The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
97
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sequence length |
410
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structure length |
392
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Chain Sequence |
EVEQDVPVDIEGEMSNNSLTYFDKHTDSVFAIGHHPNLPLVCTGGGDNLAHLWTSHSQPPKFAGTLTGYGESVISCSFTSEGGFLVTADMSGKVLVHMGQKGGAQWKLASQMQEVEEIVWLKTHPTIARTFAFGATDGSVWCYQINEQDGSLEQLMSGFVHQQDCSMGEFINTDKGENTLELVTCSLDSTIVAWNCFTGQQLFKITQAEIKGLEAPWISLSLAPETLTKGNSGVVACGSNNGLLAVINCNNGGAILHLSTVIELKPEQDELDASIESISWSSKFSLMAIGLVCGEILLYDTSAWRVRHKFVLEDSVTKLMFDNDDLFASCINGKVYQFNARTGQEKFVCVGHNMGVLDFILLHPVANTGTEQKRKVITAGDEGVSLVFEVPN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Chaperone
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| molecule keywords |
RIBOSOME ASSEMBLY PROTEIN SQT1
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| publication title |
Sqt1P is an Eight-Bladed Wd40 Protein
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
97
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| structure length |
392
|
| sequence length |
410
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KRX B; 4BL0 A; 4BH6 A; 5B4W A; 2CE8 A; 1VYH C; 3I89 A; 3AH8 B; 4QQE A; 4ES0 A; 5FQD A; 4TZ4 A; 2P9S C; 2Q7Q A; 5TDH B; 3SHF A; 4JD2 C; 4LGN A; 3RRM C; 4OZU A; 5HE0 B; 5EML B; 4PBY A; 3SCY A; 3FM0 A; 3KRW B; 2P9I C; 5TF2 A; 2IUP A; 2BBK H; 3PXS D; 1K8K C; 5IJ8 E; 4GGA A; 4PSW B; 4U1E I; 3I7K A; 3B7F A; 4ZOV A; 4J79 A; 3EI1 B; 5AJA A; 3RFG A; 2QC5 A; 1RI6 A; 4BUJ C; 2HJ4 A; 3SBQ A; 5H17 A; 3RMZ D; 4JSV C; 4J82 A; 1B9Y A; 1XKS A; 2IWK A; 4PXW A; 3GRE A; 5I5J A; 3RFH A; 4GM3 A; 3FRX A; 2Z2N A; 3PXW D; 3SVW D; 4CI2 A; 2HXC A; 2H6N A; 1MDA H; 2IUR A; 2H3X A; 2AH0 A; 1N6F A; 2I0S A; 2OVQ B; 4GQ1 A; 4QL1 A; 4ZOZ A; 4QT8 A; 3UVO A; 4OWR A; 4A7J A; 4L3G D; 3OTT A; 5EAL A; 5FLX g; 3PVW B; 1MG2 A; 2G9A A; 5GXH A; 4AOW A; 3DXK C; 2H13 A; 2HJB A; 2OVR B; 4FA5 D; 4Z8L A; 1GOT B; 3EI4 A; 4QRJ A; 2B5N A; 5THA A; 3EI2 A; 2AGZ A; 1N6D A; 3F3P A; 4I79 A; 3MXX A; 2PM9 B; 3I7P A; 4D0K A; 3UVK A; 1NEX B; 1JMX B; 5GMK n; 5TEF A; 2GC7 A; 4E5Z A; 2HKM A; 3V5W B; 1N6E A; 4ERQ A; 3VGZ A; 3EG6 A; 3UVL A; 5HE2 B; 5IGO A; 3EMH A; 5SXM A; 5KDO B; 4J8B A; 4EWR A; 4K3I D; 3JPX A; 2PBI B; 5JWZ A; 4H5I A; 3N0E A; 5HE1 B; 4FB1 D; 4X3E A; 5H14 A; 3UKR C; 4UI9 R; 3JB9 L; 3AFC A; 2P9K C; 1QNI A; 2I0T A; 4O3U B; 3C9C A; 3ULE C; 3JZN A; 3SJL D; 3SXT D; 2G99 A; 1OLZ A; 3I7H A; 2OK4 A; 3IIY A; 3EI4 B; 3SLE D; 3EI2 B; 2QXV A; 5AMS A; 4CI8 A; 4J0W A; 4J84 A; 3MKQ A; 3I8C A; 2IUQ A; 2YNN A; 3I8E A; 3W15 A; 4U7A A; 1GP2 B; 4D6V A; 3DSM A; 3PXT D; 4E5Z B; 3BG0 A; 5EM2 A; 3SBP A; 4FAV D; 2H9M A; 3K26 A; 2H9P A; 3JZH A; 4A0A A; 3C5M A; 3NVX A; 3U4Y A; 3BG1 A; 5CXB A; 3MZL A; 3SFZ A; 3OW8 A; 3PSL A; 3SBR A; 4CY3 A; 3N0D A; 3UVN A; 1TYQ C; 3K27 A; 4Y7R A; 2CN3 A; 1XHM A; 5FKS A; 2YNO A; 4FA9 D; 2O9K A; 2W18 A; 4A08 A; 4IA9 A; 2H14 A; 4GGC A; 4JSX C; 2TRC B; 2AGW A; 5FXY A; 3JRP A; 3I7N A; 3MMY A; 5EM2 B; 4CZX A; 3VH0 A; 1OMW B; 4KFM B; 5IJ7 E; 5I5I A; 5FKQ A; 4FA4 D; 4A0A B; 2CNX A; 4JSN C; 4JT6 C; 2AGX A; 5EAP A; 5IT9 g; 2PM6 B; 2P9U C; 4J81 A; 5CXB B; 1SHY B; 4E54 A; 4R7A B; 3C99 A; 3OKT A; 1S4U X; 3IJ0 A; 2MTA H; 2J57 G; 4L9O A; 1JMZ B; 1GXR A; 2H6Q A; 2AGY A; 2CE9 A; 3F3G A; 3EWE A; 3P4F A; 3IJC A; 2HYE A; 4A0B A; 4GM8 A; 4A08 B; 2I3S A; 4XYI A; 1A0R B; 3IIW A; 4FWW A; 4X60 B; 3I7L A; 5FA5 B; 1P22 A; 2OJY A; 3NVQ A; 5TEE A; 3UR4 A; 4G56 B; 4L1Q D; 5C9Z B; 3SN6 B; 4ZOY A; 4ZOX A; 4O1Q D; 5IC7 A; 2IAA A; 3DWL C; 1JOF A; 2IUV A; 4ERY A; 3V7D B; 4GM9 A; 4J73 A; 3L4M D; 4YVD A; 3RN1 D; 4E54 B; 2HKR A; 5AFU 3; 4K3J B; 1SQJ A; 4PNK B; 3I7O A; 4CI1 A; 3OL2 A; 4A2L A; 1PEV A; 5EMK B; 1U2V C; 3RN0 D; 3EU7 A; 2P9P C; 4A0B B; 3V9F A; 4X63 B; 3GFC A; 2CO0 A; 4A2M A; 4CY5 A; 5IGQ A; 2YNP A; 3UKU C; 3C75 H; 2B5L A; 4H5J A; 5HE3 B; 1FWX A; 3MZK A; 2HES X; 4GZ8 A; 2Z2O A; 3JRO A; 2OK6 A; 4JXM A; 3HFQ A; 3E0C A; 5CXC A; 2Z2P A; 4CY1 A; 5GXI A; 3UVM A; 1SQ9 A; 2BCJ B; 4A11 A; 4ESG A; 2XL2 A; 4PSX B; 4HDJ A; 2H6K A; 4A09 A; 1Q47 A; 3ODT A; 2I3T A; 3OL2 B; 2OVP B; 3ZWL B; 2H47 A; 2XL3 A; 5EAM A; 3CIK B; 3AL9 A; 2B4E A; 3FGB A; 3EI1 A; 1GG2 B; 1MG3 A; 3JZG A; 1NR0 A; 3J80 g; 4O3T B; 4CC9 A; 5C2V B; 2J56 H; 4XYH A; 5CXC B; 3L4O D; 4A11 B; 5CYK A; 4FA1 D; 2CO0 C; 2CN2 A; 3F3F A; 5EAR A; 2GC4 A; 2GNQ A; 1XIP A; 4GQB B; 1PI6 A; 5HYN B; 4PC0 A; 4IMM A; 4A09 B; 4CZY A; 2YMU A; 4X61 B; 4J87 A; 4L3H D; 5C2W B; 3OKY A; 3CFV A; 2XU7 A; 4CY2 A; 2IWF A; 2P9L C; 3RLM D; 3JAM g; 3ORV D; 1R5M A; 1YFQ A; 3EI3 A; 1ERJ A; 2YB8 B; 3SMR A; 4FAN D; 3AL8 A; 4ERZ A; 4J78 A; 1U4C A; 5CYK B; 4LG9 A; 2OIZ A; 2H9L A; 3MKS B; 3IJ1 A; 4O45 A; 4FHL A; 5K1C C; 4J77 A; 5FKT A; 2PM9 A; 3A0F A; 5A2Q g; 5FKR A; 4MK0 B; 2I0R A; 5H1M A; 3OKY B; 4JT5 C; 3PVU B; 2AGL A; 5K19 A; 2EBS A; 3PSC B; 4XEI C; 3I2N A; 3PE7 A; 3EI3 B; 1L0Q A; 1TBG A; 2UZY B; 2PM7 B; 3AL8 B; 4J86 A; 5I5M A; 3RSE C; 4PBZ A; 2YBA A; 5EMJ B; 4JSP C; 3VA6 A; 1JJU B; 4NSX A; 3SWS D; 5HQG A; 4CI3 A; 2P9N C; 2XYI A; 4O9D A; 5GSA A; 4ZN4 A; 4GGD A; 2AQ5 A; 4N14 A; 2J55 H; 3NVN A; 3IKO A; 2H9N A; 4AEZ A; 4GQ2 P; 4LG8 A; 4Y5R D; 1PGU A; 2AH1 A; 2H68 A; 4J0X A; 1K32 A; 4CZV A; 5EMM B; 3J81 g; 3CFS B; 1B9X A; 3BWS A; 4J8G A; 2B5M A; 1PBY B; 3DM0 A; 3OKW A; 4GMB A; 3DXM C; 2UZX B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KRX B; 4MMY A; 5E6R A; 4BL0 A; 4BH6 A; 3GC3 B; 5B4W A; 2CE8 A; 1VYH C; 3I89 A; 3AH8 B; 1E8M A; 4QQE A; 4ES0 A; 5FQD A; 4TZ4 A; 4WK2 A; 3IJE A; 2P9S C; 2Q7Q A; 5TDH B; 3SHF A; 4AX4 A; 4JD2 C; 1VZ2 A; 3MUN A; 4LGN A; 3RRM C; 4OZU A; 5HE0 B; 5M5S A; 5EML B; 4PBY A; 1JV2 A; 4DNU A; 3SCY A; 3FM0 A; 3KRW B; 2P9I C; 5TF2 A; 2IUP A; 2BBK H; 3PXS D; 1K8K C; 5IJ8 E; 4GGA A; 4PSW B; 4U1E I; 3I7K A; 3B7F A; 4ZOV A; 4J79 A; 3EI1 B; 5AJA A; 1H2Y A; 3RFG A; 2QC5 A; 3KCI A; 1RI6 A; 4BUJ C; 2HJ4 A; 4UM9 A; 3SBQ A; 5H17 A; 3RMZ D; 4JSV C; 4IRZ A; 4J82 A; 1B9Y A; 1XKS A; 2IWK A; 5E6S A; 4PXW A; 1QFS A; 3GRE A; 5I5J A; 3RFH A; 4GM3 A; 2XE4 A; 3IUM A; 3FRX A; 2Z2N A; 3PXW D; 3SVW D; 4DNW A; 4CI2 A; 2HXC A; 1O6F A; 3V4V A; 2H6N A; 1MDA H; 2IUR A; 2H3X A; 2AH0 A; 1N6F A; 2I0S A; 2OVQ B; 4GQ1 A; 4QL1 A; 1C9I A; 4QT8 A; 4ZOZ A; 3UVO A; 3K72 A; 4OWR A; 4A7J A; 4L3G D; 3OTT A; 5EAL A; 5FLX g; 3PVW B; 1MG2 A; 2G9A A; 5GXH A; 2EIB A; 4AOW A; 3DXK C; 2H13 A; 2BKL A; 2HJB A; 2OVR B; 3IUN A; 4FA5 D; 4Z8L A; 3V4P A; 1GOH A; 1GOT B; 3ZE2 A; 4AMZ A; 3EI4 A; 2EIE A; 2B5N A; 4QRJ A; 5THA A; 1T2X A; 2AGZ A; 3EI2 A; 5M5R A; 1N6D A; 3F3P A; 4I79 A; 2WQ8 A; 3MXX A; 2PM9 B; 3I7P A; 5HDB A; 4D0K A; 1I2M B; 3UVK A; 1NEX B; 1JMX B; 5GMK n; 5TEF A; 3K6S A; 2GC7 A; 3OF7 A; 2HKM A; 3V5W B; 4E5Z A; 1N6E A; 4ERQ A; 2HU5 A; 3VGZ A; 3EG6 A; 3UVL A; 5HE2 B; 3O4G A; 3EMH A; 5IGO A; 5SXM A; 4J8B A; 5KDO B; 4EWR A; 3ZDX A; 4K3I D; 4BCD A; 3JPX A; 2PBI B; 5JWZ A; 4H5I A; 1U8C A; 1O6G A; 3N0E A; 5HE1 B; 4FB1 D; 4X3E A; 5H14 A; 3UKR C; 4UI9 R; 3JB9 L; 3AFC A; 2P9K C; 3QI0 A; 1QNI A; 2QZP A; 2I0T A; 4O3U B; 3C9C A; 3ULE C; 3JZN A; 3SJL D; 3SXT D; 2G99 A; 5E6U A; 1OLZ A; 3I7H A; 2OK4 A; 4QAM A; 3IIY A; 2VDQ A; 3EQ7 A; 3EI4 B; 3IUR A; 3FCS A; 3SLE D; 3EI2 B; 2QXV A; 5AMS A; 1H2X A; 4CI8 A; 4J0W A; 3MKQ A; 4J84 A; 3I8C A; 4MMZ A; 2IUQ A; 4JHP C; 2YNN A; 3I8E A; 3W15 A; 4U7A A; 1GP2 B; 4D6V A; 3DSM A; 3PXT D; 4E5Z B; 2VDN A; 3BG0 A; 5EM2 A; 3SBP A; 1YR2 A; 4G55 A; 4FAV D; 2H9M A; 3K26 A; 2H9P A; 3JZH A; 4A0A A; 4NAA A; 3C5M A; 2XDW A; 3NVX A; 3U4Y A; 2EID A; 3BG1 A; 5CXB A; 3MZL A; 3SFZ A; 3OW8 A; 1TYE A; 3PSL A; 3SBR A; 4CY3 A; 3N0D A; 3UVN A; 1TYQ C; 3K27 A; 3K71 A; 4Y7R A; 2CN3 A; 1XHM A; 5FKS A; 1A12 A; 2YNO A; 5C86 A; 4FA9 D; 2O9K A; 2W18 A; 1VE7 A; 4A08 A; 4IA9 A; 2H14 A; 4GGC A; 4JSX C; 1C9L A; 2AGW A; 2TRC B; 5FXY A; 5FFG A; 3JRP A; 3I7N A; 3MMY A; 5EM2 B; 4CZX A; 3VH0 A; 1OMW B; 4KFM B; 5IJ7 E; 5I5I A; 5FKQ A; 4FA4 D; 4A0A B; 2CNX A; 4JSN C; 4JT6 C; 2AGX A; 5EAP A; 5IT9 g; 2PM6 B; 2P9U C; 4J81 A; 5M5V A; 1UTC A; 5CXB B; 1SHY B; 4E54 A; 4R7A B; 4JHN A; 3C99 A; 3OKT A; 1S4U X; 3IJ0 A; 2MTA H; 2J57 G; 4L9O A; 1JMZ B; 1GXR A; 2H6Q A; 2AGY A; 2CE9 A; 3F3G A; 3EWE A; 3P4F A; 2HU8 A; 3IJC A; 2HYE A; 4A0B A; 4GM8 A; 4A08 B; 2I3S A; 4XYI A; 1A0R B; 3IIW A; 2VDP A; 4FWW A; 4X60 B; 1VE6 A; 3I7L A; 5FA5 B; 4D9S A; 1P22 A; 2OJY A; 3NVQ A; 5TEE A; 3UR4 A; 4G56 B; 2EIC A; 4L1Q D; 5C9Z B; 2HU7 A; 1JTD B; 1UOP A; 3SN6 B; 4ZOY A; 4ZOX A; 4O1Q D; 5IC7 A; 4BCC A; 4BCB A; 2IAA A; 3DWL C; 1JOF A; 2IUV A; 4ERY A; 3V7D B; 4GM9 A; 4J73 A; 3L4M D; 4G1E A; 4YVD A; 4Z7Q A; 3RN1 D; 4E54 B; 2HKR A; 4DNV A; 5AFU 3; 4K3J B; 4NC4 A; 1E8N A; 1SQJ A; 4PNK B; 3MVD K; 3I7O A; 4CI1 A; 3OL2 A; 3T3P A; 4A2L A; 2VDO A; 1PEV A; 5EMK B; 1U2V C; 3RN0 D; 3EU7 A; 2P9P C; 4A0B B; 4BP9 A; 3V9F A; 4X63 B; 3GFC A; 2CO0 A; 4L1M A; 4A2M A; 4CY5 A; 5IGQ A; 2YNP A; 3UKU C; 3C75 H; 2B5L A; 4H5J A; 4WJK A; 3O4J A; 5HE3 B; 1FWX A; 3MZK A; 3NIG A; 2HES X; 4GZ8 A; 2Z2O A; 3JRO A; 2OK6 A; 4JXM A; 3HFQ A; 3E0C A; 4AN1 A; 5CXC A; 2Z2P A; 4CY1 A; 5GXI A; 3UVM A; 1SQ9 A; 2BCJ B; 4A11 A; 1H2Z A; 4ESG A; 2QR5 A; 2XL2 A; 5FFO A; 1H2W A; 2VDM A; 4PSX B; 4HDJ A; 2H6K A; 4A09 A; 1Q47 A; 3ODT A; 2I3T A; 3OL2 B; 2OVP B; 3ZWL B; 2H47 A; 2XL3 A; 5M61 A; 5EAM A; 3CIK B; 3AL9 A; 2VDK A; 2B4E A; 3FGB A; 3NID A; 3EI1 A; 1GG2 B; 1MG3 A; 3JZG A; 3ZDY A; 1NR0 A; 3J80 g; 4O3T B; 1UOO A; 4RE5 A; 4CC9 A; 3IVM A; 5C2V B; 2J56 H; 4XYH A; 4UM8 A; 5CXC B; 3L4O D; 3DDU A; 4A11 B; 2VDR A; 5CYK A; 4FA1 D; 2CO0 C; 2CN2 A; 3F3F A; 5EAR A; 2GC4 A; 2GNQ A; 1XIP A; 4GQB B; 1PI6 A; 5HYN B; 1VZ3 A; 4MMX A; 4PC0 A; 4IMM A; 4AN0 A; 2VZ1 A; 4A09 B; 4CZY A; 2YMU A; 4X61 B; 3IUQ A; 4J87 A; 4L3H D; 5C2W B; 3OKY A; 3CFV A; 2XU7 A; 4WK0 A; 3NIF A; 2IWF A; 4CY2 A; 2P9L C; 3RLM D; 3JAM g; 3ORV D; 1R5M A; 1YFQ A; 3EI3 A; 1ERJ A; 2YB8 B; 3SMR A; 4FAN D; 3QHY B; 3AL8 A; 3MUO A; 4ERZ A; 4J78 A; 1U4C A; 2VZ3 A; 3EQ9 A; 3IUJ A; 4AMY A; 3VI3 A; 5CYK B; 4LG9 A; 2OIZ A; 2H9L A; 3MKS B; 3IJ1 A; 4O45 A; 3O4H A; 4FHL A; 5K1C C; 4J77 A; 5FKT A; 2PM9 A; 3A0F A; 1K3I A; 4NBM A; 3ZE0 A; 5A2Q g; 5FKR A; 1GOF A; 4MK0 B; 3EQ8 A; 1BPO A; 2I0R A; 3O4I A; 5H1M A; 3OKY B; 4JT5 C; 3PVU B; 2AGL A; 3T3M A; 5K19 A; 2EBS A; 3PSC B; 4XEI C; 3I2N A; 3PE7 A; 3EI3 B; 1L0Q A; 1M1X A; 1TBG A; 1L5G A; 2VDL A; 2UZY B; 3GD1 I; 5C92 A; 2PM7 B; 3AL8 B; 5M5T A; 4J86 A; 5I5M A; 4G1M A; 3RSE C; 1E5T A; 4PBZ A; 5M5U A; 2YBA A; 5EMJ B; 4JSP C; 4O2W A; 3VA6 A; 1JJU B; 1UOQ A; 4NSX A; 3SWS D; 5HQG A; 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