4YZ5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 3-sialyllactose
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Putative neuraminidase
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz5A02
3TI5A 2DV9A 2E51A 4FOWA 2XZKA 1A4QA 4Y1UA 4XJ9A 2P37A 3B7EA 1LU1A 4P9XA 1XOGA 4HZZA 2DU0A 2VK5A 4XTMA 1IVBA 3SISA 3NV4A 3AP9A 5BYNA 2VK6A 2BERA 3ATGA 1N1YA 1VAVA 1C4RA 1AX2A 3SITA 1Z50A 1CQ9A 1V6JA 5T54A 4XDQA 3MW4A 4W65A 1YIFA 5EWSA 4GALA 1VCJA 4FPCA 3DGTA 3TIBA 4BMBA 3AXDA 4HZXA 1RINA 4XYXA 4XJAA 4BBWA 4XBQA 4R9CA 1BKZA 4Y1YA 3N35A 2F11A 2W68A 1G7YA 1S1AA 5M1ZA 3POYA 2ZKNA 1YRZA 1W1XA 5JMCA 2VK7A 4LBMA 1CESA 2CWSA 5DXDA 2A6WA 4Y22A 4XHBA 2ZMNA 4M4VA 4DS0A 3IMNA 1IS4A 4UF7A 4C1WA 5E88A 5AVAA 4ITCA 1AXKA 2ZHNA 4YZ3A 1WW4A 3UL2A 2LTNA 4CPLA 1OQ1A 1LHWA 4XXAA 1C57A 3TB0A 1GKBA 2WSUA 2A70A 3AZYA 3NV3A 2ZGSA 3MW2A 5T5JA 3SANA 3T1LA 4WEFA 3ZXEA 3N36A 2EALA 1V6MA 1O4YA 1DQ1A 3WCRA 1W6NB 2F26A 3VKMA 5JOXA 4Q26A 4XJUA 1LTEA 1BXHA 4I30A 4LBJA 1C1LA 3D6EA 2ZGOA 3RMXA 3H71A 1QNYA 1HLCA 5LK5A 2AENA 4FPHA 1YI7A 4FOQA 3MW3A 3H6JA 1KJLA 5DZEA 3N7LA 1LEMA 5EYXA 4XMAA 4XZPA 4U2AA 5DZFA 2ZZJA 1WW5A 2ZMKA 4U36A 1SO7A 1DILA 2AH2A 1BJIA 1C1FA 4PQ9A 1E8UA 2F25A 1IKPA 5T5OA 1G9CA 2XG3A 2ZGTA 1XOEA 1MR5A 1F8DA 3HN1A 3AZXA 1MS4A 2B7YA 3AFKA 1W0PA 4WVWA 4XE9A 1CIWA 2GMEA 3GVLA 2EXJA 4PCRA 3OGGA 1EUTA 3N7KA 1XQNA 2ZGNA 1GBGA 2CYFA 1Z4ZA 4GWMA 3B01A 3ALXA 5DUUA 2R49A 5JOZA 1Q8QA 4K1YA 1SBEA 1GV9A 1CPMA 2VXRA 1APNA 3WUDA 4QN4A 2WLQA 5KXEA 2V73A 1NNCA 4XJ8A 3INAA 1NCDN 4XIOA 5F5QA 4DGRA 4MWYA 1DQ5A 1ULGA 1DIMA 4Y1VA 4GZXA 3TIAA 1I3HA 1QU0A 1QDOA 2YDTA 4Q6KA 2P34A 1LOBA 2W20A 3TI6A 4DRVA 1JN2P 3M1HA 4KS5A 1FNYA 1AXZA 4M00A 2RHPA 1IS6A 1WW6A 4YZ2A 3APBA 1NNAA 5GZGA 1UPSA 1F8EA 1AJKA 3WDWA 3CL0A 2OUJA 1AX0A 4X4AA 4K1IA 2A6XA 4LBKA 1L7GA 1DQ2A 2VY0A 2H0BA 1FV2A 2ZHLA 1DQ6A 3V64A 2HTVA 1VLNA 1G9AA 5H9SA 5DZGA 1QMJA 1USXA 4X6KA 5T5LA 3M3OA 1MS0A 1OFSA 1S0GA 1WLCA 3K36A 1GZWB 3AJZA 2PHFA 1W6QA 1IS5A 1UX6A 3O12A 3DUIA 4FPEA 3RRDA 2HTYA 4LBLA 1BZWA 2PHWA 1FNZA 4ZKTB 1DQ4A 4UW4A 2P3KA 1JHNA 1MS3A 2C9AA 4ATEA 1MS8A 2D6MA 5GJ6A 2DUOA 2QWFA 4FZHA 1CR7A 3OY8B 2JDZA 1JUIA 3I8TA 2SBAA 1D0HA 1LENA 4YGDA 4MWLA 1V6KA 1EUUA 2F12A 2ARXA 4DPNA 2YMZA 4YZ5A 1GYKA 1DBNA 1LHNA 2VW0A 3C2UA 1B9SA 1SLCA 4YFZA 3ILRA 1Z4VA 5KXBA 2CWMA 3B69A 2GNTA 4RL7A 4MWXA 3PVOA 2JECA 3A72A 4GDIA 5EYYA 1A78A 1SLAA 2D6OX 3M3QA 5GLVA 4BQ1A 4YGEA 1QDCA 3O9JA 3WCSA 3A71A 4GZQA 5HCFA 3WUCA 2P3JA 1L7HA 3WG4A 1V0FA 4KS2A 5CBLA 4YM2A 5GALA 1WBFA 3R4UA 4DQAA 3SALA 4XMIA 2EXIA 3VKOA 1YXWA 2X9MA 1DGLA 4JRAA 2W08A 5IK7A 2W52A 1YO8A 2DYCA 5F9TA 2WT1A 3D11A 4GB1A 4LBQA 3ZXFA 4P9WA 4L8QA 3AXEA 5GZCA 4FVVA 5B2DA 1W8NA 5HCAA 1EUSA 2ZGMA 3SH5A 2AREA 3IPVA 4AGGA 4YG6A 5DUXA 1BYHA 3CYEA 1E8TA 3D5OA 2ZA9A 1U0AA 1D2SA 4M3CE 3AYDA 2QWGA 1W8OA 3JUUA 3WVJA 3VUOA 1KDKA 1RIRA 3CKZA 5JDBA 4TZDA 1IVFA 3SNMA 1A4GA 5EXOA 1N3OA 3V0BA 4YW3A 1B9TA 2W5OA 1QF3A 2F29A 5JOWA 2NMNA 1GANA 1N1VA 3I4IA 3IM0A 1SNTA 4Q2FA 2HTRA 2F0ZA 1BJQA 1UZZA 2CTVA 1ULCA 5HUKA 4B7JA 4KBBA 1Z4WA 1LOCA 4FPJA 5CB7A 3T1EA 3AZWA 4WA3A 5H9QA 4NCSA 3M3CA 3MPPG 4YW1A 1FATA 1JW6A 4YGCA 4XJWA 2AUYA 3OJBA 2C5DA 3KQRA 4M4UA 4ISQA 3WG1A 3FFZA 1Q8VA 4Y26A 1IS3A 1ENRA 4PF5A 3K37A 4ATFA 2GMPA 4BOWA 5HUNA 2NZ9A 2UWBA 4FPFA 3VKNA 4Z8BA 3WV6A 3PVNA 3ZYRA 2GNDA 1AVBA 2FMDA 1ZA4A 2AGSA 3U4XA 5GLZA 3M3EA 2NYYA 2DURA 2ZABA 1NCCN 1V6OA 3IKWA 1CPNA 2DVAA 1Q8PA 3R4SA 2YA5A 1KJRA 4BLJA 4CPOA 3W09A 2P2KA 1FYUA 1WUVA 3T1MA 3PVEA 1MS9A 4Y20A 1QOTA 2VUAA 4XTPA 4GZOA 3GNEA 5GM0A 4Y22B 2QWCA 2PHTA 2AYHA 1N47A 3RS6A 4MC7A 2YA7A 3BODA 1USRA 4Q27A 3ILFA 3SH4A 4YZ4A 1PZ8A 3AJYA 2QWEA 1V3BA 3V0AA 2A3XA 2ZBJA 4FP3A 4XHXA 2HT5A 1WD3A 3RQ0A 2SLIA 4HANA 2WQZC 4PBPA 1NXD1 2PHXA 4HZVA 4Y1XA 4AGVA 2YXSA 1CONA 1V6NA 5FRAA 3WG2A 1QNWA 5JVVA 1LHVA 3RG0A 1V3CA 3ALWA 1UKGA 1QGLA 1NN2A 1HKDA 2EXHA 4MWWA 4XBLA 1WBLA 2HTQA 1MACA 2LALA 3WOGA 4MYEA 3NV2A 1Z4YA 2HU0A 2EIGA 1HQLA 1WW7A 4MWQA 1INVA 1G86A 2E7QA 1URXA 5KXCA 3TAYA 4LBOA 2D6PA 4BM8A 2WKKA 1ENSA 3UJQA 1NSBA 4R9DA 4CPYA 4AVVA 1JBCA 1F9KA 4FOYA 1IVDA 4MWJA 4WV8A 2ERFA 3ZXLA 3W58A 2E7TA 1S0CA 1W6MA 3ZSLA 2A3YA 4AVSA 3TI4A 3T2TA 2JKBA 5DUWA 2HTUA 3NSSA 1LGCA 2W5NA 2DTWA 2CMLA 2I2SA 3LSDA 4YZ1A 1JXNA 2QWDA 1W21A 3A0NA 1A8DA 4YM3A 3SH3A 4YW2A 4K1ZA 2W39A 4GXLA 1VIWB 2WJSA 3OYWA 1DQ0A 5NN9A 2ZGPA 4MX0A 2DVGA 4UW6A 3TI8A 5T5PA 1H30A 4ASMB 3AYEA 3WDVA 2UU8A 2P3IA 3WHUA 4TYSA 1WCSA 4SLIA 1NCAN 3SILA 4WA5A 1EURA 4QN6A 2ZGUA 5T52A 2ZAAA 4MJUA 4YG3A 5HUGA 4GKXA 3N3HA 5CAZA 3O5SA 1GZWA 3CL2A 4M3CF 5GLUA 2SILA 1LOEA 1JYCA 1UMZA 3OBRA 3M2MA 5IK4A 4JC1A 2R0FA 1INXA 1J1TA 2D3SA 3VV1A 2CNAA 4UW5A 4DRRA 4P9YA 2HTWA 4Q1RA 2EAKA 2YA6A 3PMEA 4JCKA 3WLUA 5IT6A 2VSKA 3AP4A 3FUOA 3QCWA 2DVBA 2V5YA 1DYKA 1I1EA 3AYCA 3QLQA 2OVUA 1IKQA 1X50A 1UN1A 3VKFC 3WG3A 1N3QA 4M3CA 3WDUA 5SV8A 4KS1A 1AZDA 2DUQA 2XCYA 4R9BA 3ZSKA 3ZPYA 4K3YA 1WCQA 1EPWA 1S0IA 3MEPA 3AP5A 1Q8SA 4FQZA 1QOSA 1F8BA 1N1SA 1IVCA 3H73A 1UAIA 3AP7A 2YA4A 2VW1A 4YW5A 4HZYA 3K39A 4MJVA 4WVVA 3ILNA 1W6QB 2BF6A 3PJQA 4HIZA 4FPOB 1H9PA 1DLLA 3FBYA 1F5FA 4CPMA 4LBQD 1LOFA 4MWUA 5DUVA 2VWDA 3USUB 2GNBA 1GSLA 2D43A 2DVDA 2YDPA 4GZPA 1IVEA 2QWHA 1V0EA 1AXYA 5CNAA 1W6PB 1SACA 1W6OB 4LBNA 2A6YA 1LOGA 2ZHMA 1S0FA 1IVGA 1KITA 1NLSA 1HQWA 4DFSA 1SLTA 1LOAA 1NMCA 2NMOA 2WSVA 4K1JA 3UK9A 4KS4A 4B7RA 1PZ9A 4OZXA 1LCLA 4YM1A 1E8VA 1MZ6A 2ES3A 2R0HA 4WA4A 2SIMA 2NP0A 1V3DA 2QWKA 3BTAA 4CZSA 1NNBA 1Z78A 1INYA 4NN9A 4GZWA 2ENRA 4UW3A 2HT8A 3TICA 1N3PA 4K20A 3WDYA 1MZ5A 2ZMLA 3GVJA 4Q1PA 2YROA 3D4KA 2A3WA 4GA9A 1KRIA 2DWRA 3H72A 4CPNA 5FREA 4FJ6A 4J9TA 2ARBA 1GZ9A 4Y24A 2EXKA 1Z4XA 3A0KA 5JLVA 4LBQB 1SCRA 3TI3A 1UZYA 1G8WA 3B9CA 2ZB6A 2UURA 5KXDA 4HL0A 4GDJA 4GKYA 2TEPA 1LESA 5JOYA 3AZVA 3WDXA 3JU9A 2D6LX 4GZSA 1LEDA 1GICA 1INFA 4H53A 4K1HA 1ULFA 1LGBA 2QWJA 1AJOA 3N7MA 1NMBN 1Q8OA 4FVKA 4XJQA 2JE9A 1B09A 4RA0A 3V0BB 4X49A 3POWA 4QN7A 3ASIA 1PZ7A 3ZSMA 1MS1A 1KDMA 4M3MA 2XZIA 6NN9A 2B8HA 1LHUA 1SBDA 3FUQA 1GLHA 4AWDA 2HT7A 2VVZA 3AYAA 2VW2A 2ZGRA 4IQPA 1QOOA 1CN1A 4FPGA 2F28A 1R1ZA 3ENRA 4GWNA 5T55A 3NN9A 3N7JA 4FPLA 5GLWA 4BMEA 1Q56A 1V2IA 4GZTA 2BQPA 1W0OA 3GVKA 3ZXJA 2UWCA 3BEQA 1W6NA 3WDTA 1H9WA 1TEIA 3VKLA 1KQRA 1NCBN 1AX1A 3RSJA 2D3PA 4B7MA 4XJZA 4C1XA 3Q9OA 1ULEA 4K21A 3INBA 4FQ4A 1CVNA 3AZZA 1VCUA 1S0JA 2YV8A 3IN9A 1OKQA 3R05A 2PELA 3O0VA 2UWAA 1IOAA 2ZACA 5E8AA 4B7NA 4NC5A 4Y20B 3SLIA 1SLLA 2CL2A 2VH9A 1LHOA 2D6KA 3B00A 4R9AA 4AVTA 2WNEA 1WLWA 3CNAA 4BPZA 4ZXKA 4FOVA 1SLBA 4QNPA 2NN8A 1LOFC 1BQPA 3LCPA 5GZEA 4CRQA 2GN7A 1DYPA 2A75A 1LGNA 1SBFA 3O0XA 2Q5TA 2BZDA 5H9RA 4YFWA 2F24A 1A14N 3V0AB 1ULDA 2R1BA 1F8CA 1SLIA 2VSMA 1L7FA 3OBTA 5HX0A 4YLZA 2OW4A 4BLIA 5JYYA 5L73A 1QKQA 4CTEA 2D3RA 1DHKB 2A5ZA 2A6VA 1Z0HA 2RKCA 1LECA 3KM5A 5HCBA 1MVQA 1V6IA 1LODA 4K1KA 1HDKA 2QWIA 1S0EA 3W59A 1FV3A 4FPKA 5DG2A 1JYIA 4Q8LA 1JOJA 1INWA 2PHUA 3JU4A 4XJRA 4KS3A 2A6ZA 4GEZA 1NSDA 2W38A 4QN3A 4XIKA 4QN5A 2JJ6A 3ZVXA 2WT0A 2AEQA 2DTYA 2E53A 3RMYA 4XILA 2PHRA 4H52A 3NV1A 4MWRA 1W6MB 1A3KA 4I00A 4YW4A 2BATA 4M4NA 4B7QA 1LULA 3POSA 4NOTA 2F27A 4XBNA 1SCSA 3OPZA 3FLRA 1SFYA 4YG0A 3UJOA 3GALA 2C4AA 1G9FA 3FLTA 3B3QE 2D6NA 1GNHA 4D69A 2F13A 4MWVA 3OYWB 7NN9A 2DVFA 3ZXKA 3WHTA 2OUHA 4WEGA 1V6LA 1MVEA 5HUMA 1ONAA 1YYNA 1S0DA 3A4UA 1LU2A 4CPZA 5T50A 2NM1A 2ZGKA 1V0ZA 2XZJA 2AEPA 3OY8A 2F10A 2R16A 3WNXA 1S0BA 1DIWA 1NSCA 1VALA 2XB6C 5IK8A 1CJPA 3K3AA 1FAYA 4MZEA 1DFQA 2G4IA 3FLPA 1MS5A 4XOGA 1V3EA 2GMMA 2QWAA 2A71A 4JF7A 1ZM1A 2A7AA 5GLTA 5H9PA 4AGRA 4ISRA 4MZAA 3K38A 5GZFA 1V00A 4AYUA 1UL9A 3USUA 2HU4A 3AP6A 4NO4A 3ZYPA 1DZQA 4M3CB 1WD4A 2DU1A 4HZWA 1W6PA 1W6OA 4D8SA 5DG1A 2WT2A 2YY1A 1ENQA 4PBOA 2R1DA 2D7FA 2EF6A 1VAMA 2AR6A 4P14A 3D12A 3NWKA 2ZGQA 3O9KA 5CA6A 4F83A 2GN3A 3AX4A 2FHRA 4GJTA 2DUPA 1N1TA 2QWBA 1GZCA 2YA8A 2JD4A 1AF9A 4X47A 1G9DA 1WLDA 4H55A 2CY6A 3AK0A 3BIWE 4M01A 1Y7BA 1B9VA 3L2YA 1GNZA 2GDFA 3LSEA 2JE7A 5E89A 5IUQA 2ZHKA 3V65A 2E6VA 4YM0A 3HMYA 3BOPA 1MWEA 2HYKA 3HR9A 4FP2A 1G9BA 4Q8KA 2C4LA 3O0WA 2D44A 1INHA 5B2CA 2YZ4A 1RITA 1FX5A 4YGBA 2GALA 5GZDA 4Y1ZA 2KM2A 1LJ7A 2GNMA 2ZB5A 2Z42A 4FPYA 3WZ1A 4XXPA 1O4ZA 5IK5A 1INGA 3ZSJA 1W20A 3H0OA 1F31A 2VU9A 4WZFA 2ZGLA 1NMAN 3IPVB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3Q8EA 4OULA 1W8WA 2BWAA 1X2RA 3TI5A 2DV9A 1AR72 2E51A 4GH4B 2VBDA 4QDRA 3VD4A 4QB2A 4FOWA 2FDGA 5JAXA 1WGPA 2XZKA 5DABA 1CAXA 1HJFA 2E31A 2W1QA 3AFGA 3BPZA 3DV8A 1A4QA 1UOJA 5A7QA 2CV6A 1BBT2 4Y1UA 4XJ9A 3IDBB 1NCRB 1RYYA 2P37A 1LU1A 1UOFA 4W6WA 3B7EA 2HBUA 4P9XA 1XOGA 4HZZA 1JS9A 2WN2A 5FY7A 2WYFA 2DU0A 1DP0A 2VK5A 1F35A 4A7KA 1HV0A 2WFPA 1BHGA 3GBFA 4XCAA 4KQ7A 4BQWA 1QJY3 4XTMA 4L97A 1XNDA 3SISA 3D0JA 3NV4A 1IVBA 2VK6A 3AP9A 3VD3A 5BYNA 2BERA 2YC4A 5CKQA 2QQMA 3DASA 3ATGA 1C5KA 3PLQA 2JG9A 5FTTC 4CVUA 5LRSA 2JDMA 1N1YA 4YVWB 1YNAA 2Q8EA 4LKSA 3LB9A 1CWPA 1VAVA 1VBE3 3OGSA 1C4RA 5TSWA 3VZLA 4CUAA 1M4WA 1WWYA 1AX2A 4JAAA 1AR91 3SITA 4D6QA 5C5UA 1Z50A 2WO7A 5DAVA 2WAAA 4C8DA 3HQXA 2GHSA 1CQ9A 1V6JA 4OUSA 1PGW1 3LA3A 3BTZA 1RUI3 5BXXA 5T54A 4I02A 4XDQA 3MW4A 5I0UA 4W65A 3O1TA 1YIFA 4AH4A 1J84A 4META 5EWSA 1YFWA 4D52C 4NPMA 4RFT0 4B4PA 4E27A 1QH6A 4GALA 3OOXA 2Y6KA 4FPCA 1C5IA 2W9XA 1C28A 1CX4A 2RDNA 3DGTA 4ARYA 1VCJA 2MHFA 2DCTA 4S2DA 3SCGA 4BMBA 3WDZA 3AXDA 3EO6A 3WP6A 3I1CA 2HWE3 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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