5ABFA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
712
structure length
663
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNNLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQIGRLEISTDGKEWKTVDLKSAGLQKAPVKFVRFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 237
structure length 663
sequence length 712
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abfA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abfA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abfA01
1NH6A 1CGUA 4TXEA 2OSWA 4MNMA 4J28A 3A47A 2ZXBA 3J7HA 3KEHA 1JNDA 3KWXA 3AS1A 1HL9A 1C8YA 1K9TA 5A6MA 1EDTA 1Q6CA 4MB5A 2DPEA 2PBOA 2E9BA 1FOBA 1JAEA 3THDA 1CXLA 2OWXA 1EOMA 1W3LA 2WKGA 1BAGA 3NCOA 4OKDA 3RDKA 3MUZ1 4MADA 3UCQA 1QNSA 3CUIA 4W88A 5IHRA 2XGBA 2EPLX 1VB9A 3CHDA 1E6RA 1ISXA 2ZWZA 3NDYA 2DSWA 1SYTA 1OD8A 1X6NA 1J0IA 3GDBA 4X9YA 1QI2A 2XTKA 3W4RA 3OGVA 1B3XA 1B90A 3L4XA 1NP0A 4W7UA 2G3JA 1YQ2A 4AMCA 2CERA 3CIVA 3THCA 2VCAA 5A6BD 2W91A 1V02E 2WMIB 3GH4A 4JFVA 1M04A 4HPGA 5DMYA 1C3FA 2VUYA 1E6NA 4WK9A 4P8VA 5D9OA 4CD8A 3G6LA 1W3JA 1GOIA 3VM7A 3GNPA 4D6CA 3ARRA 3FN9A 1C7SA 1UD6A 5I24A 1BTCA 4A3HA 4QLLA 1E6PA 2FGLA 4PTVA 1NARA 2DSKA 4AISA 4CCEA 1PZ2A 1GORA 2CXGA 1VF8A 2ZE0A 4UZUA 4OJYA 3VIPA 4ACYA 3CZJA 5M5DA 1UZ1A 1UR2A 4B3LA 1H2JA 3QHMA 1OGGA 1TCMA 1E71M 3ARXA 2J8GA 1HIZA 3ZJ6A 4U3CA 1S46A 1WDRA 2VCBA 1LG1A 3E1F1 3WF1A 2EXOA 1UD2A 5AC5A 5BWFA 4JKMA 3OZPA 3AZSA 4JAWA 2YL9A 2VQTA 4KGLA 1KWGA 1IZJA 4ATWA 1LL6A 4QDMA 1TVNA 1SFSA 3SUVA 5KEZA 4PSPA 2X0YA 1QVBA 2WWDA 5CXPA 1CGYA 2BHYA 3WD4A 1U33A 2WCAA 4YN5A 4CKQA 1J11A 3T0DA 3AS2A 1E5JA 1JNEA 2CKSA 3K8KA 1KCKA 4H04A 4DWSB 7TAAA 3KL3A 1NOWA 4JKLA 1CECA 2V3GA 4FLRA 1QNRA 1XC6A 3VGEA 2V3DA 4M1RA 5EB8A 1UR8A 4BQ3A 1UYQA 1W1YA 3RM4A 3CGTA 1BHGA 2ZICA 4MNJA 3WMSA 4D71A 1BGGA 3ZT5A 2J74A 3VIFA 1UHVA 4C91A 4KMQA 5I3DA 2VMFA 3ARUA 1CGVA 3WQWA 4LYQA 5I2UA 4W85A 1QOXA 4PUDA 4AIUA 3U5UA 3U7BA 4F66A 3UEQA 4UTFA 3BCDA 3PTKA 4S3JA 1MW3A 5JIWA 4U2YA 2WMIA 3TTYA 1ZU8A 2V5CA 3WNKA 1EGZA 2C8NA 4R27A 3BAXA 2V5DA 1H0IA 2O92A 4UFLA 1GW1A 1OCQA 4BS0A 1GHSA 4J3UA 3WMCA 1BYBA 2QMKA 1V3HA 1SMAA 2BHUA 1KB3A 1AQMA 4CU7A 2ZWYA 3BCFA 4AZCB 4AZ6A 3VIJA 3L4WA 4OBRA 1HL8A 4FLSA 1KBBA 4NRSA 1F4HA 1JZ6A 1JL8A 1PX3A 4J3SA 4Q22A 5JUVA 4TTGA 3VD3A 2GK1A 4MAZA 1RH9A 1MQRA 1BVZA 1W1PA 4MNKA 5E9AA 1EDGA 2ZX7A 3CPUA 3QHOA 2CESA 4ZXOA 2GFTA 4OIFA 3TA9A 1BG9A 4W89A 1PIFA 1Q6DA 2GUYA 2EBNA 1UWSA 1C8XA 4EKJA 4UR9A 3OLEA 4HU0A 2BY2A 3K8LA 3AMCA 3O6AA 1UKSA 2Y5EA 1M01A 3WD0A 2TAAA 2BXZA 2YL5A 2QHAA 3BLPX 5I77A 1HJSA 4WKFA 4P7RA 1BG4A 2A3CA 4P8WA 2QMJA 1ZB5A 1OGBA 3A6OA 2O9PA 1GOKA 3SCUA 4DWSA 5BCAA 3RJYA 3W38A 1ESWA 3SCWA 3UETA 2X2YA 1DWJM 3PZQA 3VIIA 4TVCA 2VCCA 3OBAA 4V27A 1JG9A 2PWFA 3MANA 4HA1A 1J18A 1EDQA 3AI0A 1E4LA 4MJ2A 3RMEA 1SR0A 1WCGA 4BQ5A 1VFUA 4PBGA 1EHNA 3T2QA 5A6JA 1UKOA 5LA1A 2XVNA 2J8FA 3VO0A 1ZBVA 1FA2A 1CTNA 1WP6A 2VI0A 1MFVA 2WNWA 4UQ9A 3VTRA 4AIOA 1Q6FA 1UD3A 3FNDA 3MUIA 5E0CA 3CTTA 4PMQA 1VENA 4W87A 3AHVA 4HU8A 5AYBA 2YKKA 2W62A 3AMGA 2UWFA 3GH7A 4PEEA 3MMWA 4ZE5A 3A4WA 5HNNA 2UY5A 3BH4A 3EDEA 5E09A 4F8XA 1UWUA 2BVYA 2PWDA 1W3HA 2VRKA 1E5NA 3GXDA 1H49A 3WH6A 2GJXB 5HXMA 3VD9A 1HJUA 1VFOA 3FHQA 4AY1A 3DYMA 2VX5A 3WQ8A 5A1AA 3F5JA 4GZJA 4XB3A 1OIMA 1J9YA 1ISWA 1G5AA 1CLVA 4DUXA 2J62A 2EO7A 4KH2A 2AMGA 2BVTA 5CLTA 1NOFA 1NP2A 4AD5A 1XYZA 1HVQA 1QHOA 1R7AA 4CGTA 3M07A 1V0NA 6CGTA 4U5KA 5FCZA 3M46A 4PMVA 2Y8KA 5DFAA 1UR0A 3W53A 3IJ8A 4R5EA 1ZBWA 2JALA 4QFUA 1RP9A 3QOMA 2AOSA 3AXIA 5A6LA 4UQCA 2E4TA 4MTVA 4W5ZA 1WZAA 4B3KA 2X09A 1ECEA 1E4MM 4CCDA 4UFJA 3W0KA 1ISZA 4WJXA 2IXVA 3LPPA 4DWSC 3AS0A 3VIKA 1GOMA 4PCTA 1W9BM 2E8ZA 5I79A 1GVIA 3AIRA 3AIWA 3CHCA 4DUVA 2Z1KA 1QW8A 4JIEA 5C8BB 4GI6A 5CPQA 3T2OA 1QI4A 4D6EA 1FFQA 1HX0A 2CHOA 5BYWA 1C8QA 2ZUVA 2XYLA 1MW2A 1FFRA 4CD4A 8A3HA 4PRWA 5D8ZA 4HZ7A 3VINA 2O9OA 1W9DM 5EBAA 1AQ0A 3VILA 1UWQA 3GXFA 3SCNA 3WF0A 2ZUWA 4C7GA 2XPKA 1WE5A 2WVTA 4V28A 1L8NA 2XFFA 1CXFA 3SURA 4U2ZA 4J3TA 2A3EA 3EBVA 2GJXA 4P7LA 3M6DA 3WH5A 1EO5A 3U7VA 2YA2A 3RO8A 4ZFMA 1V3JA 4LQ1A 1V6XA 2VZOA 4AEEA 2J79A 2J7FA 4YHGA 1IV8A 1UR1A 1XRVA 1PBGA 1H4PA 1RPKA 3GBDA 4RE2A 9CGTA 2XM1A 1O6IA 4H8HA 1E43A 2VO5A 1G94A 1AQHA 4RL3A 5CZKA 4L4OA 2G41A 4GXPA 1BQCA 3OIHA 3GBEA 5EMYA 2VC9A 4H8UA 2VR5A 1VFMA 3PZOA 4MB4A 1VEOA 1GQIA 2D22A 1H09A 1OB0A 3VD7A 1UWTA 1J0YA 1CXHA 1MW0A 1E73M 1R85A 4V2XA 5BRQA 2ZUMA 2E9LA 1JZ7A 5BRPA 1FHDA 3LPOA 1B9ZA 3ZJ7A 1GZJA 1CPUA 2YLLA 2X05A 1QNPA 3VDCA 1TA3B 1UA3A 3K46A 4P7QA 3WBEA 1E1EA 4TX8A 5I23A 1EQPA 1W1VA 4GQRA 1KXVA 3NYDA 1Z32X 5I0DA 2WM0A 3AROA 2D3LA 2XG9A 4H2CA 2WB5A 4F79A 3TP4A 1M53A 1JZ8A 2D2OA 1UKQA 3PHAA 1UR4A 3WD1A 1PJ9A 4M24A 4JL2A 3CMGA 3AQUA 1K9EA 4PUEA 2FHFA 1DWIM 3CHFA 2WW5A 1EA9C 2QPSA 3ARPA 4F9JA 1LWJA 4XZBA 3GH5A 4L4PA 3DECA 1JIBA 2VZVA 3T0AA 4M80A 1UD5A 2E40A 4JL1A 3WH9A 1H41A 3ECQA 3WDHA 5C70A 1TR1A 1K9FA 2VRJA 2F61A 1TMQA 1BYCA 1E6QM 3ZT6A 5GNYA 4GZIA 3WIJA 3W24A 2Y4SA 3PZVA 1DP0A 1V0LA 1ZBCA 2VOTA 1JI1A 2XIIA 4PN2A 1EO7A 4LPCA 4TVUA 1ZJAA 1W91A 2WC7A 3WBAA 3VGFA 2J7DA 2W61A 4UFMA 1KQZA 3VDHA 2GVYA 3CBWA 2WMFA 2WCGA 1B3ZA 2WSKA 1A47A 5LYRA 4D6HA 2CHNA 3SUSA 2ZUUA 2F8QA 3WNPA 3W82A 3AHXA 1B2YA 2B31A 1A3HA 4NI3A 1J0ZA 1E0WA 4CN6A 4ACZB 4NRRA 4J3WA 4W84A 2BXYA 1MQPA 4PTMA 5ECUA 2V3EA 1W32A 1UKPA 1HJVA 3WFZA 1WKYA 1IT0A 1UH4A 2PI6A 5HOSA 1OINA 7CGTA 3MMDA 2VRQA 1QPKA 4HZ8A 4AC1X 1JXKA 2G8ZA 2W66A 2XM2A 1XH2A 2VX7A 3PZ9A 4CU6A 3VX1A 1B3YA 1QBBA 3WUBA 1BSIA 2A3BA 2MANA 3AZTA 1FH7A 2OYLA 1E72M 1TA3A 1JF5A 5CPSA 2QV4A 4PMZA 2CIPA 2J25A 2J78A 3IAQA 1PEZA 2X1IA 5C71A 3L4VA 1GJUA 3VDBA 3UG5A 3N1AA 3HN3A 1MFUA 3B9AA 4JZ5A 4FLQA 4W8LA 4FLOA 3AXXA 2CEQA 1OBAA 2O9TA 5ABHA 1E0VA 3PZGA 3NIYA 1JYXA 1EHAA 2WBGA 3TONA 3WSUA 1TFVA 2CBVA 3WY1A 4DM1A 2WMJA 3CZKA 3MUY1 3WEZA 4IUGA 1JFXA 1UQZA 3BSGA 1KXQA 1O7AA 3VIGA 1XD1A 3VD5A 4KWUA 3WL0A 4M56A 2WPGA 4B16A 5FL1A 3VM5A 3UERA 1JFHA 4M81A 2EEXA 4JKKA 4Z2HA 2G4FA 3ARSA 5DT5A 4PMNA 3KL5A 5E6YA 1K6AA 5JBEA 1FP9A 2VQUA 3W81A 1ITXA 1H0GA 3OLGA 5M17A 3CZEA 1CLXA 2WK2A 4DWSD 3RJXA 3WDJA 1JDCA 3T2PA 3BLKA 1C93A 1V6VA 3SCOA 3U57A 4GO9A 1LQ0A 5FIPA 4ACZA 2XUCA 1B1YA 2CCRA 3EDDA 1XSJA 2C0HA 3IJ9A 1W2VA 5DO8A 1J10A 4P7NA 4RE3A 3PZIA 3JUGA 4A4AA 2WVUA 3ZR5A 4DUWA 2YDQA 5FKYA 1UA7A 4HMCA 3S6TA 4MJ4A 3N17A 1C90A 1JXJA 5A8MA 1V0KA 1FH8A 1BGAA 5KZ6A 3W29A 2W4XA 4ATLA 1IZKA 4UZSA 2BY3A 2WANA 1JD7A 1LL7A 1C91A 4BA0A 4HPHA 4GKLA 4CN4A 3VVGA 2W67A 1AVAA 1VEMA 4OZOA 3ZSSA 3AFBA 4UQAA 1WB0A 2VVNA 2OSXA 1DWAM 5E0FA 3AMLA 3AXHA 1WZKA 3WQ4A 2FGZA 2IXUA 3RILA 2D23A 4D6JA 1QI5A 2J7CA 5I78A 2D0GA 3AIUA 3WQ5A 3WN6A 5IXEA 3CMJA 3OLIA 1GQLA 3F4VA 3UR7A 1AMYA 4IM4A 1TVPA 4XUYA 2JF7A 2HVMA 3DYPA 5HPCA 1TE1A 3D5HA 4ZEPA 1CEOA 2GJRA 4W93A 4WKHA 3W26A 3WNOA 4ZXLA 1CXEA 4PMRA 3WH8A 1J0HA 3W6MA 2W63A 1UZ4A 4AZ7A 3VNYA 3AIEA 1NOUA 4D6IA 1ISYA 1E40A 2IUZA 1ZJBA 4TUFA 3K4AA 4UFHA 3SEPA 1BFNA 1W1TA 2J7BA 2VJXA 3GNOA 3APGA 4W5UA 4ML4A 3A3HA 1LLOA 2PF0A 3WL1A 1GJWA 3AHTA 4U31A 1LG2A 5GQBA 1GUVA 3T09A 1WO2A 8CGTA 2GJPA 5A3HA 1KGUA 1E3XA 1DWGM 2UY4A 4KRUA 5GNXA 1Q6EA 2NT1A 4FK9A 3ZJKA 1DHKA 1L0PA 3ARQA 3GM8A 4Q7NA 4HOXA 2VZSA 3RPMA 4CD7A 2CBUA 2GDVA 3CZLA 4AW7A 3ZSTA 4D1IA 2PWHA 3AJ7A 1VIWA 2DSVA 3TTQA 5BXSA 4DM2A 2PB1A 2JIWA 1KXHA 4P7OA 1V3KA 3MU7A 2WZIA 1J0JA 2BV9A 4W8AA 1YHTA 2C7FA 3B9DA 1HKKA 2OWWA 1V3MA 2JIEA 5IDIA 5ABFB 4AZCA 4PMXA 6TAAA 3MSGA 5DT7A 5BXPA 2EJ1A 4XZWA 3QHNA 1CYGA 3GNRA 3NSNA 5JBFA 4MB1A 2XVPA 2DSZA 1QBAA 3PTQA 1HVXA 3VPLA 4MDOA 2QPUA 4ZENA 3EDKA 1JZ2A 1H11A 3RCNA 4UOQA 4WF7A 3G6MA 4TVDA 1MYRA 4U33A 2YDRA 4IPLA 2NSXA 3AICA 2DGAA 4CCCA 6A3HA 3POHA 4E8CA 1E9LA 2BVDA 2Y2WA 3I3DA 3BAYA 3WQVA 4E2OA 1WDSA 3VD4A 1VFFA 2XSBA 3QOKA 1OGSA 1V3IA 3QGVA 1VRXA 3VGBA 3GXIA 4AZBA 1EH9A 3BAIA 1GCYA 2CETA 4H7VA 3F5KA 1V0MA 1HF6A 4WSJA 3II1A 4W7WA 2J4GA 1M7XA 1ZBKA 3AIVA 3ARTA 5EFFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1NH6 A;  1CGU A;  4TXE A;  2OSW A;  4MNM A;  4J28 A;  3A47 A;  2ZXB A;  3J7H A;  3KEH A;  1JND A;  3KWX A;  3AS1 A;  1HL9 A;  1C8Y A;  1K9T A;  5A6M A;  1EDT A;  1Q6C A;  4MB5 A;  2DPE A;  2PBO A;  2E9B A;  1FOB A;  1JAE A;  3THD A;  1CXL A;  2OWX A;  1EOM A;  1W3L A;  2WKG A;  1BAG A;  3NCO A;  4OKD A;  3RDK A;  3MUZ 1;  4MAD A;  3UCQ A;  1QNS A;  3CUI A;  4W88 A;  5IHR A;  2XGB A;  2EPL X;  1VB9 A;  3CHD A;  1E6R A;  1ISX A;  2ZWZ A;  3NDY A;  2DSW A;  1SYT A;  1OD8 A;  1X6N A;  1J0I A;  3GDB A;  4X9Y A;  1QI2 A;  2XTK A;  3W4R A;  3OGV A;  1B3X A;  1B90 A;  3L4X A;  1NP0 A;  4W7U A;  2G3J A;  1YQ2 A;  4AMC A;  2CER A;  3CIV A;  3THC A;  2VCA A;  5A6B D;  2W91 A;  1V02 E;  2WMI B;  3GH4 A;  4JFV A;  1M04 A;  4HPG A;  5DMY A;  1C3F A;  2VUY A;  1E6N A;  4WK9 A;  4P8V A;  5D9O A;  4CD8 A;  3G6L A;  1W3J A;  1GOI A;  3VM7 A;  3GNP A;  4D6C A;  3ARR A;  3FN9 A;  1C7S A;  1UD6 A;  5I24 A;  1BTC A;  4A3H A;  4QLL A;  1E6P A;  2FGL A;  4PTV A;  1NAR A;  2DSK A;  4AIS A;  4CCE A;  1PZ2 A;  1GOR A; 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