The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
216
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structure length |
209
|
Chain Sequence |
PLPATHDIHLHGSINGHEFDMVGGGKGDPNAGSLVTTAKSTKGALKFSPYLMIPHLYYQYLPYPDGPSPFQVSMLEGSGYAVYRVFDFEDGGKLSTEFKYSYEGSHIKADMKLMGSGFPDDGPVMTSQIVDQDGCVSKKTYLNNNTIVDSFDWSYNLQNGKRYRARVSSHYIFDKPFKQPVFVYRKCHVKATKTEVTLDEREKAFYELA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Fluorescent protein
|
| molecule keywords |
AMPHIOXUS GREEN FLUORESCENT PROTEIN, GFPA1
|
| publication title |
Fluorescent proteins in Amphioxus have strickingly different brightness, yet
only few (but key) molecular differences
rcsb |
| source organism |
Branchiostoma floridae
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| total genus |
58
|
| structure length |
209
|
| sequence length |
216
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01353 | GFP | Green fluorescent protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Green Fluorescent Protein | Green fluorescent protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Q57 A; 2V4E B; 3DQI A; 5FVG A; 3SSK A; 3DQO A; 2G3D B; 4U2V A; 2V4E C; 1Q4A A; 1YJ2 A; 2AWM A; 4W6L A; 5EB6 A; 3BXB A; 4EUL A; 1EMC A; 3LVC A; 4W6C A; 4L13 A; 4BDU A; 3VHT A; 4B5Y A; 5DPJ A; 3DQ7 A; 4W6R A; 1H4U A; 4ZBL A; 3LF4 B; 4H3N A; 3EKH A; 4ZF4 A; 4OGS A; 2DUI A; 2WUR A; 2GX0 A; 2OTE A; 2Z6Z A; 1KYP A; 5BTT B; 3RWT A; 3SVN A; 1ZUX A; 4R6D A; 5EHU A; 4Z4M A; 5DTX A; 3P8U A; 1HCJ A; 4Q7U A; 3SG2 A; 2H9W A; 4DXP A; 4ZB1 A; 3DQH A; 4ZIN A; 2ZO6 A; 4KF4 A; 4DXQ A; 2H5O A; 1W7T A; 3AI4 A; 5EXU A; 1JC0 A; 2HCG A; 5DY6 A; 2GX2 A; 2A50 B; 2WHU A; 2OGR A; 4Q9X A; 4IK4 A; 2VVI A; 4W6A A; 3RWA A; 2FZU A; 5DTL A; 3PJ5 A; 2OKY A; 1JBY A; 3EK7 A; 4OY4 A; 4DXM A; 4J8A A; 1OXD A; 3DQN A; 2EMN A; 3CFF A; 4W6G A; 4ANJ A; 3DQ8 A; 3EVU A; 2QLG B; 2Z6X A; 2O2B A; 5LTQ A; 2QLI A; 4W6K A; 5EJU A; 1OXF A; 3PIB A; 4XVP A; 5DPI A; 1XAE A; 2H6V A; 2A56 B; 3SVC A; 3BX9 A; 2HFC A; 3CBE A; 3M22 A; 4Q7R A; 4ZF3 A; 3MGF A; 4H47 A; 2QLE A; 4Z4K A; 2WHS A; 3SSY A; 2WIS A; 1EMB A; 4JFG A; 1JBZ A; 2FWQ A; 2H5R A; 3VHT B; 2HGY A; 4IK8 A; 2YE0 A; 4KW9 A; 2VAD A; 1KP5 A; 2ZO7 A; 4OHS A; 2RH7 A; 2AWJ A; 3GL4 A; 4W7C A; 1KYR A; 1YHG A; 4R6B A; 3SV5 A; 4W6F A; 3AI5 A; 3TMT A; 1EMM A; 4JC2 A; 4LQT A; 1Z1Q A; 1KYS A; 3A8S A; 4AR7 A; 4PPJ A; 3I19 A; 3NT3 A; 4TZG A; 4DXO A; 4PPL A; 3LF3 A; 3U0N A; 4OJ0 A; 4EMQ A; 2O29 A; 4W7A A; 3SG6 A; 1QXT A; 2AWK A; 1YHI A; 1UIS A; 3EKJ A; 4W6M A; 3U8P A; 5EXB A; 3SG4 A; 3KCT A; 1RMP A; 4KPI A; 4W6N A; 4JGE A; 3SVD A; 2ARL A; 4W6D A; 4PFE A; 3DQC A; 4DXN A; 4J88 A; 1EMA A; 3VK1 A; 4B30 B; 4IZN A; 1MOV A; 4ORN A; 4W6B A; 3DQA A; 4RYW A; 4W6I A; 3ST2 A; 3WLD A; 3UG0 A; 2A54 B; 2QZ0 A; 4EDO A; 3DQ5 A; 4W76 A; 3SG3 A; 3U8C A; 3CFA A; 3ADF A; 4HE4 A; 3IR8 A; 3ST3 A; 2ZMU A; 2HGD A; 2WHT A; 3NT9 A; 1RMM A; 5HBD A; 3EVV A; 5FVF A; 4XOV A; 2YFP A; 3SSV A; 3SSP A; 4W6U A; 2AWL A; 2A48 A; 4PPK A; 1ZGP A; 5LK4 A; 4KF5 C; 5FHV A; 1YZW A; 3WLC A; 5LTR A; 1XSS A; 4KW8 A; 2GW3 A; 5AQB B; 3BXA A; 1XA9 A; 3EVR A; 5T3I A; 4KEX A; 3U0K A; 4Q9W A; 3CGL A; 1YFP A; 4W6O A; 3BXC A; 3H1R A; 2PXW A; 4RYS A; 2A53 B; 2V4E A; 1EME A; 1QYO A; 3SVE A; 1F09 A; 3UFZ A; 5EB7 A; 3ZUJ A; 4N3D A; 1Q73 A; 2YDZ A; 3SS0 A; 3LSA A; 3NED A; 4LJD A; 4W6H A; 5HZO A; 3NEZ A; 3CFH A; 4JRB A; 4HQ9 A; 2Y0G A; 2DUG A; 5HZT A; 3P28 A; 3SG5 A; 3GEX A; 4W7E A; 2FL1 A; 2IE2 A; 3G9A A; 3WCK A; 4W69 A; 4KA9 A; 1HUY A; 1XQM A; 4W7R A; 2AHA A; 2DUE A; 4JF9 A; 4TZA A; 3GJ1 A; 4HQC A; 1Q4B A; 3ST4 A; 2YE1 A; 4IK9 A; 1JC1 A; 2ZMW A; 5KTG A; 2IOV A; 2Z6Y A; 2WSO A; 4LQU A; 1H6R A; 1Q4E A; 4W77 A; 4L12 A; 4LJB A; 4GOB A; 1C4F A; 1MYW A; 2Q6P A; 2B3Q A; 1XMZ A; 4LJC A; 2O24 A; 3DQ3 A; 3LVD A; 5DQM A; 4IK3 A; 4W6J A; 3DQK A; 4DKN A; 3DQD A; 4XOW A; 3SVO A; 2DDC A; 4KGE A; 5DQB A; 2Z1O A; 2WIQ A; 1QY3 A; 1RRX A; 3W1C A; 3NF0 A; 2HRS A; 4H3M A; 5DU0 A; 2B3P A; 4AS8 A; 4H3L A; 3ZTF A; 2HQK A; 5HGE A; 3SG7 A; 3U8A A; 5H87 A; 2VVH A; 4W6P A; 3DQ2 A; 2G6E A; 2QLG A; 4HVF A; 2G6X A; 1Z1P A; 1W7U A; 3EVP A; 3SVB A; 4LW5 A; 3ST0 A; 4DXI A; 4XGY A; 2G3O A; 1Q4C A; 3PJB A; 5DRF A; 5EXC I; 4HQ8 A; 1ZGQ A; 4JEO A; 1YJF A; 3ZUF A; 2DUH A; 3SSH A; 2QU1 A; 3DQE A; 4W6T A; 4ZFS A; 4KGF A; 4W6S A; 3SVS A; 3OSQ A; 3E5V A; 2DUF A; 3K1K A; 3DQU A; 3CD1 A; 2QRF A; 4W7D A; 5DRG A; 5HW9 A; 3TMR A; 3IP2 A; 3SSL A; 1RM9 A; 3LVA A; 3PJ7 A; 4W73 A; 2HJO A; 2DD7 A; 4LJD C; 5DTY A; 2ICR A; 1QYQ A; 3VIC A; 2VAE A; 3H1O A; 3SST A; 2WSN A; 3EK8 A; 5DPH A; 2P4M A; 4XL5 A; 4OQW A; 4KAG A; 1OXE A; 4KW4 A; 4ZF5 A; 4W7X A; 3SVR A; 3GJ2 A; 1B9C A; 4IK5 A; 3EK4 A; 3OGO A; 1MOU A; 3M24 A; 2H8Q A; 3LA1 A; 5F9G A; 3E5T A; 3KCS A; 3O78 A; 5J2O A; 4RTC A; 2QT2 A; 3DQL A; 1G7K A; 1EMF A; 1W7S A; 3DQ1 A; 1EMK A; 2G16 B; 4L1I A; 4EDS A; 1YHH A; 2EMD A; 4GES B; 5HZU A; 5H89 A; 3DPZ A; 4W74 A; 3GB3 A; 2H5Q A; 5BQL A; 3DQ4 A; 2VZX A; 2POX A; 5FVI A; 3DPX A; 1BFP A; 1GL4 A; 3ZUL A; 2VVJ A; 2C9J A; 2G2S B; 2A52 B; 5DPG A; 4B30 A; 3O77 A; 1EML A; 3ED8 A; 4Q7T A; 3OSR A; 2DD9 A; 3DQ6 A; 2QLH A; 4W7F A; 1RMO A; 2BTJ A; 4J89 A; 1GGX A; 4W72 A; 4P76 A; 2A46 A; 2GW4 B; 1F0B A; 5BTT A; 4I2Y A; 1Q4D A; 2H5P A; 1EMG A; 2PXS A; 3S05 A; 4KF5 A; 2HPW A; 2IB5 A; 3U0M A; 3V3D A; 3SVU A; 1GFL A; 3W1D A; 2G5Z B; 3AKO A; 4NWS A; 2G6Y A; 2DDD A; 3U0L A; 4GF6 B; 4H48 A; 2OTB A; 4UTS A; 2A47 A; 4EN1 A; 4P1Q A; 1CV7 A; 3CB9 A; 3SRY A; 2EMO A; 2JAD A; 5H88 A; 3DQ9 A; 5HZS A; 5EBJ A; 4DKM A; 3DPW A; 5BT0 A; 2IB6 A; 5DTZ A; 2HQZ A; 5LTP A; 2C9I A; 3DQM A; 4IK1 A; 2OKW A; 3DQJ A; 4W75 A; 2OJK A; 1ZGO A; 3E5W A; 3LS3 A; 3CD9 A; 4ZIO A; 1QYF A; 1S6Z A; 3DQF A; 2AH8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Q57 A; 2V4E B; 3DQI A; 5FVG A; 3SSK A; 3DQO A; 2G3D B; 4U2V A; 2V4E C; 1Q4A A; 1YJ2 A; 2AWM A; 4W6L A; 5EB6 A; 3BXB A; 4EUL A; 1EMC A; 3LVC A; 4W6C A; 4L13 A; 4BDU A; 3VHT A; 4B5Y A; 5DPJ A; 3DQ7 A; 4W6R A; 1H4U A; 4ZBL A; 3LF4 B; 4H3N A; 3EKH A; 4ZF4 A; 4OGS A; 2DUI A; 2WUR A; 2GX0 A; 2OTE A; 2Z6Z A; 1KYP A; 5BTT B; 3RWT A; 3SVN A; 1ZUX A; 4R6D A; 5EHU A; 4Z4M A; 5DTX A; 3P8U A; 1HCJ A; 4Q7U A; 3SG2 A; 2H9W A; 4DXP A; 4ZB1 A; 3DQH A; 4ZIN A; 2ZO6 A; 4KF4 A; 4DXQ A; 2H5O A; 1W7T A; 3AI4 A; 5EXU A; 1JC0 A; 2HCG A; 5DY6 A; 2GX2 A; 2A50 B; 2WHU A; 2OGR A; 4Q9X A; 4IK4 A; 2VVI A; 4W6A A; 3RWA A; 2FZU A; 5DTL A; 3PJ5 A; 2OKY A; 1JBY A; 3EK7 A; 4OY4 A; 4DXM A; 4J8A A; 1OXD A; 3DQN A; 2EMN A; 3CFF A; 4W6G A; 4ANJ A; 3DQ8 A; 3EVU A; 2QLG B; 2Z6X A; 2O2B A; 5LTQ A; 2QLI A; 4W6K A; 5EJU A; 1OXF A; 3PIB A; 4XVP A; 5DPI A; 1XAE A; 2H6V A; 2A56 B; 3SVC A; 3BX9 A; 2HFC A; 3CBE A; 3M22 A; 4Q7R A; 4ZF3 A; 3MGF A; 4H47 A; 2QLE A; 4Z4K A; 2WHS A; 3SSY A; 2WIS A; 1EMB A; 4JFG A; 1JBZ A; 2FWQ A; 2H5R A; 3VHT B; 2HGY A; 4IK8 A; 2YE0 A; 4KW9 A; 2VAD A; 1KP5 A; 2ZO7 A; 4OHS A; 2RH7 A; 2AWJ A; 3GL4 A; 4W7C A; 1KYR A; 1YHG A; 4R6B A; 3SV5 A; 4W6F A; 3AI5 A; 3TMT A; 1EMM A; 4JC2 A; 4LQT A; 1Z1Q A; 1KYS A; 3A8S A; 4AR7 A; 4PPJ A; 3I19 A; 3NT3 A; 4TZG A; 4DXO A; 4PPL A; 3LF3 A; 3U0N A; 4OJ0 A; 4EMQ A; 2O29 A; 4W7A A; 3SG6 A; 1QXT A; 2AWK A; 1YHI A; 1UIS A; 3EKJ A; 4W6M A; 3U8P A; 5EXB A; 3SG4 A; 3KCT A; 1RMP A; 4KPI A; 4W6N A; 4JGE A; 3SVD A; 2ARL A; 4W6D A; 4PFE A; 3DQC A; 4DXN A; 4J88 A; 1EMA A; 3VK1 A; 4B30 B; 4IZN A; 1MOV A; 4ORN A; 4W6B A; 3DQA A; 4RYW A; 4W6I A; 3ST2 A; 3WLD A; 3UG0 A; 2A54 B; 2QZ0 A; 4EDO A; 3DQ5 A; 4W76 A; 3SG3 A; 3U8C A; 3CFA A; 3ADF A; 4HE4 A; 3IR8 A; 3ST3 A; 2ZMU A; 2HGD A; 2WHT A; 3NT9 A; 1RMM A; 5HBD A; 3EVV A; 5FVF A; 4XOV A; 2YFP A; 3SSV A; 3SSP A; 4W6U A; 2AWL A; 2A48 A; 4PPK A; 1ZGP A; 5LK4 A; 4KF5 C; 5FHV A; 1YZW A; 3WLC A; 5LTR A; 1XSS A; 4KW8 A; 2GW3 A; 5AQB B; 3BXA A; 1XA9 A; 3EVR A; 5T3I A; 4KEX A; 3U0K A; 4Q9W A; 3CGL A; 1YFP A; 4W6O A; 3BXC A; 3H1R A; 2PXW A; 4RYS A; 2A53 B; 2V4E A; 1EME A; 1QYO A; 3SVE A; 1F09 A; 3UFZ A; 5EB7 A; 3ZUJ A; 4N3D A; 1Q73 A; 2YDZ A; 3SS0 A; 3LSA A; 3NED A; 4LJD A; 4W6H A; 5HZO A; 3NEZ A; 3CFH A; 4JRB A; 4HQ9 A; 2Y0G A; 2DUG A; 5HZT A; 3P28 A; 3SG5 A; 3GEX A; 4W7E A; 2FL1 A; 2IE2 A; 3G9A A; 3WCK A; 4W69 A; 4KA9 A; 1HUY A; 1XQM A; 4W7R A; 2AHA A; 2DUE A; 4JF9 A; 4TZA A; 3GJ1 A; 4HQC A; 1Q4B A; 3ST4 A; 2YE1 A; 4IK9 A; 1JC1 A; 2ZMW A; 5KTG A; 2IOV A; 2Z6Y A; 2WSO A; 4LQU A; 1H6R A; 1Q4E A; 4W77 A; 4L12 A; 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