5A6AA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with ngt
Total Genus 248
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
248
sequence length
622
structure length
620
Chain Sequence
TGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYAKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 248
structure length 620
sequence length 622
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6aA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6aA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6aA01
3EDDA 3BAYA 4UQDA 2WB5A 4BZYA 1IZJA 4PTMA 3CZ8A 1G1YA 1E73M 4OBRA 1BF2A 5DMYA 1VAHA 2J47A 1CDGA 1VJZA 4P7RA 4PCTA 3ZT7A 5IFTA 3ARQA 3SCVA 1E5JA 5C71A 2XVKA 3VDAA 3T09A 1WZLA 8CGTA 4TX8A 3WDHA 3WDIA 3BAJA 2ZUVA 3RDKA 4PEEA 3MMDA 4D6HA 1CXIA 1ZU8A 1HJVA 1V3HA 4UR9A 3N04A 2ZUNA 2XFFA 3NIYA 3SURA 4X0NA 2CHNA 1KBBA 1Z32X 2YL6A 1KXQA 1W3HA 4C7DA 1JD9A 4KRUA 2XFYA 4AIEA 3AMKA 5HDRA 1TZ7A 2GJXA 3LPGA 2ZWZA 3CGTA 4NF7A 1V6WA 2VZTA 7A3HA 3SUVA 1EDGA 5TD4A 2OSWA 1HP4A 4PUEA 2XVGA 2D2OA 1QBAA 3PZIA 5AC5A 3OG2A 3FNDA 2XVNA 4UFIA 2JIEA 2WC3A 2QPUA 3OLIA 1MQPA 1UR9A 2CBIA 2BFGA 1MYRA 1MW2A 1J11A 1MVYA 1SMAA 1LF1A 1R7AA 1B3YA 1OD0A 2WMIB 3SCPA 3NDZA 3ECQA 3N1AA 1XCWA 4D6IA 4E4PA 1GOQA 3BMWA 1DP0A 2C8NA 3AS0A 2WVSA 2BVDA 5IFPA 1GORA 1BHGA 3VX1A 5A8MA 1RPKA 2VTFA 1QHPA 1JZ4A 2C7FA 2PC8A 3WD0A 1TCMA 3AHVA 2XIBA 4P8WA 4HA1A 1YQ2A 3GXMA 1V3LA 1XYZA 3THCA 2Y24A 3EBVA 3IAQA 4B9YA 4D1IA 3IANA 4W86A 2VRQA 1WP6A 3UR8A 3MUIA 4MB1A 1TVNA 3TTOA 2FHCA 2XSBA 3A4XA 2WMKA 4CU8A 4M80A 1E40A 3RPMA 3GNRA 1BGGA 2OSYA 3U7BA 4TOQA 3WL1A 2JIWA 1H4PA 1TE1A 4GZIA 3WDPP 3VO0A 3BCFA 4D6FA 1B9ZA 3GH5A 5A2BA 2ZE0A 4WSKA 3SUTA 1NM9A 1ISZA 1KBKA 4W7VA 3KEHA 3W24A 3IK2A 1WZKA 2G4FA 1U30A 5CZKA 2UY3A 1QNQA 2RGMA 3WQ6A 2YOCA 5KZ6A 1X6NA 1JD7A 1JGIA 2IXUA 3WNNA 2UY4A 2ZICA 2CESA 1LLOA 1VEMA 3RJYA 4ML4A 3ZMRA 1BAGA 2GUYA 1H2JA 3PZQA 2NW0A 3WF1A 3K8LA 1JYWA 4R5EA 4S3KA 1MW1A 3WF2A 2DT3A 3ZIZA 4U3AA 5M03A 1R8LA 5ECUA 3AIWA 3VGHA 2WCAA 3AMDA 2GDVA 1HJWA 1QHZA 4KWUA 3K8KA 1E6QM 3EDJA 5C70A 1FP9A 2FHBA 3CMJA 1ESWA 1OT2A 2D23A 4Z2GA 1V3MA 4CUCA 1GNXA 3TTSA 4QDMA 4Z2KA 4JL1A 1UH2A 2NT0A 3ZQ9A 7TAAA 4Z2LA 3ALGA 3ARWA 5BXTA 4URIA 1UQZA 2EPLX 3W6MA 2VRJA 5AY7A 1QNPA 3WDJA 3F5LA 4K68A 3CH9A 5M3WA 1EIBA 4P7LA 1ZBKA 3K4AA 4QLLA 4FK9A 4CKQA 5DO8A 2QV4A 2E8YA 1ZL1A 2PWHA 4H8UA 3N12A 2W5FA 2OWCA 3D5HA 1UZ1A 1HJUA 2VC9A 3CO4A 5HPOA 3G6MA 3DHPA 4WLCA 4P8UA 3WSUA 1CXFA 1W3KA 1UWUA 1K9TA 1V03A 2X8RA 1Q6EA 3TP4A 1EQPA 2OYKA 5A8OA 4H2CA 1WE5A 4PBGA 2AAAA 1E3XA 1US3A 5D9NA 2DSWA 3WH8A 1GQKA 1SR0A 1QOXA 1V6XA 4QAWA 3BC9A 2WHMA 2ZX9A 4AD0A 1VFOA 3ARTA 4MNKA 3VD5A 2W61A 1ITXA 1BVZA 2WVVB 3VDCA 3PZOA 1E9LA 1GOMA 1BTCA 1UKQA 4PN2A 4W8AA 3W4RA 1J18A 3AHYA 3QHMA 4D71A 3VGEA 3AXHA 4ACYA 4FF5A 2PI6A 2XGBA 3PZMA 4CVWA 1HT6A 2A3AA 1GOOA 1A3HA 4M24A 2CETA 1NWUA 2YIHA 1K9EA 3WELA 1LL4A 3FAWA 1QI2A 3HU7A 1Y7VA 2WZHA 2W91A 3T0DA 5DF0A 5A95A 1V0MA 2WAGA 4F79A 1DWJM 3PHAA 1DWGM 4DWSD 2DH3A 4R27A 4M1RA 1XCXA 3MS8A 4AIOA 2A3BA 2YL5A 3RM4A 3T0AA 3L4YA 3POHA 4AWEA 3SUSA 2JFEX 1V02A 2EEXA 2WMIA 1E6NA 1UA7A 3BLKA 1XGZA 1ISXA 3OIHA 4H7VA 3THDA 2CIPA 2EPKX 2C0HA 2WC7A 1J0JA 1V3KA 2J7GA 3K8MA 1SFSA 4WKAA 1W2PA 1XSIA 2J62A 2QPSA 5DT5A 2VCBA 1E1FA 2FDMA 2J7HA 2G3JA 1ITCA 2PWEA 1GJWA 1WCGA 1JG9A 2OSXA 1BLIA 1JYNA 4UQ9A 1LQ0A 2DDXA 1U2YA 1AVAA 3AZRA 4B16A 4CU7A 4WKHA 1HL9A 4J27A 5EFFA 1PPIA 4C7FA 4AD1A 5BROA 1LG1A 3QGVA 4J3TA 4TXEA 3F5JA 3AIQA 5AYBA 1I75A 1UHVA 1UR0A 2VCCA 1JDDA 4UFHA 4CCEA 4D6GA 1XD0A 2G3IA 4W8LA 2XGIA 2F8QA 3AICA 3J7HA 4PMNA 3LPFA 2PBOA 1EXPA 1E4IA 2E9MA 3PTKA 1CXKA 1V6YA 4QFUA 1W9PA 3IJ8A 5CLWA 3WN6A 2WSPA 3JUGA 2XWEA 2DIJA 6CGTA 1TR1A 2E8ZA 3VIKA 4RE2A 1PX3A 5GQBA 3UETA 2OLHA 5JBEA 2PBGA 4J7RA 3N18A 5GNZA 3NUKA 4Z2JA 1XC6A 3CZGA 5A6SA 5FCZA 4P8VA 3EDEA 1HJXA 5D8ZA 5CG0A 1XH2A 4BQ4A 1KWKA 3ZJKA 4ZXLA 2GDUA 4ATLA 1W3JA 1E70M 2XHYA 3AIBA 3WQVA 1EO5A 2Y4SA 2W66A 3WUEA 3VD9A 3I3DA 1WDPA 2XFRA 1XD1A 2ESCA 3I3BA 1BPLB 2XTKA 1XH0A 4U5IA 3CZLA 2GJPA 3OGRA 1E0VA 1OD8A 1W32A 1WO2A 3QOKA 2GK1A 3EDFA 4WF7A 3WD3A 2PWDA 5ABHA 2ZWYA 1HKIA 4AZ7A 4JFVA 4KGJA 1QI5A 1PJ9A 3M46A 2CITA 3A3HA 5ABEA 1CYGA 2DSUA 1W1YA 4AZCA 3CZKA 3BAIA 1H41A 3VGBA 1ECEA 4KGLA 4X9YA 4UQEA 1TFVA 3RO8A 3W82A 1V08A 5E70A 5A3HA 3VNYA 4XZWA 4HTYA 3NCOA 3W53A 1E43A 3CLWA 2E9LA 1W2VA 3DC0A 2ZUMA 1HJSA 2XPKA 3AOFA 4V27A 2WXDM 2W63A 4N42A 1UWTA 4H8VA 4UZSA 3U5UA 1OM0A 2VCAA 1JYXA 4W93A 2ZXDA 3GYCA 2WMHA 4X0VA 4PMZA 4BQ5A 1TG7A 1ZBWA 5C8BB 5E6ZA 1ZBCA 1NQ6A 5I24A 2ZXBA 2BHZA 2J7BA 3RJXA 4CD5A 2WMGA 5IHSA 2HISA 2PB1A 3O6AA 1PIFA 2VVNA 1TMQA 1KWGA 2D3NA 4ATDA 1UZ4A 2WVVA 4NRRA 4W88A 3WMBA 5CPQA 1LL7A 3AIEA 2E3ZA 1KGUA 4AW7A 4GQQA 2XVLA 1C7TA 4DUWA 1CGXA 4UQCA 3OGVA 1W9BM 1EOKA 4HA4A 3VPLA 1QI0A 2EJ1A 4E8DA 3TONA 4LGXA 4OZOA 1QI4A 4CD4A 1K9FA 1DWFM 1UR2A 5BXPA 1KGWA 1JDAA 1BFNA 2X1IA 3SCUA 4W84A 2ZX6A 3F5KA 1KQYA 1K6AA 3MKKA 4IISA 3WQ5A 1W1PA 1W9XA 2ZX7A 4DM1A 1H49A 1KB3A 3RMEA 1EHNA 2WMJA 4ZE4A 1ODUA 5LA1A 2VVSA 1KR1A 2BVTA 4D6EA 3RILA 4YHEA 3CTTA 4WSJA 2WC4A 4QCEA 4AYSA 2YA0A 2CBVA 2V5DA 2G41A 4HOWA 2YL9A 1JF5A 1VEPA 5CPTA 4JZ5A 3AMLA 5A8NA 4LYRA 4CN4A 1CGTA 4MDOA 3SUUA 1OSEA 4PTXA 5FIPA 4U2ZA 3AQUA 5E09A 1GQLA 3II1A 1R86A 3GTNA 1VRXA 4JKLA 1E4LA 3L4ZA 2E4TA 4J28A 3LPOA 3TOPA 1CWYA 2EPOA 1JAKA 3PTQA 4FLRA 2J8FA 1DEDA 3W29A 3PTMA 3ZT5A 3N13A 4FLQA 1UR1A 2W67A 4MNJA 1DWIM 3U7VA 2FH8A 3F4VA 3VTRA 1IT0A 4GO9A 2E40A 3EYPA 1XH1A 5BRPA 3MV11 4N0RA 3WUGA 1GW1A 2WM0A 3CZJA 1JZ7A 1UWQA 1ISVA 3N11A 1FA2A 1HKKA 3WIJA 1E71M 1ZBVA 1KQZA 3WENA 2VUYA 3I3EA 3W27A 5A6MA 2TAAA 2JF6A 2X2YA 2CBJA 3T08A 4OBSA 2VX7A 1DHKA 3WUBA 1BYAA 3A47A 3L4UA 2V3FA 4HOXA 2OYLA 2WBGA 3NSXA 1FH7A 3VMPA 4XB3A 2YDRA 1NWSA 2ZOXA 1VFUA 1HIZA 1WKYA 1NH6A 3M6DA 4W7UA 2WVUA 5FD0A 1BVNP 4QP0A 1MFVA 4OOUA 1FHDA 1G0CA 2DSKA 2WWCA 1U33A 2YDQA 1G94A 3WEOA 2J74A 2ZXQA 4OUEA 3W28A 3MUZ1 3WFZA 3VGGA 1VB9A 1EA9C 3VD7A 2W62A 1V02E 2Y2WA 5E0FA 4UOZA 3VM7A 1ISYA 3DYMA 4RE4A 3FXYA 3KWXA 3VIGA 1WB0A 2CYGA 3AFBA 3MV01 1MXDA 3WNLA 1E5NA 4GIAA 4A3YA 1PZ3A 4D1JA 2D22A 4IPLA 3PZTA 1OINA 2ZXAA 1OIMA 1IV8A 1XRVA 8A3HA 4D6JA 5FOOA 3WD4A 2IUZA 3WBEA 1BG9A 1HF6A 4YN5A 1A47A 2J77A 1E3ZA 2D20A 1O7AA 1PAMA 1EQCA 3NSMA 2WYSA 4TTGA 1V6UA 2CCRA 3AS2A 4F9JA 1CIUA 3MSGA 3AHTA 4MTVA 4JCMA 2V3DA 3WD1A 2YDSA 1TVPA 4PYSA 2YA2A 5BXSA 1MWOA 4EK7A 1CEOA 3CHDA 5AYIA 2ZUWA 1AQHA 3GDBA 1PX8A 1KGXA 2Z1KA 1OWQA 1W1TA 2BHYA 4HPHA 4UQBA 4GZEA 1JZ3A 4HZ8A 1UYQA 2OWWA 5LA0A 2J7CA 3LPPA 1F4HA 3VGDA 3D3AA 3WFLA 3GH7A 2FHFA 4DWSA 4CD6A 3WUFA 1ZB5A 1E72M 3M7SA 3OZOA 1J9YA 3VOCA 4F66A 1ZJAA 3GZAA 2YA1A 4OOZA 3AS3A 2XM1A 1L8NA 3FHAA 4PMQA 3VIOA 4BQ3A 3GNOA 4NRSA 2WMFA 1K9DA 4MJ2A 2GFTA 2BS9A 2PWGA 2IXVA 2J4GA 1UD2A 2WANA 2BVYA 3KZSA 3VMNA 4EE9A 5A6AA 4XUYA 2WHLA 3ARYA 4J3UA 1CNVA 4HMEA 3PZGA 4LPCA 2WVTA 4ZENA 2ZUTA 4ACZB 3N9KA 1JZ5A 4W85A 3OA5A 4ZFMA 4UQAA 3MMWA 2ZUUA 3WKZA 1J0IA 2CBUA 4UNIA 2J79A 3OGSA 1E0WA 3TA9A 2V5CA 1FFRA 1W9UA 5BRQA 3W25A 1VBUA 4HA3A 2MANA 3PZ9A 1V0NA 2XWDA 1H5VA 4V2XA 2UY2A 3UG5A 3E1F1 1XSJA 1XV8A 2WZEA 3OLEA 3PZNA 3VKKA 4E2OA 4XX6A 3ARUA 3IJ7A 3SCTA 3CUJA 3WMCA 4RL3A 4FMVA 1LJYA 2YBTA 4UFKA 1H09A 1JNEA 4IM4A 1MW0A 4CD7A 1FHLA 2D24A 5JIWA 1GPFA 1BYBA 4PSPA 4LQ1A 3FN9A 3MO4A 1VF8A 3CBWA 2W4XA 2WLYA 3APGA 1SMDA 1WDQA 1G01A 3O2LA 1PEZA 4UOQA 1H1NA 3PZUA 3WNOA 2F61A 5I6SA 1UD3A 4UFJA 1UKOA 1C3FA 2WLZA 5D4YA 2XYLA 4UZUA 2YBUA 2YLLA 2VRKA 1EDQA 1H3GA 2VR5A 4PMVA 1V0KA 1CBGA 4GQRA 2X05A 4Z2HA 3QHOA 2WHKA 1B3VA 2YLAA 1HVXA 3PBGA 5FKYA 4IPNB 1CTNA 2BNJA 2O9PA 4WIWA 1KXTA 3ZJ7A 1E6RA 5ABFB 1UR8A 4GINA 1V3JA 2VX4A 3EMQA 4GKLA 3ARRA 1MQQA 1H0GA 2D0HA 2OYMA 1KCKA 2DQXA 3GBDA 4AD2A 4HZ6A 2Y8VA 4P7OA 2G8ZA 2O92A 3WH7A 1MW3A 1QW9A 3GH4A 3VIFA 2VR4A 4JFTA 1M7XA 1UKTA 1Q6FA 1O6IA 5DEZA 3WEMA 1C8QA 4JFWA 2VZSA 4W87A 2DIEA 1KCLA 1EO7A 1CXEA 3KL5A 2QHAA 2Y8KA 1QNRA 1J0KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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