4YW2A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex 6'sl
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 201
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw2A02
4ATFA 5HUNA 1S0FA 2D6MA 4MWRA 4Y1VA 1UX6A 4YM1A 2WQZC 1F8DA 1Q8VA 2SBAA 3AZZA 4I00A 1V6OA 1URXA 1V3EA 1H30A 1VLNA 5T5PA 5IK4A 2A3WA 4GJTA 3N7JA 1V3DA 4GA9A 1W6QA 1W20A 4Y1UA 2EXHA 1LU2A 4JCKA 2HT5A 2AH2A 4HZVA 3OBRA 1DLLA 4FPYA 4B7NA 1DQ5A 2C4LA 1LTEA 1NMCA 1A78A 4FJ6A 2A75A 2UWBA 1GBGA 1UKGA 1NSCA 1LHOA 5DXDA 5FRAA 2A6WA 1DGLA 2DV9A 2GNBA 3SH4A 2GNMA 4Z8BA 1BKZA 3ATGA 4M3CF 3UL2A 1Q8QA 3AYEA 4Q26A 1N1SA 1GSLA 1LHNA 2W5NA 3BODA 3T1MA 3B7EA 4KBBA 3U4XA 1LGCA 3GVKA 1ULFA 5GLTA 1Z0HA 3NSSA 3FUQA 3AP4A 3TAYA 2P34A 4MWJA 1GYKA 2NP0A 4WZFA 3OGGA 2NM1A 3OY8A 2YROA 4MC7A 1AZDA 4FPOB 3RMXA 5CA6A 3R4SA 4MZEA 4TYSA 4X47A 2W68A 1O4ZA 3PMEA 1AX1A 3RMYA 1EURA 1W1XA 4YGDA 3QLQA 2HT7A 3IPVA 4UW5A 1AVBA 1NSBA 5HCBA 1C1LA 2QWEA 1UZZA 2E7QA 2F29A 3WDUA 3UJQA 4FPCA 3AP5A 1N3QA 4B7MA 3B3QE 5T5JA 3OJBA 1WLCA 1SLTA 3M3QA 2HTVA 4BMEA 4DQAA 3CKZA 1BYHA 3IM0A 2QWHA 1WD3A 4K21A 4Q1PA 1IOAA 3ZSKA 4GB1A 2D3RA 4ZKTB 1MVQA 1WW4A 4XHBA 4U36A 1LOEA 5DUWA 2DYCA 4CZSA 1IVDA 3OYWA 1Z50A 3V0AB 4XJWA 4GZWA 3LCPA 1FATA 2P3KA 3HMYA 3MPPG 1IS4A 1MWEA 2GN3A 1L7HA 4B7QA 2DVGA 2ENRA 4FP2A 4NN9A 2C5DA 4XMAA 3V0BB 1UAIA 4YZ1A 2ZGRA 5GZCA 4B7RA 2I2SA 3ZXFA 4Y22B 4BMBA 1SBDA 5IK7A 4YZ5A 4YGCA 1V6KA 2XB6C 4GWNA 2DVAA 3C2UA 4NC5A 1Z4XA 3RQ0A 5GZFA 3LSEA 2QWGA 2E7TA 4JC1A 5HUGA 4HIZA 4K1YA 2XG3A 3A4UA 2VSMA 5L73A 1S0IA 1B09A 2ZHNA 3VUOA 4M3MA 1USRA 1INXA 4XJUA 4LBKA 1EPWA 1LJ7A 3ASIA 1V6IA 1LESA 2QWCA 1GZ9A 2ZGPA 4AVTA 1QOOA 1AJOA 2YV8A 2JE9A 2HT8A 1HKDA 3NV1A 3CNAA 4JF7A 4XMIA 1GICA 2VW1A 2CYFA 3ILRA 1QGLA 3IKWA 1GV9A 1V00A 1IS5A 2SIMA 4Y1YA 4YW2A 1RITA 1V3CA 3INAA 3D11A 1JW6A 4CPZA 4YG6A 1AXYA 4X4AA 4GZOA 1MS4A 2WNEA 5T5OA 3AJZA 1G9FA 1MZ6A 3POSA 3K36A 3AX4A 2QWBA 4FOYA 4YM0A 1IKQA 1NCAN 3WG2A 4YG3A 2BERA 1L7FA 3NV3A 4NCSA 2ZABA 2C4AA 1LOAA 3N3HA 3UJOA 4YW1A 1KDKA 4UW3A 3APBA 2YXSA 5JMCA 1AX0A 1DYKA 3FBYA 2R1BA 3HN1A 2DUPA 4CPLA 1R1ZA 4KS4A 1W6NB 3TI8A 1OQ1A 2ZGQA 4R9AA 1A14N 3SH5A 5GZGA 3CL0A 3GVJA 4YZ2A 2YMZA 3AP6A 4AYUA 4FPKA 2WSVA 3N7MA 5NN9A 5GLVA 2C9AA 2GMEA 1AXKA 1C57A 4R9DA 2Z42A 2F26A 2JECA 4GDJA 3SILA 3WLUA 3ZXJA 4XJ9A 3AK0A 3NV2A 3V0AA 2GMPA 4M3CE 1KRIA 4MJVA 4GZTA 4AGVA 4DPNA 1WLDA 2YA7A 2E6VA 3TI5A 2ZBJA 1WBFA 2ZKNA 2HTQA 3I4IA 3V0BA 1NXD1 3MW3A 4FZHA 1QF3A 1H9WA 1NCBN 1WD4A 3AP9A 1ZA4A 5CBLA 5HCFA 1IKPA 1SACA 1Z4YA 4Y22A 1HQLA 1NMBN 1APNA 1GLHA 4GKXA 4WVVA 1NSDA 2A71A 3WCRA 1QDOA 1E8TA 1FX5A 4GZQA 4MWVA 1INHA 4D8SA 2D6PA 2VK7A 4ZXKA 2D6KA 4XILA 4K1IA 5EYYA 2VW0A 2W39A 1I3HA 1F31A 3OYWB 4PBPA 4H52A 2ZGUA 2XZIA 1FNZA 2OUHA 2AREA 2NZ9A 4BM8A 3JU9A 2VWDA 3T1LA 1ENSA 3UK9A 2RKCA 3FFZA 3DGTA 2HTWA 2D6LX 4YFZA 1UL9A 1H9PA 4GDIA 1LCLA 1INVA 4KS3A 1CJPA 2PHFA 2CL2A 5SV8A 1DQ0A 3WDYA 1LOGA 3AZVA 2ZGLA 1LOFC 3W58A 3AZWA 1QKQA 4YZ3A 1IVBA 4SLIA 1CESA 1YI7A 4HL0A 2A5ZA 4Y1XA 1NMAN 2AYHA 1BQPA 2YA5A 2R0FA 1LHUA 5JLVA 4Q1RA 2PHXA 3AYCA 1S1AA 1Z4WA 3PVNA 2XZKA 1CPMA 3M1HA 2P3IA 4HANA 4FP3A 1INGA 4FPGA 4Y20A 2R49A 3WDTA 4BLJA 5JDBA 1W6PB 2UURA 2OUJA 4FQZA 1N3OA 4LBQB 4ATEA 1ENRA 1MS8A 4PBOA 1DQ1A 5DZEA 1IVFA 3K3AA 2V73A 2F10A 3ZVXA 2A70A 3USUA 1W6NA 4AVVA 1BJIA 2PHRA 5F9TA 2DVDA 2A3XA 4YW3A 5E8AA 3AZXA 2D3PA 5M1ZA 2W08A 1G7YA 5EYXA 2ZGKA 2VU9A 3FLPA 1Q56A 3PJQA 5HUMA 1DFQA 3M3CA 3M3EA 5HUKA 2ZGOA 1N3PA 4GZPA 2D43A 1CR7A 2QWFA 1JXNA 4QN5A 1ONAA 2ARXA 1VCUA 3RSJA 3SNMA 2JJ6A 1AJKA 1LOCA 1ENQA 2EXIA 4Q6KA 1QU0A 4AVSA 5E88A 1LOBA 1Z4ZA 1SCRA 1S0DA 5DUVA 4R9CA 3ZYPA 2QWAA 4XJRA 2ZACA 4KS1A 2P2KA 2ZHLA 2P37A 3D4KA 4Q2FA 1EUUA 2GNDA 4GEZA 1DBNA 1O4YA 2R0HA 4B7JA 5JOWA 1HLCA 1SBFA 1Q8OA 4UF7A 3ILNA 4YGBA 2XZJA 4W65A 2PELA 2ZA9A 3SH3A 4C1XA 1DILA 1E8UA 1QDCA 1MVEA 3OPZA 2AEPA 2ZHKA 3BTAA 4BPZA 4I30A 5JVVA 2ERFA 3K37A 3AYDA 3WDWA 4YLZA 4TZDA 1A4GA 2R16A 1VALA 1SNTA 1WW5A 3B01A 3OBTA 1YYNA 2GN7A 1CPNA 2HYKA 4XXPA 1HQWA 4FQ4A 4MWWA 4XXAA 4L8QA 1JHNA 1IVEA 1W6OB 4K1ZA 1W0OA 2NMNA 5B2DA 5T50A 3WUCA 5H9PA 1UN1A 4M3CB 5T52A 4FOQA 3SITA 4LBMA 2F13A 3WHUA 1SCSA 3V64A 5HX0A 5H9RA 4KS2A 3D12A 2QWIA 4LBQD 2W52A 1FV3A 2YA4A 2QWJA 2WLQA 4PCRA 4Q27A 3POWA 1W6PA 4WEGA 1SFYA 2AGSA 4WVWA 4QNPA 4LBQA 1NN2A 2OVUA 3Q9OA 3VKFC 4FPHA 4C1WA 5LK5A 3RG0A 2A6VA 2F0ZA 2DTWA 3BEQA 3TI6A 2F27A 1XOEA 1LEDA 3WG1A 1GNZA 1Z4VA 1W8NA 2B8HA 2HU0A 1NLSA 1A3KA 1KJLA 3ZYRA 1WW7A 3FUOA 3LSDA 4QN3A 1JYCA 1FV2A 2DTYA 5CNAA 1JYIA 1G9CA 4XDQA 3AXEA 4MWXA 2D7FA 3TI3A 3ZXEA 2BATA 1WUVA 2D6OX 1CN1A 2DVFA 1G9BA 1IS6A 2VW2A 1UZYA 5IK8A 4YM3A 1MS9A 1F9KA 4Y20B 3NWKA 1U0AA 2JE7A 3WZ1A 2E53A 2CTVA 1F8BA 3IN9A 1W8OA 4QN6A 4XJZA 2GDFA 2ZMNA 3USUB 3ZXKA 1VCJA 4BBWA 3AFKA 1D2SA 5H9QA 1INWA 3TIBA 2EAKA 3WVJA 4H53A 1MS1A 3AJYA 2PHTA 1WCSA 1N1VA 3ALWA 2B7YA 1V3BA 4LBOA 4X49A 4FOWA 4M4VA 1B9TA 1LGNA 2DVBA 2NYYA 4OZXA 2BF6A 2CWMA 5GM0A 2QWDA 2HU4A 3A0NA 2ZGSA 3B9CA 1V6NA 2PHWA 4R9BA 4K1HA 4MYEA 2DUQA 2HTUA 2OW4A 3O9JA 4XYXA 1W0PA 4XIOA 2VY0A 3GVLA 2Q5TA 1W6OA 3KM5A 6NN9A 2F12A 4D69A 3VKMA 3ILFA 1FYUA 2F28A 1RIRA 2ZGNA 2LALA 4YFWA 4M3CA 4XOGA 3H0OA 1B9SA 2UWAA 2GALA 2WKKA 1S0CA 1G86A 2D44A 1JUIA 5JOZA 4YGEA 1ULEA 3ZSLA 2CWSA 1BJQA 4BLIA 4UW4A 4MWUA 2VK6A 4Q8LA 3WG3A 3DUIA 4P9WA 3MEPA 4XZPA 5KXCA 4P14A 3ZSJA 1QNYA 5CAZA 2YDTA 3T1EA 1NNAA 1MR5A 2DURA 4XIKA 4CPYA 1V0FA 2LTNA 5GLWA 2YA6A 4RA0A 2ZMLA 4GXLA 1S0GA 1GANA 3PVOA 4FOVA 3D6EA 4YG0A 2WT2A 1SO7A 2F25A 1YO8A 1PZ7A 5DZGA 4WEFA 1LENA 2VSKA 2NN8A 4JRAA 4QN7A 2AEQA 2VXRA 1SLCA 1XQNA 1MS0A 3RS6A 4F83A 4MZAA 1TEIA 1CONA 4WV8A 4U2AA 4AWDA 1NCCN 3AZYA 1ZM1A 1PZ8A 3AP7A 2CNAA 2A3YA 3WUDA 5GZDA 5DZFA 4X6KA 3ZPYA 5BYNA 4XHXA 1BZWA 1A4QA 2W38A 2ZZJA 1KJRA 4XJQA 4J9TA 4GKYA 4GALA 1D0HA 3WCSA 4FVKA 4K3YA 3AXDA 1AX2A 4ITCA 1V6JA 3H73A 2EALA 5GLUA 4YZ4A 1G9AA 1NNCA 1RINA 1C4RA 1DYPA 4UW6A 3SALA 4DRVA 4XBNA 1MZ5A 2CMLA 2WSUA 2P3JA 3M3OA 3H71A 4CRQA 2RHPA 3WNXA 1WBLA 3SISA 5GALA 1LHVA 1PZ9A 1NCDN 4M4NA 4KS5A 1FAYA 1OFSA 3MW2A 1DQ6A 4Y26A 1F5FA 2YY1A 3WDXA 4WA3A 2EXJA 3GALA 1IVCA 4K1KA 1S0BA 3IMNA 1LODA 3TICA 3NV4A 1VAMA 2AUYA 4XBQA 4FPEA 1C1FA 1GNHA 3CYEA 1CVNA 3VKLA 2W20A 4GWMA 2A6XA 1DIMA 1G9DA 1DIWA 5H9SA 4XBLA 5KXDA 2DWRA 1IS3A 5T54A 4XTMA 1F8EA 3SANA 4Q8KA 4MX0A 4WA5A 5DG1A 1E8VA 3H6JA 2YZ4A 5IT6A 1UPSA 4DRRA 2GMMA 1MACA 3VV1A 1YRZA 3N7KA 2VUAA 4PF5A 3JUUA 3T2TA 3A0KA 3R4UA 3TIAA 2PHUA 3V65A 1S0EA 1ULDA 2BQPA 2ZMKA 1AXZA 1LOFA 3WG4A 5DUUA 1J1TA 1CQ9A 2WT0A 5IUQA 3BOPA 2EXKA 3N35A 3QCWA 5DG2A 4M4UA 1OKQA 3O9KA 2UU8A 1WW6A 1W6MB 2V5YA 1SLIA 1YIFA 2KM2A 1BXHA 2A6ZA 3O5SA 1KITA 1EUSA 4IQPA 2DU1A 2R1DA 2SILA 2A6YA 1GZWB 5GLZA 2ZGTA 4H55A 4Y1ZA 3PVEA 1JBCA 2ZAAA 4YW5A 2ARBA 3N36A 3FLRA 4P9XA 5E89A 1NNBA 1UMZA 1QMJA 4M00A 1Y7BA 2BZDA 4HZXA 4FPFA 4CPMA 1F8CA 4FPLA 2HTRA 1IVGA 2VK5A 5B2CA 4XE9A 1S0JA 1I1EA 1JOJA 4HZZA 3ALXA 2EIGA 5KXBA 1V6LA 1A8DA 5T5LA 3N7LA 3GNEA 3CL2A 4WA4A 3NN9A 3RRDA 1Q8PA 2ZHMA 4DFSA 1SBEA 5JOYA 1MS5A 3POYA 1V0EA 2D3SA 1LHWA 2TEPA 1AF9A 1V2IA 1ULGA 4MWYA 3ENRA 2VVZA 4MWQA 4FPJA 4FVVA 7NN9A 1FNYA 4GZSA 1V6MA 3WV6A 2FMDA 1JN2P 3H72A 2WJSA 5HCAA 1CIWA 1GKBA 1W21A 3WDVA 4RL7A 3VKOA 2JDZA 1DHKB 1DQ4A 3W59A 1XOGA 3O0VA 1KDMA 2H0BA 1VIWB 4NO4A 4HZWA 2ZB6A 4YM2A 5KXEA 2SLIA 4YW4A 2EF6A 1LU1A 3KQRA 1DQ2A 4ISQA 2UWCA 1W6QB 3I8TA 4LBJA 1QOTA 3R05A 4XJAA 4BQ1A 2HTYA 2ZGMA 3O12A 4XTPA 3JU4A 1L7GA 3FLTA 5GZEA 4ASMB 3HR9A 5FREA 2A7AA 3ZSMA 3MW4A 3A72A 4K20A 1GZCA 2GNTA 2CY6A 5EWSA 3D5OA 2NMOA 3O0XA 2DUOA 3K38A 3B00A 3A71A 3TB0A 2AENA 1LGBA 2QWKA 4AGGA 3TI4A 3K39A 4Y24A 4LBLA 2E51A 1SLLA 1Q8SA 4CTEA 1DZQA 2FHRA 1VAVA 2F11A 2D6NA 2WT1A 2JD4A 4DS0A 1INYA 4BOWA 1W6MA 1SLAA 1B9VA 1LULA 2F24A 5AVAA 1USXA 1ULCA 1HDKA 1G8WA 1X50A 5IK5A 3O0WA 4XJ8A 1GZWA 1V0ZA 3VKNA 4GZXA 3OY8B 1WLWA 5DUXA 3L2YA 4M01A 2ES3A 5F5QA 3AYAA 5JYYA 1N47A 1QNWA 1EUTA 1INFA 1LECA 2X9MA 1QOSA 2YA8A 3WHTA 1SLBA 3M2MA 4MWLA 3IPVB 4LBNA 4DGRA 3B69A 2AR6A 3BIWE 4MJUA 2VH9A 3W09A 4PQ9A 4NOTA 2YDPA 3ZXLA 1Z78A 4CPOA 4QN4A 4AGRA 5JOXA 2XCYA 1N1YA 1KQRA 4ISRA 2W5OA 1YXWA 4K1JA 1N1TA 3SLIA 3WOGA 2G4IA 2JKBA 4CPNA 5T55A 2DU0A 3INBA 2ZB5A 4HZYA 4P9YA 5CB7A 5EXOA 1WCQA 5GJ6A 1MS3A 1LEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VZPA 4ATFA 3HPNA 5HUNA 1S0FA 2X5IC 2ZX1A 3KLSA 3I49A 3H1WA 4E27A 2D6MA 5CFDB 4Y1VA 1UX6A 4YM1A 4MWRA 2WQZC 3VD3A 1F8DA 3OGJA 1W04A 1Q8VA 3LFMA 2HWE2 3T08A 3BALA 2F6BA 4RS5B 1F2NA 3ZN5A 2SBAA 2J1TA 4R4XA 1N6EA 3AZZA 4CSDA 4IEVA 4ZY3A 3TNPB 4NRMA 4CP2A 4PQQA 1VE0A 1ZBE3 4FO9A 4IV3A 3OTFA 1WA4A 1O3QA 4ASCA 2OPWA 5FLJA 4CVUA 4I00A 3PTYA 1V6OA 1ND2A 1MEC2 4XFIA 1URXA 3BOWA 5FPBA 3W5NA 3QACA 4OZOA 5KC6A 1V3EA 1H30A 2DCZA 2XMLA 4PLNA 4HK9A 3RYRA 3MIFA 2FPCA 1VLNA 2XKOA 5J37A 3A9GA 5T5PA 4IDZA 4GWJA 5FWEA 3K2OA 2HBUA 4IEWA 3II7A 4PWZA 5IK4A 5C3QA 2BYVE 5FP8A 1X9TA 2A3WA 4GJTA 3FMGA 3I54A 3N7JA 1V3DA 4URTA 4QQLA 1JI6A 3BIEA 4GA9A 1W6QA 1W20A 3AMQA 1WCDJ 2RS52 4SBVA 3FFQA 4Y1UA 5BY5A 1C8M2 4LK7A 4RSUA 1ZBA3 4I3PA 1H8TC 1QJX1 1LU2A 1RUG1 2EXHA 1DGRA 4JCKA 1CAVA 2ZOEB 4AQTA 1B35A 1E5IA 1UY0A 3IIAA 4P9GA 2DFBA 4PIYA 2HT5A 2AH2A 4HZVA 3OBRA 1RTVA 1DLLA 3GHMA 5FYYA 4OHYA 2RVAA 4FPYA 4JGYB 1MQTA 1W3XA 2QQVA 1YFWA 2WNVA 4D3WA 5JIUA 4QQPA 4B7NA 1RXFA 1UNBA 1XU1A 2VNVA 5JAXA 5FZOB 1DQ5A 1RUH3 2WZ8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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