5C2DA

K428a mutant gp2c of large terminase subunit from bacteriophage sf6 with calcium
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
241
structure length
227
Chain Sequence
MAIIKREWLEAATDAHKKLGWKAKGAVVSAHDPSDTGPDAKGYASRHGSVVKRIAEGLLMDINEGADWATSLAIEDGADHYLWDGDGVGAGLRRQTTEAFSGKKITATMFKGSESPFDEDAPYQRTIGDVFRNKRAQFYYALADRLYLTYRAVVHGEYADPDDMLSFDKEAIGEKMLEKLFAELTQIQRKFNNNGKLELMTAVEMKQKLGIPSPNLADALMMCMHCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Gene 2 protein
publication title Two distinct modes of metal ion binding in the nuclease active site of a viral DNA-packaging terminase: insight into the two-metal-ion catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage sf6
total genus 84
structure length 227
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17288 Terminase_3C Terminase RNAseH like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.240 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c2dA00
4IEIA 5M1PA 5C10A 5M1FA 5C15A 4IFEA 3C6HA 5M1KA 3CPEA 4IEEA 5M1OA 5M1QA 5C12A 5C2FA 5M1NA 3C6AA 5C2DA 4IDHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RVCA 1NGFA 3CD6N 2F9TA 3FZKA 3SUQA 5EXWA 2PYLA 3UKRA 1WBBA 1C1CA 1IBMK 4M3YA 2O8EB 1QQNA 3VEYA 4B8AB 4BQZA 1D8YA 1RDWX 3A5LC 3RMCA 3O4QA 4QS9A 1WLJA 3ZT3A 3C94A 3AO4A 4M3TA 3V9XA 4DR5K 1TV6A 4J2EA 1BOTO 1Z05A 4JS4A 3DMJA 3F73A 1RBVA 2G8WA 3SZ2A 3HSCA 1Z26A 2QXLA 1S5JA 1NGHA 1SZ2A 2YHYA 3KKSA 3TARA 2P9IB 2X78A 2X74A 1TK5A 4GV3A 3EN9A 4Z4EA 2HHUA 3ALYA 2CGKA 3L2UA 2X6NA 4JI1K 4IO8A 2E88A 4MQ3A 2NUBA 1S1TA 4EP4A 3O80A 5DM7L 1W97L 3C6HA 2VWKA 3H6EA 2JLEA 1U2VB 4DR1K 4FWRA 4CFCA 1BCMA 4FOIA 1NU0A 2D0PA 1C1BA 4QOZB 2IS3A 1JXBA 5CY4A 5BRHA 3SBGA 4Q0BA 2QWOA 4BRMA 5HOOA 1YJ9N 1TAQA 3TAMA 5AQWA 4CF9A 3KK3A 1WN7A 3TAEA 1C0FA 1NGIA 1S9EA 3LDOA 1XC3A 4LF8K 3HTVA 4DFJA 4O0IA 2E6MA 1RDAA 3BDPA 2ZGYA 3O5BA 4H0XB 3VF4A 2XY5A 4BC4A 1VHXA 1J9AA 3KWIA 3P83D 4M3WA 4CJTA 4R5PA 4E7KA 3ZX0A 1L3UA 3K9JA 1HNXK 4CD1A 2HSTA 3BP8A 4AHSA 3WNFA 3RR8A 4FJLA 4WQ4A 3ULEB 1BDGA 1HX1A 5J2PA 3WQUA 3ENBA 4KI6A 4KHWA 2WOMA 5AQYA 2XO7A 4OGEA 1T44A 3SK3A 1IBLK 2OYQA 3MDQA 3AA3A 1NGEA 2YI1A 2GUIA 3MMVA 1T7PA 1VQ5N 4KH6A 4LF4K 4FK0A 1NBWA 1RT6A 4HTLA 1H1VA 1S1XA 5BPNA 1TKTA 3OYNA 3CQXA 4FYDA 1NMDA 4BROA 1N8RO 4F8RA 3LDPA 3TAFA 4JKCA 1NOYA 4KHNA 1QHTA 1RT1A 3L8BA 4DSLA 4ILGB 3SUNA 1A5XA 1QZ6A 4A5BA 4LSLA 3F5TA 3NH2A 1RT7A 2FF6A 2UXCK 1X3MA 1WOQA 2F96A 4BRPA 2KTQA 3VQCA 1SQKA 3E9OA 1HNVA 1BI4A 4DLEA 4CGDA 4EHUA 4FCYA 4CZEA 5KI6A 3I0SA 3DXMB 3F2KA 4CJ5A 3TR8A 1U49A 2FBTA 3AGKA 1NJIO 2FSJA 5BR9A 4FPBA 3WXLA 1R59O 3CCJN 4JRQA 3VQ7A 2QA4N 1RBUA 1C6VA 4C8NA 5J2NA 2F4VK 4BR9A 5EOYA 3VTIA 3TTFA 3UKUA 2BUPA 4LH4A 4IJAA 1WBDA 1RT3A 4KTQA 3OYIA 5E84A 1BA0A 3VQ5A 2RN2A 4A59A 4NYFA 2EHGA 4BDZA 3ZYYX 1YVNA 3MWTA 4YNQA 2GX9A 5GIPA 1NGCA 1NLVA 4XH5A 1KVCA 1OVYA 2A6AA 2B4JA 5KPTA 1RILA 4MO5A 4U7BA 1N32K 3KHYA 3AA4A 3OYDA 1K8KA 3VQ9A 3CCSN 1JLFA 3TI0A 2HHSA 2D0AA 3ATVA 1LCUA 4I6MB 3WQTA 4CEQA 4ZTJA 3OVNA 4BWJA 5HRPA 3BY5A 5JMVA 4DQQA 4LFAK 1NGJA 3ULDA 2ETJA 5EU7A 4FM2A 2RKIA 1L3VA 5JS1A 1T8EA 4B1XB 4WCEL 4N5SA 4BRDA 3J80O 3CMAN 1HPZA 1UWBA 1GOBA 1BISA 4DG1A 4CJWA 4L3QA 1E4FT 3ZX2A 3ZSQA 4AHUA 4FWOA 4B9UA 3QO9A 1D5AA 2CH5A 2IVOA 5SZTA 1XMQK 1BQMA 3EYZA 2P9NB 3ENHA 4BC3A 2HVIA 4FLWA 5LMUK 2V52B 1S1VA 5EVZA 3RSEA 3CM5A 4CF1A 4E1MA 2XY6A 1NNEA 4IEEA 4Z4GA 4KTWA 1MWKA 1X9JA 2P9SB 4FOEA 4FJIA 3H08A 5AFUA 4JN4A 1YJWN 3DLRA 4B1WB 1MDUB 4DV4K 1BCOA 4AM7A 4Z0UA 1FW6A 1WSFA 1T03A 4RW4A 3CIPA 5AR0A 3TTCA 3K2PA 3A0IX 5C2FA 1X9SA 4E1NA 4X62K 2JGUA 4AQYK 3VEWA 2KZZA 3FFIA 1C0MA 3HBTA 4K8ZA 4BRQA 4JI8K 1O13A 1UAXA 5M1PA 2D0BA 2YNFA 3J81O 4QS8A 2A5XA 1CXQA 3TABA 4AM6A 4WF9L 5FRMA 4DTNA 2YHAA 1P90A 1V4TA 2KFZA 1VQ8N 3TANA 1SAZA 1ZYQA 5FPMA 1GLBG 1F21A 4RW8A 5FROA 3OJUA 2G8KA 2A42A 3NVMA 3V6DA 4I9LA 2YKMA 2UUCK 1KXPA 4IJNA 1IKVA 4HUFA 2G8IA 1IKXA 2VG5A 4F3TA 1RTIA 3LDNA 3M6GA 4J2DA 3LP3A 4CGJA 3V9WA 4KFBA 3QETA 3SUPA 3T69A 3ZX3A 1IG9A 2PZSA 3LM9A 5AFUH 1L3TA 1BI4B 1JLEA 1Q8IA 4DV1K 1NJYA 1QSSA 1I94K 4FW2A 3SI6A 1QSLA 4FK4A 4IFEA 3J7ZO 4X64K 1VQPN 4DR4K 4HCBA 2G8UA 4KHUA 4IFYA 3PIOL 4CI6A 5A2QO 4DFPA 3OTOK 1SV5A 2P9KA 1ATRA 2EX3A 1HMVA 1S6PA 4HHTA 3MWPA 2HMIA 1B9FA 3HP6A 3AVAA 4F2RA 4B1YB 4H0VB 1RDBA 5HRNA 2ZJRL 1HKBA 2HNDA 4BR5A 2OPRA 3I8BA 3QEXA 5HROA 5T7BA 3RMDA 1V4SA 5J2QA 2Q2RA 3THXA 2Y1IA 1EETA 4PY5A 4KAZA 4CBUA 2WUSA 3TSQA 1E4GT 3TPQA 1VQNN 4BR7A 4MDBA 4CIGA 4KBOA 4CJPA 5M1FA 1BQNA 4CW7B 1Q9YA 1TYQB 4BRHA 1OH7A 1BG3A 5FPEA 2YNIA 3LL3A 1YAGA 2HNYA 4FLVA 1GLAG 2B6AA 4CZGA 1OKJA 4DTRA 1NJXA 3VMFB 4JI3K 1HQUA 4KHQA 3SMSA 3V4IA 1JCFA 2VG6A 1ATSA 4CESA 2CH6A 1L3SA 5AQNA 4LSNA 3L4IA 3CCLN 3QNNA 2HHTA 3P31A 4DV3K 1IH7A 3H1QA 3VA3A 1U47A 1BIZA 4ZHRA 3CPWM 2KZMA 3L4QA 4DTMA 3PSIA 1CZBA 4GV6A 3L2WA 3DWLA 1RGIA 3RMBA 5FRNA 3C6TA 3K5LA 5BRDA 5I42A 3ID8A 3O1WA 3V81A 3KLGA 2KLAA 4Q5VA 4LD0A 2ZWHA 3D2EB 4E89A 2GEMA 4OLAA 4FLTA 3B6PA 1NKCA 1K8AO 2GWJA 3V9UA 4I9QA 3HP9A 4JEPA 4ID1A 3MECA 2GELA 3AARA 2ZGZA 2DPNA 4BR2A 5K14A 5DK5A 4PQUA 1R0AA 4NO7A 2AA4A 4PL8A 3ZSXA 4DTXA 3AAQA 4C8OA 5M1NA 4E19A 1T6DA 3CFRA 2V51B 1SS6A 2V7YA 4DTPA 3P5JA 3V9ZA 3HPGA 3TWHA 3OYFA 3RRHA 4BG8A 3EL2A 2BANA 4FZYA 2BE2A 3ITHA 2O4GA 1RTDA 4KO0A 3I8DA 4Z4IA 4DS4A 3AVBA 4CK1A 3O6WA 3MEGA 1KTQA 4OKJA 3KLEA 1KQSM 2YNHA 3U4LA 1SKWA 3PLAA 3AAPA 1VQLN 3L0QA 4A57A 3L6QA 2Q1NA 5KRSA 4KV8A 3LM2A 5DM6L 2RF2A 4KREA 3ATUA 4Z4HA 4NCAA 1U45A 4DV0K 3CF5L 3DOLA 3PX6A 4DTSA 1XUPO 3O9RA 2B5JA 3M8SA 1I3AA 1KAYA 3VGLA 1Q81O 1VRTA 1XC9A 4BVPA 5BN8A 4R79A 3GBTA 1W7AA 4AH9A 2QWMA 3VN5A 4CEOA 3RMAA 1EWQA 4AHRA 2FBYA 3SQ1A 3LP1A 3R9PA 1ZBIA 4U67L 4B08A 4M45A 4BC2A 3EEQA 3K59A 3KIOA 3NAEA 3LDSA 4DMNA 5C24A 3M3ZA 3FGUA 3KLFA 2E4LA 1A5WA 4HUGA 2QWPA 1Y97A 4NCGA 1RDCA 3ZETA 2PAVA 3QLHA 4H0OA 3JSMA 4I7FA 5D3GA 2P51A 3A5OC 1HKGA 3TSPA 2ZQBA 2QWQA 4PL7A 1SL0A 1JLGA 4O4GA 4FWQA 3K5NA 3QESA 1YTUA 4B3TK 4CJLA 4XH4A 4IDHA 2HOEA 3G10A 1TK0A 3F9KA 4FJHA 2ZF5O 4FLZA 3B8AX 3J7YP 1NK4A 1NK6A 4DB3A 1JCEA 3DRRA 4F9OA 2VWJA 4PA1A 3L2RA 5CYMA 3C7NA 1VSHA 3THXB 5BRFA 1G99A 1VSFA 1NJWA 4CEFA 4YORA 3QMLA 4JI0K 4X66K 2QWLA 2QEXN 3TAPA 4JD2B 5M1OA 4K42A 3VQEA 3BF1A 3LWMA 4BACA 3L3VA 2NRRA 2P9UB 1YF5L 4OLBA 1LOTB 3H3NO 1RCHA 1BWFO 5AZJB 2G8VA 3OBWA 4DLGA 1NKEA 4H03B 2NRZA 1SKSA 2RPIA 2O8BA 1S3XA 1VSMA 4E1JA 2AP1A 3DM2A 1TVRA 4OVLA 4BRGA 1GOAA 2HBMA 3P38A 1TUUA 4BVOA 2HHQA 3SQ2A 4DR6K 1O1WA 3V1QA 3ZEUB 4DUZK 2HNZA 3OS1A 3OYHA 5JLFA 3D0PA 3KK2A 2HMPA 1UOCA 4FLUA 3ZSYA 1HJOA 3HXMA 2FXUA 3QDKA 5FDLA 4CJUA 4CGFA 1JJ2M 3S3NA 3CMEN 3ZT1A 1JLQA 2WC9A 4FW1A 3DXKA 4FJKA 2QW9A 4JI2K 3VQDA 3LAMA 2YHBA 4DSIA 3A2FA 2VYPA 1HRHA 3SJHA 3T1YK 4JV5K 3HVTA 3VQBA 1LV5A 2I7PA 1QHAA 3CERA 3TU5A 2A41A 4ISFA 2UXBK 4BRAA 2O4IA 5AQGA 3FE1A 1HLUA 4ELVA 3CJ1A 4PHTX 1QQOA 4JLHA 2GUPA 1KFDA 4JNEA 1TK8A 3BZKA 4CJSA 5CZ1A 3NGYA 1WB9A 4FJ9A 2E2PA 3MN7A 2IVNA 3C95A 4EHTA 3DLBA 1HNIA 3CXCM 4FWNA 4N47A 2WBNA 4HVJA 3T7ZA 4JKFA 3MK6A 3MEEA 4BR4A 5BPLA 4DQSA 2R7YA 4YOXA 3IUCA 3EKSA 3UE5A 2OZSA 5E26A 1BL3A 3BF3A 1NWKA 1YTAA 3O9UA 3WNGA 3HPHA 4GVMA 4E7LA 1FKPA 1GLDG 3C65A 2BGGA 4B9NA 3S9HA 2GWKA 3VF2A 1HYVA 1T3VA 5M1QA 2O8CA 4JI7K 3CJ7A 2HF4A 3SAHA 2FLOA 3EY1A 3PO4A 4C8MA 5HRSA 4CZIA 1A5VA 4FWKA 3RTVA 1JLCA 3TAQA 4E3SA 2V7ZA 3T3FA 3QEVA 3HO1A 5J1EA 1JL2A 1RBTA 3D2FA 1ASWA 1MA9B 1LAVA 1K9MO 4GW6A 3UKRB 2ASPA 1J53A 1ZC6A 2I7NA 2Z1JA 3DRSA 3T19A 1RBSA 2E8AA 3LWLA 2Q3SA 1KFSA 3N4PA 3LDLA 4DF8A 4JHDA 2YX6A 4LF5K 1BUPA 4ID5A 2LSNA 5EX5A 1HUXA 1Q82O 4H5RA 1WSJA 4OPAA 4GKKK 3L3UA 5KGXA 1J5EK 1KD1O 4LFBK 3SYZA 3I56N 3OA9A 4BR0A 3DLLL 5ADXA 1QVFM 1TUYA 2NNWA 4C8KA 1NOZA 4PWDA 1HQEA 5ELZA 1DLOA 3GOIA 2QM1A 2XY7A 2OPQA 1Y64A 3THVA 4J2AA 3IFRA 1REVA 3HK2A 3KWGA 4CIEA 5AQFA 4BDYA 4CHNA 1YVUA 3V1OA 3AVCA 5JVGL 3IMXA 2NZTA 4KH5A 3ID6A 4EFHA 3W3DA 1VQKN 3Q7BA 2OZMA 4MO4A 4BGBA 1HPMA 4WQ5C 3UIQA 3MX2A 1BGXT 1NG9A 4DR2K 1YI2N 4BGAA 3K9KA 1VSEA 4AHTA 4WFAL 2CGJA 3NF9A 4QAGA 4H5TA 3FZMA 3K0SA 3VEVA 4DV7K 3P39A 1ILYA 3P1GA 4Y1CA 3ZT2A 3CC7N 1YJNN 4M3ZA 2XY8A 3C0BA 3CM6A 3EKUA 1W2BM 5FPNA 2CGLA 3LPTA 4KHYA 1YXQA 4M3UA 1XMOK 3RR7A 1LW2A 2A3ZA 4CF8A 4M42A 2IOCA 1K6YA 2KFNA 3W0LA 3JAMO 2FBXA 5BREA 3HI0A 4HTUA 2Y1JA 4RG8A 3HRGA 2P9PA 1ZBHA 1Q18A 3C6UA 3HOSA 3TAGA 5AQMA 1WSHA 5LY3A 1RT4A 1U48A 1DGKN 3JXUA 4FWSA 2W41A 3QEPA 3V1RA 3SUOA 3CQYA 4FLXA 1S72N 3R1XA 1QTMA 4KI4A 1RTJA 4IFVA 4C1NK 1VSIA 4YOVA 3ENOA 3WXJA 4GNIA 4AHVA 3E66A 3ISNC 4YOWA 3T1HK 3WEEA 4CFAA 3DRPA 4OPHA 4J8FA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IEI A;  5M1P A;  5C10 A;  5M1F A;  5C15 A;  4IFE A;  3C6H A;  5M1K A;  3CPE A;  4IEE A;  5M1O A;  5M1Q A;  5C12 A;  5C2F A;  5M1N A;  3C6A A;  5C2D A;  4IDH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RVC A;  1NGF A;  3CD6 N;  2F9T A;  3FZK A;  3SUQ A;  5EXW A;  2PYL A;  3UKR A;  1WBB A;  1C1C A;  1IBM K;  4M3Y A;  2O8E B;  1QQN A;  3VEY A;  4B8A B;  4BQZ A;  1D8Y A;  1RDW X;  3A5L C;  3RMC A;  3O4Q A;  4QS9 A;  1WLJ A;  3ZT3 A;  3C94 A;  3AO4 A;  4M3T A;  3V9X A;  4DR5 K;  1TV6 A;  4J2E A;  1BOT O;  1Z05 A;  4JS4 A;  3DMJ A;  3F73 A;  1RBV A;  2G8W A;  3SZ2 A;  3HSC A;  1Z26 A;  2QXL A;  1S5J A;  1NGH A;  1SZ2 A;  2YHY A;  3KKS A;  3TAR A;  2P9I B;  2X78 A;  2X74 A;  1TK5 A;  4GV3 A;  3EN9 A;  4Z4E A;  2HHU A;  3ALY A;  2CGK A;  3L2U A;  2X6N A;  4JI1 K;  4IO8 A;  2E88 A;  4MQ3 A;  2NUB A;  1S1T A;  4EP4 A;  3O80 A;  5DM7 L;  1W97 L;  3C6H A;  2VWK A;  3H6E A;  2JLE A;  1U2V B;  4DR1 K;  4FWR A;  4CFC A;  1BCM A;  4FOI A;  1NU0 A;  2D0P A;  1C1B A;  4QOZ B;  2IS3 A;  1JXB A;  5CY4 A;  5BRH A;  3SBG A;  4Q0B A;  2QWO A;  4BRM A;  5HOO A;  1YJ9 N;  1TAQ A;  3TAM A;  5AQW A;  4CF9 A;  3KK3 A;  1WN7 A;  3TAE A;  1C0F A;  1NGI A;  1S9E A;  3LDO A;  1XC3 A;  4LF8 K;  3HTV A;  4DFJ A;  4O0I A; 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 2FBT A;  3AGK A;  1NJI O;  2FSJ A;  5BR9 A;  4FPB A;  3WXL A;  1R59 O;  3CCJ N;  4JRQ A;  3VQ7 A;  2QA4 N;  1RBU A;  1C6V A;  4C8N A;  5J2N A;  2F4V K;  4BR9 A;  5EOY A;  3VTI A;  3TTF A;  3UKU A;  2BUP A;  4LH4 A;  4IJA A;  1WBD A;  1RT3 A;  4KTQ A;  3OYI A;  5E84 A;  1BA0 A;  3VQ5 A;  2RN2 A;  4A59 A;  4NYF A;  2EHG A;  4BDZ A;  3ZYY X;  1YVN A;  3MWT A;  4YNQ A;  2GX9 A;  5GIP A;  1NGC A;  1NLV A;  4XH5 A;  1KVC A;  1OVY A;  2A6A A;  2B4J A;  5KPT A;  1RIL A;  4MO5 A;  4U7B A;  1N32 K;  3KHY A;  3AA4 A;  3OYD A;  1K8K A;  3VQ9 A;  3CCS N;  1JLF A;  3TI0 A;  2HHS A;  2D0A A;  3ATV A;  1LCU A;  4I6M B;  3WQT A;  4CEQ A;  4ZTJ A;  3OVN A;  4BWJ A;  5HRP A;  3BY5 A;  5JMV A;  4DQQ A;  4LFA K;  1NGJ A;  3ULD A;  2ETJ A;  5EU7 A;  4FM2 A;  2RKI A;  1L3V A;  5JS1 A;  1T8E A;  4B1X B;  4WCE L;  4N5S A;  4BRD A;  3J80 O;  3CMA N;  1HPZ A;  1UWB A;  1GOB A;  1BIS A;  4DG1 A;  4CJW A;  4L3Q A;  1E4F T;  3ZX2 A;  3ZSQ A;  4AHU A;  4FWO A;  4B9U A;  3QO9 A;  1D5A A;  2CH5 A;  2IVO A;  5SZT A;  1XMQ K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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