5D2TA

Directed evolutionary changes in kemp eliminase ke07 - crystal 3 wild type
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
258
structure length
251
Chain Sequence
AKRIIAALIVKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHGGAGKMEHFLEAFLAGADAAKANSVLHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags De novo protein, lyase
molecule keywords De novo designed kemp eliminase KE07
publication title Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 1 Wild Type
rcsb
source organism Synthetic construct
total genus 93
structure length 251
sequence length 258
ec nomenclature ec 4.1.3.-:
pdb deposition date 2015-08-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5d2tA00
3MHUA 4IQLA 5G2HA 1FDZA 3PUEA 4FNRA 2A5HA 2E6YA 4Z1AA 2GQ8A 4H4IA 2WV8A 1A5SA 4K39A 3ZWSA 3GAYA 1AK5A 3W86A 1W5OA 1TRIA 1XUZA 4A2SA 3PBVA 1H7NA 3GDRA 3MP3A 3P62A 1GTEA 2C15A 3HG4A 1FCUA 1YTEA 2J88A 4FX6M 3TNOA 3PULA 4X9SA 1C29A 3FFSA 1TV8A 5LGZA 5BNKA 4ZMGA 3NQ6A 1Q6QA 1Z41A 5BMXA 3NQFA 4O16A 1O60A 5TQLA 2J9XA 5AYXA 3S1VA 5TIMA 2ZFAA 1JCMP 3W1NA 4N4QA 1MO0A 2R14A 1RPXA 5LNVA 2CZ5A 1B3OA 3VE7A 4A22A 1JRBA 3QJAA 3FOKA 1GG0A 1M6JA 1GVOA 3W83A 3TH6A 2Y7EA 2Q3OA 3LLDA 1FQ0A 1KFLA 2YZRA 3I7SA 2DZVA 2DZTA 4CQAA 1MEWA 1YTDA 4JICA 3OVPA 4NVTA 4WY0F 2C16A 5F2LA 5AYYA 4RXFA 1YDOA 3HPZA 4OQVA 1SO5A 1JUKA 3TK7A 5LNRA 1RVGA 3KVMA 4YLWA 2B7PA 3A22A 4GE8A 5HULA 2RH9A 3Q2DA 5FEPA 4FNQA 3IVSA 4GUIA 5FESA 1G4EA 1F74A 3N73A 3MBFA 4MIMA 1L2UA 2ATMA 3W76A 2O7QA 3N9RA 4MYAA 1I2NA 3G1YA 3LHUA 2WSQA 3NYZA 2WOQA 1EEPA 3DKJA 1K7FA 3W2LA 3O16A 2C19A 2H8XA 3BLIA 3NQDA 2E6FA 3CHVA 3TR2A 3NQ7A 3KRUA 4JY9A 1QO2A 1XC4A 2QCGA 4UTIA 4ZQNA 2E6AA 3P67A 1VHCA 5I3IA 3N34A 4AMAA 3TIMA 2Z6IA 2FPVA 3W22A 2EPHA 3PF3A 4CNPA 3G1AA 4RKAA 4DBEA 3TFCA 1OFDA 4ADSA 4WX2A 4LVBA 2CZEA 3CPRA 3EXTA 4LTSA 4UIOA 3IGSA 3FA5A 4O1DA 2ZRVA 3NQCA 3NO5A 3NXFA 1H1ZA 1WDWA 3EXSA 5G1YA 2A21A 2CLLA 3GK0A 3A5VA 3WJSA 1WOAA 2QCHA 4Q4KA 5D38A 5G2WA 1CX9A 2BXVA 3DI0A 5F4WA 5DN1A 1S5TA 2CWNA 2CZDA 4O11A 2QEZA 4FHAA 4JD4A 4PTNA 5HJLA 3USBA 1XUUA 3DKLA 4FXSA 3TMQA 4CNNA 4CNOA 2XFWA 1FBAA 2YYTA 4AHQA 5BOOA 1DJQA 1G4TA 3W7JA 4NQ1A 3SGUA 4MLRA 4E38A 3RMJA 1M5WA 3WJXA 2A6NA 1N55A 5D05A 4UFMA 3MMTA 3W7QA 2E68A 4WUIA 5CSRA 2OCZA 1LBFA 1KM6A 3SGZA 5ABTA 2VELA 2YW3A 5K2ZA 1PHQA 4O0ZA 4JEQA 3T40A 2QAFA 1DJNA 3TKFA 4O1CA 3LTSA 3I6RA 3W7IA 1G69A 1FWNA 1ZALA 2XN1A 3TV8A 4UTMA 1TPDA 4QITA 1M7PA 4M6VA 3CB8A 3P5ZA 3QH2A 3FS2A 4HIBA 4O12A 3M41A 1SZFA 3JS3A 2RFGA 1LTDA 3QEZA 2Y7GA 5I3KA 3IIXA 1XDLA 1ZAHA 1HO1A 4O17A 3HG5A 1K7XA 1PE1A 3BK0A 3MP5A 4G1KA 1EIXA 2V5LA 1JQXA 1R46A 4GXMA 5AC8A 2VFDA 3P80A 3O05A 5H2ZA 1X8FA 4IJBA 3LXBA 4HNVA 3BG5A 5CZ0A 1KBJA 2YPIA 2YSWA 2EKCA 4CLMA 3NQAA 1KM5A 5E1QA 2JBMA 3STEA 4ADTA 2A85A 1KM3A 4NNCA 2FJKA 3F03K 1KFKA 4QIUA 3NQ2A 4JTLA 4DF1A 2Y6ZA 4GJ1A 2NX3A 3LERA 1GWJA 4M7SA 4ALDA 2Y61A 5L6UA 4BF9A 1WA3A 2XN2A 1VCFA 1S3HA 3WK3A 3M5XA 4TMCA 3M5VA 3IGXA 1UASA 3W1AA 3F4NA 3GKAA 2GJLA 3IV3A 4XKYB 1MZHA 3R2GA 2E5DA 4GRSA 4HT3A 5LHEA 5CPMA 4M6QA 3HJZA 4GBUA 3M1ZA 3KHJA 2QJGA 3FLUA 4JX6A 4RCXA 2QAPA 2ZBTA 5K7JA 5A5WA 1BEUA 3KX6A 1PS9A 4MOZA 2VFHA 4IXXA 5AFDA 4YXGA 5HNRA 4OT7A 1EP1A 3L67A 1P0NA 3EX3A 2C18A 4AXKA 2ZTKA 3EWUA 3O15A 3MHGA 2H6RA 3EB2A 1IGSA 4AEOA 4A21A 4HSNA 4XKYA 3KVJA 3C2VA 2RDTA 3CQ0A 4LWWA 4OV4A 3O07A 5F4XA 3GAKA 5EY5A 1TB3A 4NXKA 5DELA 3L9CA 4NUWA 1TV5A 2W0UA 2A7NA 1F6PA 2Q8LA 2J9ZA 4MVAA 1F05A 3HGRA 1A5CA 2C14A 3DZ1A 1ADOA 5KITA 3U2OA 5EBUA 5A8GA 1Q45A 3GDLA 4GUFA 4ZVJA 1L9WA 5I3JA 1P1XA 3C61A 3PVFA 1QDSA 2R94A 3W7PA 2JKAA 4DPQA 4MJMA 2G96A 1UCWA 3T44A 1GG1A 1PCWA 1QMLA 2OMAA 3IVTA 3NQMA 5AOUA 2CLMA 3HGSA 1S5VA 5DY2A 3EX6A 1LP6A 1FCBA 3B0UX 1FCQA 2WPBA 5D03A 1AG1O 1SO3A 1W3TA 3TE9A 4O53A 2ZA3A 3IRDA 2V30A 2C3ZA 3MW7A 3R89A 3UZ5A 1FY6A 3W7HA 3W2MA 5F2GA 1H50A 3A5FA 1NF7A 3A9IA 4UFHA 2QKFA 4A29A 1YPFA 2VEKA 5G1TA 2FQIA 3OIXA 4LY8A 5K9XA 2AQWA 1VH7A 3ABSA 4O50A 1R2RA 1CW2A 3B03A 1FWRA 4X3ZA 1OYBA 1KM2A 2A1YA 3ABOA 3QMSA 1TQXA 4M7TA 1GTHA 1P0KA 3TDFA 2G97A 1BWLA 1R47A 1Y0EA 1F76A 1AW1A 2YW4A 1YXDA 4GC4A 3TAOA 2BX7A 1Z48A 4AB4A 3DHFA 1O94A 3R12A 3NPWA 2ABAA 5D2YA 1O5XA 1VJIA 2QDHA 4ZZ9A 3LHYA 4MY8A 3N3MA 3G22A 4C1KA 2DJLA 4NX0A 3EWWA 3W71A 3WJYA 5CZJA 3UWYA 2YCEA 5FF7A 3DAQA 3BW4A 3G1HA 1JR1A 2ZQ0A 4UUIA 4ORMA 4TR9A 1TCDA 5AB3A 2A7PA 3C6CA 3STCA 3DH7A 2HMCA 3LTYA 2QUTA 3C0JA 5AHEA 1I2RA 3BPWA 1SZGA 1KTCA 1NFBA 5AHNA 5FF2A 1W37A 3S8HA 2EAWA 2E6DA 2UV8G 1H60A 2NLIA 4Z1BA 4XZ9A 6TIMA 5D37A 3LBCA 3PSVA 5C2XA 1L6SA 1TTPA 3S1WA 1FXPA 2ZZ5A 3ATYA 3UY7A 1X1OA 1PCKA 4ML9A 3G8RA 3L2IA 1B4KA 4FNPA 5LGXA 3TUUA 1XBYA 2ATSA 3W7EA 2QDGA 4Y6GA 3UZJA 1G4PA 5KTLA 3M16A 3MP4A 1UUOA 3NL3A 5DXYA 2CFFA 5HUPA 2TMDA 1QPNA 4AVFA 4QNEA 4N9DA 2OX1A 1WAUA 2X2GA 4JTEA 2Y70A 1EWEA 3EWBX 3OA3A 4QM1A 3CC1A 2B0MA 3RNDA 1OHLA 1WQ5A 3P61A 2X1UA 1QCWA 5CPOA 3BGGA 2J24A 5FI8A 3P5YA 3SZ8A 1U5JA 4LUJA 4PCFA 1H51A 3IIZA 2PE4A 3F4WA 2DZUA 4UNLA 1W1ZA 4MY9A 4DO5A 4UFLA 1P5BA 3G1DA 4S2BA 3QMRA 4M5PA 3W2NA 1SO6A 3LLFA 2F84A 1X7FA 5C55A 4I7WA 4U4MA 1SR9A 1IF2A 1KM1A 5G4WA 1VR6A 4R53A 3W6YA 4JTKA 3MI3A 2QCCA 1D9EA 3O6YX 4LRTA 4R7JA 2XN0A 2NUWA 1OFEA 3L0GA 3O63A 3NGJA 5KMYA 2JGQA 2NUYA 3SECA 4L4LA 3W1UA 3EWXA 5CKSA 1ML1A 1O5KA 3CWNA 3BG9A 4XQ6A 1XDMA 4OU1A 2G5WA 4GUJA 1OYCA 4JS3A 1R2SA 1X6UA 4WD0A 3TSDA 4Z0JA 1VGAA 1LLWA 3GX9A 4O57A 1O4UA 1TPFA 2Y7FA 3SW6A 1R2TA 2VKZG 2C13A 3OVQA 2Y7DA 1JCJA 1H1YA 3A24A 4LVAA 2DZXA 1FWWA 2C6QA 3HGJA 3LCLA 5AHFA 1QPRA 4LS2A 5CG7A 3HF3A 3C3NA 3DGRA 3BLFA 2PRHA 2V2DA 4Z08A 5G4EA 4ZQRA 4DO6A 4UTHA 5F4SA 3RF9A 1NAL1 1EB3A 4Y9AA 1GJPA 3W70A 1ICQA 2FTPA 4BI6A 1H7XA 1XBZA 1KFBA 3UWUA 3S9YA 4NNAA 3ZS4A 1QAPA 4XWUA 3S1XA 3PBYA 3G0SA 5AC7A 4KFPA 1G7VA 2FLIA 5EPDA 4BI7A 3THQA 2ZZ3A 4WXYA 4YCOA 3TA6A 1TPVA 1LRNA 4J9JA 5F1VA 3TQ0A 4M6PA 4POCA 3TFXA 3TAKA 2VOMA 2QUVA 3M44A 1XM3A 1QPQA 3KVLA 1NF0A 2E5BA 1SFLA 1SU5A 5HWJA 1WBHA 1ZAJA 4NT0A 5KZMA 5G5IA 1Q6RA 4NJJA 4R33A 1OABA 1MEIA 3LV5A 4QSHA 3TCEA 3QSRA 2EGZA 3PB2A 3P81A 4O10A 3WK0A 4MZ1A 3BGJA 2NX9A 3PSWA 1TPWA 3RLUA 1OG0A 3PBWA 4JXCA 3W2KA 1XBXA 7TIMA 2I9EA 2FPYA 5DBUA 2DJXA 3TX9A 2E1DA 3VFLA 3FYOA 3JRKA 5C6MA 4UNKA 1FDJA 1YXCA 2ZTJA 1TPH1 3BARA 4N9BA 3T55A 1ZAIA 5I3HA 5EA9A 3B06A 3NEVA 1BKSA 1DVJA 5G2IA 4Z1DA 4KKXA 3PC0A 1JCYA 1XCFA 1TPB1 1XI3A 5DLCA 2X16A 3QFEA 3IEBA 5DBTA 3LI0A 2H3DA 4MFDA 2QCEA 3OHIA 3G24A 4GUGA 3W7KA 4FXRA 3LHZA 5KINA 3VNDA 3S5OA 4CCCA 1OX6A 1TSIA 3BG3A 3EXRA 3GXTA 2VXNA 2ZRYA 4DELA 4JY8A 4FX8A 2CLEA 3NVTA 4RZ5A 3B8DA 4JX5A 1I4NA 3N9SA 1RQBA 4EF9A 1XKYA 4UTJA 1SZEA 3N19B 3FJ6A 2Z0IA 4Y96A 4LNYA 5AHIA 1F7BA 5H91A 1OFAA 5I3FA 3M47A 5E93A 3L21A 1C8VA 3WFAA 4Z1CA 1TV7A 1W0MA 3MWAA 3KAOA 4HPJA 5U7SA 4NU7A 3VCRA 3B05A 1LRTA 3LCHA 1H61A 3QW4B 2IQTA 1X1ZA 1PHWA 2QCDB 4ZQCA 4EF8A 5CZSA 4QISA 1QFEA 1TQJA 4RX0A 3TSBA 1G6CA 3S5NA 1HUVA 1KFEA 1I2PA 1LBLA 2ZRWA 1BWKA 5LNUA 5D2VA 2Z6JA 4Y90A 1V5XA 4N9CA 3O06A 4PL2A 2VEPA 5FEXA 3IGUA 5DY3A 5HINA 1TTQA 3G3MA 1W54A 2I14A 3LRKA 1EUNA 2Q3RA 5IM51 5AN7A 3C4UA 2QJHA 5BW6A 3DFPA 2BTMA 4UTUA 1D3HA 3P7YA 3EEGA 4RJEA 3GDKA 1RQHA 4GUHA 1QNVA 3G8EA 4UC5A 2WNQA 3BW2A 2QCDA 3TC6A 4CCEA 1F73A 3HGOA 4P2VA 3BLEA 5C5YA 3W7LA 1OFRA 3W73A 1H62A 2ZA1A 1AMKA 1EPXA 2Y89A 4XTDA 4AWSA 1GZGA 4N02A 3NDOA 1XBVA 8TIMA 4IPIA 3C2FA 3W72A 4K7VA 4TIMA 1ZENA 3BW3A 1GOXA 1LM1A 4Y8FA 3CIXA 1A5BA 3LHTA 1J2WA 5T26A 2CW6A 1DQWA 1GVFA 4HNTA 1T8XA 1DBTA 3P74A 2A7RA 2AAMA 3LCXA 2P1FA 1ME9A 2PC4A 1ICSA 2ZRUA 3W1TA 3DFNA 4HPXA 1LDCA 3GZ3A 5SWUA 1GYNA 1EWDA 4JTHA 1ME7A 1G7UA 1KBIA 4I7UA 1VCVA 2ZYFA 1HL2A 3LCGA 3GNNA 4MJZA 3G18A 1OFOA 2WJZA 3I68A 1S5WA 4MLJA 3OVRA 4DQWA 4WY0B 1LYXA 4GNJA 1A53A 1EA0A 4BI5A 3H53A 4RXGA 3LDVA 5U4NA 1TPEA 2YDAA 3F1QA 2FPTA 4NZFA 3SSJA 1AL7A 1K8YA 3QYQA 1K8XA 1XL9A 2W79A 3TROA 3EX4A 4LVGA 5FF0A 3W3OA 1GVRA 2TPSA 5E0KA 1SW3A 3LGEA 3GLCA 3ELFA 4JTJA 3S42A 4IX2A 5HQEA 3TW7A 4U28A 3V75A 4E2DA 1KLZA 3TXVA 3FKRA 5MHBA 4AHPA 3FIGA 3NM3A 3P84A 4UXDA 4UTKA 2J9YA 3HG2A 3NQ8A 5BMWA 3FKKA 4NJKA 3O6CA 3RLVA 4ZQPA 2DORA 1MEHA 3W1RA 3KOFA 1JVNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5G2H A;  4FNR A;  2E6Y A;  4JQA A;  4Q4O A;  2GQ8 A;  3EA2 A;  3CYJ A;  4KRZ A;  4A2S A;  3PBV A;  1YTE A;  2J88 A;  2E7F A;  4KPL A;  3TNO A;  4X9S A;  1W1V A;  5LGZ A;  4ZMG A;  3TEV A;  3MC5 A;  5BMX A;  3R79 A;  3ERP A;  3S1V A;  5TIM A;  4QTG A;  2ZFA A;  1JCM P;  3ZLF A;  5JMU A;  1UD8 A;  2CZ5 A;  4A22 A;  2BDQ A;  1JRB A;  2YL9 A;  2EO7 A;  1H5V A;  1GVO A;  4UQD A;  4F8X A;  1MUC A;  1DWG M;  1WKF A;  1FQ0 A;  2YZR A;  1XRV A;  3I7S A;  2DZT A;  2BV9 A;  1VFU A;  2X0S A;  2PDL A;  1OCN A;  5F2L A;  3AWN A;  1NDV A;  1SO5 A;  1ISX A;  3E38 A;  3TK7 A;  2ZWZ A;  2WJD A;  3RCN A;  5HUL A;  3V35 A;  3GM8 A;  1A3W A;  1GZ1 A;  3N73 A;  4GY1 A;  3E0W A;  3DFY A;  2J79 A;  2GWN A;  1BD0 A;  3W76 A;  3AS1 A;  1MQR A;  3N3T A;  4QJ5 B;  1JDD A;  1JDE A;  4DJD A;  3VUP A;  2WOQ A;  1EEP A;  3DKJ A;  8XIM A;  2FKP A;  3W2L A;  5I02 A;  3EDD A;  3FYY A;  2CC0 A;  2QF8 A;  1WZA A;  1QO2 A;  4NY2 A;  3UZY A;  4A3H A;  1XC4 A;  2QCG A;  1MW1 A;  4UTI A;  1F4A A;  3P67 A;  5I3I A;  1BRL A;  1MUW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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