4YZ4A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 199
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
199
sequence length
658
structure length
655
Chain Sequence
NTPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase, NanC
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 199
structure length 655
sequence length 658
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz4A02
1V6OA 3AP4A 2ZMNA 2GNDA 4RL7A 1W6MA 2ERFA 3M3CA 3GVKA 2W20A 1GBGA 2QWCA 3O9JA 3M3QA 4BLIA 5DZEA 3K39A 2WNEA 2AEQA 1QOTA 3AYEA 1LOAA 2QWJA 1A4GA 4MWQA 4I30A 3BEQA 1IKQA 2SLIA 1C1FA 4H53A 3SH3A 3MW4A 1Q56A 4Q2FA 4QN4A 3AZWA 4K1HA 4YGBA 2HYKA 2QWFA 1AZDA 5IK7A 4YM3A 4P14A 5T5LA 3ZSJA 1N1VA 2D3PA 2NMNA 3TI8A 1A3KA 1IVDA 3AP7A 5H9QA 3RSJA 3BIWE 3O5SA 1W21A 4XHBA 4KS1A 2F29A 2DV9A 1BJIA 1QU0A 1V3EA 2BZDA 1LULA 2GMMA 1IVGA 5LK5A 3TB0A 3POSA 4BBWA 1F8DA 2VK7A 1SLTA 2ZGQA 2EXHA 2W68A 3QLQA 4Q8KA 1W0PA 1ZA4A 2P3IA 2WT2A 2HTYA 4DFSA 1MR5A 1YXWA 1UPSA 1W8NA 4YGEA 1BXHA 3WHTA 2BQPA 3WDUA 1SCSA 1IVBA 1GNHA 3SH5A 3LSDA 1DZQA 5DZGA 5HCBA 4XJQA 3A4UA 3ALXA 2ZGUA 1SLLA 1SBFA 1Z4WA 3A71A 4CPOA 2ZACA 1ULFA 3NN9A 4Q26A 1SACA 4Y1UA 1DHKB 2QWDA 3CNAA 4YLZA 1B9SA 1LOFC 3TI4A 4PBPA 2YA7A 1AF9A 2BATA 1GV9A 4SLIA 2R0FA 1C57A 2HT7A 3M1HA 5CB7A 5F9TA 1NXD1 2DVBA 4YGCA 4FP2A 3JU9A 1SBEA 1LHUA 2CNAA 1F8CA 4YW2A 1DFQA 2GN3A 3DGTA 3O12A 1LENA 3K36A 2C5DA 3BODA 5AVAA 1GANA 1LGBA 2EF6A 5GLZA 3OBTA 1WLWA 1G86A 2CL2A 4AVVA 1XQNA 1USXA 3O0WA 4JRAA 3T1EA 2OUJA 1N47A 2DTYA 3WDVA 1B9TA 4FPJA 4MWXA 5T5OA 1G9BA 4WVWA 2GMPA 3AJYA 4GZWA 3SITA 1EPWA 4YW1A 3POYA 7NN9A 2WT0A 1MS9A 4AVSA 3A0KA 3WG4A 2ZA9A 1Q8QA 2P3JA 1UAIA 3R4UA 1NNCA 5B2CA 2YY1A 3IN9A 4FPYA 2ZHKA 3WDYA 4R9BA 1LCLA 2V73A 1H9WA 3N35A 4R9DA 3ZXEA 3IM0A 1LOEA 3ZYRA 2F10A 4QN3A 2A5ZA 1JOJA 3UJOA 2JECA 3TICA 3N7KA 3SISA 5JDBA 1INHA 3GVJA 1Z78A 1JW6A 4XMIA 4XJZA 1LEMA 5KXCA 1WLCA 1F8EA 1CN1A 3V0AB 2ZMLA 2DU1A 1IS3A 1Z4YA 2AUYA 5GLVA 2DUQA 1V0FA 2D6PA 1N1YA 3B9CA 1V3CA 1S0DA 2WJSA 2HT5A 4M3MA 4XBLA 1BYHA 4LBQD 2ZZJA 1ULDA 1CPNA 4Q1PA 4GEZA 4KS3A 3VV1A 4CRQA 2A6VA 3H73A 1W6NA 4K1JA 4XXAA 1MVQA 4W65A 4XJRA 4FVKA 2YZ4A 1ENRA 1B9VA 2A3WA 2P37A 5E88A 4ATEA 4MJVA 2BF6A 2LALA 3AZXA 1S1AA 1V6NA 4YW4A 2P2KA 3VKNA 2PHWA 4XILA 4XJUA 3H71A 5L73A 2ZGNA 1S0EA 4YW5A 5FRAA 1MS4A 3WG1A 2KM2A 2YV8A 2R0HA 4U2AA 2F27A 2VW0A 3K38A 2VY0A 4FPGA 2ZBJA 3KM5A 3TAYA 5T50A 5GZGA 3V0AA 3SANA 3ZXJA 1LESA 4DRRA 4LBKA 3AP6A 1NMCA 1AX0A 1CVNA 3WDWA 1INYA 5JOYA 1UKGA 4Y1XA 4YGDA 4XHXA 4XMAA 1IS4A 5KXDA 4BMEA 1DQ6A 2HTUA 4KS2A 3M2MA 4XIOA 3TI5A 1GZWA 2H0BA 2YDPA 4FOWA 1S0GA 5GZDA 2WKKA 2NM1A 4FPKA 1UN1A 1DQ5A 1GYKA 1AJKA 5DG2A 4BPZA 4FZHA 4FPCA 2AH2A 1E8UA 4NN9A 2HTRA 5DUXA 2XZIA 2EIGA 3T1LA 4ZKTB 5HX0A 3TIAA 3OY8B 2A70A 4GKYA 3WVJA 2OVUA 3VKLA 4DS0A 3WZ1A 1G8WA 5EXOA 1KQRA 1NMAN 2ZB6A 1EUUA 1HKDA 4K1KA 1EURA 3CKZA 2VXRA 2XCYA 4GDJA 5JOWA 3GALA 1LU2A 1L7GA 1QOOA 4MJUA 4YG6A 3NV3A 3OBRA 4NOTA 5HCFA 1QNWA 2GN7A 3INBA 4JC1A 3AYCA 1OKQA 4QN5A 4AGGA 3JUUA 2CWSA 5DUWA 3ATGA 5IUQA 3CYEA 1HQLA 4DQAA 1KITA 4R9AA 1ENQA 4BQ1A 1S0BA 4FPOB 4GZOA 2QWGA 4FOQA 1UL9A 2A6ZA 1A4QA 4FQ4A 3BOPA 4X49A 5T52A 5GLTA 1L7HA 4GWMA 4M3CA 1LGCA 2QWHA 2HU4A 3IKWA 1KDMA 4WZFA 4GB1A 4NC5A 1QGLA 2A6XA 2W08A 2VW1A 3R4SA 4XIKA 1N3PA 4B7MA 3V0BB 4MWWA 3ZYPA 3N36A 4J9TA 4F83A 4FOYA 1WBFA 2B8HA 3H72A 1WLDA 4WVVA 5E8AA 5HCAA 3B7EA 1FX5A 2BERA 4H55A 2ZGSA 4FPLA 1GSLA 1C1LA 3FUOA 1IKPA 3AZZA 4BM8A 1Z4VA 3APBA 1F5FA 4Y1YA 1S0IA 4D69A 2CYFA 1GLHA 1V6JA 2P34A 4MWLA 3N7LA 1QOSA 3USUB 2Q5TA 3BTAA 5HUMA 4GZSA 3OJBA 4GDIA 1QF3A 2ZMKA 2ZGPA 1CESA 1ZM1A 2VH9A 2NZ9A 4Y20B 1DBNA 4B7JA 1G9AA 2D43A 4B7QA 1YO8A 1KRIA 3UK9A 3RG0A 4YFWA 1DYPA 2DVAA 1CIWA 3AYDA 4WA4A 5GZFA 3WG2A 3NWKA 4YZ5A 1WD3A 4GZPA 2DYCA 3FLTA 2QWIA 2E53A 1V00A 4M4UA 3FLPA 4C1WA 2TEPA 4B7RA 4Q8LA 2YA6A 3MPPG 1RINA 3B3QE 4CPMA 5IK4A 2HT8A 1FV2A 3PJQA 1APNA 3OGGA 3Q9OA 4GKXA 2D3RA 4DGRA 3ZSLA 4LBQB 2F24A 5EWSA 1DLLA 3D12A 3WUCA 3AP9A 2UU8A 2A71A 1NCDN 4MX0A 1ULEA 5EYYA 4HIZA 2D7FA 3VKFC 2JD4A 4UW6A 1JYCA 4AVTA 4UW5A 1EUSA 3N7MA 4X6KA 4MZAA 3USUA 4XJ9A 1C4RA 3HMYA 2GNTA 4UF7A 1GKBA 1QDCA 2PHUA 4Y20A 2W39A 2B7YA 1AXYA 4CZSA 2R16A 1JYIA 4YM0A 2CTVA 1SNTA 1NNAA 5DZFA 1F8BA 2A3YA 4HZYA 4WA5A 1W6PB 4OZXA 1INVA 1LGNA 3N3HA 4FPEA 4CTEA 2HTVA 5DG1A 4MYEA 1J1TA 2E51A 1IVEA 4KS4A 1QKQA 4YG3A 2WT1A 3KQRA 1HDKA 4MWYA 3INAA 1LJ7A 4Y1ZA 4XOGA 3FLRA 1FATA 2JKBA 1UZYA 4K1YA 2DUPA 4GZTA 1AX2A 2DTWA 5JOZA 4PCRA 3AXDA 2ZHLA 4RA0A 1WUVA 1G9CA 3FBYA 4MWJA 3AXEA 4DRVA 4XBQA 4WEGA 2W5NA 3WG3A 1W1XA 2ZGKA 1BJQA 3T1MA 1B09A 1H9PA 4WA3A 3DUIA 4MZEA 1FV3A 2VK5A 1FAYA 1CR7A 3I8TA 4M3CE 1INXA 4YZ1A 2ZGLA 3AZYA 2YROA 5H9PA 2C9AA 3WOGA 2D44A 1ONAA 3PMEA 4Q6KA 4XYXA 2D6MA 1LOBA 5NN9A 4YFZA 2CWMA 1VAMA 1YRZA 1FYUA 2YMZA 3RMYA 1BZWA 5HUNA 3WCSA 4MWRA 1F31A 1URXA 2HTWA 2GNBA 1NSCA 3VKMA 4FPFA 1V6IA 3N7JA 2JDZA 1IVFA 4QNPA 3W09A 3MW2A 2DVFA 2EALA 4WV8A 5T5PA 3MW3A 4ISRA 2JE7A 4CPZA 4FP3A 1Q8PA 3LSEA 4UW4A 1UMZA 3ZXFA 1EUTA 2G4IA 2ZGOA 3ILNA 4HANA 2VSMA 2VK6A 3CL0A 4YM1A 1VAVA 3ZSKA 2QWBA 2X9MA 2ARXA 2EAKA 1VALA 3B69A 3PVOA 1OFSA 1NNBA 1QMJA 4DPNA 1D0HA 4YZ2A 3ILFA 4KBBA 2ZGTA 4XTMA 2PHTA 3W59A 3RMXA 3CL2A 1BKZA 4Y22B 2V5YA 2AYHA 3VKOA 5F5QA 4H52A 1MS3A 4XE9A 1WW7A 1GZ9A 4M3CF 1Q8OA 1DQ1A 1TEIA 1W6MB 4P9WA 2PHXA 3WCRA 2WSVA 4YZ4A 2P3KA 2XZKA 2F12A 3TI3A 2SIMA 4PBOA 4CPLA 4LBJA 1RIRA 2UWAA 3NV2A 2XG3A 2D6KA 1HQWA 1WCQA 1LOFA 3SH4A 1Z0HA 1GICA 2ZGRA 2EXJA 4PF5A 2OUHA 1QNYA 2ZHNA 2ZABA 5B2DA 3POWA 1DQ4A 5SV8A 2F25A 3RS6A 1VCUA 5HUKA 2Z42A 4YW3A 4LBNA 2AGSA 1I1EA 2W52A 3L2YA 4KS5A 1RITA 2EXKA 3I4IA 3UL2A 5CA6A 2A6WA 4Y1VA 1JHNA 3B00A 2D6OX 2DVDA 1W20A 4ASMB 3LCPA 2VUAA 2DU0A 3WDTA 4K21A 4AWDA 4M4VA 2A3XA 3O9KA 3VUOA 1MS1A 4NO4A 1V3BA 1FNZA 2R1DA 5H9RA 2PELA 1MZ5A 3OYWB 4CPNA 4HZWA 4GJTA 2VW2A 2F13A 1A78A 4GA9A 2D3SA 2NP0A 2EXIA 1WW4A 1G9DA 3U4XA 5T54A 3QCWA 2VWDA 1QDOA 3A72A 1NCAN 5GLWA 1G7YA 2WSUA 2R1BA 2GNMA 1S0FA 5JMCA 3HN1A 4AGRA 3O0XA 3SNMA 4FQZA 5JOXA 1N1TA 5GZCA 5KXBA 1IS5A 3SALA 4U36A 1MWEA 4JF7A 2DURA 2WQZC 4TYSA 1O4YA 3O0VA 3OY8A 1U0AA 1INWA 3RRDA 4HZXA 2ENRA 1WD4A 3PVNA 2YA4A 4JCKA 1NSDA 1IS6A 2F0ZA 2QWKA 4XJ8A 4BOWA 3ALWA 2RKCA 1XOGA 2SBAA 1SLBA 1LEDA 1MS8A 2CY6A 5JLVA 3TIBA 1MACA 2JJ6A 5DUUA 1NSBA 4X4AA 4NCSA 3ZXKA 4YG0A 1CJPA 3ZPYA 4I00A 1GNZA 3A0NA 1DQ2A 1Z50A 3HR9A 1CPMA 5DXDA 2GMEA 2GDFA 1G9FA 3FFZA 1AX1A 5CAZA 3OYWA 2PHFA 5E89A 5IT6A 1WCSA 1FNYA 4MWVA 1NLSA 1SLCA 1PZ9A 2VU9A 1HLCA 1MZ6A 1YYNA 3D6EA 3C2UA 4UW3A 4Q27A 5GM0A 3D4KA 2ZAAA 1MVEA 2W38A 3AP5A 4Y24A 1AXKA 3R05A 2ARBA 2UWBA 3AFKA 4C1XA 2D6LX 4ZXKA 3NV1A 1V6KA 1V3DA 4HZZA 2DUOA 1WBLA 1E8VA 1UZZA 5HUGA 3V0BA 3IMNA 4FJ6A 4K3YA 2A7AA 2RHPA 1S0JA 2AREA 2NYYA 1AJOA 1INFA 1CONA 5M1ZA 1S0CA 2PHRA 3ZXLA 3WNXA 1Z4ZA 2E6VA 1DILA 3WLUA 3WUDA 3IPVB 1GZCA 4FPHA 2NMOA 1VLNA 2FMDA 2YXSA 3AX4A 4L8QA 2QWAA 2C4AA 3UJQA 1YI7A 1USRA 1LECA 3K37A 4P9YA 3D5OA 3B01A 4Z8BA 4XBNA 2AENA 4B7NA 1LOGA 5T55A 4PQ9A 2UWCA 2DVGA 1SO7A 3MEPA 2W5OA 1JBCA 1PZ7A 6NN9A 1LHVA 1IOAA 3WDXA 5DUVA 3W58A 3OPZA 3GNEA 4FOVA 2UURA 1WW6A 1W6NB 1LODA 1W0OA 1DYKA 4YZ3A 4QN7A 4TZDA 3PVEA 1V0EA 1CQ9A 1O4ZA 1VCJA 2F28A 4YM2A 1DGLA 4MC7A 3D11A 1SBDA 2CMLA 4Q1RA 2AEPA 3TI6A 4K1IA 1Q8VA 3T2TA 4LBQA 4XTPA 4M01A 4GWNA 2YA8A 3IPVA 3M3EA 5GLUA 2DWRA 2F11A 4M4NA 4XDQA 2ZKNA 4HZVA 4GZQA 1R1ZA 4IQPA 5GZEA 1BQPA 1SLIA 1LHNA 1KJRA 4LBOA 1DQ0A 5CNAA 1ULGA 1WW5A 4CPYA 1E8TA 1V0ZA 1DIMA 1W6QB 3AZVA 4R9CA 1DIWA 2A75A 4GALA 2E7TA 1JUIA 2ZGMA 4LBMA 2HTQA 3GVLA 5H9SA 3JU4A 1Y7BA 3M3OA 4ISQA 2R49A 2QWEA 1W6PA 1V6LA 1GZWB 1SLAA 4HL0A 1NN2A 2JE9A 2YDTA 1NCCN 2D6NA 5GJ6A 1UX6A 3FUQA 3V65A 4D8SA 2ZB5A 1X50A 1NMBN 4XXPA 3AJZA 4X47A 4GXLA 4K1ZA 2HU0A 4MWUA 2XB6C 2ZHMA 1W6OB 4LBLA 1JN2P 1XOEA 1VIWB 1D2SA 5IK8A 4P9XA 5KXEA 2ES3A 3V64A 5IK5A 1MS5A 1L7FA 4XJWA 1A14N 4FVVA 1H30A 1MS0A 1KJLA 4K20A 4QN6A 1INGA 5JYYA 1Q8SA 1KDKA 1LTEA 3SILA 1I3HA 1OQ1A 1NCBN 2VSKA 1N1SA 1ENSA 1JXNA 2AR6A 4ATFA 1SFYA 1W6QA 1PZ8A 4XJAA 2WLQA 2A6YA 5T5JA 5CBLA 3RQ0A 2VVZA 3ZSMA 2SILA 1AVBA 1LOCA 2YA5A 1A8DA 3NSSA 1N3QA 2OW4A 1W8OA 3ASIA 5EYXA 3ZVXA 5JVVA 4BLJA 2FHRA 4WEFA 1V6MA 2LTNA 5BYNA 3H6JA 1AXZA 5GALA 2NN8A 3H0OA 5FREA 1N3OA 3AK0A 2I2SA 1W6OA 1YIFA 1SCRA 4M3CB 1LHWA 4M00A 3WHUA 1IVCA 1Z4XA 4AGVA 1ULCA 2F26A 1LU1A 2E7QA 4BMBA 3ILRA 3K3AA 3WV6A 3AYAA 2XZJA 2GALA 4Y26A 4AYUA 2C4LA 3NV4A 3SLIA 4GZXA 4ITCA 4Y22A 4XZPA 1F9KA 1V2IA 1LHOA 3ENRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E5IA 4CEWB 1V6OA 5DAVA 3FHIB 3OSDA 5A32B 3MFAA 3LI3A 1I9RA 2XKPA 1AHSA 5FY4A 3AP4A 5CFCA 2ZMNA 3H3UA 2GNDA 4RL7A 1W2AX 5FP8A 4PWZA 3GVLA 3HOBA 3EJKA 3WNLA 4UFHA 4Q4Y3 1W6MA 2XMLA 4AI2A 2ERFA 2XHKA 3M3CA 5FPUA 4RGKA 3GVKA 2WZ8A 4CUGA 4IE0A 1FOD3 3RZZA 2W20A 3TNQA 5HV4A 1GBGA 2QWCA 2WDBA 2OQ7A 3O9JA 1W3VA 3M3QA 4HT1T 3IMMA 2VQAA 1F8VA 1KFXL 1H8TA 3LE0A 2A1XA 4BLIA 2YC0A 2Y33A 4KMQA 5DZEA 1H8VA 4NHYA 3ITQA 3K39A 2WNEA 4KU7A 5J98B 3TEWA 2AEQA 4CDXB 2BJSA 4CDQA 1UY0A 2B4KA 3CMGA 5A7QA 1QOTA 3AYEA 4IFLX 1LOAA 2A73B 1CRUA 1V0AA 1JZ7A 2D98A 5A33B 2QWJA 3RZJA 3C7EA 1X33A 1A4GA 1OPOA 4MWQA 5FUIA 4I30A 4D6SA 5GX3A 4PLNA 2VBBA 3BEQA 2MPFA 1IKQA 3MHZA 2C4XA 2SLIA 1C1FA 4H53A 2O8OA 1TQ5A 3SH3A 1X2RA 2HKXA 4IEVA 4QPIB 2PQSA 1Q56A 3MW4A 2O1QA 3NJZA 2AEYA 3DKWA 3PU3A 4Q2FA 4Q4W3 1XNCA 4TN7A 5L7OA 4O61A 3AZWA 3T0DA 4K1HA 4QN4A 1MQTB 2ZPXA 4YGBA 2HYKA 2QWFA 2WO1A 2HBTA 4E4HA 4UBGA 1AZDA 4HBNA 4B7MA 4ES9A 5JIUA 4UOJA 3V56A 5IK7A 4L11A 4URAA 1OH3A 2KA3A 5C9AC 3F95A 3USSA 3O1OA 4LPLA 3NMBA 2GZWA 5C4WC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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