5AZJB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 178
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjB01
3EL2A 4XH1A 4BC5A 5ADXA 3FZMA 3VEWA 2P9PA 3L0QA 3AARA 3GE1A 3O8MA 2VYPA 2FF6A 2V7ZA 5AQWA 3LM2A 4AM6A 2QXLA 4FWPA 3D2EA 1ATRA 2A3ZA 1D4XA 1SZ2A 3BUZB 3VERA 3DXKB 4CZFA 2GWKA 2P9IB 4WQ4A 4XH5A 2P9SB 3A8YA 5FPNA 2ASOA 3WT0A 3AY9A 4Z94A 5AZIA 4NB4A 2HF3A 4ISFA 4BR4A 2W40A 4BR0A 1H1VA 4C23A 4K43A 3U9DA 4LC9B 3MN9A 5AQNA 2ASPA 4QS8A 3DAWA 3FLCO 4WQ5A 1R59O 4BRFA 4BR5A 3A5NC 3SMPA 3QFUA 4PKHA 2QWMA 2ITMA 4YDUC 4B1ZA 4BGBA 1GLFO 1WUAA 2GWJA 4BR7A 4M7YA 2D4WA 3BF1A 3WXLA 3HTVA 4EHUA 1IJJA 2QM1A 3GG4A 3DJCA 5AQUA 4DCHA 4AM7A 1JCGA 3FGUA 4DB3A 3LDPA 3VETA 4CZEA 5AR0A 3ATVA 3MN7A 4B1XB 3C7NB 3FZHA 4O8KA 3UB5A 3VGKA 5BPNA 3CJ9A 5FPDA 4FL9A 4H0YB 3QDKA 1KXPA 3ENOA 4BG9A 3QBXA 1TUYA 3AAPA 5EX5A 2Q31A 3H1QA 5AQQA 1SQKA 5KPTA 1KAYA 1K8KB 3JXUA 2FSKA 2ZF5O 1JCEA 5AQPA 5KPRA 1HKBA 4MO5A 4PKIA 3D7EO 2P9KB 3W3DA 4BC4A 1Y64A 2J4RA 5F0XA 4K25A 3UKRB 1Z05A 4H5NA 4B1VA 4A61A 1HJOA 2V51B 1X9JA 3I8BA 1NLVA 3QMLA 2FSJA 3G25A 1MWMA 3H46O 3U4LA 1XC3A 3UKUA 3VF4A 5ELZA 1NGDA 2IIRA 2HMPA 2P9LB 4MLHA 4FOIA 5I9EB 1NGEA 3CJ1A 2CH6A 3ID8A 3GOIA 4CBUA 3DXMB 5AQLA 3CI5A 2Q36A 4HWIA 3LDOA 1NGCA 2E2NA 5AQKA 1JCFA 2ASMA 1GLAG 1DEJA 3ZETB 4B1UB 5E26A 2Q1NA 5AQZA 5LJVA 4CZKA 4XEIA 1J6ZA 5LY3A 2QWQA 5KQDA 1HPMA 5AQXA 5E84A 2E1ZA 2E2PA 1ZC6A 4BRIA 2Q97A 4BRPA 4BVPA 4FWNA 3D2FB 3QBWA 3B8AX 4BRMA 4BRDA 1YVNA 2E2OA 3RSEA 5BRDA 4CZHA 5LJWA 4IZ9A 3FZLA 4BVOA 3O6WA 5AQIA 4BRLA 2A41A 4FPBA 1NM1A 4RTFD 1HX1A 4QS7A 3O08A 3HI0A 4GY2B 3VEZA 4DQ8A 3LDNA 3ENHA 3VGMA 4CBWA 1T6DA 4WQ4C 3F9MA 4JHDB 4NO7A 3VF2A 4IJNA 2P9NA 3FE1A 1GLCG 4CZIA 4FWLA 5AQSA 4A2BA 3QFPA 5AFUH 3H3NO 3QICA 2D1KA 4I6MA 3LDLA 3H1VX 5BRHA 3J8AA 1DGKN 1GLDG 4WQ5C 3ZEUA 2A40A 4CZGA 5EY4A 5AZJB 1NGIA 1NGHA 3WXIA 4FWMA 4JD2A 5AQOA 2QWLA 2YHWA 3VEXA 3WEEB 2FXUA 3ULEA 1MWKA 3VGLA 5BREA 1CZAN 1YXQA 4E1JA 4CZJA 4BRAA 4BREA 3GL1A 4RWTA 1TYQB 3A5OC 3FFKB 3WQTA 2V52B 3IFRA 3GDQA 4FO0A 4CJ7A 1BA1A 1LOTB 4ISGA 2AP1A 2P9UA 4O5FA 4FOEA 5JICA 4BRGA 2QWRA 4KBOA 3O5BA 2ZGZA 2NLXA 4CD3A 1U2VB 3CHWA 5FPEA 2CGLA 3A5MC 1Q18A 2P9PB 3FZKA 3WUHA 4MO4A 3QB0A 4J8FA 4PL8A 3WQUA 3LDQA 3U8XA 3D2EB 3H45C 4CI6A 4K41A 3FZFA 5BN8A 4B1WB 1NGJA 3U9ZA 1V4SA 4PKGA 3AAQA 2H3GX 1HUXA 5AZIB 5AFUA 3WXJA 5FPMA 4H5VA 5B8HA 2V7YA 2YJFA 4BROA 2E88A 4WYBA 5AQVA 5BR9A 2F9TA 2PBDA 3EKUA 3HZ6A 1KAXA 5KPZA 1E4FT 3A0IX 3OHRA 3L4IA 1EQYA 2DPNA 1QZ5A 2A42A 2D0OA 2FLOA 3HBTA 2IVPA 3S41A 3R9PA 2NZTA 2FSNA 4H03B 4Y0WA 3DXKA 2IVOA 2P9IA 3VF6A 3VOVA 2P9SA 3IUCA 2HOEA 3M3ZA 4M7XA 4H0PA 5EXWA 2CH5A 1V4TA 3SK3A 1NGFA 1BG3A 1E4GT 1NGGA 3M1FA 4A62A 3VEVA 3CJAA 3DWLA 3IMXA 3I33A 2ZGYA 1BWFO 1NGBA 3CJCA 3O1BA 2YI1A 5AQYA 3ZX0A 5AQHA 3SMSA 3VEOA 4FWSA 5BN9A 2A6AA 2GEMA 1GLBG 4RCHA 2EWSA 5AQJA 4B9QA 2GELA 3CETA 3VEYA 5JMVA 4IJAA 3TU5A 1BOTO 3UE5A 5BPMA 1QQNA 2YHYA 2IVNA 3WXKA 3A5LC 4BRCA 4HTLA 4CD1A 2E2QA 2W41A 4H0TB 1DKGD 1GLEG 2VCPA 4BRHA 3C7NA 3L6QA 1MDUB 4FSVA 2Q2RA 2YHXA 1BO5O 5EVZA 3UKUB 1QQMA 3CQYA 5KQ8A 4H5TA 4JAXA 3R6MA 4BG8A 3EKSA 2F9WA 1X3MA 5JLFA 1K8KA 4FWQA 3O4WA 1SAZA 3EZWA 4MLEA 2P9KA 1T44A 3VESA 1U6ZA 3M6GA 1NBWA 1QZ6A 3UKRA 5EOYA 3CJBA 3CQXA 3LL3A 4QS9A 4BRNA 1RGIA 1ESVA 3MN5A 2CGKA 2Q0RA 1C0GA 1YAGA 3MN6A 1BDGA 2P9LA 2I7PA 3VENA 5BRFA 5JLHA 1BA0A 1HKGA 3HM8A 5AQRA 4IWVA 4JN4A 1XUPO 2AA4A 4H0XB 3DXMA 3RSEB 2Q0UA 4BQLA 5F1XA 1C0FA 1MA9B 5F2RA 2BUPA 3ATUA 4JNEA 2YJEA 1TUUA 5AQTA 3TPQA 2PAVA 1OKJA 3R8EA 2QWOA 3ZETA 1GLLO 1ATNA 4YDUA 2UYTA 4BR2A 2BTFA 4EFHA 4CBXA 2FF3B 3SJHA 3O80A 4IO8A 3ZX3A 2CGJA 1HKCA 3BF3A 3D2FA 4H5RA 4BGAA 2P9NB 1S3XA 3LM9A 4DHYA 4IXCA 2ZWHA 3P4IA 2HF4A 4M63C 4CZLA 4I6MB 3MK6A 4XH4A 5ADXH 1G99A 1NMDA 3ZEUB 2QWNA 4BC3A 3CIPA 3KZBA 3O1WA 5AQFA 3EN9A 3MMVA 4K42A 4FPAA 3H3OB 3HSCA 4JHDA 3FR0A 4JD2B 2E8AA 1BU6O 4EIAA 3C0BA 3KHYA 5BPLA 3ULEB 3MCPA 4FWRA 1HLUA 1NGAA 2VWBA 5AQGA 1ZBSA 4H5WA 1Z6RA 5TKYA 2GUPA 3SLCA 4H0VB 4GNIA 1BUPA 1GLJO 3CERA 5AQMA 3CJ7A 4H0OA 3IDHA 3KVGA 2NRHA 2P9UB 5AZJA 1YUWA 1KAZA 4A2AA 1ATSA 1QHAA 1ZXOA 4CZMA 3W0LA 1NWKA 1WOQA 4BQZA 3WEEA 3VPZA 1P8ZA 3H6EA 1RDWX 2I7NA 4B1YB 2QW9A 4FWKA 1LCUA 1T6CA 2KHOA 3MDQA 4ISEA 2E20A 5CE3A 1XQSC 4BR9A 3BP8A 3GBTA 4FWOA 2GTDA 4BRQA 4L3QA 1TYQA 4PL7A 2YCHA 2OANA 2E1YA 3JS6A 4BRKA 2D0PA 4F9OA 2A5XA 2WUSA 1S22A 4BC2A 3BEXA 3EO3A 4EHTA 1IG8A 4EAHD 1X3NA 3ZX2A 1QQOA 1RFQA 2QWPA 1U2VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UXDK 4GVMA 4CJWA 4UQGA 5I3UA 4CCHA 1HJRA 3NH1A 2YNGA 3KKRA 4KPYA 3ZSQA 2V7ZA 3HL8A 4FVUA 1EO1A 1ATRA 3BDPA 4LF9K 2QI2A 2A3ZA 3VA0A 2BDPA 3DXKB 4CZFA 2P9IB 4IG3A 2P9SB 3A8YA 5FPNA 1NK5A 3OJSA 3SPZA 4DTPA 3CF5L 4BR4A 2W40A 4CHZA 3LWMA 4G9ZA 5AQNA 2ASPA 3DAWA 2BE2A 1TKXA 3NE6A 1N6QA 3QEWA 3N4QA 2ITMA 1WB9A 3LP2A 2NRZA 1RBSA 3NFAA 4QAGA 4CHQA 4FYDA 3HTVA 2QM1A 4YOVA 3DJCA 5AQUA 4O55A 4AM7A 1JCGA 1WSGA 3FGUA 4DB3A 1YT3A 4YOXA 2JGUA 1VQNN 5AR0A 1C6VA 4DSKA 4B3MK 3FZHA 1VQ6N 3OYGA 4M45A 4WF9L 4Z0UA 3U6FA 3THWB 5KRTA 3QDKA 2YV0X 4BG9A 1XMQK 3AAPA 2Q31A 4OX9K 1HYVA 1K8KB 1NJYA 4FZXC 1JCEA 5AQPA 3OYKA 4BC4A 1RNHA 1VK0A 3RMBA 2GX9A 1Y64A 2IGIA 4B9UA 3O9UA 2O4GA 4GV9A 4A61A 3AVKA 3SZ2A 1XI1A 1T8EA 1DLOA 4KHPK 3QMLA 2FSJA 3G25A 1MWMA 3U4LA 3V9ZA 2KTQA 1WSFA 1XC3A 3UKUA 1YJ9N 1KLMA 2IIRA 1BQNA 4DQQA 2P9LB 1YTAA 1XMOK 5I9EB 3GOIA 4CBUA 2RF2A 4JI6K 4CJTA 4MDBA 1NGCA 4DR7K 3OYNA 4IOCL 2JLEA 3ZETB 4B1UB 5LJVA 2Q1NA 1JJ2M 5LY3A 4JK7A 2QWQA 1G15A 5KQDA 1WAFA 3MX5A 5E84A 2E2PA 2RHKA 4BVPA 3NH0A 1T7PA 3Q7CA 3SJJA 1YVNA 1Q7YO 4B9MA 4YNQA 1GOCA 1RT5A 4CGDA 3QNOA 4DR6K 2O8FA 1D5AA 1L3TA 4FLYA 3O6WA 5AQIA 3EE9A 4FPBA 1HX1A 3O08A 3OJUA 2X6SA 4GY2B 2HBLA 4NXMK 3VGMA 2X6NA 2EHGA 3M8SA 1U04A 1Q86O 4JHDB 4NO7A 4BDYA 3LZJA 4IJNA 2P9NA 3FE1A 4FM0A 4CJLA 2Y1IA 5DM6L 1Z25A 2WONA 3N4PA 3NF7A 5M1PA 3LDLA 3H1VX 5BRHA 4JI0K 1DGKN 3ZEUA 4ELVA 5EU7A 5EY4A 1FW6A 3AVLA 2ZJQL 3U3YA 4JD2A 3VEXA 2YHWA 3WEEB 1NMNA 3VGLA 1B9DA 2YKNA 5BREA 2PZSA 1YXQA 1RDCA 3NGZA 4BREA 1SL1A 3OYHA 2B6AA 3K5OA 3O9SA 3GDQA 1F21A 4CJ7A 3K5MA 4C8OA 5JICA 3QINA 4O8UA 3S3MA 4JKGB 4CD3A 3THXB 1CLQA 4Y1DA 1S72N 2P9PB 3FZKA 4LSNA 3E9LA 3RMDA 4PL8A 3DLKA 3D2EB 4CI6A 1X1PA 4K41A 2UXBK 1A5WA 3FZFA 3LAKA 4EZ9A 3AO5A 1ASWA 1YF5L 3AAQA 1HUXA 5AFUA 4J2EA 3WXJA 3DLGA 4H5VA 4CEOA 1XNRK 4JKFA 3I55N 2OYQA 3MX2A 2PBDA 2RPIA 3EKUA 3HZ6A 1KAXA 3CC2N 1KC8O 1E4FT 3OHRA 2HSTA 4CGIA 3SYZA 4FK4A 1YJNN 1EQYA 4CF9A 3ZLJA 4KREA 1UOCA 3HBTA 5C2FA 3S41A 1IBLK 5CZ1A 1A5VA 1K8AO 2FSNA 4Y0WA 3M3ZA 4M7XA 1TL3A 4RW4A 3ZSXA 1XHZA 4K0KK 1T05A 3IMXA 2G8WA 2DTUA 2ZGYA 1BWFO 2YI1A 5AQYA 3V9WA 1VSHA 3J7AP 3WNHA 4ILGB 4FWSA 1VSJA 5AQJA 3CETA 4L8RB 1VQ4N 2HNZA 5BPMA 1QQNA 3C6AA 4HTLA 4DR5K 4F2SA 3KIOA 4O0JA 3CM5A 4FW1A 1DKGD 2VCPA 5HROA 4BRHA 2A1SA 4Q0BA 4CIEA 3VQ7A 3V1RA 3TTDA 4FSVA 3PO4A 5M1NA 1QQMA 3CQYA 4X62K 3AO4A 3K2PA 3R6MA 1JLFA 2F9WA 5FDLA 3E9OA 2F8SA 4LF4K 4C8NA 4B8CA 4MLEA 1RDUA 3TSUA 3J7ZO 3KK3A 1CXQA 5CR4A 4FK2A 4ILHA 3CJBA 4CEBA 4W5NA 4QS9A 2HHSA 2FBYA 3ZT2A 3HSTB 4DF8A 3U3GA 5BRFA 5AQRA 1IKWA 4CEDA 4G1QA 4IEEA 3NVKA 4DTOA 1WNSA 4H0XB 1WSEA 2Q0UA 1LWFA 2OA8A 4ZTJA 4IG0A 2BGGA 1MA9B 5F2RA 1VQ8N 2O8BA 4OJRA 4Y1CA 3FFIA 1OKJA 4OKJA 2QWOA 4JK8A 4YDUA 2UYTA 3VQCA 2FF3B 2W6LA 3P31A 3TAGA 4B08A 3ZX3A 3NGIA 4DQIA 5JS2A 2CGJA 3L2QA 3D2FA 1LWEA 4CJKA 4BGAA 1KSPA 3C95A 3AVFA 4CJVA 3LM9A 2ZWHA 2UUCK 1RTIA 4M63C 2OZMA 1OH7A 1JXBA 3MK6A 5ADXH 1G99A 5GIPA 1IKVA 3T1AA 5J2PA 5GAGP 3OYCA 2GUIA 2DY4A 3AVBA 1HNZK 5AQFA 4K42A 1VQ7N 2KFZA 1LAVA 3FR0A 1WN7A 4B3RK 5BPLA 3ULEB 2YX6A 3L2UA 3PIOL 4NYNA 1C0UA 2GUPA 1KFSA 4X66K 4BACA 4GNIA 1GLJO 1C1CA 3CERA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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