5ABF | Genus

Total Genus 240

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	240
sequence length	713
structure length	651
Chain Sequence	QVSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQINRLEISLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
publication title	A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors. pubmed doi rcsb
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
total genus	240
structure length	651
sequence length	713
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2015-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
B	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
B	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	5abfB03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5abfB02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5abfB01

2ZX5A 4M29A 1Q6FA 3PTMA 4CCDA 3PZ9A 2E9LA 3T0DA 4FK9A 4J3SA 4F66A 1BQCA 4MAVA 3MUIA 1B3YA 3PBGA 3U7VA 4LQ1A 3VDAA 1BAGA 3CUFA 3DECA 1G0CA 4M8UA 1BYBA 3RDKA 2XGBA 3FW6A 5BROA 2GFTA 4UQ9A 1KR0A 2Y24A 3SCTA 1HJWA 1C8XA 4A3YA 3EBVA 3BSGA 1UQZA 1J0YA 4CD4A 4X0VA 2WM0A 1GOIA 2BY2A 1XSJA 3VIKA 3N13A 1C91A 1KR1A 1GOWA 3VIOA 1H41A 2YDRA 3DC0A 5EBAA 1QI3A 3OGRA 4CN4A 3AQUA 3I3DA 4BQ2A 3ZOAA 3WNNA 3VD4A 3SCRA 2CYGA 2J7EA 7TAAA 1NOFA 3W6MA 3VDBA 2XFRA 4HA1A 1C8YA 1W9UA 1W1YA 3D5HA 3MMDA 1KGXA 1UWRA 5BXSA 2CKSA 2WMHA 5A95A 3G6LA 3WD0A 1XHGA 2CITA 3B8SA 4NRRA 4ZE5A 1S46A 4TOQA 3LPPA 2XWDA 3AMKA 4DWSC 4HMCA 3GH4A 2C8NA 2XTKA 1GQIA 4J3XA 1WZLA 1UOKA 3NUKA 2JIEA 3K8LA 3SUTA 1B3ZA 4ZXLA 4ATDA 5DO8A 1PBGA 1JDAA 4C90A 4H41A 4BA0A 3UG5A 4LYQA 3WD1A 4CGTA 1QNSA 4U31A 1O6IA 1MQQA 3W24A 1UH3A 3VILA 5A8OA 2DT3A 4XB3A 1E4MM 1UA7A 1NOWA 4EAMA 4PMDA 4D6FA 3ZR6A 2WSKA 3AHVA 3A47A 4M82A 2GVYA 4UQBA 1E1FA 1EIBA 2VZTA 3NCOA 1UKQA 4KGLA 1W9VA 1UD2A 1Z32X 2UY2A 3WNPA 2W62A 1E3ZA 2WHMA 2QPUA 2WNWA 4PTWA 2V3EA 1IZKA 1JD7A 5E09A 2PWEA 4UQAA 2EJ1A 2ZWYA 3QR3A 1ECEA 1CYGA 5A6MA 1E6RA 3EDFA 4CU8A 1IT0A 3WNLA 3VMNA 4LGXA 2OSWA 3VD3A 5AY7A 1ITXA 2BY1A 1WKYA 2VRQA 3N04A 1K9EA 3PZMA 4BCEA 5I24A 1XD0A 3AIQA 1LQ0A 3FXYA 4AWEA 3VD7A 1W1PA 1JXJA 1XH2A 4OBRA 2XWEA 3WF1A 5A8NA 5JBEA 5I2UA 2XYLA 5DF0A 5BWFA 1U30A 7CGTA 2EO7A 4GIAA 4Z2HA 3M6DA 4QP0A 3SUWA 1OBAA 1VF8A 1V3LA 2WLYA 3GBEA 2YL8A 3WF4A 2BXZA 2ZUTA 1DWHM 4C7GA 1JYWA 1UUQA 2WMIB 4EKJA 2WKLA 4U2ZA 1VEMA 2X09A 2D0GA 3O9NA 1MQRA 1E1EA 2YDQA 4J3WA 2JIWA 2RGMA 3WH5A 1R87A 2PI6A 4MDPA 3II1A 3WMBA 2ZX7A 2CKRA 4JKLA 2D3LA 3KL5A 1YQ2A 4XV0A 1C3FA 4TTGA 3AMDA 5CZKA 4Z2JA 1W9PA 1ZJAA 5C70A 2FGLA 3MUAA 1W3KA 2XM2A 1I75A 2V5DA 2A3CA 3VIMA 4U5KA 2V5CA 4UTFA 1NARA 4AXNA 2VT0A 3PZIA 2F8QA 2VZOA 3WNKA 1CGXA 1DWIM 1KQZA 3VGGA 2ZUSA 2DSKA 3RJYA 1KXVA 4H8VA 3ZQ9A 1KWGA 4PEEA 4JHOA 1W1TA 2VUYA 1GPFA 1HIZA 2YJQA 2HVMA 5DFAA 5BXPA 2J7HA 4FLQA 2GJPA 2ZXQA 3VGDA 1US3A 4CN6A 2VR4A 4AZGA 4X9YA 4H8HA 3LMYA 1JYXA 1VJZA 1ODZA 7A3HA 3SCOA 4AZHA 1V02A 4JZ5A 2D0FA 4XUYA 1UR1A 3D3AA 4MNLA 2A3AA 1ZBVA 2XIBA 1VJSA 3WDJA 4BS0A 1GQJA 1N82A 2Y8VA 3EMQA 1G94A 3N11A 4AZ6A 1TG7A 2W61A 1X6NA 1VFMA 3K8MA 2PB1A 4U3AA 3B9AA 3BGAA 3OLIA 1GZJA 5IFPA 1GUVA 4IPLA 1NWUA 3ARPA 1DWFM 2PBGA 4F9DA 3RILA 1BGGA 4PSPA 2XFFA 1HKJA 1DHKA 1E15A 3LPGA 3VIGA 3GNPA 5EFDA 5TD4A 5A6SA 1WZAA 4WF7A 4V2XA 1UD5A 2O9TA 4WKAA 2E8YA 3ARZA 1NWTA 3RM9A 4AZIA 4Q22A 4MTVA 2YA1A 3CZEA 1AVAA 2GDVA 1I1XA 1C8QA 1TA3B 4M24A 1KWKA 4PUEA 2VNCA 3L4UA 1H11A 1E6NA 1JI1A 1LL4A 4CCCA 2CEQA 1LJYA 4HP5A 3UEQA 1HN1A 2VVSA 3S6TA 1GVIA 1V6XA 3M07A 5FCZA 5FOOA 2WHJA 3GZAA 1QPKA 1BFNA 1H1NA 3AISA 4H04A 3RM4A 3WL0A 4QCFA 2VOTA 1QHPA 2VO5A 1JDCA 4P8XA 1GCYA 5F7UA 2GJRA 2G3IA 5ABEA 3K4AA 3VGBA 4HMDA 2WWCA 2YL6A 4CD8A 3APGA 1UHVA 1CXIA 3AI0A 2DDXA 3PHAA 3N17A 2XG9A 1H49A 4QLLA 1BG4A 1OD8A 3T2QA 4PTXA 2J75A 2V3DA 3SUUA 2C7FA 4GI9A 3AHXA 5HDRA 2J78A 4E8CA 3W4RA 5LA2A 1V6YA 4ZE4A 2YDSA 1IZJA 1UZ1A 4MPKA 4H7VA 5FD0A 4URIA 3AFBA 2D23A 4PMYA 2EEXA 1W2PA 1CWYA 1DWJM 3POHA 5LA1A 2EPKX 1HX0A 1E4NA 1A3HA 1AQMA 1CPUA 1KBBA 1E56A 2G41A 5GQBA 1J12A 5FKYA 1GW1A 4CD5A 1J9YA 1G1YA 5AYIA 3FY1A 1WB0A 4XZBA 3L2LA 1MVYA 2VMFA 5IDIA 2ZUVA 1E0WA 2FHFA 3A4AA 3W28A 2YIHA 1HP5A 4B16A 1EQCA 2WXDM 3BLPX 2ZOXA 1DP0A 2VX4A 2D3NA 4FLRA 4GO9A 3W38A 2PF0A 3AIUA 1OT1A 3T0BA 3WEMA 2J25A 5JIPA 2RGLA 4WKFA 1RP9A 6CGTA 2D22A 1OCQA 4MJ4A 3BAKA 4RL3A 4ZFMA 5BCAA 3BH4A 1LLOA 1R7AA 2JF6A 4FLSA 2XVNA 1FFRA 3RJXA 2EPOA 1HVQA 2VRKA 2BNJA 4W7WA 3IJ8A 4GI6A 2ZIDA 1MYRA 2DT1A 1E40A 2QMJA 2XGIA 3AXIA 5A8PA 2VQTA 5EFFA 1ZJBA 3SCQA 2BVTA 2FHCA 1JF5A 1EGZA 1ISVA 3VTRA 2Y4SA 4GQRA 3W6LA 2XVKA 1R86A 3VGFA 5E0CA 3MMUA 3PZTA 2FH6A 2VQUA 4D6HA 1K6AA 1JZ6A 3VMOA 5C71A 5FL0A 3WUGA 3AZSA 5I5RA 1E55A 3QHOA 2VZUA 2BVDA 1XRVA 1E43A 3AHTA 2JEPA 1E3XA 3MKKA 4AD2A 3AYRA 2DSVA 4DWSA 3LPOA 1JFHA 1MFUA 4JFVA 1C93A 1F4HA 2VCAA 2E40A 1HKIA 2CNCA 5M17A 2VTFA 3UG3A 1BYCA 5CPQA 5IHRA 2X0YA 1QOXA 3TP4A 1J0ZA 1CXEA 4PMRA 3N1AA 4HMEA 3J7HA 3U57A 3N9KA 1ZBWA 4AIOA 1PX4A 1C7TA 2JF7A 1B31A 4W85A 1UA3A 3DYMA 4P7NA 2DH2A 5FIPA 1ISZA 1Q6EA 1NP2A 4WIWA 1HKMA 2WKGA 4UNIA 1QI5A 1NH6A 1XSKA 3AIEA 4ZENA 3HU7A 2UY4A 4DM2A 2CBUA 3KL3A 1HJSA 1NQ6A 1LL6A 2G3NA 1CGTA 4HPGA 4TXEA 4D1JA 1VBUA 1J0HA 4P7LA 4PYSA 5ABHA 4AMCA 4BQ3A 4UOQA 3O2LA 1JI2A 5JUVA 1JGIA 5CXPA 1C7SA 4MNJA 4RE4A 1CECA 1WDSA 1PX3A 2WCSA 1RD6A 4U3CA 2WC4A 1UR2A 1FHLA 1QI4A 3AS1A 4MNKA 4AZCA 1E0XA 1E6XM 1UQYA 2XSAA 4E4PA 4DM1A 2O9OA 1KCKA 1E4LA 2CHOA 1OD0A 3B9EA 3PZVA 4V28A 3AS2A 3VM7A 2ZUMA 1W32A 3M7SA 4LXFA 3WH8A 1PIFA 3WF3A 1J11A 2GK1B 4CVUA 3KZSA 2DQXA 1BVNP 1HXJA 5BXTA 1SR0A 3WNOA 1H2JA 1K9FA 3QOMA 2WB5A 3MSDA 4H2CA 3AZTA 4TUFA 1U2YA 2J74A 4HZ8A 2XM1A 3BAWA 3W82A 2BXYA 4LPCA 4JKKA 4Q7NA 1KXTA 4AD1A 3CUHA 1WDQA 3VNZA 3GXDA 1C92A 1TZ7A 1JFXA 4CU6A 1MXGA 3NSNA 1H09A 3AXHA 1WO2A 3KE0A 2GDUA 3PTQA 4ML4A 1GOKA 1J01A 4X0NA 4C7FA 4AZ5A 1H3GA 2VRJA 1QHOA 1ZU8A 2CBJA 2CIPA 3VKKA 3F5KA 4JKMA 1Q4NX 4OKDA 2WW5A 4AYSA 1HL9A 1MXDA 1XSIA 4U33A 1HJUA 3SCPA 3U7BA 1PZ3A 4JHZA 4AEEA 3ZO9A 4AW7A 4UFLA 3BMVA 3ARSA 1V0LA 2W63A 3IJ7A 3AMCA 1L0PA 3CUGA 1B30A 3GBDA 3A4WA 4S3KA 2OSYA 4J28A 1EH9A 2UY3A 5CQ1A 2Z1KA 3OA5A 4P8WA 2CETA 5GNYA 1E0VA 1UH4A 1CGWA 1BTCA 4ACZB 3WBEA 4QCEA 1JIBA 4NI3A 3SCNA 4D6DA 3ZJ6A 3SCSA 5A69A 1KQYA 3OGVA 1JZ8A 4J3TA 3TONA 3CHCA 2TAAA 3T2PA 3AJ7A 4D6GA 1BG9A 3WF0A 4U2YA 3FHAA 3SCUA 1XD1A 3CMJA 1JXKA 5CLWA 1UD3A 4LX4A 4V27A 3WD4A 2WMFA 2XIIA 3ARTA 2DGAA 4MB1A 3WDQA 1W91A 3WL1A 5ECUA 2J47A 3NDYA 3BAXA 3VD9A 3L4ZA 4FF5A 2WAGA 1V3MA 3IK2A 2BHZA 3EYPA 1SYTA 1E6ZA 5HBFA 4EANA 1B0IA 2ZXBA 5D8WA 1PIGA 1QBBA 4XX6A 3VMPA 3CHFA 1UR9A 3GXFA 1W9DM 2EXOA 1TR1A 5D8ZA 4D6CA 2ZUUA 1V08A 4L4PA 1XGZA 2XVPA 3N18A 3T0AA 4NSBA 3CH9A 3WH6A 1WCGA 1EHNA 4PRWA 2VZVA 3VGEA 1BYDA 4H8UA 4PMUA 1M53A 2AMGA 3CMGA 3BXWA 1V0KA 5E9AA 4PCTA 3K1DA 4YPJA 2YKKA 1XH0A 4LYPA 5CPSA 1TFVA 1GNXA 3G6MA 4D1IA 2VX7A 4UQDA 5HXMA 1ZBKA 1QW8A 1UKSA 3SEPA 3WQ5A 1PAMA 1GJUA 2WVVA 4GZEA 1HKKA 3ZT5A 1GQLA 2D24A 1VFOA 4BF7A 1TMQA 2WLZA 5E0FA 3WN6A 1UR8A 3IAQA 5E6YA 3AHYA 4D6EA 3SUVA 4OIFA 2VCBA 3TTSA 3BAIA 3CUJA 2EQDA 2J7GA 4PN2A 1SMAA 3WIJA 2YBTA 1WDPA 4JFTA 3FN9A 3L4XA 2XPKA 4W86A 1CLVA 2GJXB 3BSHA 3UESA 1JZ4A 1R8LA 2V3GA 2WMGA 3QHNA 5E6ZA 3ZT7A 3F5LA 1LF1A 1BHGA 3CZLA 3ZMRA 3WELA 2WC7A 3CPUA 4Z2GA 4M1RA 5LA0A 1M04A 5HNNA 3A6OA 4EK7A 3RCNA 3WMCA 1ZS2A 3TOPA 1KXQA 4QLKA 2J8GA 1UR4A 2A3HA 2PWDA 4OOUA 1ITCA 5ABFB 2D0HA 5JBFA 1CZ1A 4HOXA 4OJYA 2VCCA 3TA9A 3AICA 3AXXA 5I0DA 1R85A 1V0NA 2VX5A 1OIFA 3TTOA 4FLOA 5A6AA 1FA2A 1H4PA 4ATWA 4BZYA 4KH2A 2O9RA 3MV11 5BRQA 2PC8A 2YL9A 2B31A 1A47A 2E8ZA 4C7DA 3WFLA 3THDA 4GO8A 4QAWA 5BXRA 2QPSA 1CENA 1FH9A 1EXPA 3OLDA 4GQQA 1E73M 3BAJA 1B3VA 3WMSA 3TTQA 3DYPA 2CCRA 4JCLA 4UFKA 2W67A 1LWJA 4TX8A 5DT7A 2XFYA 4YN5A 2BVYA 2J7FA 1KFWA 3FAWA 4PBGA 5DEZA 3MUY1 3ECQA 1E72M 2OYMA 3OIHA 1G01A 2ZUNA 4GI8A 4HPHA 1OINA 3AIRA 3VDCA 3CUIA 4PMNA 3VD5A 4MDOA 2VVNA 2DIJA 4CUCA 5IFTA 3IJ9A 2NT0A 5M03A 5KEZA 1LL7A 2XVLA 4JL2A 2XSBA 5D9MA 3FAXA 2Y5EA 3W29A 3N12A 4TVUA 2YLLA 3AIBA 1L8NA 3VM5A 1WPCA 3VIIA 1OM0A 3CTTA 4IUGA 2Z1SA 1D3CA 1B90A 3U5YA 1QNQA 1Q6GA 3NSMA 3VNYA 3L4VA 3VPLA 3EMZA 3WDIA 3A4XA 3PZUA 5D9PA 3O6AA 2CESA 4PCSA 1WE5A 4W7UA 5HPOA 3A3HA 3B9DA 5CJ5A 2CHNA 3F4VA 3WDPP 3EMCA 2D20A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5H91 A;  1Q6F A;  4CCD A;  2ZM0 A;  3PZ9 A;  3RLH A;  4I55 E;  4KPL A;  3H2C A;  1BQC A;  4IMF A;  4MAV A;  2VFG A;  1BAG A;  3UYC A;  3DEC A;  2E6A A;  5LXX A;  1VKF A;  1J5S A;  3TNB A;  2F6K A;  1YD8 G;  4NZ3 A;  1Z44 A;  2XH4 A;  3T78 A;  4J35 A;  4PB3 A;  4BFA A;  4A3Y A;  3URN A;  4EAC A;  4CD4 A;  2WWV A;  3GU2 A;  3KX6 A;  3OBE A;  2XIJ A;  3CM4 A;  3D47 A;  1UBS A;  5BZA A;  3B0P A;  3M65 A;  4NXN T;  4G2D A;  1VBJ A;  3TAO A;  3BVJ A;  5HAO A;  3BK9 A;  4ZMG A;  1LRN A;  3VIK A;  3N13 A;  4O2A E;  1XYC A;  4FOJ A;  1WXZ A;  3SOL A;  7ENL A;  3ONJ A;  5AQL B;  3GIP A;  2ZM2 A;  2D2G A;  4B5S A;  4XIS A;  4AVF A;  3MHG A;  2GQ3 A;  2NTX A;  3ITX A;  4M3P A;  3OGR A;  1XLC A;  5AYZ A;  2G96 A;  1ME7 A;  1NOF A;  2WOQ A;  3W6M A;  3VDB A;  4B6X A;  2XFR A;  1C8Y A;  1R3S A;  1W9U A;  4HHL A;  1KGX A;  1XIS A;  1HGY A;  1QK2 A;  3PUA A;  3WD0 A;  1BF6 A;  4LUT B;  2E5L T;  3W07 A;  4PUK A;  2XWD A;  4YWI A;  3VAB A;  3I0O A;  4XG1 A;  3EHZ A;  4ONV A;  4OBT A;  5JXQ A;  2XTK A;  3MO7 A; 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 3GG1 A;  3PJA J;  4Q7B A;  1ICS A;  1YTE A;  3DP7 A;  1DBT A;  4DUO A;  2ZE3 A;  3G8E A;  3RCN A;  1IBK T;  1MUC A;  1O1H A;  5XIM A;  2PUR A;  2LKH A;  4YT0 A;  4CCZ A;  2PWD A;  3KVK A;  2QAP A;  3R0D A;  4AKR B;  4OOU A;  3VUS A;  3NKZ A;  5ABF B;  3V5F A;  1VLI A;  4ADS A;  4HOX A;  3F4N A;  2C1G A;  1RXO B;  4ZQO A;  3TTO A;  2BOE X;  3H2E A;  5A6A A;  4EOZ B;  3LSB A;  1H4P A;  3DH7 A;  3QY6 A;  3QZE A;  2FUP A;  4ATW A;  3ITV A;  3WLK X;  3FYO A;  5BRQ A;  3PUL A;  4AUB A;  2PC8 A;  4MMW A;  1SFJ A;  4A97 A;  3WFL A;  4IIB A;  2YW4 A;  2I17 A;  3SRK A;  4IQL A;  3INP A;  4IT1 A;  1PCK A;  1D8W A;  4GQQ A;  3LCW A;  1OZM A;  3BAJ A;  3TTQ A;  4IP4 A;  4H1Z A;  1SUX A;  1JGM A;  2AL1 A;  4FPS A;  2JKE A;  5DT7 A;  4DZ5 A;  4YN5 A;  1NVM A;  1E9Z B;  1KFW A;  1B4E A;  1GZG A;  2QDG A;  3W22 A;  4PBG A;  2FLI A;  4QHR A;  2ZRX A;  2HCV A;  4DV5 T;  3U2C A;  2XIS A;  3LEN A;  3LRM A;  1N2V A;  1K03 A;  4ZA0 A;  1POJ A;  4MDO A;  3TRO A;  2DIJ A;  1KLZ A;  3UVI A;  3N9L A;  3ZC1 A;  5M03 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5ABFB

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