4YYGA

Crystal structure of brd9 bromodomain bound to a butyryllysine peptide
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
100
structure length
100
Chain Sequence
TPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
publication title A Subset of Human Bromodomains Recognizes Butyryllysine and Crotonyllysine Histone Peptide Modifications.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 35
structure length 100
sequence length 100
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yygA00
3UW9A 4MEQA 3MULA 5ETDA 3I3JA 5EVAA 5IGKA 5DFDA 4N4FA 4PS5A 4YYMA 4QR5A 5LKTA 4QSQA 5F25A 2YYNA 2DVVA 2RS9B 5L99A 5F60A 5FE7A 5ENCA 2YDWA 4YYJA 4UYFB 2OO1A 2L85A 5ETBA 5AMFA 4HBVA 4HBWA 4CFKA 4NXJA 5EPBA 2E7OA 5FDZA 4NR6A 3AQAA 4HBYA 5A5RA 5D3RA 4Q0NA 5D3SA 3FKMX 5D24A 4ALGA 4IR5A 5I86A 5CU8A 5I1QA 5HRWA 5D7XA 2RI7A 5EISA 5LJ1A 5COIA 5CUDA 2E7NA 2DKWA 4O77A 4CURA 4A9IA 5I29A 5FE9A 1F68A 5EWWA 4QSUA 3UVXA 2F6JA 3HMHA 4MENA 4QEWA 5FE3A 5FH7A 5BT4A 4UYDA 4UIWA 5E3DA 5LKUA 5KO4A 5E7DA 3AADA 5E3GA 5I7XA 3MB3A 5HRXA 2OUOA 4NR9A 4HXRA 3Q2FA 5C87A 3HMEA 2DVRA 4NUDA 5EICA 5FG6A 2L5EA 4QR4A 4YH3A 5HEMA 2GRCA 2RFJA 4UYHA 5LVQA 5TCMA 4CFLA 4O7AA 5BT5A 5D3TA 5IG6A 5L98A 4A9NA 3MB4A 4A9LA 4QEUA 4MR4A 2RNYA 4IORA 4IOQA 5E9MA 5CQ7A 4YY6A 5FBXA 4NR8A 4NR7A 4A9HA 5FFWA 4MEPA 4N3WA 4KV4A 4N4HA 4QSTA 5D3PA 4NS5A 4CUUA 5EWVA 4HXMA 4QYLA 4YATA 2OSSA 5A85A 5LKXA 1WUMA 4UIZA 4OUFA 3UV4A 4UYGA 4J1PA 4Y03A 5CRMA 4XUAA 5HLSA 4C67A 4HXLA 3ONIA 3G0LA 5FH6A 2R0YA 4NYXA 5E73A 3S92A 4N4IA 5H1UA 4O74A 4J0RA 5AMEA 3SVGA 4LRGA 4O7EA 4IOOA 4N4GA 3MXFA 5CUAA 5FG4A 3K2JA 5IBNA 4NQNA 4QR3A 5EPSA 4YH4A 5DKCA 4XY9A 4NUCA 5CGPA 3JVMA 5E9IA 4AKNA 4UYFA 5CPEA 3LQIA 1JM4B 5IIDA 5FE5A 4QEVA 4Z1SA 1WUGA 4LYSA 4TU4A 5DFBA 4TZ8A 5L8TA 4A9MA 5A83A 5ENGA 5LVRA 3DAIA 2F6NA 2KTBB 5F2PA 5H1VA 3P5OA 4O75A 4HXKA 5C4QA 5A7CA 3UVDA 4A9OA 4Z6HA 5CY9A 5CRZA 4WHUA 5CQAA 3MQMA 5L97A 3QZSA 5ACYA 5FE6A 4BW3A 5II1A 4A9EA 1EQFA 4ZC9A 4UIUA 3LJWA 5EA1A 4MR5A 4PCIA 5IGLA 5HQ6A 2RNXA 5HFRA 5CQ3A 5ENEA 4HXOA 5HRVA 4MEOA 5EP7A 2R0SA 4XY8A 4UIXA 3TLPA 2MJVB 4PTBA 2R0VA 4YY4A 5I83A 5KTXA 4TTEA 4NRBA 5EGUA 5IGMA 4OGJA 5C8GA 4A9KA 5FE8A 5F5ZA 3SVHA 5J0DA 3MUKA 4QYDA 3U5NA 5D26A 2DVSA 4LDFA 5E9YA 5CQTA 2D9EA 4BW2A 5HJCA 5BT3A 4LZ2A 5E9LA 4YYGA 4QSSA 4QSWA 4XUBA 5D25A 2YQDA 3UV5A 4CUSA 3DWYA 5DFCA 5L96A 5CUBA 4NQMA 5C85A 5EM3A 4LZSA 4UYEA 5EPRA 4E96A 5I7YA 2WP2A 5FB1A 4ZQLA 3SVFA 3LQHA 5D3HA 4ZW1A 5CZGA 4TT6A 4IR4A 2I8NA 5G4SA 4CL9A 4QUUA 4CUPA 4DONA 4LZRA 4QB3A 5L8UA 5I40A 5HFQA 4BW1A 4YC9A 5AD3A 4A9FA 5CFWA 4QSPA 5F36A 5DYAA 4KCXA 5FG5A 4YYNA 5I80A 5F63A 5D3JA 2RNWA 4TT4A 5CTLA 1ZS5A 1JSPB 3ZYUA 4IR3A 4PY6A 4OGIA 4A9JA 4YYDA 2I7KA 5D3LA 5FB0A 5FFYA 1E6IA 5A82A 4YBTA 4KV1A 3U5LA 4NYWA 5TB6A 2H60A 2LSPB 3HMFA 4YBMA 1N72A 4O7FA 2RO1A 4O78A 3LXJA 5F61A 3O33A 3RCWA 4HXNA 3P1FA 5JWMA 4O7CA 4O70A 3IU6A 5ENFA 2D82A 2FSAA 5FE1A 5ENJA 5H85A 3JVJA 3P1EA 4NR4A 2WP1A 4UITA 4BJXA 4O72A 5A81A 2G4AA 3O37A 3JVKA 4NUEA 5FE4A 4QSXA 5CS8A 5EWDA 5IGNA 5LUUA 4TYLA 4QY4A 4TQNA 2YEKA 5EQ1A 5A5QA 3G0JA 5F3AA 4GPJA 5DY7A 5CQ8A 5EWHA 4X2IA 5A5OA 5CUGA 5ENIA 5DLXA 3U5OA 3S91A 5A5PA 4LR6A 2DWWA 4YK0A 4O76A 2E3KA 4LC2A 4QZSA 4Z93A 5DKHA 3JVLA 4YABA 4CUTA 4J3IA 5DW2A 4YAXA 3D7CA 5C7NA 5CP5A 5K29A 3O35A 5DYCA 5AD2A 3O36A 3UV2A 4NRCA 4J0SA 4WIVA 4HBXA 5DYUA 5LKZA 4QBMA 4YBSA 5LJ2A 3P1DA 5DLZA 4NR5A 3LQJA 5A5SA 5F1LA 4Z1QA 3UVYA 5DYXA 4QSVA 4HXPA 4QNSA 5E9KA 5G4RA 4O7BA 5FE0A 5F1HA 5DBMA 5CQ5A 5C89A 2N9GA 4YADA 5KU3A 5CQ4A 3QZVA 5FFVA 4FLPA 4O71A 3GG3A 4QC3A 2DATA 5EWCA 2DVQA 3U5MA 5KHMA 5JI8A 5CUCA 3IU5A 5HENA 5EU1A 2L84A 5HQ7A 5KTWA 4TU6A 5KTUA 4QUTA 5F62A 3P1CA 4CLBA 4UIYA 4QC1A 3U5JA 5CUEA 4ALHA 5E74A 5EI4A 5H1TA 5A5NA 2NXBA 5HM0A 3O34A 3Q2EA 4PKLA 5FE2A 2YW5A 4XYAA 4TT2A 4TZ2A 5ENBA 5EV9A 5E9VA 4LYIA 5HQ5A 5E0RA 4Z6IA 5DX4A 3U5KA 4NRAA 5II2A 5DW1A 4UIVA 5I89A 4BW4A 4QSRA 5D3NA 4F3IA 4MR6A 2YELA 4YYKA 3NXBA 4IR6A 4BHWA 4MR3A 5HCLA 3UVWA 2YEMA 4YYIA 4Q0OA 4PCEA 3U5PA 5EK9A 5ENHA 5LJ0A 4RVRA 4CUQA 5CQ6A 4HXSA 4TS8A 5I88A 5DKDA 4YYHA 4LYWA 3QZTA 1X0JA 4NYVA 5HELA 4C66A 2R10A 5D0CA 4WHWA 5FH8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UW9A 4MEQA 3MULA 5ETDA 3I3JA 5EVAA 5IGKA 5DFDA 4N4FA 4PS5A 4YYMA 4QR5A 5LKTA 4QSQA 5F25A 2YYNA 2DVVA 2RS9B 5L99A 5F60A 5FE7A 5ENCA 2YDWA 4YYJA 4UYFB 2OO1A 2L85A 5ETBA 5AMFA 4HBVA 4HBWA 4CFKA 4NXJA 5EPBA 2E7OA 5FDZA 4NR6A 3AQAA 4HBYA 5A5RA 5D3RA 4Q0NA 5D3SA 3FKMX 5D24A 4ALGA 4IR5A 5I86A 5CU8A 5I1QA 4AI6A 5HRWA 5D7XA 2RI7A 5EISA 5LJ1A 5COIA 5CUDA 2E7NA 2DKWA 4O77A 4CURA 4A9IA 5I29A 5FE9A 1F68A 5EWWA 4QSUA 3UVXA 2F6JA 3HMHA 4MENA 4QEWA 5FE3A 5FH7A 5BT4A 4UYDA 4UIWA 5E3DA 5LKUA 5KO4A 4AKHA 5E7DA 3AADA 5E3GA 5I7XA 3MB3A 5HRXA 2OUOA 4NR9A 4HXRA 3Q2FA 5C87A 3HMEA 2DVRA 4NUDA 5EICA 5FG6A 2EJNA 2L5EA 4QR4A 4YH3A 5HEMA 2GRCA 2RFJA 4UYHA 5LVQA 5TCMA 4AKGA 4CFLA 4O7AA 5BT5A 5D3TA 5IG6A 5L98A 4A9NA 3MB4A 4A9LA 4QEUA 4MR4A 2RNYA 4IORA 4IOQA 5E9MA 5CQ7A 4YY6A 5FBXA 4NR8A 4NR7A 4A9HA 5FFWA 4MEPA 4N3WA 4KV4A 4N4HA 4QSTA 5D3PA 4NS5A 4CUUA 5EWVA 4HXMA 4QYLA 4YATA 2OSSA 5A85A 5LKXA 1WUMA 4UIZA 4OUFA 3UV4A 4UYGA 4J1PA 4Y03A 5CRMA 4XUAA 5HLSA 4C67A 4HXLA 3ONIA 3G0LA 5FH6A 2R0YA 4NYXA 5E73A 3S92A 4N4IA 5H1UA 4O74A 4J0RA 5AMEA 3SVGA 4LRGA 4O7EA 4IOOA 4N4GA 3MXFA 5CUAA 5FG4A 3K2JA 5IBNA 4NQNA 4QR3A 5EPSA 4YH4A 5DKCA 4XY9A 4NUCA 5CGPA 3JVMA 5E9IA 4AKNA 4UYFA 5CPEA 3LQIA 1JM4B 5IIDA 5FE5A 4QEVA 4Z1SA 1WUGA 4LYSA 4TU4A 5DFBA 4TZ8A 5L8TA 4A9MA 5A83A 5ENGA 5LVRA 3DAIA 2F6NA 2KTBB 5F2PA 5H1VA 3P5OA 4O75A 4HXKA 5C4QA 5A7CA 3UVDA 4A9OA 4Z6HA 5CY9A 5CRZA 4WHUA 5CQAA 3MQMA 5L97A 3QZSA 5ACYA 5FE6A 4BW3A 5II1A 4A9EA 1EQFA 4ZC9A 4UIUA 3LJWA 5EA1A 4MR5A 4PCIA 5IGLA 5HQ6A 2RNXA 5HFRA 5CQ3A 5ENEA 4HXOA 5HRVA 4AKIA 4MEOA 5EP7A 2R0SA 4XY8A 4UIXA 3TLPA 2MJVB 4PTBA 2R0VA 4YY4A 5I83A 5KTXA 4TTEA 4NRBA 5EGUA 5IGMA 4OGJA 5C8GA 4A9KA 5FE8A 5F5ZA 3SVHA 5J0DA 3MUKA 4QYDA 3U5NA 5D26A 2DVSA 4LDFA 5E9YA 5CQTA 2D9EA 4BW2A 5HJCA 5BT3A 4LZ2A 5E9LA 4YYGA 3VKHA 4QSSA 4QSWA 4XUBA 5D25A 2YQDA 3UV5A 4CUSA 3DWYA 5DFCA 5L96A 5CUBA 4NQMA 5C85A 5EM3A 4LZSA 4UYEA 5EPRA 4E96A 5I7YA 2WP2A 5FB1A 4ZQLA 3SVFA 3LQHA 5D3HA 4ZW1A 5CZGA 4TT6A 4IR4A 2I8NA 5G4SA 4CL9A 4QUUA 4CUPA 4DONA 4LZRA 4QB3A 5L8UA 5I40A 5HFQA 4BW1A 4YC9A 5AD3A 4A9FA 5CFWA 4QSPA 5F36A 5DYAA 4KCXA 5FG5A 4YYNA 5I80A 5F63A 5D3JA 2RNWA 4TT4A 5CTLA 1ZS5A 1JSPB 3ZYUA 4IR3A 4PY6A 4OGIA 4A9JA 4YYDA 2I7KA 5D3LA 5FB0A 5FFYA 1E6IA 5A82A 4YBTA 4KV1A 3U5LA 4NYWA 5TB6A 2H60A 2LSPB 3HMFA 4YBMA 1N72A 4O7FA 2RO1A 4O78A 3LXJA 5F61A 3D1BA 3O33A 3RCWA 4HXNA 3P1FA 5JWMA 4O7CA 4O70A 3IU6A 5ENFA 2D82A 2FSAA 5FE1A 5ENJA 5H85A 3JVJA 3P1EA 4NR4A 2WP1A 4UITA 4BJXA 4O72A 5A81A 2G4AA 3O37A 3JVKA 4NUEA 1ZKRA 5FE4A 4QSXA 5CS8A 5EWDA 5IGNA 5LUUA 4TYLA 4QY4A 4TQNA 2YEKA 5EQ1A 5A5QA 3G0JA 5F3AA 4GPJA 5DY7A 5CQ8A 5EWHA 4X2IA 5A5OA 5CUGA 5ENIA 1PUOA 5DLXA 3U5OA 3S91A 5A5PA 4LR6A 2DWWA 4YK0A 4O76A 2E3KA 4LC2A 4QZSA 4Z93A 5DKHA 3JVLA 4YABA 4CUTA 4J3IA 5DW2A 4YAXA 3D7CA 5C7NA 5CP5A 3ERRA 5K29A 3O35A 5DYCA 5AD2A 3O36A 3UV2A 3VKGA 4NRCA 4J0SA 4WIVA 4HBXA 5DYUA 5LKZA 4QBMA 4YBSA 5LJ2A 3P1DA 5DLZA 4NR5A 3LQJA 5A5SA 5F1LA 4Z1QA 3UVYA 5DYXA 4QSVA 4HXPA 4QNSA 5E9KA 5G4RA 4O7BA 5FE0A 5F1HA 5DBMA 5CQ5A 5C89A 2N9GA 4YADA 5KU3A 5CQ4A 3QZVA 5FFVA 4FLPA 4O71A 3GG3A 4QC3A 2DATA 5EWCA 2DVQA 3U5MA 5KHMA 5JI8A 5CUCA 3IU5A 5HENA 5EU1A 2L84A 5HQ7A 5KTWA 4TU6A 5KTUA 4QUTA 5F62A 3P1CA 4CLBA 4UIYA 4QC1A 3D1DA 3U5JA 5CUEA 4ALHA 5E74A 5EI4A 5H1TA 5A5NA 2NXBA 5HM0A 3O34A 3Q2EA 4PKLA 5FE2A 2YW5A 4XYAA 4TT2A 4TZ2A 5ENBA 5EV9A 5E9VA 4LYIA 5HQ5A 5E0RA 4Z6IA 5DX4A 3U5KA 4NRAA 5II2A 5DW1A 4UIVA 5I89A 4BW4A 4QSRA 5D3NA 4F3IA 4MR6A 2YELA 4YYKA 3NXBA 4IR6A 4BHWA 4MR3A 5HCLA 3UVWA 2YEMA 4YYIA 4Q0OA 4PCEA 3U5PA 5EK9A 5ENHA 5LJ0A 4RVRA 4CUQA 5CQ6A 4HXSA 4TS8A 5I88A 5DKDA 4YYHA 4LYWA 3QZTA 1X0JA 4NYVA 5HELA 4C66A 2R10A 5D0CA 4WHWA 5FH8A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UW9 A;  4MEQ A;  3MUL A;  5ETD A;  3I3J A;  5EVA A;  5IGK A;  5DFD A;  4N4F A;  4PS5 A;  4YYM A;  4QR5 A;  5LKT A;  4QSQ A;  5F25 A;  2YYN A;  2DVV A;  2RS9 B;  5L99 A;  5F60 A;  5FE7 A;  5ENC A;  2YDW A;  4YYJ A;  4UYF B;  2OO1 A;  2L85 A;  5ETB A;  5AMF A;  4HBV A;  4HBW A;  4CFK A;  4NXJ A;  5EPB A;  2E7O A;  5FDZ A;  4NR6 A;  3AQA A;  4HBY A;  5A5R A;  5D3R A;  4Q0N A;  5D3S A;  3FKM X;  5D24 A;  4ALG A;  4IR5 A;  5I86 A;  5CU8 A;  5I1Q A;  5HRW A;  5D7X A;  2RI7 A;  5EIS A;  5LJ1 A;  5COI A;  5CUD A;  2E7N A;  2DKW A;  4O77 A;  4CUR A;  4A9I A;  5I29 A;  5FE9 A;  1F68 A;  5EWW A;  4QSU A;  3UVX A;  2F6J A;  3HMH A;  4MEN A;  4QEW A;  5FE3 A;  5FH7 A;  5BT4 A;  4UYD A;  4UIW A;  5E3D A;  5LKU A;  5KO4 A;  5E7D A;  3AAD A;  5E3G A;  5I7X A;  3MB3 A;  5HRX A;  2OUO A;  4NR9 A;  4HXR A;  3Q2F A;  5C87 A;  3HME A;  2DVR A;  4NUD A;  5EIC A;  5FG6 A;  2L5E A;  4QR4 A;  4YH3 A;  5HEM A;  2GRC A;  2RFJ A;  4UYH A;  5LVQ A;  5TCM A;  4CFL A;  4O7A A;  5BT5 A;  5D3T A;  5IG6 A;  5L98 A;  4A9N A; 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