5AZJA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 177
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA01
3IDHA 3HZ6A 4WQ5A 1K8KB 4FWKA 4CZGA 3EKSA 1BA1A 2VYPA 1JCEA 3M1FA 1BWFO 1EQYA 1HKGA 4WYBA 5AQWA 4B1UB 2HMPA 1U2VB 3VEWA 3P4IA 3D7EO 1NLVA 3VGKA 4H5WA 4FWSA 3VEYA 4BQZA 2WUSA 3CQXA 3H46O 2Q0RA 5EXWA 5ADXH 3GOIA 4I6MB 2Q2RA 1T44A 1S3XA 3SMPA 2CH5A 4O5FA 4CZKA 3CIPA 2BUPA 3LDLA 5BPNA 5BRFA 4FOIA 2FSJA 1QQOA 3W3DA 1C0FA 4IJNA 5F1XA 3AAQA 4YDUC 3EZWA 4BRNA 5JMVA 2QW9A 4CZFA 4XH4A 2ITMA 1JCFA 2FXUA 5FPDA 1TUUA 2P9PA 3UKRA 3A5NC 2Q1NA 3LL3A 1HX1A 3FGUA 4BVPA 3LM9A 1NWKA 1YXQA 4BRPA 4FPAA 2QWNA 4BC5A 5LJWA 4FWPA 2P9LB 1T6CA 3WT0A 3R9PA 3IMXA 5AQIA 4IJAA 1BA0A 5AQZA 1MA9B 1ESVA 1SQKA 2HF4A 3KZBA 5AQGA 4CZHA 2E2PA 3MN6A 3R8EA 3DAWA 4BR9A 1D4XA 1E4FT 2Q31A 2A40A 5AFUA 2A41A 1X3NA 4EHUA 1BUPA 2P9KB 1XQSC 1KXPA 4FWMA 4GY2B 2OANA 4H0VB 1YVNA 1V4SA 5AZJB 2E2OA 2A5XA 2QWRA 4B1YB 3WXKA 4Y0WA 2I7NA 1TYQB 2P9SB 5AQTA 4MO5A 5AQJA 5JLHA 4B1XB 2QWOA 1NMDA 3MDQA 4WQ4C 4MO4A 1S22A 4PL8A 4PKHA 2GEMA 4H5TA 1RDWX 3HI0A 3ATVA 4CD3A 3ZETA 3CJAA 2DPNA 3QBWA 2E1ZA 1YAGA 3CJ7A 4FWRA 4MLHA 5JICA 1GLBG 4B9QA 3ENOA 4DB3A 5AQVA 2QWMA 2P9UB 4BR7A 3DXKA 3UE5A 3O1WA 4CBWA 4FWQA 5F0XA 4H0OA 2E2NA 5AQQA 4M63C 5AQHA 3C7NA 4FWOA 4BG9A 2E8AA 1NGFA 5AQLA 5AQFA 3ATUA 3U4LA 2Q97A 3KVGA 1HKBA 3CERA 3VOVA 5JLFA 4CD1A 3VEXA 5ELZA 3CHWA 3QDKA 1ZBSA 4XEIA 3VERA 1GLFO 1KAZA 5I9EB 3SK3A 4A62A 4CI6A 2A42A 3FZMA 3LDQA 2F9TA 1E4GT 2PBDA 2F9WA 4RTFD 4A2BA 1NBWA 5BPMA 2ZGZA 2J4RA 3CJ1A 4FOEA 5AQUA 1KAYA 3WEEA 3M6GA 4CZEA 3EL2A 4M7XA 1NGBA 3SMSA 5LY3A 2V7YA 4CZJA 3H3OB 2GELA 1BO5O 2E2QA 4BRLA 2V7ZA 4FL9A 1MWKA 4QS9A 4FWLA 5AZIA 3I8BA 3CJCA 2YJFA 2YCHA 3H45C 1YUWA 4LC9B 3CETA 4O8KA 1XUPO 3LDOA 3DWLA 4JHDB 3ZEUA 4H5NA 2FF3B 3D2EA 3KHYA 1DEJA 3FZLA 3W0LA 2E88A 5TKYA 1QQNA 4CZLA 3RSEA 2P9NA 2FLOA 2E1YA 3UKUA 2YHYA 4CZMA 4NO7A 3HTVA 5AQSA 4FPBA 3ENHA 5B8HA 3R6MA 3DJCA 3ULEA 2AP1A 1Z05A 2E20A 2NRHA 3IFRA 3LDPA 1K8KA 5FPEA 2D1KA 3H1VX 3LM2A 2H3GX 4BR2A 3O5BA 3O80A 4GNIA 1NGGA 4IO8A 4BRCA 4NB4A 3GDQA 2NZTA 1ATNA 3O6WA 1U2VA 3A5LC 4A2AA 1J6ZA 2YHXA 4BRMA 4PKGA 4H0TB 4BRIA 4B1ZA 4BR4A 4FWNA 4BREA 3MN7A 5AQRA 4BRDA 3BUZB 4I6MA 1GLAG 2BTFA 4B1VA 1HKCA 1NGEA 2GWKA 2KHOA 2FSNA 2GUPA 4YDUA 3ZX2A 3WUHA 4CJ7A 4AM6A 2P9IB 3WXJA 1CZAN 2ASMA 3VGMA 3VENA 3L4IA 3SJHA 2IVPA 4J8FA 3AY9A 4FSVA 3C7NB 3CJBA 4DCHA 1GLDG 4IXCA 4B1WB 4RCHA 4K41A 1ATRA 4BC3A 1DGKN 5FPMA 3UB5A 3DXMA 4BGAA 1NM1A 5AQKA 3ZX3A 4Z94A 1LCUA 2IVOA 5AFUH 4EIAA 3QFPA 1SZ2A 3CQYA 1NGHA 3AAPA 5KPZA 3QMLA 4JD2B 2UYTA 4CBUA 4XH1A 3D2FA 4H5VA 3WQTA 5KPTA 4HWIA 4AM7A 4BRGA 3JXUA 1Z6RA 3S41A 1MWMA 4K25A 1NGCA 3FFKB 1NGIA 3VEZA 3FZKA 1NGJA 2IVNA 5AZJA 3OHRA 1C0GA 5AQXA 1BOTO 4BRQA 1QQMA 2ASOA 1U6ZA 4K43A 1GLCG 1TYQA 3J8AA 3VESA 4CBXA 5KPRA 1GLEG 3VF6A 1BG3A 1XC3A 3M3ZA 5CE3A 1G99A 1BDGA 5AZIB 4WQ4A 2ASPA 1HPMA 2CH6A 3B8AX 3G25A 3O08A 5FPNA 5AQNA 3VF4A 5BPLA 3L0QA 5AQPA 3D2EB 2V52B 3FR0A 3H3NO 2D0OA 4H0PA 5E84A 5ADXA 3FZFA 2YI1A 3I33A 4H5RA 3QBXA 1ATSA 2CGLA 3RSEB 1GLJO 5KQDA 3MCPA 4BVOA 3L6QA 1Y64A 2HF3A 3EKUA 4C23A 2P9PB 3UKRB 4JAXA 3LDNA 4BG8A 3ULEB 3A5OC 3VEOA 1GLLO 1TUYA 3U9DA 4KBOA 1X9JA 3F9MA 3EO3A 4QS7A 5BN8A 4H03B 3JS6A 5LJVA 3QICA 1DKGD 2HOEA 3FZHA 2PAVA 2ZWHA 3QFUA 4DHYA 4EHTA 5AQOA 3O8MA 4PKIA 5BN9A 1RFQA 1WOQA 1IJJA 3CJ9A 5BRDA 1R59O 2CGJA 5BRHA 4IZ9A 1HUXA 2FSKA 3FLCO 4JNEA 1WUAA 4ISEA 3VF2A 3BP8A 3H1QA 2GTDA 4JHDA 1QZ6A 3A8YA 4MLEA 1P8ZA 3VEVA 2D4WA 3ZETB 1JCGA 2FF6A 3WXIA 2I7PA 3U8XA 1NGDA 4XH5A 3WQUA 2YHWA 3DXMB 3MN9A 3AARA 4HTLA 2D0PA 1QHAA 3HSCA 2ZGYA 3BF3A 4E1JA 3MK6A 2QXLA 4JN4A 2EWSA 3DXKB 1ZC6A 4ISFA 3FE1A 3C0BA 3O1BA 1T6DA 4BRAA 3D2FB 4BRKA 3GBTA 2P9LA 3GG4A 4EFHA 1X3MA 3TU5A 1IG8A 3VETA 5F2RA 3ID8A 1ZXOA 1Q18A 5E26A 4BC2A 4FO0A 2VCPA 2QWPA 3ZX0A 3A5MC 2YJEA 1QZ5A 2GWJA 5EOYA 3U9ZA 2P9KA 3TPQA 4BQLA 4PL7A 1NGAA 1HLUA 2W40A 4BROA 1BU6O 4BC4A 1H1VA 2V51B 3QB0A 1SAZA 3WEEB 4WQ5C 5BREA 1OKJA 2IIRA 3MN5A 5AQMA 5EY4A 4H0XB 2P9IA 2Q0UA 4EAHD 2P9SA 2VWBA 4BGBA 4M7YA 1LOTB 4BR0A 2QWLA 4H0YB 5KQ8A 3H6EA 4BR5A 4L3QA 4IWVA 3BEXA 4RWTA 5EVZA 3VPZA 2A3ZA 3O4WA 4BRFA 5EX5A 2A6AA 3SLCA 3ZEUB 1V4TA 4ISGA 2CGKA 4A61A 3IUCA 3MMVA 4QS8A 2NLXA 5BR9A 4BRHA 2ZF5O 1RGIA 3VGLA 3GE1A 4DQ8A 2P9NB 4F9OA 5AR0A 2W41A 1KAXA 3UKUB 2P9UA 4K42A 5AQYA 3HBTA 3GL1A 2AA4A 4CZIA 2Q36A 3HM8A 3A0IX 2QWQA 3CI5A 4JD2A 2QM1A 1MDUB 1HJOA 3EN9A 3WXLA 3BF1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MEGA 4JEPA 4ZTJA 3IDHA 3ULDA 3L2RA 1BWFO 4WYBA 4ILHA 4CEZA 1U2VB 3AO2A 3VEWA 3SQ4A 1HQUA 3P4IA 3D7EO 4KHWA 4DSFA 3HP6A 3VQBA 2WUSA 1TV6A 3OYJA 4DV4K 3H46O 3ZT3A 3CYMA 3TR8A 3THYA 4DF4A 4O5FA 2BUPA 5BPNA 5BRFA 4XIUA 1C0FA 1KCFA 3F9KA 3C65A 4BRNA 4CZFA 2ITMA 1JCFA 3F73A 5M1QA 4B8CA 1FW6A 4QOZB 1NMNA 4EZ6A 1CXQA 1ITGA 1YXQA 4BRPA 4N5SA 3MXMA 5LJWA 1BCMA 4FLZA 1D9FA 1ZBHA 5AQIA 4IJAA 1BA0A 4CW7B 4BDPA 4FJ9A 1ESVA 4JKGB 2YNGA 5AQGA 1EX4A 3THVA 4BR9A 1VHXA 1E4FT 3HOTA 2A41A 2VQEK 3C6AA 4G9ZA 4E7KA 4N47A 4FJKA 1XMOK 1VQMN 1WN7A 4OPKA 4O0JA 4JKDA 3VQDA 4DSKA 2E2OA 3NHGA 4NCAA 4CGHA 5K14A 4C1NK 4O5BA 4CEFA 4CESA 2I7NA 2P9SB 4J2EA 5AQTA 4ZHRA 1IO2A 4CJLA 5JLHA 3HJFA 4U7BA 1NMDA 3ASMA 5KRTA 1S22A 5HRRA 1NJYA 4PL8A 4IBNA 1RDWX 3CJAA 4IEEA 1GOAA 2O4GA 4IFVA 1UAXA 3CJ7A 5JICA 4KHYA 3RMBA 3WNHA 4KI4A 4NLBA 1QVGM 4GKKK 4DTRA 3UE5A 4CBWA 3HK2A 2E2NA 5AQHA 4FWOA 1JXBA 4BG9A 2YNFA 1U49A 5AQFA 4C8KA 4CJPA 2KTQA 3SBTA 3KVGA 3KWIA 5JLFA 4AHCA 4CD1A 3VEXA 5ELZA 4CEEA 3VERA 3QDKA 2W6LA 1VQLN 1KAZA 1T3VA 3ZSWA 1VSIA 1NK5A 1HNIA 3FZMA 3HM9A 3E66A 1E4GT 3VQ5A 4RTFD 4R5PA 5BPMA 2ZGZA 3CJ1A 4ELVA 3T7ZA 5AQUA 1IKYA 3WEEA 2ZE2A 3THYB 3EL2A 4K8XA 3AVHA 5J2MA 3H3OB 2E2QA 2V7ZA 1QHTA 2KFNA 1MWKA 2YNIA 4FJNA 3DMJA 3O9SA 2YCHA 5AJ3K 3OTOK 1YUWA 4JHDB 4QAGA 1Q81O 3D2EA 3KHYA 1DEJA 1C1BA 1QQNA 4CZLA 3NGZA 4AH9A 4LH5A 2KZMA 5LMUK 2JGUA 5SZTA 4DQPA 1VQKN 4IG0A 4CZMA 3HTVA 2DFEA 1ZBFA 4FPBA 3ULEA 4IO9L 2AP1A 2VG7A 3AVKA 1X1PA 5FPEA 2D1KA 3LM2A 4FCYA 2H3GX 2A1SA 3TAQA 1NKCA 3GDQA 4GV9A 4C8NA 3SAGA 3TAMA 4E19A 4JI6K 4PKGA 4BRIA 4B1ZA 2GUIA 1TK5A 4DSEA 4AHUA 4E7HA 3MN7A 1JLFA 2BTFA 1HKCA 3WNEA 3VQCA 4CCHA 2FSNA 4YDUA 3ZX2A 4FM2A 3ALYA 3K57A 1LWEA 3KLFA 4A5AA 1NKEA 3HVTA 2ASMA 3VGMA 1IBMK 1T03A 3AVGA 1YTAA 2IVPA 4BE1A 3OS2A 3K5MA 4FK0A 3CJBA 4DCHA 4IXCA 4B1WB 3JYTA 1ATRA 4BC3A 1SL2A 4DTSA 1DGKN 5J2QA 1SV5A 5KTQA 3UB5A 4BGAA 1RTJA 3DLKA 1L3UA 1NM1A 5IWAK 3HPGA 2QK9A 4CHQA 1VQ6N 3R3LA 4EIAA 3CQYA 1NGHA 3V81A 4IFYA 4DKWA 4CBUA 3WQTA 4YOXA 1S1UA 4KHQA 4NYNA 4WF9L 3Q7CA 2HHVA 4YNQA 3FZKA 1C0GA 4BRQA 1QQMA 5KPRA 1TYQA 4DFMA 5KI6A 3EE8A 3M3ZA 5GAGP 1G99A 5C10A 1HPMA 2CH6A 3QERA 3J7ZO 1VQNN 4DQIA 1LAVA 3TTFA 5AQPA 3D2EB 3MEEA 3LP1A 2D0OA 4H0PA 1JL2A 1OH6A 1LWFA 3FZFA 5LMNK 4KH5A 3VQ7A 1LV5A 1Q9XA 3QBXA 2YKMA 5KQDA 4E89A 1OH5A 2PFUA 3WNGA 3QESA 3EKUA 2ZM6K 3CPEA 3UKRB 3ULEB 4FZYA 3AA5X 2B6AA 5C25A 1JLAA 3HYFA 4M42A 2NRTA 4O4GA 1L3VA 1TUYA 2KZZA 1X9JA 3HL8A 4PHTX 3JS6A 3AVBA 3LWLA 4B3OA 2OTLN 4CFDA 4DV3K 4LFAK 2X78A 3HPOA 1L5UA 1VK0A 3AVFA 3O8MA 2O8DB 4PKIA 3VQPA 4F2SA 2UXBK 4FW2A 5BRDA 3O9QA 4JKFA 3TTCA 4KV8A 1Y97A 3RR7A 1L3SA 1WUAA 3BP8A 1VQ4N 3QO9A 3P83D 4JK8A 3A8YA 2VWKA 1JCGA 2FF6A 4DTUA 2NRZA 3KTQA 4RW4A 4Q5VA 3SBGA 3LP2A 2D0PA 2ZGYA 3BF3A 4E1JA 4HCCA 2XO7A 1WSGA 3I8DA 5HRPA 4MDAA 3DXKB 2A1RA 1RDUA 4CJSA 1S1WA 3C0BA 3FE1A 4CJ4A 1TKDA 4BRKA 3V1QA 4EZ9A 2P9LA 3CCRN 3QEWA 3G71N 2P51A 4JK9A 3TU5A 1IG8A 5F2RA 2I5JA 2QWPA 3K58A 4DU4A 3A5MC 4IDKA 3I56N 3S3MA 4RW9A 2G8IA 2OZMA 5JVHL 3U9ZA 2P9KA 4BQLA 4PL7A 3G4SN 2HMIA 3CCMN 1H1VA 3QIOA 3KD1E 4OO1J 1RBUA 3SAHA 5BREA 2IIRA 5EY4A 3WNFA 2P9IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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