5AYBA

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2 n223g mutant
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
440
structure length
440
Chain Sequence
ERFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLGLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQANPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity, and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
source organism Metagenomes
total genus 178
structure length 440
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2015-08-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5aybA00
1DHKA 3AMDA 1W91A 1B3VA 2WBGA 4A3HA 1Y7VA 4J27A 1CLXA 3K8LA 2JE8A 1GCYA 1UR0A 4CUCA 2WSPA 1UD8A 5FL1A 1ODUA 1R86A 5E9AA 4PCSA 2X05A 3I3EA 4M82A 3ARPA 4J3VA 3UERA 4DUWA 1LWHA 2XG9A 2IXUA 3CUFA 2OSXA 1X6NA 2J77A 5EB8A 1ZS2A 2AMGA 2UY2A 1HVQA 3ZT7A 1IT0A 3WF3A 6A3HA 4MB3A 4Z2HA 1J01A 1J9YA 2C0HA 1BG4A 3F4VA 4UQCA 2O92A 5A6BD 2EPKX 3IAQA 3ARWA 5I23A 1BVNP 2OWCA 1OIFA 3VMOA 3BAWA 3CZLA 2Z1KA 4F79A 3VKKA 4U3AA 1M04A 3FHAA 4QP0A 3SCSA 4WKFA 2J7CA 3QOKA 2W92A 1JDAA 1X1NA 2WAGA 3VVGA 5CXPA 2YDSA 2YLAA 4QLJA 1W32A 5CSUA 3AYRA 4J3UA 3BAJA 2CNCA 2YL6A 1JAKA 3MO4A 3VINA 1MYRA 2EEXA 3A4WA 1KFWA 1OGGA 3IJ9A 3AS1A 5KZ6A 2VZTA 4B16A 5FKYA 2YA0A 4JL2A 1MW0A 3CPUA 5A69A 3K8KA 4YHGA 1JD7A 4WKAA 1VENA 1E0XA 1LF1A 1NOUA 3UG5A 4JCLA 1E40A 1F4AA 1WCGA 2J62A 3AS2A 4B3LA 1H5VA 1BFNA 1BQCA 1E6RA 5BWFA 3OG2A 3MUAA 3W26A 4Z2IA 1CXLA 3QHOA 3W38A 4HPGA 1XHGA 2CKSA 3GH7A 4NRSA 3QHNA 1LL6A 3PTQA 1E43A 5LA1A 4OKDA 3AROA 1JG9A 2X8RA 1WPCA 2VNCA 1UH2A 2DIEA 1JAEA 4N42A 1W1PA 1W9DM 1GOIA 1UKQA 5A6MA 3NSMA 2DDXA 1XD0A 1ODZA 2CEQA 2Y4SA 4AEEA 2VURA 2OSYA 3AI0A 5C70A 3KL3A 3AMKA 1G5AA 4W88A 3AXIA 5D9NA 3CMGA 1UR1A 4ZEPA 3CMJA 4W8LA 4HOZA 2FDMA 2XFFA 3LPGA 2CBUA 2D2OA 4UOQA 1M03A 1GONA 1VRXA 2QPUA 5IHRA 3SUTA 1TCMA 2DT0A 4KRUA 4L4PA 3T2QA 4HA3A 1KGWA 4GO8A 4FLSA 3FY1A 3OGRA 3BLPX 5D4YA 1CZ1A 1JL8A 3WQWA 4OBRA 3WNLA 1W9BM 1VEMA 2VX6A 3T08A 1W3KA 3BGAA 4MAVA 4IPNB 1M7XA 8A3HA 3VTRA 1MWOA 1RPKA 3AZSA 1KBKA 2NT1A 3PZTA 1BPLB 3F5KA 3KEHA 2GJPA 2W67A 1V0LA 2VUYA 4PUEA 4UZSA 1EOMA 3QR3A 1TMQA 3SCOA 1JGIA 1TA3A 3L4UA 4AZIA 4KMQA 4PMVA 1OM0A 1GOWA 3L2LA 3WDQA 1QI5A 1WKYA 2EBNA 1QVBA 1JI2A 5A6BA 4JHZA 2WW5A 1BYBA 4J7RA 4HOWA 4AYSA 4DWSC 4UOZA 1Z32X 1GQIA 1MW3A 1HT6A 2Y5EA 3U7VA 1HJQA 2GVYA 2DT1A 3IK2A 3CO4A 3A47A 3PZMA 3WD0A 4QCFA 5A6AA 1ITCA 5A6KA 2WHJA 3ARQA 4HA4A 4Y7EA 1GVYA 3L2MA 4P7QA 1V0MA 5D9PA 4J28A 3ZJ7A 2VQTA 1WDSA 3ZIZA 5M03A 4TXEA 3WN6A 3NCOA 1I1XA 1EH9A 2WZIA 1W2PA 4MNMA 4P7LA 4D6EA 2W62A 1OINA 4GKLA 4PMRA 3CBWA 3L4XA 1VF8A 3WQVA 2J7GA 1OB0A 4DM1A 1CGUA 4FF5A 2XVLA 4UFMA 1PBGA 3RPMA 4QAWA 4WIWA 3WMSA 3A4XA 2ZIDA 1UZ4A 4HU8A 4CN4A 1UKSA 2W5FA 1CDGA 2NT0A 2QHAA 3ZR6A 1WO2A 1HKIA 2EPOA 1E6PA 1R7OA 2WCSA 4W8AA 2JALA 5JIWA 1K6AA 2ZX9A 3VIJA 4BQ2A 4NSBA 1XD1A 1OD8A 4EK7A 5E70A 4H7VA 1CIUA 4D6CA 1YQ2A 2E8ZA 2XM2A 4P7NA 4AW7A 1D2KA 5BYWA 3AMLA 1XYZA 1H1NA 2E3ZA 4DUXA 1W1VA 4AZGA 1HKJA 1CGXA 2UY3A 5E6ZA 4HMCA 1FOBA 2XVNA 3VX1A 1KGUA 4PMXA 4PTWA 1JYWA 1MXDA 4M80A 4GI9A 3SCTA 4J3XA 3SUVA 2PC8A 2JF6A 4GZIA 4DWSB 2WZHA 1V6VA 1CXEA 1FH8A 5JBEA 3WBEA 5I78A 3MSGA 4W7WA 3UEQA 2J7HA 1W9VA 3POCA 2X2YA 3EYPA 4CVWA 1JIBA 1OGBA 1FFQA 1E3ZA 3WFZA 2IUZA 4UFKA 3WDJA 3VDHA 3JUGA 1SMDA 5AYIA 2E4TA 1W2VA 3WENA 5ABHA 3BH4A 5A6SA 2J25A 3AJ7A 4X0VA 5A94A 2BY0A 5FD0A 3OLDA 1TUXA 1PX8A 4H8HA 2WKLA 1PAMA 3FAWA 3M07A 2EQDA 3TA9A 2W66A 2GDUA 5LA2A 3E1F1 4C7FA 2BNJA 1XCXA 3PZUA 1VBRA 2ZUUA 3NUKA 2GUYA 4W5ZA 1FP9A 5C8BB 4TX8A 1UOKA 3AOFA 4CVUA 1A47A 1CGWA 3KL5A 4AZHA 1A3HA 3WMBA 4QLKA 1AQMA 4BCEA 4JFTA 3VMNA 1EO7A 3EMQA 2XTKA 1JYNA 3VIPA 1IV8A 1G01A 1EQPA 3AIBA 5CJ5A 5IFPA 4AD0A 3ZT5A 5A95A 2IXVA 3L4TA 4OOUA 4JFWA 4M1RA 8CGTA 5DMYA 5DT5A 2VO5A 4ZXOA 1BSIA 1C7TA 1RP9A 4E8CA 2J75A 4PTMA 1KXVA 2WB5A 2X09A 4PSPA 7CGTA 3WF0A 1B30A 4XV0A 5D9MA 1WZLA 2WMIA 5CG0A 3N12A 4MB4A 4UQ9A 5DF0A 2VMFA 3N17A 1E0WA 4AIOA 3VDCA 1OBAA 3DYOA 2FH6A 1BAGA 1K9EA 1W3LA 2ZWYA 2YOCA 4OJYA 5HOSA 2WSKA 2WC7A 1E0VA 5I24A 1UQZA 5BRPA 1WAWA 4MTVA 2WBKA 4OUEA 4U31A 2YL9A 3NSNA 2ZUVA 3SEPA 1XH1A 3W24A 2DEPA 3AHVA 3AXHA 4H04A 3S6TA 4MJ2A 4AZCA 3WL0A 2VZVA 2BVYA 4AC1X 1CXKA 1WNOA 3CTTA 1HJXA 1M53A 1TE1A 2WPGA 3TTOA 3W29A 2FHCA 4HU0A 1U33A 4AY1A 3ARUA 3VGHA 4M56A 3TONA 1KXQA 4KRTA 1WZKA 3S2CA 5HDRA 1LWJA 3SCNA 3FXYA 3WQ4A 4U3CA 1JZ4A 1NM9A 4MNKA 3UCQA 4PMNA 3W82A 4M8UA 4CKQA 5BCAA 1UYQA 3WEMA 1VFUA 3N18A 2V3GA 1WE5A 5GNXA 2J7DA 2XWDA 3DYMA 3ZSTA 4JFUA 1B3ZA 3WQ6A 4NRRA 1LG1A 3GNPA 2WMFA 3ECQA 4ZE4A 4DM2A 4PMDA 2UY5A 3AS3A 1OIMA 1XH0A 5FIPA 1QPKA 4F8XA 4PMUA 2BXYA 3AIQA 1CXIA 3AIRA 1DTUA 3GNOA 1BF2A 2J4GA 3ZJKA 3VGBA 1GQLA 2RGLA 2GJXB 2DH3A 3VD7A 1BVZA 1V6WA 1G1YA 4CN1A 3VGFA 3O2LA 2V3DA 4FLRA 1B0IA 3VOCA 4BZYA 2PI6A 3WEOA 3LPFA 2WMIB 1RH9A 3M46A 4Z2GA 1ITXA 1UR9A 4TTUA 1NP2A 2Y24A 2EPMX 1UWUA 4OIFA 5CPQA 3WF4A 3FHQA 1DP0A 2J78A 1VB9A 3WUEA 3WH6A 5EFDA 5A6LA 4OOZA 3O9NA 3GBEA 4V2XA 5M3WA 2AOSA 4HZ7A 4URIA 4PBGA 4W7VA 3VGEA 1GPFA 3CUIA 1W9PA 2X1IA 3II1A 5E0CA 3WUBA 1LLOA 1UR4A 1CXFA 3OA5A 3SURA 3ZJ6A 2BHUA 1EDTA 2CBJA 5BXTA 3WH8A 4AZCB 4GQQA 3WNNA 1XC6A 1V3KA 1GJWA 3CHEA 5GNYA 1EHAA 4TX6A 1VFFA 4ATLA 1H11A 4KH2A 4YHEA 3VO0A 2BXZA 5AY7A 5A8QA 1IZJA 2VTFA 2VQUA 3GXMA 1SMAA 1E15A 2VI0A 2XWEA 1V3JA 4J3SA 2WMKA 3VIFA 1QW8A 1DWIM 1JXJA 2ZX7A 5A2CA 1XGZA 2CBVA 2E9MA 3B9AA 3BSHA 4GXPA 4UNIA 3RM9A 4EAMA 1H09A 2PF0A 2D22A 3SCVA 1E6NA 1U2YA 2VX5A 4C7DA 4W93A 3TTYA 3WNPA 1JD9A 4D6FA 1EDGA 3AMGA 4HMDA 3DHPA 4AZ6A 5IFTA 3CUHA 3GZAA 1OT2A 4UFHA 3F5LA 4GIAA 1VAHA 4P8WA 4P8XA 3GTNA 4HOXA 1WB0A 4UFIA 1PPIA 2D23A 2WM0A 3AHYA 4JL1A 2D3LA 4JKMA 4MJ4A 4D72A 3IJ8A 1L0PA 3N9KA 2EJ1A 2WC3A 4RE2A 3W27A 1E4MM 4U33A 3ARTA 2CBIA 3CUGA 1AQ0A 3WQ5A 4LYRA 1K9TA 3SCUA 2ZICA 5I79A 1CECA 3AHZA 3D5HA 3ALFA 3GNRA 4E2OA 2CKRA 4W85A 5A6JA 1HP5A 5DEZA 3AICA 2CCRA 4GINA 1O7AA 1FP8A 4X0NA 4IM4A 2J8FA 5GNZA 4H2CA 1EO5A 4JFSA 3NJ3A 3MUY1 5A1AA 2OYMA 1OT1A 1YHTA 3ZT6A 4HPHA 3FNDA 2YBUA 4EE9A 4QCEA 2CHNA 2DQXA 1XV8A 3PN8A 5I6SA 3PZIA 2DT3A 9CGTA 2Y8VA 2RGMA 4LGXA 1ZJBA 3WNOA 1LG2A 3WDRA 1KXTA 3WF2A 2DH2A 2XSAA 1E6XM 1JFHA 2DIJA 4JAWA 3A3HA 3CHDA 3T0BA 2BS9A 1UD3A 3VDBA 4LYQA 1PEZA 5M17A 1ZB5A 5CGTA 4WK9A 4JKLA 3UETA 6CGTA 3T2PA 4UCFA 3ARVA 4F9DA 1Q6FA 1VBUA 5A3HA 4JZ5A 1IZKA 1C7SA 4J3TA 2J47A 3NDYA 1GNXA 3L4ZA 4Q7NA 3AIWA 3QHMA 1D3CA 2O9OA 2PWGA 3EMZA 3B9EA 2QPSA 3MUIA 2VCAA 3OLIA 4UOJA 2V3EA 1OWQA 2W91A 3ZMRA 2JIEA 1H3GA 4HTYA 2YKKA 1H2JA 4B9YA 1PX4A 3WNMA 4ATWA 2PWHA 2V3FA 3WD1A 3EDDA 3N1AA 1NP0A 3ZQ9A 5BROA 3WF1A 4CD4A 5FCZA 5GPRA 1BG9A 1HIZA 4PCTA 5I3DA 1LJYA 3N11A 1ZJAA 1S46A 1UH3A 3U5UA 1MFVA 3WH7A 1V02E 2X0YA 3WQ8A 4AD1A 3GH5A 1E6ZA 1FHDA 1QOXA 1XYFA 3D3AA 1EOKA 1VEOA 4XUYA 4V28A 1KGXA 1QNRA 4LYPA 1MXGA 4JKKA 2VRQA 2GFTA 2JEQA 2DSZA 4FMVA 3VD3A 1E9LA 4K68A 2XHYA 3RO8A 4ZXLA 3VU2A 4GI6A 3U57A 3ALGA 4AD3A 4E8DA 3CLWA 3W4RA 5AC5A 3LPPA 3T0DA 2FGZA 1B2YA 1WP6A 1E4LA 3WEZA 3HJEA 1XSKA 2E9LA 1W9XA 4UQBA 3VIIA 2BV9A 3M7SA 2ZUWA 2YDQA 4AISA 3SCPA 5AC4A 3EBVA 5LA0A 3W28A 4IPLA 2EPNA 4AD2A 2YA2A 5ECUA 3VD9A 3EMCA 4P7OA 3BAKA 2XVGA 2ZUMA 2BHZA 3LPOA 3CHFA 3IJ7A 2J7BA 2WVUA 2O9RA 3OB8A 1GQKA 5BRQA 3VM5A 2E0PA 2ZUTA 1W3HA 4MNJA 1MQRA 3K4AA 4MADA 4ZENA 1E5JA 1UKPA 1BGAA 1B90A 1US3A 2WNWA 1XSIA 4BS0A 2G3NA 4CCCA 4W8BA 4D1IA 5IDIA 2G4FA 3W37A 2D0FA 4AMCA 2E8YA 2YDRA 1JYVA 2XIIA 1KB3A 2WHMA 3MMWA 2PWFA 1E4NA 1JNDA 1TA3B 3ZJ8A 1QI2A 1QNOA 1HNYA 4LXFA 1PIGA 5AYBA 4AZ7A 3RIKA 4AIUA 3CZGA 2W4XA 2YL8A 3RILA 2CYGA 2WWCA 1JZ5A 3OLEA 2J8GA 1E71M 4W86A 3BCDA 1R7AA 2J7EA 1CWYA 1W1TA 4WLCA 4NI3A 4WKHA 3WDPP 4PYSA 1BTCA 5EMYA 1PIFA 3J7HA 4W84A 1Q6CA 1CGVA 2XFYA 5DT7A 7A3HA 1MFUA 3MU7A 4HZ6A 1ISVA 1W1YA 3CHCA 4PMOA 3GBDA 1UG6A 2NW0A 2Q8XA 2CERA 5HBFA 4Z2KA 1QI0A 4D1JA 3BXWA 4W87A 4XB3A 2EPLX 1XSJA 1V6UA 2WZEA 4OZOA 2YLLA 4JCMA 3CZJA 3TP4A 1DWFM 4S3KA 5CQ1A 1GHSA 4CD7A 1V0KA 3VD4A 1NOWA 3K1DA 2JEPA 3CZKA 3K8MA 3AXXA 3AZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DHK A;  3AMD A;  1W91 A;  1B3V A;  2WBG A;  4A3H A;  1Y7V A;  4J27 A;  1CLX A;  3K8L A;  2JE8 A;  1GCY A;  1UR0 A;  4CUC A;  2WSP A;  1UD8 A;  5FL1 A;  1ODU A;  1R86 A;  5E9A A;  4PCS A;  2X05 A;  3I3E A;  4M82 A;  3ARP A;  4J3V A;  3UER A;  4DUW A;  1LWH A;  2XG9 A;  2IXU A;  3CUF A;  2OSX A;  1X6N A;  2J77 A;  5EB8 A;  1ZS2 A;  2AMG A;  2UY2 A;  1HVQ A;  3ZT7 A;  1IT0 A;  3WF3 A;  6A3H A;  4MB3 A;  4Z2H A;  1J01 A;  1J9Y A;  2C0H A;  1BG4 A;  3F4V A;  4UQC A;  2O92 A;  5A6B D;  2EPK X;  3IAQ A;  3ARW A;  5I23 A;  1BVN P;  2OWC A;  1OIF A;  3VMO A;  3BAW A;  3CZL A;  2Z1K A;  4F79 A;  3VKK A;  4U3A A;  1M04 A;  3FHA A;  4QP0 A;  3SCS A;  4WKF A;  2J7C A;  3QOK A;  2W92 A;  1JDA A;  1X1N A;  2WAG A;  3VVG A;  5CXP A;  2YDS A;  2YLA A;  4QLJ A;  1W32 A;  5CSU A;  3AYR A;  4J3U A;  3BAJ A;  2CNC A;  2YL6 A;  1JAK A;  3MO4 A;  3VIN A;  1MYR A;  2EEX A;  3A4W A;  1KFW A;  1OGG A;  3IJ9 A;  3AS1 A;  5KZ6 A;  2VZT A;  4B16 A;  5FKY A;  2YA0 A;  4JL2 A;  1MW0 A;  3CPU A;  5A69 A;  3K8K A;  4YHG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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