4YW1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with 3'sl
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase C
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 196
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw1A02
3OBTA 4WVVA 1VCUA 3ILRA 3CL0A 3ATGA 1CQ9A 1BQPA 1GKBA 3LSDA 1SLTA 5BYNA 2XZJA 1AVBA 3Q9OA 3WLUA 4Q8KA 1QOOA 2ZHKA 4HZZA 2AUYA 4KS1A 4K1KA 5EYXA 3OBRA 5M1ZA 4LBMA 2EIGA 5IK8A 3M3QA 5GLZA 5T52A 2HT7A 4XTPA 4YGBA 2VSMA 2BERA 3O12A 5T55A 1GICA 3OYWA 1FNYA 1KITA 2E51A 4DGRA 3WDXA 3ASIA 2C5DA 4YGDA 1N1VA 1PZ9A 2W39A 1GZ9A 3KM5A 1W6MB 1A4GA 2DUOA 4Q8LA 1DBNA 5JOWA 2YY1A 4Y22B 1LHWA 1ONAA 2D3SA 3AYAA 3SLIA 2JE7A 2R1BA 3WG1A 2D44A 1MR5A 4MX0A 1QF3A 4JCKA 2VWDA 3SANA 2D6KA 3VKOA 4UW6A 3CKZA 4ASMB 4CPNA 5HUGA 5DXDA 1IVFA 2VSKA 5GLTA 3D6EA 1I3HA 2EXKA 1INVA 3AP4A 4QN6A 4XIKA 1MZ5A 1EUTA 2NZ9A 4NC5A 1NSCA 4IQPA 2ZABA 1W20A 4XXAA 4AVTA 1EPWA 2F12A 4BLIA 3OY8A 3QLQA 4BOWA 5KXBA 1I1EA 4YM1A 4PQ9A 4YW2A 2ZMLA 1KJRA 1A4QA 1ZM1A 3MW3A 3RRDA 2E53A 1WW7A 1WUVA 4TZDA 4YLZA 2D7FA 1PZ7A 1UPSA 2WNEA 2CWSA 2D6PA 3N7MA 1LU2A 4CPZA 3IM0A 2BATA 1W0OA 2DVBA 1SLCA 1JOJA 4X6KA 1YRZA 3N36A 1SCSA 2ZGOA 4I00A 4FPJA 3KQRA 4Y20A 1WBFA 2HYKA 2VW1A 1F31A 1W6QA 1YXWA 4ZXKA 2A3YA 1Z4ZA 3OGGA 1IVEA 1MZ6A 1W6OA 1AZDA 2W52A 1JW6A 1DQ0A 1Q8SA 1Q8QA 2AR6A 2YDPA 1GZCA 1LCLA 1JN2P 1OFSA 5H9QA 3UL2A 1HQLA 3ZSLA 5EYYA 1FYUA 4FZHA 1ENRA 1OKQA 3R4SA 3I8TA 4Q2FA 2WSUA 3PMEA 2P3IA 4GDIA 3U4XA 5EXOA 4B7RA 3GVKA 1ULFA 1NSBA 2F28A 4HZYA 3RMYA 3D5OA 5IK7A 2YA4A 4WV8A 3AYDA 4UW3A 1OQ1A 4ATEA 4R9AA 4DS0A 4NCSA 1WCSA 2TEPA 1V0EA 2R1DA 1EUSA 1F8EA 4YFZA 1QOTA 3WHUA 4BM8A 2EXJA 4Y26A 2CTVA 3ENRA 2ZGTA 1KRIA 2FHRA 4AGRA 3ZSKA 2GMMA 4JC1A 2QWBA 1BYHA 2WT0A 4FQ4A 5E8AA 1D0HA 3NV3A 4YW4A 2ZHNA 1CVNA 1DQ6A 5H9SA 3AP6A 3M1HA 4FPLA 3H6JA 5T5JA 5GLUA 1A14N 2F27A 4HZWA 3TI8A 1EUUA 1S0IA 5T5OA 4YW3A 5LK5A 2UU8A 3AP7A 1WW4A 4M4VA 1LULA 2AEPA 1DYKA 2ZACA 5AVAA 4XILA 1GBGA 3ZSMA 2E7QA 4D69A 1QKQA 4P9WA 4XIOA 4X4AA 5HUKA 5GM0A 1CPNA 4AGGA 2NMNA 1G8WA 4Y20B 1AXKA 4M4NA 2LALA 2W20A 1F8CA 1GV9A 1LHOA 2PELA 5GZGA 3ZXJA 5CNAA 1W6QB 1NMAN 2DWRA 1E8UA 5CAZA 4X47A 1MS9A 2QWFA 2F13A 5DUWA 2VVZA 1NNCA 4FOWA 3W09A 4WA3A 1V3EA 1L7HA 1URXA 3V65A 1QU0A 2VK5A 4BLJA 5IK5A 4CPMA 1FV2A 2ZBJA 2A71A 3SH4A 4KBBA 2GNBA 1ENQA 1LENA 1G9DA 1APNA 2DTYA 3ZVXA 1WLWA 4AGVA 2ES3A 1DQ4A 5H9RA 2DUPA 2UWAA 3POYA 1HDKA 2DVGA 4GDJA 1MWEA 1DLLA 4YG6A 4LBLA 2V5YA 2AEQA 2OVUA 2EXHA 1ENSA 3A71A 1IKPA 3HR9A 3TI4A 2QWJA 4I30A 4GWMA 2VXRA 3WZ1A 3MEPA 3O0VA 1INHA 1S0CA 4M00A 4GEZA 5EWSA 5SV8A 2R0HA 1S0EA 3V0BB 5T50A 2C4LA 1X50A 3B9CA 5E89A 1PZ8A 4Q26A 4FVVA 2D6NA 5HCAA 1UKGA 5HX0A 3O0XA 3K3AA 2WT1A 2Q5TA 3T1LA 1S0FA 1L7FA 4UW4A 5T5PA 3H73A 1SNTA 2F0ZA 3GNEA 4GXLA 2ZMNA 3N7LA 5KXEA 5JMCA 4Z8BA 4GA9A 2FMDA 3FLPA 1F5FA 4Y1ZA 2P3JA 2DVAA 3AZVA 3R4UA 4LBQD 1C1LA 4BMBA 3A4UA 1LEMA 3T1EA 4XJZA 3SISA 1N3PA 2WKKA 3PVEA 3APBA 3TAYA 3SH5A 5JOZA 4Q1PA 1SLIA 5GJ6A 1WLDA 1LESA 1AXZA 3USUA 2BZDA 1WBLA 1UAIA 3CYEA 3RMXA 5GLWA 2W08A 1F8DA 5FREA 3JU4A 1LOAA 2ZB6A 1IVGA 4FJ6A 4P9YA 1BJQA 5DUXA 3H71A 3HN1A 1WW5A 4Y1YA 1XOEA 5JOXA 1WD3A 2WSVA 1S0BA 4ITCA 4M3CF 1ZA4A 2A5ZA 1LGCA 2NP0A 4MWQA 4M4UA 1Q8PA 4B7QA 4GZXA 1N3OA 3WDYA 3DUIA 4FPEA 1V6IA 3AZWA 2HU0A 2QWGA 5DG2A 3BODA 5DZFA 1N1YA 4K20A 2P3KA 1SLBA 3GVLA 1KDMA 4CTEA 3SALA 2ZZJA 1INXA 4XXPA 2EAKA 4U2AA 2V73A 1IVCA 1INWA 1QGLA 4GKYA 3AP5A 4XBNA 2QWIA 3ILNA 1H9PA 2A75A 3M3EA 4CZSA 4FOQA 4XYXA 3A0NA 2JD4A 4OZXA 4Y1UA 2QWCA 4DRRA 4K1ZA 1DQ2A 1KJLA 3ALXA 3WCSA 5DZEA 1UMZA 1W8OA 4XHXA 2SLIA 1B9SA 1V3BA 4TYSA 5HCBA 5F5QA 1JXNA 2JE9A 3ILFA 1WLCA 5B2DA 4K1YA 1MS4A 1FV3A 1ULEA 3K37A 2DVFA 2ZHLA 2OUJA 1S1AA 1INYA 1CN1A 3UK9A 1NCDN 1CJPA 2ZGSA 3ZPYA 2WT2A 1QOSA 3B69A 1CIWA 4FP2A 4MWRA 1GYKA 2VU9A 3V0AB 3INBA 1SO7A 4HZXA 4K1JA 3D11A 3K36A 6NN9A 1W1XA 4DQAA 1FNZA 5F9TA 1EURA 4K1HA 2VW0A 4RL7A 3A72A 2ZAAA 3TI5A 3AXDA 1V3DA 3VUOA 1G7YA 3USUB 1TEIA 4WA4A 4MWYA 4WEFA 3NV1A 1DHKB 5KXDA 1B09A 3PJQA 4XJUA 1DIMA 3PVOA 1JBCA 2OW4A 1V6NA 4XJRA 3POSA 2XZIA 2A7AA 3IN9A 1SLLA 4H52A 5CB7A 1IS3A 5JOYA 2X9MA 3ZSJA 1INFA 1LGNA 3CL2A 2PHXA 3D12A 1RIRA 1WCQA 1JUIA 4L8QA 4CRQA 3FUOA 1G9CA 5FRAA 4YG0A 1G86A 3T1MA 4FQZA 1Q8VA 2YZ4A 3T2TA 4XBQA 4FPFA 1RITA 3V0BA 4K3YA 4PF5A 1JYCA 1YI7A 2VK6A 1LODA 4YG3A 5H9PA 1LOFA 4ATFA 4YGCA 2CNAA 4XTMA 1J1TA 4M01A 3H72A 3W59A 1Q56A 2D3PA 1NNAA 1GLHA 5DUVA 3TI6A 1VCJA 2G4IA 4B7NA 4FOYA 3L2YA 1VAVA 4XJWA 2D3RA 5NN9A 4YZ2A 4LBJA 3W58A 1CPMA 3ZXEA 2DUQA 4GZOA 5IT6A 1DQ5A 3WNXA 3VKNA 4FVKA 4GZWA 4HIZA 4MWXA 4YZ4A 3N7JA 3PVNA 1N3QA 1QNYA 1MS3A 2H0BA 1NSDA 3WVJA 2W5NA 1W6NB 3FFZA 4UF7A 4ISRA 2ARBA 1G9BA 5E88A 2ZKNA 2F25A 2DURA 3NN9A 1G9AA 3GVJA 1MVEA 4XBLA 4M3MA 4YGEA 1MS5A 3WDTA 3RS6A 1NN2A 2GN7A 2QWDA 2I2SA 1N1TA 2GNDA 3A0KA 5GZFA 4XDQA 5JLVA 1SFYA 2WJSA 4WZFA 2A3XA 1MS8A 1VLNA 3TIBA 7NN9A 2JKBA 4JF7A 1V6JA 2UURA 3AYCA 2ZGMA 1N47A 4PBOA 1DGLA 5HCFA 2XZKA 2QWHA 1C1FA 1ULDA 1KDKA 1V6OA 4YM2A 1SCRA 3V64A 1UX6A 4R9BA 2D43A 1MS0A 2A6WA 2W68A 1INGA 4LBQA 4BQ1A 1XOGA 1S0DA 2NYYA 4HANA 1AX2A 2W5OA 3N35A 4XOGA 2KM2A 1R1ZA 4RA0A 1QDOA 2HT8A 2YA7A 1V0FA 1LHNA 3WUCA 1IVDA 3ZYPA 4UW5A 1BKZA 2DYCA 1B9TA 4YZ1A 2P34A 1JYIA 2ENRA 4C1WA 1Z4VA 4HZVA 3M3OA 1G9FA 1W6PA 1V2IA 4QN3A 3GALA 4C1XA 2E6VA 2EXIA 2ERFA 1HQWA 2JECA 2CY6A 1NMCA 4ZKTB 2D6MA 1CONA 4YZ3A 1C4RA 1V6LA 5DG1A 1USXA 4XJQA 2HTRA 4M3CA 3VKLA 3AXEA 2ZGLA 4K1IA 4F83A 2AGSA 3FLTA 1UL9A 2VH9A 2PHRA 4KS3A 4Q27A 2HTUA 3V0AA 3AK0A 3CNAA 4MYEA 2LTNA 2AYHA 1U0AA 1A78A 1CESA 1CR7A 2GMEA 4QN5A 2W38A 4AVVA 4DFSA 4YM0A 2UWCA 2A6XA 1V00A 3B7EA 4GJTA 1AF9A 2QWKA 1NLSA 2Z42A 5DZGA 1V3CA 2CWMA 2ZMKA 1LTEA 4MWJA 2BQPA 1SBEA 2HTQA 3D4KA 2XB6C 4BPZA 5JVVA 1QNWA 3WDVA 4W65A 1GNHA 3TIAA 4MC7A 2GALA 3B01A 2RKCA 2A6VA 4CPOA 1UZZA 4LBQB 1KQRA 4B7JA 2VUAA 1GNZA 5CA6A 4CPLA 3C2UA 4NN9A 4B7MA 3SILA 1LOEA 3M2MA 4QNPA 1H9WA 1NNBA 2NN8A 2DV9A 4FPOB 3WDUA 2P2KA 2HTYA 4Q6KA 3AZXA 5GZEA 4XJAA 3WG4A 4NOTA 3AZYA 1NMBN 1YYNA 2R49A 4Y1VA 4MJVA 4BBWA 1W6PB 3B3QE 4FPYA 1V0ZA 4GB1A 1IS5A 1Y7BA 3FUQA 2B7YA 2QWEA 1AJOA 2YMZA 4M3CE 3ZXLA 1GANA 3ZXKA 4K21A 4XE9A 5T5LA 1BJIA 1W6NA 2DU0A 4Y24A 1GSLA 2A70A 1HLCA 5DUUA 2R16A 2GN3A 4M3CB 1SLAA 2ZGKA 1BZWA 3VV1A 1UZYA 3IPVA 4LBNA 3ZXFA 1DQ1A 1GZWA 2C4AA 5HUNA 4XJ9A 4KS2A 2D6LX 1FAYA 1NXD1 1LJ7A 3IMNA 1LHVA 2RHPA 4LBKA 2F11A 1DYPA 5GZCA 2OUHA 4J9TA 1H30A 4H55A 4GALA 4CPYA 1Q8OA 2BF6A 2DTWA 3R05A 3SNMA 1O4ZA 4BMEA 2F10A 1LU1A 4YZ5A 2E7TA 2CL2A 4P9XA 3WOGA 1AJKA 1LOBA 3ZYRA 3O9JA 3FBYA 3BIWE 4XMIA 1LOFC 3FLRA 3RSJA 1XQNA 2ZGPA 4JRAA 5IK4A 2ZA9A 1Z4WA 3K39A 1SACA 1ULCA 2UWBA 2HT5A 3OYWB 1E8TA 1V6KA 1NCCN 4DRVA 1Z50A 3JU9A 2XG3A 1O4YA 2PHUA 1IS4A 1D2SA 4GZPA 1YO8A 3BOPA 2YA8A 1DIWA 4MZAA 3OPZA 2NMOA 3RQ0A 3UJOA 1F8BA 1YIFA 2YA5A 4R9DA 4XJ8A 1W21A 2F29A 4AYUA 4WVWA 4XHBA 4XZPA 4HL0A 4MWWA 1IS6A 1UN1A 3MPPG 2GDFA 2ZGUA 2ZGQA 1NCAN 2SBAA 3NWKA 1F9KA 4Y1XA 4FPGA 3AX4A 4FPCA 3AP9A 3POWA 4QN4A 1A3KA 2DVDA 5CBLA 1HKDA 1VALA 3WCRA 3WG2A 1W8NA 4SLIA 5GZDA 3OY8B 2PHFA 1E8VA 2YA6A 2HU4A 4KS4A 3VKFC 1RINA 4WA5A 1VIWB 3OJBA 2A6ZA 2SILA 4U36A 3LSEA 4MWVA 1ULGA 2F24A 4GZTA 1QMJA 3WG3A 2WQZC 3N7KA 3AJYA 4PCRA 3UJQA 1SBDA 1N1SA 1S0GA 3IPVB 1MACA 4X49A 4MJUA 1Z0HA 4GWNA 1LGBA 2VK7A 4MWLA 1MS1A 1GZWB 4FPKA 1S0JA 1MVQA 4AWDA 3B00A 2GNMA 1Z78A 1BXHA 4YW1A 3RG0A 4D8SA 1L7GA 2YDTA 3HMYA 2PHTA 1A8DA 1QDCA 4XMAA 3BTAA 4FPHA 2ZB5A 4P14A 1AX0A 1JHNA 2EF6A 2YROA 3O5SA 4QN7A 1W0PA 4MZEA 1LECA 4YFWA 4GKXA 2EALA 2QWAA 1IKQA 2HTWA 2ZGNA 1W6OB 5HUMA 1AX1A 2XCYA 4ISQA 1LOGA 2WLQA 1IVBA 1LEDA 1W6MA 5GLVA 3I4IA 3N3HA 5JYYA 4Q1RA 2B8HA 4Y22A 4LBOA 2P37A 4FP3A 3WHTA 1LHUA 1USRA 3NV4A 3NSSA 2VW2A 2D6OX 3TB0A 1NCBN 2CMLA 2JJ6A 1Z4XA 3AJZA 5KXCA 2AREA 3WV6A 3O9KA 4FOVA 3SITA 3SH3A 1DFQA 1WW6A 4NO4A 3AFKA 3TICA 2ZHMA 2GNTA 4YM3A 3MW2A 3INAA 4PBPA 4YW5A 5B2CA 4MWUA 3TI3A 5GALA 1AXYA 3BEQA 1V6MA 3AZZA 1SBFA 3QCWA 1Z4YA 2HTVA 3IKWA 5T54A 1DILA 3ALWA 3AYEA 4GZSA 4WEGA 2A3WA 2ARXA 3JUUA 3O0WA 3WUDA 2YXSA 2SIMA 1DZQA 4KS5A 4R9CA 2F26A 1FX5A 1LOCA 2AH2A 1C57A 2YV8A 2CYFA 2JDZA 2VY0A 3H0OA 3VKMA 4DPNA 2GMPA 5IUQA 2A6YA 2R0FA 3MW4A 3NV2A 5JDBA 2C9AA 3M3CA 1B9VA 4GZQA 3WDWA 2ZGRA 1VAMA 2DU1A 3LCPA 2AENA 5L73A 1IOAA 4AVSA 1FATA 3DGTA 1WD4A 3K38A 2PHWA 2NM1A 4H53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KCXA 3N9LA 2XMLA 3OBTA 1AL22 2V5DA 1OXCA 4CCLA 3G4EA 2DF7A 4QX8A 4WVVA 5ISLA 3GCWA 1FOD1 4IERA 3P6BA 4RSUA 2VMFA 2XVLA 3ILRA 4CDWC 4E9KA 1WP5A 3CL0A 2QTWB 3ATGA 4R4XA 3ACGA 1CQ9A 1BQPA 1E5RA 2VL4A 1RUE3 2BBVA 1GKBA 2ZEYA 2W91A 3LSDA 4IE7A 1SLTA 1VP6A 2UYBA 5BYNA 4BQWA 4F7ZA 4CUAA 2XZJA 1AVBA 3MV11 3Q9OA 3WXPA 3WLUA 1H1MA 4V1PA 3OTFA 4Q8KA 1QOOA 2ZHKA 1SHWB 1HV0A 4QQLA 3N9PA 3U14A 4HZZA 3T09A 2WA4A 2Y34A 4AI3A 2AUYA 5BNOC 5I8YA 1NA1C 4LO7A 3LPGA 4KS1A 1ND2C 2GU9A 5EYXA 2VCBA 4X6QB 4K1KA 3OBRA 2WS92 5M1ZA 1LR5A 4LBMA 4EWEA 3TBDA 2J1EA 1V70A 3POBA 4JDOA 4DXRA 3K46A 2EIGA 2WL1A 1RL3A 3CJIA 2W3JA 5K7PA 2PAKA 4PLNA 3T0DA 1XJAA 5IK8A 4M4RA 1OT5A 3M3QA 5GLZA 3ETPA 5CFDC 3ZO0B 5T52A 4CPBA 3UKVA 2OZJA 5CVRA 2HT7A 4IEUA 5BNNA 4XTPA 3NKGA 4ZHNA 1YIPA 5L7OB 4YGBA 2D98A 2GHSA 3D0JA 1ND3C 2VSMA 5FJKA 2BERA 4HETA 3HPNA 2ZX0A 1BMV2 1UD1A 2VZVA 4D4UA 4KGQA 4LEJA 4MX3A 2I07B 3Q6KA 2WZR1 3O12A 3VBHC 4XW3A 1RXFA 3EO6A 5T55A 1GICA 4IN4A 1N6DA 2ISMA 3ZX7A 3OYWA 1FNYA 1KITA 1W8ZA 2E51A 2W1SA 4FFHA 3WP3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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