5CPTA

Disproportionating enzyme 1 from arabidopsis - beta cyclodextrin soak
Total Genus 182
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
517
structure length
514
Chain Sequence
SVGEDFPSEYEQWLPVPDPESRRRAGVLLHPTSFRGPHGIGDLGEEAFRFIDWLHSTGCSVWQVLPLVPPDEGGSPYAGQDANCGNTLLISLDELVKDGLLIKDELPQPIDADSVNYQTANKLKSPLITKAAKRLIDGNGELKSKLLDFRNDPSISCWLEDAAYFAAIDNTLNAYSWFEWPEPLKNRHLSALEAIYESQKEFIDLFIAKQFLFQRQWQKVREYARRQGVDIMGDMPIYVGYHSADVWANKKHFLLNKKGFPLLVSGVPPSETGQLWGSPLYDWKAMESDQYSWWVNRIRRAQDLYDECRIDHFRGFAGFWAVPSEAKVAMVGRWKVGPGKSLFDAISKGVGKIKIIAEDLGVITKDVVELRKSIGAPGMAVLQFAFGGGADNPHLPHNHEVNQVVYSGTHDNDTIRGWWDTLDQEEKSKAMKYLSIAGEDDISWSVIQAAFSSTAQTAIIPMQDILGLGSSARMNTPATEVGNWGWRIPSSTSFDNLETESDRLRDLLSLYGRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic
publication title Structural Dissection of the Maltodextrin Disproportionation Cycle of the Arabidopsis Plastidial Disproportionating Enzyme 1 (DPE1).
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 182
structure length 514
sequence length 517
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2015-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5cptA01
3POHA 1H4PA 3NDYA 1G9HA 2DSUA 3KL3A 3CGTA 4PYSA 4H8UA 3TTQA 3GM8A 3QHMA 2O92A 3OLGA 3CUGA 3FY1A 5CXPA 4UOQA 3CIVA 3BAYA 1QNQA 2DQXA 4TTGA 4U2ZA 1BF2A 4RL3A 3PN8A 3AHVA 2XPKA 2ZX5A 1B3ZA 1VFOA 5JUVA 4JFUA 2DT3A 3VGFA 3K4DA 1EDTA 1XH1A 4P8XA 3MV01 4KRTA 3AIRA 2WMKA 5C8BB 1MXGA 3WQ5A 5CPQA 1PIGA 1BTCA 1NQ6A 2CITA 4CVWA 5E0CA 4MNKA 2XVKA 4M56A 4A3YA 5D8ZA 1B1YA 3SUWA 3WY1A 1UD6A 3WFZA 3SCTA 1G5AA 5I23A 4JIEA 3AROA 3GZAA 2BY0A 4MNJA 1BAGA 1Q6EA 1G01A 1DHKA 1CXKA 4B15A 1DWIM 3WMBA 1VFMA 2ZXDA 4W5UA 2VMFA 1VEPA 3UEQA 5BXTA 2EPKX 1TMQA 4W7UA 2GJRA 1JZ4A 4XB3A 3SUVA 3WUFA 2FH6A 3ALFA 2J7GA 5BRPA 3WH9A 4BCEA 1CZ1A 2J74A 2VCBA 4AIUA 3SCOA 3BLKA 5DF0A 2EPOA 1VFUA 2QMKA 2EBNA 1J0IA 1NOFA 2XGBA 4J3WA 3PTMA 4D6CA 3AFBA 3AJ7A 1VIWA 2EPLX 5I6SA 1B3XA 3N18A 1UG6A 1QHPA 3BAKA 1EGZA 1I1XA 1XRVA 3VGEA 2J7DA 2VUYA 3UR8A 4PUEA 2YLLA 2NT0A 5M5DA 1WDPA 1NP2A 1WCGA 1KBKA 3PZNA 1EOMA 3EMCA 2VJXA 5BRQA 2XG9A 1I1WA 3NYDA 4C7GA 2YJQA 1JAKA 1JI1A 1R7OA 3DYPA 4QAWA 5HPOA 5IHRA 3S6TA 3T2OA 3OGVA 1W3KA 3NIYA 1DP0A 3RPMA 2WW5A 4P7QA 2DH2A 4FF5A 3SCVA 2J7HA 2ZUSA 5GNXA 5LA1A 4W8LA 3BLPX 2ZUMA 1JIBA 2GJXA 3N12A 1FP8A 2WM0A 1EQPA 3W38A 1JZ7A 1UR2A 1CXFA 3AMLA 3ZJ6A 3W53A 4AZBA 1CXIA 5AYBA 2XVLA 3G6MA 2WWCA 1KXVA 4DUXA 2TAAA 4PCSA 3LPOA 1HJUA 2FDMA 4PUDA 3WH8A 1UYQA 1V0KA 3UG3A 4L4OA 4MNMA 3AIBA 3A3HA 4PMOA 1BLIA 2V3EA 1XC6A 4W87A 1E15A 1LG2A 3S2CA 3U57A 1BVZA 2VC9A 4OUEA 3AOFA 2DT2A 4W8AA 3AIWA 2DSZA 2A3AA 3WNNA 1X6NA 3OA5A 4EK7A 2JEQA 3WD0A 3WH6A 4IM4A 1DWHM 4E8DA 1UH4A 4MDPA 3WD2A 3ZT6A 4LPCA 1HF6A 4JL2A 4FMVA 2X05A 3GTNA 1JDCA 5JBEA 4JFWA 4D6EA 1KQYA 4M80A 3VIMA 4RE2A 2Y8KA 4M29A 1LL6A 1XGZA 3T0BA 4AW7A 2WCGA 2VR4A 3OGRA 3MUY1 3SCUA 1V6WA 4TOQA 2E40A 1EDQA 3CBWA 2CXGA 1EHAA 4Z2LA 1QPKA 1EXPA 2PWEA 3VNYA 1HKJA 2WC4A 1RP8A 2XIIA 2JF7A 4Z2HA 1HIZA 3VDAA 4JKKA 4HZ6A 4ZE4A 3AXXA 2GUYA 2A3EA 3OZPA 1D2KA 5IFPA 4GXPA 3OLIA 4LYQA 1ISZA 3WF3A 2VURA 2XTKA 3OBAA 1DWJM 1FHLA 3QGVA 2V3GA 2IXUA 5D9PA 5ABFB 1BYBA 3ZSTA 1C90A 1LWJA 5BYWA 3WNMA 1QNOA 1WZKA 4MPKA 1UHVA 3W26A 4M8UA 2IUZA 3I3BA 1K6AA 4C7DA 4CN6A 1J0YA 4CKQA 3DYOA 3AHXA 3VOCA 1C93A 5DT7A 1K9FA 1Q6GA 3CUHA 4PMDA 4DWSC 3ARVA 3BMVA 5BXSA 1CXEA 3VM5A 4CU7A 2QV4A 1W9VA 4H2CA 3WDPP 1H0GA 1JL8A 5CQ1A 3VDHA 4NF7A 2BXZA 2X0YA 2DEPA 1GONA 2WSPA 1KXHA 4MNLA 5I5RA 5D9NA 4H7VA 1V6XA 2BHYA 1SMDA 3GXMA 1KFWA 1E1EA 4AC1X 3AMDA 2XGIA 1BQCA 4CCCA 3EYPA 1JZ6A 1WE5A 3TTYA 1QI3A 4ZENA 1JFHA 4B3LA 4J28A 5D9OA 2X2YA 2V3FA 5FOOA 3TOPA 2CBJA 2WMJA 2DT1A 1JDAA 1OGSA 1V6VA 3WFLA 2AAAA 2YL5A 5IHSA 2VVSA 1MYRA 1UWIA 1W2PA 2FHBA 3UESA 1V3KA 1VFFA 1KCLA 1N82A 3CZKA 1B3VA 4GI9A 4PSPA 1FFQA 1V3MA 3VM7A 2EO7A 3W0KA 4ZEPA 2D3NA 4ATWA 1VBUA 1G0CA 4TVDA 4ATDA 4ML4A 3W82A 1H2JA 4OBRA 4HMDA 3WEOA 5C71A 1TVPA 2OSXA 4U5IA 1L8NA 4M81A 4D6GA 1XSJA 4PMVA 4W88A 7CGTA 4HOWA 1BGAA 3BAXA 3MMWA 2W63A 5EB8A 1G1YA 1W32A 4W85A 5EFFA 3CHFA 4CGTA 1W9PA 3U5YA 3DHPA 1ODZA 1M01A 2CESA 3F5KA 3IAPA 3IJ7A 2WVTA 2WVSA 2J8FA 3ARXA 2XWEA 3VILA 1TUXA 1GOIA 3ARTA 1VENA 3VVGA 2J7CA 2WMIB 1PZ3A 3KZSA 1FHDA 5A8NA 3GXDA 3VTRA 3HU7A 3RDKA 3ARZA 5ABFA 1FFRA 3WUBA 3M46A 5LA2A 3CPUA 3RO8A 1TG7A 1JZ3A 1HL9A 1RP9A 1QBBA 1CGTA 3ZT5A 4E2OA 1SYTA 2D23A 4M82A 4AZ7A 5A95A 2WAGA 1HKIA 2OYMA 2W67A 3BAWA 1HT6A 4UQEA 1XYZA 1OINA 2WZEA 3FNDA 3F4VA 3FHQA 4P8WA 3EDDA 2XVGA 1EO5A 1OWQA 4DWSD 2WMHA 1Z32X 1V03A 1B2YA 1H11A 1CXHA 1W9DM 1W9XA 3U7VA 1OD0A 3VIJA 1SFSA 1Q6CA 1ESWA 2DPEA 3VD7A 3WF1A 2QLYA 2DIJA 3IK2A 5BCAA 1O6IA 5I78A 3AMCA 1BFNA 4HPHA 1V0NA 1C8QA 3AZRA 2V5DA 1R8LA 4CD4A 1LL7A 3I3DA 1HKKA 2F2HA 2JIEA 4AZHA 5CSUA 3NSXA 1XH2A 1UWTA 1ECEA 5HNNA 4FLSA 4F9DA 2ESCA 1LQ0A 4UOJA 5JBDA 1MFUA 3IAQA 3GDBA 1H3GA 4AD4A 3WDIA 1OIFA 3I3EA 1J11A 1UR0A 3JUGA 5ECUA 2DSWA 3EDEA 5I0DA 4OKDA 2BY1A 1JI2A 3ARUA 2JFEX 3RILA 1NARA 4V2XA 3SUUA 4D1IA 4CD7A 1F4HA 1B3YA 3VX0A 1UH3A 2E9LA 1OSEA 5BROA 2OWXA 4PMYA 5FKYA 1E0VA 4CCDA 2XSAA 1OCQA 4MB1A 1AQMA 1QI0A 2JEPA 3HN3A 4AD1A 1TCMA 1FH7A 1CTNA 1JD7A 3SCWA 2W92A 3MUZ1 4PMXA 4JFSA 1OIMA 4XUYA 3ARYA 1XSIA 1E6RA 1HN1A 1M53A 1MWOA 4U3CA 3GNRA 3FHAA 2J4GA 4B16A 3GBEA 1HJQA 5CZKA 5TD4A 2VOTA 3VGGA 4ACYA 3T2QA 3AS3A 1CGXA 2XFFA 3QHNA 1U2YA 4PTWA 3WEZA 3GXIA 1V6YA 4PTVA 2XYLA 4MDOA 2GJXB 4P8VA 3AICA 3W4RA 3W25A 1CEOA 4PBGA 1KBBA 1C8YA 3BXWA 1JYVA 4AEFA 3AS1A 2VQUA 2FHCA 3AIEA 4GI8A 2RGLA 4XX6A 4DWSA 3WIJA 2XIBA 3HJEA 1QW9A 4LYPA 3F5LA 2NT1A 1XHGA 3RM4A 5I77A 3WL0A 3AZTA 3WNPA 1E73M 4UFJA 3BCDA 3O9NA 4CU8A 4P7OA 4UFHA 1C91A 2YL6A 3K8MA 3AI0A 3MANA 3N17A 1UWUA 3SUSA 1BHGA 1VAHA 1GNXA 2D0GA 5HBFA 4WLCA 2FGZA 4NZCA 4FK9A 1NWTA 7A3HA 3VIGA 2W66A 4U33A 2QHAA 1ISYA 4UFLA 4E4PA 1LWHA 1E5NA 1E0XA 3MUAA 2G3MA 5AYIA 2W91A 4F66A 5E6ZA 3AHYA 1WZMA 4R27A 1RH9A 2JALA 3DYMA 4M1RA 4JKLA 2DGAA 2D24A 3O2LA 2E0PA 2VT0A 4PMNA 4JCMA 3WQ6A 4JFTA 2PWDA 2E8YA 4NRSA 1WDQA 4PSRA 3WNOA 2X0HA 2DIEA 5CPTA 4W93A 4L4PA 1C3FA 1J01A 4AZ6A 4CUCA 4W89A 4KH2A 2BY3A 3MMUA 2JIWA 3CMJA 3PTQA 1B0IA 2XFRA 2ZUNA 1UD2A 2W62A 3OLEA 4J3VA 1YQ2A 2J8GA 3TA9A 3CHEA 3IJ9A 2CIPA 1QNRA 2YBUA 2EXOA 3ZT7A 3VIHA 4GI6A 1E55A 1GJWA 3CZJA 4WKAA 4WIWA 3OIHA 2WSKA 4CD6A 3TTOA 1XH0A 4KMQA 3WF0A 1V02E 5A6LA 1J12A 5DT5A 3W28A 5DO8A 1ISVA 5BXRA 4Q22A 1GQLA 1M7XA 1US3A 1KWKA 4X0NA 2GFTA 2VX4A 3DC0A 2GDVA 1GQJA 3VX1A 2VZVA 4RE4A 1Y7VA 3APGA 3MKKA 1UKPA 1BG9A 1WZLA 2J25A 2J78A 1WPCA 2FH8A 4AEEA 4EAMA 4GINA 5A69A 1PX8A 1W91A 5I24A 3VU2A 2Y5EA 1QOXA 1JXJA 1MFVA 4F79A 1EHNA 1E43A 3PHAA 3BAJA 1KXQA 2DT0A 1J0KA 3A6OA 3EDFA 3T0AA 4UTFA 2CERA 1LL4A 3D3AA 3MU7A 3ARSA 1XD1A 4HOZA 5FCZA 1WO2A 1J0ZA 2ZWYA 1KR0A 6TAAA 4GZIA 5AC5A 3VMNA 1KGXA 1GQIA 5E9AA 1Q6FA 2BVDA 5HDRA 2A3BA 2Y4SA 3GYCA 3VNZA 2WVUA 3W6LA 4J3SA 1E6SM 1OGGA 4YN5A 3VDBA 4HMEA 5CG0A 3THCA 4Y7EA 1E4NA 1JYXA 2O9PA 4R5EA 1OT1A 2XJ7A 1VRXA 1UD3A 5I2UA 4AYSA 1EIBA 3WKZA 1NP0A 1J0JA 4MADA 2PI6A 1CGUA 3W37A 1CENA 4B9YA 2J47A 1V3HA 2FHFA 4IISA 3PZUA 1SMAA 3L4XA 3DECA 1ISWA 2W61A 3WENA 1YHTA 1D7FA 3VMPA 5AC4A 2D2OA 2YIHA 3SCSA 2YL9A 3F5JA 4E8CA 3A47A 1XSKA 5E09A 1AQHA 2PF0A 3LMYA 4GO9A 5E6YA 3RM8A 2CBUA 1V3IA 4TXEA 4H41A 3WDQA 3HMCA 1US2A 5LYRA 5D8WA 4Z2JA 4Z2GA 4H8VA 1LLOA 3L2MA 2ZOXA 3N1AA 1EA9C 1E6ZA 1VF8A 4F9JA 4D6JA 4X9YA 3N15A 3QOKA 3NDZA 3MS8A 1E6NA 1QBAA 3L4UA 1Q4NX 1GORA 4C7FA 1VEOA 4K68A 2YDRA 2VQTA 5JBFA 5AY7A 4PEEA 2YKKA 2A3HA 3SEPA 3K8KA 1UH2A 1Q6DA 1GVYA 5FL0A 2CNCA 4PCTA 4AMCA 1GOQA 1G94A 3UERA 4AZCA 4P7RA 5GPRA 1AVAA 3ARWA 1K9DA 3L2LA 1H0IA 4TUFA 4TVUA 3VDCA 1V0MA 1H1NA 3B8SA 5A8OA 4ACZA 4W7VA 1DEDA 5DEZA 1HX0A 3LPPA 3ALGA 2WYSA 4D6DA 3AS0A 2A3CA 3THDA 1W2VA 2OSWA 1UR9A 3RM9A 1J9YA 5A94A 3PZIA 4MB5A 4AZGA 3VGBA 1UR4A 3U5UA 2VL4A 5GQBA 4UR9A 4Z2IA 4D6FA 2PBOA 3PBGA 1EQCA 1HVQA 1OD8A 5IFTA 2J75A 3QR3A 2Y24A 4BQ4A 4HU8A 4KGJA 2WC7A 3E1F1 3VD5A 1B3WA 2PWHA 1QI4A 1PIFA 4QDMA 1O7AA 4CD5A 1JZ2A 1WNOA 3L4ZA 4HMCA 4MB4A 3N04A 4KGLA 1JF5A 2D0HA 4GKLA 1E4IA 4IPNB 3ZOAA 2UY2A 2BFGA 2NSXA 4OBSA 2YDQA 3CHCA 5A3HA 2BHZA 2OLHA 4UZSA 1CECA 2XVNA 2J79A 1TR1A 1BYAA 1DTUA 5KZ6A 1JZ5A 3W6MA 4WSKA 1L0PA 4W84A 1BSIA 4AD5A 1IZJA 3NSMA 4HPGA 1KXTA 1UKSA 4HP5A 1I75A 1U33A 4LX4A 4BZYA 2VZSA 3WDHA 1JNDA 5EFDA 2WXDM 4P7LA 4U3AA 1X6LA 4PMQA 2V38A 3BSGA 3WH5A 5M3WA 4S3JA 4DWSB 1MW0A 1KGUA 2WMGA 3NSNA 4BQ5A 1GVIA 3L4YA 2XM2A 1J0HA 4HZ7A 5A2BA 4A3HA 1VJZA 4LXFA 1ZL1A 2WHKA 1W3HA 1D3CA 2UWFA 3BAIA 3KE0A 1B30A 1ZJAA 2VX5A 1OGBA 4J3UA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3POH A;  1H4P A;  3NDY A;  1G9H A;  2DSU A;  3KL3 A;  3CGT A;  4PYS A;  4H8U A;  3TTQ A;  3GM8 A;  3QHM A;  2O92 A;  3OLG A;  3CUG A;  3FY1 A;  5CXP A;  4UOQ A;  3CIV A;  3BAY A;  1QNQ A;  2DQX A;  4TTG A;  4U2Z A;  1BF2 A;  4RL3 A;  3PN8 A;  3AHV A;  2XPK A;  2ZX5 A;  1B3Z A;  1VFO A;  5JUV A;  4JFU A;  2DT3 A;  3VGF A;  3K4D A;  1EDT A;  1XH1 A;  4P8X A;  3MV0 1;  4KRT A;  3AIR A;  2WMK A;  5C8B B;  1MXG A;  3WQ5 A;  5CPQ A;  1PIG A;  1BTC A;  1NQ6 A;  2CIT A;  4CVW A;  5E0C A;  4MNK A;  2XVK A;  4M56 A;  4A3Y A;  5D8Z A;  1B1Y A;  3SUW A;  3WY1 A;  1UD6 A;  3WFZ A;  3SCT A;  1G5A A;  5I23 A;  4JIE A;  3ARO A;  3GZA A;  2BY0 A;  4MNJ A;  1BAG A;  1Q6E A;  1G01 A;  1DHK A;  1CXK A;  4B15 A;  1DWI M;  3WMB A;  1VFM A;  2ZXD A;  4W5U A;  2VMF A;  1VEP A;  3UEQ A;  5BXT A;  2EPK X;  1TMQ A;  4W7U A;  2GJR A;  1JZ4 A;  4XB3 A;  3SUV A;  3WUF A;  2FH6 A;  3ALF A;  2J7G A;  5BRP A;  3WH9 A;  4BCE A;  1CZ1 A;  2J74 A;  2VCB A;  4AIU A;  3SCO A;  3BLK A;  5DF0 A;  2EPO A;  1VFU A;  2QMK A;  2EBN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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