4YW4A

Streptococcus pneumoniae sialidase nanc
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase C
publication title Crystal structure of a novel sialidase
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 198
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw4A02
3INAA 2QWJA 2NYYA 2P3IA 2W52A 2WSUA 5CA6A 4PCRA 2JJ6A 4X4AA 4FOWA 1NSBA 4CPLA 4D8SA 2P34A 1GKBA 5BYNA 2A6XA 1MACA 5SV8A 2WT0A 2DUQA 2R49A 1ZM1A 2ZA9A 2ZMNA 2AEQA 1O4YA 4ATFA 4Y1ZA 2W5OA 1AX2A 4AWDA 1VCUA 1IS6A 2ZHMA 2QWIA 4XJZA 4XJ9A 3PVOA 3UJOA 1G9AA 1F8DA 2HT5A 2ARBA 1Z78A 4WV8A 4JCKA 3SALA 4Y1XA 2ZHLA 5DUVA 5CB7A 4Y1VA 3H71A 3WDUA 1AXZA 2A6WA 2D6PA 2UWAA 3C2UA 1JBCA 4CPOA 4FZHA 1ULDA 2ERFA 4HZYA 2C4AA 3NV4A 1W6PB 1YYNA 5FRAA 2PELA 1MVEA 4M3MA 4P9YA 2E7TA 1V6KA 2YA5A 2GNTA 4CPYA 3O5SA 2HU4A 4MWJA 4NO4A 1LHWA 3JU9A 4QN4A 3UK9A 2BZDA 1GZWA 1S0CA 1L7FA 1V0FA 3A71A 2NN8A 2AEPA 1FNZA 1VAVA 4B7NA 3Q9OA 1GZWB 1RITA 4FPGA 1V3DA 1LODA 2VXRA 4ITCA 3CKZA 2D7FA 4Y24A 3O9JA 3WDVA 2AYHA 3K36A 2HTUA 1WW4A 4YZ5A 3MPPG 3AYCA 1LJ7A 2PHXA 2VW0A 3OY8A 2ZGMA 1KRIA 1IVGA 1LOGA 4Q1PA 1L7HA 3UJQA 1S0EA 3WG1A 4MWRA 1YXWA 4XYXA 2C4LA 4HL0A 1B9VA 2AR6A 1HQLA 4MWYA 4F83A 2AENA 1GICA 1NNAA 1CPMA 3R05A 2ZGNA 2ZGLA 2GMPA 4P14A 1BYHA 2A6VA 3SANA 1FV2A 5JLVA 2CNAA 1V3EA 1NSDA 2ZGKA 3BTAA 1A3KA 1TEIA 4JRAA 1XQNA 1YO8A 5CNAA 4YW3A 3KM5A 5JVVA 5CBLA 2GNBA 3OBTA 1W0OA 5JOWA 5H9RA 2PHUA 2UWBA 4LBLA 4ATEA 5JOYA 4BMBA 1W6OA 2B8HA 1NMAN 2R16A 4C1XA 4YZ3A 1CJPA 4DQAA 1INVA 2NZ9A 3IN9A 4FPJA 1QOSA 2ENRA 4XXAA 1FATA 1QMJA 2OW4A 4GALA 1W6OB 3FBYA 3M3QA 1ULFA 2P3KA 4K1KA 1MS1A 1AXKA 5HUKA 1AF9A 1QOTA 2DTWA 1EPWA 1GBGA 1G7YA 5GZDA 2ZGSA 4Y1YA 3MW4A 3IKWA 4B7QA 4ISRA 2V73A 3T1EA 2XZIA 3TI6A 4R9AA 4XIKA 2EAKA 1E8TA 1G9FA 1DYPA 1LULA 2DVAA 4XE9A 4CPMA 4MWXA 2EIGA 3SITA 1W6MA 3VUOA 2WKKA 1PZ7A 5EXOA 3ENRA 1DIWA 4XZPA 3POSA 4AYUA 4UW3A 3ZXFA 5JOZA 1HDKA 4ZXKA 4GWMA 1W6MB 1LOFA 3JUUA 3NV3A 1V6LA 2B7YA 1BJIA 2GALA 2R1DA 2ZGRA 4YGEA 1HLCA 1ENRA 4RA0A 1I1EA 2WLQA 3GVLA 3RMXA 1KDMA 4WEFA 2CL2A 1WLCA 2F27A 3B01A 3AZWA 2OUJA 1OFSA 2ZMKA 3N7LA 5JYYA 1LOFC 4M4VA 1UPSA 1AX0A 3QCWA 2EXJA 2DV9A 4H53A 1SACA 3O0WA 5E88A 1LU2A 1MS8A 1IVBA 3M3CA 4DS0A 3OBRA 4HZVA 2YA4A 3TIBA 4FPHA 1IKQA 4FPEA 4XMAA 4Q6KA 1V2IA 1LOCA 4WVVA 3K3AA 2BF6A 2GN3A 3K39A 4YZ4A 4LBOA 3H73A 3INBA 2DVFA 2EALA 4UW6A 4AGRA 1WW5A 2GNMA 1W8NA 1IVFA 1D2SA 3ZXLA 2ES3A 1A4GA 1CPNA 2P37A 1LHNA 2GMMA 3HMYA 1S0JA 5FREA 2E51A 3AFKA 1SBFA 5HUNA 3AZVA 4AGVA 2PHRA 2F10A 1A4QA 3FLPA 1HQWA 4K1IA 1IS5A 2RHPA 3CL0A 2F0ZA 2YZ4A 4GZQA 1W20A 1N1VA 4U36A 3AJYA 1DZQA 4K1ZA 1GYKA 4TYSA 4XOGA 1ULCA 4FJ6A 3N3HA 1E8UA 3ALXA 1NN2A 1USRA 4FOYA 4MX0A 4FP3A 2WSVA 4YG0A 1ONAA 3WV6A 1Z0HA 3AYEA 3ILRA 1KJRA 1MS9A 1V0EA 4LBMA 1NNBA 2RKCA 2DURA 2QWGA 5EYXA 1S0IA 3M3OA 4AVSA 5H9QA 1CR7A 2JE9A 3VKNA 1BKZA 1O4ZA 1W0PA 4MYEA 4YGBA 2DVDA 2ZGUA 1OQ1A 3BODA 1AXYA 4XHBA 5L73A 1H9WA 4MWQA 3W59A 4XJQA 4XBQA 1AJKA 1AVBA 7NN9A 4GJTA 3NV2A 2EXHA 3USUA 3ILNA 5GJ6A 4Z8BA 4HANA 1INHA 1I3HA 2DUPA 3PMEA 1GNHA 3AXEA 4MWWA 1WD4A 2BATA 4QN3A 1UL9A 1H30A 1ULGA 4GKXA 3USUB 2D43A 2HTRA 2VSMA 4FQ4A 4B7JA 1Q8SA 4R9DA 1BQPA 2W68A 2GNDA 3IPVA 5IK8A 2BERA 1DQ6A 4FPYA 2ZMLA 1N3PA 5KXDA 1G9DA 3KQRA 2VVZA 4XBNA 1WW6A 1MWEA 3OYWB 1KITA 2FMDA 3IPVB 3UL2A 2UWCA 4SLIA 3JU4A 5GLZA 4Y20A 4M3CE 1B9TA 3TB0A 2UU8A 1W6PA 2QWCA 4MZAA 2SLIA 1LHOA 2JKBA 4Y20B 1LESA 2VY0A 4BMEA 3R4SA 4WA5A 2YDPA 4WA3A 1N1SA 2XZJA 3WG4A 3POWA 2VK6A 3FUQA 3RSJA 4L8QA 3TI8A 2VW1A 3WVJA 3VKFC 4RL7A 1MR5A 2GN7A 4YM3A 3ATGA 4FPOB 5HCBA 3A72A 2D6OX 4YG3A 2C5DA 4GZSA 1CESA 2P3JA 2VH9A 2XCYA 1B9SA 3PVEA 1WLWA 3ZXEA 3CYEA 2EXIA 4KS4A 1ZA4A 1JN2P 1JUIA 5DUUA 3VKOA 4MZEA 2QWBA 1V3BA 4YW2A 1RINA 1S0BA 2GDFA 2A71A 3WUDA 4XMIA 2HU0A 2CWSA 3CNAA 1DHKB 1F8CA 3T1MA 3BEQA 1MS5A 3MEPA 1SLIA 1DQ2A 1E8VA 4GEZA 5CAZA 2VK7A 1PZ8A 2E7QA 1F31A 1QNWA 3B69A 1EURA 2D44A 2AGSA 2DVBA 4R9BA 4UW5A 2HTYA 1WLDA 3LCPA 2VK5A 4KS2A 3U4XA 3MW2A 5DG1A 1QNYA 2D6KA 1A14N 5HX0A 3WDWA 3ZVXA 1Q56A 1FX5A 3AP7A 1SNTA 1S0FA 2A5ZA 1MS0A 5T50A 3TI5A 2EF6A 2KM2A 1QDOA 3GVJA 5IK4A 4YM1A 4MJUA 3SH3A 3ZSLA 1LOAA 1Q8VA 3FLRA 5T5OA 4WEGA 4FPCA 1V6IA 3AJZA 1CONA 5LK5A 2W39A 3TI3A 3M1HA 1SLTA 3GNEA 5KXBA 1JYIA 4MWLA 5NN9A 1URXA 1INFA 1ENQA 4MC7A 3AK0A 1VCJA 1NMBN 2NM1A 2V5YA 3LSEA 3V64A 2X9MA 3NSSA 2A6YA 1QOOA 1IVDA 3I8TA 4TZDA 2R1BA 5DZFA 2D3RA 1WCSA 1SCRA 1CIWA 4YG6A 1YRZA 1DFQA 3TI4A 3AYDA 1YIFA 2DWRA 1NCCN 4WVWA 1L7GA 1V0ZA 2D3PA 4MWUA 4FVVA 1WW7A 1ENSA 3AX4A 1NCAN 1S0DA 2LTNA 3IMNA 2VUAA 2F28A 5IT6A 2VWDA 4X49A 4YW5A 2DTYA 2Q5TA 3OPZA 3ZSKA 2F12A 3VKLA 1J1TA 1A78A 3O9KA 2ZB6A 5GLTA 2JE7A 4Q26A 2DYCA 4GZOA 4XJ8A 2ZGTA 3PJQA 2D6NA 2ZKNA 1V3CA 3R4UA 5T54A 4IQPA 1JW6A 5GLVA 4I00A 1IKPA 5T5LA 1F5FA 1WBLA 2ZHKA 1GZCA 1EUUA 4NC5A 5H9PA 5JMCA 3WDYA 4XJWA 2W08A 4UW4A 4HZWA 1LENA 2YXSA 3QLQA 1YI7A 4Q8LA 2HTWA 1INWA 1WBFA 4LBQD 1SO7A 2A7AA 3FLTA 4FOQA 2WT2A 1LEMA 3A0KA 1IVCA 3H0OA 5JOXA 1SFYA 2ZBJA 1W21A 3VKMA 2F25A 3N7MA 4YZ1A 2AUYA 4MJVA 2CWMA 1DQ0A 4FPKA 3D5OA 4CRQA 3HR9A 1N3OA 1JOJA 1OKQA 1MZ5A 1SLCA 2QWKA 1Z4YA 4FPFA 3AZYA 1N47A 1MVQA 3DGTA 1QF3A 4YFWA 4M4UA 1DQ1A 1KDKA 5T5JA 4JF7A 2F29A 4GWNA 2ZGPA 1H9PA 3B9CA 1G9BA 2QWHA 4GDIA 3ASIA 1F9KA 1ULEA 2AREA 1XOGA 4YW1A 2E6VA 4WA4A 1UKGA 1QU0A 4GDJA 2ZGQA 2F11A 1Z50A 4CPZA 1USXA 4JC1A 2DU1A 4GZXA 4LBJA 3AP4A 1F8BA 4DRRA 3O12A 3B00A 1N1TA 2BQPA 3RG0A 1LECA 3SLIA 4U2AA 2SIMA 3AP5A 2SILA 1AJOA 5KXEA 4MWVA 2PHTA 2YA7A 3APBA 1W6QB 1NSCA 4K1YA 3SISA 5HUMA 2P2KA 2A3WA 4M3CF 2YA8A 1R1ZA 3ALWA 4XTPA 2A3XA 3ZXKA 4Y1UA 1C1FA 5GZFA 3PVNA 5GZEA 4GKYA 1SCSA 4Y22A 2D6LX 4H55A 4UF7A 3GALA 1JXNA 1W8OA 4GZPA 1LGCA 1B09A 3SILA 4FVKA 3V65A 1DLLA 4J9TA 4Y22B 4ISQA 1FNYA 4X6KA 1SLLA 1V6JA 3ZXJA 4I30A 1Y7BA 2DVGA 4Q8KA 3SNMA 3N7KA 4YW4A 3MW3A 5GALA 2SBAA 2W5NA 4FOVA 5DXDA 1GSLA 2D3SA 1WUVA 2CY6A 2Z42A 2EXKA 1GV9A 3K37A 4M4NA 3OYWA 3NN9A 2WNEA 3RMYA 2FHRA 4HZZA 3AZZA 2CMLA 1LOEA 1V00A 2WT1A 2ZZJA 5GZCA 1N1YA 1Z4ZA 2R0HA 5EWSA 2PHWA 1DGLA 1UAIA 4Q1RA 4PBOA 1RIRA 5GM0A 3A4UA 2F24A 3ZSMA 2E53A 5E89A 5B2DA 1G8WA 3H72A 2HT8A 2C9AA 4WZFA 1CN1A 1W1XA 3BOPA 4BOWA 2AH2A 3SH4A 4HIZA 3WDXA 1DQ4A 4BBWA 4H52A 1V6MA 3W58A 1QKQA 4GXLA 1JHNA 3FFZA 3IM0A 3WG3A 4YZ2A 3O0XA 4XDQA 4P9XA 1MS3A 4OZXA 1SLAA 4GZTA 4D69A 1G86A 2JECA 1IOAA 1X50A 5KXCA 2DUOA 1DBNA 5IK5A 1BXHA 5GLWA 5H9SA 3V0AA 3WLUA 2OUHA 1INYA 1LU1A 3AZXA 2WQZC 4DFSA 1LTEA 4AVTA 2ZACA 3O0VA 2XB6C 3RRDA 4ASMB 3N36A 1DYKA 1GNZA 2QWAA 3V0AB 3DUIA 3POYA 2WJSA 3RS6A 1VIWB 4BLJA 1XOEA 2YROA 2ZB5A 1EUSA 4GB1A 3V0BA 4NOTA 1WCQA 2JD4A 4XJRA 1NCDN 4HZXA 3V0BB 1LCLA 2PHFA 4QN5A 3ZSJA 1FAYA 4B7RA 2VU9A 3VV1A 1LHVA 1MZ6A 1NLSA 5IK7A 2ZAAA 1GLHA 4XJAA 3WHUA 4YFZA 3OY8B 3ZYPA 2W20A 2ZABA 1NMCA 1V6OA 1G9CA 4FQZA 2F13A 4KS5A 1NXD1 2QWFA 3RQ0A 3NV1A 4CTEA 3D12A 1JYCA 2QWEA 2UURA 2D6MA 5DZEA 1Q8QA 3TAYA 1C57A 3ZPYA 4FP2A 3LSDA 3GVKA 5E8AA 4DGRA 4M3CA 1F8EA 3ZYRA 3WCRA 4DPNA 3N35A 3WOGA 4B7MA 1LGNA 3AXDA 2DU0A 3CL2A 4C1WA 3WZ1A 3M2MA 4M3CB 1V6NA 4K1HA 4YGCA 4KS1A 1LOBA 3D6EA 1UZYA 2A70A 2NMNA 2VW2A 4BM8A 4GA9A 1CQ9A 1VLNA 3FUOA 4XILA 4BQ1A 5DG2A 2A75A 1UMZA 1NNCA 4BPZA 5GLUA 4DRVA 4Y26A 5IUQA 4QN7A 4Q2FA 2I2SA 1DQ5A 4XTMA 4LBQA 1A8DA 5AVAA 3NWKA 3OGGA 2VSKA 3L2YA 2YMZA 4X47A 3HN1A 5DUXA 2YY1A 4XBLA 1U0AA 1Z4WA 5EYYA 4LBQB 5T52A 1INXA 1IS3A 3I4IA 1AX1A 2A6ZA 1DIMA 4LBNA 4YM0A 2HTQA 3B3QE 3M3EA 3WNXA 1PZ9A 4NCSA 2CTVA 2G4IA 2JDZA 1S0GA 4M01A 3B7EA 3WUCA 3TICA 5GZGA 4XIOA 1Q8OA 1S1AA 4K21A 4NN9A 1C4RA 1IVEA 1KQRA 2ZHNA 4AGGA 5M1ZA 4K1JA 1SLBA 1UZZA 4KBBA 1Z4XA 1SBDA 1NCBN 4QN6A 2YDTA 1MS4A 5F5QA 1CVNA 5B2CA 5HCAA 5T55A 2CYFA 1LHUA 1QDCA 3AP9A 1D0HA 3BIWE 4XJUA 1BJQA 2OVUA 3ILFA 5F9TA 1GZ9A 4GZWA 1HKDA 2R0FA 3D4KA 1KJLA 4LBKA 4PQ9A 3H6JA 1DILA 4P9WA 2NP0A 4BLIA 2F26A 1FV3A 4XXPA 4Q27A 3AP6A 1FYUA 4K3YA 3OJBA 2H0BA 2HT7A 4CZSA 1BZWA 2LALA 1WD3A 1W6NA 1VALA 4XHXA 5DUWA 4KS3A 2ZGOA 2HTVA 3N7JA 3A0NA 1C1LA 3WDTA 4K20A 5HCFA 5HUGA 1W6QA 3W09A 1W6NB 4YLZA 4QNPA 5DZGA 3WCSA 1LEDA 1UN1A 1VAMA 1QGLA 4AVVA 4CPNA 4YM2A 4PBPA 3WHTA 1EUTA 2TEPA 1GANA 3SH5A 1N3QA 4PF5A 2XG3A 4YGDA 6NN9A 4W65A 3TIAA 1LGBA 2A3YA 2HYKA 1Q8PA 2XZKA 3WG2A 3D11A 2YV8A 3T2TA 4ZKTB 1APNA 1IS4A 2GMEA 5JDBA 3AYAA 3T1LA 1Z4VA 2ARXA 2YA6A 1UX6A 3K38A 2W38A 5T5PA 4R9CA 1INGA 4M00A 2NMOA 4FPLA 2QWDA 1SBEA 1AZDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FD8A 4QHBA 3INAA 3I59B 2QWJA 2IXKA 1EAH2 2NYYA 2P3IA 3VZNA 5A1AA 1PVXA 3I2GA 4GMP3 4A42A 5EFUA 4K3UA 5FNSA 4LOTA 2W52A 2WSUA 5FLJA 5FZCA 2VAUA 5CA6A 4PCRA 2JJ6A 5AFEA 1C9UA 4X4AA 3WNOA 4NRPA 4FOWA 4BH9A 1NSBA 4NR1A 5D21A 5BNOC 1CZSA 4CPLA 4D8SA 2P34A 1GKBA 1GUIA 1NOVA 4NIAA 4AFBA 3LOIA 4B7EA 4CCMA 4RHV2 2A6XA 4JKLA 1MACA 5BYNA 5IATA 1UU5A 5SV8A 3DCQA 5JUVA 2WT0A 2GH8A 3WQ0A 2DUQA 5ABJA 1O8SA 5HI0A 2R49A 2FDIA 1ZM1A 4A2UA 2ZA9A 3BKZA 4AI9A 2ZMNA 2AEQA 1O4YA 2WS91 3ZKUA 1UMHA 1BK1A 3I2KA 4IGQA 2RR11 4ATFA 1WLTA 4EN0A 2BOJA 3VN4A 4Y1ZA 4GNCA 4CVUA 2W5OA 1AX2A 4AWDA 4QQ2A 4E4HA 1OD3A 2Y26A 4HN1A 4EZHA 1HB1A 3E5ZA 1VCUA 4M0HA 4ZY9A 4BXSV 3T0DA 4YRDA 3MFCA 3WP4A 1IS6A 4LPLA 2ZHMA 3TBDA 2QWIA 1OI6A 4Z92B 3C8XA 1RUG2 2QJVA 4AW7A 2QQMA 3MLJA 4XJZA 4XJ9A 3PVOA 4ZONA 1JOBA 3UJOA 2Y34A 3VDDC 2QQJA 1ZZ6A 2ARBA 2OZJA 4TSVA 5L7OA 3WNMA 4FTEA 2HT5A 2XLGA 4QB1A 1Z78A 2RR13 4A7YA 5F1RA 3HT2A 4WV8A 1K42A 4JCKA 3H7YA 4LO8A 1X8MA 5ABJC 4XFGA 4IFJA 2VZSA 3NJZA 1CAXA 3MIGA 3SALA 3JB4C 4X6RB 4Y1XA 2R071 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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