5AZIB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 176
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB01
1GLEG 3LM2A 2A41A 3SJHA 2BTFA 1TUYA 3DXMA 4BRIA 2ZGYA 4M63C 1QHAA 2Q97A 3KVGA 5AQIA 3O1WA 3M1FA 4Y0WA 2P9PA 2F9WA 4B1VA 1NGFA 4B1UB 3CIPA 2P9IB 2QWLA 3GE1A 3CHWA 4FOIA 1MWKA 5AZJB 2P9NB 5F1XA 3LL3A 4LC9B 4FWOA 1YVNA 1D4XA 2FSJA 5KPTA 2Q2RA 4BVPA 2VYPA 4BC4A 2D0OA 3A5NC 3ID8A 4EIAA 2A40A 3R8EA 5AQRA 2UYTA 3EN9A 1P8ZA 4PL8A 5AZIB 4A61A 3SLCA 1Q18A 3D2FB 4CD1A 3UKRB 2P9LB 3ULEA 5FPEA 4EAHD 1HUXA 3VENA 2H3GX 4BRPA 4QS7A 1HKBA 1QZ6A 4DQ8A 1GLFO 3C7NA 2E88A 4BRGA 3GG4A 3MDQA 4FSVA 1E4FT 3BF1A 4GNIA 4JAXA 4PKGA 1HJOA 3BEXA 1TYQA 5AQLA 3ENHA 4DB3A 1C0GA 3VETA 3FZFA 1YXQA 4I6MB 4CBUA 3S41A 3VF6A 4CJ7A 2E2QA 2GWJA 2ZWHA 5EVZA 1CZAN 1YUWA 5AR0A 3L4IA 5KQDA 3H46O 4H5RA 1BOTO 5BPMA 1ZBSA 4CZFA 2I7NA 2YJFA 2P9IA 3W3DA 4BQZA 4L3QA 1KAXA 1Z05A 5AZJA 2P9NA 1GLBG 4PKHA 3EKUA 3VF2A 2HF3A 5AQJA 1MA9B 1TUUA 3F9MA 2QXLA 4PKIA 3A0IX 4BC5A 5EXWA 4FPAA 4C23A 3VERA 3QMLA 2E1YA 1NGHA 1R59O 1RGIA 2FF3B 3KHYA 4CZEA 2ITMA 3RSEB 5B8HA 5BR9A 2FSKA 2YHWA 3MN6A 5KQ8A 3OHRA 4MLHA 1X3MA 1XUPO 3CI5A 5AZIA 3DJCA 3LM9A 3CJBA 3D2FA 3D7EO 3U9DA 3WXLA 3UKRA 2E20A 2P9LA 2ZGZA 4MLEA 2IVPA 2IVOA 2QWNA 3QBXA 3B8AX 3U8XA 5EOYA 3CERA 3HI0A 3ENOA 5BRFA 5ADXH 5FPNA 4I6MA 3G25A 4FL9A 4O8KA 2ASOA 3A5LC 1NBWA 1NWKA 3GOIA 2YCHA 4FWPA 4BC2A 5AQGA 2QWPA 1SAZA 5JLFA 2ASMA 4FWLA 1GLCG 2QWQA 2IIRA 1QQMA 1NGGA 2P9KA 3AAPA 4M7XA 2GELA 2QWRA 5JLHA 3HBTA 3CJAA 3SMSA 3VGKA 3R9PA 2PAVA 2CGLA 1GLDG 5AQWA 1ESVA 3I8BA 2A3ZA 3A5MC 5JMVA 1S22A 2IVNA 2NRHA 4FWNA 1MWMA 1Y64A 4IJAA 3CJ1A 3O1BA 3GBTA 3HSCA 1NMDA 3FZMA 4A62A 2EWSA 4PL7A 4YDUA 4B1WB 1LCUA 1RFQA 2VWBA 4FO0A 3RSEA 3LDPA 4YDUC 1LOTB 3ATUA 4KBOA 4WYBA 1K8KB 3VF4A 3IMXA 4AM6A 3TU5A 1EQYA 2FXUA 4FPBA 4BRFA 1Z6RA 3AARA 3IDHA 3UKUB 4BG8A 3MN7A 2V7YA 4FOEA 2P9UB 3R6MA 3LDNA 4IXCA 5BPLA 4CZKA 2Q1NA 3A8YA 5BREA 4IZ9A 2D0PA 4BGAA 5BN9A 4HTLA 2FSNA 2QM1A 3U4LA 3AAQA 1KAYA 3VEOA 3FZLA 3A5OC 5EX5A 4BRNA 3QB0A 1J6ZA 3H3NO 4GY2B 3H6EA 3MN9A 3CQYA 3CJ7A 3IUCA 5AQFA 5AQUA 4JHDB 4H0XB 4EFHA 1JCFA 2P9KB 4XH5A 5ADXA 2GEMA 5AQVA 2NZTA 3FLCO 3VEYA 1NM1A 1K8KA 2FLOA 1IG8A 1HX1A 4FWSA 1BG3A 4WQ5A 2V52B 2V7ZA 3VPZA 3MN5A 4WQ5C 2E8AA 5ELZA 1SZ2A 3UKUA 2YHXA 2V51B 4RWTA 5CE3A 4NB4A 2P9UA 2Q31A 3MCPA 3WXKA 1NGAA 1DEJA 4BR5A 1JCGA 3SMPA 4BRCA 3O5BA 1DGKN 3VEXA 5LJVA 3KZBA 4H0YB 1HPMA 3JS6A 3W0LA 4BRMA 4FWMA 5I9EB 2CH6A 2HOEA 3MK6A 5E84A 1T6CA 1HLUA 3WXJA 3FZKA 3ATVA 3EL2A 3VEWA 2J4RA 4A2BA 4BR0A 5TKYA 5KPZA 1E4GT 3CJ9A 5EY4A 4Z94A 4JHDA 3HZ6A 2AA4A 1WOQA 4H0OA 4CZJA 3QDKA 3VEZA 2QWMA 4RTFD 1NGCA 2A42A 3VOVA 1G99A 1H1VA 1BDGA 2CGKA 4CZMA 1ZC6A 1QQOA 4BREA 3D2EB 3H45C 4WQ4A 5FPDA 4CBXA 2WUSA 4QS9A 1V4SA 4BR7A 1ATNA 4WQ4C 1ZXOA 4IO8A 4H5VA 1WUAA 4CI6A 2E1ZA 4DHYA 4CZLA 3H1VX 3GDQA 4BC3A 1X3NA 1HKGA 4H5NA 4CD3A 3WEEB 1BA0A 3FZHA 4J8FA 4BRAA 1NLVA 4A2AA 3ZX3A 2CH5A 3BUZB 1ATSA 4H03B 5AQXA 4BQLA 1NGDA 5AFUH 4H5TA 1XQSC 2VCPA 4B1ZA 4BROA 3H1QA 1BA1A 2Q0UA 5AQKA 4BRQA 3DXKB 5AQSA 5FPMA 3L0QA 2W41A 3WT0A 1GLLO 3UE5A 3TPQA 1T44A 1GLAG 4K42A 2QWOA 3EO3A 3BP8A 3IFRA 3O8MA 3CETA 1OKJA 4FWKA 5AQQA 3ZX2A 3FFKB 2HF4A 3P4IA 5BPNA 4K25A 4DCHA 1V4TA 1U6ZA 4JN4A 4K43A 4B1YB 1NGBA 2I7PA 1BU6O 2A6AA 3FGUA 2CGJA 3ZETA 2YJEA 3D2EA 5JICA 3WQUA 2GWKA 3ZX0A 4BVOA 3M6GA 4B1XB 2OANA 3WQTA 1DKGD 3HTVA 2BUPA 3AY9A 1KAZA 2P9SB 2YI1A 1KXPA 4H0VB 4JD2B 4JNEA 5AQOA 5LY3A 4CZHA 2ZF5O 4IWVA 1BO5O 4RCHA 3SK3A 4ISFA 4ISEA 3LDOA 2GUPA 3WEEA 5F0XA 3FE1A 3I33A 1GLJO 1U2VB 2AP1A 1RDWX 4BRDA 4BR2A 2QW9A 4H5WA 1SQKA 3M3ZA 1X9JA 3ZEUB 2E2OA 1NGEA 2PBDA 3O6WA 5AQNA 4EHUA 3HM8A 2E2PA 4H0PA 3U9ZA 3C0BA 2D1KA 3QFUA 5E26A 4QS8A 4BR9A 3DXKA 3EZWA 5BRDA 4MO5A 3DXMB 4O5FA 4XEIA 3DAWA 1MDUB 3LDLA 3VEVA 2NLXA 5AQPA 4H0TB 5KPRA 1QZ5A 2P9PB 2D4WA 4F9OA 4BG9A 2A5XA 5LJWA 4K41A 3QICA 3H3OB 1JCEA 5AQMA 4XH4A 4ISGA 3EKSA 1S3XA 2GTDA 1BUPA 4B9QA 3FR0A 4FWQA 3CQXA 3VGLA 2F9TA 2KHOA 4CZIA 2FF6A 4E1JA 4BGBA 4IJNA 2Q0RA 4FWRA 3L6QA 3O4WA 2P9SA 4NO7A 5AFUA 1YAGA 1ATRA 4JD2A 2YHYA 1NGJA 2HMPA 2W40A 3VESA 5BRHA 4MO4A 1NGIA 3MMVA 3WUHA 3O08A 4BRHA 4CBWA 3DWLA 3ZETB 2E2NA 1QQNA 5AQYA 3LDQA 3ULEB 1IJJA 1U2VA 2Q36A 3QFPA 2ASPA 4HWIA 3UB5A 3JXUA 1XC3A 4XH1A 5AQTA 3C7NB 3GL1A 5AQZA 3ZEUA 4M7YA 4EHTA 3WXIA 1HKCA 4BR4A 3O80A 1T6DA 1TYQB 5AQHA 3BF3A 3J8AA 3CJCA 3VGMA 4AM7A 4BRLA 5BN8A 3QBWA 2DPNA 4CZGA 1BWFO 1C0FA 4BRKA 5F2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLEG 3AO5A 2A41A 1EXQA 1TUYA 2HNZA 4ILJA 1EP4A 3O1WA 3HP9A 1NG9A 4FK4A 4B1UB 2P9IB 3QESA 3ZT0A 3K57A 5AZJB 2P9NB 4E3SA 4FJ8A 1D4XA 4KTZA 4UY8O 2HVIA 2VYPA 4E7IA 4BC4A 2F7TA 2VG5A 3A5NC 4M3ZA 4I9LA 2A40A 3R8EA 4JI8K 3K9JA 2UYTA 1KVAA 3T19A 4AHUA 3A2FA 2F96A 4JEPA 1TKXA 3D2FB 4CD1A 1VHXA 2GUIA 3WNEA 4EAHD 4LH5A 1HUXA 3SQ1A 3VENA 1A5XA 4QS7A 3LZIA 1QZ6A 1GLFO 3C7NA 4BRGA 2DTUA 3MDQA 4FSVA 4GNIA 1E4FT 3BF1A 4JAXA 4JRQA 2ITGA 4CF2A 4YOVA 3VETA 3MAQA 2JWLA 1J53A 4KHNA 2E2QA 2O8FA 2P5OA 4PQUA 3O3GA 4Y1DA 1U47A 4H5RA 5HL7L 3MWPA 4FLZA 1Q9XA 1GLBG 4ZTFA 2FC0A 3V1OA 4MFBA 3EKUA 2HF3A 3THXA 1D8YA 5AQJA 4LF8K 1NKBA 1RTDA 3QIPA 3BGRA 4CJRA 4C23A 4LF7K 4LSLA 3WNGA 2RKIA 3THYB 3CCLN 3OHRA 3V1QA 1XUPO 3CJBA 2ZGZA 3NCIA 1E3MA 3ZSYA 5DMRA 2IVOA 1IKWA 1LWEA 3AA3A 3CERA 4M45A 1WBBA 3THVA 3ENOA 4CJ4A 5BRFA 3SUNA 5J1EA 4CHYA 3GOIA 4IDKA 4FWPA 4BC2A 5AQGA 5C10A 1SAZA 4CJFA 5KRSA 1GLCG 4MDBA 5M1QA 2G8KA 3QERA 1JLQA 1NGGA 1TGOA 3HBTA 3AVJA 4E7JA 3VGKA 4B9SA 2CGLA 5K14A 3SUPA 4DR6K 5AQWA 1L3SA 3HPGA 1JXEA 3TARA 3AVFA 1M1KO 3TAPA 3SQ4A 4Z4FA 4QOZB 3CJ1A 3GBTA 1NMDA 4LF9K 1ZBUA 4YDUA 1RFQA 4LSNA 3JYTA 1IO2A 1HR0K 3OS2A 4YDUC 4WYBA 3V4IA 4MQ3A 4AM6A 4CJEA 1TAQA 4FPBA 1NJWA 3OYIA 3CCMN 4JKGA 3HSTB 1WSFA 1HNZK 1ASUA 3IDHA 2Z1IA 3VQQA 3LAMA 4IG0A 3ZCMA 4KV8A 3HRGA 3R6MA 3ZSXA 4NXMK 4W5QA 1RBVA 3DI6A 3A8YA 5BREA 4BGAA 3DM2A 1U45A 1VSEA 1LV5A 1WAJA 3MEEA 1EO1A 2FSNA 3AAQA 1KAYA 2O4GA 3VEOA 4IOAL 3PSIA 2YKNA 3A5OC 4M3UA 4CGDA 3QB0A 4KO0A 1RT6A 4GV9A 3H3NO 3H6EA 2IC3A 1IKXA 4JKDA 3VQBA 3IUCA 1Z26A 3KLGA 4IKFA 4FJLA 3L2WA 3QEXA 3P83D 2P51A 4YOWA 3KIOA 4HUFA 3S3NA 1S9EA 2GEMA 4E1MA 3FLCO 4DLGA 3VEYA 3AVBA 1NM1A 1K8KA 3HM9A 1HX1A 4U7BA 4ELTA 3VPZA 3ZLJA 1N36K 4CGGA 3E9LA 3OYMA 4QAGA 2O8CB 1TL1A 2E8AA 3UKUA 4N5SA 4CEBA 5CE3A 1RBSA 4B8CA 2P9UA 3WXKA 2JLEA 3VQPA 3SMPA 3V9ZA 2YHAA 5HOOA 1U04A 3O5BA 3VEXA 3VQ8A 3KZBA 2BANA 2HNYA 3W0LA 5I9EB 1CZ9A 3VQ4A 2HOEA 3ZSVA 3MK6A 3ENBA 4DSFA 1HLUA 3WXJA 3FZKA 3BZKA 4FZZA 4CEEA 3VEWA 2J4RA 4A2BA 2QEXN 4F3TA 5LMNK 3CC4N 5EY4A 3C6HA 3QLHA 4CFAA 3HJFA 2D0AA 4KAZA 2AA4A 4IG3A 4HCCA 3ZSQA 4JKEA 1KQSM 4NYNA 4CEFA 4CJUA 1VQMN 1EWRA 2QWMA 3T1AA 2A42A 3VOVA 1H1VA 5DM7L 4CEAA 2W42A 3AVNA 3CMEN 1KCFA 3NF8A 3TR8A 5FPDA 1JL1A 1OVQA 3DLGA 2P1JA 1Q9YA 3M8RA 1RBRA 4H5VA 1BI4A 4DR4K 3KKRA 2YKMA 1WUAA 5GAGP 3H1VX 1X3NA 1HKGA 1RBTA 4DR2K 1IG9A 1FK9A 4E0DA 4IO9L 4GVEA 1NLVA 1Q82O 2CH5A 2RF2A 3C94A 1D9DA 4RW8A 2W6LA 4DSJA 3M8SA 1VSFA 1VQPN 4BQLA 5AFUH 4H5TA 1NJIO 3R3LA 4FJ9A 2PZSA 4J2DA 3HOTA 5FPMA 1YVUA 3L0QA 3OYAA 4FM0A 1T44A 1GLAG 4KHYA 4K42A 1LAWA 2IGIA 3BP8A 3IFRA 3CETA 4EP5A 4BACA 2VQFK 4DUYK 2HHTA 1VQ9N 4CHQA 3P4IA 3OY9A 4K25A 5HP1A 4JN4A 2B5JA 4CJ3A 1IBKK 1LWFA 3KJVA 4B3MK 2ATQA 2A6AA 5M1OA 2CGJA 1XMOK 2G8VA 3VA0A 4FJMA 4DMNA 1L3VA 2GWKA 3ZX0A 2QKBA 2OANA 3DRSA 3AY9A 1KAZA 3UIQA 1K73O 2YI1A 4FM1A 1HRHA 5AQOA 2HW3A 4KHSA 5DM6L 3DLEA 4JS4A 3AO1A 3NF9A 3LDOA 5F0XA 1X9SA 1GLJO 2F4VK 3RMAA 5HLFA 4BRDA 4BR2A 3OJUA 1X9JA 4WF9L 2E2OA 4K0KK 1RTIA 3NAEA 3TAFA 2E2PA 3O9UA 1BIUA 3QFUA 5DK5A 3HT3A 1NK6A 1NMNA 3EZWA 5BRDA 5KRTA 4IOCL 4MO5A 3O9SA 3DAWA 1MDUB 2KQ2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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