The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
62
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sequence length |
178
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structure length |
178
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Chain Sequence |
SGMATIEDIKETALIPFQKHRQLSMHEAEVITLEIIGLLCDSECKDEKTLKYLGRFLTPDMYQDLVDERNLNKRCGYPLCGKSPERIRDPFSMNDTTKKFLLENNPYAYLSHYCSKFHFRCSQFYQVQLSDEALFARTGVHLFEDPEQDKHDIDFKVTLFEELLREKASEEDIKSLIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RTR1
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| publication title |
Structure of Saccharomyces cerevisiae Rtr1 reveals an active site for an atypical phosphatase.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
62
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| structure length |
178
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| sequence length |
178
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.1.3.16: Protein-serine/threonine phosphatase. |
| pdb deposition date | 2015-06-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04181 | RPAP2_Rtr1 | Rtr1/RPAP2 family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FC8 A; 4M3O A; 5C2Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1V54 E; 3UQ3 A; 1ELK A; 2H6I A; 3S7D A; 5CED B; 3L13 A; 3L17 A; 2WXI A; 3KEZ A; 4UI9 C; 1EF1 C; 2HO1 A; 3ASF A; 3KSQ A; 5B1B E; 4D10 C; 3L6A A; 4Q94 A; 1N94 A; 2WMN A; 1TN7 A; 3UTM A; 4LNU D; 4I9C A; 1XGW A; 3Q9U C; 3D9M A; 4G26 A; 4U7E B; 1O1T A; 1PY1 A; 4ABN A; 3CHP A; 3ESK A; 2ETB A; 3CK9 A; 4JA7 A; 3SFY A; 2Y4U A; 4LCT A; 2QYU A; 1HO8 A; 2OV8 A; 4GA0 A; 3FUN A; 2IFU A; 4GB9 A; 4LNG A; 4W9R A; 1MX4 A; 2C0M A; 4WAF A; 3MKR A; 1E90 A; 4ILI A; 4LSZ E; 4NAC A; 3I5P A; 4IYP A; 4J8D A; 3RO2 A; 5BV0 A; 2E0I A; 5G2N A; 5ANL A; 2XGM A; 1SW6 A; 1EYH A; 1DVP A; 4L23 A; 2ZIS A; 1DC2 A; 5HKP A; 1OWO A; 4GMJ A; 3ZYQ A; 4GPM A; 3EHM A; 2OVF A; 3OXL A; 4GYW A; 3KEA A; 3C98 A; 4HVB A; 2GRN B; 1KZO A; 4FP7 A; 5AN8 A; 1Z3X A; 2P9I G; 4B8C B; 3QWP A; 3AS8 A; 4N39 A; 4GYO A; 4B8A A; 4JD2 G; 1UG3 A; 4YDY A; 2VJ8 A; 4DJA A; 3ZEF A; 2L6J A; 2F8Y A; 2FF4 A; 4N3B A; 4ANW A; 2WXF A; 1IHG A; 4KMO A; 3T8K A; 3U3W A; 2XHE A; 3OXG A; 3K9I A; 3JXJ A; 2LAI A; 5FT9 A; 3TGO A; 1TJC A; 4J8F A; 1UJK A; 1FCH A; 1TEZ A; 3TXM A; 4RSY A; 2EIN E; 1E8Y A; 2J09 A; 2DIW A; 2ETA A; 4EQF A; 3FUD A; 4EZK A; 2DYS E; 3TWV A; 1MZC A; 3IV0 A; 4A1S A; 3FU3 A; 2FEZ A; 3HG0 D; 4FHK A; 4APO A; 1W3B A; 2IEJ A; 3CR3 A; 3FEX A; 3Q73 A; 4HRN A; 5CMW A; 1NI1 A; 5C1D A; 4GTS A; 4B0Z A; 5HI7 A; 3X2Q E; 1P5Q A; 4I1O B; 4I43 A; 3LY9 A; 3NQP A; 4XX5 A; 3IHY A; 5EIL A; 4BEP A; 4GZ3 A; 5FZR A; 1SA5 A; 3ZUV B; 3HVE B; 2OOE A; 2XS8 A; 1Q2Z A; 3HXD A; 3TWR A; 5FIO A; 1BU9 A; 3HIZ A; 5BXO A; 4I1M A; 3VLD A; 1K8K G; 1HH8 A; 3IXE A; 4F3V A; 1MQS A; 1HU3 A; 2XPI A; 5ENR D; 4FUL A; 2GRL A; 2E2E A; 2JEK A; 2CFZ A; 3MGB A; 4GTV A; 3Q75 A; 3FTY A; 4V3I A; 1H6O A; 3JQ1 A; 4YDO A; 3OTN A; 1LD7 A; 4HS2 A; 4TXR A; 4FU3 A; 1KT0 A; 3QWW A; 3UUX A; 1EPU A; 1N11 A; 3AS4 A; 4PUC A; 2JAB A; 4P29 A; 3N71 A; 2VGY A; 4CRW A; 2J08 A; 4HOT A; 4HOU A; 4NRH B; 1WM5 A; 3JYS A; 2V8S E; 4G8L A; 1H2T C; 2WXO A; 2XZD G; 3RKV A; 3DXK G; 3UM3 A; 4ACK A; 3BUA A; 3LKU A; 4LEU A; 2DZO A; 3S7J A; 2YHE A; 3SHF A; 3FUH A; 5FIN A; 3UM0 A; 1S63 A; 2YQ8 A; 2VSX E; 3AJI A; 2OEV A; 4GTQ A; 1UN9 A; 2F37 A; 4KYO B; 1RW2 A; 3TG5 A; 4XE0 A; 4HB5 A; 3ZIM A; 5C2Y A; 4E85 A; 3PZ3 A; 5KBA A; 4AY5 A; 5ENP D; 2AXZ A; 3EIJ A; 3HXC A; 3R9A B; 4U96 D; 3C3R A; 1LD8 A; 4JEH A; 2BED A; 3S7B A; 3GZ1 A; 2R5S A; 3ZRH A; 4YVO A; 3QKY A; 4L1B A; 3ZU7 B; 1BD8 A; 4G1T A; 5LFA A; 3AU4 A; 4JZY A; 2I1J A; 1H19 A; 4U0Z A; 2PNN A; 4BTA A; 3KD7 A; 3T8M A; 4FJY A; 3FTX A; 3AG2 E; 4N5C A; 2ILR A; 3SGH A; 3ZVV A; 2QC9 A; 5FTP A; 1HS6 A; 2V5F A; 4G11 A; 3DSW A; 1N0R A; 4B93 B; 1KPS B; 2YNQ A; 2X3M A; 3MEK A; 4DI4 A; 4DX5 D; 4BWR A; 3QOU A; 3QNK A; 5JJT A; 2PQR A; 1BLX B; 5G05 J; 2WXR A; 3O4Z A; 3U66 A; 3G2W A; 2A5U A; 4KXK B; 4F1P A; 3ABM E; 3CHQ A; 2DWZ A; 1PAQ A; 2VGX B; 5KWD A; 3FFL A; 3CKB A; 1JCR A; 3HYM B; 3TWU A; 2IO2 C; 1N9A A; 2WQ6 A; 5ENS D; 1FPP A; 4GTR A; 3QDN A; 1O1R A; 4AP2 A; 4N2S A; 1Z5S C; 4MS6 A; 1IYG A; 2KCV A; 3UIO C; 5A7D B; 3ULE G; 1QQE A; 2Y4T A; 2GRQ B; 2C0L A; 3P1U A; 4GZ5 A; 2EQX A; 1Y6I A; 3DST A; 1Z3Y A; 5JJ6 A; 1TNZ A; 4MLP A; 4F6R D; 4BER A; 1QNF A; 4L2L A; 1OCC E; 3U4T A; 4B89 A; 3Q7F A; 2GGF A; 3PRE A; 4IN3 B; 2P9N G; 4UQY A; 1HX8 A; 4FJZ A; 2VGE A; 5B3S E; 4I9E A; 4GPK A; 3GZ2 A; 3UMV A; 2P9U G; 4PS3 A; 4O1P A; 4AEZ C; 2XZT G; 5ENQ D; 2OVB A; 3AG4 E; 3QB2 A; 3FUK A; 2P9K G; 2XCB A; 2WXG A; 1TN6 A; 1TR4 A; 3TWQ A; 3ULQ A; 3QK0 A; 4Q96 A; 4PDX A; 2R02 A; 1WY6 A; 3FUE A; 3LS8 A; 3FUL A; 4EZL A; 3PEV B; 1QZ2 A; 2LNI A; 4JB8 P; 2MHK A; 3L9T A; 2P9P G; 3O48 A; 3D9I A; 3HXE A; 3B7U X; 5HS0 A; 4HRM B; 2DCP A; 1FVF A; 4FA6 A; 2L0T B; 3ULY A; 4FAD A; 3QAR A; 3V2X A; 4DI3 A; 4HQD A; 5LP0 A; 4KZ0 A; 5CHE E; 3EHN A; 3ZHE A; 4Q69 A; 3S7F A; 1HXI A; 4UWG A; 2ZIR A; 2AXU A; 4ATZ D; 3NZS A; 4AY6 A; 4ILG A; 2MRI A; 2ION A; 4XEI G; 4LNB A; 1OXJ A; 2EIK E; 4HI8 A; 3CHR A; 4UWK A; 3L54 A; 4ANV A; 3EJN A; 2RFA A; 1A5E A; 3EU9 A; 1HG2 A; 3TWX A; 4I1A A; 5G04 J; 2WB2 A; 4JA9 A; 4CDR A; 3FTV A; 3B7T A; 3LVR E; 1YA0 A; 4BSZ B; 3DXM G; 3ZYM A; 4XKB A; 4GCN A; 5ENN A; 4JHJ A; 5LCW J; 4YDW A; 3NF1 A; 2WM9 A; 5ARG A; 3BU8 A; 2VQ2 A; 3T9K A; 1N4P A; 1OWM A; 3B7B A; 2V5Q C; 4CYM D; 3PVL A; 4O6F A; 5EYP F; 1HF8 A; 5EX3 A; 3EU5 A; 2KC7 A; 2XS1 A; 3U9W A; 5DBK A; 3R9M A; 3Q4A B; 4ANU A; 2R03 A; 4UQX A; 2J49 A; 2XPZ A; 2XRZ A; 5AQ9 A; 1EDU A; 4I17 A; 4EZJ A; 1N0Q A; 3L82 A; 3E33 A; 3VTX A; 4TUU A; 2GRM A; 2L6B A; 4WUY A; 4GTT A; 1H6K A; 2P9S G; 3J5Q B; 1A17 A; 2QFC A; 1AWC B; 3R7Q A; 2X6F A; 2PM6 A; 4R7L A; 4GTO A; 4U8Y D; 2NXP A; 4DPR A; 3MKQ A; 4CZ2 D; 2IU1 A; 1IQR A; 3UT8 A; 1N4R A; 2LXM A; 2VSN A; 5CEA A; 3IBE A; 2NC9 A; 3UI2 A; 4J8S A; 1LTX A; 3SQV A; 3TWT A; 2X6I A; 5J08 A; 3V2O A; 1XNF A; 3ML9 A; 3SNX A; 3C5R A; 3C72 A; 3PZ2 A; 3FTZ A; 4DLO A; 1OWN A; 3ZNG A; 4CEM A; 4ANX A; 5G55 A; 5FQ7 A; 4GCO A; 3FU6 A; 3DPY A; 4WWP A; 3WXX A; 5D66 A; 2L9B A; 5LOZ A; 4HNA D; 5CMY A; 5KNG A; 4BET A; 3ABL E; 2ETC A; 2VYI A; 2AVP A; 2XEV A; 5BW8 C; 2F0Y A; 3OXF A; 4CCA A; 4K5A B; 3ESL A; 5BT1 A; 3CVV A; 3D9O A; 2KXP C; 2NSZ A; 3BG0 B; 2WXH A; 5T3R A; 3ASO E; 3D9H A; 5AJL A; 1JWF A; 4MBG A; 1N54 A; 2CHZ A; 3CGH A; 4IRU A; 3TG4 A; 5AYW D; 3UM2 A; 2WXN A; 3TWS A; 1NZN A; 3PE3 A; 4U8H A; 4J7W A; 4OVV A; 5JJ7 A; 4H7X A; 1O1S A; 4BY6 A; 5AIJ A; 1MJ0 A; 3T5X A; 1E7U A; 1HG5 A; 2F8X K; 5ENO D; 3V31 A; 3HDX A; 4UWH A; 2X38 A; 3FU0 A; 5AQA A; 2V4L A; 4BES A; 4ILH B; 4C0E A; 1E96 B; 2LAH A; 3EIQ C; 2I2O A; 3DSU A; 3F6Q A; 3D9N A; 4NUR A; 2XRY A; 2BTD A; 2HM8 A; 3AAA C; 3CK8 A; 1NP7 A; 3IKO B; 4AM9 A; 2Q7F A; 4I2Z A; 2J8S D; 2BKG A; 2WMO A; 2BF0 X; 2J9Q A; 5FJY A; 2UY1 A; 1WAO 1; 3PUK A; 5AAO A; 3RU0 A; 3SFX A; 3LYA A; 2GRO B; 4M3O A; 4YND A; 4EBA A; 3KAE A; 1IXV A; 3D9P A; 4KVO A; 4LER A; 2YIN A; 3R7R A; 5IY5 E; 2KBX A; 5J90 A; 2EIL E; 3W9G A; 4HRL A; 4GZ6 A; 4DX6 D; 1B89 A; 1IHB A; 3DEO A; 3CVU A; 4CDM A; 4XZ4 A; 5JHB A; 3DEP A; 4URK A; 3FH7 A; 4AOF A; 3VTY A; 4G8K A; 2L0I A; 4GTP A; 3APD A; 4EHM A; 3TWW A; 4GZC A; 3NOG D; 4CGW A; 3JXI A; 4JEU A; 4DUI A; 4WWN A; 5CBN A; 3U64 A; 2V0P A; 4I6J A; 4I2W A; 1RZ4 A; 3FHE A; 1MX6 A; 2CHX A; 4A3V A; 3VLE A; 2KAT A; 2YHC A; 4FLH A; 3D9L A; 4WWO A; 2KCK A; 4BT9 A; 1N4Q A; 4HI9 A; 3FWV A; 1SZA A; 3DBS A; 2GW1 A; 3FUJ A; 4NIK A; 4MKT A; 1HZ4 A; 2NYJ A; 3ONK A; 4XKC A; 3LJ3 A; 3ASD A; 3RO3 A; 2ZGG A; 5BUZ A; 2I6H A; 3PRZ A; 4XI9 A; 5ITZ F; 4L9P A; 3HRA A; 5H7P A; 3Q5M A; 1SZ9 A; 2XPY A; 5AJD A; 4CGV A; 2P9L G; 5FQ8 A; 3UM1 A; 5CRV A; 1BI7 B; 2DBA A; 2RFM A; 4UUC A; 1TYQ G; 1HFA A; 3SFZ A; 4A3T A; 1H6P A; 4LRZ A; 2VTB A; 5JMN D; 2XEH A; 3TL5 A; 1KLX A; 2LSU A; 4KT6 B; 2J07 A; 4OAU C; 4Y6C A; 3PEU B; 2IOS A; 1PC2 A; 3CKC A; 2Y3A A; 5HQ8 A; 4Z68 A; 4G24 A; 4M7C A; 5LX8 A; 1UW4 B; 2ZXW E; 3UXG A; 4JVS A; 4JPS A; 2WXK A; 1BI8 B; 4WNF A; 2A4Z A; 3AG1 E; 4TV3 A; 4C0M A; 4EPZ A; 4WND A; 1NFI E; 1ZU2 A; 3SBT B; 4EEC A; 3TJP A; 3DWL G; 5KJK A; 3MV3 B; 3ZN3 A; 3FH5 A; 3CHM A; 1WDY A; 3GZS A; 2DZN A; 2KZT A; 4J8Y A; 1X81 A; 2CG3 A; 3NZU A; 5CCL A; 4J0U A; 3ZKJ A; 3EDT B; 1TNB A; 4GZD A; 2WXL A; 3SBS A; 3ASG A; 2XEE A; 2AW6 A; 3RJV A; 1VDY A; 4HLE A; 1HE8 A; 1INZ A; 4HOR A; 2H6G A; 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