The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
185
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sequence length |
511
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structure length |
511
|
Chain Sequence |
AHHHHHHMVNMETNETFALLDATRAFLAKPKQMLIGAEWSDAASGRQLDVVNPADGTVIARVPEADERDVQQAVAAARRAFDAGPWRTAKTTDRERLMLVLADLIEANARELAEIESLDNGKPVMVAQGLDVAMAAQCFRYMAGWATKIEGSVIDAGMPYLPDSEIFAYTRKEPVGVVGAIIPWNFPLLMAAWKIAPALATGCTVVLKPAEDTPLSALRLGELIQAAGFPDGVVNIVTGYGHTAGAALSRDPRIDKIAFTGSTQTGKTIGHAALDNMTRMSLELGGKSPVIVLPDVDLDKAAQGVANAIFFNQGQVCTAGSRAYIHSKVFDGVIERVAKIAASLKIGPGMDPATQIGPLVSAKQRERVCGYIDSGFGEGARAAAGGRAIDGPGFFVEPTVLVDTTQAMRVVREEIFGPVLVAMPFDDVDTAVQLANDTPYGLGASIWSNDLSAIHKLVPRIAAGTVWVNCHSLLDNALPFGGMKQSGFGRELGRAVIDQYTESKSVMMNYA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
X-ray crystal structure of a putative phenylacetaldehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia
rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
|
source organism |
Burkholderia cenocepacia
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molecule keywords |
Phenylacetaldehyde dehydrogenase
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total genus |
185
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structure length |
511
|
sequence length |
511
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chains with identical sequence |
B, C, D
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ec nomenclature |
ec
1.2.1.39: Phenylacetaldehyde dehydrogenase. |
pdb deposition date | 2013-12-19 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00171 | Aldedh | Aldehyde dehydrogenase family |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 | Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 | Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3N81 A; 3V9G A; 4DNG A; 4QTO A; 4ITA A; 2ONP A; 4I26 A; 4QYJ A; 3RHQ A; 4IT9 A; 5A2D C; 5KLO A; 1A4Z A; 3VZ0 A; 1UXT A; 3EK1 A; 2JG7 A; 2J6L A; 4I3U A; 1O04 A; 2BJA A; 4OUB A; 5AC1 A; 5JRY A; 4JZ6 A; 4WPN A; 5KLL A; 3K9D A; 3VZ2 A; 2EII A; 4OE4 A; 5L2M A; 3N80 A; 4OE6 A; 4I3T A; 3V9K A; 1O00 A; 4PXL A; 2D4E A; 3K2W A; 5F2C A; 4I3X A; 4ZXU A; 4CBB A; 1O01 A; 1AG8 A; 2J40 A; 4CAZ A; 4MPB A; 4WP7 A; 3V4C A; 1UXR A; 2W8P A; 3INL A; 5ABM A; 4LGZ A; 4GO2 A; 5L2N A; 4WB9 A; 2Y51 A; 1EYY A; 3VZ3 A; 1UXV A; 2J5N A; 1UXQ A; 4V3F A; 5EXF A; 3RHO A; 4H73 A; 2EIT A; 4FR8 A; 3U4J A; 4F3X A; 5KJ5 A; 4ZWL A; 1NZZ A; 5A2D A; 4I2R A; 3V9J A; 3RH9 A; 1QI1 A; 4V37 A; 3V9I A; 1NZX A; 1WND A; 4NEA A; 5EK6 A; 4ZUL A; 5J78 A; 5AC0 A; 2W8O A; 2XDR A; 4YWV A; 3ETF A; 3JU8 A; 2EJ6 A; 4QGK A; 5FHZ A; 4JBE A; 4X4L A; 2VLE A; 2WOX A; 4KWF A; 2EHU A; 2WME C; 3INJ A; 4FQF A; 4I1W A; 4I9B A; 4LH1 A; 3RHL A; 3N83 A; 3QAN A; 4PXN A; 4YWE A; 3JZ4 A; 4OE2 A; 1UXN A; 4I3V A; 5EKC A; 4OE5 A; 4LH0 A; 5A2D D; 5DRU A; 1VLU A; 5J7I A; 3PQA A; 4I8P A; 1KY8 A; 4QN2 A; 2Y53 A; 3RJL A; 2O2Q A; 2W8N A; 2OPX A; 4X2Q A; 4E4G A; 1UXU A; 2ILU A; 4ZUK A; 1QI6 A; 3V9L A; 4MPY A; 2BHP A; 5KF0 A; 1O20 A; 1UZB A; 4X0U A; 5EYU A; 5KLN A; 1WNB A; 3RHM A; 3RHR A; 3IWK A; 4OHT A; 4A0M A; 3PRL A; 3SZA A; 4NMK A; 1O9J A; 4YWU A; 4IHI A; 4L1O A; 3RHP A; 2HG2 A; 4JDC A; 2BHQ A; 2ONO A; 2ONN A; 4QET A; 5L13 A; 2W8R A; 1UXP A; 4O5H A; 4OGD A; 2ID2 A; 4QJE B; 3R31 A; 1A4S A; 1BI9 A; 3V9H A; 2VRO A; 4KWG A; 4GO3 A; 4Q92 A; 4L2O A; 5DBV A; 2EHQ A; 3ROS A; 3VZ1 A; 2O2P A; 3ZQA A; 5L2O A; 2Y52 A; 3N82 A; 1NZW A; 4X0T A; 3IWJ A; 1O02 A; 2EIW A; 1ZUM A; 3B4W A; 4GHK A; 4LH3 A; 5EUY A; 2EJD A; 2ONM A; 4IDS A; 2IY6 A; 2O2R A; 5KLK A; 4ZVY A; 3SZ9 A; 4NPI A; 3I44 A; 4QF6 A; 1O05 A; 4V3F C; 4ZVW A; 4NU9 A; 4DAL A; 1BPW A; 4I25 A; 4O6R A; 2EJL A; 4NMJ A; 4LH2 A; 4PZ2 A; 4E3X A; 1AD3 A; 4LEM A; 2QE0 A; 1EZ0 A; 2BJK A; 4ITB A; 4LIH A; 4C3S A; 4H80 A; 3RHJ A; 3RHD A; 4U3W A; 5J6B A; 3RHH A; 4I8Q A; 2EUH A; 5AC2 A; 2IMP A; 4OU2 A; 5EZ4 A; 4GO0 A; 4GNZ A; 4QJE A; 3EFV A; 4H7N A; 4ZZ7 A; 5KLM A; 4ZVX A; 4IYM A; 4PXL B; 2WME A; 3MY7 A; 4K57 A; 4I3W A; 4NS3 A; 1BXS A; 2W8Q A; 2H5G A; 3TY7 A; 4KNA A; 5DIB A; 1EUH A; 5EEB A; 1CW3 A; 4IDM A; 2Y5D A; 4GO4 A; 1T90 A; 2ESD A; 3SZB A; 3R64 A; 4WJ9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3N81 A; 3V9G A; 4DNG A; 4QTO A; 4ITA A; 2ONP A; 4I26 A; 4QYJ A; 3RHQ A; 4IT9 A; 5A2D C; 5KLO A; 1A4Z A; 3VZ0 A; 1UXT A; 3EK1 A; 2JG7 A; 2J6L A; 4I3U A; 1O04 A; 2BJA A; 4OUB A; 5AC1 A; 5JRY A; 4JZ6 A; 4WPN A; 5KLL A; 3K9D A; 3VZ2 A; 2EII A; 4OE4 A; 5L2M A; 3N80 A; 4OE6 A; 4I3T A; 3V9K A; 1O00 A; 4PXL A; 2D4E A; 3K2W A; 5F2C A; 4I3X A; 4ZXU A; 4CBB A; 1O01 A; 1AG8 A; 2J40 A; 4CAZ A; 4MPB A; 4WP7 A; 3V4C A; 1UXR A; 2W8P A; 3INL A; 5ABM A; 4LGZ A; 4GO2 A; 5L2N A; 4WB9 A; 2Y51 A; 1EYY A; 3VZ3 A; 1UXV A; 2J5N A; 1UXQ A; 4V3F A; 5EXF A; 3RHO A; 4H73 A; 2EIT A; 4FR8 A; 3U4J A; 4F3X A; 5KJ5 A; 4ZWL A; 1NZZ A; 5A2D A; 4I2R A; 3V9J A; 3RH9 A; 1QI1 A; 4V37 A; 3V9I A; 1NZX A; 1WND A; 4NEA A; 5EK6 A; 4ZUL A; 5J78 A; 5AC0 A; 2W8O A; 2XDR A; 4YWV A; 3ETF A; 3JU8 A; 2EJ6 A; 4QGK A; 5FHZ A; 4JBE A; 4X4L A; 2VLE A; 2WOX A; 4KWF A; 2EHU A; 2WME C; 3INJ A; 4FQF A; 4I1W A; 4I9B A; 4LH1 A; 3RHL A; 3N83 A; 3QAN A; 4PXN A; 4YWE A; 3JZ4 A; 4OE2 A; 1UXN A; 4I3V A; 5EKC A; 4OE5 A; 4LH0 A; 5A2D D; 5DRU A; 1VLU A; 5J7I A; 3PQA A; 4I8P A; 1KY8 A; 4QN2 A; 2Y53 A; 3RJL A; 2O2Q A; 2W8N A; 2OPX A; 4X2Q A; 4E4G A; 1UXU A; 2ILU A; 4ZUK A; 1QI6 A; 3V9L A; 4MPY A; 2BHP A; 5KF0 A; 1O20 A; 1UZB A; 4X0U A; 5EYU A; 5KLN A; 1WNB A; 3RHM A; 3RHR A; 3IWK A; 4OHT A; 4A0M A; 3PRL A; 3SZA A; 4NMK A; 1O9J A; 4YWU A; 4IHI A; 4L1O A; 3RHP A; 2HG2 A; 4JDC A; 2BHQ A; 2ONO A; 2ONN A; 4QET A; 5L13 A; 2W8R A; 1UXP A; 4O5H A; 4OGD A; 2ID2 A; 4QJE B; 3R31 A; 1A4S A; 1BI9 A; 3V9H A; 2VRO A; 4KWG A; 4GO3 A; 4Q92 A; 4L2O A; 5DBV A; 2EHQ A; 3ROS A; 3VZ1 A; 2O2P A; 3ZQA A; 5L2O A; 2Y52 A; 3N82 A; 1NZW A; 4X0T A; 3IWJ A; 1O02 A; 2EIW A; 1ZUM A; 3B4W A; 4GHK A; 4LH3 A; 5EUY A; 2EJD A; 2ONM A; 4IDS A; 2IY6 A; 2O2R A; 5KLK A; 4ZVY A; 3SZ9 A; 4NPI A; 3I44 A; 4QF6 A; 1O05 A; 4V3F C; 4ZVW A; 4NU9 A; 4DAL A; 1BPW A; 4I25 A; 4O6R A; 2EJL A; 4NMJ A; 4LH2 A; 4PZ2 A; 4E3X A; 1AD3 A; 4LEM A; 2QE0 A; 1EZ0 A; 2BJK A; 4ITB A; 4LIH A; 4C3S A; 4H80 A; 3RHJ A; 3RHD A; 4U3W A; 5J6B A; 3RHH A; 4I8Q A; 2EUH A; 5AC2 A; 2IMP A; 4OU2 A; 5EZ4 A; 4GO0 A; 4GNZ A; 4QJE A; 3EFV A; 4H7N A; 4ZZ7 A; 5KLM A; 4ZVX A; 4IYM A; 4PXL B; 2WME A; 3MY7 A; 4K57 A; 4I3W A; 4NS3 A; 1BXS A; 2W8Q A; 2H5G A; 3TY7 A; 4KNA A; 5DIB A; 1EUH A; 5EEB A; 1CW3 A; 4IDM A; 2Y5D A; 4GO4 A; 1T90 A; 2ESD A; 3SZB A; 3R64 A; 4WJ9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3N81 A; 3V9G A; 4DNG A; 4QTO A; 4ITA A; 2ONP A; 4I26 A; 4QYJ A; 3RHQ A; 4IT9 A; 5A2D C; 5KLO A; 1A4Z A; 3VZ0 A; 1UXT A; 3EK1 A; 2JG7 A; 2J6L A; 4I3U A; 1O04 A; 2BJA A; 4OUB A; 5AC1 A; 5JRY A; 4JZ6 A; 4WPN A; 5KLL A; 3K9D A; 3VZ2 A; 2EII A; 4OE4 A; 5L2M A; 3N80 A; 4OE6 A; 4I3T A; 3V9K A; 1O00 A; 4PXL A; 2D4E A; 3K2W A; 5F2C A; 4I3X A; 4ZXU A; 4CBB A; 1O01 A; 1AG8 A; 2J40 A; 4CAZ A; 4MPB A; 4WP7 A; 3V4C A; 1UXR A; 2W8P A; 3INL A; 5ABM A; 4LGZ A; 4GO2 A; 5L2N A; 4WB9 A; 2Y51 A; 1EYY A; 3VZ3 A; 1UXV A; 2J5N A; 1UXQ A; 4V3F A; 5EXF A; 3RHO A; 4H73 A; 2EIT A; 4FR8 A; 3U4J A; 4F3X A; 5KJ5 A; 4ZWL A; 1NZZ A; 5A2D A; 4I2R A; 3V9J A; 3RH9 A; 1QI1 A; 4V37 A; 3V9I A; 1NZX A; 1WND A; 4NEA A; 5EK6 A; 4ZUL A; 5J78 A; 5AC0 A; 2W8O A; 2XDR A; 4YWV A; 3ETF A; 3JU8 A; 2EJ6 A; 4QGK A; 5FHZ A; 4JBE A; 4X4L A; 2VLE A; 2WOX A; 4KWF A; 2EHU A; 2WME C; 3INJ A; 4FQF A; 4I1W A; 4I9B A; 4LH1 A; 3RHL A; 3N83 A; 3QAN A; 4PXN A; 4YWE A; 3JZ4 A; 4OE2 A; 1UXN A; 4I3V A; 5EKC A; 4OE5 A; 4LH0 A; 5A2D D; 5DRU A; 1VLU A; 5J7I A; 3PQA A; 4I8P A; 1KY8 A; 4QN2 A; 2Y53 A; 3RJL A; 2O2Q A; 2W8N A; 2OPX A; 4X2Q A; 4E4G A; 1UXU A; 2ILU A; 4ZUK A; 1QI6 A; 3V9L A; 4MPY A; 2BHP A; 5KF0 A; 1O20 A; 1UZB A; 4X0U A; 5EYU A; 5KLN A; 1WNB A; 3RHM A; 3RHR A; 3IWK A; 4OHT A; 4A0M A; 3PRL A; 3SZA A; 4NMK A; 1O9J A; 4YWU A; 4IHI A; 4L1O A; 3RHP A; 2HG2 A; 4JDC A; 2BHQ A; 2ONO A; 2ONN A; 4QET A; 5L13 A; 2W8R A; 1UXP A; 4O5H A; 4OGD A; 2ID2 A; 4QJE B; 3R31 A; 1A4S A; 1BI9 A; 3V9H A; 2VRO A; 4KWG A; 4GO3 A; 4Q92 A; 4L2O A; 5DBV A; 2EHQ A; 3ROS A; 3VZ1 A; 2O2P A; 3ZQA A; 5L2O A; 2Y52 A; 3N82 A; 1NZW A; 4X0T A; 3IWJ A; 1O02 A; 2EIW A; 1ZUM A; 3B4W A; 4GHK A; 4LH3 A; 5EUY A; 2EJD A; 2ONM A; 4IDS A; 2IY6 A; 2O2R A; 5KLK A; 4ZVY A; 3SZ9 A; 4NPI A; 3I44 A; 4QF6 A; 1O05 A; 4V3F C; 4ZVW A; 4NU9 A; 4DAL A; 1BPW A; 4I25 A; 4O6R A; 2EJL A; 4NMJ A; 4LH2 A; 4PZ2 A; 4E3X A; 1AD3 A; 4LEM A; 2QE0 A; 1EZ0 A; 2BJK A; 4ITB A; 4LIH A; 4C3S A; 4H80 A; 3RHJ A; 3RHD A; 4U3W A; 5J6B A; 3RHH A; 4I8Q A; 2EUH A; 5AC2 A; 2IMP A; 4OU2 A; 5EZ4 A; 4GO0 A; 4GNZ A; 4QJE A; 3EFV A; 4H7N A; 4ZZ7 A; 5KLM A; 4ZVX A; 4IYM A; 4PXL B; 2WME A; 3MY7 A; 4K57 A; 4I3W A; 4NS3 A; 1BXS A; 2W8Q A; 2H5G A; 3TY7 A; 4KNA A; 5DIB A; 1EUH A; 5EEB A; 1CW3 A; 4IDM A; 2Y5D A; 4GO4 A; 1T90 A; 2ESD A; 3SZB A; 3R64 A; 4WJ9 A;
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