4YW5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with oseltamivir carboxylate
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase C
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw5A02
2BERA 1UL9A 2QWJA 3C2UA 4NOTA 4CZSA 3INAA 5GLUA 1F8EA 2VY0A 4Y20A 3V64A 3L2YA 4YZ2A 2R1DA 2A6ZA 3O0WA 4Q27A 5IUQA 4KS1A 1G8WA 4YM0A 3TI3A 3ZXKA 4HL0A 4YG3A 4NCSA 4LBKA 1V3CA 1MS4A 2ZACA 2HYKA 4U36A 2VU9A 3BODA 2R0HA 3POSA 4YZ5A 3PVEA 4K1ZA 1AZDA 1F8DA 5GM0A 4YW2A 2ZB6A 3QLQA 4M4VA 4Y1UA 4C1WA 2ZGKA 4BBWA 2D6MA 3RS6A 5NN9A 2EIGA 3O9JA 1WBLA 2F25A 3O5SA 2HTRA 5JMCA 3CKZA 4DPNA 3JU9A 3AP5A 1LHUA 2A70A 3WDWA 3OYWA 4K21A 5T5PA 3SILA 4XJ8A 2F26A 2NM1A 1QU0A 4K1KA 5T5JA 4BM8A 1QDOA 4MZAA 2WNEA 4MJUA 3GVKA 4K20A 1USXA 3ILFA 4Y26A 1CN1A 1FNYA 5IK7A 3R4SA 2F28A 1LGBA 3LSEA 5JVVA 1WW7A 3O9KA 1EUSA 3MW2A 4K1IA 1N1VA 3V0BB 1SBDA 4ITCA 4KS3A 1H9PA 3FFZA 1RIRA 2ZGTA 1E8VA 4FJ6A 4CPNA 4U2AA 4I30A 3MPPG 4AGVA 2HTQA 3GVJA 1IVEA 1IS5A 4HZWA 1CJPA 4Y24A 1LENA 4GJTA 1SLAA 4LBQA 1C57A 3SITA 1DLLA 3D12A 4AVTA 4Y1ZA 4YZ4A 4FPCA 1ZA4A 2FMDA 3VKNA 5IK8A 3USUA 4FOYA 3UJOA 4YM2A 2PHTA 4R9CA 4BOWA 3N35A 1S0JA 2D44A 3SISA 1DYKA 1NMBN 2NMNA 4H55A 3OBTA 1LECA 1SLCA 3ZSLA 4B7NA 2JDZA 1W21A 1ENRA 1ULCA 4BPZA 1AF9A 1W6QA 3T1MA 2YROA 1V6NA 3LSDA 4WV8A 2NYYA 4DS0A 1AX2A 5CBLA 2ENRA 3CL0A 5EYYA 2WJSA 1QNYA 2WSUA 1JOJA 1B09A 3WOGA 1UZZA 3PMEA 4RA0A 4M3MA 1JHNA 4LBOA 2ZA9A 5GZEA 1LOCA 4XJ9A 2QWFA 2OUJA 1MS1A 1CVNA 4YG0A 4P9WA 2D6PA 1LGNA 4WA3A 4JCKA 2WQZC 2E53A 3TI8A 2QWIA 3FLPA 1INHA 4FPHA 3B69A 5GJ6A 1V6JA 2ZHKA 2CTVA 3AP4A 2XB6C 1MS9A 2WLQA 2VW0A 4YGCA 4YGBA 3H6JA 2OW4A 1LTEA 1S0CA 1SCSA 3WDVA 5HCAA 4XMAA 5B2DA 3B7EA 3RQ0A 1F8CA 3TIAA 1NNAA 1SNTA 5T5OA 1MVQA 4DGRA 4Q8LA 2DU1A 2PHRA 1JYCA 5L73A 1GICA 4M3CE 1WBFA 1G9CA 4MWQA 4XBQA 1G9FA 2AR6A 2DVAA 1VAMA 2JECA 1KJLA 4M3CF 2PHXA 2HTYA 2ZMKA 2F0ZA 3H71A 1AXYA 4D69A 3HN1A 3IMNA 2BQPA 3A0KA 1NXD1 1WLDA 1E8UA 3GVLA 3TB0A 2ZB5A 4LBMA 2C5DA 1NCCN 1YO8A 1GZWA 2SIMA 2DV9A 2YA5A 1NLSA 3AFKA 4BMBA 3M3OA 2YXSA 2V5YA 3M3CA 3K3AA 1Q8VA 4GZQA 2Q5TA 1HLCA 4FPYA 5HUKA 1W6OB 4XE9A 2ES3A 3RRDA 1FX5A 5DUVA 1VAVA 1CPMA 3WG4A 3NWKA 1S0EA 4K3YA 1DIMA 2WKKA 1DGLA 1QMJA 4GZOA 1NCBN 1WW4A 2AEQA 2P34A 1VIWB 3V0AB 4UF7A 1LOGA 1GNZA 3N3HA 1DQ6A 1LOBA 3WDXA 4MWJA 2SLIA 4KS5A 1YIFA 2C9AA 2UU8A 3W58A 2D6OX 3WG3A 2QWHA 3PVNA 4QN4A 5DG2A 1IS4A 4C1XA 3RG0A 2DVGA 1NCDN 1Z4VA 2CWSA 2EAKA 1UZYA 1ULGA 4M3CA 1LODA 1KQRA 2DVFA 4L8QA 4XIKA 4GEZA 3RMXA 3R05A 2YA4A 4MWVA 2EALA 4PF5A 3M1HA 2DURA 1A14N 4XBNA 1AVBA 2D3RA 1NSCA 4K1YA 1S0BA 3NV4A 1B9VA 2A75A 2D3SA 1SLTA 2XZIA 1WW6A 2ZHMA 2W5NA 1FNZA 5T5LA 4Y1XA 2QWEA 4HIZA 3TI4A 1ENQA 4XDQA 4WA5A 4GXLA 1A8DA 4Y22B 2GALA 3I4IA 4DRVA 1O4ZA 7NN9A 1X50A 3B00A 5H9SA 3FBYA 1W6MA 2DTYA 4XJUA 1LGCA 4KBBA 1H9WA 1APNA 3B3QE 4B7QA 1YI7A 2GDFA 5CA6A 1USRA 3K37A 1KITA 4Q26A 4WZFA 3WG2A 1OKQA 4XJWA 2DTWA 4YW3A 3IN9A 1JBCA 3ZSJA 2XZKA 1Z4XA 2HTWA 1WLCA 1AXZA 3O12A 5KXDA 3AP6A 1PZ9A 1SCRA 4X47A 2DVDA 2D3PA 1F31A 1KDKA 2E7QA 4FVKA 1Q56A 4YW4A 4Q6KA 1INWA 1VCUA 1DQ2A 3ILNA 1URXA 1GZ9A 4GZWA 1NNCA 2HU0A 1IOAA 1MS5A 1W6OA 1SLLA 1LHVA 1QKQA 1EURA 4M4NA 1MVEA 2HT7A 4YGDA 3WVJA 4AGGA 2AH2A 1DIWA 3ENRA 1MS0A 1WD3A 4MX0A 1DYPA 3NSSA 5EYXA 1NCAN 2CNAA 3M3QA 3WNXA 4QN5A 1L7HA 1WD4A 1B9TA 1MZ5A 2F29A 1GKBA 1E8TA 1DILA 3TICA 4NC5A 3GALA 4JC1A 4FOQA 5GLZA 2D6LX 2UWAA 4PBOA 1V6MA 1V3DA 2QWDA 3OGGA 2A7AA 2RKCA 2E6VA 2VSMA 1N1TA 1MWEA 1D2SA 4XTMA 4HZZA 2DUQA 2ZGUA 4HZYA 1CPNA 4YFWA 4H53A 1D0HA 3SH3A 1Z0HA 2OVUA 2GN3A 2VUAA 3A71A 2JE7A 2A6WA 2A6YA 4GZPA 2R16A 2VWDA 1XOEA 4XOGA 1Q8PA 2F12A 3AYDA 5DZEA 1ZM1A 3JUUA 4XJZA 4M4UA 2ZGPA 3AJYA 3LCPA 1V6IA 3O0XA 3B9CA 3QCWA 1GYKA 4Q1PA 3BOPA 3VUOA 1YRZA 1DHKB 2B8HA 4CRQA 3BEQA 1NSBA 2DYCA 2YY1A 4GWMA 2GNBA 1J1TA 3CNAA 3DGTA 2YZ4A 1W0OA 2BATA 5GALA 2Z42A 2G4IA 1LOAA 3ALWA 1ULFA 5GZFA 3TI6A 2W08A 3TI5A 1LESA 1MACA 3ZYRA 2SBAA 3PJQA 4KS2A 3WCSA 1CR7A 3KQRA 2NZ9A 1Z4YA 1BXHA 5H9RA 1AXKA 2BF6A 4SLIA 3I8TA 1C1LA 5DZFA 2VK7A 5GLVA 4PQ9A 5T55A 3IPVB 3AYEA 2D43A 1NMCA 4YG6A 3NV2A 4QN3A 3H73A 1NNBA 3RSJA 2D6KA 4DRRA 5E89A 5E8AA 4ZXKA 4FPFA 3W09A 4B7RA 2GMEA 1QF3A 1N1SA 3N7MA 1LHNA 2ARXA 2AYHA 4GDJA 1C1FA 4X4AA 3IM0A 2I2SA 3HMYA 1DQ0A 2ZABA 4B7JA 4R9BA 1INXA 2GN7A 4TZDA 4MWRA 2JD4A 2WT0A 3ZXLA 1AJOA 1V00A 2C4AA 3D4KA 2A5ZA 2BZDA 2AREA 1LU1A 1DQ1A 4WVWA 1V0FA 4YZ3A 1F9KA 1BKZA 5JYYA 4Z8BA 3A0NA 1QOTA 4R9AA 1ULEA 3SNMA 3MEPA 3OY8B 2H0BA 2YA8A 2YDTA 2P2KA 3H0OA 4H52A 4MWWA 3AYAA 3V0BA 1UPSA 6NN9A 2NP0A 4ATFA 1DQ5A 3UL2A 2D6NA 1HQLA 3ASIA 2PHWA 2VSKA 4FPJA 1EPWA 1LHWA 1ULDA 4LBJA 2E51A 2LTNA 4YW1A 4TYSA 2UWCA 4FZHA 4Y20B 5EWSA 3UK9A 2F10A 4P9YA 3PVOA 3APBA 1SBEA 4XXAA 5DXDA 4GA9A 1UN1A 2ZKNA 1CONA 3WUDA 4UW3A 2UWBA 3T2TA 1L7GA 5HCBA 1A3KA 3VKFC 3AXDA 4GB1A 3V65A 4YFZA 2EXIA 4NO4A 1QOOA 4QN7A 3ALXA 1SLIA 1UKGA 2CWMA 5M1ZA 2QWKA 1A4GA 1Q8SA 1SLBA 1S0DA 1LU2A 5E88A 2GNDA 2QWCA 2A6VA 4DFSA 2A3WA 1IVGA 2A3YA 5GLTA 2HTVA 1IKQA 1EUTA 4GZSA 2VK6A 2AUYA 2DVBA 3OYWB 1FAYA 4Q8KA 3NV3A 1SO7A 1SACA 1GZCA 1LEDA 1HKDA 1CQ9A 1DQ4A 2GMMA 5HUGA 2KM2A 5JOYA 1VLNA 3ZXEA 4MWXA 2P3JA 4LBLA 1KJRA 1R1ZA 3WLUA 1FV3A 1OFSA 4FOVA 3D11A 4XYXA 3AZYA 1I3HA 2EXKA 4M01A 4JF7A 4J9TA 2ZGOA 1JUIA 5DG1A 3AXEA 3W59A 2W68A 1RINA 5F5QA 2HTUA 2W52A 2W39A 4MWLA 2P3KA 4PCRA 2W5OA 5GZCA 2YA7A 3USUB 1GNHA 5GZGA 4YZ1A 2VXRA 2EF6A 3UJQA 4XILA 1Z4ZA 4YM3A 1ENSA 1JYIA 1BZWA 2CY6A 2ZMLA 5T54A 2AGSA 1LOFA 3MW3A 3OPZA 3CL2A 4MZEA 1XOGA 2V73A 2B7YA 1QNWA 3AK0A 2ARBA 4UW5A 1W6QB 3INBA 4WA4A 1INGA 2XG3A 2UURA 1G9DA 3SALA 5BYNA 3KM5A 4AVSA 1S1AA 4GWNA 2GNTA 3WG1A 2P37A 3POWA 4FPKA 1YXWA 3ZXJA 1GANA 1QGLA 2YDPA 4FPGA 4FP3A 1KRIA 2VVZA 2X9MA 1MZ6A 1WCSA 2JJ6A 5H9PA 1Y7BA 3TIBA 1FYUA 4GKXA 5FRAA 5HCFA 2CL2A 4JRAA 1GV9A 2ERFA 2R1BA 2ZGSA 4XBLA 4YGEA 2QWBA 5T52A 1N3OA 4FOWA 1G9BA 1N3QA 3T1LA 2F24A 3WV6A 3V0AA 3JU4A 1N1YA 2WSVA 3HR9A 2QWAA 1S0GA 1NMAN 1V0ZA 3NV1A 1W8OA 2VK5A 2LALA 1BYHA 2ZMNA 3R4UA 3WDYA 3VV1A 2ZGRA 4BMEA 1ONAA 1GBGA 3D6EA 3DUIA 5JOXA 1V3EA 1CESA 5B2CA 3ILRA 5DZGA 2P3IA 3SANA 4LBQD 4XHBA 2ZGMA 4I00A 1WCQA 2TEPA 3N7KA 4MWYA 1AX1A 4M00A 3WDUA 4AYUA 3NN9A 2F13A 3TAYA 1G86A 4P14A 4Q2FA 1GZWB 1V0EA 1OQ1A 1IVFA 3RMYA 1A78A 2WT1A 1BQPA 3AZVA 2PHFA 2EXHA 4QNPA 2CMLA 2DWRA 1VALA 4ISQA 5CB7A 4Y22A 5DUUA 1LCLA 3AJZA 1YYNA 1F8BA 1PZ7A 1A4QA 2AEPA 1HDKA 4CPZA 2ZHLA 4GZTA 4ZKTB 2CYFA 3ZYPA 5KXBA 5FREA 1IVCA 2XCYA 2OUHA 1L7FA 1MS8A 4CPOA 4FQ4A 2EXJA 4MWUA 2ZGQA 2HT8A 3K36A 3A72A 1VCJA 1WLWA 4MJVA 1SFYA 1AJKA 4YM1A 1IS6A 1Q8OA 3D5OA 5KXEA 2YA6A 4K1HA 3MW4A 3WZ1A 3ZSMA 5HUNA 5HX0A 4FVVA 5LK5A 2ZHNA 4FPEA 1U0AA 1SBFA 3M3EA 4M3CB 4AVVA 1I1EA 4Y1YA 3N7JA 1W6PB 3OJBA 2ZZJA 1WUVA 4FPLA 4BLJA 1FV2A 3FLTA 4GKYA 4YLZA 1IVDA 1LOEA 1QDCA 2QWGA 4WVVA 2GNMA 3FUQA 5JOWA 1V2IA 4P9XA 5KXCA 4ASMB 3M2MA 5IK4A 1PZ8A 4ATEA 4KS4A 5F9TA 2ZBJA 3ZVXA 1LJ7A 2VW1A 1IKPA 1W6NB 3WDTA 2D7FA 5GZDA 1GSLA 5HUMA 2DUOA 3OBRA 4XJRA 5IK5A 2F27A 1W6MB 1G9AA 2C4LA 4MYEA 1BJIA 3ZXFA 2E7TA 5CAZA 4Y1VA 1IVBA 2W38A 3FUOA 3SH4A 3Q9OA 4UW4A 4XJQA 3B01A 1V6KA 1S0IA 4FP2A 5AVAA 3SLIA 4ISRA 3IKWA 1JXNA 2A71A 4XHXA 1V3BA 1Z4WA 2YMZA 1CIWA 4XJAA 4Q1RA 1NSDA 2ZAAA 4XXPA 4D8SA 4CTEA 3AYCA 4X49A 1DZQA 1N47A 2HU4A 3U4XA 4AWDA 3BTAA 3A4UA 1Z78A 1V6OA 1DBNA 3N36A 1HQWA 4GZXA 2SILA 4RL7A 2NN8A 4XMIA 2F11A 3WUCA 1Z50A 5DUWA 2NMOA 2XZJA 5CNAA 4F83A 2AENA 4XIOA 1V6LA 1AX0A 4BLIA 1EUUA 1B9SA 2VH9A 5GLWA 1F5FA 2RHPA 3ATGA 3AP9A 4AGRA 3AP7A 4YW5A 4FQZA 5IT6A 1FATA 3WHTA 1LULA 4XZPA 3K38A 1LHOA 1MR5A 1INFA 5JDBA 1N3PA 1QOSA 1BJQA 4PBPA 1DFQA 4R9DA 5EXOA 2ZGNA 4W65A 1INVA 4NN9A 1KDMA 3N7LA 3IPVA 1Q8QA 1W20A 4GALA 4K1JA 4QN6A 1JW6A 1H30A 2FHRA 2R0FA 1LOFC 1LEMA 3AX4A 4BQ1A 4UW6A 3BIWE 4OZXA 2JKBA 1W6PA 4LBNA 4CPMA 4MC7A 3FLRA 5DUXA 3AZXA 2HT5A 1W1XA 3POYA 2A6XA 1TEIA 5SV8A 4CPYA 3ZSKA 5H9QA 4FPOB 3GNEA 3AZWA 4GDIA 3WHUA 1UMZA 3K39A 2WT2A 3WCRA 4CPLA 4HANA 1RITA 1W6NA 4HZVA 2ZGLA 3H72A 3O0VA 3VKOA 1XQNA 4LBQB 4WEFA 3T1EA 1UAIA 1WW5A 5JLVA 3SH5A 2DUPA 1G7YA 3AZZA 3VKMA 2R49A 2JE9A 1IS3A 2A3XA 1O4YA 3ZPYA 5T50A 4X6KA 4XTPA 1JN2P 2GMPA 1INYA 1W8NA 2VW2A 4WEGA 3OY8A 2YV8A 4IQPA 2PHUA 3CYEA 1S0FA 4B7MA 1MS3A 3VKLA 2PELA 1NN2A 1C4RA 2W20A 5JOZA 1UX6A 1W0PA 4DQAA 2DU0A 4HZXA 1GLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BERA 1UL9A 2VOXA 1UYXA 4QX3A 3U10A 2VMGA 1UY2A 2QWJA 2P6HA 3C2UA 4NOTA 1PVXA 2VOVA 4CZSA 2B9VA 2XXZA 2E26A 3INAA 3KV5A 1YQ2A 3KVBA 4GIQA 5FQ0A 5GLUA 1F8EA 1N6DA 4XUTA 2ZX2A 2VY0A 4AAPA 1D7PM 4Y20A 1QJX2 3CO2A 4EN7B 3V64A 3L2YA 4YZ2A 1S4CA 2RJ2A 3HJRA 1YFUA 2R1DA 3DPRB 4AEDB 2A6ZA 2NPIA 3O0WA 4Q27A 5IUQA 4AF9A 3LEKA 4KS1A 1G8WA 4YM0A 4I3GA 3TI3A 3ZXKA 5FXZA 4HL0A 1RUC3 4YG3A 2WNUB 3ZKUA 3KHBA 1NY72 4P5YA 4X8NA 3ZYIB 2HQSA 4NCSA 1JOPA 2PTMA 1KS4A 4LBKA 4GH4C 1V3CA 5A33A 2BDRA 2JG9C 3PL0A 1PMJX 1MS4A 3H8XA 2ZACA 2HYKA 4KH9A 4U36A 2VJXA 2VU9A 1W8HA 3BODA 4JKKA 2DCYA 4EJRA 2R0HA 1Y9MA 4CCOA 1KD7A 3POSA 3GZTB 4YZ5A 5KHIA 3PVEA 4K1ZA 1AZDA 4KU8A 4LUMA 3K4AA 2QDRA 4B4PA 1CWPA 2GVXA 1F8DA 1R64A 4QX7A 5FNUA 4LORA 3OCPA 1GWMA 5C9AC 1W8FA 3ZMNA 2FDIA 2PXJA 2A73B 5GM0A 1UNBA 2MEV1 4CP9B 4CUCA 4CH9A 2OQ7A 4NHLA 1HXS1 1IHMA 5CYYA 4YW2A 1U5YA 2RDNA 3UESA 4NRPA 3QLQA 3E97A 5F5IA 5FWEA 5A1AA 2ZB6A 4HVRA 4Y1UA 4C1WA 4M4VA 2ZGKA 2R063 3KGGA 1WWYA 4BBWA 2D6MA 3QOPA 2FD8A 3RS6A 1A6CA 5NN9A 2EIGA 1ZI0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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