5C2FA

K428a mutant nuclease domain of the large terminase subunit gp2 of bacterial virus sf6 with manganese and beta-thujaplicinol
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
242
structure length
230
Chain Sequence
MAIIKREWLEAATDAHKKLGWKAKGAVVSAHDPSDTGPDAKGYASRHGSVVKRIAEGLLMDINEGADWATSLAIEDGADHYLWDGDGVGAGLRRQTTEAFSGKKITATMFKGSESPFDEDAPYQAVRTIGDVFRNKRAQFYYALADRLYLTYRAVVHGEYADPDDMLSFDKEAIGEKMLEKLFAELTQIQRKFNNNGKLELMTAVEMKQKLGIPSPNLADALMMCMHCPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Gene 2 protein
publication title Two distinct modes of metal ion binding in the nuclease active site of a viral DNA-packaging terminase: insight into the two-metal-ion catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage sf6
total genus 80
structure length 230
sequence length 242
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17288 Terminase_3C Terminase RNAseH like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.240 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c2fA00
3C6AA 5C15A 4IFEA 5M1OA 5M1QA 5C2DA 5M1KA 5M1PA 5M1NA 4IEIA 5C2FA 5C10A 5M1FA 3CPEA 3C6HA 5C12A 4IDHA 4IEEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MQ3A 2P9UA 1S1WA 1NK9A 4BY9C 4KHNA 4BE2A 4KB1A 5EY4A 4RTFD 3GDQA 2BH1A 1CZ9A 4X65K 4NYNA 4E7HA 3G6EN 2ZF5O 2P9UB 1BDGA 3LPUA 3VQDA 1XI1A 3I56N 4JN4A 3AVMA 3WNGA 1BGXT 2WBNA 4DFPA 3O4QA 3QINA 1HMVA 1LWFA 4M45A 5B8HA 4O4GA 3MWPA 1KQSM 3E1YA 3VF2A 1YITN 4CGHA 3W0LA 5C2FA 1RBSA 1MU2A 4B1ZA 4FJKA 4Z4HA 1T7PA 1VQ6N 1EO1A 1BU6O 2P1JA 4RWTA 3QBXA 4GVEA 3PSIA 1RDBA 5BN8A 4FSVA 3AV9A 4IJAA 4W5OA 4JAXA 4CJ5A 4CJVA 3O9QA 3FZHA 3ATUA 2O8EA 3AA2A 4EHTA 4U67L 2NRTA 3FE1A 4CJFA 5BR9A 4H0TB 1KFDA 1KD1O 4KI6A 3VEZA 2J4RA 1HPZA 5AQIA 1NGIA 2HHSA 2ASPA 4A61A 3BY5A 2I7PA 3DI6A 5FLXO 5C25A 1Q8IA 1UA0A 2G8HA 2A5XA 5TKYA 3TI0A 4DV1K 4ELUA 4FXDA 2F8SA 5M1OA 4FWQA 2YV0X 4DV2K 1YF5L 2VGMA 1W2BM 3KWGA 4Q5VA 3F2KA 3UKUA 4OPJA 3VGMA 4C8OA 1Z05A 1Q9YA 1XNRK 1ZYQA 1IG9A 1VQPN 4F3OA 1WSFA 1REVA 3V81A 3THVA 3VMFB 3UKUB 4OLAA 3OVNA 1BIZA 4FJ5A 2QWRA 3CIPA 4I9QA 4IO8A 2W41A 4H03B 3A5MC 3CJCA 3E01A 4H4MA 3V9WA 2QI2A 4OVLA 4F9OA 3VESA 1W7AA 4JRQA 3LWMA 1DLOA 3K5MA 1T6DA 4B8AB 1RBVA 4LSLA 1CXQA 1RBRA 5F1XA 4IG0A 2HHQA 1C0MA 1IV0A 3QETA 2CH6A 4XH1A 3ZSVA 3RTVA 4W5NA 1GLEG 4YHHK 2QKBA 2B5JA 4DMNA 2P5GA 4WQ5C 2R7YA 3U9DA 2VG6A 3HM8A 4O0JA 1KAZA 1X3MA 2QWQA 5BPNA 3SI6A 3CPEA 1NMDA 3RMAA 1KC8O 4CHQA 2Q2RA 1N36K 4FZZA 4W5TA 2OPRA 4FZXC 2A41A 1HR0K 4I7FA 5JVGL 2OPPA 3TAEA 4BRAA 1G99A 3I8BA 4BGAA 2D0CA 4DHYA 5DMRA 4CJQA 1VQ4N 1ZBFA 2UXCK 2FSJA 4B1WB 1HRHA 3HJFA 1Q7YO 1RFQA 4YY3K 4BVOA 3OA9A 5KRTA 3FFKB 2ASOA 5CYQA 5KQDA 1M90O 1SKWA 1ATNA 5HROA 4CERA 3A5NC 1JCFA 4L3QA 1C1BA 3LM9A 3P39A 5FPEA 3NH2A 1NGFA 1QHAA 3C65A 4EP4A 1ZBIA 1WSGA 3IMXA 3P1GA 2QA4N 4BR4A 2PBDA 3AA4A 4B1XB 1IBMK 1VSHA 3B6OA 1JLQA 2X78A 4BRCA 3CJAA 1WSEA 3BDPA 4DTOA 3AVCA 2YKNA 4UY8O 4FO0A 4CGJA 3H1VX 3OYCA 4OKJA 3T3FA 4CD1A 1J5OA 3BEXA 3CCJN 1IH7A 1N6QA 4WFNL 4KI4A 3T19A 4XIUA 4BR2A 3ISNC 1LV5A 2D1KA 4JI2K 4GKJK 3RMCA 4F4KA 4FJGA 5C12A 2YCHA 4FM1A 3DLEA 1VQ8N 2XY7A 4KTQA 1U45A 4OKKA 3NVKA 3H3OB 1CXUA 1JLCA 4CIEA 3AO4A 1E4GT 2HMPA 1RDUA 4BRLA 3ZSZA 1XUPO 2Z1HA 3OYAA 4BE1A 2E6MA 1R0AA 4LF5K 3RVCA 4FLUA 5M1NA 3PO5A 1EP4A 2Z1GA 3KLFA 4O0IA 1C0UA 3KVGA 4E1JA 5EOYA 4EIAA 3ATVA 5JICA 3P5JA 1EQYA 4H5RA 4RW8A 2A40A 2WOMA 2NNWA 4AHSA 4RG8A 3T1YK 1S72N 1ZBHA 4NXMK 3G10A 3S3OA 2PYJA 3U3YA 4C8MA 4JK7A 4GY2B 2ATQA 2HBMA 3DLRA 4XEIA 4DFMA 3GE1A 2UUAK 1VSLA 3JXUA 1LWCA 4YOVA 5T7BA 4IOAL 3ENHA 4LF4K 3M8RA 3OYHA 1HNVA 4K0KK 2HBLA 2VGNA 2VWKA 3UIQA 3CQXA 3O3GA 4M3WA 3FZLA 3SQ1A 1S6QA 4HTUA 4FJHA 3WXIA 4CJUA 2IDOA 1T44A 1BA0A 5JS1A 5CHIA 4DV0K 2E88A 4PL8A 3V4IA 2YHBA 1BQMA 4RW6A 4BG8A 3OJUA 1W0HA 1TAUA 3ZSRA 1D9DA 1ZBUA 2QWPA 3AGRA 3O80A 1EKEA 2IS3A 2O8CA 4U7BA 5KPTA 1GOCA 4ZTFA 3EYZA 4BRMA 1LAVA 4FWRA 1JLBA 4CJ4A 2Q97A 3O1BA 1SV5A 2XY8A 1H1VA 1RTHA 4CZKA 4CGIA 3SPZA 1C0FA 4MDAA 4FK0A 3IG1A 3QB0A 4Y1DA 1N8RO 1SKSA 1OH5A 2NRXA 4YOTA 2OZMA 1NOZA 2ZE2A 4AQYK 2RN2A 2HHVA 2BE2A 2FSKA 3KZBA 1NKBA 1I39A 1T03A 3NF6A 3S3NA 4A2BA 3CPWM 2UU9K 4A2AA 3H45C 3FZMA 2IVNA 1SAZA 1GLJO 3MN7A 1F21A 4HCBA 3TAQA 4GV6A 2ZGZA 3F73A 4CFCA 2GWKA 4CF0A 4JKBA 1V4SA 1KTQA 4CZEA 1X9WA 4FOEA 1KRPA 1VAZA 5ELZA 3SLCA 3NF9A 2E2NA 2GBZA 4OGCA 4FJJA 4M3YA 3AVIA 3SUQA 4DLGA 4DR4K 2Y1JA 1FW6A 5E26A 3SUOA 1ZBSA 1FKOA 4JEPA 4WYBA 5CZ2A 5GAGP 3ASMA 2E2OA 3GOIA 3DLBA 2V52B 3S9HA 3C95A 3F5TA 4BC2A 1NK0A 3NBPA 5SWMA 4LH4A 4DQSA 3OYJA 4H0PA 3MXIA 1RCHA 3HSTB 3ZETB 5GINA 1QQCA 1D8YA 1VQNN 4ILHA 3CCEN 3WQTA 2ZGYA 3HSCA 3NVMA 1RT1A 3U9ZA 2VCPA 4B1UB 3NAEA 5SZTA 3D2FA 3SBTA 3HP6A 4WCEL 1C1CA 4WFBL 4CEDA 1NNEA 4K43A 3NH0A 4H0VB 3SZ2A 1JLGA 2IC3A 5M1FA 4DTMA 2ITMA 1LW0A 5FDLA 3AO2A 1QSLA 4FWOA 3MN9A 1J54A 1WN7A 2EWSA 1RBUA 2E2PA 3WNFA 1IG8A 3OHRA 2D4WA 3RWUA 4LFAK 3CCMN 3ZLJA 5J2MA 1NKCA 1N32K 2Q36A 1NWKA 1ATRA 1CLQA 3LDSA 5AQFA 1VSIA 3CHWA 3VF6A 3TR8A 2W40A 2ZJRL 4X62K 4MLHA 4PHTX 2ZD1A 3OBYA 3F9KA 4H5VA 2X6NA 4PWDA 1SZ2A 1ESVA 1Z25A 3I0RA 2HBJA 3NFAA 2FXUA 2P9IA 2HSTA 2QM1A 3PX0A 2DY4A 4KRFA 1D4XA 3OYNA 1T3VA 5LMUK 5AFUH 3VGKA 4Z94A 2PZSA 3VQ9A 3BZKA 1SUQA 2P9IB 4AF1A 3PIPL 2KFNA 3I33A 2AP1A 2G8FA 4H0OA 3HVRA 2KFZA 5FRNA 1YXQA 4FOIA 4PL7A 3MXMA 4DLEA 1ZBLA 1XC9A 1WBDA 4YOYA 4DUZK 3FZKA 3CC2N 2OYQA 2X6SA 3CFPA 5EVZA 4KHPK 3M8QA 4E7IA 3DLHA 4DTNA 3V9SA 5FROA 3G71N 1RT7A 3PV8A 1DTTA 4CK1A 4RW9A 3R6MA 2W42A 2O4IA 3Q7CA 4CBXA 1QHTA 1JJ2M 3ULDA 4I2PA 1W9HA 1NGHA 4JV5K 4CJ3A 5I9EB 1NJIO 4FJNA 2WONA 3TU5A 4DG1A 3VGLA 2P9PA 1NGBA 2PY5A 1XHZA 4DTRA 4MDBA 3MN5A 3NE6A 3MX5A 4ICLA 1RT4A 1WOQA 3KD5E 1RILA 1QVGM 4FYDA 1LOTB 2P9PB 3THXA 3SCXA 2G8VA 1TGOA 2KLAA 3ITHA 2BUPA 1VQON 1IJJA 4I2QA 5BN9A 3TABA 5C42A 2A3ZA 1N34K 3KK3A 1NOYA 1HNXK 3A2FA 4MO4A 1S9EA 4HUGA 5KQ8A 2YX6A 1GLBG 3PX6A 5GIOA 3VENA 3G4SN 1RBTA 3O9TA 1HNWK 2FBVA 4DCHA 1NJXA 2NZTA 2IIRA 4LY7A 1KVBA 2OPQA 4CF2A 4CF9A 3EKSA 5AJ3K 1KVCA 3V1QA 3K5OA 2AJQA 3ZSOA 5KGWA 4BR9A 1SQKA 3VQAA 2JGUA 4FWPA 2QWOA 1QVFM 4DF8A 1ASVA 2ZJPL 5GAEP 1U48A 4DS5A 4OLBA 1XNQK 3AVGA 1C0TA 3RMBA 4EP5A 5JVHL 4AILC 3AA5X 4DTJA 3EY1A 4N41A 3M1FA 1FXXA 3SYZA 4WE1A 4B1VA 4H0YB 4BACA 4JKEA 1XMOK 3L2QA 4FM0A 3ZT2A 3OYDA 4DKWA 4XH5A 2KZMA 1BI4A 4FL9A 2LSNA 1NU0A 4ID5A 1HQUA 4DV3K 1VQLN 1DEJA 5AR0A 3HK2A 4CI6A 2O8EB 4LF7K 3P38A 1BI4B 1BL3A 1NGJA 3MN6A 4CHOA 4CJLA 2Q1NA 5HLFA 1TKZA 4DR7K 1DTQA 5AQWA 1Q82O 3D6RA 1S1UA 3KKRA 1S3XA 3SMSA 1L3UA 3B8AX 5JMVA 2Y1IA 3IUCA 3C6HA 3NGZA 2WTUA 3E9LA 2P9NA 1M1KO 1KAXA 4A62A 3DM2A 4EAHD 1C0GA 4JYAK 3HVTA 3KLEA 5IWAK 4CZIA 3O4WA 2UUCK 3AVNA 3DXKA 1VQ5N 3J7AP 1KCFA 3E9OA 4CBWA 4WF9L 1NK6A 4E7KA 2DFHA 1QTMA 2DPNA 5JLHA 4WQ4A 3OYMA 1JLAA 2XHBA 1QZ5A 5AQQA 1WNSA 3NMUA 4FWMA 3H46O 5BRFA 2YJFA 3DMJA 4KFBA 3DLLL 3OYFA 1BWFO 4DS4A 3R8EA 2ITGA 4JHDA 1UWBA 1B92A 3RRHA 1GOBA 2A42A 4Z4IA 4ISEA 1U49A 5AQYA 3CCQN 1X9MA 2UXDK 2F9WA 1KVAA 3KD1E 1VHXA 3HZ6A 4I6MA 4FPAA 4JHDB 5JLFA 1W97L 1S22A 3CJ7A 3S41A 3V6DA 5KRSA 4I6MB 3J7YP 3PX4A 3OYBA 4JRPA 4FLZA 3CC7N 1QZ6A 1NLVA 1WSIA 3SQ4A 4H0XB 1J9AA 5AZJA 4CECA 3PLAA 2GELA 3LPTA 3WQUA 1RT3A 1HLUA 4NCGA 3SUNA 4O8UA 3MEDA 1VQ9N 5AZJB 1X3NA 4AHVA 2QWNA 1FKPA 3UE5A 4MO5A 1UOCA 2UYTA 1QE1A 3VETA 4AM6A 1IBKK 5KGXA 4CFDA 4ELTA 1YJNN 4DQQA 4YNQA 1OVYA 1HUXA 3O9UA 2P51A 4CJWA 2QXLA 3O3HA 3SV3A 3SPYA 4RW4A 1OH7A 4CIGA 3L4QA 3A0IX 1ITGA 5CE3A 2FF3B 4KH6A 5I3UA 5AQSA 4IDHA 3V1RA 3D2EA 4W5RA 4DU4A 4KBOA 3R3LA 3LWLA 1WAJA 2QWMA 1JLFA 1S1VA 4BR5A 5HBMA 3OJSA 3RR8A 4QS9A 2KKZA 2FF6A 2VWBA 4H5NA 2FC0A 1N5YA 3AY9A 3P4IA 3QEPA 5HRSA 2GTDA 3BZCA 3LDOA 3ZX3A 4Z0UA 1T6CA 4Y1CA 5AQHA 3K59A 3BP8A 4FCYA 4FK2A 2JLEA 2CGKA 2Z1IA 4LF9K 3VQPA 4X64K 3CMEN 3AVHA 3DXMA 4G9ZA 3IRXA 3WEEA 4NLBA 1IKXA 2E1ZA 4A5AA 5AQGA 1JL1A 4HUEA 2YI1A 4TSXA 1BQNA 2RKIA 4KTZA 4JKHA 3SV4A 3DXMB 3WEEB 1X9SA 1TK8A 1Q81O 1WAFA 3MXJA 2ASMA 3WNHA 5GAHP 4DSJA 1NGDA 2YJEA 4BRHA 2W6KA 4QOZB 2RE2A 2O8DA 4B8CA 3PO4A 3D45A 1GOAA 3JSMA 3DWLA 5H1SQ 1XHXA 2HOEA 4E0DA 1YJWN 3ZT4A 4CK3A 4DSFA 1LW2A 1P8ZA 3CCVN 3HBTA 4HHTA 3EE9A 2HHXA 2O8DB 5M1KA 3AVFA 1BCOA 3CCSN 3OYLA 3LDQA 3SQ0A 4KPYA 2EHGA 2BGGA 2RPIA 1KAYA 3ZCMA 3J80O 3CC4N 5E41A 1SL0A 1VRUA 3LDLA 5BRHA 1BOTO 2WC9A 3P83D 1NGEA 2YNIA 2FLOA 3BF3A 4CEEA 4M3UA 4DSIA 1I94K 1UAXA 4EFHA 3A8YA 4JI8K 2BTFA 1BCMA 5FPNA 1K8KA 2D0AA 3L2UA 1G15A 4GNIA 3DJCA 3CCRN 4B3MK 1JXBA 1S6PA 1U04A 4C1NK 3D7EO 1K8KB 2V7YA 3WNEA 1MWMA 4CZGA 3DRRA 4BVPA 1O1WA 3DYAA 3WXJA 4JI4K 3THWA 2O8CB 4BRQA 3QICA 5AQKA 1JKHA 4GMJB 3AVKA 2G8UA 2NRVA 4WQ4C 4B9QA 2P5OA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3C6A A;  5C15 A;  4IFE A;  5M1O A;  5M1Q A;  5C2D A;  5M1K A;  5M1P A;  5M1N A;  4IEI A;  5C2F A;  5C10 A;  5M1F A;  3CPE A;  3C6H A;  5C12 A;  4IDH A;  4IEE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MQ3 A;  2P9U A;  1S1W A;  1NK9 A;  4BY9 C;  4KHN A;  4BE2 A;  4KB1 A;  5EY4 A;  4RTF D;  3GDQ A;  2BH1 A;  1CZ9 A;  4X65 K;  4NYN A;  4E7H A;  3G6E N;  2ZF5 O;  2P9U B;  1BDG A;  3LPU A;  3VQD A;  1XI1 A;  3I56 N;  4JN4 A;  3AVM A;  3WNG A;  1BGX T;  2WBN A;  4DFP A;  3O4Q A;  3QIN A;  1HMV A;  1LWF A;  4M45 A;  5B8H A;  4O4G A;  3MWP A;  1KQS M;  3E1Y A;  3VF2 A;  1YIT N;  4CGH A;  3W0L A;  5C2F A;  1RBS A;  1MU2 A;  4B1Z A;  4FJK A;  4Z4H A;  1T7P A;  1VQ6 N;  1EO1 A;  1BU6 O;  2P1J A;  4RWT A;  3QBX A;  4GVE A;  3PSI A;  1RDB A;  5BN8 A;  4FSV A;  3AV9 A;  4IJA A;  4W5O A;  4JAX A;  4CJ5 A;  4CJV A;  3O9Q A;  3FZH A;  3ATU A;  2O8E A;  3AA2 A;  4EHT A;  4U67 L;  2NRT A;  3FE1 A;  4CJF A;  5BR9 A;  4H0T B;  1KFD A;  1KD1 O;  4KI6 A;  3VEZ A;  2J4R A;  1HPZ A;  5AQI A;  1NGI A;  2HHS A;  2ASP A;  4A61 A;  3BY5 A;  2I7P A;  3DI6 A;  5FLX O;  5C25 A;  1Q8I A;  1UA0 A;  2G8H A;  2A5X A;  5TKY A;  3TI0 A;  4DV1 K;  4ELU A;  4FXD A;  2F8S A;  5M1O A;  4FWQ A;  2YV0 X;  4DV2 K;  1YF5 L;  2VGM A; 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 3AA3 A;  4J2B A;  5C0Y A;  3C6T A;  3EEQ A;  4HCC A;  4CZL A;  4JD2 B;  4OO1 J;  1VSK A;  4LC9 B;  4FPB A;  3QEW A;  1RDW X;  4BC3 A;  3QEX A;  1QSS A;  5AQM A;  3L3U A;  4O55 A;  3WXM B;  1VK0 A;  4M41 A;  3TAR A;  1YIJ N;  4EZ9 A;  3C7N A;  5ADX H;  4B9U A;  3KHY A;  3LP3 A;  3OYK A;  2P9K A;  3HYF A;  1OH6 A;  1WSH A;  4J2D A;  3IDH A;  4J8F A;  4LFB K;  3B6P A;  3ZYY X;  2B6A A;  4A57 A;  4HVJ A;  3C7N B;  4M7Y A;  4C1N I;  3M8P A;  3TTF A;  2ZWH A;  3NGY A;  4C23 A;  3CM5 A;  3CG7 A;  1NGG A;  3SBG A;  2P9K B;  5BRE A;  1X1P A;  2Q0U A;  3MDQ A;  3DLK A;  3SUP A;  3C94 A;  3L6Q A;  3AVL A;  1TAQ A;  4DTS A;  1S5J A;  2FSN A;  2YHW A;  3DRS A;  4JI5 K;  4Z4G A;  4CEO A;  4QS8 A;  3V1O A;  5CYM A;  4W5Q A;  2X74 A;  1TVR A;  4CJE A;  4K41 A;  5DM7 L;  1P90 A;  3CET A;  5LMN K;  3WXK A;  4CGD A;  4LH5 A;  1S1T A;  3CYM A;  3MCP A;  4CHN A;  3ZT1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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