A;  4ID5 A;  1I3A A;  3AGK A;  1NOZ A;  2QWQ A;  4QS7 A;  4CJS A;  3ZX3 A;  4DFP A;  1VSJ A;  4FOE A;  3ZSY A;  3WNE A;  3MXJ A;  5C15 A;  4U67 L;  3SBG A;  3BP8 A;  1NWK A;  3H1Q A;  5AQF A;  4N76 A;  5EX5 A;  3O08 A;  1BIU A;  4A59 A;  2BUP A;  3GBT A;  3O3H A;  3PX0 A;  3ZSV A;  4CF2 A;  2QKB A;  3HRG A;  4IWV A;  2HF3 A;  3VMF B;  1OVY A;  5D3G A;  3C0B A;  1XMQ K;  3HPG A;  2YJF A;  4C8K A;  2HVH A;  3MCP A;  4ILJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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