5A69A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-pugnac
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
624
structure length
585
Chain Sequence
RFTGLSLKQTQAIEVLKHISLPVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNRLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKIDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 231
structure length 585
sequence length 624
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a69A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a69A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a69A01
4TTGA 1W9BM 1PIGA 1W3LA 2EBNA 3MO4A 4JZ5A 2XM2A 3CZEA 3W53A 1RH9A 2XVLA 3OZOA 4U31A 2OSXA 2QV4A 3NSMA 1HJXA 3PZQA 2DPEA 1IV8A 1EHNA 3QHNA 1V3LA 3B8SA 1JXKA 2DIJA 2WK2A 1BYCA 4E2OA 1E1EA 1WZAA 2J8FA 3CUIA 1V6UA 2QMKA 4YHGA 4Y7EA 3TP4A 1OWQA 3RM9A 2CKRA 2Y24A 2XVKA 1GOQA 3QHMA 4B3KA 3SCRA 1VFUA 1JXJA 5HPCA 2GJXA 3ZT5A 2WWDA 4CU6A 4HMEA 3GXMA 3WBAA 4A3HA 1DWHM 4E8CA 3TONA 4HA1A 3BH4A 3AIEA 1HKJA 1SFSA 5CSYA 4PCTA 5CLTA 1GJWA 2QPSA 2BXYA 3G6MA 3M46A 3VUPA 1E6RA 1IT0A 2YDQA 1DHKA 3W25A 2XGIA 3WUGA 1ZBKA 1B3XA 3WF2A 1PAMA 1G01A 3ZJ6A 1RPKA 1DWGM 2WHJA 4ATDA 2WVVA 3GTNA 2OSYA 2XJ7A 3BSHA 3PZIA 4KGLA 1DP0A 3MV01 4S3KA 3FW6A 3MUIA 4P7NA 2XYLA 2CHNA 4JKMA 1JAKA 5DMYA 3SUTA 2BHZA 3WH7A 2DSZA 4UFKA 1NOWA 1VBRA 5FL0A 1JZ6A 2WVUA 8CGTA 1V0KA 1JYWA 1UYQA 1JZ8A 1OT1A 4J3UA 1YHTA 1XH0A 3ALFA 2PWGA 2W91A 4C7DA 5GQBA 5A6BD 4P7QA 4PBGA 4MTVA 1KFWA 1ISWA 1JZ3A 3BC9A 1C8YA 2VX7A 4XB3A 1UWIA 4AYSA 4W7VA 4BZYA 1ZBVA 2JFEX 4QLJA 1XSIA 3W0KA 1J0HA 1VFOA 2WZHA 3KWXA 4HU0A 3K46A 4D1IA 3DHUA 4CN6A 1BFNA 3T08A 2ZX9A 4CN1A 1QW9A 4F8XA 5A2BA 3MSGA 3HN3A 2WZEA 3VX0A 1QI2A 4EE9A 1EXPA 1JFHA 2G4FA 3FN9A 4NRSA 5E6ZA 1HL9A 3FNDA 1GNXA 2PI6A 4URIA 1Q6GA 3AIRA 2Y5EA 2OWXA 3LPPA 1N82A 4GO9A 4DUXA 4CU8A 3PTQA 2C7FA 1TZ7A 3AMLA 5A8MA 1CXEA 1WZMA 8A3HA 2VCAA 3WNMA 2YOCA 2OYKA 1BQCA 5I79A 3WMCA 1MXDA 2GDVA 1UWRA 4B9YA 1E5JA 3VGBA 5IFPA 2JIWA 4X9YA 5HNNA 4HOXA 4B15A 4B3LA 3F5JA 1BAGA 4UQEA 2ZUSA 5BXSA 3VDAA 4HP5A 2FH8A 1C3FA 1KBBA 1CECA 1UD6A 1V02A 1GQKA 3AISA 1HJVA 1HKKA 1UWSA 1FHDA 3U5YA 1AVAA 5I78A 1C92A 3WDQA 2WSKA 4W5ZA 2XGBA 1GORA 1PZ2A 4QLKA 2WMFA 1H41A 5BRPA 1X6LA 4QFUA 3AZSA 4TTUA 3RO8A 1KXTA 3WDIA 3WEOA 4GXPA 5ABFB 5I5RA 1BF2A 5CXPA 4AZBA 2WPGA 2ZUWA 1HP4A 4PUDA 1Q6EA 1JYXA 2DT2A 4W93A 4K68A 4UQAA 4H41A 1XHGA 3WEMA 4OBRA 2ZX6A 2A3EA 4UQBA 1K9TA 5CZKA 4P8XA 1HKIA 2BXZA 3ARRA 4ACZB 2C0HA 1DWIM 3OGVA 3F5KA 1CDGA 1R85A 2D2OA 3THCA 1BVNP 5TD4A 5E09A 4OBSA 1W9DM 2PB1A 3K8MA 1LWJA 2J7HA 3VGHA 2CEQA 2VZSA 4ZFMA 3W26A 3W6LA 1WCGA 1US3A 1WP6A 4PMZA 2WC4A 3VIIA 1W9VA 4IISA 1NWTA 1VJZA 5CJ5A 3WDJA 3WFLA 1J0YA 3PZUA 4AW7A 5GNYA 3ZJKA 1GOKA 1HIZA 5ECUA 3VIKA 2ZX8A 3OLEA 5I23A 1NOFA 1G1YA 4PSRA 1GOMA 1HT6A 2O9TA 1B90A 4V27A 4CCEA 4IPLA 4BQ3A 1R87A 5M5DA 3AICA 4V28A 3KEHA 5IFTA 5I6SA 2BHYA 3VIPA 2D0FA 5IHRA 1M03A 3WF4A 3VU2A 3F4VA 1UG6A 3AMGA 1JI1A 3WF3A 3CUJA 3SCOA 2VX6A 4P7RA 3J7HA 4GPNA 2ZX7A 3ZR6A 4JKLA 2W92A 2X0HA 3BCDA 2CBJA 2Y8VA 1W2VA 3WIJA 1D2KA 3WENA 1CXIA 4QCFA 5CGTA 4ML4A 4F9DA 3AS3A 4S3JA 3WUBA 5I3DA 4W89A 1E5NA 4YN5A 3CO4A 1J9YA 3A4AA 2J7BA 1UKOA 1CGWA 2JEPA 3L4YA 2VO5A 3EDFA 3CUGA 1NARA 1ODZA 3MUZ1 3VTRA 2EPKX 4AD4A 2J74A 4AZGA 4L4OA 3L4WA 2WWCA 1UH3A 1JZ4A 2BVDA 3ZO9A 3VGDA 1CGTA 3CBWA 3GXDA 4GO8A 4JAWA 1C93A 4WKAA 3ZJ8A 1PIFA 1K9EA 3ZOAA 2WMIA 1E4NA 1HP5A 4H2CA 3BCFA 1OINA 2VQUA 1LF1A 1EOKA 3TTQA 3L4XA 2E8YA 3ZT7A 1QBBA 1JYNA 3IJ8A 1FFRA 1OGGA 2E40A 1KGUA 3GBDA 4GI8A 3PZ9A 1V3IA 1OBAA 3ZQ9A 5I0DA 2IXVA 3W82A 4CCCA 1L8NA 1E9LA 4ATLA 1TA3B 1CZ1A 2WANA 2X0YA 4RE3A 3LMYA 1PEZA 1W3JA 3DYPA 3K4DA 1V0MA 1HKMA 2Z1KA 2DEPA 2WAGA 2CNCA 4MNLA 3UG5A 4H8UA 4XZWA 2CCRA 2WSPA 2W4XA 3A4WA 1MW1A 1O7AA 4C7GA 4NI3A 2ZXAA 3GBEA 3W24A 2WMHA 5A6BA 4V2XA 3RPMA 3AIUA 3ARTA 4UFMA 2WBGA 4UOZA 4U3AA 5D9OA 1FA2A 1HJSA 1WZLA 4UFIA 1KQYA 1OD0A 2WMKA 1BG9A 1GCYA 3BAIA 3L2MA 4Z2HA 4QDMA 5A8QA 3RM8A 2VVNA 2G3IA 1NP2A 3CHFA 5EB8A 3VGGA 3JUGA 1KR1A 2IUZA 1E73M 3GH4A 4CD5A 4PTXA 3AZTA 3WL0A 3W28A 1YQ2A 4A4AA 4QAWA 2GVYA 3PBGA 1LL7A 1E43A 2EEXA 1JYVA 4BA0A 1EO5A 2GUYA 3OIHA 4DWSA 3WUEA 1NOUA 4GKLA 3W27A 1BLIA 1ITXA 1KBKA 2ZOXA 5A95A 2E9LA 3WH6A 1H11A 4MNMA 4XX6A 2VJXA 5CLWA 3U7VA 1KXHA 1JGIA 1JL8A 3RMEA 1CIUA 1B3ZA 2FGLA 4D6JA 3TTSA 2D23A 1H1NA 4PCSA 2EPMX 4HOWA 3N12A 2UY5A 4JCMA 3CMJA 4FLQA 5IDIA 4F66A 2J8GA 4E8DA 1XV8A 1DWFM 3EDKA 3EDJA 3EMZA 1SMDA 2UY2A 1E3ZA 1OIMA 3WD2A 5A8PA 3AXHA 4BS0A 1E71M 1QNQA 3AZRA 3TTOA 4PYSA 1GHRA 3UESA 3WNOA 2QLYA 4Z2LA 5A6LA 1WDRA 3E1F1 2WKLA 4W86A 5JIWA 1JIBA 1X1NA 2VT0A 5ABGA 2BY2A 4CD4A 3VIJA 4MPKA 3PTMA 1ZS2A 1UH2A 2QF8A 4WKHA 3UG4A 3PZTA 2D0GA 2VVSA 2V3FA 2BY0A 3VMNA 1B31A 1EDTA 1KCLA 2Y8KA 1CXHA 4L4PA 4BQ5A 4J3XA 3LPFA 4AEFA 5AYBA 5GPRA 4MAVA 2YDSA 1B3VA 1L0PA 3EDEA 1ESWA 3PZOA 1AQ0A 4GI6A 3ZIZA 4MB4A 3VINA 4PMRA 1GVIA 1CGUA 1UKSA 1K6AA 1E6XM 4GI9A 4HU8A 3POHA 3T0BA 2VCBA 1NH6A 1GOIA 4CD6A 4GIAA 4TVCA 3G6LA 4OOZA 2C8NA 2WM0A 4PMVA 4UQ9A 2GJXB 1H49A 1QHPA 4P8VA 1KWGA 1CGYA 3FAWA 4JCLA 5IXEA 1XCWA 3AMKA 3ARWA 1B9ZA 1NWUA 3QOKA 5C70A 3VMOA 4FK9A 3L4TA 1KR0A 3UEQA 4W84A 4UZSA 3AI0A 2XSAA 4CD7A 2ZUTA 1GQJA 3VO0A 3BAXA 3PZVA 2J47A 1FP8A 4HPGA 1GHSA 4GZEA 1UR0A 3N15A 4D72A 1NQ6A 2BS9A 3W37A 3WMBA 1CXFA 3MMDA 2WVVB 1VJSA 5DEZA 3ZJ7A 1QNOA 1I75A 2B31A 2G8ZA 4MJ4A 1W3KA 2CYGA 4D71A 1GW1A 4PTMA 1OM0A 5JBFA 3PN8A 3DYMA 4Q22A 4PMOA 2FH6A 2V5CA 2WMGA 3L2LA 1E0WA 3O9NA 2J4GA 2ZIDA 3IANA 5A2AA 3I3BA 1VEPA 4BF7A 1PJ9A 1GOWA 1J12A 3GNPA 3SIMA 4AD2A 3ARQA 1FH7A 3LPOA 1E4LA 3WELA 2ZXDA 3WDRA 4AZHA 4JFWA 2W63A 1UD4A 4HMCA 4AZCA 3UR7A 1VENA 1KGXA 3AIWA 2Y4SA 5D9MA 1HXJA 1WAWA 3RJXA 2VCCA 4IPNB 4NF7A 2YIHA 4PEEA 4PTVA 3MUY1 4UFHA 1E6PA 3MANA 5ABHA 3B9AA 1V6YA 1SR0A 4R5EA 1E4IA 4CGTA 3A3HA 1K9DA 4CD8A 4HZ6A 1LG2A 1WE5A 1Q6CA 3VPLA 5DO8A 1FFQA 5A6AA 4N42A 1OIFA 4UOQA 1VIWA 4AC1X 4NSBA 4EKJA 3VMPA 2DGAA 1UWQA 2DSVA 4OJYA 2BNJA 3SCUA 3GXFA 1OT2A 3N13A 5AC4A 4TX8A 3N1AA 2F61A 2AAAA 3DYOA 1M7XA 3UG3A 2MANA 3CIVA 4MDPA 1PZ3A 3WH9A 3AMCA 3AHVA 1GQIA 1LL6A 1JAEA 4JFUA 1E15A 2FGZA 4DWSD 4PN2A 1ISYA 2D3LA 1GUVA 3BMWA 2DIEA 3WSUA 1CENA 1JDDA 3FY1A 3WDHA 3WKZA 4LYPA 1W1PA 2UWFA 2EPOA 5CGMA 2YL6A 5DT7A 3KE0A 1E6SM 4DUWA 1QHOA 1JZ5A 2EPLX 2CBUA 2J25A 2JEQA 1X6NA 3OB8A 5E6YA 3AROA 1FH9A 3MS8A 3BLPX 4JIEA 4PUEA 4AMCA 5A69A 4AD1A 3VNZA 1MQQA 4HMDA 1BSIA 1R8LA 3SCQA 5HPOA 2CERA 3VM5A 3OG2A 4XUYA 2QHAA 1J11A 3KZSA 2Q8XA 4OOUA 7A3HA 4W88A 1E3XA 3BGAA 2VZOA 1UWUA 1WZKA 3ZT6A 4FLSA 4BQ4A 2X09A 2J62A 1M04A 1MYRA 3N04A 1I1XA 5A2CA 2Y2WA 2VRQA 5JBDA 1OD8A 1PX8A 3ZR5A 2VZUA 3O2LA 1W1YA 1BPLB 2E3ZA 2WC7A 5AYIA 3CZKA 3IAPA 1JG9A 3PZNA 4LYRA 3GDBA 1E6NA 2CPUA 2XUCA 2V3DA 3MU7A 1GPFA 4JHZA 4PMYA 2VR5A 2F2HA 4QCEA 3ARYA 1C8XA 2WLYA 1W9UA 3RJYA 2VC9A 3WBEA 1VBUA 1UH4A 4LXFA 4AZ5A 3WQVA 5E0CA 3BSGA 1AQMA 1CXLA 2WHLA 3VDHA 2XIIA 3I3EA 2PWDA 4M24A 5D9NA 3A47A 3CH9A 3AQUA 1QI5A 2OLHA 1QNPA 3TTYA 5E9AA 2UY3A 4U3CA 5D8WA 5M03A 1QI0A 4FLOA 1OGBA 2FDMA 5A3HA 4P8WA 4UZUA 1LQ0A 2BFGA 3GYCA 3VIHA 3VGFA 1B1YA 4IUGA 2VI0A 1ZJBA 1B3WA 3UERA 1VFMA 1LWHA 4ATWA 5BXPA 1EQPA 1E40A 5BCAA 1M01A 3OLDA 4ZXLA 1NWSA 3T2OA 3CPUA 2WXDM 3WD4A 4TVUA 1Z32X 4D6IA 1MQRA 1XYFA 4M82A 4W87A 1HX0A 3UR8A 1CLVA 3M07A 3WUFA 4CCDA 3AJ7A 3SURA 1JI2A 1KB3A 2VR4A 1BTCA 1QNRA 4LQ1A 3AYSA 4WK9A 1XC6A 3GM8A 3WH5A 2PF0A 2WBKA 1Q6DA 2ZE0A 2XFRA 4TXEA 1FHLA 4ZEPA 5JUVA 5DT5A 1K9FA 1DEDA 4AIOA 1B0IA 2A3AA 3SCSA 4PMUA 4P7LA 4U33A 1H5VA 1E72M 1WDSA 2WMIB 1MW0A 3CHDA 4OIFA 3IJ9A 3NUKA 3VIFA 3SCVA 2J77A 2PC8A 3VOCA 3FHQA 3OGRA 4UR9A 2NW0A 1E55A 4WIWA 3M7SA 3OLIA 4AD0A 3T0AA 1LLOA 4ACYA 3SCTA 2BVTA 4MNKA 1FH8A 2ZUVA 4PMNA 3VKKA 1C8QA 4JL2A 1XH1A 5ABEA 2TAAA 2CITA 2XFFA 1OCQA 4HZ8A 3ZSSA 5A6JA 4GINA 2WMJA 4J3TA 1CXKA 2OWWA 4PMXA 1VB9A 3F5LA 3VD5A 3NDYA 5EFFA 2J7DA 3AS0A 3MSDA 2D24A 1E0VA 4CKQA 4MB5A 3SCWA 4DUVA 2DQXA 1JZ2A 3WD1A 6A3HA 5FKYA 1JNDA 2FHFA 1KWKA 3VIOA 3GZAA 4A3YA 1TE1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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