4YZ2 | Genus

Total Genus 194

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	194
sequence length	657
structure length	655
Chain Sequence	TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Sialidase NanC
publication title	Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR. pubmed doi rcsb
source organism	Streptococcus pneumoniae
total genus	194
structure length	655
sequence length	657
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date	2015-03-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02012	BNR	BNR/Asp-box repeat
A	PF02973	Sialidase	Sialidase, N-terminal domain
A	PF13088	BNR_2	BNR repeat-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.220.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Intramolecular trans-sialidase; domain 3	Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3	4yz2A03
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	4yz2A01
2.120.10.10	Mainly Beta	6 Propeller	Neuraminidase	Neuraminidase	4yz2A02

3MW3A 3M3QA 4KS2A 1PZ7A 2ZMNA 4YW2A 2CWSA 1QF3A 3AP4A 4Y1YA 1AX0A 3ZSLA 1W6OA 4K1IA 2ARBA 4AWDA 1SLLA 1UAIA 4YZ1A 3SH3A 4XIOA 4FPLA 1A4GA 2RHPA 2AH2A 3DGTA 4AGRA 2BZDA 2XCYA 2DVBA 3A72A 1V6MA 3SITA 1L7GA 1CPNA 1LOFC 1BJIA 4YM0A 4MWQA 1KJRA 1F8CA 4CPZA 4BQ1A 1YYNA 2PHWA 1LEDA 3B3QE 2AUYA 2DVAA 1SNTA 2SIMA 4M00A 3APBA 1GLHA 3WG3A 2F0ZA 3KQRA 4X6KA 4XJWA 1AJOA 5H9PA 1S0JA 2HT5A 5DUXA 1GZ9A 3V0BB 1U0AA 3NN9A 1G9CA 3M3CA 3FLRA 3TI5A 5IK8A 3NV2A 5HCBA 2WSUA 3GVKA 3BIWE 4CPNA 1HQWA 1Z4XA 1LGCA 1URXA 4FPEA 2JE9A 1LEMA 2HT8A 1IVCA 3K37A 1SCSA 4GZSA 3CYEA 1N1VA 3ZXFA 1W8OA 2C5DA 2YMZA 2P34A 3MW4A 2W5NA 4HZZA 4CPYA 1MWEA 3Q9OA 4FP3A 3A0KA 1LHUA 3H71A 2QWFA 3IN9A 2A6ZA 1O4YA 1YRZA 2QWIA 2ZGOA 2UU8A 3ZYPA 2YA7A 4XTMA 3R4UA 2B7YA 1INFA 1QKQA 1I1EA 3TAYA 1W6QB 4AGVA 3AP7A 5AVAA 1S0BA 2E7TA 1NLSA 2QWEA 2F12A 2D6NA 3D11A 1CIWA 3WUCA 1LHVA 5T54A 2GNDA 4Q6KA 3UJQA 4PQ9A 4WVVA 4MWYA 1W6MA 4R9AA 1TEIA 3T1EA 1SFYA 1SBEA 1EUSA 3SH4A 1WW7A 3OY8A 1RITA 2JDZA 5DZGA 3M3OA 4FVVA 2JECA 3A0NA 1IVDA 5DG2A 2HTWA 4DQAA 1Z0HA 3B01A 2F25A 1INGA 2EALA 3N7LA 1N1YA 1DIWA 2XB6C 4TYSA 1LU2A 3OYWB 2W68A 5HUGA 3OJBA 2YY1A 1G86A 3CKZA 2ZACA 3WHTA 1G9BA 1C57A 3SISA 4FPKA 1IVFA 1Q8PA 5JOXA 1FX5A 2ENRA 4P9WA 1FAYA 5DUWA 2DU1A 4JF7A 2HYKA 4Y1XA 5F9TA 1Z78A 3KM5A 1A4QA 1LHWA 1NCCN 4K3YA 1BXHA 2P2KA 2ZGPA 4F83A 1GYKA 1LHOA 3ALWA 3RMYA 1WCSA 2XZKA 4FPGA 3INBA 5DUUA 3SNMA 4M4UA 3AJZA 1UMZA 4PBOA 1MR5A 2F26A 2X9MA 1ULDA 5E88A 4UW5A 1O4ZA 4OZXA 3BTAA 2YA6A 1BZWA 2YROA 2ZA9A 3AP6A 1GNHA 1DQ0A 4CPOA 1YI7A 2W20A 4Q1PA 2ZHMA 4ATFA 1NMCA 3JU9A 1SLAA 4YW3A 1DQ4A 4Q27A 4X49A 1DYPA 1ULEA 1DIMA 4QN6A 2A6VA 2GNMA 2A5ZA 1MVQA 3O0VA 2A6WA 4Y20A 1UX6A 2HTRA 1KQRA 1KRIA 2ZHKA 4P9XA 2D3PA 1WD4A 4QN4A 1LJ7A 2BQPA 1S1AA 1ULCA 4NN9A 5CNAA 2VH9A 1SLIA 4CPLA 2WSVA 4GA9A 4WV8A 1QOTA 1MZ5A 1INHA 1CPMA 2XZJA 1V6NA 2QWDA 3ATGA 4K20A 4FP2A 4K1JA 2QWBA 3W09A 2F10A 2HTYA 3IMNA 5HCAA 1LOBA 2ZHLA 4XIKA 5KXCA 2CL2A 1NCAN 1V00A 1N1TA 2QWGA 2ARXA 3I8TA 4YZ4A 2JE7A 4K1YA 2NZ9A 1V6KA 1IS4A 1AX2A 1Y7BA 1MS4A 1H30A 2AGSA 2EIGA 4XJRA 1SBFA 2ES3A 1LOAA 2HU0A 3ZSMA 2PHTA 1LOEA 1FNZA 4DRVA 3AP5A 2HTUA 3OGGA 5H9SA 2F28A 4D8SA 4ISRA 5HUNA 3CL2A 1N1SA 4DPNA 4BPZA 3VKFC 1IS3A 2FHRA 4UF7A 2D6OX 3I4IA 3ZXJA 1V0FA 3ZXLA 4YLZA 1A78A 5T5LA 2WT1A 3CL0A 3OBTA 2A3YA 1VAMA 2ZGMA 4FOQA 3TI8A 1PZ8A 2P37A 4XJ9A 4AGGA 2W08A 1INWA 4LBJA 5GLWA 3TB0A 3WG2A 3WDUA 1LESA 2UURA 4TZDA 1HQLA 4LBKA 1UKGA 4MWWA 1W1XA 4YM1A 4PBPA 2VUAA 4GXLA 5GLUA 3ENRA 1CESA 4DS0A 4XTPA 4YM3A 5IK5A 3AXEA 2DWRA 1XQNA 4MWJA 3U4XA 4P9YA 1USXA 3WDWA 1VALA 5DZFA 4K1HA 3LSDA 2QWKA 5T50A 5H9RA 1A8DA 2HTVA 3VUOA 1WLDA 2ZB5A 2VY0A 2SILA 5FRAA 3SALA 2W38A 1UZYA 3WCRA 1HLCA 4NO4A 4M3CE 4RA0A 5GLTA 3V64A 3A4UA 3WHUA 1NCDN 3A71A 4M4VA 1DGLA 1SO7A 5GLZA 3RMXA 2DTWA 2DTYA 1OFSA 4GEZA 1QDCA 4GZOA 1IVEA 2P3JA 2F13A 4GB1A 4FOVA 2BF6A 1Z4ZA 1H9PA 3POSA 1Q8SA 2NN8A 3PVNA 1D2SA 4PF5A 2ZGTA 1N3OA 3UL2A 5EYXA 1W21A 5B2CA 1L7FA 2AENA 4XDQA 4M01A 3V65A 1V3BA 2ZGSA 1QOOA 2BERA 3OBRA 1BKZA 2D3RA 5EXOA 2UWCA 2VK6A 1LOCA 4UW3A 1GNZA 3TICA 5HCFA 1AZDA 1N3QA 3TI6A 1GZWB 1LENA 1S0FA 1LULA 1IOAA 4CTEA 1V6IA 5T5OA 3WG4A 1B9TA 2JKBA 5HUMA 2YA5A 4YGEA 2LALA 4YGDA 1XOGA 5CA6A 3V0BA 3ALXA 4FPYA 1NCBN 1NMBN 3RSJA 1GV9A 2W5OA 1Z4WA 2H0BA 2R1DA 4XOGA 1ULGA 4GWNA 1KJLA 2E6VA 3AZWA 1VIWB 1MS3A 1G7YA 1INVA 2F24A 5H9QA 1V3CA 4FVKA 2QWCA 3ILRA 2DU0A 2ZZJA 2YZ4A 1NXD1 4U36A 1WBFA 4ZKTB 5HUKA 1JOJA 1NNCA 1JBCA 2ZAAA 5GZDA 2VW1A 1FATA 4HZYA 3JU4A 2CY6A 5JMCA 1KDKA 4GALA 3T1LA 3JUUA 2VU9A 1MS1A 4JRAA 4WVWA 1Q8VA 1W6QA 1WW4A 4BLIA 3D5OA 4WA3A 4U2AA 1LODA 3O0XA 4YW5A 3QLQA 2WT0A 1MVEA 4K1KA 1I3HA 3AZZA 3O0WA 1GSLA 4H52A 2DUPA 4H53A 2GN3A 4QNPA 4XBNA 4FZHA 1DILA 3D4KA 3V0AB 4LBLA 4XBLA 1PZ9A 3D6EA 4Y22B 1JYCA 1CVNA 1BQPA 3NSSA 2ZHNA 2AEQA 2W52A 4FOWA 5B2DA 3V0AA 3OYWA 1NSBA 4HIZA 1WW6A 2G4IA 2SLIA 3IM0A 2A6XA 2F29A 3AZVA 5E89A 5JVVA 2ZB6A 1YXWA 4XJ8A 1V3DA 3PMEA 4YGCA 1NNAA 4YG0A 1AJKA 2D6KA 4GKYA 1LECA 4Y1UA 1MS0A 3POYA 1HKDA 3FLTA 2R16A 4R9CA 2XZIA 1G9FA 1F31A 1Q56A 2UWBA 3WCSA 1INXA 1KITA 5T5PA 2DVGA 3WG1A 3ZYRA 1LOGA 4Q8KA 2SBAA 1C1LA 3PVEA 3WLUA 1Q8QA 2AR6A 5EWSA 1E8VA 1V0ZA 3ILNA 4P14A 2F27A 1DQ1A 3L2YA 4B7RA 4AVSA 2ZMLA 2BATA 2CNAA 4AYUA 1CONA 2DUOA 1B09A 2YXSA 3LCPA 1XOEA 5FREA 2E51A 1F8BA 4WEGA 4KS4A 2F11A 2QWJA 4HZXA 3RQ0A 4Y24A 3O9JA 2DYCA 2R49A 4MWUA 4I30A 3POWA 3UK9A 3N7KA 4NC5A 1MS5A 4D69A 2ZABA 3T1MA 4YW1A 3FLPA 2NYYA 5KXBA 4JC1A 1ZA4A 2AREA 2VXRA 4MJVA 2GMPA 3VV1A 1OQ1A 3ILFA 1SACA 5CAZA 1DHKB 1SLTA 4YZ3A 1CR7A 5IK7A 5IUQA 1R1ZA 4FJ6A 1IKQA 4NOTA 1WW5A 3N7JA 3IKWA 1WD3A 3VKLA 4YFWA 3T2TA 2HT7A 1IS6A 3B00A 1F9KA 1QU0A 1W6PB 3BEQA 4XXAA 5CBLA 2VVZA 2A70A 4LBMA 1IVBA 3ZSKA 2VWDA 5GZFA 1S0CA 3AZXA 3MEPA 3HMYA 5GZCA 1G9AA 1JYIA 1D0HA 4KBBA 2A3WA 4Q2FA 2HTQA 4BMBA 1RIRA 2OVUA 2VW2A 3RG0A 2EXKA 3DUIA 3TIBA 2YV8A 2KM2A 3PVOA 1QDOA 1WUVA 3BOPA 1DFQA 1UN1A 4C1WA 4L8QA 3FBYA 3B7EA 1E8TA 2P3IA 3O12A 2CWMA 3VKOA 1H9WA 4R9DA 3NWKA 1NN2A 1DYKA 4QN5A 5JOZA 3UJOA 1ENRA 1JXNA 4JCKA 1VAVA 4HZVA 1Z4VA 2PELA 3MW2A 4XJQA 4BBWA 2P3KA 1LCLA 1NSCA 1S0DA 1SBDA 1GKBA 4LBNA 2ERFA 2VK7A 2ZGLA 3M1HA 1A3KA 2ZGRA 4YG6A 3R05A 2C4AA 2EF6A 3USUB 3VKMA 4KS1A 2D6LX 1W6NB 1B9VA 1AXYA 3LSEA 3ASIA 2QWHA 1YIFA 2R1BA 2NM1A 4FQ4A 2Z42A 3AZYA 3ZVXA 1INYA 3WVJA 3W58A 1AVBA 4ZXKA 4DGRA 1W6NA 4UW4A 3NV1A 1UPSA 2LTNA 4Q8LA 2ZBJA 1CJPA 1SLBA 3INAA 5JOYA 3HN1A 1ULFA 5IK4A 3WZ1A 1MZ6A 2VSMA 2D6MA 5F5QA 4KS5A 1W20A 4X47A 1DZQA 1W0OA 2YA8A 2RKCA 1S0IA 4XE9A 1QOSA 2D3SA 2XG3A 4Y1VA 2CMLA 3AK0A 1S0EA 2ZGKA 2DVFA 4XJZA 1FV3A 3AYCA 5BYNA 4NCSA 3N35A 1MS8A 5T52A 4WEFA 2WNEA 4MZEA 3OPZA 2HU4A 1DQ6A 4Q1RA 1Z50A 3B9CA 1AF9A 1JUIA 4GZTA 1X50A 2C9AA 1MACA 1G9DA 1ZM1A 2JD4A 1SLCA 2YDTA 2V73A 1NNBA 4YFZA 3GVJA 4GDJA 4MX0A 3FUQA 1GZWA 4CRQA 2NP0A 1GBGA 1W8NA 3K3AA 1DBNA 3RS6A 4XXPA 4MC7A 5EYYA 3WDYA 4FPJA 3BODA 3ZSJA 4WA5A 2YA4A 3O5SA 5DUVA 2A6YA 4CPMA 2WKKA 4GDIA 3R4SA 3SLIA 2GMMA 5GZEA 1KDMA 2GN7A 4K1ZA 1WCQA 1GICA 1AXZA 1B9SA 3AYDA 3H6JA 2GNBA 4K21A 4MWRA 3ZXEA 2QWAA 1DLLA 1NSDA 1AX1A 2D7FA 4XHXA 1V3EA 3AFKA 2JJ6A 5CB7A 1FYUA 2ZKNA 2D43A 3WDVA 1BYHA 2ZGQA 1W6MB 2PHXA 5E8AA 2C4LA 2AEPA 3K39A 1VLNA 1RINA 3OY8B 5IT6A 1A14N 1F5FA 5HX0A 1S0GA 3N3HA 4B7JA 1DQ5A 4MZAA 3SILA 2NMNA 4BMEA 4XHBA 1GANA 1QNYA 1C1FA 2GALA 2OUJA 2AYHA 4ITCA 3FUOA 1QGLA 3O9KA 3ZXKA 4FPCA 4CZSA 1V6LA 2GMEA 2GDFA 3WNXA 1UL9A 2I2SA 3WUDA 5KXEA 1BJQA 4Y22A 4KS3A 2WJSA 3MPPG 1F8EA 2WT2A 2VSKA 1LTEA 3K38A 3N7MA 4FPFA 4FOYA 2UWAA 5T55A 4AVVA 4B7NA 2PHFA 4LBQD 1USRA 3M3EA 3H72A 3AX4A 4UW6A 2DURA 4C1XA 1LU1A 4Y26A 4GWMA 4YZ5A 1LGBA 3TIAA 4FPHA 4W65A 1IKPA 4ISQA 1V6OA 2CYFA 4AVTA 4QN3A 2DVDA 5GJ6A 3GALA 1EUUA 3PJQA 4HL0A 4J9TA 1QMJA 3TI3A 7NN9A 1C4RA 4M3MA 1NMAN 2W39A 2PHUA 3IPVB 1IVGA 3WV6A 5JLVA 3HR9A 1LHNA 4B7QA 4YG3A 4XZPA 5SV8A 1APNA 5JYYA 1WLWA 4XYXA 1ONAA 4YM2A 2EAKA 1Q8OA 3IPVA 1FNYA 6NN9A 4Y20B 4MWVA 2DUQA 4XJAA 4FQZA 4X4AA 4SLIA 4MWLA 3WDXA 2Q5TA 1ENQA 4ASMB 3WDTA 1WLCA 1W0PA 4RL7A 1G8WA 3GNEA 3SANA 5LK5A 4YZ2A 4R9BA 2OW4A 4GJTA 1YO8A 1AXKA 3AJYA 3C2UA 3H73A 4BM8A 3NV3A 4FPOB 4DFSA 4YGBA 1EUTA 4B7MA 1VCJA 1DQ2A 4LBOA 3WOGA 2WLQA 3CNAA 4M3CF 4Y1ZA 4DRRA 5DG1A 1VCUA 4XMAA 4WZFA 1V6JA 5KXDA 1CN1A 3ZPYA 1MS9A 2PHRA 5T5JA 5JDBA 3M2MA 1J1TA 2YDPA 4BOWA 4YW4A 3D12A 3N36A 4IQPA 4XILA 1V0EA 3AP9A 4MWXA 2D6PA 3VKNA 5M1ZA 1W6PA 1QNWA 2A3XA 2VW0A 1GZCA 2EXIA 1F8DA 1FV2A 1HDKA 3B69A 5DZEA 3QCWA 1JN2P 2NMOA 1CQ9A 3H0OA 1L7HA 1JHNA 5NN9A 1E8UA 3SH5A 4PCRA 1N47A 4XMIA 5GM0A 1LOFA 2ZGNA 1UZZA 3TI4A 2V5YA 2R0FA 4Z8BA 2GNTA 1ENSA 2B8HA 2ZGUA 4ATEA 3AYEA 4HANA 2CTVA 4Q26A 2E7QA 1OKQA 4LBQB 4QN7A 3NV4A 4GZQA 1V2IA 4GKXA 2TEPA 3K36A 1Z4YA 1WBLA 1SCRA 2VK5A 3RRDA 4M4NA 3AXDA 4GZPA 5GLVA 4LBQA 2A75A 2EXJA 2E53A 4HZWA 4XJUA 2A71A 4GZXA 4WA4A 2A7AA 4XBQA 5JOWA 5DXDA 1EURA 4H55A 5GZGA 4GZWA 3W59A 2ZMKA 2FMDA 2EXHA 3AYAA 4BLJA 2DV9A 4M3CB 1JW6A 5L73A 3USUA 4MYEA 2R0HA 4MJUA 3FFZA 2OUHA 3GVLA 1LGNA 2WQZC 1W6OB 1IS5A 5GALA 4I00A 4M3CA 1EPWA 1N3PA 2D44A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3MW3A 1PVC3 4CXXA 3M3QA 4Q0QA 5LRRA 2WQ4A 4KS2A 4LO6B 4V2WA 1PZ7A 2XJPA 2ZMNA 1GWKA 3IZOA 5FK7A 4YW2A 3RZKA 2CWSA 1NE6A 1QF3A 3BALA 3AP4A 4Y1YA 1AX0A 3E5ZA 3I3DA 3ZSLA 1W6OA 4LITA 4K1IA 1QJX1 2WL1A 2QQOA 1B35B 2GH2A 3N9MA 1QWRA 5FMBA 1VAKA 3JQWA 3J7LA 2YDEA 2O14A 5KHGA 2ARBA 2G1MA 2LS6A 2QVSB 2W46A 3HVDA 1W03A 4AWDA 2H2UA 1SLLA 1UAIA 2VZTA 5A1FA 2RS31 2PLV3 2XHKA 1Q43A 2HWE1 4YZ1A 2JDKA 3I59B 4P9IA 4XIOA 1GOGA 4FPLA 5FAXA 3SH3A 5J98B 1VRH3 1A4GA 2D97A 1DZTA 2AH2A 2RHPA 3DGTA 1XYNA 4AGRA 3GXUA 2BZDA 1X9TA 2XCYA 2DVBA 4PQQA 2BDRA 4AFMA 3A72A 1B35A 1BVVA 1HQNA 1V6MA 2QQIA 4AHZA 4RSUA 2WOZA 3SITA 3V65B 2XWJB 4I3PA 1L7GA 1SMVA 4JGZA 1CPNA 1LOFC 1BJIA 3POBA 4YM0A 3UGHA 4GWIA 5JIUA 4MWQA 1J3QA 4P9LA 1C8M2 3DXUA 1KJRA 1RUOA 2LROA 4W6YA 3AMHA 1KFUL 2R042 1F8CA 4TXWA 4KWJA 4CPZA 3ZMOA 3ZLIA 2VTFA 1XRUA 4BQ1A 1YYNA 4QPGB 2J1UA 2PHWA 1LEDA 3B3QE 3ZFGA 4CCMA 4ET7A 3ZXAC 2AUYA 3ZFFC 2DVAA 2QQWA 1SNTA 5LY1A 2SIMA 4O5TA 1R1A3 3N9LA 4M00A 4IFJA 4NPRA 2XWBB 3APBA 3T4VA 4RD7A 1AR91 2XMLA 3MHZA 2VC9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4YZ2A

Total Genus

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Chain Sequence

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