5AC5A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with glcnac
Total Genus 265
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
265
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 265
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac5A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac5A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac5A01
4KWUA 3VIFA 4W89A 1Q6GA 1UG6A 2J7FA 4M24A 1B2YA 2FH6A 3AZSA 4OUEA 3RMEA 1W32A 1E70M 2GK1B 4TVCA 1E1EA 1QI3A 3I3DA 3EMCA 1E56A 1HKJA 2BNJA 4W93A 4PBGA 2VNCA 4J3TA 1JFXA 1XHGA 2X0YA 5JIPA 3N11A 2WW5A 4LPCA 4PTVA 2D1ZA 4UOJA 4OIFA 1JD7A 3GBDA 3MMWA 4J3VA 3FN9A 4UFMA 1UKTA 2WHJA 4FF5A 1HIZA 3PTKA 4MTVA 1C90A 1V0NA 1M01A 1VENA 3B9AA 1KCLA 2XJ7A 3SUTA 1QBBA 3WF3A 3BAXA 3MUAA 3GM8A 1CGTA 5CSYA 5I77A 1AQMA 1ISZA 2Q8XA 1GOWA 5JUVA 1I1XA 1E6PA 2XFFA 3AZRA 5D8WA 1UR0A 2PI6A 1RP8A 3WN6A 3SCTA 2GJXB 3POHA 4JAWA 3GTNA 1ZBWA 1GCYA 1FH8A 5FKYA 2BHYA 1R87A 4HU8A 2VC9A 5I6SA 1CLXA 4D6CA 1GQJA 5I2UA 3CO4A 3W4RA 3NYDA 3KL5A 2EEXA 1PEZA 4Z2HA 2V5CA 1GVIA 4H41A 4GQQA 1W9VA 1R7OA 1WDRA 1GHRA 1P6WA 4KMQA 4FLRA 3AYRA 4TUFA 1WB0A 2DT1A 4J3XA 4DWSB 2YBUA 3MKKA 1CBGA 1UOKA 3KZSA 1DWAM 2DSUA 3A3HA 1UWUA 3S2CA 2WVUA 4NRSA 2QF8A 3GNPA 4L4OA 2WC4A 1BQCA 2WVSA 1GNXA 2BVTA 3NIYA 2FHCA 1KR0A 3MV11 2XGBA 3PZTA 1CDGA 1LWJA 1V6UA 3AIQA 1KWGA 3WH5A 3CUGA 1HJWA 3O9NA 4HA4A 2E9LA 1KR1A 3NJ3A 3WD0A 1CWYA 3UR7A 4C7DA 5AYBA 1UWIA 4MB5A 1EDGA 2VL4A 1ODUA 5D9NA 3BSGA 3AI0A 3L4XA 3A4XA 1PX8A 4UQEA 1CPUA 4M1RA 2WPGA 2XWDA 1SYTA 5CQ1A 3WQ8A 2BHZA 4D6GA 4MB1A 1W1PA 2AOSA 4ZE4A 4AWEA 2Z1KA 1HJSA 2CBUA 4KRTA 1AQ0A 2RGMA 3N18A 3F5LA 4CN6A 4U3CA 1LL6A 4JL1A 1E3XA 2Y5EA 3THDA 2JEQA 3CH9A 1H3GA 5A6BD 5E6YA 2CHNA 1R85A 1EDQA 1DTUA 1TA3A 2WYSA 1MW3A 3WH6A 1UH4A 4GPNA 4ZENA 1E1FA 1HVQA 3T09A 1M53A 3D5HA 3A6OA 2V3GA 4P7LA 2PF0A 1MQQA 4A3HA 1VBUA 1CEOA 2DH3A 3FY1A 1AMYA 3EBVA 4GI8A 2X0HA 5IFPA 7TAAA 2YLLA 2DDXA 2WM0A 2ZICA 1XSKA 3GNOA 1J12A 1GW1A 2VI0A 2UY5A 2W63A 4LYPA 1RH9A 1C8QA 1H1NA 3NDYA 1W1VA 4UQCA 1E0VA 3DHUA 5IHRA 4MB3A 3VINA 4ATWA 3AMDA 2CESA 2DIJA 1V6WA 3MUY1 2BY1A 1QW8A 2WSPA 5BYWA 1LF1A 2OSWA 1CZ1A 2Y8VA 2BHUA 3K8LA 1J0YA 2ZUTA 2W66A 3WDIA 3L4VA 3VVGA 3CMGA 2CXGA 3BC9A 1GZJA 4GXPA 3EDFA 2UWFA 1MQPA 1E0XA 2E9BA 1H49A 4UQDA 1QNSA 2ZXDA 1EQCA 1NWTA 4IM4A 4H8UA 4JL2A 1NOUA 4MNKA 4NZCA 3AMCA 2OWWA 1W2PA 5E09A 5BXRA 3VOCA 2X2YA 5JBEA 3ZJ7A 3SCWA 2ZUVA 3VU2A 1V3JA 1PZ3A 3M7SA 1QPKA 2D20A 4JCMA 3N1AA 4AISA 1WAWA 4V2XA 2J62A 4V27A 4QLJA 3K4AA 3WQ6A 3PTMA 1FHDA 1BF2A 1SFSA 2XVKA 2CBVA 2XPKA 2DSZA 2VUYA 5F7UA 3WMCA 4MNLA 2OSXA 4X0NA 1JFHA 4FMVA 2WKLA 3A47A 1PZ2A 5CPTA 4QAWA 3VIKA 1H0IA 3AJ7A 4FK9A 3MUIA 1OIFA 3EDKA 3WEZA 2VCAA 1FP9A 3IJ8A 4OJYA 4S3JA 2E4TA 4UFJA 3S6TA 3WDPP 2ZUWA 4B9ZA 4RE3A 1DWHM 4KGLA 3BGAA 1CGWA 2XM1A 1EXPA 1E43A 2WXDM 4XB3A 2WVTA 3OGRA 2W4XA 1WO2A 1ZL1A 3GH7A 2VX7A 4AYSA 1XD1A 3AIUA 3RO8A 3K4DA 5HBFA 1QOXA 2XHYA 1CYGA 1VB9A 2IXVA 3CZLA 1GOIA 2WBGA 4A4AA 3EYPA 2J8FA 1LG1A 2ZX8A 4W5ZA 2A3BA 2D0HA 1H4PA 3OGSA 3VD3A 4PSRA 2CPUA 1TA3B 3AS2A 3IK2A 4TX8A 1W91A 5A2CA 3IJ9A 1CXLA 1UR8A 2ZIDA 4MPKA 3SCQA 3PHAA 1HF6A 4AZHA 1RP9A 1BFNA 4GINA 1B90A 4UR9A 3BAYA 4Y7EA 4B15A 5FCZA 4XX6A 4D6IA 5A95A 1BYDA 3G6LA 5JBDA 1W1TA 4W8LA 4U5IA 2J7DA 3ARWA 4M82A 5A2AA 3MU7A 1VRXA 1UYQA 2W62A 5FD0A 2OYMA 4CD4A 2V3EA 1ZU8A 4J3UA 1C3FA 5HXMA 4W8AA 1V3HA 2XFRA 1R86A 2CEQA 2BY2A 3VGBA 2JE8A 4FLOA 3SCUA 3VIOA 2VZSA 4D6JA 1WCGA 1FOBA 4JFTA 2DQXA 4XV0A 1VEMA 3WUEA 4JCLA 2ZWZA 1EGZA 1B0IA 1UD6A 3WBAA 5M5DA 2GJPA 3WQ4A 5JIWA 1V3IA 4GZEA 1QNQA 1WP6A 4YHEA 1HP5A 1MFUA 2HVMA 4HOXA 3MANA 2CCRA 4AZCB 1E9LA 1NQ6A 1JD9A 4WLCA 3WMSA 2A3EA 1CENA 3AXHA 2JIWA 5BROA 3LPFA 2W61A 3CUJA 3B8SA 3PZOA 4BS0A 1UKOA 1Q6CA 2FH8A 3OZPA 2OSYA 1JDAA 3ARRA 2VRQA 5FOOA 5EBAA 1O7AA 2JEPA 1V3LA 2J47A 4W8BA 1LL4A 3SUSA 3U7BA 4AZ6A 3AS0A 1UHVA 3T2QA 2G4FA 5ABHA 2CITA 2ZX5A 1OT2A 2D0FA 4HOZA 4RE4A 3AHXA 3L4ZA 2D0GA 3GDBA 1W9UA 2J7EA 4MAVA 3AOFA 4OOZA 3TP4A 1BVNP 1EHNA 5LA2A 1CNVA 2Y2WA 4GIAA 2D3LA 1QNPA 3M46A 3L4YA 2DT2A 5ABGA 2XVGA 4D6DA 4UFHA 1UWSA 3L2LA 2YDQA 6TAAA 1ISXA 1JYWA 1UR9A 3M07A 3WH7A 1GJUA 1BPLB 4W7VA 1ECEA 3GH5A 3W6LA 1XYZA 1EO5A 2E8YA 1OCQA 2ESCA 1UD8A 2UY3A 3CZEA 4HTYA 4UFIA 2GVYA 4CUCA 3W82A 4UNIA 1FP8A 4PSPA 1JF6A 2BV9A 5M3WA 2YA0A 3KEHA 1OGSA 2G3IA 1VIWA 3T08A 2ZUMA 1E6RA 1Q6DA 1J18A 2DEPA 4P7NA 1BTCA 3ARSA 3W24A 4F66A 1B9ZA 1VBRA 2DT3A 2WLYA 3PZQA 2YL9A 1OIMA 1G5AA 5CJ5A 1QHPA 1MW2A 3AIVA 5BWFA 2XUCA 1BGGA 3W29A 2V38A 1E15A 2NW0A 3AZTA 1QI2A 2W92A 3IAPA 2CBIA 3ZT7A 3ZSSA 4JFUA 3AIEA 4Q7NA 3WQVA 1CTNA 1UH2A 2J74A 1E71M 1PX3A 2X8RA 3U57A 1HVXA 4HA3A 3N13A 4PEEA 1JI1A 1V6YA 3BLKA 1OGBA 2PWHA 1DWGM 4ML4A 3ZIZA 2WCGA 5D4YA 1VFUA 1TZ7A 3WUBA 1LLOA 1XGZA 2B31A 4UCFA 5A94A 4LGXA 5I5RA 4BA0A 4URIA 4HOWA 1EOMA 1JYXA 3W37A 4AD0A 2ZX9A 1C8YA 1NWUA 1QHOA 4RE2A 5A8PA 5BRQA 3DHPA 4P7OA 5FL0A 2QMJA 4LX4A 3BAWA 1VJSA 5A6LA 1HKIA 1UD4A 1C7TA 3QOKA 3NUKA 1DWFM 1W3HA 1CLVA 4M29A 4AD1A 4CCDA 2GDVA 4ZXOA 5CXPA 3VD9A 1V08A 1PJ9A 2OYLA 3TOPA 1J0KA 3IANA 2PWDA 4CU6A 1VFOA 2UY4A 4AIUA 5IHSA 2O9TA 1QI0A 1H5VA 5IDIA 2WSKA 5C8BB 2JIEA 3VIPA 6A3HA 1Q4NX 2YLAA 3ARYA 3BH4A 2BY3A 4P8WA 5D9OA 2WMKA 1WDQA 4CD5A 4Z2LA 1W9BM 4J7RA 3WFLA 4LQ1A 3RCNA 1J10A 5BXPA 1K6AA 5EMYA 2E3ZA 3T0BA 4HA1A 1CXKA 4N42A 3WNLA 5ABFA 2BVYA 4W86A 3GH4A 3VKKA 5A2BA 4M80A 1H11A 2ZUSA 5A6SA 3ARTA 1ZBCA 4WKFA 1GORA 3WBEA 1SMDA 2FHFA 1MYRA 1XCWA 4CN1A 4PMDA 4Z2KA 3VMPA 3VNYA 4UOZA 1CGYA 4W7WA 9CGTA 4PMUA 4HMCA 4DM1A 2XM2A 1HKKA 1V6VA 1V02A 2VCCA 3J7HA 1CXFA 1NARA 1U2YA 3GXDA 3W27A 5LA0A 1JZ5A 5E6ZA 4AIEA 2VZOA 1J0HA 1US2A 3CLWA 4IPNB 1TVPA 1LQ0A 4PMYA 2XFYA 3QR3A 4L4PA 1UD2A 4JFVA 3F5KA 3BMVA 3SUUA 1ISYA 3CBWA 1MW1A 3FHAA 5HPCA 5CGTA 4W5UA 3CUFA 1HJQA 4PUDA 3BMWA 2XIBA 4GO9A 3ECQA 5FIPA 1VEPA 2BVDA 3AMKA 3VIIA 3ARZA 2X05A 4Z2JA 3RM8A 1GOOA 2VRKA 4DUWA 1BSIA 4BQ3A 3GXIA 1WDPA 4F8XA 3CIVA 4U3AA 4AMCA 1OGGA 3ARQA 1XSJA 2AMGA 4PMNA 1CIUA 3CMJA 1LL7A 2WMHA 3TA9A 4YHGA 2E0PA 1W9DM 4JKLA 1ZJBA 2CETA 2IXUA 5I24A 2J7HA 4TVUA 1OD8A 1KCKA 4C7FA 2J7BA 1D2KA 2TAAA 2EXOA 4E8CA 2MANA 2DPEA 2CKRA 5D8ZA 5I0DA 3GNRA 3KE0A 2QPSA 1MWOA 1KWKA 2E9MA 1MXGA 2WWDA 1QHZA 3FXYA 4Z2IA 3DECA 3EDDA 4TXEA 4P8VA 1JZ8A 3DC0A 3QHMA 4MNMA 3A4AA 1OD0A 4UFKA 3QGVA 3FAXA 4MDOA 1ESWA 4BZYA 2VTFA 3SURA 4XZWA 3ALGA 4WSKA 3O6AA 1E4MM 3DYOA 5A8OA 1ISWA 3VO0A 1WE5A 1YHTA 3RM9A 3ZT5A 1XC6A 5DT5A 3WENA 2J78A 3KL3A 5CLWA 4EAMA 3AQUA 1NOWA 2O9PA 4B3KA 5ABFB 3AHZA 3FAWA 2V5DA 2WBKA 4F79A 4M81A 4PCSA 1QI4A 2WC3A 1B3VA 1HL8A 2WZIA 4WIWA 3O2LA 1C92A 2VR4A 1BYCA 3WDJA 4A3YA 1OM0A 5DFAA 1L8NA 4LXFA 1HJUA 5LA1A 1JXKA 4AD5A 4DUXA 4PCTA 4WKHA 4PTMA 3DYMA 3GZAA 3IAQA 4QFUA 4CN4A 1K9FA 3SCVA 5CLTA 1JI2A 4CVUA 2VJXA 3PZMA 4DUVA 1XV8A 3UG3A 4U5KA 3BAIA 5LYRA 2O9RA 5GNYA 1K9EA 3ZJ6A 3VIMA 3BAKA 1U30A 1KXVA 5I78A 4MAZA 4ACZA 3OB8A 1KB3A 3CGTA 1JZ4A 5A1AA 4MNJA 2OWCA 3W6MA 3WL1A 1G9HA 4HPHA 3EMZA 1VAHA 3WY1A 1V0KA 3VMNA 4FLSA 1A3HA 3N9KA 3TTSA 4F9DA 4JHOA 3VUPA 2XSAA 4YN5A 4UQAA 4PMXA 3WQ5A 1Q6EA 3N17A 4AEFA 1IZKA 2YA2A 3SIMA 2EJ1A 4Z2GA 3VIJA 4AXNA 2VVNA 3WNOA 3NSNA 1K9TA 3UCQA 1E6ZA 3OLIA 2XVNA 5E0CA 3AYSA 2WHKA 1E0WA 5ECUA 3VILA 4WKAA 1TUXA 3GXMA 1DWJM 2ZOXA 4GZIA 4HMDA 4U31A 5AC4A 5E0FA 4HU0A 3QHNA 1V3KA 2EPOA 4AC1X 5I3DA 2BFGA 3GYCA 1GQIA 1WDSA 3T2OA 3CPUA 4D1JA 1W3LA 2GDUA 3THCA 3AROA 1OT1A 1E40A 4PTWA 3VGGA 3VD7A 3IJ7A 1XCXA 1UWRA 1OWQA 3U5UA 4HPGA 1UQZA 3VMOA 3GBEA 1JNDA 2FGLA 4EKJA 2WLZA 3ZT6A 2C0HA 4ZXLA 3AIWA 2BY0A 4W84A 4UQBA 2G8ZA 5HPOA 3NDZA 3VGEA 3BAJA 4JZ5A 4UOQA 3N15A 4PYSA 4QLKA 2ZXBA 5GPRA 3LMYA 1E6SM 1TCMA 4U2ZA 2QLYA 3KL0A 3CUHA 3SCPA 2PBOA 5I79A 1XH2A 1KGWA 2GUYA 2Y8KA 4CVWA 1FA2A 3TTQA 1F4HA 1BHGA 3VX0A 4JKMA 3OG2A 2JFEX 2VOTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ENH A;  1MNZ A;  1XIN A;  2D23 A;  4DJD D;  3SXK A;  3EWU A;  1KKO A;  1BYA A;  4R2D A;  1ZAI A;  5JMU A;  4KPL A;  4NQ1 A;  2YTP A;  1H7W A;  4NAF A;  3REQ A;  3PFM A;  4IFK A;  2VX6 A;  4GGH A;  3WF4 A;  2G3F A;  4AW7 A;  2IUZ A;  3SFK A;  1FWF C;  3LOT A;  5DCB A;  2YXX A;  1MEW A;  3GC4 A;  2EPM X;  4FX8 A;  4RJE A;  8XIM A;  4LBU A;  4DM2 A;  4LCS A;  1VLS A;  3EWW A;  1OF6 A;  2EN1 A;  4AL0 A;  1X96 A;  3DM5 A;  1OCC C;  4WF7 A;  4GQH A;  1UR2 A;  3T7V A;  4DV1 E;  3QV9 A;  3TYE A;  4X22 A;  4Q8P A;  5LXX A;  2NT0 A;  5D32 A;  4QLL A;  1Z8A A;  4OBR A;  4GAC A;  4NNA A;  4WSJ A;  4TVD A;  5IBX A;  4CCC A;  5FF0 A;  1TRI A;  5EBU A;  3DE8 A;  3K1G A;  4CLM A;  2SFP A;  4AX7 A;  1RR2 A;  4NI3 A;  1ZAH A;  1K77 A;  5AOU A;  2FZB A;  4DV7 E;  1A47 A;  4B90 A;  3T9O A;  1MFV A;  3BCF A;  2P3Z A;  3K1I A;  3FXG A;  1AH4 A;  2Y1H A;  4BJT A;  4IPJ A;  4LUI A;  2B7V A;  1XLI A;  1O3U A;  4CIP A;  5H6H A;  2HVO A;  1S3T C;  5CC6 A;  4HME A;  4Z9J A;  1MVY A;  3DER A;  4DV4 E;  3OA5 A;  2D24 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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