5A83A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 4-((3r, 4r)-4-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-8- yl-aminopiperidin-3-yloxymethyl)-1-thiane-1,1-dione
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a83A00
3G0JA 5AD2A 2YQDA 4C66A 4IOQA 4QSVA 4NQMA 5HM0A 4MR3A 4XYAA 4LC2A 3U5PA 4Z6HA 5CTLA 3UV2A 2D82A 4J0SA 5I80A 5D3LA 4CUUA 5TCMA 4LZ2A 5D3PA 5EVAA 5HELA 2N9GA 5A85A 5A5OA 5DFDA 5FE7A 4UIWA 4UYDA 3G0LA 5HQ5A 5FBXA 2RFJA 5KO4A 4O70A 5D26A 4HXKA 5HLSA 5HRXA 3P1DA 4PTBA 3O35A 4NR6A 2LSPB 5II2A 5I7YA 4KCXA 3MUKA 5CUGA 5EPRA 5EWVA 5ACYA 4O7EA 5DYXA 4Z1QA 4A9IA 4YBMA 3QZVA 4QBMA 4TU6A 5C4QA 4DONA 4O78A 4QR4A 5E9MA 4QC3A 5A5SA 4YYKA 5EV9A 5IBNA 5FFWA 3O37A 5FB1A 4TYLA 4O7AA 4HBVA 5HJCA 5A5PA 3FKMX 3U5MA 5CQ8A 5DYAA 1JSPB 4PCEA 4QB3A 4A9NA 2RNXA 5CQ5A 3P1FA 4CUPA 4YY4A 4QZSA 4HBWA 5J0DA 5DYUA 5EWWA 5FE3A 4NRAA 4QSSA 5CUDA 5EQ1A 2D9EA 4QSUA 5LKUA 4NR4A 4QEVA 4XY9A 4QUUA 4A9HA 5AMEA 4QSRA 4NYVA 5L99A 5F36A 5D3SA 5F1HA 3HMHA 5H85A 4O75A 4KV1A 1F68A 2I7KA 4NRCA 5FE0A 4NR8A 5HRWA 4O76A 2F6JA 5L8TA 5DW1A 5E74A 4YAXA 4YC9A 3U5NA 5A5QA 5CQ7A 4TQNA 4F3IA 4YYIA 4E96A 4N4FA 4TTEA 4UYFA 5I83A 5EA1A 5CUCA 4IORA 4IR4A 4LYWA 4NYXA 4UITA 5E0RA 4CUQA 5E9YA 4MEOA 4YYJA 5C89A 4IR3A 4PCIA 2DVQA 5I89A 2RI7A 5KU3A 4IOOA 5IGNA 2YYNA 5EM3A 4C67A 4Z93A 2E7OA 5TB6A 3IU5A 2DVSA 4CUSA 5EWHA 3D7CA 4CUTA 4A9FA 4CLBA 4GPJA 5ETBA 4FLPA 5LJ1A 5HQ7A 3U5KA 2H60A 4OUFA 2E3KA 3LQHA 3NXBA 4LRGA 2GRCA 2DVRA 4N3WA 5LKTA 3MQMA 4X2IA 4O7FA 5CUEA 3Q2EA 4YYDA 2DWWA 4YABA 4O72A 5DKDA 4A9MA 3QZTA 5DYCA 5L96A 5H1TA 4YYMA 2F6NA 5CQ6A 5D24A 5F5ZA 5H1VA 4YBSA 5E3DA 2L5EA 5C7NA 4TU4A 2L84A 5FE6A 5HFQA 4Z6IA 5I86A 5E3GA 5C87A 5HRVA 5E9IA 5EWCA 5A83A 4Q0OA 5EP7A 4N4GA 4A9LA 3P1CA 2R0SA 5LVQA 4NUCA 4ALHA 4MR6A 4ZC9A 4MENA 3O36A 2YDWA 4CFKA 5HEMA 5CU8A 4OGJA 4MR4A 2RO1A 4YH3A 5KTUA 3O33A 5HENA 4MEQA 5DLZA 4UIYA 5FE9A 5EISA 4HXPA 4LYSA 5G4SA 2R10A 4BW4A 5F1LA 5D3HA 5IGLA 4J3IA 1X0JA 5FH8A 4HXNA 3AQAA 5FG6A 5CS8A 4QEWA 3UV5A 5DY7A 4CURA 3QZSA 4YY6A 3HMEA 5E73A 4NR5A 5LKXA 4O77A 5ENEA 3LQIA 1ZS5A 4YYHA 3U5JA 5I88A 5FFYA 4QSPA 3S92A 3P5OA 5DW2A 5F60A 5CPEA 5HQ6A 3RCWA 3U5OA 4QYDA 4LYIA 5ENIA 3P1EA 5CRMA 1WUGA 5CZGA 4N4IA 4N4HA 5CY9A 5AD3A 5LVRA 3JVKA 5A5NA 5EPBA 4YK0A 5I1QA 4HXMA 4BW2A 5C85A 5BT5A 4HBYA 4O71A 2YEMA 4QUTA 5KTWA 2DVVA 5A81A 5D3RA 4A9KA 5EU1A 2OSSA 4O74A 3UW9A 5II1A 4YATA 4RVRA 5I29A 5F2PA 4NR9A 3LJWA 3LQJA 3UVWA 4QYLA 4A9JA 3UVYA 3HMFA 2DKWA 4LDFA 5LKZA 5FDZA 4MEPA 5ENCA 5K29A 4UIUA 4QEUA 5CQ4A 2RNWA 5DBMA 5F62A 5DKHA 5H1UA 4Z1SA 4HXLA 5E7DA 3JVJA 4NQNA 5CUBA 3MB3A 3UVDA 5IG6A 4TT4A 4MR5A 5DFCA 2OUOA 3GG3A 5D0CA 4YYGA 5FE5A 4TS8A 5ENBA 5FE8A 2R0YA 4A9OA 5L97A 4NRBA 5CQTA 5HFRA 5IGMA 4WHUA 4QR3A 4OGIA 4BHWA 4UIVA 3I3JA 4BW1A 4YYNA 5CQAA 4KV4A 3S91A 5FFVA 3MULA 3AADA 3K2JA 4QSWA 2DATA 5FH6A 4YH4A 5FB0A 5A7CA 5D7XA 3ONIA 4HXSA 5DFBA 4TZ2A 3IU6A 4ZW1A 4UYHA 4CL9A 4O7CA 5FE4A 4J0RA 5LJ0A 2RS9B 4WIVA 4ALGA 5EK9A 4UIZA 5JI8A 3SVFA 4O7BA 2OO1A 4TT2A 4UIXA 2G4AA 5FE2A 4A9EA 1EQFA 5F25A 5EI4A 4BJXA 2L85A 5F3AA 5KTXA 4PS5A 4QSXA 4TT6A 4YADA 5E9VA 5FG4A 4PY6A 4LR6A 5EPSA 5FG5A 2YEKA 5G4RA 2I8NA 4YBTA 3UVXA 5LJ2A 5I7XA 4TZ8A 5EICA 2FSAA 4QSTA 4QR5A 3DWYA 5E9KA 2E7NA 4QNSA 3MB4A 5IGKA 5I40A 5D3TA 4XUAA 5D3JA 4NYWA 4QY4A 4LZSA 3ZYUA 5HCLA 1WUMA 5EGUA 4NS5A 5CGPA 4QSQA 2KTBB 4HXOA 2YELA 5CFWA 3MXFA 3SVHA 4HBXA 5L98A 5EWDA 5ETDA 5A5RA 4HXRA 5C8GA 5F63A 4Q0NA 3TLPA 4IR5A 2RNYA 4Y03A 4BW3A 4J1PA 3UV4A 5BT4A 5CUAA 5D25A 5DX4A 4XY8A 1N72A 5KHMA 4IR6A 3SVGA 5ENHA 4QC1A 5CRZA 4AKNA 5JWMA 3U5LA 3Q2FA 5A82A 5ENFA 5FE1A 5F61A 2MJVB 4CFLA 2WP1A 5CP5A 1JM4B 3DAIA 2R0VA 5D3NA 1E6IA 3LXJA 5DLXA 4NXJA 2YW5A 4XUBA 5ENGA 5FH7A 5L8UA 4UYEA 5ENJA 3JVMA 3O34A 5CQ3A 4UYFB 5E9LA 4NUEA 5IIDA 4ZQLA 4LZRA 2WP2A 5BT3A 5DKCA 5COIA 3JVLA 4WHWA 5LUUA 2NXBA 4NUDA 4NR7A 5AMFA 4PKLA 4UYGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G0JA 5AD2A 2YQDA 4C66A 4IOQA 4QSVA 4NQMA 5HM0A 4MR3A 4XYAA 4LC2A 3U5PA 4Z6HA 5CTLA 3UV2A 2D82A 4J0SA 5I80A 5D3LA 4CUUA 5TCMA 4LZ2A 5D3PA 5EVAA 5HELA 2N9GA 5A85A 5A5OA 5DFDA 5FE7A 4UIWA 4UYDA 3G0LA 5HQ5A 5FBXA 2RFJA 5KO4A 4O70A 5D26A 4HXKA 5HLSA 5HRXA 3P1DA 4PTBA 3O35A 4NR6A 2LSPB 5II2A 5I7YA 4KCXA 3MUKA 5CUGA 5EPRA 5EWVA 5ACYA 4O7EA 5DYXA 4Z1QA 4A9IA 4YBMA 3QZVA 4QBMA 4TU6A 5C4QA 4AKGA 4DONA 4O78A 4QR4A 5E9MA 4QC3A 5A5SA 3ERRA 4YYKA 5EV9A 5IBNA 5FFWA 3O37A 5FB1A 4TYLA 4O7AA 4HBVA 5HJCA 5A5PA 3FKMX 3U5MA 5CQ8A 5DYAA 1JSPB 4PCEA 4QB3A 4A9NA 2RNXA 5CQ5A 3P1FA 4CUPA 4YY4A 4QZSA 4HBWA 5J0DA 5DYUA 5EWWA 5FE3A 4NRAA 4QSSA 5CUDA 5EQ1A 2D9EA 1PUOA 4QSUA 5LKUA 4NR4A 4QEVA 4XY9A 4QUUA 4A9HA 5AMEA 4QSRA 4NYVA 5L99A 5F36A 5D3SA 5F1HA 3HMHA 5H85A 4O75A 4KV1A 1F68A 2I7KA 4NRCA 5FE0A 4NR8A 5HRWA 4O76A 2F6JA 5L8TA 5DW1A 5E74A 4YAXA 4YC9A 3U5NA 5A5QA 5CQ7A 4TQNA 4F3IA 4YYIA 4E96A 4N4FA 4TTEA 4UYFA 5I83A 5EA1A 5CUCA 4IORA 4IR4A 4LYWA 4NYXA 4UITA 5E0RA 4CUQA 5E9YA 4MEOA 4YYJA 5C89A 4IR3A 4PCIA 2DVQA 5I89A 2RI7A 5KU3A 4IOOA 5IGNA 2YYNA 5EM3A 4C67A 4Z93A 2E7OA 5TB6A 3IU5A 2DVSA 4CUSA 5EWHA 3D7CA 3D1BA 4CUTA 4A9FA 4CLBA 4GPJA 5ETBA 4FLPA 5LJ1A 5HQ7A 3U5KA 2H60A 4OUFA 2E3KA 3LQHA 3NXBA 4LRGA 2GRCA 2DVRA 4N3WA 5LKTA 3MQMA 4X2IA 4O7FA 5CUEA 3Q2EA 4YYDA 2DWWA 4YABA 4O72A 5DKDA 4A9MA 3QZTA 5DYCA 5L96A 5H1TA 4YYMA 2F6NA 5CQ6A 5D24A 5F5ZA 5H1VA 4YBSA 5E3DA 2L5EA 5C7NA 4TU4A 2L84A 5FE6A 5HFQA 4Z6IA 5I86A 5E3GA 5C87A 5HRVA 5E9IA 5EWCA 5A83A 4Q0OA 5EP7A 4N4GA 4A9LA 3P1CA 2R0SA 5LVQA 4NUCA 4ALHA 4MR6A 4ZC9A 4MENA 3O36A 2YDWA 4CFKA 5HEMA 5CU8A 4OGJA 4MR4A 2RO1A 4YH3A 5KTUA 3O33A 5HENA 4MEQA 5DLZA 4UIYA 5FE9A 5EISA 4AKHA 4HXPA 4LYSA 5G4SA 2R10A 4BW4A 5F1LA 5D3HA 5IGLA 4J3IA 1X0JA 5FH8A 4HXNA 3AQAA 5FG6A 5CS8A 4QEWA 3UV5A 5DY7A 4CURA 3QZSA 4YY6A 3HMEA 5E73A 4NR5A 5LKXA 4O77A 5ENEA 3LQIA 1ZS5A 4YYHA 3U5JA 5I88A 5FFYA 4QSPA 3S92A 3P5OA 4AKIA 5DW2A 5F60A 5CPEA 5HQ6A 3RCWA 3U5OA 4QYDA 4LYIA 5ENIA 3P1EA 5CRMA 1WUGA 5CZGA 4N4IA 4N4HA 5CY9A 5AD3A 5LVRA 3JVKA 5A5NA 5EPBA 4YK0A 5I1QA 4HXMA 4BW2A 5C85A 5BT5A 4HBYA 3VKGA 4O71A 2YEMA 4QUTA 5KTWA 2DVVA 5A81A 5D3RA 4A9KA 5EU1A 2OSSA 4O74A 3UW9A 5II1A 4YATA 4RVRA 5I29A 5F2PA 4NR9A 3LJWA 3LQJA 3UVWA 4QYLA 4A9JA 3UVYA 3HMFA 2DKWA 4LDFA 5LKZA 5FDZA 4MEPA 5ENCA 5K29A 4UIUA 4QEUA 5CQ4A 2RNWA 5DBMA 5F62A 5DKHA 5H1UA 4Z1SA 4HXLA 5E7DA 3JVJA 4NQNA 5CUBA 3MB3A 3UVDA 5IG6A 4TT4A 4MR5A 5DFCA 2OUOA 3GG3A 5D0CA 4YYGA 5FE5A 4TS8A 5ENBA 5FE8A 2R0YA 4A9OA 5L97A 4NRBA 5CQTA 5HFRA 2EJNA 5IGMA 4WHUA 4QR3A 4OGIA 4BHWA 4UIVA 3I3JA 4BW1A 4YYNA 5CQAA 1ZKRA 4KV4A 3S91A 5FFVA 3MULA 3AADA 3K2JA 4QSWA 2DATA 5FH6A 4YH4A 5FB0A 5A7CA 5D7XA 3ONIA 4HXSA 5DFBA 3D1DA 4TZ2A 3IU6A 4ZW1A 4UYHA 4CL9A 4O7CA 5FE4A 4J0RA 5LJ0A 2RS9B 4WIVA 4ALGA 5EK9A 4UIZA 5JI8A 3SVFA 4O7BA 2OO1A 4TT2A 4UIXA 2G4AA 5FE2A 4A9EA 1EQFA 5F25A 5EI4A 4BJXA 2L85A 5F3AA 5KTXA 4PS5A 4QSXA 4TT6A 4YADA 5E9VA 5FG4A 4PY6A 4LR6A 5EPSA 5FG5A 2YEKA 5G4RA 2I8NA 4YBTA 3UVXA 5LJ2A 5I7XA 4TZ8A 5EICA 2FSAA 4QSTA 4QR5A 3DWYA 5E9KA 2E7NA 4QNSA 3MB4A 5IGKA 5I40A 5D3TA 4XUAA 3VKHA 5D3JA 4NYWA 4QY4A 4LZSA 3ZYUA 5HCLA 1WUMA 5EGUA 4NS5A 5CGPA 4QSQA 2KTBB 4HXOA 2YELA 5CFWA 3MXFA 3SVHA 4HBXA 5L98A 5EWDA 5ETDA 5A5RA 4HXRA 5C8GA 5F63A 4Q0NA 3TLPA 4IR5A 2RNYA 4Y03A 4BW3A 4J1PA 3UV4A 5BT4A 5CUAA 5D25A 5DX4A 4XY8A 1N72A 5KHMA 4IR6A 3SVGA 5ENHA 4QC1A 5CRZA 4AKNA 5JWMA 3U5LA 3Q2FA 5A82A 5ENFA 5FE1A 5F61A 2MJVB 4CFLA 2WP1A 5CP5A 1JM4B 3DAIA 2R0VA 5D3NA 1E6IA 3LXJA 5DLXA 4NXJA 2YW5A 4XUBA 5ENGA 5FH7A 5L8UA 4UYEA 5ENJA 3JVMA 3O34A 5CQ3A 4UYFB 5E9LA 4NUEA 5IIDA 4ZQLA 4LZRA 2WP2A 5BT3A 5DKCA 5COIA 3JVLA 4WHWA 5LUUA 4AI6A 2NXBA 4NUDA 4NR7A 5AMFA 4PKLA 4UYGA
chains in the Genus database with same CATH topology
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