5BXPA

Lnbase in complex with lnb-lognac
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
636
structure length
636
Chain Sequence
HHSSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lacto-N-biosidase
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 237
structure length 636
sequence length 636
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxpA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxpA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxpA01
2J47A 1ILR1 1Q6CA 1FH9A 1DZCA 1HCEA 4Z2HA 5AC5A 4AD1A 3I3BA 2YBUA 2DPEA 1CGYA 1V03A 4YOLA 4JL2A 1V3JA 4AZCA 2J79A 2O9TA 4MPKA 2IWTB 3O2LA 2YDSA 2ZUMA 3W9TA 3ZO9A 1VF8A 1HCDA 4EE9A 2W63A 4I2SA 3VINA 4LO1A 3W29A 3BH4A 1A47A 5GNYA 3QHNA 1QPKA 4LO0A 4CU8A 1EDGA 3ARWA 3UJ4A 1ZBKA 2E4TA 1DFQA 2Y8KA 3F4VA 3GH5A 5FNXA 2PF0A 2WVVB 1H0GA 1SR4C 1H5VA 3OIHA 4IQPA 4R27A 3A07A 3VIIA 4HA4A 1VBRA 5GPRA 3FJBA 9ILBA 3T08A 3AS2A 1M7XA 4W88A 2G3IA 3H6QA 1UZ4A 4X9YA 2QMJA 3NDZA 2YIHA 3BMWA 3KL5A 4L4IA 1BLDA 4GO8A 3WD4A 1MQPA 1CLXA 3AZRA 3VX0A 1Z2VA 3R4UA 2KLLA 1T9FA 2VSAA 4DENA 3AFBA 1J11A 4OWLA 2PWEA 3EDEA 4HU8A 4MNJA 1G9CA 1WD3A 5A8QA 4UOQA 4AZCB 3RTJB 3FHQA 1J0YA 3FJIA 1TTUA 4HR6C 3VPLA 1XV8A 4WKAA 5ABEA 1OINA 2GDUA 3MUY1 4FLRA 5DT7A 3CZJA 3V0BB 2J75A 4CCDA 4UFIA 1WPCA 4EKXB 4D6HA 3NJ5A 5DO8A 1JGIA 4B9ZA 4J3UA 1NOUA 3FJHA 3FXYA 1UG6A 1XSKA 1B3WA 2UY5A 4YPJA 3W26A 4GKLA 4PMDA 1I1EA 5D9OA 1HIZA 1E43A 2DREA 2VI0A 1XH2A 3ZC9A 2E4MC 2VCAA 4QLKA 2FH6A 1JAKA 4EFRA 3H6SE 5AYBA 5IHSA 4UZUA 1NOFA 3WO4A 3ZJ7A 2Y9FA 4JFTA 3K4AA 1XZZA 4MDOA 2M49A 3OLIA 1WZAA 1FWVA 4HPGA 4P8XA 1JFXA 2WZIA 2WANA 2XJ7A 1OSEA 1II4A 3EMCA 2JIWA 3VIOA 1LL7A 1PX3A 4PSPA 1HJQA 3FNDA 1E4IA 4J3VA 3BADA 3AS0A 3CUIA 1QW9A 2YL8A 4BF7A 5F8WA 2DH3A 1XCXA 1JD7A 4PC4A 3RM9A 1JI2A 3EDDA 3FW6A 2VCBA 1BYDA 2W5FA 2HZ9A 3K4DA 1ODZA 1UD2A 1DQGA 4MAVA 1TUXA 4P0JA 3N13A 2ZX8A 1XD0A 1H09A 3IJ9A 3POHA 4XZWA 4U5KA 3W53A 3ZR6A 1WZMA 1JXKA 1S46A 4ZFUB 3VMOA 1JFHA 2ZIDA 4JRAA 1PZ2A 3N18A 4J2XA 3FJCA 1EO7A 3OGFA 4D0TA 2IUZA 1E4MM 2BVTA 4FLSA 4I8MA 5CPSA 3SUTA 2WLZA 3N0KA 2J3PA 3NBEA 2X09A 2WMIA 4HMEA 4CN6A 1JZ5A 1QI0A 1BTCA 1LL6A 3MMWA 3MANA 4FLQA 2PBGA 1VIWA 3ARZA 41BIA 4GQQA 4EK7A 1W1YA 1E0VA 3MMUA 5A2AA 2WYSA 5BOWA 5ABFB 4BS0A 4I3NA 4GZJA 5FIPA 3WD1A 3E8LC 3WQVA 1HWNB 4IZXA 2KKIA 3L4VA 4W7UA 2E3ZA 4PMXA 1NQ6A 3WNMA 4JIEA 2E40A 7A3HA 2VL4A 3I2AA 3FGMA 4OWJA 1UKTA 3PZUA 2G3JA 1NWUA 4CD8A 1UD8A 4A4AA 1V3IA 3WD0A 2W92A 3CIVA 3VGGA 4AN6A 4TUFA 5HPOA 2WC7A 4HJJA 2VZVA 5HXMA 3KMVA 2AOSA 5DFAA 3BA5A 3MO4A 1M53A 5BRQA 2YL5A 4RE3A 5A6JA 2J62A 3PHZA 4HPHA 5JBFA 2J8FA 4JPZA 2WPGA 3LTQA 3T2QA 4LX4A 2AAIB 3WEZA 3RMYA 2K8RA 1BFGA 1EVTA 2RGMA 4JHZA 4FLOA 3BRGC 1W91A 2KH2A 1KXQA 3KWXA 5EFFA 1EOKA 4AZ7A 1SR0A 1WBCA 1W3LA 2WMIB 1HVQA 5I0DA 1WDPA 1FN0A 5FZZA 4W5ZA 4EB2B 3NCOA 4M1RA 1AQHA 3WH8A 4USOA 3AH1A 2AAAA 4WSKA 3WL0A 1CXFA 1JF5A 2ZUSA 3WINC 1NUNA 1XHGA 1QNPA 4HA3A 3VT0A 1MFUA 1EQPA 1TFVA 2DRYA 3A3HA 3HN1A 1JI1A 1H3GA 3O44A 1PWAA 4UQDA 3T2PA 1WAWA 4ACZA 2CBJA 1HJVA 4PMUA 1JYVA 3MMDA 2VCCA 2BNJA 4YHGA 4ZE5A 3CH9A 3VNYA 1FQ9A 1FV2A 3ZJ8A 1RD6A 2VZSA 3WUBA 1EH9A 5HPZA 1Q1UA 1L8NA 2CBUA 4M80A 4W8AA 2NZ9A 4I4VA 2FHCA 4GI6A 5ABGA 1HJWA 4PRWA 1V0NA 4KH2A 4AXNA 1GQKA 2UY4A 1TWEA 1WCGA 2EPLX 1DP0A 3IK2A 5CLTA 1OGBA 2VNCA 3W4RA 4U2ZA 2OWCA 1J0HA 4OKDA 3AKFA 1FHDA 3ZT5A 1J0JA 3ARTA 4W5UA 4OBSA 3CHFA 5GAQA 2BEBA 3ZC8A 1SMAA 1PX8A 3EDKA 2CITA 1R86A 2FHFA 3PHAA 2Y9WC 1Q03A 1TMQA 1C8YA 3OB8A 1S0CA 1B30A 1ZJAA 4LPCA 1E6NA 4LO3A 3SCQA 1E6XM 2UY3A 4ZA3B 2MC2A 2C7FA 3BRDA 3VEQA 2D44A 1V0MA 2GVYA 4JKLA 4R5EA 3CHDA 4G9NA 1E0XA 4KRUA 1JDDA 4AC1X 1WB0A 3N1AA 3MKKA 3VDAA 4LO7C 4QALA 1EA9C 2FO1A 2XWEA 4AZBA 1PZZA 2J78A 3J7HA 4QCFA 2QF8A 2F8XC 1UQYA 3ECQA 4M24A 2WMJA 4Q9GA 2CIPA 3LLPA 4II0A 4D8HA 1W2PA 3K1DA 3MV01 2VRQA 5BVPI 3AOFA 2YKKA 4XFUA 2VOTA 1UR9A 1QW8A 1R7AA 5F8YA 1LF1A 1VRXA 1KGWA 1IOBA 3CUFA 3HJEA 1QI2A 3AHVA 4ISQA 1ZJBA 3WNOA 4ACYA 4LYPA 4U31A 2D3LA 3AH4A 2NT1A 4H2CA 2W62A 3AHXA 3PBGA 5A95A 3AIWA 4UR9A 3IM6A 2IHOA 3GYCA 4OJYA 5BYWA 4D6JA 1YBIA 5I2UA 4IUGA 1UYQA 1SR4A 4B16A 5EG6C 1GQIA 3AMKA 2Q9XA 4D0ZA 1EXPA 4IY8A 2DEPA 4OEEA 5CXPA 4JP0A 1Z32X 4DWSB 1BG9A 3HALA 1TZ7A 4P7OA 3QGVA 8I1BA 5F8SA 2WBCA 1W32A 4CGTA 2XYLA 4MDPA 4I4UA 1QBBA 2BFHA 4Z2LA 3F5LA 2YUGA 4OOUA 1OGGA 1MC9A 1XG6A 3AZWA 3CA0A 3RTIB 2YJQA 1IILA 5E6YA 1JZ7A 2OYKA 3PZNA 2VUAA 3VGBA 3CHEA 4BQ5A 5A6AA 1JTCA 4AD0A 1VFUA 5DVHA 1P6WA 1ITBA 4BCEA 1GUVA 4AIOA 4QDMA 1CGVA 1LWJA 5M5DA 3KE0A 2NSXA 4TX8A 4TVCA 3A4AA 3GXMA 3AXXA 3PZIA 1AVWB 4CD7A 2X05A 3HBWA 2J7EA 3BSHA 4MNMA 2WCGA 1DWHM 1CGTA 4Z9WB 1K9FA 1PZ3A 3NDYA 2FHBA 5LA0A 3N7KA 3PN8A 3PG0A 5DF0A 2EPKX 3IJ8A 2LIEA 4U5IA 4TVDA 1WDQA 1KCLA 1XSIA 4BQ2A 8A3HA 4K68A 3WF4A 2VXRA 5FZUA 3VMNA 1UUQA 1PJ9A 3ZJ6A 1V6YA 2Z49A 2WZHA 2VR5A 3B9DA 5D61A 4I6IA 2YOCA 5F7UA 4OUJA 3LPPA 4P0LA 4EAMA 4LXFA 1CE7B 1QI3A 4AZ6A 4D6IA 1CGUA 4M82A 4PBGA 4ZE4A 5JBEA 1GQLA 3WMUA 4X0VA 2ERMA 1J12A 1G01A 1CWYA 1R8LA 3A6OA 1U2YA 1X6NA 3VDCA 3VT2A 2BY1A 1B3VA 1EHNA 1DWJM 4D6DA 4CCCA 3OZOA 4J3SA 1DWAM 4W93A 5KEZA 3EYPA 2DT2A 4M56A 4RE2A 3AROA 2D1ZA 3SUWA 1W3JA 1H4PA 5A6KA 3NSNA 3OBAA 4ZGRB 1RG8A 3WH5A 4KC3A 2YA0A 1MD6A 1UKSA 2Y4SA 2BFGA 3FJAA 5GQBA 1NZKA 1BYCA 3N11A 4TXEA 3WELA 1PUUB 4QD2B 1GJWA 1V08A 2ZXAA 4URIA 3T0BA 1BGAA 1XCWA 3U5UA 3AIRA 2D0FA 1KCKA 3BLPX 3VD9A 3SCNA 3VKKA 4CN1A 1LWHA 1OB0A 1PBGA 5I1BA 2CCRA 3F5JA 3UERA 3BX1C 4NF7A 3ARXA 3IIRA 1VB9A 4GZEA 4UQBA 3WQ8A 1OCQA 4G1RA 4MNLA 1IZJA 1W3KA 1E9LA 4V27A 2BY2A 1DLLA 4P7NA 5HNNA 1UKQA 4P7LA 3EDFA 3LPFA 5LA1A 2O92A 3MV11 4OUEA 2QV4A 3UG5A 3L4WA 1AFCA 3WMVA 3V0AA 1I1WA 1HT6A 5A69A 2JALA 2WVSA 4HOZA 3RILA 3FJEA 1BYBA 1ZBWA 2BHYA 2XGBA 2ZX5A 3BAWA 1KGUA 4NZCA 1UD4A 5A1AA 1LLOA 3PTQA 2D22A 1NWTA 5D9PA 1KXVA 2B31A 2R9KB 2PWDA 1V3HA 1IJTA 3B9UA 1G1YA 2E9BA 3TTOA 5CJ5A 1CLVA 3RSJA 1UD6A 3AS3A 4E4PA 1KBBA 4IYBA 2E9LA 2EPOA 2UWFA 1M2TB 2ZUUA 2VURA 4J2YA 3N7LA 3VSZA 3WF3A 3PZ9A 4CCEA 5E6ZA 1F4HA 2BHZA 3MSGA 8CGTA 5FD0A 1LG1A 4F8XA 1CDGA 2GJRA 4GINA 4TTGA 2BXZA 3VD3A 3CA1A 3GXDA 1PX4A 1VEMA 1BLIA 3L4TA 1TE1A 2J74A 1DWGM 2WMKA 1VFFA 5E0CA 3OJMA 1DJSB 2OLHA 1OD0A 4HMCA 1KQYA 4X3AA 3AMCA 3ZQ9A 3I2XA 1Q6DA 1TFMB 4NRRA 2WSKA 4QAWA 4ZEPA 3S6TA 3THDA 2CBVA 1UWUA 3EMQA 1CXLA 2O9OA 2NW0A 4KEJA 1H11A 5TD4A 4U3AA 3AKHA 1VBUA 3OG2A 1EIBA 2VVSA 3RM4A 3WBAA 1OWQA 1BPLB 3AYRA 3DYOA 2DT1A 4LO8B 1W3FA 4L4PA 3N04A 4OW4A 1SMDA 2D43A 4AEEA 4J23B 4FGFA 1CTNA 1RMLA 2DT3A 1BFFA 1CGXA 2E9MA 1J01A 1TP0A 3UESA 1MW0A 1VJZA 1D0HA 3RJYA 1C7SA 1M03A 2A3HA 5EFDA 1TOOA 1W2VA 4MB4A 1WZKA 1J18A 1GGPB 1GHSA 2ZUNA 3BAQA 5D9MA 5DT5A 2A3CA 3SEPA 1S0GA 3OGGA 2EPNA 3CZEA 4PSRA 2FDMA 4W86A 3T2OA 4PMQA 4AISA 1AMYA 5A8OA 1US3A 1B3YA 2HISA 3VIGA 2QN4A 3CUJA 3O5WB 1PAMA 4QKSA 3ZT6A 4W7WA 1GOKA 4I4SA 2VZOA 2K4AB 3L4ZA 3CGTA 3WY1A 3CU1B 4LO2A 3O4DA 4X39A 4Z8SB 3D3AA 3MUAA 1IZKA 3SIMA 1UKPA 1K9DA 4H41A 3WFZA 1CENA 3A47A 4WF7A 3VT1A 1RY7A 1B90A 2VX4A 3VDHA 4GOYA 3U5YA 6CGTA 3N17A 3PMEA 1HX0A 4IPNB 3VNZA 1HKIA 5DZUA 3ARSA 3I3EA 4AN7B 4G6JA 2JEPA 3CA4A 3KL0A 4WKFA 2DRZA 1FHLA 1B1YA 2XVLA 3AICA 4E2OA 2X8RA 1BASA 4AD4A 2VTFA 4FVVA 4G6MA 2CETA 3WEOA 3WH6A 1IRPA 5I78A 1UPSA 1D7FA 4KMQA 3BCDA 3AJ7A 1UWTA 2CHNA 1KR0A 1CEOA 1XC6A 3BA7A 4WSJA 1DTUA 3R4SA 1BSIA 3VUOA 1HP4A 2X0HA 3M46A 4P7RA 2WWCA 3AYSA 3SUVA 1UH2A 1X1NA 3SURA 4JCLA 2ZX7A 3T0AA 5I6SA 3BAKA 4ZFWB 2NP0A 4KGLA 1WP6A 1E40A 2DGAA 1MFVA 1GQJA 2MLLB 1BG4A 1DQOA 9CGTA 3CMGA 1E4LA 1G5AA 3AZTA 1LL4A 3TTYA 3POKA 4QBVA 1JYWA 3BAXA 2VC9A 2XHYA 3WQ6A 1JZ2A 4I96A 3PZMA 1E56A 1UOKA 2C0HA 3WUEA 4UFLA 3FUOA 4OZOA 1KB3A 3VDBA 1V3KA 2JEQA 1SFSA 5DSSB 4H8HA 5DEZA 3ZM8A 2PWGA 2WWDA 5BP5A 2D0GA 1UD3A 1FA2A 1HN1A 1VAHA 2YA2A 2PWHA 4WKHA 1S0EA 4YN5A 5LYRA 3AS1A 4BA0A 1UA3A 4D72A 1HVXA 4I4PA 1V02A 2W66A 3G6LA 4QO3A 4B3LA 5IFTA 4OOZA 3APGA 4F83A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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