5ADXA

Cryoem structure of dynactin complex at 4.0 angstrom resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
IANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGPKAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKEQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKNRERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSIMRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQYYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSKKEYEEDGARSIHRKTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN RELATED PROTEIN 1
publication title The Structure of the Dynactin Complex and its Interaction with Dynein.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5adxA03
4H5TA 5KPZA 1LOTB 2Q1NA 5ADXH 2GUPA 3A5OC 3A0IX 4O5FA 5AQNA 1HKGA 3BF1A 5F2RA 3HM8A 1NGCA 3CQXA 1HPMA 1RDWX 3CJAA 4WQ5C 5EY4A 3H3OB 1BOTO 3WXKA 1WOQA 1QZ6A 3BP8A 3GE1A 1IJJA 3FZLA 3HBTA 1QQNA 2QM1A 2CGJA 5AQWA 3UKUB 2E88A 2PAVA 5AQVA 2A5XA 4JNEA 3LM2A 4CJ7A 3DWLA 4FWSA 5BN9A 3WXIA 2P9LB 3MN7A 3ZX3A 2HOEA 2YHWA 3GBTA 2AA4A 3FR0A 4C23A 4BROA 3HSCA 2Q0UA 4YDUC 1EQYA 4M63C 4KBOA 1NGHA 4I6MB 2VCPA 4H03B 4JN4A 3D2FB 4CZLA 3EN9A 3H3NO 3CJ9A 3U4LA 5E84A 3UKUA 1NGDA 3WQUA 1P8ZA 1SQKA 3QBWA 2UYTA 1BU6O 3R9PA 4FWRA 2ASMA 2IVNA 1JCFA 2E8AA 4H5NA 4BR7A 2P9LA 3VEXA 5EX5A 3DXMB 3VF6A 2E2OA 1MDUB 2P9NA 4B1VA 4CZMA 3I33A 3ENOA 1TUYA 3VF2A 1BO5O 1NGJA 1NGAA 4BR9A 5AFUA 4IO8A 4IXCA 3U8XA 1GLAG 3S41A 4I6MA 2YI1A 4HWIA 5ADXA 3MDQA 3CERA 3LL3A 3D2FA 3JXUA 2J4RA 2QXLA 2KHOA 1MWMA 2FXUA 1NGIA 5AQIA 5LJWA 2VYPA 5AQKA 4BVPA 1Z05A 3C7NB 1NM1A 1GLFO 3ID8A 1ZBSA 1U2VB 1T44A 4E1JA 3VGKA 4CZFA 5JICA 1GLLO 2QWNA 2YHYA 3DXMA 5AQQA 4DQ8A 2CGKA 4BC2A 2A42A 4M7YA 4BRCA 3FLCO 2W40A 2VWBA 1KXPA 3R8EA 4CZKA 2HF3A 1ATRA 2YHXA 5EOYA 5AQGA 3VEOA 4WQ4A 1HLUA 3QMLA 3HI0A 2P9SB 4RTFD 4BC4A 1D4XA 3QDKA 2QWLA 4H0PA 2IIRA 4BR5A 3ENHA 1GLCG 3D2EB 1C0GA 2BUPA 3CJ1A 5BREA 4ISEA 1XC3A 3MCPA 1GLJO 1SZ2A 4BRIA 2GEMA 3C7NA 2V51B 3UE5A 2FLOA 3M3ZA 5BPLA 4BC3A 3VETA 2QWPA 3A8YA 5FPEA 1DEJA 4NB4A 3BEXA 5JLFA 3O8MA 1CZAN 3L6QA 3RSEB 1T6CA 1X9JA 1HX1A 2F9WA 2P9SA 3O5BA 5AQYA 5BRDA 1WUAA 2FF3B 4IJNA 1HKCA 3D2EA 2D0OA 3CIPA 1QQOA 4BRNA 4IWVA 4BRMA 4JHDA 3VGMA 4BR2A 3SMSA 3MN5A 4LC9B 3W0LA 3GG4A 1R59O 1DGKN 3A5NC 3H46O 4WQ5A 4FWQA 1G99A 4BG9A 4J8FA 5AQSA 4K25A 3DXKB 4FWMA 3RSEA 1TUUA 1JCGA 5F1XA 1BA0A 3ZEUB 4F9OA 2H3GX 3VGLA 4PL7A 3LDOA 4MO5A 4CBWA 3QFPA 3CJ7A 2E2NA 2BTFA 4L3QA 3O1WA 3ATVA 1QHAA 3EL2A 3QICA 3KVGA 1GLEG 3U9ZA 3H45C 5CE3A 5BRFA 3FGUA 3QB0A 4EIAA 1QZ5A 4BRKA 1C0FA 5E26A 2E20A 4YDUA 3ATUA 4ISFA 3ZX0A 5BN8A 4H0OA 4CD3A 4EAHD 3DXKA 2P9PB 4Y0WA 2ZWHA 1U6ZA 2W41A 3ZEUA 3CQYA 3QBXA 1YUWA 4PL8A 3CI5A 4BRFA 2YJEA 2CH6A 3FZKA 2IVOA 5BPMA 2E2QA 2A6AA 4EHUA 4B1YB 3GL1A 1SAZA 3M6GA 3WXLA 4FWPA 4K43A 3EZWA 2YCHA 4GY2B 4H0VB 3ZETB 4A62A 5B8HA 1H1VA 1NGBA 2E1YA 4BR4A 4MO4A 4FWKA 1BDGA 4A61A 4RWTA 5EXWA 3SLCA 4CZIA 4BRLA 5LJVA 3VEVA 4FSVA 4FWNA 1RGIA 3CHWA 4JAXA 2ITMA 3VPZA 5AQXA 1MA9B 4H0XB 3M1FA 2GTDA 4BC5A 4CZHA 1OKJA 1V4SA 4BQLA 2DPNA 2QWRA 2QWMA 2PBDA 2GWKA 3EKUA 1IG8A 2ZGZA 3O1BA 5BR9A 2I7PA 1DKGD 4FOEA 1J6ZA 3L0QA 3ZETA 1GLBG 3MMVA 2OANA 4H5WA 4CZGA 4Z94A 5AQRA 3HZ6A 3FFKB 4CZEA 5FPNA 4FOIA 3KZBA 3DAWA 1NGGA 3WT0A 4BG8A 1U2VA 2V7ZA 1NLVA 1YVNA 3GDQA 4IJAA 1NWKA 1Y64A 3IMXA 4DCHA 1YAGA 4GNIA 3EO3A 4XH5A 3TU5A 4QS7A 4XH1A 4CD1A 5KQDA 3FZMA 2QWQA 4B1XB 3G25A 2FSKA 3BF3A 2D0PA 4BGAA 4M7XA 4BRGA 5KPRA 5F0XA 3J8AA 5ELZA 3O80A 3ULEB 2ZF5O 1TYQB 4BQZA 4NO7A 2A3ZA 4PKHA 3P4IA 4MLEA 5AQHA 1X3NA 4AM6A 5AQUA 5AQZA 5KPTA 4B1UB 3L4IA 4FO0A 4DHYA 3LDNA 4PKIA 2ASOA 3A5MC 3LM9A 3MN6A 3WQTA 4IZ9A 1KAXA 4BRQA 5FPMA 3O6WA 1RFQA 4XH4A 5AZJB 4JD2B 3WEEB 5I9EB 1YXQA 4B9QA 5JMVA 3JS6A 5AQLA 3WXJA 3EKSA 3VEWA 3ULEA 4CBUA 3O4WA 4K42A 1TYQA 3HTVA 3SJHA 3A5LC 3SMPA 2A40A 4AM7A 3KHYA 4H0TB 4BGBA 5BPNA 1S22A 4CZJA 2HMPA 4ISGA 5TKYA 1GLDG 2WUSA 3TPQA 3U9DA 3AY9A 3R6MA 4A2AA 1S3XA 1T6DA 2CH5A 5AZJA 4HTLA 4JD2A 3WEEA 5FPDA 1HJOA 4H5RA 3IUCA 2FF6A 2QWOA 4DB3A 2P9NB 1E4GT 2QW9A 3D7EO 2NZTA 3QFUA 3B8AX 4FWOA 5AQOA 3VEYA 3I8BA 2P9IB 3MN9A 1ATSA 1Q18A 4FPBA 4B1WB 1V4TA 3LDLA 4EHTA 2P9UB 2HF4A 2YJFA 4BRPA 2Q36A 1KAYA 3IDHA 5KQ8A 3VEZA 5AQTA 1Z6RA 2P9PA 2AP1A 1XQSC 2D1KA 2GELA 4FPAA 4QS8A 4BR0A 4BREA 3LDQA 1KAZA 3AAQA 2ZGYA 1ZXOA 3VOVA 4MLHA 2V7YA 3ZX2A 3OHRA 3GOIA 1MWKA 3WUHA 2P9IA 3H6EA 2E1ZA 3DJCA 3FZHA 1X3MA 2FSJA 3H1VX 5AZIB 1ESVA 4BRAA 3SK3A 3VF4A 4CBXA 3CJBA 2D4WA 3VESA 2P9UA 4CI6A 1BWFO 2ASPA 1BA1A 5LY3A 3O08A 4B1ZA 1NGFA 2EWSA 5AQJA 3BUZB 4A2BA 4BRHA 2NLXA 1E4FT 2E2PA 3AARA 5AQFA 1LCUA 2V52B 4BRDA 2Q97A 1NGEA 1BUPA 2I7NA 5JLHA 2Q31A 3CETA 2FSNA 4WQ4C 3FE1A 3AAPA 4H0YB 1K8KB 4QS9A 5AZIA 3FZFA 4O8KA 2GWJA 3W3DA 2CGLA 4K41A 5AQPA 2P9KB 3UKRB 2Q0RA 1HKBA 1NBWA 5EVZA 1QQMA 2Q2RA 5AR0A 2A41A 4FL9A 4JHDB 1ATNA 4FWLA 1JCEA 4RCHA 3MK6A 1ZC6A 1XUPO 3VENA 5BRHA 1HUXA 4PKGA 2NRHA 4EFHA 3C0BA 3UB5A 2IVPA 4XEIA 4BVOA 3F9MA 3IFRA 3LDPA 5AQMA 4WYBA 1BG3A 1K8KA 4H5VA 3CJCA 1NMDA 3VERA 5AFUH 3H1QA 2P9KA 3UKRA 2F9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KPZA 4KTQA 5ADXH 3A5OC 1L3UA 5F2RA 3HM8A 3CQXA 1RDWX 4WE1A 1QTMA 1BOTO 4FLYA 3WXKA 3TTDA 1TKZA 2YKMA 4CGDA 4OKKA 2CGJA 5AQWA 1EO1A 4BY9C 4DFMA 1B92A 2PAVA 2A5XA 3LPTA 4IDKA 1WN7A 4FJ8A 3RRHA 3LM2A 4CJ7A 3CC7N 3DWLA 4MQ3A 4EZ9A 1NOYA 4JYAK 1D5AA 3J7YP 1SS6A 3CF5L 4HUEA 3HSCA 4LFCK 3HP6A 3S3OA 4FK0A 3LALA 3DRPA 4JI8K 2WBNA 4CZLA 3EN9A 3H3NO 2XY7A 3UKUA 1NGDA 3AGKA 3ID6A 1BU6O 3R9PA 5IWAK 4MDBA 3O4NA 4ILJA 3SNNA 4NCAA 3DRSA 4FWRA 4BR7A 2E8AA 2P9LA 1TKXA 4GVEA 3VEXA 3VF6A 1MDUB 1KRPA 1EWRA 2HHWA 4CZMA 2XY6A 3ENOA 1XI1A 3VTHA 3VF2A 1NGJA 1NGAA 4GW6A 4U67L 3CPEA 3PO4A 4IXCA 4I6MA 5D3GA 5ADXA 3CERA 4G1QA 4FCYA 4Q5VA 2KHOA 4F3OA 3PO5A 2FXUA 3TSQA 4CERA 1FW6A 2OTLN 4FW1A 2HHQA 5LL6Z 2ZM6K 2XHBA 4CJSA 4O0JA 3AVGA 2W40A 3M8QA 1KXPA 3R8EA 3NGIA 2YNGA 2HF3A 4PHTX 3QMLA 2W6KA 4M3ZA 4FM1A 2HBKA 3ASMA 2WFBA 1VSJA 1VSDA 2BUPA 3CJ1A 4ISEA 1GLJO 1SUQA 4K8ZA 4I9QA 2FLOA 3QINA 3Q7BA 3VETA 3PV8A 5CYMA 3NMUA 4QOZB 3VQCA 4JI6K 3VMFB 3OYKA 3L6QA 3JSMA 1X9JA 2Z1JA 3HO1A 4BWJA 4FJIA 2F9WA 2W6LA 3AV9A 2FF3B 1HKCA 2KQ2A 3CMAN 2D0OA 2F7TA 3BDPA 3K9JA 4B3SK 4KRFA 4BRNA 4FM0A 1SKRA 4FJMA 1NKEA 3RMAA 5JVHL 3AVLA 3A5NC 3QIOA 1VQ9N 1G99A 4CIEA 4CIFA 4M3WA 4CJ4A 1BQMA 3ZT2A 1EP4A 1TUUA 1JCGA 3ZEUB 2KZZA 2QKKA 4IG3A 4HUGA 3VGLA 1L3VA 4MO5A 4CBWA 1C1CA 4EP5A 1VAZA 1M1KO 3TAMA 4PWDA 3Q7CA 3ATVA 1QHAA 3QICA 3H45C 1KFDA 4JI3K 1RT6A 5BRFA 3SV3A 2OA8A 4BRKA 4CEQA 5E26A 4K0KK 3IG1A 3THYA 3ZX0A 1L3SA 1JLAA 4H0OA 5GAGP 5BN8A 1W7AA 4WFBL 4J2AA 4HCCA 2O8CA 2P9PB 4Y0WA 3TAGA 2ZWHA 1U6ZA 1IKXA 3NFAA 2F8SA 4YOUA 3OYCA 4C8NA 4X64K 3DLGA 3ENBA 4FJXA 3SQ0A 1KVBA 1BGXT 4CJVA 3M6GA 4N56A 3OYGA 3EZWA 3AA2A 4CJ5A 3B6OA 4A62A 4C8LA 3KLIA 1JLFA 1VRUA 3PUFA 4CEZA 3PIOL 5LJVA 3VEVA 3RWUA 3K5NA 1RGIA 3P38A 4LFAK 3CHWA 4JAXA 3VPZA 4KO0A 2OZSA 3VQ7A 4ELUA 4CZHA 1OKJA 3O3FA 3ZT1A 4CGFA 4NLBA 2QWRA 3QETA 4J2BA 4DQIA 1RT1A 4FOEA 3CCEN 1S72N 3U3YA 1N8RO 3ZETA 3RTVA 4KHNA 3K5LA 3KLHA 2B4JA 4CFDA 3DAWA 4BG8A 4B3OA 4DCHA 3RMDA 4N5SA 4JK7A 3TU5A 1RT3A 2EX3A 1NU0A 4LF4K 1VQPN 4TSXA 5KPRA 1XMOK 3I56N 3SUNA 4PKHA 4MLEA 4Z4EA 2P5OA 3LAMA 1X3NA 5DK5A 1IG9A 4FO0A 1Y97A 1W97L 4LSLA 3DRRA 4PKIA 4DQQA 4G9ZA 2ASOA 3A5MC 3WNGA 3DOKA 3LZIA 2ITGA 4YOTA 4OPJA 2P51A 4JD2B 3WNHA 2ZJRL 1I39A 4IFEA 5AQLA 3EKSA 1QHTA 1SKSA 1N5YA 3O4WA 4B9LA 2DFFA 1WSIA 3KLGA 1TYQA 3HTVA 4CF9A 3SMPA 3SQ1A 4IFVA 4I9LA 1FXXA 4CGHA 2WUSA 3HSTB 3TPQA 3U9DA 4M45A 1IKVA 1B9DA 1KCFA 3NF9A 3WEEA 3SV4A 3I55N 4WCEL 3K5OA 2RF2A 4OGEA 3QFUA 1IV0A 2VQFK 3OJUA 1VSKA 3HPOA 2E4LA 2IAJA 2P9IB 4YOWA 1VQKN 2D0BA 4DV5K 4DS4A 2IGIA 3K58A 3LDLA 3P39A 4DV4K 3CCJN 4KH6A 2HF4A 1KAYA 1QS4A 3VEZA 5HBMA 4CJEA 3K5MA 4CGIA 2XRIA 2O8DA 2W42A 4CECA 2AP1A 1XQSC 4BR0A 3M5RA 3OW2M 1HJRA 3J7AP 4F2SA 4DV3K 4DV7K 4JI2K 4MLHA 4W5OA 4ICLA 2PY5A 4B3TK 1IBKK 2P9UA 5C12A 4B1ZA 1NGFA 3L2UA 1VSLA 5AQJA 5KRTA 4CEDA 4U7BA 4LSNA 2NUBA 3L2QA 4F8RA 4BRDA 3F73A 1NGEA 1BUPA 5JLHA 2Q31A 2G8IA 3VQ8A 3CETA 3K59A 4KREA 3ZSWA 3FE1A 1UA0A 3AAPA 2ZJPL 2XO7A 3DLHA 2QXFA 4CGJA 4O8KA 1RDBA 2GWJA 3W3DA 2CGLA 3HPHA 4DSEA 4B9TA 4CFAA 4CJFA 2UXDK 1HKBA 2HBJA 3O4QA 3KK1A 4A59A 1JCEA 3OYNA 1J5EK 1NJXA 1ZC6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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