5C4LA

Conformational alternate of sisomicin in complex with aph(2")-iva
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
297
structure length
297
Chain Sequence
MRTYTFDQVEKAIEQLYPDFTINTIQISGKGNDCIAYEINRDFIFKFPKHSRGSTNLFNEVNILKRIHNKLPLPIPEVVFTGMPSETYQMSFAGFTKIKGVPLTPLLLNNLPKQSQNQAAKDLARFLSELHSINISGFKSNLVLDFREKINEDNKKIKKLLSRELKGPQMKKVDDFYRDILENEIYFKYYPCLIHNDFSSDHILFDTEKNTICGIIDFGDAAISDPDNDFISLMEDDEEYGMEFVSKILNHYKHKDIPTVLEKYRMKEKYWSFEKIIYGKEYGYMDWYEEGLNEIRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords APH(2'')-Id
publication title Aminoglycoside binding and catalysis specificity of aminoglycoside 2-phosphotransferase IVa: A thermodynamic, structural and kinetic study.
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 98
structure length 297
sequence length 297
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5c4lA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 5c4lA02
3GP0A 4ZSAA 5JSMA 2ZM4A 1WMKA 3NEWA 3TZ9A 2J50A 4CXAA 4F1MA 3BLQA 4F65A 2I7QA 3HX4A 4FKUA 1Y91A 4X3FC 4K77A 4MXAA 4DBXA 4K8AA 3QQKA 5AP5A 3UBDA 2A2AA 4NSTA 4RIXA 5DT4A 2E9UA 4NIFB 3FI3A 2JFLA 3W2RA 3S95A 4RWKA 4DLJA 4CMUA 2YN8A 4QMYA 1OL2A 4E6DA 3O96A 1H4LA 3RMFA 3OY3A 1H07A 4YO6A 5HORA 3S00A 4USFA 4MD7E 4DBNA 4EH9A 4L68A 4ZS4A 2GHMA 4BYIA 5AUTA 4A07A 4BBEA 3DLSA 3OG7A 5KMJA 3D7ZA 2VO3A 4YJNA 3W33A 3TN8A 4F9WA 3FMMA 3P7AA 3UIXA 5CU0A 3TXOA 1P2AA 4FTCA 5T3QA 5FXRA 4JAJA 2XNGA 4NM3A 2PUPA 4FTNA 3EQIA 4XG4A 5BVKA 3UMXA 3ZBXA 4B7TA 1IEPA 3QD0A 4UYAA 2BCJA 4RWIA 3C51A 4LGHA 3HKOA 4JG7A 5D7AA 2YCQA 5EHLA 4XV2A 2XK3A 3MIAA 3HP5A 4OW8A 3FI2A 5HCZA 2ITPA 2R3GA 3RZBA 4OTDA 1CKPA 3TNHA 1Q24A 4L46A 2DUVA 2IJMA 4DGOA 5I9VA 3ATSA 1NW1A 4UZDA 4FSUA 1RJBA 5CAVA 3RVGA 2V0DA 3S4QA 2WNTA 3ELJA 2PUUA 3QUDA 5DNRA 4J99A 1XH9A 4S2ZA 3QZHA 4WNMA 4GU9A 4EOSA 4FSTA 2EB3A 2PE0A 5CU3A 5BVDA 2R3FA 3H9FA 5M07A 4X7QA 2QKRA 4O38A 1LPUA 4G31A 4M0ZA 4G5PA 5CSHA 4ZAUA 4CCBA 3AC4A 3C4CA 3G51A 4RWJA 3KRJA 4MNEA 1RW8A 2JGZA 5FRIA 4EH2A 2OU7A 3V3VA 4DFZE 3JUHA 5HG7A 4TNBA 4FI1A 3W0RA 5M4CA 4BDAA 1UVRA 3FQSA 3KK8A 2PVNA 4EWQA 5F1ZA 5LQFA 3UOLA 2XIRA 3GI3A 4NKSA 5DRDA 2VUWA 3C5IA 5F4NA 5BYLA 3Q9YA 3V5PA 1K3AA 2G1TA 4PNIA 3OXZA 2YWVA 5D12A 4IAYA 1OIQA 3HZTA 3MS9A 4F0GA 3VS4A 5DR6A 3OXIA 4LG4A 3CP9A 5L2WA 2RFNA 3BWFA 5KX8A 5HZNA 3IW5A 4AU8A 3VS1A 1GZ8A 2OZOA 4LOQA 5BYZA 4MTAA 5EQYA 3F2RA 1JKKA 4L7SA 3DBCA 3IONA 3POOA 2QOBA 1A9UA 2ZV9A 2YJSA 3KXHA 3Q60A 4ITHA 3M11A 3Q5IA 2J0KA 2OF2A 2X2KA 5EOLA 3HECA 2FSTX 4N6ZA 2X8IA 2W1GA 1M2PA 4E6AA 3OF0A 3KULA 3KVWA 4YZDA 1FGIA 3BKBA 2ERZE 3PY0A 3QTWA 2R7BA 5J1WA 3ZH8A 1XKKA 4RC2A 4HGSA 3ZZWA 1OL6A 5KZ0A 4ZZMA 4D4VA 4RVTA 3I5NA 4H3BA 5DBXA 2OBJA 1PF8A 4QTDA 3JY9A 2PVFA 4U41A 4Y5HA 4R1YA 3VF9A 4EWHA 2HZ0A 1YHVA 3ATTA 4FGRA 2PE2A 1PKGA 3TNIA 3OBGA 4CTCA 4EHZA 4ERWA 1XHAA 5BMSA 2WXVA 3FC1X 1HOWA 1UWJA 4USDA 4EJ7A 5BX0A 4C2VA 5E9EA 2VX0A 4FMQA 3HUCA 4YJSA 1K2PA 3R7OA 4YC6A 2GHGA 1YXUA 1F3MC 2OSCA 4FL3A 3CSVA 1P4OA 4I94A 2PE1A 3NYXA 4FTRA 2IZSA 1IA9A 3I0QA 2WMAA 2OIDA 3LCOA 2GNHA 3U87A 3RALA 1J7IA 5ICPA 4O7ZA 2WIPA 1XH7A 2YIWA 4QPAA 4XP2A 4FKIA 5HQ0A 4H05A 1SMHA 3PVBA 4XV9A 3L9NA 4YJTA 1NA7A 3AXWA 4FKRA 4NU1A 4ZSGA 3OBJA 4EZ3A 5EFQA 4X0MA 1ZOHA 2WFYA 1KV2A 2I1MA 3TIZA 3QA8A 4YBKA 5BVOA 2X8DA 3LJ1A 4E5AX 4IAIA 4ZZNA 3ORNA 3DDPA 5G1XA 4AA4A 2PMNX 2XS0A 5HVJA 1ZYSA 5IZFA 2NRUA 4PDYA 2HY81 3E62A 4FTQA 2BIYA 5C8KA 3OCSA 4IAFA 2XA4A 3HEGA 4ITIA 3R9RA 2QG5A 3UODA 3R71A 3BV3A 1Z9XA 5KMLA 4MQ1A 3QD3A 4I93A 2ITTA 4GVAA 3BU3A 5JGDA 4O22A 1Y8YA 5C8MA 4RPVA 1WVWA 1OUKA 3R9DA 3HVCA 3OMVA 4X3JA 5HO7A 3EYGA 3CJFA 4RIXB 2XUUA 4G3EA 5CALA 1AQ1A 1ZMVA 2XZSA 4QP9A 3TTIA 5DPVA 2B0QA 3M42A 4MD9E 4NCTA 3IG7A 3OC1A 3QXPA 5LWMA 3D94A 5KCVA 5FG8A 2A0CX 4G16A 3VN9A 4AOIA 3EQGA 5HG5A 2OZAA 4FEVA 3RTPA 4O7SA 2B9JA 5E90A 3HAMA 1EH4A 3UOJA 4NL0A 4Y95A 4AZFA 1QMZA 3NLBA 2UW8A 2BKKA 1NY3A 3C4XA 3UYSA 4RJ7A 1CKIA 4BBFA 2GS6A 3LFBA 3SDJA 4IWDA 2X8EA 3K5UA 4MBIA 5L2TA 1TQIA 5IQAA 3WYYA 2DYLA 1IAJA 1R78A 5A14A 2RFSA 3WYXA 2BKZA 3ZMMA 5JEBA 4BHZA 1XH8A 3TNQB 3G6GA 2UZVA 1PJKA 4MX9A 2EVAA 4NFMA 2JC6A 2C1BA 3DKOA 4KIOA 3BGPA 4GG7A 4AAAA 3TDWA 4Z16A 2BPMA 4BRXA 1YDRE 3MFSA 3QTSA 4RVMA 4AZTA 4CFWA 1BMKA 2XEZA 3RP9A 4AS0A 3UQFA 4KIPA 1BI7A 2XJ0A 5K5XA 3V8WA 3F66A 2G2HA 2GTNA 2XBAA 4O0SA 4IDTA 4FNYA 1OIUA 4TPTA 4C59A 5CF6A 3OUKA 5D1JA 2R3PA 3I5ZA 1APME 5H3QA 2C5NA 2E2BA 2YDIA 5EM8A 5E1SA 4IZ5A 3PP0A 5CYIA 4GCJA 3A99A 4DG0E 2J5FA 5M4UA 3DBQA 4MNEB 5H9BA 4HZSA 4UWCA 2QU6A 1ZOGA 2XJ2A 4F7NA 5C4KA 3OT8A 4GIHA 2FSOX 5EI6A 5B0XA 1MUOA 1OM1A 3V5QA 1XH4A 4Z3VA 4RRVA 2VTTA 4XG3A 3R8UA 4IB1A 4O84A 4MWIA 4RA4A 3R04A 4X21A 4IB5A 4IVBA 4O7LA 4KAOA 5JQ5A 5AP2A 5B2KA 4QYYA 5C03A 4ZZOA 3N9XA 4FV5A 3A8XA 5A3XA 2R2PA 5BQ0A 3VUMA 4DEBA 4EUTA 3G90X 4MHAA 5D41A 4BCOA 2IVSA 4R77A 3BRBA 3UVRA 4MEDA 2WTDA 4F7LA 1WBPA 3VIDA 3BGQA 2RFEA 5A46A 3NMUF 1XBBA 5FP5A 2UW4A 2GNJA 2OXXA 3BHYA 3LFFA 3OWKA 4UEUA 5KMIA 3LAUA 1PW2A 4J71A 3QHRA 4F09A 4A4XA 4RX8A 3OCBA 3R1SA 3KULB 3PWYA 4HCTA 4QP6A 3TT0A 3UG1A 3SW7A 4JJRA 1YQJA 4FTTA 3DJ5A 3O8PA 2BRBA 3KY2A 4OTFA 2PULA 2E9VA 4ANQA 5HCXA 4BCFA 2VU3A 1M7NA 3SGCA 4AT5A 3RCDA 4EHGA 5JFWA 2BRGA 3TIYA 4FTIA 4MVFA 2R64A 3COKA 4R3RA 1XBCA 2VWVA 4R5SA 4RJ8A 3DKGA 2WOUA 4S34A 3PXFA 4TRLA 5J5SA 1XQZA 3FI4A 5L3AA 4YZCA 4GKIA 2WOTA 5H8EA 3ZRLA 5FEDA 4G3GA 4F1TA 4ZY4A 3BV2A 2P55A 3UIMA 3IDPA 2CLXA 4FUYA 4Z55A 5CEPA 3RPSA 1E1VA 1YXTA 4FX3A 3NNWA 4L9IA 1SNUA 4I20A 3LXPA 4V05A 5ANOA 5J8IA 3PJ2A 4K1BA 2Q0NA 5GJGA 4E26A 3W18A 4BI1A 2R3KA 4ZY6A 3LQ3A 3DGKA 3ZTXA 3GB2A 4LMNA 4HNFA 4R78A 4HPUE 4XBRA 2QLQA 4QMZA 4X2KA 4BDFA 4XBUA 2PL0A 4HVDA 2OH4A 3G2FA 3Q96A 4FC0A 1UNHA 5AP4A 5FLFA 2WQBA 4A9RA 5A9UA 3DV3A 3WIGA 5CU4A 3HMNA 3I81A 4PTGA 3Q9WA 2YFXA 1G8SA 3NIZA 4XG8A 4F0FA 2IW6A 4E6QA 5EHOA 1BL6A 4C0TA 2QOFA 3ZC6A 4BI2A 4D5HA 2QOCA 3SX9A 3ZEPA 5KMKA 1RQQA 3G0EA 4TYGA 3L8XA 5IA2A 2B4SB 2P2HA 4UWYA 5AM6A 4DEIA 4MAOA 4E20A 3LCTA 3W0MA 3UO5A 2C6KA 3VW8A 3WZEA 5KHWA 3CJGA 4FVPA 2YDJA 3F88A 1W98A 4BDBA 4C62A 4EH8A 2SRCA 3A8WA 4O27B 3A4PA 4YHJA 4GFOA 4IDVA 5EM6A 2ESMA 5ETFA 4NTSA 4UX9A 2V55A 4FSRA 4Y83A 3TI1A 3JPVA 3COMA 4C2WA 2HCKA 3BIZA 3OTUA 3EN5A 5EDPA 4PUZA 4YC3A 2BTSA 2OZAB 1XO2B 2Z7QA 5EHYA 2A19B 3KEXA 3PPJA 5AX3A 3KC3A 4GV1A 3V5LA 2O0UA 3NCZA 3PSBA 5C1QB 3SOAA 3V04A 1W0XC 2YAKA 3CLYA 4FTLA 2ONLA 3FLZA 3Q52A 2P0CA 3BZ3A 5EQEA 2VTLA 3QZFA 4G3DA 3C7QA 4FKGA 3F6XA 3EKKA 3R8ZA 2F57A 4XOYA 3V01A 2CDZA 5HBJA 2RG5A 4QMUA 5K4IA 4BDJA 4IEBA 2J7TA 4C4GA 1BL7A 3C4ZA 3AT2A 3PIYA 3RWPA 1WZYA 4XG2A 1PXIA 3I4BA 3GC0A 4CVAA 2UZNA 1V1KA 2UZLA 5M4IA 3EFWA 3IW4A 4C36A 4CSVA 2Y8OA 2JKKA 2ETRA 3KRRA 3TCPA 3V5WA 4DH5A 3DS6A 3PRIA 3K5VA 4S31A 3RM7A 2WO6A 4JIAA 4X3FA 4E8AA 1FVTA 3CPBA 3GCSA 1FVVA 2P33A 1NXKA 3DBEA 3VNTA 4FODA 2G01A 2VAGA 3U8WA 4ZJVA 4N70A 4UZHA 3B2TA 5HLPA 2CN8A 2J0MB 3QX4A 2J0IA 4O0WA 4UALA 4A9TA 1UNGA 3DU8A 4L8MA 5IMEA 2C69A 4GG5A 4BB4A 4HGLA 3WE8A 4EYMA 3W0PA 3D7TA 1MP8A 4EJNA 2XIYA 4TXCA 5CI7A 4P90A 2VGOA 3ROYA 5A6NA 3TV6A 4FNWA 1Y6BA 2IN6A 2F2CB 3R9NA 5KNJA 3CC6A 3DXQA 3D15A 4N4SA 3DFAA 4ZOGA 3W16A 4IX5A 2UW0A 5LCJA 2CNQA 3BELA 4A06A 3R2BA 4I3ZA 4OBQA 4UXQA 4GFMA 4EOMA 5IPJA 5CVGA 3G6HA 3H30A 4BCIA 4YNEA 1PMEA 2ZMCA 4OT5A 4TWCA 3WF6A 4AN2A 2I0VA 3BHVA 4ZLOA 4JNWA 2FH9A 3GCQA 3P7BA 1JPAA 4RQKA 5A6OA 3NVMB 5I9YA 3HMIA 3WZDA 4I0TA 5EDRA 4DFNA 2VTPA 3CTJA 3QTIA 3QQGA 4P2KA 5KBQA 4PV0A 4LQMA 3LFQA 2HWOA 2KULA 4ZY5A 5IEXA 3NUPA 4BR3A 2CHLA 2UZTA 3ANQA 4F9CA 3MVMA 4WKQA 3TYKA 3EN4A 3QALE 3EZRA 4W4VA 4PL3A 3VHEA 2B53A 4ENXA 5I9XA 4FV6A 4FG9A 4HJOA 3F7ZA 3MSSA 4QYGA 4O0UA 4TNDA 3FXXA 3PVGA 5CEIA 2IPXA 3ALOA 4RX9A 5LXMA 4U0IA 5IQBA 3Q4UA 5HG9A 3RAKA 2Y0AA 3AD6A 4M8TA 2IW9A 3V8TA 2OG8A 2W1HA 4ORKA 5H2UA 4O0YA 3IK3A 4EBVA 1GOLA 4DA5A 3D5UA 1Q8UA 4O7RA 2NRYA 3MVHA 4TN6A 4AWIA 4FIIA 5IISA 3VBVA 3LCKA 4FIEA 2XNMA 2YM8A 4FT0A 4IZAA 2P3GX 2Z7SA 4E73A 3NWWA 2XB7A 4XLIA 4E6CA 4KWPA 3Q53A 4OGRA 4DHFA 4L00A 4AE6A 3QC4A 3EFKA 4EBWA 4QMQA 3QU0A 3EQHA 1T46A 2PVMA 2V22A 3KL8A 3FMLA 3NDMA 2PZPA 3Q04A 5E8VA 2GDOA 3FC2A 4GW8A 3FQEA 1STCE 4QMNA 5EW9A 4KNBA 4EKLA 3R7EA 5AUZA 4C3FA 3OUNB 2BRHA 5KBRA 2XRWA 2NO3A 4KABA 2PMIA 4WA9A 5D7VA 1J1CA 1H1WA 1QPDA 4GFGA 2WTKC 4BICA 5ETAA 4MNFA 4NH1A 3VUDA 4FTAA 4FYNA 2JDRA 4Q9SA 5CXHA 3VUGA 4P5ZA 2R5TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GCP A;  1JKT A;  3MPT A;  4DG3 E;  1GZN A;  1H08 A;  2XK4 A;  4XNE A;  3R8P A;  3VWA A;  2QR8 A;  2W0J A;  4EON A;  3ROC A;  4V01 A;  4TYH B;  2CKE A;  5L6W L;  3I0O A;  4QPS A;  4O2Z A;  4IWO A;  2R0U A;  1IRK A;  4XG7 A;  4YGA A;  2QOI A;  3VHK A;  3VON A;  4I41 A;  5IUI A;  4XV1 A;  3QWK A;  4BJJ A;  3Q9X A;  2PPQ A;  2Y6O A;  5G6V A;  4KB8 A;  4N0S A;  5CAN A;  2BTR A;  4XJ0 A;  4BI0 A;  4F9Y A;  3ZOS A;  2ZAZ A;  4A7C A;  3KK9 A;  4M7I A;  4WG3 A;  4ACD A;  1YRP A;  1QPE A;  2FSL X;  3R01 A;  4GMY A;  5BUE A;  2ACX A;  4FL1 A;  1ZZL A;  4F1O A;  5KKR B;  4FTO A;  5JN2 A;  2Y4I B;  4DGN A;  3CPC A;  3R2Y A;  4JVG A;  4DEH A;  3LMH A;  4I23 A;  4ANS A;  2QO7 A;  5K3Y A;  5JZN A;  4FA2 A;  2OJJ A;  3UPZ A;  2OJI A;  4G9R A;  4FKT A;  4YO4 A;  1U5Q A;  2X6D A;  3FLS A;  4GT3 A;  2J2I B;  4EZ7 A;  5K4J A;  1YI6 A;  5HO8 A;  5HE1 A;  3ERK A;  1U46 A;  2CGU A;  3FQH A;  2B54 A;  4ZTS A;  3TJD A;  3A7F A;  3NR9 A;  3K2L A;  4ZTN A;  3UVQ A;  1UWH A;  1Q97 A;  5ANE A;  3DBF A;  3AKL A;  4QEB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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