5AZIA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 174
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziA01
2NZTA 4XEIA 1ZBSA 4H03B 5AQMA 4BREA 5AZJB 3EKSA 4MLEA 2QWMA 1NM1A 3DAWA 2ASOA 2HF3A 2Q36A 3L0QA 2FSKA 4JHDB 2DPNA 4CZGA 3U9ZA 1DKGD 2YHXA 4FSVA 4CZFA 4BQLA 4BR0A 4HWIA 4FWPA 2QWOA 4PKHA 1ZXOA 5EY4A 3GDQA 1IJJA 4H0PA 3IFRA 1Q18A 2Q0UA 3VGLA 4CZKA 3VF6A 2IVNA 3MN6A 4BC3A 5JICA 4J8FA 5KQ8A 5AQSA 2E2QA 3BF1A 3FLCO 3OHRA 1U2VA 5AQTA 3R6MA 3VGMA 5EOYA 5BREA 2CGJA 3LL3A 3W3DA 4NB4A 4H5NA 1NGBA 3VERA 2YI1A 4C23A 2ZGZA 2A41A 4IXCA 3A5MC 4EAHD 5AQRA 4EIAA 4H0XB 1NGCA 3WXIA 2GTDA 4FL9A 1X3MA 4ISEA 3MN7A 4FOEA 4RWTA 4BVPA 3IMXA 4CBUA 4BVOA 3H46O 3UKRA 4A2AA 1YXQA 3MMVA 3GG4A 4BRFA 1BWFO 5CE3A 5BPLA 2F9WA 3TPQA 1NBWA 3ZEUB 2Q2RA 1GLAG 3QBWA 3AAQA 2ASMA 3HSCA 2P9UA 3VEVA 3BP8A 4WQ5C 3AY9A 3RSEB 2CGKA 3S41A 4K42A 3DXKB 3M3ZA 1SZ2A 3QMLA 1NGIA 3FZMA 2E88A 2GWKA 1BOTO 2CH5A 5AQIA 4BRKA 2KHOA 4BR4A 4BRDA 5BN8A 2ASPA 2I7PA 4FPAA 3CETA 4AM7A 3CERA 1HKGA 3ZX3A 3G25A 2D0PA 2P9IB 3CJAA 2E1YA 4BRPA 2QWLA 3EZWA 3ZX0A 4IWVA 2NLXA 4H0VB 3ID8A 1Z6RA 4WQ4C 5AQFA 1RDWX 5LJVA 3VOVA 2YJEA 3D2FB 3F9MA 4FWKA 4JN4A 3ZX2A 3SMSA 1MA9B 3KZBA 4H5RA 5BR9A 1NGDA 2VWBA 3LDQA 3FZLA 4B1XB 3ULEA 1ZC6A 5FPDA 1HKBA 3C7NB 2FSJA 2BTFA 4QS7A 4A62A 3HBTA 4B1WB 4PKGA 4JAXA 5AR0A 4BQZA 4BRQA 4QS8A 1LOTB 1BUPA 2P9PB 3HTVA 4O8KA 4Y0WA 1YAGA 3HM8A 2I7NA 1GLFO 4I6MB 3CI5A 2P9KA 4BC2A 5I9EB 3QFPA 2A40A 1GLDG 2V7ZA 3A0IX 3MK6A 4LC9B 1K8KA 3FGUA 3GBTA 4NO7A 3U8XA 4IO8A 2VCPA 3ZETB 5BPNA 2P9SB 1BA1A 3IUCA 4FO0A 1EQYA 4K43A 1HKCA 4DHYA 1WOQA 4ISGA 5BRDA 3DWLA 1G99A 2YHYA 2P9LA 4JD2B 5AFUH 2VYPA 4ISFA 1TUYA 3U4LA 3WXLA 3WXJA 2QXLA 4BRAA 2A5XA 3O6WA 1JCEA 2FSNA 3TU5A 2EWSA 4WQ5A 2UYTA 4BC5A 5JLHA 3SK3A 4BR2A 2QWRA 1HJOA 1XUPO 1RFQA 3VENA 4DCHA 3D2EB 2OANA 3L4IA 1QHAA 4O5FA 5AZIA 5BN9A 3VEYA 4CD1A 2P9NA 1ATNA 3VESA 4Z94A 2Q97A 3EO3A 4PL7A 2Q1NA 3LDNA 2CH6A 2WUSA 3QDKA 1NGFA 5E84A 4KBOA 1RGIA 2ZGYA 3O8MA 1YUWA 4H0YB 5F0XA 1TYQA 1NLVA 1NGAA 2QWPA 4H0OA 3R9PA 3H45C 4WQ4A 5AQQA 4CBWA 3UE5A 2E8AA 4XH4A 3UKUB 3WQTA 5JMVA 4XH1A 4M7XA 3MCPA 5KQDA 2H3GX 4H5TA 3I33A 4BG8A 1MDUB 1V4SA 2E2PA 1BG3A 3CJ1A 3MN9A 5TKYA 4IZ9A 3SJHA 4BRHA 2Q0RA 3QFUA 2PBDA 4MO4A 4PKIA 5ADXH 5B8HA 1JCGA 2D1KA 5AQOA 3DXMB 4HTLA 2ITMA 4CBXA 5AZJA 2QW9A 3VETA 1D4XA 4DQ8A 5AQVA 4MLHA 5JLFA 2J4RA 4GNIA 2FF6A 4JHDA 5AQHA 3A8YA 1BO5O 2BUPA 2IVPA 3UB5A 3IDHA 1OKJA 1KAXA 5F2RA 4BR5A 1QZ5A 3H6EA 2E1ZA 4BRNA 4PL8A 2W41A 1NMDA 4B1ZA 4B9QA 1U6ZA 3A5OC 3FR0A 4CI6A 3O08A 2FXUA 3LM2A 5BPMA 3KHYA 5AQUA 4IJNA 1IG8A 3B8AX 3VF4A 1KAYA 5BRFA 5BRHA 3MDQA 4FWSA 3H1QA 1R59O 5LJWA 2HOEA 3CQXA 3LDOA 3LM9A 4FWNA 4YDUC 1NGEA 4BRMA 5AQLA 3CQYA 4FWRA 2FF3B 1Y64A 1T44A 3O80A 1NWKA 4B1YB 3CJ9A 1U2VB 1H1VA 5AQNA 3ZEUA 5AQKA 4BRCA 4QS9A 3LDPA 4M7YA 5F1XA 1TUUA 3M1FA 3R8EA 4JNEA 3RSEA 4F9OA 1GLJO 1GLBG 3VF2A 4K25A 3VEWA 3A5NC 3VPZA 1ATRA 1V4TA 1T6CA 1NGHA 1C0FA 3H3NO 5LY3A 2A6AA 2QM1A 3BF3A 1BA0A 4DB3A 4EHUA 3UKRB 1QZ6A 4BR9A 3CIPA 4FWQA 5EXWA 4M63C 2P9IA 4E1JA 3CJBA 4A61A 1DGKN 3QICA 5FPEA 3LDLA 2CGLA 2AP1A 3AAPA 2P9UB 5AQJA 5AQZA 4L3QA 1DEJA 3O4WA 5KPTA 3WQUA 3WEEA 4FWLA 3D2FA 4CZJA 3GOIA 2Q31A 5AFUA 3I8BA 3J8AA 3C7NA 3VEZA 5EX5A 3HI0A 1QQNA 2FLOA 4H0TB 3EL2A 3O1WA 1C0GA 1S3XA 2NRHA 2GELA 3SLCA 4H5VA 4CZHA 5KPZA 5AQGA 1KAZA 1Z05A 2A42A 3CJCA 1E4FT 2P9PA 3CJ7A 1CZAN 2E20A 2HMPA 3L6QA 4GY2B 4I6MA 4CD3A 3ATVA 5E26A 2QWNA 3QB0A 2GUPA 3FE1A 4BG9A 3FZFA 4AM6A 4BGAA 1GLCG 3BUZB 5FPMA 3M6GA 4K41A 3ULEB 3ZETA 1SQKA 1KXPA 2QWQA 2P9SA 1XC3A 3FFKB 4YDUA 3JXUA 4IJAA 3U9DA 3ATUA 4BC4A 1NGJA 2GWJA 2AA4A 3WT0A 5AQYA 4BRLA 1NGGA 1S22A 4JD2A 3FZHA 1QQOA 4H5WA 2V7YA 3HZ6A 2IIRA 2GEMA 2P9KB 4A2BA 1XQSC 1P8ZA 3EKUA 3W0LA 2V52B 4BROA 2HF4A 1K8KB 1MWKA 2D0OA 2A3ZA 3ENHA 3GE1A 3EN9A 3O5BA 3FZKA 3SMPA 3BEXA 4B1VA 3D2EA 1BU6O 5ADXA 5AQPA 1YVNA 4FWOA 5EVZA 4EHTA 4BR7A 4CJ7A 2F9TA 4WYBA 2IVOA 1GLEG 2YJFA 4CZLA 2P9LB 5AQWA 4RTFD 3H1VX 1QQMA 3O1BA 1HPMA 4MO5A 3QBXA 2D4WA 5FPNA 2E2NA 3CHWA 2YCHA 3AARA 3ENOA 3JS6A 4CZIA 1E4GT 3A5LC 4FPBA 1BDGA 3H3OB 3UKUA 1T6DA 1WUAA 3WEEB 5AZIB 4FWMA 2P9NB 2ZWHA 4BRGA 1JCFA 2PAVA 4RCHA 3KVGA 2W40A 3WUHA 3GL1A 3VEOA 4CZEA 3VGKA 3D7EO 4EFHA 1SAZA 2E2OA 5ELZA 4FOIA 3WXKA 1TYQB 3DXMA 3MN5A 5KPRA 3DXKA 2YHWA 1X3NA 4CZMA 1HUXA 1HX1A 5AQXA 1J6ZA 3DJCA 1MWMA 4XH5A 1ESVA 1X9JA 4BRIA 2V51B 3C0BA 1GLLO 3P4IA 1ATSA 1HLUA 2ZF5O 1LCUA 3VEXA 4B1UB 4BGBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XEIA 1ZBSA 4Z4CA 4LD0A 4NXMK 3OVNA 3KLFA 1JLFA 4DQRA 2LSNA 2HF3A 2Q36A 4JHDB 3ISNC 5M1KA 3U9ZA 4CJVA 4BY9C 1TKXA 4LSLA 3OYBA 4LSNA 3U3YA 4LF6K 1N32K 1U47A 1TAUA 3D0PA 2QWOA 1EKEA 4M45A 3M8QA 1EWQA 4FK2A 1KTQA 4C8KA 3VF6A 3TAEA 4J8FA 5AQSA 4C8OA 3ZLJA 3O9QA 1U2VA 2VG5A 3R6MA 1JL1A 3LL3A 3W3DA 3VERA 1NGBA 2D0AA 2UXBK 3K9JA 1RT1A 3P83D 5AJ3K 1S1UA 3A5MC 3PSFA 3QEPA 1NKBA 4DSKA 4EIAA 1S1WA 4H0XB 2D0CA 1K8AO 5HROA 4FL9A 1YIJN 3MN7A 4GVEA 4FOEA 2P1JA 1LW2A 4C1NI 3CCVN 2IAJA 4IFEA 3UKRA 4A2AA 3EY1A 3SQ0A 1SKWA 1JLBA 3MMVA 4BRFA 1BWFO 2RPIA 4CHOA 4LY7A 2Q2RA 1RTIA 3QEVA 2ZJQL 2P9UA 3BP8A 3F2KA 5HL7L 1HRHA 4ILJA 4JKGA 1SZ2A 1B9FA 5C2DA 2E88A 2ETJA 2HW3A 1FJGK 4BRDA 4FPAA 3U3GA 4AM7A 2NRXA 2P9IB 4E7JA 3LP1A 4KKOA 1KCFA 1VQ4N 2E1YA 4BRPA 2QWLA 3EZWA 3M8SA 3TR8A 1S5JA 5AQFA 1RBTA 2OPSA 5LJVA 4CK1A 2XO7A 3D2FB 3PLAA 3ZX2A 2HMIA 4H5RA 1NGDA 1L3UA 4CJLA 4G1QA 2FSJA 3HBTA 3ITHA 5GAEP 4W5QA 4DTSA 5AR0A 3F9KA 2P9PB 3NBPA 4JK9A 1N6QA 2QTDA 4OKEA 4BC2A 2O4IA 3ZT2A 3T7ZA 1S1XA 4LC9B 1VSEA 1K8KA 3FGUA 4NO7A 2WFBA 5MLCQ 3SAHA 4DQQA 4KB0A 3CCEN 3B6PA 4CHPA 1WOQA 3QEWA 3SPZA 3TI0A 4GVMA 4I9QA 1TK0A 1G99A 1NG9A 4CEFA 4DFPA 2YHYA 3SV4A 1NJXA 1VQKN 1OH5A 4LH5A 1W2BM 4V19S 1TUYA 3C65A 3WXLA 2QXLA 2O8BA 3KK7A 5A2QO 1JCEA 1VHXA 1VSHA 2ZQBA 2ZD1A 2EWSA 3CF5L 4N56A 1RDAA 3V6DA 3SAFA 3MEGA 3K2PA 1VRUA 1Q9XA 2P9NA 4ILHA 4YOUA 1WAFA 4DTJA 2Q97A 3VA0A 1UWBA 1J9AA 3EO3A 2CH6A 2WUSA 1NGFA 1YT3A 1I94K 4PUOA 1FK9A 3E01A 3O8MA 1YUWA 4DTMA 5F0XA 1SKRA 4H0OA 3R9PA 2QI2A 1D5AA 2GX9A 4MFBA 5J1EA 1C0MA 5AQQA 3VQDA 3UE5A 3AGRA 3MEEA 3UKUB 4JS4A 4XH1A 1B92A 3IRXA 1DTQA 2X6SA 2E2PA 3MN9A 1G15A 5TKYA 4WFBL 4E7HA 3T69A 3ID6A 4HUEA 1BIUA 4CEOA 3L2RA 3QFUA 2PBDA 3VQ5A 2HSTA 5AQOA 3CCUN 5AZJA 2QW9A 4Y1CA 5AQVA 4CEQA 1S6QA 3QINA 5JLFA 4KO0A 3K57A 3SPYA 4JKBA 2FF6A 5CYQA 3UB5A 4YOVA 3HJFA 3HVTA 1QZ5A 4JI1K 2YNIA 4LF5K 4W5NA 1L3SA 4AHRA 4PL8A 4KHYA 5C12A 1U6ZA 2GUIA 4CI6A 3CC4N 4FK0A 3LAMA 1FXXA 2G8UA 1LWFA 1IV0A 3OYNA 3CM5A 4CEAA 5BRFA 4DR6K 1IO2A 4CHQA 1WBDA 4FWSA 3H1QA 4FVUA 1R59O 4F2RA 2HOEA 3LDOA 2YHAA 4BRMA 5AQLA 3CQYA 4E0DA 2NNWA 1D9FA 1U2VB 4DR2K 5AQNA 2G8HA 3ZEUA 4OGEA 5AQKA 2PFUA 1T05A 4M7YA 2ITGA 5F1XA 2NRVA 3B6OA 4F9OA 3O3FA 1GLJO 1V4TA 4FYDA 1C0FA 4DR7K 3AVIA 2P5GA 4CW7B 4JI7K 4DB3A 5C10A 4EHUA 3UKRB 2P5OA 1QZ6A 3OYEA 1VQ9N 4FJHA 4CF9A 1VQ5N 3RR8A 2YNGA 1X9WA 3LDLA 4DMNA 2P9UB 4CJ3A 4L3QA 1DEJA 3O4WA 4M3RA 3SUNA 4FM1A 4JKGB 4FJ5A 1KVAA 1RT6A 4CZJA 4IDHA 3V1OA 3WNFA 3VEZA 5EX5A 4GV3A 1O1WA 2FLOA 4CHYA 1YHQN 3O1WA 2NRHA 5IWAK 3NCIA 1ZBFA 4CZHA 1SL1A 1VQ7N 3KLEA 1HYSA 1KAZA 4DV0K 3DLBA 1QQCA 1S6PA 3VQAA 2O4GA 3HO1A 4DF4A 3L8BA 5C24A 2HMPA 3L6QA 1KQSM 4ELTA 3LANA 1JLAA 3HP9A 4KB1A 4CIGA 3VQCA 4BG9A 4M3XA 3BUZB 3AVLA 3HRGA 4KAZA 1TL3A 1KXPA 1RTDA 3ATUA 2PYJA 3PIPL 4BC4A 2GWJA 3THXA 3KLHA 1VQON 1C0TA 3RVCA 3OJSA 1NK7A 3FZHA 2V7YA 2IIRA 4A2BA 3O9SA 3ZSZA 1K8KB 5SWMA 3K0SA 2ZM6K 2XY5A 3BEXA 3D2EA 2BDPA 4BR7A 5JS2A 4CJTA 1HMVA 3V9WA 2IVOA 3V9SA 4DLEA 4RTFD 3QIOA 3JYTA 4MO5A 4AF1A 3I56N 5KRTA 2OPQA 2O8BB 4KH6A 3V1RA 3CFPA 2E2NA 4IFVA 4CERA 3A5LC 4FPBA 2Q3SA 5CY4A 3O9TA 3H3OB 1JLEA 1GOAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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