5C10A

Nuclease domain of the large terminase subunit gp2 of bacterial virus sf6
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
242
structure length
230
Chain Sequence
MAIIKREWLEAATDAHKKLGWKAKGAVVSAHDPSDTGPDAKGYASRHGSVVKRIAEGLLMDINEGADWATSLAIEDGADHYLWDGDGVGAGLRRQTTEAFSGKKITATMFKGSESPFDEDAPYQAVRTIGDVFRNKRAQFYYALADRLYLTYRAVVHGEYADPDDMLSFDKEAIGEKMLEKLFAELTQIQRKFNNNGKLELMTKVEMKQKLGIPSPNLADALMMCMHCPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Gene 2 protein
publication title Two distinct modes of metal ion binding in the nuclease active site of a viral DNA-packaging terminase: insight into the two-metal-ion catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage sf6
total genus 82
structure length 230
sequence length 242
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17288 Terminase_3C Terminase RNAseH like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.240 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c10A00
5M1NA 5M1PA 3CPEA 5M1FA 5M1KA 5C2DA 3C6HA 4IDHA 4IEIA 4IEEA 4IFEA 5C15A 5C10A 5M1OA 5C12A 3C6AA 5M1QA 5C2FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSUA 3KK1A 3QEIA 3PV8A 3TI0A 4JAXA 4DSKA 3QBWA 4YOUA 4JEPA 4JHDB 5CYQA 1KVBA 3S9HA 3VEWA 1HNVA 4CGFA 4PA1A 2B5JA 4PKIA 3CCLN 1LWEA 1KD1O 4DTOA 4FJHA 2OCEA 3OJSA 2Z1JA 2YKMA 2EHGA 4DR2K 1K6YA 4B9UA 4PWDA 3NDKA 3MN7A 3EEQA 3M8QA 3OYFA 4IDKA 2UUCK 2X6NA 1C6VA 2I7PA 4C1NK 2W40A 3NGZA 3LALA 1WSFA 4F4KA 4N5SA 2RN2A 4O4GA 4CEBA 1BGXT 4LSLA 2YHBA 2GV9A 4OPAA 3E1YA 4QS7A 5C2DA 4IFVA 2O8FA 3CPWM 1G99A 3LP1A 5F1XA 3BGRA 3C95A 4NYNA 1TV6A 4H03B 4BRAA 2OTJN 4MDAA 3U8XA 1KAZA 1VQPN 1A5VA 1NKCA 3OS2A 4U67L 1LAWA 4B3SK 3F5TA 3BZKA 3CPEA 4M3XA 3CI5A 4UQGA 1JCFA 3TTCA 3VQQA 3WQUA 3L2WA 3SMPA 1P90A 1RBSA 2ZF5O 1N33K 1VSLA 3O6WA 3H3OB 4K42A 1WNSA 4X66K 1NOYA 1WUAA 4Y1DA 2D0BA 4JI0K 4JKCA 2FC0A 3OYMA 3OYCA 4R79A 4OVLA 3QMLA 3MAQA 3EYZA 2I5JA 3CFOA 3VENA 5CHIA 4ELVA 4X65K 5H1SQ 5FDLA 3KLIA 3T19A 5JVHL 3IMXA 1SQKA 5FRMA 1SKSA 1N5YA 3C0BA 3NFAA 1GOBA 2P9KB 1MU2A 3H1VX 1YJ9N 4JI8K 4K8XA 2O8BB 5FRNA 1BCMA 3VESA 3OTOK 3BDPA 4DLGA 3CC4N 4JN4A 4CZMA 1VAZA 4J2AA 3TSPA 5I42A 3QETA 4BDYA 5AFUA 1XC3A 3U3YA 4OGCA 1LWCA 3AO1A 4PKHA 4LC9B 3FZMA 5EU7A 3FGUA 4BRHA 1VRTA 2OYQA 1OVYA 2B4JA 4MLEA 3M8PA 4K0KK 1KAYA 4CF2A 1FKPA 3LP0A 3NHGA 5FROA 2GX9A 4CGDA 2ZJPL 3K2PA 1TYQB 4FSVA 3CFPA 3KWIA 1HKBA 4CJSA 2A42A 5C42A 1N6QA 5C0YA 4CJKA 1KCFA 4ZHRA 1XHZA 1A5XA 3PY8A 4DQIA 1YJNN 4Z4GA 1ZBFA 1EO1A 1J54A 5FPDA 5MLCQ 4DTXA 3PIOL 4LFBK 4AM6A 1KXPA 3ULEB 3CJCA 1XMOK 3OYBA 3VF2A 4FJJA 3G10A 1WAFA 5M1PA 3BUZB 4CGGA 4FWLA 4FK2A 3OYLA 2HHWA 3VOVA 5AR0A 2LSNA 5DM7L 2IDOA 3LP3A 1NOZA 1V4TA 3D45A 5ADXH 1IO2A 4B1YB 3CM6A 4CF9A 2KFNA 3CCMN 3DI6A 2DTUA 4OKEA 4W5QA 3FZLA 3OA9A 4E7IA 3TAMA 1J5OA 4KO0A 3DRSA 3HOTA 2HBKA 3VQDA 5KI6A 5CR4A 3KD1E 3V9XA 3H6EA 4WYBA 2YJEA 2JWLA 3HP6A 1Q9YA 3RRGA 4L8RB 1QZ5A 1E3MA 4BQLA 4KAZA 1WSJA 4DQRA 3NH2A 4BGBA 3MWTA 2ATQA 1C0MA 1Q18A 5GAGP 2O8EA 3SJHA 1ESVA 2Q1NA 3B8AX 4FLXA 3DLEA 3L2RA 4O0IA 3VMFB 3E9LA 3AGKA 2VWBA 3C6AA 4BE0A 4FWPA 3KK2A 1IH7A 3M5RA 4CEZA 4C1NI 1BQNA 4ICLA 5LMUK 4H5VA 2F4VK 3AA5X 3ZETB 2E5LK 3FZKA 3MXIA 1C0FA 2NNWA 1RDCA 3DLLL 4A59A 5E26A 1EQYA 4KV8A 2OZSA 5DMRA 3CJ7A 4DSLA 2HHVA 1YT3A 3ZT2A 4DSEA 4CIFA 4WQ4C 3KJVA 3O9SA 4DS4A 2O4GA 3ZT3A 4I2QA 1S1WA 5HP1A 4IOXA 1DEJA 5AQZA 3E66A 2YHXA 1VQ7N 4DWIA 2Q3SA 4BRFA 4DR3K 2XO7A 3DXKB 4PL7A 3SZ2A 3HPGA 3KZBA 1ATRA 3O3FA 2OZMA 3O5BA 4DTSA 3OS1A 2FBTA 4CVNE 3VGMA 3KLHA 1GOCA 4ILJA 3UB5A 3O1WA 4KI4A 4NLCA 4FJXA 2KKZA 2F8TA 1JCEA 5KTQA 1Q81O 5C10A 1RT6A 3MXJA 4CJ7A 2HBLA 1KVCA 3NGYA 4O0JA 3SPZA 1W97L 2CGJA 5M1KA 2F8SA 1NGFA 3TWHA 5AQIA 5GADP 4EZ9A 2V52B 2EWSA 1UWBA 2RPIA 1T03A 2HNDA 1YI2N 4DSFA 4KH5A 4DR6K 2UXCK 4CJRA 1S6QA 3O3HA 5J2NA 3K57A 3HT3A 3L4QA 2XHBA 4A57A 3AVFA 1WLJA 3VQCA 4BREA 4IBNA 4BRIA 2UUAK 2RHKA 3L8BA 1UOCA 3I56N 5IT9O 3JYTA 1SS6A 3PX0A 3ULDA 4IG0A 4YOXA 3NH0A 4JI6K 1LCUA 1JLBA 5AZJA 1JLEA 4M41A 4ZTFA 3THWA 3SQ0A 1S5JA 1FJGK 2ZE2A 1VSFA 3TABA 4FYDA 2FSNA 3AVBA 2BDPA 1KTQA 2WUSA 3ZT0A 4B9NA 1XWLA 4MFBA 3VF4A 2RKIA 3R6MA 3HOSA 1GLLO 4JK7A 3A0IX 1QS4A 1RT3A 3LDQA 1DKGD 4I7FA 3NBPA 4CF0A 1M90O 1Q82O 4CJUA 4CZEA 2G8HA 4FOEA 2GTDA 3TANA 2Q97A 1W2BM 4A5AA 3HO1A 4H5TA 2PYLA 1J9AA 4BVOA 1L3TA 4LF8K 4DV4K 3ENBA 2Q0RA 4B1VA 3PO4A 5EXWA 1N32K 3OYEA 1EWQA 1DT9A 4Z4HA 4Y0WA 1W7AA 4CIEA 2UYTA 1K73O 1ZC6A 2P9LA 3CD6N 2IVNA 4MDBA 3R1XA 1HMVA 5HROA 5HLFA 2QWNA 3HJFA 3CCUN 1HLUA 1HNXK 4F3TA 3L3VA 1QHAA 4YOVA 2E2PA 3ASMA 1U47A 4KHWA 4K41A 3GDQA 4RW4A 1JLQA 1SKRA 4AHTA 1GLFO 3I55N 3RMCA 3MCAB 4IOCL 3DXMA 3QESA 4FJMA 3NVMA 4H0OA 4NO7A 1TGOA 3WXMB 4CW7B 1VSDA 4E19A 1BG3A 3K9KA 4WQ4A 2QWLA 5HRSA 4KBOA 4BY9C 3V1RA 1VK0A 4NCGA 1K9MO 4KI6A 3VN5A 1Q8IA 3V9UA 1DTTA 3QEPA 3ZLJA 3K0SA 1NJYA 2FBXA 3MWPA 4HCBA 3AO5A 3LP2A 4JKAA 5BN9A 2XY7A 4EAHD 2AJQA 2P51A 3THVA 2WBNA 2YNGA 5AQNA 3OYJA 4CJ3A 3H3NO 1ATSA 1BOTO 3AV9A 5GINA 4GW6A 4V19S 4Z0UA 5AQVA 3W0LA 4LF7K 2Z1HA 4FWKA 3WQTA 5AZIA 2KW4A 1LW2A 1QE1A 4M3TA 3OW2M 4JS5A 4EHUA 1D9FA 4CEFA 1NK7A 4GY2B 3IRXA 2HBMA 4X64K 3O8MA 2YHYA 2X6SA 3QFPA 3M3ZA 1NKEA 3SJJA 2QKKA 4NLBA 2UU9K 1UAXA 2E6MA 3L6QA 2P9SB 4JD2B 4IFYA 3VQAA 1TL1A 3N4QA 2P9NA 4M3ZA 2VGMA 3TAFA 3DXMB 4BR9A 3WUHA 4BRKA 1MDUB 1Q86O 4WQ5C 3CCSN 3SV4A 3L3UA 4LF5K 3T69A 2GEMA 4N76A 3TTFA 1UA0A 2DFFA 4H5NA 4H4OA 4IDHA 4GVEA 4ID1A 1EWRA 5LJWA 3SMSA 1QHTA 1RTIA 3OVNA 1L3VA 3K58A 3G0ZA 4F9OA 1BU6O 4CJVA 1C1CA 3NE6A 4E0DA 1TKDA 3CJ9A 3L4IA 3ZSXA 2VQFK 4Q5VA 1KLMA 4XH5A 2VWJA 5CZ2A 3SQ1A 4FVMA 4RW7A 4JKFA 2QKBA 1WN7A 1E4GT 4CZIA 5GIOA 4AILC 2X74A 2BGGA 3KKRA 2Q2RA 3U9DA 5AQGA 1REVA 1NKBA 4CJPA 1JLAA 1BWFO 3D2EB 4IZ9A 5AQSA 3ZSVA 4CGHA 4JKGA 3VTHA 1NK0A 5AZIB 4GMJB 3K5OA 5LJVA 3EKUA 2PAVA 4CCHA 3MX5A 3O9UA 1HYVA 4KTQA 3I0SA 1NJWA 4B9TA 4J8FA 4B1ZA 2FSKA 3TARA 2JGUA 5AQHA 5BPNA 3ATVA 5DK5A 5KRTA 1VQ8N 1XNQK 3LZJA 1KFDA 3IKMA 3AAPA 1NMNA 5K14A 3EE9A 3VEXA 4KRFA 1BIZA 3HP9A 5EX5A 4HUFA 4J2BA 1NK6A 3TAPA 3VQ9A 1RT7A 2ZQBA 5F2RA 4G1QA 3FFIA 2D5RA 4I6MB 1D8YA 3DWLA 3HK2A 5C12A 4OX9K 2NRRA 5HL7L 4WFAL 5LL6Z 2YNHA 1WBBA 5CE3A 1WSEA 1SAZA 1MWKA 3RSEB 4CFCA 3TAQA 2XRIA 3VEZA 3VEOA 5KQ8A 1RBUA 2Z1GA 4AHSA 4JI1K 4JI3K 1SV5A 4ISEA 3O9QA 3UKRB 2A5XA 2CH6A 3NMUA 5M1FA 3IUCA 3AO3A 4M63C 2RE2A 1ILYA 1Y64A 2NRWA 4M3YA 1D5AA 1RT2A 2O8DA 2F9WA 2HF3A 4DF8A 3BZCA 5AQTA 3LDSA 1BI4A 3K9JA 5J2PA 2OPRA 3DRRA 4E3SA 1IJJA 4OO1J 4BE1A 3KIOA 3THXA 2WC9A 4PUOA 4FWQA 3MN9A 3M6GA 3P1GA 1YXQA 1OH6A 5LY3A 1CLQA 3RR7A 4IOAL 3TU5A 2HMPA 1IKVA 4U7BA 4CHNA 1J5EK 3TPQA 3L0QA 2X78A 4N41A 2W6KA 4ID5A 3BF3A 5AJ3K 2ASMA 2E1ZA 3OYHA 3EN9A 1YITN 1VQKN 3MECA 4QOZB 2WTUA 3HBTA 3FFKB 4FWMA 2PYJA 4EP5A 1TUUA 2O8FB 3KHYA 5AQJA 3J80O 5LMNK 4FLZA 2WONA 4E89A 3QEVA 4I9QA 3ZSYA 1UA1A 5SWMA 4BR4A 4C8LA 1GLDG 1NJXA 1WSIA 1SKWA 4M3UA 1RT4A 3WNEA 5B8HA 2O8CA 3NCIA 3TSQA 3D0PA 4CEOA 4BRCA 2QK9A 4WQ5A 5KGWA 4NB4A 4J2DA 1KAXA 3LDLA 2PFUA 3QBXA 2Z1IA 2NLXA 3P38A 4MO5A 2KLAA 1KSPA 3QIPA 1RDUA 3ATUA 4IJAA 3FE1A 1YVUA 2HHSA 1RBRA 5KQDA 3T3FA 2P1JA 1U49A 4NCAA 4OLAA 3GBTA 2ZD1A 4L3QA 1T44A 4PQUA 2W41A 4DV0K 1F21A 2VWKA 3WNFA 4CHYA 1TVRA 3D6RA 4FPBA 2VG7A 1S1XA 3G6EN 3VEVA 3KLEA 1LW0A 3O08A 3THXB 1S72N 3OYNA 3H46O 4B8AB 4HWIA 1RDWX 4CESA 1EETA 3K5MA 3ZSZA 4IFEA 5FPNA 3MK6A 4CERA 4CF1A 5HRNA 3DLKA 3FZHA 4BRPA 3D2FA 4M7YA 4EHTA 1I3AA 2HBJA 4LD0A 4FLYA 3VQ4A 4JYAK 2KZMA 4Z4CA 3OYGA 4NCBA 2E2NA 4KTZA 3J7YP 2H3GX 1JL1A 1T3VA 3HVRA 4O5BA 3VQBA 1XQSC 1RDAA 3FLCO 3SUQA 1K8KA 3HVTA 2HHHK 2QXLA 1HKGA 3I33A 1GLEG 5AQXA 4FCYA 4M3RA 3VTIA 1Y97A 4KB0A 4M7XA 3GE1A 1RBVA 3JS6A 3SAHA 3ZSRA 2KFZA 2V51B 1SL1A 1FXXA 4WE1A 4DCHA 2O4IA 1W0HA 4BWMA 4DV6K 4E1MA 3T7ZA 3LAMA 4W5OA 4ZTJA 3EZ5A 4A2AA 4ELTA 3OYDA 4CE9A 3SLCA 3EZWA 4UY8O 5EY4A 3AVCA 5M1OA 5BR9A 4FJNA 2IAJA 3Q7CA 4DF4A 1T6DA 3CHWA 4B3MK 1BUPA 3U6FA 2NRXA 1E4FT 1YTUA 4C8MA 3WT0A 3KKSA 2A1RA 2P5OA 3HPOA 2YKNA 1HUXA 4AH9A 4KB1A 1D4XA 4CZLA 4JNEA 4KHQA 4DR7K 3RR8A 3I0RA 1XMQK 2NRHA 3JXUA 5CZ1A 4DV7K 3QB0A 4W5RA 2QWPA 1GLCG 3SPYA 1FK9A 3ID6A 2QM1A 4DTJA 1EXQA 1QQNA 3HPHA 4HTLA 1VQ5N 2VGNA 4I2PA 5A2QO 2G8FA 4B9LA 1R0AA 1J6ZA 4DMNA 3P5JA 3O9TA 3AGRA 2HHTA 3LPTA 1TUYA 4HVJA 4BG8A 5M1NA 4YNQA 4A5BA 2GUPA 3Q7BA 4RW6A 4CFAA 1MWMA 4DB3A 5ELZA 3MEDA 2Y1JA 5E84A 1NLVA 4FZXC 2O8EB 4DQQA 1C0GA 3UIQA 2P9IA 4CK2A 3AVMA 2CH5A 3AVAA 1NBWA 1HKCA 1RILA 1S9EA 1YJWN 4HHTA 2Q0UA 1NU0A 1CZ9A 3T1AA 4F8RA 4PL8A 3VEYA 3F73A 4BRGA 3V1QA 1Q9XA 4BRNA 4JI5K 2HVHA 4O55A 4WFBL 1RGIA 4B9SA 4IO8A 3NVKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5M1N A;  5M1P A;  3CPE A;  5M1F A;  5M1K A;  5C2D A;  3C6H A;  4IDH A;  4IEI A;  4IEE A;  4IFE A;  5C15 A;  5C10 A;  5M1O A;  5C12 A;  3C6A A;  5M1Q A;  5C2F A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TSU A;  3KK1 A;  3QEI A;  3PV8 A;  3TI0 A;  4JAX A;  4DSK A;  3QBW A;  4YOU A;  4JEP A;  4JHD B;  5CYQ A;  1KVB A;  3S9H A;  3VEW A;  1HNV A;  4CGF A;  4PA1 A;  2B5J A;  4PKI A;  3CCL N;  1LWE A;  1KD1 O;  4DTO A;  4FJH A;  2OCE A;  3OJS A;  2Z1J A;  2YKM A;  2EHG A;  4DR2 K;  1K6Y A;  4B9U A;  4PWD A;  3NDK A;  3MN7 A;  3EEQ A;  3M8Q A;  3OYF A;  4IDK A;  2UUC K;  2X6N A;  1C6V A;  2I7P A;  4C1N K;  2W40 A;  3NGZ A;  3LAL A;  1WSF A;  4F4K A;  4N5S A;  2RN2 A;  4O4G A;  4CEB A;  1BGX T;  4LSL A;  2YHB A;  2GV9 A;  4OPA A;  3E1Y A;  4QS7 A;  5C2D A;  4IFV A;  2O8F A;  3CPW M;  1G99 A;  3LP1 A;  5F1X A;  3BGR A;  3C95 A;  4NYN A;  1TV6 A;  4H03 B;  4BRA A;  2OTJ N;  4MDA A;  3U8X A;  1KAZ A;  1VQP N;  1A5V A;  1NKC A;  3OS2 A;  4U67 L;  1LAW A;  4B3S K;  3F5T A;  3BZK A;  3CPE A;  4M3X A;  3CI5 A;  4UQG A;  1JCF A;  3TTC A;  3VQQ A;  3WQU A;  3L2W A;  3SMP A;  1P90 A;  1RBS A;  2ZF5 O;  1N33 K;  1VSL A;  3O6W A;  3H3O B;  4K42 A;  1WNS A;  4X66 K;  1NOY A;  1WUA A;  4Y1D A;  2D0B A;  4JI0 K; 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 3VF2 A;  4FJJ A;  3G10 A;  1WAF A;  5M1P A;  3BUZ B;  4CGG A;  4FWL A;  4FK2 A;  3OYL A;  2HHW A;  3VOV A;  5AR0 A;  2LSN A;  5DM7 L;  2IDO A;  3LP3 A;  1NOZ A;  1V4T A;  3D45 A;  5ADX H;  1IO2 A;  4B1Y B;  3CM6 A;  4CF9 A;  2KFN A;  3CCM N;  3DI6 A;  2DTU A;  4OKE A;  4W5Q A;  3FZL A;  3OA9 A;  4E7I A;  3TAM A;  1J5O A;  4KO0 A;  3DRS A;  3HOT A;  2HBK A;  3VQD A;  5KI6 A;  5CR4 A;  3KD1 E;  3V9X A;  3H6E A;  4WYB A;  2YJE A;  2JWL A;  3HP6 A;  1Q9Y A;  3RRG A;  4L8R B;  1QZ5 A;  1E3M A;  4BQL A;  4KAZ A;  1WSJ A;  4DQR A;  3NH2 A;  4BGB A;  3MWT A;  2ATQ A;  1C0M A;  1Q18 A;  5GAG P;  2O8E A;  3SJH A;  1ESV A;  2Q1N A;  3B8A X;  4FLX A;  3DLE A;  3L2R A;  4O0I A;  3VMF B;  3E9L A;  3AGK A;  2VWB A;  3C6A A;  4BE0 A;  4FWP A;  3KK2 A;  1IH7 A;  3M5R A;  4CEZ A;  4C1N I;  1BQN A;  4ICL A;  5LMU K;  4H5V A;  2F4V K;  3AA5 X;  3ZET B;  2E5L K;  3FZK A;  3MXI A;  1C0F A;  2NNW A;  1RDC A;  3DLL L;  4A59 A;  5E26 A;  1EQY A;  4KV8 A;  2OZS A;  5DMR A;  3CJ7 A;  4DSL A;  2HHV A;  1YT3 A;  3ZT2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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