5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords integrase
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
3HM9A 3DMJA 4KPYA 1D9DA 3ZSQA 4HUFA 5J2QA 4FK2A 1J9AA 4YFUA 3NHGA 3MXIA 2YKMA 3VA0A 2HVIA 3NGZA 2HNZA 2G8HA 4CF8A 3K5NA 1IO2A 1ZBFA 3HT3A 3NH1A 3MEDA 4CIGA 5HP1A 2O4GA 1QE1A 1CZ9A 3WNHA 5EU7A 1WSGA 2D5RA 1NK8A 3PX0A 1CXUA 3DRPA 2FC0A 3IG1A 1RTIA 3QO9A 5K14A 3KK3A 3SUPA 4GMJB 1ZBLA 4KB0A 2OPRA 1RNHA 4CGDA 1UWBA 3TAPA 3DLKA 1X9MA 3QEWA 2PY5A 4LY7A 1HNIA 1U47A 4W5NA 4W5OA 4PQUA 4KO0A 3L2VA 4AHUA 2FBXA 4KTQA 4CF9A 4O0IA 2GV9A 3EZ5A 2RF2A 4CFBA 1XHXA 4CJ5A 4DTUA 4EP5A 3DLHA 1EETA 1IKYA 3KKRA 4CHQA 3NE6A 3MXMA 2X6NA 3RRGA 4AHVA 4F2SA 4FXDA 2PZSA 1JKHA 4CESA 4E7IA 2B4JA 2BGGA 4C8KA 1L3UA 4HCCA 1ASVA 1JLGA 1CZBA 4DTSA 1SKWA 1BL3A 1QSSA 4CF1A 1QSYA 2G8VA 3QETA 3SUNA 3VQ9A 3S9HA 5FDLA 3AO4A 2HMIA 1REVA 3AO5A 3ASMA 3L3VA 1RBSA 5CZ2A 5DK5A 3LWLA 3D0PA 3DI6A 1N5YA 4O0JA 1K6YA 1VSJA 3D45A 3NGYA 1A5WA 3CFRA 4DU3A 2FBTA 3PX6A 4AHCA 4EZ9A 1C0UA 1SV5A 1VSIA 4J2EA 3LPTA 4DQIA 2KZZA 1YT3A 2Y1IA 1UA1A 3C6UA 2RPIA 1C1CA 3DLEA 2ITGA 3V1RA 4HTUA 1TVRA 3LP3A 4LD0A 4DG1A 3QNOA 4DQQA 4FJXA 2WOMA 3DRRA 4KRFA 3HPOA 1YVUA 3ZSVA 4CJSA 3KKSA 3L2WA 3RMDA 3QIOA 1FKOA 1MU2A 4BE1A 3VN5A 2XY8A 2YNGA 3L2RA 4DSLA 4CK1A 4OKJA 4M3ZA 1D8YA 3NAEA 2GBZA 3NH0A 1NK6A 3KLGA 4N47A 4ID5A 4LSLA 2FBYA 4CJWA 4CEOA 4B8AB 3OVNA 2JGUA 4C8MA 3OYIA 3JYTA 3HK2A 1RBVA 1HMVA 3ZSXA 3T3FA 2NUBA 4DSIA 1RTDA 1YTAA 1HPZA 1N6QA 3AVAA 1QS4A 3V6DA 4I7FA 3U3GA 1GOAA 3V1OA 5HRPA 4H4OA 4BE2A 4FW1A 1KVAA 2OPQA 4B9UA 3HYFA 3OS0A 5J2NA 1F21A 1FXXA 3RRHA 1WSFA 4FJ5A 4KHUA 1ZBIA 4OLAA 1S5JA 3M8PA 1EX4A 3K5MA 1U49A 2OA8A 1VRUA 2P51A 3LWMA 3ULDA 1HQEA 1DTQA 2VG7A 4CJUA 4B9LA 3ZSOA 1L3SA 4CIEA 4AH9A 3V1QA 1NK4A 3G10A 2XY5A 3TAQA 1NKEA 2KZMA 4KHQA 4N41A 4M42A 2PYLA 4J2DA 3NFAA 4KAZA 3SV4A 1TL1A 2KW4A 3SNNA 3RMAA 3OYKA 4LSNA 3ZT2A 2G8UA 2E6MA 3C94A 3K59A 3AVKA 1D9FA 4OGEA 4FJJA 4DLGA 4DSJA 2QK9A 1KRPA 2KFZA 3ZSWA 5HRSA 1GOBA 4O4GA 1TV6A 3NDKA 5HROA 1LWEA 1T05A 3IAYA 3ISNC 4KKOA 4DTNA 1LV5A 3LAKA 4DSEA 2A1SA 2HNYA 3VQEA 3SQ0A 1IG9A 3F9KA 4JRQA 1SL2A 4IG3A 4CHYA 2QKBA 3RTVA 3VA3A 1T03A 3NBPA 4WE1A 4CJLA 3P5JA 3O4QA 4W5TA 4F3TA 4MFBA 4Z4HA 3MEGA 2IGIA 4DFPA 3NF6A 4E1NA 3V9WA 4OPJA 3TABA 4DU4A 4KB1A 4K8ZA 2ATQA 3LALA 2F96A 3RMCA 3AO1A 1Z26A 4LH5A 4CK3A 1BIUA 4IBNA 4OVLA 4DTRA 4I2PA 3HXMA 2D0CA 3QIPA 2IOCA 3RR8A 4DTMA 4FVMA 1X1PA 5KGWA 1C6VA 1KLMA 2XY7A 2YNIA 4CCHA 4J2BA 1C1BA 2ZQBA 1IH7A 3KTQA 3HO1A 4DF8A 3AVFA 4IFVA 5CYMA 4KHWA 2G8WA 3C6TA 3SYZA 3KLEA 4CE9A 3TANA 4NCAA 1QTMA 1VSHA 3RR7A 3KD1E 3HJFA 3NH2A 1WAFA 3OS1A 2XRIA 4NYFA 4H8KA 4FLUA 4CIFA 4FLXA 1RDBA 3SV3A 4QOZB 5HLFA 2IDOA 1EP4A 3CYMA 4FM0A 3VQPA 2XHBA 4DTJA 1Q9YA 1I3AA 4CEQA 3VQDA 3O3FA 1KLNA 2Z1GA 1XC9A 1ITGA 3KK2A 3OYNA 5C24A 2AJQA 2KTQA 1RT1A 5HRRA 4DFKA 4J2AA 2HHXA 3LANA 4B8CA 2HHWA 3ZSZA 1U4BA 3WNGA 5I42A 4I9QA 4NYNA 1IKVA 3M8SA 3AVMA 3EY1A 4BDYA 4ZTFA 1SKSA 4IKFA 1RDCA 1LWCA 1VK0A 1WNSA 2ZE2A 4EZ6A 3KLFA 4DQRA 2OPPA 1KSPA 1BGXT 1C0MA 1L5UA 3DLRA 4FZYA 4BE0A 3AVBA 1J54A 3VQCA 2HB5A 3DOLA 4E7KA 1GOCA 4KFBA 4KTWA 3KLIA 2YNHA 4CJKA 2VG6A 1VSEA 2DFHA 2YKNA 4RW7A 1ZYQA 4CJVA 4CHZA 3OYGA 3F73A 1W9HA 4F4KA 4IDKA 1NJWA 1ZBHA 3NF8A 2G8FA 3S3MA 3VQ5A 3L8BA 1IKXA 2RN2A 1HNVA 3HPGA 3TAFA 5CYQA 3ZCMA 4ELUA 2HHTA 4M3TA 1VSDA 1D5AA 1RT4A 1SKRA 2BANA 3KK1A 4QCLA 3VQAA 4CECA 2G8KA 3BGRA 4M3YA 3PUFA 1L3TA 4FJMA 2FBVA 1RCHA 1RTJA 2LSNA 3AVGA 3TAMA 4CFAA 3O3GA 4DTOA 4FJLA 3THVA 2ZD1A 4CEEA 5CZ1A 1QSLA 3SQ1A 1NK7A 3HP9A 1WSEA 1SUQA 3OY9A 3PO4A 3LP0A 4H4MA 1BISA 1KVCA 3QEPA 4CEBA 2O4IA 3NF9A 5J2PA 1ASUA 1JLFA 1WAJA 1JLEA 3ZT3A 1X9WA 1UOCA 5FROA 3QEXA 1LAVA 5KRSA 2X74A 1HRHA 1RBTA 1S6QA 4OJRA 3HVRA 1LWFA 3HL8A 4CHNA 1NK5A 1NOZA 4FLTA 2GUIA 1O1WA 4DTXA 3PV8A 1RT6A 1T7PA 3S3NA 1TKTA 3L2QA 2IS3A 4I9LA 3AVLA 3DM2A 4OKEA 4HUEA 4Y1DA 1NKBA 3ZSRA 2HW3A 4AHSA 4ICLA 2DY4A 1TGOA 4ZHRA 2F8TA 1KCFA 4W5QA 4RW9A 1JLBA 1EKEA 3P83D 4C8LA 2DTUA 1QHTA 4M3WA 4LH4A 3AVNA 4M3RA 2HHUA 4HUGA 1B9FA 1XHZA 4FW2A 5J1EA 4KV8A 2RKIA 3T1AA 2KQ2A 3LZJA 2OPSA 3PY8A 2HHVA 4UQGA 2W42A 1L3VA 5HRNA 1NKCA 4AILC 2WONA 2Z1HA 5E41A 4DFMA 4JS5A 1U48A 4FJNA 4KI4A 1TKZA 4DSFA 1RILA 1NJXA 4DTPA 3U3YA 3HP6A 4C8NA 4KI6A 4BDPA 4CHPA 4FJIA 4E7JA 3G0ZA 2JLEA 2QKKA 3HPHA 2YHBA 1NK0A 4CEAA 4L8RB 2I5JA 5FRNA 2R7YA 3NCIA 3O4NA 1Z25A 3SPZA 4FLYA 4N5SA 4E89A 4KHSA 1SL0A 1CLQA 3I8DA 1S1WA 1VSFA 3MEEA 3OYBA 4PA1A 4CGFA 1TL3A 4Z4CA 3QESA 2BDPA 4N56A 3QINA 3AVJA 4Z4GA 3OYEA 4PWDA 4E7LA 1ZBUA 3HVTA 2Z1IA 2KFNA 3ZT0A 4CJFA 4EP4A 1RT2A 4GW6A 3SPYA 3ZSYA 4KTZA 4F8RA 4IG0A 3V81A 4KHYA 1VSLA 3H08A 4DLEA 1BIZA 3V9ZA 1VSKA 1HYZA 4CEFA 3WNFA 4E19A 3V9SA 3O3HA 4HCBA 1WN7A 4Z4IA 1B92A 2HHSA 3OYDA 2HNDA 3JSMA 4FJGA 3CFOA 2E4LA 1C1AA 4CHOA 4K8XA 3CM5A 3AA5X 3VQQA 3K57A 3KLHA 3CM6A 1YTUA 2Q3SA 2G8IA 3AA2A 1UAXA 1BI4A 5KRTA 4IFYA 3T19A 4C8OA 2VWJA 2OYQA 1J53A 1J5OA 3DLBA 1T8EA 4FJKA 4FLVA 1CXQA 1HYSA 4O55A 2DFEA 3VQ8A 4AHTA 4HVJA 3HSTB 3ZT1A 3OJSA 4TSXA 4FZZA 3BDPA 1S1UA 5HBMA 1S1TA 3E01A 3IRXA 4AHRA 4JRPA 3V9UA 3CG7A 5SZTA 4E3SA 1XI1A 4NCBA 1ASWA 3EYZA 3CFPA 5FRMA 1RT3A 1JXEA 3QEIA 2QXFA 1S1VA 2X78A 3ITHA 4OGCA 4E7HA 4FJHA 1BCMA 1B9DA 1R0AA 3ALYA 1TK0A 1QQCA 4DQPA 2OZSA 3A2FA 4DWIA 3C95A 4OKKA 1TAUA 3LAMA 5DMRA 3CQ8A 1UA0A 2E6LA 3MXJA 4QAGA 3VQ4A 1JXBA 1VRTA 3LPUA 2XO7A 1TKXA 2EHGA 2B5JA 1JLCA 4DF4A 2Y1JA 1KFDA 2YV0X 3PX4A 1RDAA 2YHAA 3IS9A 3DLGA 3TR8A 4CGGA 4G1QA 4I2QA 4ELVA 1G15A 4FYDA 4CF0A 4CJRA 4DS4A 4PUOA 3SCXA 3K5LA 3TWHA 1JLQA 3OYCA 3OYJA 3DYAA 1HJRA 1TK5A 1HQUA 1DTTA 5C42A 3M8RA 1SL1A 1Q9XA 4CGHA 4HHTA 4B9NA 3AVCA 4CJ4A 3OYMA 4M3UA 3SZ2A 4E0DA 4CEDA 1A5VA 3AA4A 3VQ7A 4B08A 4Y1CA 3PO5A 4N76A 1IKWA 2ETJA 4GVMA 4FLWA 4Z4FA 4JS4A 3SUOA 3OYFA 1RT7A 3M8QA 3SQ4A 4XIUA 3RMBA 3LP1A 1JL2A 1RDDA 1C0TA 1WLJA 4YNQA 4R5PA 4FCYA 2BE2A 4DFJA 2P1JA 1FK9A 5JS2A 3SUQA 1W0HA 4NCGA 4BDZA 3SI6A 2HVHA 1BQMA 1TAQA 3LP2A 3QLHA 4FJ8A 4CEZA 3OYHA 3VQ6A 3QEVA 4DMNA 4FK4A 5KTQA 4JLHA 4DSKA 2Z1JA 4KHNA 1FKPA 1RBRA 3NF7A 3B6PA 3OYAA 4FJ7A 3V4IA 4CFDA 2P5GA 4Z0UA 1JL1A 3AO3A 3AV9A 4DS5A 4B9SA 1S1XA 2X6SA 4RW6A 4BWJA 2PYJA 3UIQA 4FZXC 4OLBA 3OJUA 1LAWA 4RW4A 3VQBA 4Q0BA 1VSMA 1WSIA 4FLZA 4CERA 1EXQA 1JLAA 2YNFA 1NJYA 3V9XA 1TK8A 5D3GA 5KI6A 1WSHA 3L2UA 2XY6A 4F2RA 3P1GA 1WSJA 1KVBA 3DOKA 3KJVA 3QNNA 3LZIA 4CK2A 2P5OA 4RG8A 1DLOA 3FFIA 3U6FA 4Z4EA 3B6OA 4RW8A 2EX3A 3MAQA 4B9VA 1U45A 1S9GA 4CJPA 5J2MA 4KREA 3TARA 3SJJA 2OZMA 2DFFA 3KIOA 1LW2A 2VG5A 3RWUA 3L3UA 1RTHA 5JS1A 1Q8IA 1KTQA 5I3UA 4CJQA 3OS2A 3I0RA 4DQSA 2IAJA 3OYLA 4CGIA 1HYVA 1XWLA 3WNEA 4ID1A 4CJ3A 4M41A 1A5XA 3DRSA 4B3OA 4BWMA 3K2PA 1I39A 4FM2A 3SQ2A 1NK9A 1BI4B 1KFSA 5SWMA 3AA3A 5KGXA 1S6PA 3I0SA 2HHQA 4FK0A 3MECA 4CJTA 3AVIA 4B9TA 1RBUA 3TAEA 4Q5VA 4ZTJA 4F3OA 2D0AA 4CJEA 4E1MA 1BCOA 1X9SA 4MQ3A 2A1RA 4PY5A 5T7BA 4FM1A 1Y97A 4FJ9A 4O44A 3K58A 3KD5E 2D0BA 1NJZA 4W5RA 2F8SA 3QERA 4M3XA 1RT5A 4M45A 4B9MA 3AO2A 4BACA 3TI0A 3LDSA 4CFCA 1BQNA 1NOYA 5CY4A 4CF2A 3AVHA 4O5BA 5C25A 3NGIA 3TAGA 3S3OA 1TKDA 4ELTA 1BHLA 1U04A 4OPKA 1LW0A 2IC3A 3ZT4A 4DU1A 1S9EA 4CGJA 2B6AA 2VWKA 3K5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DMJA 3ZSQA 1ZXOA 1J9AA 4YFUA 3ULEA 2HNZA 1NGAA 1NGBA 3K9KA 3H45C 4CF8A 4DQ8A 3K5NA 4NLCA 1N36K 5AZJA 2HMPA 4B3MK 4KH5A 3U4LA 4CZLA 1K8KB 3IG1A 3KK3A 3SAHA 1ZBLA 4RWTA 3I55N 3TAPA 4DV4K 3QEWA 2PY5A 4LY7A 1HNIA 1XMQK 2YCHA 4KTQA 3CCLN 4CJ5A 2O8EA 1NGJA 4BRCA 3R3LA 2PZSA 4E7IA 2BGGA 4CW7B 4HCCA 4B3RK 1SKWA 5AQWA 1W97L 5FDLA 5GAEP 1REVA 3AO5A 3ASMA 5DK5A 5CZ2A 3QICA 1KAXA 5FLXO 1N5YA 1K6YA 3NGYA 2E5LK 4BRKA 3CFRA 2FBTA 4QS9A 4EZ9A 1C0UA 1VSIA 1ATSA 4WQ5A 4BRDA 3DLEA 1TVRA 1D4XA 4DG1A 3CC2N 2WOMA 1YVUA 3ZSVA 3KKSA 3VEZA 5FPEA 1FKOA 2XY8A 5B8HA 3SK3A 3CJ1A 1VQLN 4M3ZA 2Q0RA 3K9JA 3SLCA 5KPRA 5AQXA 5HOOA 4B8AB 3OVNA 4C8MA 3OYIA 3CMAN 1HMVA 2NUBA 1NG9A 4OO1J 3V6DA 4I7FA 2HBMA 3CHWA 3HYFA 2O8DA 1F21A 2CGJA 3LWMA 3KVGA 4B9LA 1L3SA 2EWSA 1YHQN 4AH9A 4YOVA 3G10A 3TAQA 2KZMA 4KHQA 4M42A 3NFAA 3B8AX 3OYKA 2G8UA 3A5LC 2E6MA 3ID6A 4BR7A 1JCFA 4WF9L 1ZBSA 3F9KA 2A41A 5LMNK 3CCVN 3ZEUB 4DUYK 4A2AA 4DFPA 2QI2A 3V9WA 1N32K 4H0PA 2ATQA 3EEQA 5AQHA 1JCGA 1NU0A 4BR9A 2UU9K 3HXMA 3BF1A 3HTVA 2XY7A 4M7XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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