5C0YA

Crystal structure of the rrp6 catalytic domain bound to poly(u) rna
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
KRVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMNIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
publication title RNA degradation paths in a 12-subunit nuclear exosome complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
total genus 125
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5c0yA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c0yA01
2CPRA 3SAGA 1WUDA 2KV2A 4O3MA 3SAFA 4CGZA 2E1FA 2RHFA 3SAHA 2E1EA 1D8BA 4QJFB 2HBKA 2DGZA 4OO1J 4QIWF 2HBJA 3CYMA 4NLCA 5C0YA 4CDGA 4NLBA 1GO3F 2MA1A 2HBMA 1YT3A 2HBLA 2RRDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O0FA 2FMSA 3KVGA 1X66A 1RT5A 4IJAA 1QZ6A 3NVMA 3MEEA 1B92A 3GDXA 4DL7A 4BRHA 4CJRA 4HTLA 8ICCA 2BR0A 4JKHA 4F2SA 3BGRA 3AAPA 3M6KA 3NBPA 2I7NA 3QETA 1HLUA 4JI5K 2ZUCA 3L2UA 1MU2A 2R8GA 1RQLA 4Z4IA 1KLMA 1HJPA 5DM6L 3TAFA 1N5WA 4UBCA 1GO3F 1Q8KA 2GUIA 4DCCA 5HROA 4IWVA 5JLFA 1V38A 2BQUA 5MLCQ 4PL8A 1IV8A 4HCCA 3KJVA 3H40A 3P83D 3RAXA 3C1ZA 5JVHL 4R64A 2VQEK 4FVUA 4P4MA 2DF4B 1ED1A 3WK9A 2YMMA 3KHHA 3FE1A 2F8LA 1TKTA 1XC9A 3N7PD 2HMXA 5JRTA 3KKRA 2DTUA 1W0HA 5DK5A 3G71N 3PW7A 1QH9A 5IIKA 4F5RA 2J6UA 4CJFA 1I3AA 8ICOA 2WFAA 5DMRA 1NGFA 1NK6A 1ZQAA 3O4WA 4EX7A 4R63A 3B9JA 3C6AA 3LP1A 5ALKA 4FJNA 1KQSM 1VQ4N 5GTHU 3AQFA 2BQRA 1HUZA 1NK5A 2QWQA 5BN8A 3LDAA 2GO7A 3GIMA 2O8EB 4N76A 4IQWA 1V85A 1RXWA 4IO8A 1XMQK 1QSSA 4BXOA 2H3FA 2JEIA 5J2HA 4JV2A 3ZSYA 3SAFA 1ESVA 2GBZA 3VEXA 4IFYA 1J5EK 9ICFA 4M42A 2RDJA 1TUUA 3SUOA 5ALIA 4BC3A 5BPLA 4IC9A 2ASPA 3GIIA 4OJOA 1JCEA 1QHTA 2YNGA 3VERA 2H3GX 4B08A 4IQTA 4CJUA 4DTJA 2B6AA 5KFXA 5H2FU 4FS2A 1J54A 2MUTA 4X64K 4FJMA 1NMNA 1JLGA 4CIFA 1PVRA 4CECA 2VWJA 4BRKA 2ZIXA 1Z6RA 4Z6FA 4DQSA 1CZBA 5EE0A 1ZRNA 4E3SA 2LKYA 1ZQJA 3NF9A 3ATUA 8ICYA 3E0FA 5ALSA 1S97A 3VMFB 3V7JA 4J9QA 1S0OA 4RUCA 1MQ2A 2AJQA 1K5OA 3LDLA 3ZSOA 3D2NA 1VQ6N 2LYAA 2HHVA 1HNWK 4WJ3B 3SENA 2WFBA 4AHRA 1D8BA 1GLBG 3G0ZA 2V4QA 2ASOA 3JPNA 3MFIA 1U4BA 3DRRA 4CERA 5C2DA 1VQ5N 1BPYA 3KZXA 1JJ2M 5ALUA 2XRIA 2BKEA 1VRTA 1ZJMA 4RQ8A 1LWCA 2IOHA 1D9DA 2I9GA 2D3DA 4CZEA 2ZIUA 1L6NA 4E7LA 2BPGA 3O4NA 5HOOA 5TKWA 4BROA 1X9MA 4CJVA 5I9EB 3NASA 4F4XA 2JRZA 1SL2A 5KFEA 4JKDA 5M1KA 3GG4A 4JN4A 5CR4A 1XI1A 2F2AB 2DY4A 1ZQCA 4DV6K 4AHUA 4BGAA 4JAXA 2IS3A 4ZH4A 5KFAA 4R8UA 2FBYA 2NUBA 2UUBK 1U6ZA 3HPOA 4C1NK 2KVSA 2E5LK 3G25A 1SGGA 2HF4A 4ECZA 5KL1B 5AK5A 4FO0A 5HMLA 3NF7A 4FW2A 5KFRA 1VSKA 4JK7A 5ALXA 4CGGA 5BPNA 1KVAA 1ZQHA 4WCEL 5HHHA 3VF6A 4FLYA 4B1ZA 3H4DA 5CZ1A 1BO5O 3AL0B 4PL7A 2YN4A 4O3NA 2KMDA 2VA2A 4YHHK 1WUDA 2RE2A 1PVQA 1X42A 5T14A 2IVOA 3C6UA 3C23A 4B9LA 4UY8O 5AM4A 3EE9A 1Z1BA 4FZZA 2ZTCA 2KD1A 4KI6A 2KJ8A 1MWKA 1TAQA 1W97L 4AH9A 4OCZA 3A0IX 4FBTA 3LDSA 4RPYA 2XCPA 3FLCO 4CE6A 1HJOA 1HPMA 2HNDA 3A8YA 3H6EA 5CRXA 3K2PA 3VF2A 3NFAA 4IR9A 3CMEN 4DMNA 1RDAA 1KBUA 3TARA 3CG7A 1KC8O 4O3QA 4LZGA 1ITGA 2ZJAA 3Q8PB 1B43A 1ATNA 2KNJA 2Q97A 4G1QA 5KG3A 1S10A 3HX0A 3HPGA 5FROA 2Q2RA 1IV0A 2XY8A 3THYA 1NGEA 3OTQA 2QW9A 3VQ9A 3T1YK 3V9XA 1X1PA 4I2QA 2NZTA 4X66K 3WXIA 3O08A 3C7NA 5K4LA 3CYMA 3PSFA 4CVNE 4M47A 3AO1A 3HVRA 4FZYA 2WHEA 1TKZA 5J8YA 1W9HA 4MF2A 4DUYK 4BC4A 2MU2A 3L5KA 4K25A 4M41A 2E6LA 1QZ5A 4DFJA 3O3GA 2AQ4A 4HVJA 3EZ5A 2WTUA 3CC7N 4YXJA 3BJYA 3JPTA 1MA7A 5KG6A 4DQRA 3TAQA 4F50A 2OCEA 1C1CA 3Q7BA 2JXJA 3SV3A 1X6JA 1EETA 4JD2B 4CEBA 4KLJA 8ICQA 1P7DA 8ICVA 2QI2A 3VC8A 3E1YA 1XQSC 2OWOA 4CEFA 3CCVN 3U8XA 4I2EA 2CXYA 3F2BA 1S0VA 1K6YA 3H0LB 1IM4A 2FF3B 3UPQA 4RNOA 4A62A 4NWIA 2RF2A 4FSVA 4US9A 5CEHA 4Z0UA 5J0WA 3AO5A 2NRZA 5DB9A 1CI4A 4EP5A 3T5JA 3SPZA 4PKGA 1G99A 2P51A 4CZFA 3HJFA 1O08A 2G07A 4HAIA 5BREA 4PH5A 1RNHA 2CH6A 1I94K 1IG9A 3GZFA 1XSLA 3FZFA 2W9AA 2F77X 3D2QA 9ICKA 1QQNA 1BCMA 3TTFA 3IN5A 3MWTA 4DL6A 2RQ5A 1NKCA 3DI6A 2W6KA 4DOBA 2XI9A 3EPIA 4KX5A 5J2KA 4NCGA 5L1JA 2YNFA 3NAEA 4W5NA 3QDKA 3RJFA 4W5TA 2P9PB 3UKUA 3QMLA 5J2CA 1QSLA 2FDRA 3WK6A 2IDOA 3P39A 4ID5A 4CJ7A 5CE3A 2RLTA 5AKHA 5J2JA 2FXUA 1JUDA 5L1LA 1XU4A 3UXNA 4FOIA 1FJGK 1ZD5A 1X40A 3FAHA 3C5GA 4DTPA 2P9LB 2EH9A 1TE2A 3LK9A 1NK4A 4ED3A 2UVUA 4BRLA 4DTMA 1RT3A 1RQNA 3KKSA 4WQ5A 4EHTA 4IDKA 2HVHA 4P4PA 2NRHA 4M9LA 1BQNA 4CK2A 3CJ7A 1TAUA 2OM6A 4JB3A 1YTAA 4ISGA 3V6JA 1GLAG 5AZJA 4QNLA 4O8UA 4QZBA 4DL3A 2KJ5A 2NYVA 2C2DA 3C0BA 3PSPA 2RP5A 2K8CB 2Z7JA 3B0XA 5ALDA 1VLBA 3PIPL 1RT6A 3V9ZA 1QCKA 3DWLA 5AM1A 1J5OA 3S3OA 2YI1A 4C4TA 2IVPA 2VGNA 2VG5A 1KDHA 4C4SA 1OW5A 4G9BA 1N2XA 5CJ7A 2KTQA 4O3MA 3E9PA 3G10A 3IDHA 4FLWA 3THXA 1GOAA 2FMPA 1ZQBA 3SI8A 3K59A 4BUGA 3RB0A 2A1JA 5HR6A 1IKWA 1NGCA 2YV0X 3QFPA 3ZT3A 3U9DA 4FWLA 3EO3A 1WAJA 2E20A 2P1JA 2BTFA 2BUPA 4FJLA 4B3TK 9ICXA 4ED0A 5DBCA 3G6EN 4B6JA 4MF8A 3UXPA 2I7PA 1T94A 5KFWA 1CXQA 3A2FA 4FJ7A 3GE1A 1OH5A 4YOWA 2D0AA 4PHTX 2KZZA 1VQ8N 5C2FA 2P9KB 2G08A 2N1RA 1LKYA 3WNHA 5AHXA 3MN6A 2P9SB 5AI8A 4ECYA 2B6GA 3NH1A 1WSFA 1HEKA 3QFUA 1IH7A 4TQRA 2BZFA 3HM9A 3T1HK 1KFDA 1NGBA 4DCHA 3TAPA 1NGGA 2PY5A 4AM7A 1S1WA 3IRXA 1T05A 2V51B 3J81O 3ETRA 5KFKA 3ZD8A 3RBDA 2BCQA 4C4RA 2HHWA 2E1YA 4HCBA 2OYQA 1ZOLA 3ZX2A 3ZDAA 4GV3A 1SQKA 4HUGA 1SAZA 4LY7A 3OVNA 2OZMA 1TYQB 1IO2A 3MK6A 4OPKA 3AU2A 3KIOA 2JGAA 3KHLA 3CERA 3O9RA 2WONA 5CHGA 1D8YA 4DSEA 3IMXA 3NF8A 4C1NI 5J2GA 2D0OA 1RBVA 3VESA 4BDPA 3RJKA 1F0MA 4GIBA 5IWAK 3C2KA 2Z1GA 8ICPA 3O1BA 2IOCA 1ZQMA 1RDWX 4UAWA 1KAXA 2HHTA 3Q7CA 1L3SA 3UKRB 3SZ2A 3T5KA 3QLHA 2HCFA 4NLCA 4EX6A 1CRXA 2PI4A 4JV1A 5KT3A 4F5OA 5KFTA 2AH5A 5DG9A 4P0PB 4MLEA 3AU6A 7ICJA 1S6QA 3J80O 4DKWA 5F3XB 1TV6A 1XNQK 4JKAA 4EBCA 1TV9A 1S76D 2NLXA 4CEEA 5JU5A 3NGDA 3E9OA 2QWLA 3L3UA 4B8CA 3EN9A 3LDNA 1M90O 3UQ2A 4MDAA 2O8EA 1YXQA 1URJA 2Y9UA 3KLEA 2NO5A 3HW8A 2V7YA 2EANA 2WB1F 8ICWA 4YG2A 2OYYA 1C0UA 3NTUA 1NZBA 5ALNA 4PZNA 3CM6A 1W7AA 2GEMA 5KAIU 1GOCA 3QU7A 4AHVA 4C23A 4YXMA 5H1SQ 3SYZA 2C28A 2JWKA 3H08A 3PY8A 3DLGA 2NRRA 3U3GA 3TADA 8ICLA 3AVGA 4RTFD 1VQ9N 1WSGA 4RG8A 1N32K 3DLBA 2XY5A 1QLNA 1KXPA 2O4GA 3SQ0A 2VWBA 4CFBA 3VQ8A 2Y1JA 4FZLA 1ZC6A 3WEEB 4FK2A 2ZIVB 3OS0A 4H5NA 5ALFA 3G6XA 4E1MA 5LY3A 2HBKA 1WUAA 3PW2A 5EY4A 4FWNA 3LAMA 4Y2QA 4DQ8A 3CQ8A 5GAHP 1XS9D 4KHUA 2QKBA 1VSLA 3JPSA 1ZQIA 2LMRA 1E4FT 2QTDA 1HNZK 4I2IA 2O8DB 1CZ9A 2XIDA 3NGIA 3HZ6A 2A3VA 2ITGA 1S5LU 5BN9A 4NL9A 5C10A 5CYQA 3NS1A 2OPQA 2F9WA 2QWNA 2JMGA 2PI5A 3QUCA 4JKEA 2BGWA 3I56N 3EWAA 4DQQA 3QU4A 4EYHB 4IOXA 3MX2A 2OTLN 3O9SA 5JS1A 5AZIB 4P0QB 3J7YP 4NCAA 1TKXA 1DLOA 3I76A 3MGHA 2IGIA 3LYSA 1D8LA 5ALLA 4ELVA 1XUPO 3CCMN 4X5VA 4EHUA 4MLHA 5LMUK 2PYLA 3M9MB 4FVMA 1JMSA 3C21A 3GQCA 1L7MA 5EOYA 4CZMA 4O3RA 4KFBA 3SAGA 1QQCA 3VQAA 1KD1O 5KT7A 1TK5A 5DQGA 3ZT1A 1XO0A 4U7BA 3HOTA 1SV0A 1XMOK 3ZSXA 5IT9O 3SR6A 3WK4A 5CHIA 4IG3A 2G8IA 5AQPA 4CHNA 4IFEA 3MEGA 3ZEUB 4NLGA 3AUOA 3OYBA 4FO6A 3Q8RB 1NJIO 3HVTA 2DFLA 4CNQA 3GL1A 4X65K 3WNEA 2PXIA 1KVCA 4DFDA 4BC2A 4FLUA 2DFHA 3SD7A 2A41A 3CXCM 4RCHA 2FI1A 1TK0A 1A5WA 4CEDA 5ALHA 1Q82O 3QUQA 2A42A 4CFAA 5AK6A 4PQUA 1DK3A 1OXJA 4JWMA 3PX4A 4P2HA 5KFDA 2ZIWB 3DDHA 5AI9A 3F2CA 3PW4A 1ZD3A 4M3RA 2HNYA 5J8YC 4FOEA 1RDUA 3DRSA 2MRLA 2KG5A 3DLLL 3RB3A 4ILJA 1NU0A 3TR8A 2A5XA 3CETA 5ELZA 3MWPA 2QLTA 2HOQA 3WUHA 2W43A 3QESA 4DL4A 3KOOA 1BHLA 3VF4A 4KKOA 2F44A 1AQ6A 1ZXIA 5BRDA 2ISOA 3V6HA 1WG8A 2HBMA 3ICXA 2FMQA 1BA0A 3HSTB 1CXUA 3OBWA 3AVCA 2W11A 4CIGA 4PA1A 4DR1K 5GINA 2KKPA 3ZDDA 3QBXA 5DB7A 1B4FA 3AVLA 3LPUA 4JKFA 3WU2U 4F92B 5J2IA 3SJJA 4RNMA 3VN5A 1HUOA 4YORA 4CIEA 2G8FA 4QJFB 4I2BA 4MFFA 3OHAA 3D2EB 2D0CA 3ULDA 1ZQVA 5I42A 4Y2UA 5AIAA 4BRNA 4DO9A 3V7LA 2Q1NA 4W5OA 3RVCA 4Z4CA 3RJJA 2YMQA 3N4PA 1DTTA 4WE1A 1D4XA 2P9NB 2K60A 1EKEA 2QKKA 3TSQA 4M3UA 1FKOA 2FBVA 4ILHA 4E7KA 1VSMA 4UQGA 3SQIA 2HW3A 4Y2SA 1IIPA 4Y2RA 4GVMA 2F1IA 2F1HA 4FK4A 3HK2A 2AGOA 3KD3A 5F1XA 5AQKA 5AR0A 2KP7A 3M8PA 5IIIA 1WLJA 3PMLA 1YITN 3IG5A 2GX9A 1OH7A 5J29A 1SZPA 4ID1A 1UHUA 4MFAA 3NUQA 4BE2A 3C5FA 1IJJA 5C42A 4H5WA 3LDPA 3I0RA 5ALTA 4CF9A 4FZNA 3S6JA 3CQXA 4WQ5C 4BRIA 2MSNA 3TI0A 4BREA 3FC4A 5KFLA 3T19A 5JS2A 4A61A 1ZJNA 4YFUA 4B3MK 3BQ0A 2P9PA 5AM2A 3ZSRA 1T03A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CPR A;  3SAG A;  1WUD A;  2KV2 A;  4O3M A;  3SAF A;  4CGZ A;  2E1F A;  2RHF A;  3SAH A;  2E1E A;  1D8B A;  4QJF B;  2HBK A;  2DGZ A;  4OO1 J;  4QIW F;  2HBJ A;  3CYM A;  4NLC A;  5C0Y A;  4CDG A;  4NLB A;  1GO3 F;  2MA1 A;  2HBM A;  1YT3 A;  2HBL A;  2RRD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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