5A6BA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
627
structure length
612
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 257
structure length 612
sequence length 627
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bA01
4H8UA 3VGFA 3AS1A 4K68A 3IAPA 3VIMA 2A3EA 5FL1A 1NOFA 4D1IA 5AYIA 5LA2A 3GNOA 3VIGA 4KRTA 3SCTA 4J3SA 1B0IA 4HP5A 1GOIA 1XH1A 1W3HA 4UZSA 3W82A 3AZSA 3BSHA 3SCSA 2ESCA 3BLPX 2Q8XA 4AZBA 4EK7A 2PBGA 1XGZA 3VIOA 3OG2A 1WKYA 3CHDA 1VFUA 1NWUA 3PZMA 2IXVA 5FKYA 3T0AA 1C92A 3DC0A 1OB0A 5BXRA 1VBRA 3TTYA 3WD2A 2A3AA 4UQDA 4Z2LA 5A8NA 1XV8A 4FLSA 3OGSA 1UKSA 3GXMA 3EBVA 4P7QA 4QCFA 1E4MM 4TX6A 2CBVA 2WW5A 4IPLA 1WAWA 4JFVA 1DP0A 3RM8A 3CUFA 1B3WA 3W37A 3LMYA 1KGUA 1RP9A 1MQRA 1TA3B 1UZ1A 2VVSA 1HJQA 1CIUA 4BQ4A 1GZJA 1JZ3A 2PWDA 2VZVA 2Y8KA 2Y24A 3WDIA 1CXHA 4JFSA 3VIHA 3ECQA 4FF5A 3ZT5A 2E4TA 4H04A 4MADA 4BCEA 5CXPA 1GVYA 5CSUA 1BF2A 2WPGA 3UESA 4PMXA 2UY3A 4AIEA 5HOSA 3WH5A 1ZJBA 3D5HA 1UR1A 6TAAA 2BHUA 1K6AA 4KWUA 1ZBWA 3VIPA 4U31A 1R85A 4H41A 1B3VA 1YHTA 1BYBA 3WNLA 4HOXA 1AQ0A 5E09A 2WVSA 2G3NA 2Y4SA 2WNWA 4J3UA 1ZB5A 4OBSA 2OYKA 1PIFA 2W91A 3WNNA 5IFTA 4MNLA 3ZSSA 3ARZA 2XHYA 1X6LA 1CXFA 3F5JA 2WHKA 3MSDA 4U3CA 1UOKA 2UWFA 4PMZA 3RMEA 2NT1A 3VD4A 4CD5A 1EH9A 3KL3A 1WZAA 1GJUA 1FA2A 1TVNA 2ZXQA 2QPUA 4PTWA 3N9KA 4U5IA 3WQVA 1UWQA 4AD1A 4MB1A 4UQEA 1EQCA 1JNDA 2XWDA 1ODUA 1MQPA 3SEPA 2FH6A 1JF5A 5A8MA 4M29A 4W85A 2AOSA 2CHNA 2VZOA 1OINA 3ARTA 4W88A 1C8XA 3WL1A 2J74A 4W7UA 5HPOA 2CITA 4AD3A 5I78A 3TA9A 3MUY1 4AISA 3UETA 3PBGA 2GK1A 2WCGA 1ISWA 2BVDA 4QAWA 4JHZA 5DF0A 4HZ8A 5KZ6A 3FW6A 5KEZA 1GONA 1H4PA 5D9PA 3VGBA 1WP6A 4JKMA 1MVYA 4EANA 3CGTA 5JIWA 4JFWA 3EDEA 1QNPA 4GXPA 4P8WA 4P7OA 1R87A 3BAXA 1HKIA 4IM4A 2ZUMA 1PPIA 1PX3A 2WMIA 4W7WA 4J3XA 3ZT7A 5A2BA 1H0IA 1GQLA 1OWQA 2WC4A 1XCXA 3VPLA 4BS0A 2NSXA 4W5ZA 1UKOA 1EDQA 2D24A 2DPEA 1BLIA 1KQYA 3OIHA 4PUEA 5BCAA 4BA0A 4HPGA 3T0DA 2X09A 1SYTA 4CD7A 2J62A 2WMKA 3IANA 3N04A 2DT1A 1VB9A 5DFAA 4B9YA 2BY1A 3VIKA 1UH3A 1JZ2A 1NWRA 1J0IA 3RM9A 1E4IA 1CDGA 1ISZA 1GQIA 2WMHA 4J7RA 3SCUA 1CZ1A 9CGTA 3LPOA 1M01A 2D0HA 4EKJA 2YKKA 5A3HA 3LPPA 4GQRA 4HA1A 5GNYA 2G3MA 2VURA 5D9NA 3ARPA 2DIEA 1B90A 4JKLA 1MW0A 2V3EA 4MB4A 2UY5A 2WZEA 1H11A 1Q6GA 4YN5A 1ZBCA 3FHQA 3VD5A 3NDYA 4AYSA 3BAJA 2E9LA 1G0CA 1EDGA 1R7AA 1SFSA 2XWEA 1C8YA 2WCSA 3MU7A 4JCLA 2YA2A 1PZ3A 2YL8A 4TVUA 4UFKA 3VDHA 3W38A 1V6UA 2VX4A 3MS8A 5A94A 1VRXA 4WSJA 1WDRA 3VILA 1HN1A 3RIKA 1C7TA 2ZX9A 4DWSC 3WL0A 2VVNA 4B16A 1KXHA 1TA3A 5AC5A 3OLGA 3ZSTA 2DT0A 3KL0A 1C3FA 3VD7A 1XYZA 3MV01 5CLTA 4CUCA 4QFUA 4AD4A 4TVCA 4KH2A 4GINA 1JDCA 6CGTA 1V6WA 3U7VA 4ZENA 3BGAA 4U5KA 2YLAA 3NSXA 2YDSA 3EMQA 4PRWA 4TUFA 3TOPA 1E9LA 4KRUA 1E71M 1W3JA 4MDPA 2PWHA 1VF8A 3ARRA 4MB3A 2AMGA 3U7BA 1IZJA 2WCAA 3A4WA 3W6LA 4Y7EA 2FH8A 1W2VA 1Y7VA 2ZXAA 5A8OA 3WEOA 5D4YA 3F5KA 2XIIA 3UERA 1BTCA 4UNIA 5CG0A 4Q7NA 4AEEA 2XFRA 3WH7A 2EPOA 1DTUA 4XV0A 1AMYA 2VMFA 1BGAA 4JKKA 1E15A 4DWSD 1HP5A 2XUCA 2ZOXA 1E3ZA 1NWSA 2CESA 5A6LA 1PAMA 3WNKA 2VZSA 1O6IA 2J25A 4DM2A 4XZWA 4A4AA 4D1JA 1KXTA 2J77A 2D23A 1HKKA 1G1YA 1NM9A 2ZXDA 3WH9A 1OM0A 1D7FA 5I2UA 3AHTA 2DSUA 1UR0A 1LWJA 5BXPA 1QOXA 2WVUA 1LQ0A 2BXYA 4AZIA 5A6BA 3SUVA 1B2YA 3PZ9A 3SUWA 3WUFA 2ZUWA 1KFWA 2OWXA 2VZTA 1JAEA 2CIPA 1C91A 2JIEA 3W26A 3KL5A 1WO2A 1FFRA 1JG9A 3NSMA 5IFPA 7CGTA 2BY2A 4DUXA 3WDPP 1TE1A 2FHCA 3HMCA 5HPCA 4WJXA 1J11A 3MSGA 2ZUVA 2V3GA 3WELA 2WVVB 4WKAA 4PMVA 4Q22A 3CIVA 3QHNA 4KMQA 2XVKA 1J0HA 4ZE5A 3PN8A 3WMBA 2FHBA 5A2AA 1E40A 1MQQA 2FDMA 4X0NA 1JYWA 1QNRA 4WLCA 3CBWA 1UWSA 2NW0A 1UD8A 3B9DA 4Z2GA 4D6EA 2D0FA 1E55A 1R7OA 5AY7A 1GCYA 1EHAA 5A6AA 2W5FA 1CGYA 1V3MA 4HZ7A 4IISA 2E0PA 4LX4A 2EQDA 3VDCA 4HTYA 1XD0A 2FGZA 1EQPA 3L2MA 3N11A 2O9TA 2BVYA 1PIGA 1G9HA 4DM1A 2JEPA 4PMDA 2GSJA 4RL3A 3TONA 5A95A 1XYFA 1BPLB 1DHKA 2YJQA 4A3HA 3AIQA 1W3LA 2GK1B 3AIBA 3CZ8A 4UOZA 4AZ5A 2V38A 3EMZA 3FXYA 2YBTA 1XCWA 2GJPA 3EDJA 3CZGA 5I5RA 4LYPA 1SR0A 3WN6A 2C0HA 1XSJA 1JZ4A 4H7VA 4JFUA 1NARA 1W2PA 1HIZA 3VD9A 4GKLA 4AD0A 4L4OA 4PTXA 3AMLA 3SURA 1B3ZA 2WLZA 1KBBA 6A3HA 5AC4A 1J12A 1M03A 1W3KA 4ZEPA 5FD0A 3QHOA 1MW3A 3UR7A 2J4GA 4PBGA 3WEZA 1KB3A 3W28A 3ZMRA 4U2ZA 1JAKA 3AHXA 4TVDA 1M7XA 1E72M 1GOMA 3PZIA 3EDKA 2DEPA 1AQMA 1E56A 4M24A 2EBNA 3WF4A 2D3NA 3AIRA 3IJ8A 3WD0A 2WSKA 4AZGA 3BMWA 2FHFA 3IJ9A 4GZJA 2B31A 1Q4NX 3AMKA 1QNOA 2WM0A 1DWJM 2VL4A 1DWIM 2ZICA 1JZ6A 5A6SA 1DWFM 4WF7A 1GUVA 4C7DA 1WB0A 1HXJA 1UH2A 1VJSA 2WYSA 2D1ZA 4GO9A 1MFUA 1KQZA 1BYCA 2J79A 3POCA 4D6HA 1OBAA 4B3LA 4WKHA 4UOJA 2DIJA 5A6MA 3GZAA 1GNXA 2QHAA 3WSUA 4PMUA 3DECA 4LQ1A 3S2CA 1E6SM 3ARWA 1WDPA 1OT1A 4LYQA 3GXIA 2V5CA 3K8MA 2PB1A 2WHJA 3CHCA 4Z2JA 2D2OA 5CZKA 3WQ4A 3WBEA 2VCBA 1NH6A 4PSPA 1UD6A 2Y8VA 2VQUA 3WF2A 1K9TA 1VIWA 3VVGA 3L4TA 5IDIA 2J8FA 3NYDA 1I1WA 1XC6A 3OLEA 5E6YA 2YL6A 3AS0A 4JL1A 1U33A 3THDA 1C7SA 2XFFA 1HP4A 4IPNB 5A6KA 3VDBA 3ZJ6A 3ZIZA 1HJUA 1J0YA 3DYPA 5JBFA 2G8ZA 1E5JA 1ZJAA 1CGTA 4MNKA 1FFQA 1EO5A 2F61A 3WBAA 4CGTA 1J0KA 3BMVA 2F8QA 4PMYA 1J01A 1GPFA 1TR1A 2WBKA 2VUYA 2W61A 3MMUA 4M82A 2BS9A 3WNPA 4BQ3A 1GQKA 1CEOA 1JNEA 4TTGA 2W62A 5I79A 1EHNA 1VFOA 3WMCA 3SCWA 4PMNA 1FH7A 1RPKA 2E40A 2VR4A 2WVVA 3W25A 1CGUA 2YA0A 4QLKA 3AMGA 4GZIA 1JI2A 3GH4A 1MXGA 2DT3A 4B9ZA 4NZCA 4W93A 1FHDA 1CBGA 1BHGA 5I23A 4FLOA 4QLJA 5HDRA 4F9JA 4EE9A 1GOOA 1ISVA 4MDOA 2WWDA 3K8LA 3ZJ8A 3ARQA 2QF8A 1MW2A 3CZEA 4J3WA 4V28A 5D9OA 1ESWA 3AJ7A 1CENA 3AXXA 2ZX7A 5A8QA 4J27A 2VI0A 1L0PA 2X0YA 4MAVA 2W92A 5GQBA 1W9BM 2WKGA 1A47A 4MAZA 5IXEA 4CVWA 3HJEA 1B31A 2QV4A 2D22A 1NOUA 1AVAA 2XPKA 1UWTA 1MWOA 5A6BD 2WBGA 3VMOA 3WQ8A 2WSPA 3WIJA 2J78A 3I3BA 2XSBA 5ABHA 3WFLA 1HL8A 2Z1SA 3GBDA 2CCRA 3NSNA 8A3HA 3ARVA 2EJ1A 2QLYA 4PSRA 2E8ZA 1IZKA 1XH0A 1EA9C 1VENA 1V3KA 1PBGA 3DHUA 4UCFA 2ZWYA 1IV8A 3QR3A 1ZS2A 4B15A 2CKSA 5EFFA 2QMKA 3PZOA 3VGEA 1B3YA 2WB5A 2WHMA 3VOCA 3O6AA 3VIIA 3AFBA 3GTNA 4N42A 2XVNA 3CUIA 3AISA 3ZQ9A 4CKQA 5DMYA 4QCEA 1W1YA 5F7UA 2EO7A 3APGA 5JBEA 4NI3A 2J7FA 4OKDA 3OBAA 3PTQA 1QHOA 5JBDA 2CBUA 3BLKA 1C8QA 3OB8A 4XZBA 3BAIA 4P8UA 3WENA 1V3LA 2WVTA 5ABEA 3GM8A 1AQHA 3O9NA 5ECUA 4EAMA 4TXEA 5CGMA 1KR1A 1JXJA 1JIBA 2XVLA 1B30A 3L4VA 3WQWA 1TUXA 4NSBA 3AROA 3JUGA 4W86A 2BY0A 1UUQA 3L4WA 4W89A 4YPJA 3T0BA 3ZJKA 1OIMA 2XM1A 3W53A 3OZPA 3U57A 1TMQA 4M81A 4V27A 3RILA 5BRPA 3HN3A 1JXKA 2DH2A 2VCAA 4P7LA 1ZBKA 2C8NA 1W9DM 1E73M 4AIOA 1EXPA 5CGTA 1VFFA 4QP0A 1UZ4A 1EOMA 1QI5A 2VQTA 2BVTA 1NQ6A 2JE8A 3U5YA 4PTMA 3RO8A 3VKKA 1HNYA 3AS3A 1QW8A 1HJWA 4MNJA 2E9BA 1JYVA 4GPNA 1F4AA 5ABGA 5CJ5A 1QBAA 3A3HA 4N0RA 3PTMA 1EDTA 3OGRA 4TX8A 1VEOA 1VJZA 1MXDA 4OBRA 2ZX6A 1UD2A 1TZ7A 3QOMA 1NOWA 1UR4A 2CERA 4F66A 3W24A 1CXKA 1I1XA 3K1DA 1HKJA 1UD4A 3WF0A 3W6MA 1W9VA 1VEMA 2PWGA 3WUBA 1KXQA 4XUYA 2JALA 2VT0A 1WE5A 1BYAA 2GUYA 3AYRA 3T2PA 3AOFA 8CGTA 1BAGA 4JCMA 4DUVA 4UQAA 4PYSA 4UQBA 2WLYA 2J7CA 4OOZA 4GQQA 5EMYA 3VNYA 3VDAA 3IAQA 5C8BB 3BH4A 1LWHA 4BF7A 4F79A 1UWUA 4OUEA 1JYNA 2E8YA 1R8LA 3RPMA 4W5UA 3NDZA 1KGWA 3TTOA 1LL4A 4ATDA 1W32A 2DDXA 2WHLA 3MUIA 4PMQA 3WH6A 5FCZA 2W66A 2WMJA 2XVGA 2DSKA 3ALGA 3RJYA 1HVQA 4OZOA 2W4XA 2GDUA 2XIBA 1H2JA 4D6IA 1KBKA 4J3TA 1E4LA 1VBUA 1JD9A 1Q6CA 1LL6A 4AD2A 1Q6FA 4MNMA 3M7SA 3GXDA 4JHOA 1E6NA 1CXEA 4GO8A 2HISA 5IHRA 2J7DA 1WCGA 4PMRA 4F9DA 4UZUA 3L4UA 2QMJA 2CXGA 1OT2A 2WC3A 2Z1KA 3AI0A 4W7VA 3CMGA 2OSWA 4U2YA 1BVZA 2CEQA 4GZEA 3ZR6A 1G5AA 2VO5A 4D6FA 1PJ9A 4DUWA 4LPCA 4JAWA 3AMDA 1UWIA 1KGXA 3BC9A 1E0XA 4UQCA 1JI1A 2BV9A 2CBIA 5CLWA 3OLDA 1NP2A 1E5NA 4MPKA 5HBFA 1CXIA 2BHZA 2VX5A 3RCNA 1RP8A 1ZBVA 1ZL1A 2OWCA 1CWYA 4XX6A 3SUUA 2BY3A 2XVPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ALD A;  1LS1 A;  4R7O A;  2A0U A;  2OB3 A;  1ZU1 A;  3STC A;  2OG2 A;  4O11 A;  1JZ5 A;  3UA3 A;  5K2Z A;  1ZQ5 A;  2CZE A;  4I7U A;  1Y6D A;  1QHZ A;  3CHF A;  4CD8 A;  2H90 A;  2FLI A;  2VOT A;  4DB7 A;  1O7A A;  4OOG C;  3RH3 A;  2NV1 A;  4GH1 A;  3DFO A;  3KBV A;  1BYD A;  4K8H A;  1F3W A;  4HMD A;  2ZC8 A;  3AIW A;  3CH9 A;  3FVY A;  4GI9 A;  2ISD A;  1AZ2 A;  1OG0 A;  3LER A;  4ZVJ A;  3TWB A;  2R1F A;  4QG9 A;  3LG3 A;  5KYY B;  4X22 A;  1H9G A;  1W1A 1;  2X40 A;  2QF7 A;  7XIM A;  3CO4 A;  4IFK B;  1TF6 A;  2YL5 A;  1KM6 A;  3C8G B;  2MKD A;  2HMQ A;  2WCC 3;  4AF0 B;  4O5G A;  4YHG A;  4M7S A;  1TFV A;  3NL3 A;  1OD8 A;  2G7H A;  3IJ7 A;  4Z2K A;  5D91 A;  3MJY A;  1XPG A;  2XLD A;  2VFF A;  4O7G A;  1PUD A;  3E2V A;  1VQT A;  1XMQ E;  1FXQ A;  3O6D A;  3UCQ A;  2INE A;  2IXO A;  3B05 A;  4A3U A;  2ZID A;  1GOQ A;  3OTO E;  1RAK A;  4LW7 A;  2Y3H A;  3WD4 A;  2NXH A;  2O9O A;  3T09 A;  2VRJ A;  1QO2 A;  5CC7 A;  2PP4 A;  1GHR A;  4O1A A;  4D72 A;  4Z08 A;  1TG7 A;  4HMC A;  1XG4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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