The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
135
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structure length |
134
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Chain Sequence |
RKNVCYMVLAVFLSEQDEVLLIQEAKRECRGSWYLPAGRMEPGETIVEALQRVVKEEAGLHCEPETLLSVEERGPSWVRFVFLARPTGGILKTSKEADAESLQAAWYPRTSLPTPLRAHDILHLVLAAQYRQQA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 18
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| publication title |
Engineering protein thermostability using a generic activity-independent biophysical screen inside the cell.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
35
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| structure length |
134
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| sequence length |
135
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| ec nomenclature |
ec
3.6.1.58: 8-oxo-dGDP phosphatase. |
| pdb deposition date | 2012-11-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00293 | NUDIX | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JKN A; 3GRN A; 2B0V A; 3Q2T A; 1XSC A; 2FML A; 1PPX A; 3N77 A; 3F13 A; 3Q1P A; 1X51 A; 3EXQ A; 2GT4 A; 1Q27 A; 4KG3 A; 5GHQ A; 3ZR1 A; 1GA7 A; 3X0S A; 2DUK A; 5C7T A; 3P6Y A; 2QJT A; 2PQV A; 5C8L A; 3EES A; 3O6Z A; 1V8N A; 1VRL A; 3MDG A; 5HZX A; 4KYX A; 2A6T A; 2GB5 A; 2YVO A; 4N1U A; 1PPV A; 2ICJ A; 4C9X A; 5CFI A; 1K26 A; 2O5F A; 1SU2 A; 5FSM A; 4V14 A; 5C7Q A; 1X84 A; 3E57 A; 2O1C A; 3DUP A; 1I9A A; 1VHG A; 2KDV A; 4JZS A; 5ANS A; 3X0P A; 1NQZ A; 1MR2 A; 1IRY A; 3X0J A; 3U53 A; 2AZW A; 3DKU A; 3X0R A; 5ANU A; 3X0K A; 3CNG A; 5BON A; 1PUN A; 1RYA A; 3X0O A; 5BS6 A; 5FSO A; 1MQE A; 1MP2 A; 1XSB A; 3BHO A; 3F6A A; 2ICK A; 2QKM B; 3Q93 A; 5IW4 A; 3P5T A; 5GHM A; 2YVN A; 3ID9 A; 3A6T A; 4C9W A; 3G0Q A; 1HZT A; 1VCD A; 3L85 A; 1V8Y A; 4N1T A; 1VC8 A; 3O52 A; 3Q2S A; 2R5W A; 1F3Y A; 1NFS A; 1U20 A; 3GWY A; 3X0I A; 1PPW A; 4S2V A; 3X0L A; 1KHZ A; 2YYH A; 1Q33 A; 1SZ3 A; 5ANV A; 1VIU A; 1PVF A; 2DHO A; 2XSQ A; 5I8U A; 2A8P A; 2I8U A; 2VNQ A; 1JRK A; 2A8T A; 2I8T A; 3O61 A; 3FK9 A; 4JZU A; 2B06 A; 3A6U A; 3SHD A; 2YVM A; 3SON A; 3GZ6 A; 3FFU A; 2YVP A; 4MPO A; 3MDI A; 4YOQ A; 4ILQ A; 1PUS A; 3OGA A; 3MCF A; 2JVB A; 1MK1 A; 2J8Q A; 2PNY A; 4YPR A; 5FSK A; 3A6S A; 2DSC A; 2Q9P A; 1OW2 A; 3I7V A; 5ANW A; 1MUT A; 5FSL A; 4HFQ A; 2A8R A; 3Q91 A; 4KG4 A; 2O5W A; 5FSI A; 3EF5 A; 3AC9 A; 3I9X A; 3FJY A; 1RRS A; 3COU A; 3X0M A; 1NQY A; 3EEU A; 3RH7 A; 2G73 A; 3MGM A; 5GHO A; 4S2W A; 5DDG A; 1VIQ A; 1HX3 A; 3HYQ A; 3WHW A; 3A6V A; 4NFW A; 4ZG0 A; 2CL3 A; 3I7U A; 1VC9 A; 3ACA A; 1V8W A; 1V8L A; 3Q4I A; 5GHN A; 1V8I A; 4KTB A; 2DSD A; 1V8M A; 1KTG A; 5DPK A; 3H95 A; 5DD4 A; 3BAP A; 1VHZ A; 4JZT A; 5IW5 A; 3KVH A; 5DEQ A; 1K2E A; 1V8R A; 1VK6 A; 2A8Q A; 2FKB A; 3R03 A; 1RRQ A; 1SOI A; 4JZV A; 1V8T A; 2G74 A; 5ANT A; 4DYW A; 3J7Y e; 3X0N A; 4HVY A; 1PUQ A; 5ISY A; 2VNP A; 4K6E A; 5FSN A; 4S2Y A; 1TUM A; 2B2K A; 3N9U A; 1SJY A; 1V8V A; 3GZ5 A; 4NFX A; 1V8S A; 2GT2 A; 5GHJ A; 3X0Q A; 1XSA A; 1G0S A; 3HHJ A; 2FVV A; 1Q54 A; 5GHP A; 3O8S A; 3BM4 A; 4ICK A; 4IJX A; 1NFZ A; 1X83 A; 2DSB A; 1QVJ A; 2QJO A; 3GG6 A; 3QSJ A; 5CFJ A; 3FSP A; 3SMD A; 5LPG A; 2A8S A; 1V8U A; 1MQW A; 2I6K A; 2RRK A; 3FCM A; 1R67 A; 3GZ8 A; 3O69 A; 5GHI A; 4YPH A; 4S2X A; 2KDW A; 1KT9 A; 2W4E A; 3ZR0 A; 1G9Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JKN A; 3GRN A; 2B0V A; 3Q2T A; 1XSC A; 2FML A; 1PPX A; 3N77 A; 3F13 A; 3Q1P A; 1X51 A; 3EXQ A; 2GT4 A; 1Q27 A; 4KG3 A; 5GHQ A; 3ZR1 A; 1GA7 A; 3X0S A; 2DUK A; 5C7T A; 3P6Y A; 2QJT A; 2PQV A; 5C8L A; 3EES A; 3O6Z A; 1V8N A; 1VRL A; 3MDG A; 5HZX A; 4KYX A; 2A6T A; 2GB5 A; 2YVO A; 4N1U A; 1PPV A; 2ICJ A; 4C9X A; 5CFI A; 1K26 A; 2O5F A; 1SU2 A; 5FSM A; 4V14 A; 5C7Q A; 1X84 A; 3E57 A; 2O1C A; 3DUP A; 1I9A A; 1VHG A; 2KDV A; 4JZS A; 5ANS A; 3X0P A; 1NQZ A; 1MR2 A; 1IRY A; 3X0J A; 3U53 A; 2AZW A; 3DKU A; 3X0R A; 5ANU A; 3X0K A; 3CNG A; 5BON A; 1PUN A; 1RYA A; 3X0O A; 5BS6 A; 5FSO A; 1MQE A; 1MP2 A; 1XSB A; 3BHO A; 3F6A A; 2ICK A; 2QKM B; 3Q93 A; 5IW4 A; 3P5T A; 5GHM A; 2YVN A; 3ID9 A; 3A6T A; 4C9W A; 3G0Q A; 1HZT A; 1VCD A; 2CZR A; 3L85 A; 1V8Y A; 4N1T A; 1VC8 A; 3O52 A; 3Q2S A; 2R5W A; 1F3Y A; 1NFS A; 1U20 A; 3GWY A; 3X0I A; 1PPW A; 4S2V A; 3X0L A; 1KHZ A; 2YYH A; 1Q33 A; 1SZ3 A; 5ANV A; 1VIU A; 1PVF A; 2DHO A; 2XSQ A; 5I8U A; 2A8P A; 2I8U A; 2VNQ A; 1JRK A; 2A8T A; 2I8T A; 3O61 A; 3FK9 A; 4JZU A; 2B06 A; 3A6U A; 3SHD A; 2YVM A; 3SON A; 3GZ6 A; 3FFU A; 2YVP A; 4MPO A; 3MDI A; 4YOQ A; 4ILQ A; 1PUS A; 3OGA A; 3MCF A; 2JVB A; 1MK1 A; 2J8Q A; 2PNY A; 4YPR A; 5FSK A; 3A6S A; 2DSC A; 2Q9P A; 1OW2 A; 3I7V A; 5ANW A; 1MUT A; 5FSL A; 4J7H A; 4HFQ A; 2A8R A; 3Q91 A; 4KG4 A; 2O5W A; 5FSI A; 3EF5 A; 3AC9 A; 3I9X A; 3FJY A; 1RRS A; 3COU A; 3X0M A; 1NQY A; 3EEU A; 3RH7 A; 2G73 A; 3MGM A; 5GHO A; 4S2W A; 5DDG A; 1VIQ A; 1HX3 A; 3HYQ A; 3WHW A; 3A6V A; 4NFW A; 4ZG0 A; 2CL3 A; 3I7U A; 1VC9 A; 3ACA A; 1V8W A; 1V8L A; 3Q4I A; 5GHN A; 1V8I A; 4KTB A; 2DSD A; 1V8M A; 1KTG A; 5DPK A; 3H95 A; 5DD4 A; 3BAP A; 1VHZ A; 4JZT A; 5IW5 A; 3KVH A; 5DEQ A; 1K2E A; 1V8R A; 1VK6 A; 2A8Q A; 2FKB A; 3R03 A; 1RRQ A; 1SOI A; 4JZV A; 1V8T A; 2G74 A; 5ANT A; 4DYW A; 3J7Y e; 3X0N A; 4HVY A; 1PUQ A; 5ISY A; 2VNP A; 4K6E A; 5FSN A; 4S2Y A; 4J7G A; 1TUM A; 2B2K A; 3N9U A; 1SJY A; 1V8V A; 3GZ5 A; 4NFX A; 1V8S A; 2GT2 A; 5GHJ A; 3X0Q A; 1XSA A; 1G0S A; 3HHJ A; 2FVV A; 1Q54 A; 5GHP A; 3O8S A; 3BM4 A; 4ICK A; 4IJX A; 1NFZ A; 1X83 A; 2DSB A; 1QVJ A; 2QJO A; 3GG6 A; 3QSJ A; 5CFJ A; 3FSP A; 3SMD A; 5LPG A; 2A8S A; 1V8U A; 1MQW A; 2I6K A; 2RRK A; 3FCM A; 1R67 A; 3GZ8 A; 3O69 A; 5GHI A; 4YPH A; 4S2X A; 2KDW A; 1KT9 A; 2W4E A; 3ZR0 A; 1G9Q A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1JKN A; 3GRN A; 2B0V A; 3Q2T A; 1XSC A; 2FML A; 1PPX A; 3N77 A; 3F13 A; 3Q1P A; 1X51 A; 3EXQ A; 2GT4 A; 1Q27 A; 4KG3 A; 5GHQ A; 3ZR1 A; 1GA7 A; 3X0S A; 2DUK A; 5C7T A; 3P6Y A; 2QJT A; 2PQV A; 5C8L A; 3EES A; 3O6Z A; 1V8N A; 1VRL A; 3MDG A; 5HZX A; 4KYX A; 2A6T A; 2GB5 A; 2YVO A; 4N1U A; 1PPV A; 2ICJ A; 4C9X A; 5CFI A; 1K26 A; 2O5F A; 1SU2 A; 5FSM A; 4V14 A; 5C7Q A; 1X84 A; 3E57 A; 2O1C A; 3DUP A; 1I9A A; 1VHG A; 2KDV A; 4JZS A; 5ANS A; 3X0P A; 1NQZ A; 1MR2 A; 1IRY A; 3X0J A; 3U53 A; 2AZW A; 3DKU A; 3X0R A; 5ANU A; 3X0K A; 3CNG A; 5BON A; 1PUN A; 1RYA A; 3X0O A; 5BS6 A; 5FSO A; 1MQE A; 1MP2 A; 1XSB A; 3BHO A; 3F6A A; 2ICK A; 2QKM B; 3Q93 A; 5IW4 A; 3P5T A; 5GHM A; 2YVN A; 3ID9 A; 3A6T A; 4C9W A; 3G0Q A; 1HZT A; 1VCD A; 2CZR A; 3L85 A; 1V8Y A; 4N1T A; 1VC8 A; 3O52 A; 3Q2S A; 2R5W A; 1F3Y A; 1NFS A; 1U20 A; 3GWY A; 3X0I A; 1PPW A; 4S2V A; 3X0L A; 1KHZ A; 2YYH A; 1Q33 A; 1SZ3 A; 5ANV A; 1VIU A; 1PVF A; 2DHO A; 2XSQ A; 5I8U A; 2A8P A; 2I8U A; 2VNQ A; 1JRK A; 2A8T A; 2I8T A; 3O61 A; 3FK9 A; 4JZU A; 2B06 A; 3A6U A; 3SHD A; 2YVM A; 3SON A; 3GZ6 A; 3FFU A; 2YVP A; 4MPO A; 3MDI A; 4YOQ A; 4ILQ A; 1PUS A; 3OGA A; 3MCF A; 2JVB A; 1MK1 A; 2J8Q A; 2PNY A; 4YPR A; 5FSK A; 3A6S A; 2DSC A; 2Q9P A; 1OW2 A; 3I7V A; 5ANW A; 1MUT A; 5FSL A; 4J7H A; 4HFQ A; 2A8R A; 3Q91 A; 4KG4 A; 2O5W A; 5FSI A; 3EF5 A; 3AC9 A; 3I9X A; 3FJY A; 1RRS A; 3COU A; 3X0M A; 1NQY A; 3EEU A; 3RH7 A; 2G73 A; 3MGM A; 5GHO A; 4S2W A; 5DDG A; 1VIQ A; 1HX3 A; 3HYQ A; 3WHW A; 3A6V A; 4NFW A; 4ZG0 A; 2CL3 A; 3I7U A; 1VC9 A; 3ACA A; 1V8W A; 1V8L A; 3Q4I A; 5GHN A; 1V8I A; 4KTB A; 2DSD A; 1V8M A; 1KTG A; 5DPK A; 3H95 A; 5DD4 A; 3BAP A; 1VHZ A; 4JZT A; 5IW5 A; 3KVH A; 5DEQ A; 1K2E A; 1V8R A; 1VK6 A; 2A8Q A; 2FKB A; 3R03 A; 1RRQ A; 1SOI A; 4JZV A; 1V8T A; 2G74 A; 5ANT A; 4DYW A; 3J7Y e; 3X0N A; 4HVY A; 1PUQ A; 5ISY A; 2VNP A; 4K6E A; 5FSN A; 4S2Y A; 4J7G A; 1TUM A; 2B2K A; 3N9U A; 1SJY A; 1V8V A; 3GZ5 A; 4NFX A; 1V8S A; 2GT2 A; 5GHJ A; 3X0Q A; 1XSA A; 1G0S A; 3HHJ A; 2FVV A; 1Q54 A; 5GHP A; 3O8S A; 3BM4 A; 4ICK A; 4IJX A; 1NFZ A; 1X83 A; 2DSB A; 1QVJ A; 2QJO A; 3GG6 A; 3QSJ A; 5CFJ A; 3FSP A; 3SMD A; 5LPG A; 2A8S A; 1V8U A; 1MQW A; 2I6K A; 2RRK A; 3FCM A; 1R67 A; 3GZ8 A; 3O69 A; 5GHI A; 4YPH A; 4S2X A; 2KDW A; 1KT9 A; 2W4E A; 3ZR0 A; 1G9Q A;
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