5BXTA

Lnbase in complex with lnb-nhacaus
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lacto-N-biosidase
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 238
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxtA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxtA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxtA01
4XUYA 1ZS2A 4JCMA 3ILAA 1WPCA 1GJWA 1QI2A 4LGXA 2B31A 1J9YA 4GZJA 4PUDA 1WBAA 3WD3A 3WEOA 2FGZA 1L8NA 2VRQA 2WVUA 2E8YA 1BFBA 4WIWA 1AQHA 4JIEA 4UQAA 1KR0A 2YBTA 2XWEA 3CHFA 4QP0A 1M16A 3TC2A 1FQ9A 4MADA 4XFUA 2OYMA 2QMJA 2NM1A 3O2LA 1E6QM 2VTFA 4JZ5A 1HWOB 3W26A 2OWWA 4ZXLA 5CZKA 2YA1A 3AIEA 1E4LA 1QHPA 2Z1KA 1WCGA 1DQGA 4WJXA 3GH7A 1XSJA 2ZQOA 4JKXB 2XVKA 3T0BA 4ML4A 2JF7A 2E9MA 1NZKA 4P7OA 1E70M 3WDIA 3KL3A 1HKIA 2NW0A 4AMCA 5A95A 2CKRA 3MUAA 2J62A 2EEXA 1GVYA 2QV4A 4CKQA 2WCSA 4TVDA 1DP0A 4P7NA 2G3MA 2OLHA 4V2XA 1GOIA 3FJ8A 1FP8A 1GPFA 3WUFA 3IAGC 4UFHA 4J3TA 1BFFA 1E5JA 1G9HA 1K6AA 4JL1A 1S0CA 5CG0A 1RPKA 2BEBA 1VEPA 1LQ0A 3WNNA 5LYRA 1BLAA 2M49A 1UKPA 1MXDA 2VR5A 4L4OA 4ZE4A 4KGLA 1TIEA 4G9NA 4EFPA 1RG8A 1X6LA 1UOKA 3ARUA 2D20A 3VVGA 5A2BA 3BAXA 4XFTA 1HVQA 1ZBWA 2E0PA 5E0CA 3SCOA 4Z2IA 1UQYA 3JUGA 4I4QA 3HOMA 4AWEA 4X0VA 3T2QA 1PAMA 5E09A 1E4IA 3MUZ1 3DHUA 5A1AA 5LA0A 1CE7B 2CHNA 3PTKA 4X9YA 4ZFUB 1BYAA 1V6XA 4CVUA 4JKMA 1HWNB 3WELA 3MV01 1V0LA 1M53A 1HL9A 3AFBA 4CU8A 1NWTA 1UYQA 1V3HA 2VR4A 1DFQA 2BHZA 4CD4A 1PX8A 1W2VA 5CSUA 4PCSA 2D7IA 6I1BA 1LF1A 1H3GA 3SNVA 1XHBA 2HISA 3AMKA 2ZUVA 4EB2B 3IANA 1Q03A 3WQ4A 1PC8B 4HOWA 5JUVA 3FHQA 5I78A 1J11A 4AEFA 4ZBVB 2WXDM 3GH4A 3W29A 1VRXA 1TE1A 2X0HA 5FD0A 5IFTA 1CWYA 3K8LA 1H41A 1RMLA 1DWHM 1BLIA 2W5FA 3AH1A 2KKIA 5FL0A 4KH2A 3OZPA 1J0HA 5AYIA 3NSNA 2X0YA 3K8MA 5F90A 2XM2A 4AZHA 3FJBA 3N15A 2EO7A 5D61A 1CTNA 5BROA 3DECA 5BYWA 2O9PA 1K5UA 3ZXDA 3WEMA 4JP0A 5CLWA 4YHEA 4BQ5A 2IWTB 4OEGA 2D44A 1VEOA 3WMVA 1GHRA 1ISVA 3CPUA 1X1NA 1OIMA 4C91A 3PN8A 1WBCA 1UZ4A 3ARXA 1RH9A 3F5JA 1MQQA 3ARRA 1TMQA 1WB0A 1IOBA 3PHZA 4R6UB 1JXKA 1CLVA 3TP4A 1KWKA 1V02E 3VX1A 1UA7A 4EFRA 4I4XA 4MB5A 4EFQA 3WDHA 4D6FA 2VQTA 3OLGA 1WZKA 1CVSA 4P0KA 1L0PA 3DYMA 3ZOAA 3ZJKA 2PWHA 3VNYA 2WBKA 2FDMA 3RO8A 2G41A 5EG6C 5IDIA 1UR8A 2BNJA 2BY2A 1IJTA 4JHOA 4W87A 1GZJA 3CA4A 3L4WA 1H0IA 3L4ZA 3T0AA 3WQ8A 1LWHA 3I2XA 2XVPA 4D6HA 5A2CA 3OLDA 2WPGA 2F61A 2DSZA 3EDEA 3AZWA 1IHKA 4AIUA 3AHXA 1GONA 4EANA 3AJ7A 2HWMA 3WNLA 2IXUA 1CXEA 3QYDA 1CZ1A 3GM8A 3VD7A 1UH4A 5LA2A 5D9OA 1J0YA 2VUYA 3CHDA 4AW7A 4HTYA 7A3HA 3BLPX 3ZXGA 1JIBA 1KCKA 4M29A 5AC4A 3WSUA 5KEZA 2WKLA 2UY4A 5I79A 1H2JA 2ZX8A 3AZVA 1AVAC 4FLOA 3WKZA 4GXPA 3BX1C 5JIPA 1M01A 2X09A 1UR2A 1UR1A 2A3EA 3VUOA 4I4SA 2GJXA 3VT2A 4CN1A 1S0EA 3U7BA 4BF7A 1FHLA 2DSUA 3VD3A 2D0HA 5EMYA 2K4AB 4EEEB 4BZYA 3VDBA 2QHAA 4D8HA 4JFWA 3UETA 4DM2A 3MMUA 2ZUTA 3VGDA 1JYNA 1BASA 1Z0HA 4HA4A 4MTVA 5AC5A 2WBGA 1ZB5A 3WN6A 1NWUA 4KRUA 2C7FA 4S3JA 3ARWA 1R7AA 3VTRA 1W1TA 1WD3A 1E55A 1BFNA 3N9KA 1GVIA 2L5XA 3CRGA 4I3NA 3VGBA 3OBRA 4PTWA 3ZO9A 1JF5A 2QF8A 5I6SA 5A6BA 3A6OA 1Q6GA 2GJXB 2WVSA 1ISYA 2V3DA 5GNYA 3T2PA 1QI4A 1CIUA 4YN5A 5BQUA 2WMKA 5M5DA 1OBAA 2VX4A 1JI1A 3HALA 3KEHA 2FFVA 1J0KA 5DVHA 5FIPA 5I77A 2FHFA 4B3KA 3PG0A 1E1EA 1E6RA 4J27A 2A3BA 1QI3A 3LMYA 5I1BA 1WDSA 4DWSA 3SIMA 4QO3A 1PJ9A 3IK2A 1AVUA 3M07A 3A23A 2Y2WA 3MKKA 2VI0A 1EVTA 4AEEA 4OWJA 1E1FA 2OWXA 4Z2KA 3IAPA 3W6LA 1EDTA 4MPKA 4DUXA 1B3ZA 4Z2GA 2NVHA 3ZQ9A 1P6WA 2J75A 3N7LA 2DT1A 5DT7A 2E4MC 2F8XC 3T8SA 2XOAA 4H2CA 3F62B 4U3CA 1DLLA 3VMNA 1E4NA 1LL4A 1HP5A 4ZE5A 2PWFA 2ZQNA 1G1YA 1DWGM 5AYBA 5E0FA 3AKGA 4D71A 1LWJA 3MUIA 4LO1C 1CECA 4DWSB 3F1RA 3BXWA 1R85A 1QW8A 2NP0A 1FA2A 2ZWZA 4YOLA 3K4AA 4AISA 2Z48A 1E5NA 4H8UA 3Q7WA 3GNOA 2DQXA 4LO7C 2V3GA 4MDOA 4CD7A 4HP5A 2YL6A 2WB5A 1S0DA 3C9ZA 3WEZA 1DIWA 1HJQA 2WK2A 3UG4A 3EDFA 1DEDA 4HU0A 4P7QA 4M8UA 1HIBA 2WLYA 5FKYA 3VGHA 4OUJA 4XX6A 3CZGA 3A21A 1JL8A 3LPGA 3SCNA 3ZIZA 5C71A 1XYFA 4GZEA 2P39A 4MJ2A 2MC2A 1EO5A 3VIKA 3H6SE 3CGTA 1MQPA 4BQ4A 4HZ7A 1H0GA 1JD7A 1QNRA 2J77A 4UZUA 3FNDA 1EDQA 1EPWA 4C7GA 3BH4A 4N42A 1OCQA 1BTCA 3AH2A 1ISWA 3OZOA 3UD8A 1PEZA 3NBNA 3SCTA 3S2CA 5BVPI 1KFWA 2EJ1A 3OGGA 4KEIA 1KBBA 1CBGA 3VSFA 2XIIA 4GIAA 1YQ2A 3AJ5A 4AZ5A 2XG9A 1MC9A 4FLRA 3KL0A 2WMIA 3VDAA 1WZMA 3ZJ6A 5A6KA 3FJJA 3AIUA 1S0FA 3MU7A 1EA9C 5D9PA 4ACZB 4J23B 5DFAA 1ZBKA 4W84A 1F4HA 2XIBA 2YLAA 4F79A 1ONKB 4MDPA 3CQAA 4W85A 1M2TB 3AI0A 1Q6EA 4J3WA 3VGFA 1VFOA 1IZKA 3WINA 1V6YA 1W1YA 1ZJBA 3OGFA 2F8QA 1A8DA 3BAKA 5JMCA 3N7JA 4LXFA 1UWRA 1J18A 3HU7A 3IM5A 3PZ9A 1V02A 2ZX7A 3WFZA 5A94A 1GQJA 4H7VA 4J7RA 1TA3B 1S46A 1OGGA 2YL5A 3V0AA 4E8CA 2BVDA 3O4BA 2DH3A 2E8ZA 3I29B 5A8NA 1Q6DA 1UR4A 2GFTA 1HP4A 1ITBA 3WNPA 4U3AA 1JYVA 1PPIA 5A6MA 2BEAA 3RM9A 2D7RA 4Q9GA 1K9DA 4GINA 2WMHA 3WQWA 1B3YA 3PZUA 3OJMA 4Z2HA 2NT1A 1CGWA 3WF0A 5D4YA 1UPSA 5A2AA 1E0OA 3CRHA 4ZA3B 3AJ6A 1E6XM 4Z9WB 8I1BA 1UD6A 3AIVA 3EMQA 4X38A 3NDYA 4UFJA 4D1JA 1WE5A 4GKLA 5LA1A 4UFIA 3V0AB 3QOKA 2XJ7A 3AMLA 4CN4A 5TD4A 4QLKA 1SFSA 4FMVA 4J2XA 5I3DA 1OM0A 1R8OA 1H1NA 1U30A 2PWDA 2WSPA 4JFUA 2J25A 2DPEA 4GI9A 1XG6A 1FGAA 3KZSA 4ZLBB 2V5CA 3VIOA 1CGUA 4F8XA 1CGVA 2XYLA 4D6JA 3CA6A 3N11A 4OEEA 4DWSD 1L2HA 3A22A 1AXMA 1X6NA 5CGMA 2AFGA 5M03A 1HKJA 4W89A 3PTMA 1LLOA 2VLCA 4IONA 4CUCA 1GW1A 1NOFA 2V3EA 4IQPA 3BCFA 1E9LA 1HKKA 1ISXA 1M03A 2J47A 1ITCA 5BOWA 3FUQA 1NP0A 3EBVA 4MJ4A 3GXFA 1SZ6B 3BAJA 1XYZA 3GDBA 1VJSA 3SCWA 2VURA 2VC9A 3I2AA 1PUUB 1HCDA 4XFSA 4PUEA 3SCVA 3F4VA 2WM0A 1LJYA 1V3KA 1NUNA 4KEJA 4W7VA 3WD1A 4AIEA 2VX6A 4PMUA 2VT0A 2DT2A 2AQZA 4NSBA 5ABGA 5BRPA 3O9NA 1JZ6A 1C92A 4TVCA 1EV2A 2CETA 3A3HA 3EMCA 4M81A 3CIVA 4KBBA 2VJXA 1F4AA 1GOOA 2NYYA 2W92A 3W4RA 2YLLA 4EAMA 3NJ3A 4J3SA 4DM1A 3UG3A 2J7HA 4X0NA 2BHYA 1EGZA 3PBGA 4UOQA 3TA9A 2YOCA 1RY7A 1H49A 2CCRA 1CXHA 4D6DA 1EQPA 1VFUA 1MVYA 5GNZA 2BV9A 4LO3A 3GXMA 3WA1A 5KZ6A 2D3NA 4Q22A 2FH6A 4LPCA 1FV2A 2MANA 4C7FA 2P23A 1FHDA 3WD2A 2BHUA 5BP5C 3BMVA 4I1EA 2WSKA 3E8LC 3WBAA 1CGTA 5G00A 1Z2VA 3GBDA 3MV11 1EQCA 2CBJA 4IZEA 3GNRA 2EXOA 4ACYA 4AD4A 4AD3A 1PX4A 3BLKA 3AIBA 1UKQA 2NSXA 4OKDA 5JBEA 4AN7B 5EFFA 1CYGA 3AIQA 3HN1A 1GUVA 5CPQA 5BXSA 3CZEA 2WW5A 1BYBA 2VOTA 2HVMA 2Y8KA 2W63A 1VFMA 4ZEPA 3MS8A 3EYPA 1C8YA 2D43A 4QKRA 4I7IA 5B2HA 3F5LA 4P7LA 3WDPP 4IYBA 1VB9A 1XGZA 2Y4SA 4RE3A 1VCLA 5I5RA 2ZWYA 4DENA 4BA0A 3FJIA 1UWUA 5I2UA 3VEQA 4D0ZA 3V79C 2XFFA 4M1RA 4Z2LA 1W9DM 2O9RA 2DSWA 1NOWA 4LYRA 3CUJA 3I3EA 1CGXA 3W0KA 3ECQA 4V28A 4R5EA 1SR0A 2PC8A 1ESWA 1NWSA 3VIHA 1BYDA 3AZSA 4W5ZA 2MIBA 2VU9A 5E24E 4W8BA 2K43A 2OSWA 1E43A 2PBGA 3VNZA 2Y9WC 1JLXA 2EPLX 4NRRA 3NBDA 2VZTA 1UQZA 1ODUA 2GSJA 2DGAA 2W61A 2Z1SA 4OOUA 1MW3A 3EDJA 1B0IA 4FK9A 5CLTA 4PSPA 2VMFA 2VCBA 1VAHA 2DT0A 4CGTA 3HBWA 4JCLA 4URIA 3H6RA 3I3DA 3CMJA 1KCLA 1RP8A 1V08A 1H5VA 3PZOA 2JF6A 9ILBA 1SR4A 2XGIA 3ZJ7A 2PB1A 2EPKX 4IUGA 4RL3A 2NTDA 1DZCA 1FFRA 3DHPA 2VZSA 1GNXA 4AZCB 5A6SA 1JDDA 2ZE0A 3QHNA 3W27A 4BCEA 1JDCA 3VD5A 2Y5EA 6A3HA 3CA3A 2F2FA 3RMEA 5ABEA 3EDKA 2CBIA 1UH3A 4L4PA 4J3XA 2D0GA 3FGMA 4B15A 3VIJA 3AYRA 2HW9A 3H6RB 4QALA 1BG4A 3RJXA 1M04A 1V3MA 1BSIA 2XTKA 4CCCA 1G82A 1JT7A 5BWFA 1V6WA 3CRIA 2WBCA 4GOYA 3LPPA 3WD0A 4I1BA 3K46A 3RJYA 4ISRA 5A3HA 3OLEA 3N12A 5F8SA 3WF3A 1JLYA 4DUVA 3DC0A 3TTQA 2FDBM 2WC3A 5JLVA 1ILR1 5DUYA 3NDZA 4WLCA 5CQ1A 3W53A 2GZBA 3AHYA 3WQVA 2DRZA 3BCDA 3IAQA 3CZJA 4PMYA 4UFKA 5DZUA 3VDCA 2XGBA 3RSJA 4J28A 1ISZA 1CNVA 2FGLA 4TX8A 1TVPA 1JZ3A 1W9XA 4GQRA 4PMOA 2BY1A 4XV0A 3WH9A 2DIEA 4CCDA 1MW2A 2FH8A 3WF4A 3M7SA 2EQDA 1FMZA 3VINA 1GORA 1OD0A 3H6QA 1H11A 3VIMA 1OGBA 2ZUSA 1D2KA 3IJ7A 3CH9A 3VIIA 4UOJA 1S0BA 3WNMA 3WMUA 4F9DA 3FAXA 2W91A 3VM5A 4W7UA 1C91A 3AHVA 4WKFA 4AD2A 2WMGA 3OBAA 4I2SA 3WUGA 1FFQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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